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Chapitre 6

GOMTRIE DES MOLCULES

A. Le programme
Notions et contenus Formules de Lewis ; gomtrie des molcules. Rle des doublets non liants. Isomrie Z/E. Comptences attendues Interprter la reprsentation de Lewis de quelques molcules simples. Mettre en relation la formule de Lewis et la gomtrie de quelques molcules simples. Prvoir si une molcule prsente une isomrie Z/E. Savoir que lisomrisation photochimique dune double liaison est lorigine du processus de la vision. Mettre en oeuvre le protocole dune raction photochimique. Utiliser des modles molculaires et des logiciels de modlisation.

Commentaires Ce chapitre est un prolongement du chapitre prcdent ; il donne aux lves des premires notions sur la gomtrie des molcules, avec comme application la planit des liaisons doubles carbone-carbone. la diffrence de lancien programme, les applications se font ici essentiellement dans le champ de la chimie organique. Les contenus du chapitre seront amplement repris et approfondis en classe de terminale, notamment avec lutilisation de la reprsentation de Cram et ltude des conformations et des stroisomres. La comptence exigible au sujet de lisomrisation photochimique du rtinal complte les notions abordes en science de la vie et de la terre autour de la vision.

B. La dmarche adopte dans le manuel


Trois activits (de modlisation, exprimentale et documentaire) sont proposes dans le chapitre 6 an de permettre aux lves dacqurir cinq comptences. Lenseignant a le choix de les mettre en uvre pendant le cours ou en travaux pratiques.

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C. Commentaires sur les activits et documents proposs valuer les acquis de 2de p. 112
Rponses aux questions Les sphres colores reprsentent les diffrents types datomes, et les btonnets reprsentent les liaisons covalentes entre les atomes. La reprsentation 3D dune molcule indique sa gomtrie dans lespace. Une mme formule brute peut correspondre plusieurs isomres, donc plusieurs reprsentations 3D.

Interprter une exprience p. 112


Une dmarche dinvestigation est propose partir dune boite de modle molculaire et dune formule brute : il sagit de rechercher des isomres. partir du modle molculaire, llve pourra observer que les atomes ou groupements datomes peuvent tourner librement autour dune liaison simple, et non autour dune liaison double. Le professeur pourra faire, loral, le lien entre le modle molculaire et ltude des conformations des molcules. Cette activit donne loccasion denrichir la notion disomrie aborde en classe de 2de, qui se limitait lisomrie de constitution, en dcouvrant la stroisomrie (ici, lisomrie Z/E, grce aux molcules dacide (E)-but-2-noque et (Z)-but-2-noque). Interprtation attendue Il existe trois molcules possdant un groupe carboxyle COOH et une mme formule brute C4H6O2. Ce sont trois isomres. Formule de ces molcules :
O H C C H C OH CH3 O H C C H CH3 C OH
CH3 C C H O C OH

acide mthylpropnoque

acide (E)-but-2-noque

acide (Z)-but-2-noque

Activit 1 p. 114
Lobjectif de cette activit de modlisation est de montrer le lien entre la formule de Lewis et la gomtrie de molcules simples. Dans un premier temps (partie A), le logiciel Chemsketch permet aux lves de reprsenter des formules de Lewis de molcules simples. Puis (partie B), laide de loutil 3D-Viewer, ils dcouvrent leur gomtrie. Ltude de molcules plus complexes (partie C) conduit ensuite tudier larrangement des doublets autour des atomes C, N et O.

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Enn (partie D), lanalyse des structures des isomres Z et E de lacide butan-1,4-dioque permet aux lves de prvoir quelles molcules prsentent une isomrie Z/E. La partie D peut tre traite indpendamment des parties A C. Rponses aux questions 1. Latome de carbone forme 4 liaisons avec des atomes voisins, lazote 3 liaisons, loxygne 2 liaisons et lhydrogne 1 liaison. 2. Les doublets non liants ne gurent pas sur les formules du logiciel. Ils sont cependant pris en compte an que les atomes C, N et O respectent la rgle de loctet. 3. Avec le logiciel. 4. La molcule deau adopte une gomtrie coude ; la molcule dammoniac une gomtrie pyramidale et la molcule de mthane une gomtrie ttradrique. 5. La reprsentation de Lewis dune molcule est plane : elle ne rete pas sa gomtrie. 6. Les doublets des atomes dazote et doxygne adoptent un arrangement ttradrique (ex : CH3NH2) ou se rpartissent dans un plan (ex : CH3COCH3). 7. a. Les doublets des atomes de carbone impliqus uniquement dans des liaisons simples se rpartissent selon un arrangement ttradrique (ex : CH3NH2). b. Les doublets des atomes de carbone impliqus dans une liaison double se rpartissent dans un plan (ex : CH3CH=CHCH3). 8. a. Lacide fumarique et lacide malique ont pour formule brute C4H4O4. b. Lacide fumarique et lacide malique ont la mme formule brute et une organisation spatiale diffrente : ce sont donc des isomres. 9. Lacide fumarique et lacide malique ont des proprits physico-chimiques diffrentes (point de fusion, solubilit dans leau, densit). 10. Seule la molcule de but-2-ne prsente une isomrie Z/E. 11. En premire approximation, on peut considrer que les doublets dlectrons se positionnent le plus loin possible les uns des autres, an de minimiser les rpulsions. Par consquent, larrangement des doublets autour dun atome dpend du nombre de doublets non liants et du nombre de liaisons covalentes formes, ce qui dtermine la gomtrie de la molcule autour de cet atome.

Activit 2 p. 116
Au cours de cette activit exprimentale, les lves mettent en uvre le protocole dune transformation photochimique. Dans un premier temps, ils ralisent la CCM dun dpt dazobenzne laiss lobscurit, et dun dpt dazobenzne clair pendant 1 heure. Lanalyse des rsultats exprimentaux aboutit lintroduction de la notion de transformation photochimique. Rponses aux questions 1. Avant llution, lchantillon (1) est de couleur jaune ; lchantillon (2) est de couleur orange. 2. Le chromatogramme montre la prsence de deux produits pour lchantillon (1). Lchantillon (2) ne contient quune seule espce chimique. Il sest donc produit une transformation chimique sous la lampe. 3. Dans les conditions de lexprience, les rapports frontaux des espces sont Rf = 0,71 et Rf = 0,91. 4. a. Lnergie lumineuse fournie par lampe permet la transformation de lazobenzne dpos sur la plaque.

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b. Lchantillon (1) montre la prsence dun produit identique celui de lchantillon (2). Si on claire plus longtemps, ce produit peut disparatre compltement de lchantillon (1), et on observerait alors une seule tache jaune (note : on pourra nuancer cette afrmation en rappelant aux lves que toutes les ractions ne sont pas totales). 5. La structure de la liaison double N=N de lazobenzne est modie sous laction de la lumire. 6. a. Le (E)-azobenzne est orange, et le (Z)-azobenzne est jaune. b. Le (E)-azobenzne (orange) a le rapport frontal le plus lev, car il est moins retenu par le support que le (Z)-azobenzne (jaune). 7. Lazobenzne est une molcule organique possdant 7 liaisons doubles conjugues, elle est donc colore. 8. Une transformation photochimique est une transformation chimique dclenche par la lumire. 9. La photosynthse est une transformation photochimique.

Activit 3 p. 117
Cette activit documentaire vient complter les notions abordes en science de la vie et de la terre, en 1re S, autour de la vision (rle de la rtine et des photorcepteurs, comparaison des opsines chez les primates, etc.). lissue de cette activit, les lves doivent retenir quune isomrisation photochimique est lorigine du processus de la vision. Deux schmas prsentent de faon simplie la gomtrie des isomres Z et E du rtinal et de lopsine ; ils mettent en valeur le rle de lisomrisation du rtinal sous laction de la lumire dans la vision. Rponses aux questions 1. Formule de Lewis du Z-rtinal (avec la liaison double responsable de lisomrie en gras) :
CH3 CH3 H C H C H H C H C H C C H CH3 O C C H CH3 C C H H H C C C C C H CH3 H

2. La molcule de rtinal, en changeant de gomtrie, provoque un changement de la structure spatiale de lopsine. Le rtinal se dtache alors de lopsine. 3. Lordre de grandeur de la dure ncessaire lisomrisation du Z-rtinal en E-rtinal est de 1012 seconde (picoseconde).
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4. Lorsquune lumire bleue parvient sur lil, les cnes sensibles aux courtes longueurs donde sont stimuls. 5. Le processus de la vision met en jeu une isomrisation photochimique. Le Z-rtinal, x une molcule de la rtine, est transform en E-rtinal sous laction de la lumire.

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D. Droulement du cours
On peut compter pour ce chapitre 1 sance de TP et 4 heures de cours. Exemple de progression : Cours Activit 1 ; 1. Gomtrie des molcules ; 2. Isomrie Z/E Exercices 1. Gomtrie des molcules p. 122-123 ; 2. Isomrie Z/E p. 124-125 Sances de TP Activit 2 (1,5h). Cours Activit 3 ; 3. Ractions photochimiques et processus de la vision Exercices 3. Ractions photochimiques et vision p. 126-127.

E. Rponses aux exercices p. 122


Les rponses aux exercices qui ne gurent pas ici sont la n du manuel, p. 352.

4 Latome dazote est impliqu dans trois


liaisons simples : la triuoroamine a donc une gomtrie pyramidale base triangulaire.

5 1. La molcule a prsente une gomtrie plane (tous les atomes se situent dans un plan).
2. La molcule c a une gomtrie ttradrique (latome de carbone central forme quatre liaisons simples avec des atomes voisins).

3. Latome doxygne reli uniquement latome de carbone forme une liaison double : larrangement des doublets est plan. Latome doxygne reli un atome de carbone et un atome dhydrogne ne forme que des liaisons simples : larrangement des doublets est ttradrique.

8 1. CH2

CH

6 1. Les doublets des atomes de carbone de la dimthylamine adoptent un arrangement ttradrique, car les atomes de carbone ne sont engags que dans des liaisons simples.
2. Latome dazote est impliqu uniquement dans des liaisons simples, ses doublets adoptent donc un arrangement ttradrique. 3. Formule de Lewis :
H H C H N H H C H H

2. Les doublets de latome dazote adoptent un arrangement linaire, car latome est impliqu dans une liaison triple. 3. Les deux atomes de carbone de la liaison double C=C ont des doublets disposs dans un plan. Les doublets de latome de carbone impliqu dans une liaison triple adoptent un arrangement linaire.

9 1. Reprsentation de Lewis du glycraldhyde :


H H O O H O C H C C H H

7 1. Latome de carbone ne porte pas de


doublet non liant :
O H
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O H

2. Latome de carbone est impliqu dans une liaison double, larrangement de ses doublets est donc plan.

2. Les doublets des 2 atomes doxygne impliqus uniquement dans des liaisons simples adoptent un arrangement ttradrique. Ceux de latome doxygne impliqu dans une liaison double adoptent une gomtrie plane.

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11 1. Reprsentation de Lewis de la thronine :


H H

19 1. Br
H

H C6H5

2. Arrangement plan. 3. Lisomre Z du bromostyrne a une densit plus leve que celle de lisomre E. Sa masse volumique est donc galement plus leve. 4. Les doublets liants autour de latome de carbone de la molcule de dioxyde de carbone CO2 ont un arrangement linaire, puisque cette molcule est linaire.

O N H H H O C C C C O H H H H

2. Les doublets de latome dazote adoptent un arrangement ttradrique, car latome dazote nest impliqu que dans des liaisons simples. 3. Les doublets de latome de carbone impliqu dans une liaison double sarrangent dans un plan (atome de carbone du groupe COOH).

21 1. Le but-2-ne prsente une isomrie Z/E car il est de type AHC=CHB.


2. Les isomres Z et E du but-2-ne ont des proprits physiques diffrentes, et en particulier des tempratures dbullition diffrentes.

12 1. Larrangement des doublets des atomes de carbone est ttradrique, car ils sont impliqus uniquement dans des liaisons simples.
2. Larrangement adopt par les doublets des atomes doxygne de cette molcule est ttradrique, car ils sont impliqus uniquement dans des liaisons simples.

24 1. a. On ajoute deux doublets non liants sur chaque atome doxygne. b. Formule de Lewis de lacide (Z)-cinnamique :
H H C C C C H C C H C C C O H

HO H

15 La molcule 1 prsente une isomrie Z,


car deux atomes dhydrogne de la liaison double C=C sont situs du mme ct.

2. Cette molcule possde 5 liaisons doubles conjugues. 3. Les acides (Z) et (E) cinnamique sont des isomres : ils nont pas les mmes proprits physiques. 4. Sous leffet de la lumire, lacide (Z)-cinnamique peut tre isomris en acide (E)-cinnamique.

16 Seule la liaison double centrale C=C prsente une isomrie Z/E, car elle est de type AHC=CHB.

17 Lisomre prsentant deux liaisons doubles de type E est le compos a , car les deux atomes dhydrogne de chaque liaison double C=C sont situs de part et dautre de la liaison double. 18 1. La formule de Lewis est incorrecte car chaque atome doxygne doit respecter la rgle de loctet, et donc tre entour de deux doublets non liants et deux doublets liants.
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25 1. Lisomre cis correspond au (Z)-azobenzne (forme ramasse ), lisomre trans au (E)-azobenzne.


2. a. Le (E)-rtinal form par isomrisation photochimique du (Z)-rtinal adopte une conguration spatiale diffrente, moins ramasse, et nest plus x sur lopsine. b. Lisomrisation photochimique du rtinal doit se faire rapidement pour que le dlai entre lmission de lumire par lobjet et sa perception soit le plus court possible.

2. Lisomre E est obtenu partir de la formule de lisomre Z en inversant les positions du groupement C15H31 et du H ( gauche de la liaison double C=C).

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26 1. a. Cyanure dhydrogne H
H

Actonitrile H

C H

b. Larrangement des doublets liants et non liants autour des atomes de carbone lis aux atomes dazote est linaire, car ils sont impliqus dans une liaison triple. c. La molcule de cyanure dhydrogne a une gomtrie linaire. 2. Lnergie lumineuse issue du Soleil dclenche les transformations photochimiques qui ont lieu dans latmosphre de Titan.

3. La molcule de peroxyde dhydrogne H2O2 prsente une gomtrie coude autour de chaque atome doxygne. Par analogie, la gomtrie de la molcule de disulfure dhydrogne H2S2 est coude autour de chaque atome de soufre.

30 1. Larrangement adopt par les doublets de latome dazote N est linaire, car ce dernier est impliqu dans une liaison triple.
2. Les doublets des atomes de carbone de la liaison double C=C adoptent un arrangement plan. 3. N
C C H C H CH3

27 1. La photosynthse correspond un
processus photochimique. 2. La photosynthse est plus efcace dans le domaine de longueur donde [430 nm ; 500 nm], dans le bleu, et [630 nm ; 670 nm], dans le rouge. 3. Les plages defcacit de la photosynthse correspondent aux plages dabsorption des chlorophylles. On peut donc supposer que plus lnergie absorbe par les chlorophylles est importante, plus la photosynthse est efcace. 4. Placer une plante dans une enceinte ferme transparente la lumire, et mesurer la quantit de dioxygne produit dans un temps donn. Reproduire lexprience dans une enceinte opaque. Comparer les rsultats exprimentaux puis conclure.

31 1. Lisomrisation du (E)-azobenzne en (Z)-azobenzne est une transformation photochimique.


2. Larrangement des doublets est plan car les atomes dazote sont impliqus dans une liaison double. 3. Les fournisseurs de produits chimiques ne commercialisent que le (E)-azobenzne, car il suft de lexposer la lumire pour obtenir du Z-azobenzne.

32 1. La gomtrie de la molcule de dichloromthane CH2Cl2 est ttradrique, car latome de carbone nest impliqu que dans des liaisons simples.
2. La gomtrie de la molcule de dichlorosilane SiH2Cl2 est ttradrique. 3. La silice SiO2 est le compos analogue au dioxyde de carbone CO2, rejet au cours de la respiration.

29 1. a. Le soufre est entour de 4 doublets (2 liants et 2 non liants) : il respecte la rgle de loctet. b. Larrangement adopt par les doublets liants et non liants de latome de soufre dans cette molcule est plan, car latome de soufre est impliqu dans une liaison double.
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33 1. Les deux liaisons doubles C=C des ractifs ont une conguration Z car les atomes dhydrogne sont situs du mme ct.
2. Arrangement plan. 3. Les ractifs portent la fois un groupe mthyle CH3 et un groupe thyle C2H5. Les produits contiennent en revanche deux groupes mthyle ou deux groupes thyle : chaque

2. La gomtrie de la molcule de sulfure dhydrogne H2S est coude, comme celle de leau.

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atome de carbone de la liaison double a donc chang de partenaire.

le passage de lisomre Z lisomre E est impossible. 2. Arrangement plan. 3. Arrangement ttradrique, car latome de carbone portant deux atomes dhydrogne dans la molcule B nest impliqu que dans des liaisons simples. 4. Lindication h au-dessus de la doubleche indique que la raction seffectue grce lnergie transporte par un photon, de frquence . La transformation de A en B correspond donc un processus photochimique car elle est active par la lumire.

35 1. Les atomes doxygne du querctol


portent deux doublets non liants (ils respectent la rgle de loctet). 2. Les doublets de tous les atomes de carbone du querctol adoptent un arrangement ttradrique. 3. Les doublets de latome doxygne impliqus dans la liaison double C=O adoptent un arrangement plan. 4. Le lutol et le querctol ne sont pas isomres, car ils nont pas la mme formule brute.

36 1. La transformation du (E)-oxyindigo en
(Z)-oxyindigo est un processus photochimique, car elle est active par la lumire. 2. On obtiendra du (Z)-oxyindigo, car la lumire du Soleil contient la radiation monochromatique de longueur donde 413 nm. 3. Le (E)-oxyindigo clair avec une lampe sest isomris en (Z)-oxyindigo. Deux taches correspondant au (E)-oxyindigo restant et au (Z)-oxyindigo form apparaissent sur le chromatogramme.

39 1. a. Les deux liaisons doubles peuvent


tre lorigine dune isomrisation Z/E car elles sont de type AHC=CHB. b. La liaison double C2=C3 est de type Z car les deux atomes dhydrogne sont situs du mme ct. La liaison C4=C5 est de type E car les atomes dhydrogne sot situs de part et dautre. 2. a. 2E, 4Z de lhexa-2,4-dine : la liaison double C2=C3 est de conguration E, la liaison double C4=C5 est de conguration Z. b. Formule de Lewis de lisomre 2E, 4E :
H H H C C C H C H C C H H H H

37 1. Larrangement adopt par les doublets de latome de carbone de la liaison double C=O est plan, car latome de carbone est impliqu dans une liaison double.
2. Les deux isomres Z et E du 1,2-dibenzoylthylne ont des proprits physiques diffrentes (en particulier leur temprature de fusion). 3. Reprsentation de Lewis de lisomre Z :
O C H5C6 H C C H O C C6H5

3. La cyclisation de lhexa-2,4-dine suit un processus photochimique car elle se produit en prsence de lumire.

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38 1. Les liaisons doubles de la molcule A ne sont pas susceptibles de prsenter une isomrie Z ou E car elles sont situ dans un cycle. Les atomes dhydrogne sont situs du mme ct de chaque liaison double, mais

40 1. Le E-resvratrol est transform en Z-resvratrol par un processus photochimique, car la raction est provoque par labsorption de photons de longueur donde 350 nm.

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2. La liaison double responsable de cette isomrie est celle qui runit les deux cycles car elle est de type AHC=CHB. 3. Formule de Lewis de lisomre E :
H H H O C C C O H H C C C H H C C H C C C C C O H

b. Larrangement adopt par les doublets de latome de carbone est ttradrique, car latome nest impliqu que dans des liaisons simples. c. Larrangement adopt par les doublets de latome doxygne est ttradrique, car latome nest impliqu que dans des liaisons simples. d. Les quatre doublets liants adoptent un arrangement ttradrique autour du carbone. Les deux doublets liants et les deux doublets non liants adoptent un arrangement ttradrique autour de loxygne.
H O H H C H

C H

4. a. Formule de Lewis du mthanol :


H H C H O H

F. Bibliographie
B. VALEUR, Lumire et Luminescence, Belin, 2005. C. COUDRET et J.C. MICHEAU, Le Photochromisme, vers le stockage optique et les nanomachines IMRCP, UMR CNRS 5623, Universit P. Sabatier, Toulouse.

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