Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
Azot Fiksasyonu
Birleik
RhizosphereAzospirillum Lichenlercyanobacteria Yaprak nodlleri
Simbiyotik
Legum-rhizobia Actinorhizal-Frankia
N2un NH3e indirgenmesinden sorumlu olan enzim sistemi nitrogenaz kompleksidir. Komponent I; nitrogenaz(molibden-demir proteini)
* N2nin indirgenmesi
Komponent II; nitrogenaz redktaz(demir proteini) * Ferrodoxin veya flovodoksin den komponent Ie
elektron transferi
Nitrogenaz
Fd(ox) FeMo Cofactor
Fd(red) 8e-
N2 + 8H+
nMgATP
2NH3 + H2
nMgADP + nPi
4C2H2 + 8H+
4C2H2
Nitrogenaz redktaz
N2 + 8H+ + 8e- + 16 MgATP
nitrogenaz
2NH3 + H2 + 16MgADP
Nitrat/nitrit indirgenmesi
Nitrate reduktaz Nitrit reduktaz
NO3
H2O Mo-Pterin Hem b557 FAD NAD(P)H + H+ NAD(P)+
NO2
H+ Siroheme 4Fe:4S FAD 3 NAD(P)H + H+ 2 H2O
NH3
3 NAD(P)+
Vcut Kompozisyonu
%9 % 19
Alm/gn (100 g)
Protein Turnover
70 kg lk bir insan gnde 100 g protein tketir. Azot dengesini korumak iin gnde 100 g azotlu rn boaltmal Vcut gnde 400 g protein sentezler ve 400 g yklr. Amino asitlerin 300 g yeni protein sentezi iin kullanlr, 100 g ise yklr.
Azot Dengesi
Pretein sentezi ve degredasyonunun dengede olmas Azot alm = Azot atlm
Azot Dengesi
N atlm > N alm : Negatif azot dengesi Alk ve hastalkta oluur Vcut proteinleri glukoz sentezi iin paralanr.
Enerji Depolar
Enerji/gram: Yalar; Karbohidrat veya proteinin 2-kat Ya susuz depolanr. 1 gram Glikojen yaklak 2 g H20 depolar 1 gram Protein 3 - 4 g H20 su depolar 10 kg vcut ya 60 kg depo glikojen veya 80 kg dopo proteine karlk gelir!
maximum label
half life
Protein Metabolizmas
diyet proteini 80 g enzimler barsak hcreleri mukus 70 g amino asitler Ve dipeptidler vcut proteini (~ 10 kg)
metabolitler
Protein Sindirimi
Peptidler ve serbest amino asitler absorblanarak dolama verilir ve karaciere transfer edilir.
Zimojen Aktivasyonu
Tripsinojen (inaktif)
Enteropeptidaz Kk peptid
Tripsin (aktif)
inaktif
aktif
Peptidler
Amino asitler
Ubiquitin; karyotik hcrelerde bulunan kk bir (8.5 kDa) proteindir. Paralanacak proteinin iaretlenmesi.
ATPDependent
Protein Depolanmas
zellemi bir protein-enerji depo bileii yoktur. Eer amino asitler ortamda fazla ise vcut bunlar depolayamaz. * amin grubu uzaklatrlmas ve atlm Amin grubu uzaklatrldnda;
Enerji ihtiyac iin metabolizmaya girer. Glukoza evrilerek glikojen formunda depolanabilir. Yaa evrilerek enerji deposu olarak kullanlabilir.
Proteinler
Peptidler
Amino Asitler
Amin Grubu
Karbon skeleti
Glutamate
Biyosentez
Amino Asitler Amino Asit Trevleri
Degradasyon
CO2 + H2O
re
Piridoksal Fosfat(PLP)
Amino asit metabolizmasnda grev alan koenzim Amino asitlerin -karbonundan dekarboksilasyon ve transaminasyon reaksiyonlarnn katalizi -karbondan eliminasyon ve yer deitirme reaksiyonlarnn katalizi
Piridoksin halkas zerindeki pozitif yk Schiff baz ara rnlerine dnmlerini salar.
-O C 2 amino acid H C NH .. 2 CH=O HO CH3 N H+ -O C 2 -keto acid C O CH2NH2 HO CH3 CH2O- P N pyridoxamine H + phosphate HO CH3 H+ CH2O- P pyridoxal phosphate HO CH3 N H+ C N CH2 CH2O- P HO CH3 N H R H+ R H+ -O C 2 H C NH CH-OH CH2O- P HO CH3 N H+ H+ -O C 2 C N CH CH2O- P R R H 2O -O C 2 H C N CH CH2O- P R Schiff base
H2O
-O C 2
N Schiff H+ base
Dekarboksilasyon
Dekarboksilasyon, amino asidin yapsndaki karboksil grubunun CO2 halinde ayrlmas olaydr. Amino asitlerin dekarboksilasyonu, koenzimi piridoksal fosfat (PLP) olan amino asit dekarboksilazlar tarafndan katalizlenir ve sonuta hcrelerde nemli etkileri olan biyojen aminler oluur.
Dekarboksilasyon
H H -O C 2 amino acid C NH2 R H2 O -O C 2 C N CH HO CH=O HO CH3 N H+ CH2O- P H CH3 N H+ H C N CH amine H H C NH2 R H2 O CH3 N H+ Schiff base HO CH2O- P H+ R CH3 N H HO CH2O- P H C N CH CH2O- P R R Schiff base
CO2
Dekarboksilasyon
Dekarboksilasyon
Biyojen aminler
Amino asit Biyojen amini Biyojen aminin fonksiyonu nhibitr nronlar iin nrotransmitter; santral ve periferal sinirsel fonksiyonlarda dzenleyici rol oynar. Vitamin B6 eksikliinde glutamik asit dekarboksilaz enziminin etkinliinin azalmasyla glutamik asitten GABA yapm azalr ve bu nedenle sinirsel fonksiyonlarn bozulmas sonucu kk ocuklarda sara eklinde konvulsiyonlar grlebilir -alanin, memelilerde urasilden meydana gelir; birok dokuda ve plazmada serbest halde veya karnozin, anserin gibi dipeptitlerin yapsnda bulunur; ayrca koenzim Ann yapsnda yer alan pantotenik asidi oluturan maddelerden biridir.
Glutamik asit
Aspartik asit
-alanin
Biyojen aminler
Amino asit Sistein Serin Tirozin DOPA 3,4dihidroksifenil alanin 5-Hidroksi triptofan Biyojen amini Sisteamin Etanolamin Tiramin Dopamin Biyojen aminin fonksiyonu
Koenzim Ann yapsna katlr. Baz fosfolipidlerin yapsna katlr. Uterusta kaslma oluturur. Noradrenalin maddesidir. ve adrenalinin n
Serotonin
Doku hormonu; dz kaslarda kontraksiyon ve damarlarda daralma oluturur. Doku hormonu; kapillerleri dilate eder, dz kaslarda kontraksiyon oluturur; mide sekresyonunu artrr. Mast hcreleri, akcier, karacier, gastrik mukoza hcreleri ve dier birok hcrede bulunur.
Histidin
Histamin
Biyojen aminler
Amino asit Lizin Arjinin Biyojen amini Kadaverin Agmatin Biyojen aminin fonksiyonu
Poliamindirler. Putresinden oluan spermidin ve spermidinden oluan spermin de nemli poliaminlerdir. Poliaminler, polikatyonik bileiklerdir ve hcrelerde eitli fonksiyonlar vardr; byme faktrdrler, protein kinaz aktivitesinin dzenlenmesinde rolleri vardr, fosforilaz bnin aktivasyonunu salarlar, lipolizi uyarrlar, trombosit agregasyonuna etkileri vardr, bakterilerde membran yaps, ribozom, DNA ve tRNAnn ekillerini stabilize ederler.
Ornitin
Putresin
CO2-
glutamate
oksalasetat
aspartat
Lys--N=CH
HO
NH + CH3
Piridoksal fosfat
Piridoksal fosfat enzimin lizin art zerinden schiff baz (aldimine) oluturur.
CH2OH HOCH2 HO NH + Cl CH3
pridoksamin fosfat
Piridoksal fosfat aldehit ve amin formlar arasnda amino grubunu transfer eder.
amino asit 1 -O C 2 H C
R1
-O C 2
C O
R1
-keto asit 1
amino asit 2
-O C 2
R2
R2
NH3+
-keto acid 2
CH2 NH2 OH
R2 C O substrate keto-acid amino acceptor COO-
Amino Asitlerin Transaminasyonu Transamination of amino acids to common intermediates NH alanin pruvat
+ 3
H 3 C CH CO O
-
H3 C
C O
-
CO O
aspartik asit -
NH 3 CH
OOC CH 2
okzalasetat -
OOC CH 2
O
-
CO O
CO O
glutamik asit
-
NH 3 CH
-ketoglutarat
-
OOC CH 2 CH 2
OOC CH 2 CH 2
C O CO O
-
CO O
glisin
NH 3 HC H
gliokzalat
HC O CO O
-
CO O
D-amino asit oksidaz karacierde bulunur, benzer reaksiyona sahiptir, sadece glisin iin aktiftir..
Glutamat, glutamin ve alpha ketoglutarat amino gruplarnn transport ve metabolizmasnda anahtar bileiklerdir. Glutamat dehidrogenaz ve amino transferaz (transaminazlar) amino asitlerin sentez ve degredasyonunda yer alrlar Glutamin sentetaz ve glutaminaz aa kan amonyan depolanmas ve transportundan sorumludur.
Deaminasyon
Glutamat Metabolizmas
COO+ H3N-C-H CH2 + NAD(P)+ + H2O CH2 Glutamat COOdehidrogenaz COOC=O CH2 + NAD(P)H + H+ + NH4+ CH2 COO-
leri Reaksiyon
Glutamat iin spesifik NAD+ gerekli re evrimi iin NH4+ kayna
transaminasyon + deaminasyon
Glutamin Metabolizmas
COO+ H3N-C-H + ATP + NH4+ CH2 Glutamin CH2 Sentetaz COOCOO+ H3N-C-H CH2 CH2 C=O OPO3= COO+ H3N-C-H CH2 + ADP + Pi CH2 L-glutamin C=O NH2 H2O
Glutaminaz
Glutamat-PO4 intermediate
CH2
X X X X X X X X
O
CH2 C-NH2
CTP
AMP
Glutamik asit ve glutaminin amino gruplar karacier mitokondrisinde amonyak olarak salnr.
CO2transaminazlar
CO2C=O -keto R
asitler
-ketoglutarat
glutamat dehidrogenaz
Glutamin sentetaz
NADH or NADPH + H+
glutaminaz
NH4 Kullanlmas
1. Glutamat sentezi(amino transferazlar) 2. Glutamin sentezi(glutamin sentetaz) 3. re sentezi
Amonyan Kaderi
Amonyak (NH4+) toksiktir. Hcrelerde birikmemesi gerekir. nsanlarda artan seviyeler uyuukluk ve mental gerilie neden olur.
Amonyan atlm
NH2 O C NH2
Eer su problem ise (rn; yumurta iinde az su) rik asit formunda atlm: znrlk dk ve O kolay kristallenir. H Kular ve bir ok bcek uricotelic
HN O N H N N H O
Amino asitler
NH4+
O H2N-C-NH2
re
O NH4+
ammonium iyonu urik asit
HN O N H
H N O N H
Kas
glukoz
kan
karacier
glukoz
O H2N-C-NH2
re NH4+
amino asitler
Glu
Glu
-ketoglutarat
+H
3N
C H CH3
C H CH3
Ala
-ketoglutarat
re evrimi: nemi
NH4+ amino asilerin ykm sonucu oluan bir rndr.. NH4+ hcrelerde azot ieren bileikler iin gereklidir.. NH4+ n ars ok toksiktir. nsan kanndaki normal seviyeleri: [NH4+] < 70 M. NH4+ n ars re evrimi zerinden reye evrilir. re evrimi, ~80% azotun atlmn salar.
re evrimi
1. Karacier mitokondri ve sitozolnde gerekleir. 2. Karbamoil-PO4 ile balar 3. Arginin ile biter 4. Aspartat a gerek vardr 5. 1 mol re sentezi iin 3 ATP(4 fosfoanhidrit ba)
+ 2 ADP + Pi
re evrimi
2 ADP + Pi Karbomoil O O fosfat NH4+ H2N-C-O-P-OKarbomoil fosfat sentetaz OHCO32 ATP mitokondri
sitrulin
+
ornitin
NH3 O H2N-C-NH-CH2CH2CH2CH-CO2H2N-CH2CH2CH2CH-CO2Ornitin transkarbomoilaz NH3+ Pi sitozol ATP AMP + PPi Arginaz CO2- Asp -O C-CH CH-NH + 2 2 3 Argininosuksinat sentetaz
O H2N-C-NH2
urea
H2O
argininosuksinat
NH2+
H2N-C-NH-CH2CH2CH2CH-CO2-
arginin
-O C-CH=CH-CO 2 2
Fumarate
Reaksiyon mitokondri matriksinde gerekleir. Karbomoil fosfat sentetaz reaksiyonu 3 admda katalizler 2 mol ATP kullanlr. O O HO-C-O-P-OONH4+
(2)
HCO3ATP
(1)
ADP
Pi
ATP
ADP O O H2N-C-O-P-OO-
karbamat
O H2N-C-O-
(3)
O O+H
H2N-C-O-P-O-
NH3+
3N-CH2CH2CH2CH-CO2
ornitin
Karbomoil fosfat
O Pi
NH3+
H2N-C-NH-CH2CH2CH2CH-CO2+ H+
sitrulin
NH3+
aspartat
sitrulin
CO2-
NH2+ argininosuksinat
NH3+
argininosuksinaz
-O C-CH=CH-CO 2 2
fumarat
NH2+
NH3+
H2N-C-NH-CH2CH2CH2CH-CO2-
arginin
5. Arginin re + ornitin
NH2+ NH3+
H2N-C-NH-CH2CH2CH2CH-CO2-
arginin
H2O
arginaz
O H2N-C-NH2 re
Reaksiyon sitozolde gerekleir. Dngnn devam iin ornitinin mitokodriye dnmesi gerekir.
HCO3NH4+
2 ATP
2 ADP + Pi
O O phosphate H2N-C-O-P-OOPi
carbamoyl
citrulline
ornithine
NH3+ O H2N-C-NH-CH2CH2CH2CH-CO2-
O H2N-C-NH2
urea
2 Pi H2O
re evrimi iin gerekli olan Aspartat oluan fumarat kullanlarak rejenere edilir.
2 ATP HCO3+ NH4+ 2 ADP + Pi karbomoil fosfat Pi -keto asitler amino asitler
argininosuksinat
NADH
fumarat
re evrimi(Dngs)
re evrimi, fumarat vastasyla sitrik asit evrimine balanr.
Sitrik asit evrimi de aspartatarjininosksin at vastasyla re evrimine balanr
NH 4+ CO 2 2 A TP carbam yl phosphate synthetase 2 ADP, Pi NH 2 OH NH 2 C NH Pi CH 2 CH 2 ornithine CH 2 carbam yltransferase HC NH 3+ COO citrulline A TP arginase A M P, PP i H N
+H 3N
COO CH 2 CH
COO aspartate argininosuccinate synthetase COO CH 2 CH COO keto-acids transam inases am ino acids NH 3+
HN
C NH CH 2 CH 2 CH 2 HC
NH 2
HN
C NH CH 2 CH 2 CH 2
argininosuccinase
NH 3+
HC
COO arginine
COO argininosuccinate
H 2O fum arase
re evrimi
redeki iki azotun biri glutamat veya glutaminden, karbamoil fosfat zerinden; dieri ise glutamattan, transaminasyonla oksaloasetata aktarlma suretiyle oluan aspartat zerinden yapya girmektedir. renin karacierde sentezlenmesinin nedeni, re dngsnde grevli enzimlerin zellikle arjinazn balca karacierde bulunmasdr. Bbrek, beyin, meme, testis ve deride de az miktarda arjinaz bulunur.
re evrimi
re dngs vastasyla azot akm, diyetin bileimi ile deiir. Diyet balca protein ise yakt iin amino asitler kullanlr ve amino gruplarndan fazla miktarda re oluur. iddetli alk srasnda da kas proteinin yklmas metabolik yaktn ounu karlar ve re oluumu artar.
re evrimi
Karacierde re sentezinde grevli enzimlerden her birinin eksiklii ile ilikili metabolik bozukluklar bilinmektedir. Hiperammonemiler olarak bilinen bu metabolik bozukluklarn hepsinde ortak olan klinik semptomlar; bebeklik anda kusmalar, grmede bozukluk, flappig tremor, protein intolerans, aralkl ataksi, irritabilite, letarji ve mental geriliktir.
re evriminin Reglasyonu
En nemli kontrol Karbomoil fosfat sentetaz admdr. N-asetilglutamat; enzimin heterotropic allosteric aktivatrdr. (Heterotropic; substrattan farkl bir effektr molekl ifade eder.)
re evriminin Reglasyonu
N-asetilglutamat yksek amino asit konsantrasyonlarnda sinyal grevi yapar. N-asetilglutamat karacierde asetil-CoA ve glutamat tan sentezlenir. Reaksiyon N-asetilglutamat sentetaz ile katalizlenir.
re evriminin Reglasyonu
N-asetilglutamatn durgun hal konsantrasyonlar 2 faktr tarafndan belirlenir. Substratlarn konsantrasyonlar: asetil CoA ve glutamat. Arginin konsantrasyonu; N-asetilglutamat sentetaz aktive eder.
Problem: karbamoil fosfat sentetaz veya ornitin transkarbomoilaz eksiklii. Sonu: glisin ve glutamin sentezi. Tedavi: Gly nin hippurat olarak atlmas iin benzoat ile besleme Tedavi: Gln nin fenilasetilglutamin olarak atlmas iin fenil asetat ile besleme
NH4+ toksisitesi glutaminin ar oluumundan kaynaklanabilmektedir. Yksek glutamin seviyeleri; yksek NH4+ ieren cerebrospinal svda mevcuttur . Yksek glutamin ve glutamat beyin hasarna neden olabilmektedir. Tedavi: arginince zengin zayf protein diyeti. Sonu: argininosuksinat re yerine atlr.