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Rosalyn Franklin

Mapa difraccin B-DNA

NIVELES DE COMPOSICION
Base nitrogenada Nuclesido (base + azucar) Nucletido (nuclesido + fosfato) Acido nucleico (polmero de nucletidos)

COMO REGLA GENERAL


La base confiere al DNA sus propiedades de reconocimiento especfico. El azucar delimita en gran parte su flexibilidad. El fosfato le confiere las propiedades generales de polmero.

NIVELES DE ESTRUCTURA
Estructura primaria (secuencia) Estructura secundaria (hlices) Estructura terciaria Estructura cuaternaria

CONSTITUYENTES ESTRUCTURALES DE LOS CIDOS NUCLEICOS

BASES NITROGENADAS
H N H O O H3 C N N H N H

Pirimidinas

CITOSI NA

TIMINA

URACI LO

H O N

H N

N N

Purinas

H N N N N R H N

GUANINA

ADENINA

Apareamientos cannicos (Watson-Crick)

Ejemplos de bases modificadas por oxidacin de bases codificantes

Esquema de numeracin bases

H N4 C4 C5 C6 N1 R

H O6 H N3 C2 H N1 C2 N H N3 C6 C5 C4 N7 C8

O2

N9 R

CITOSINA

GUANINAA

Esquema de numeracin nuclesido


NH 2

N N

HOH 2 C C4 ' C3 ' HO

N O 4' C1 ' C2 ' OH

ADENOSINA

Numeracin azcares
HOH2C C4' C3' HO B a se O 4' C1' C2' OH
HO

HOH2C C4' C3'

B a se O 4' C1 ' C2'

HO

B C 5 'H 2 O 4' C4' C1' C3' C2' OH

HO

B C 5 'H 2 O 4' C4' C1' C3 '


OH

C2'

OH

R IB O S A

2'deoxy R IB O S A

Nucletidos
NH 2

N N

O 9 P 3 OH 2 C C4 ' C3 ' HO

N O 4' C1 ' C2 ' OH

ADENOSINA TRIFOSFATO (ATP)

Esquema covalente RNA

Nomenclatura torsiones A.N.

Propiedades fisicoqumicas
Reconocimiento especfico no covalente Protonacin Ataques nucleoflicos Hidratacin Tautomera

LAS BASES POSEEN UNA HUELLA DACTILAR UNICA BASADA EN SU PAUTA DE PUENTES DE HIDROGENO

H N4 C4 C5 C6 N1

H O6 H N3 C2 O2 H N N1 C2 N3 C6 C5 C4

N7 C8 N9 R

CITOSINA

GUANINA

Dada una determinada forma tautomrica

Diferentes estados de protonacin posibles

Biolgicamente las ionizaciones ms importantes son las que afectan a las bases.

pKas de las nucleobases


Comp/site

Nucleoside

3P Nucleot

5PNucleot

Adenosine/N1
Cytidine/N3 Guanosine/N1

3.52
4.17 9.42

3.70
4.43 9.84

3.88
4.54 10.00

Uridine/N3
Deoxythymidine/N3

9.38
9.93

9.96
--

10.06
10.47

La tautomera (i.e el intercambio de hidrgenos entre heterotomos) puede cambiar totalmente la pauta de puentes de hidrgeno de las bases

Topal & Fresco Nature (1976) verified this assumption

H N

H N O

H N N

H3 C

H N

=
O N R

CITOSINA(amino)

CITOSINA (imino)

TIMINA

H O O

H N

H3 C N

H3 C N

=
O N R

TIMINA (ceto)

TIMINA (enol)

CITOSINA

Apareamientos cannicos (Watson-Crick)

Conformacin
Fruto rotacin respecto enlaces simples en azcar y en los fosfatos
A
A
1
1 2

B C

B
3
3

E jem plo dihedro 1 -X -Y -A + 6 0 grado s

Rotacin enlace exocclico C4-C5

gauche-gauche

trans-gauche

gauche-trans

ENLACE C4-C5
Las tres conformaciones se detectan La gg parece un poco ms estable, pero la diferencia es muy pequea El puckering del azucar influye mucho en la conformacin del enlace C4-C5

Rotacin enlace glicosdico

NUCLEOSIDO (base + azucar)


NH 2

N N

HOH 2 C C4 ' C3 ' HO

N O 4' C1 ' C2 ' OH

ADENOSINA

Para ver esta pelcula, debe disponer de QuickTime y de un descompresor TIFF (LZW).

syn

anti

ENLACE GLICOSIDICO
Normalmente los nucleosidos y nucletidos estan en la conformacin anti La Guanosina es el nico nuclesido (normal) con posibilidad de estar en conformacin syn Grupos voluminosos en la posicin 8 de la purina pueden forzar la conformacin syn.

Pseudorrotacin de la ribosa (2deoxy-ribosa)

EL AZUCAR: RIBO: RNA; DEOXY: DNA


HOH 2 C C4 ' C3 ' HO Base O 4' C1 ' C2' OH HOH 2 C C4' C3' Base O 4' C1' C2' OH

HO

B C 5 'H 2 O 4' C4 ' C1' C3' C2' OH

HO

B C 5 'H 2 O 4' C4 ' C1 ' C3 ' C2' OH

OH

RIBOSA

2'deoxy RIBOSA

El paso entre confrmeros se da siempre a travs de otros confrmeros no planos


B HOH 2 C C1 ' C4 ' C3 ' O4 ' C2' B HOH 2 C 'O 4 C4' C1 ' C3' C2' OH

HO

OH

OH

C1'endo

C2'endo

B CH 2 OH C2' C3 ' HO HO C4 ' O 4' C1 '

O4'exo

CONFORMACION DE LA RIBOSA (PSEUDOROTACION)


La transicin entre puckerings del azucar se da siguiendo el denominado Crculo Pseudorotacional 360>P>0 para tm constante

CONFORMACION DE LA RIBOSA (PSEUDOROTACION)


El paso entre formas Envelop es traves de formas Twist NUNCA se pasa por la conformacin plana S, N son las conformaciones ms estables. NUNCA se pasa por la conformacin W

La transicin C2endo<->C3 endo es siempre por O4endo nunca por O4exo


CH 2 OH O 4' C3 ' HO HO C2 ' C4 ' C1 ' B

O4'-endo

B HOH 2 C O 4' C4 ' C1 ' C3 ' C2 ' OH

B C3 ' C1 ' O 4' OH OH C2 ' C4 ' OH CH 2 OH

C2'-endo
CH 2 OH

C3'-endo

B C3 ' C2 ' HO HO C1 '

C4 '

O 4'

S<->N por E nunca por W

O4'-exo

PUCKERING
Las formas ms abundantes en nuclesidos son la N (C3endo) y la S (C2endo) La forma E (O4endo) se encuentra a veces, pero nunca la W (O4exo) Las formas B del DNA presentan puckerings S y en algn caso E. Las formas A del DNA y el RNA presentan siempre puckerings N