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BOIS ET FORTS DES TROPIQUES, 2001, N 269 (3)

Fabien Garcia * Gilles Moynot * Eric Forni ** Marie-Hlne Chevallier * * CIRAD-Fort TA 10/C Programme forts naturelles Campus international de Baillarguet 34398 Montpellier Cedex 5 France ** BP 2572 Yaound Cameroun

RESSOURCES GNTIQUES

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Gestion in situ des

ressources

gntiques du sapelli,
Entandrophragma cylindricum (Sprague) Sprague, au sud-est du Cameroun

Diversit gntique
Lutilisation de lADN constitue un apport intressant pour la comprhension de la biologie des espces. Elle permet une bonne description de la diversit et des ressources gntiques partir du polymorphisme rvl par les allles. Les populations forestires prsentent plusieurs particularits : une diversit gntique leve, avec une diversit intrapopulation plus importante que celle entre populations ; une prdominance de lallofcondation ; des flux de gnes importants via le pollen et les graines. Les perturbations lies aux activits humaines comme la dforestation et lexploitation ont pour effet de diminuer la densit des reproducteurs, de modifier leur rpartition spatiale et dinfluer sur la structuration de la diversit. Elles entranent ainsi des changements quantitatifs et qualitatifs des flux de gnes lintrieur ou entre les populations. Ces modifications peuvent tre associes des changements de comportement des pollinisateurs ou des dissminateurs de graines. terme, la diminution des changes de gnes dans les populations perturbes peut provoquer une perte de la diversit gntique en compromettant la rgnration et la survie des espces.

Vue arienne de la fort tropicale humide gabonaise. Aerial view of the tropical forest in Gabon. Photo M.-H. Chevallier.

Les dbats internationaux sur


le dveloppement durable et la prservation de la diversit biologique ont conduit les gestionnaires et les scientifiques sintresser aux diffrents processus qui prennent part au maintien et lvolution des populations naturelles.

Les marqueurs microsatellites


Depuis quelques annes, lutilisation des techniques de la biologie molculaire comme la PCR (polymerase chain reaction) (figure 1) permet une bonne approche de la gntique des populations. Les microsatellites (1) sont des marqueurs molculaires de choix tant donn leur abondance dans le gnome, le polymorphisme lev quils rvlent, leur codominance permettant de distinguer les individus htrozygotes de ceux homozygotes un locus donn (figure 2) et leur neutralit vis--vis de la slection naturelle. Les marqueurs microsatellites sont des outils tout fait adquats pour tudier la structure gntique des populations, les flux de gnes ou la phylognie molculaire. Ils permettent didentifier les arbres dune mme population (figure 3), deffectuer des analyses de paternit et dvaluer des distances de pollinisation (figure 4). De plus, les amorces flanquantes locus spcifiques(2) sont facilement transfrables et utilisables dun laboratoire un autre.

La gestion raisonne des cosystmes forestiers constitue un champ de recherche ouvert des disciplines telles que la systmatique, lcologie ou la gntique. Pour mieux connatre les espces forestires, diffrentes approches permettent dapprhender la biologie et la dynamique des populations. Les principaux aspects tudis concernent : lvolution et la dynamique des peuplements qui caractrisent lcosystme ; les interactions entre les arbres et la biocnose ; la diversit gntique intraspcifique, son organisation spatiale et son volution.

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GENETIC RESOURCES

Le sapelli
Entandrophragma cylindricum (Sprague) Sprague (mliace), appel communment sapelli au Cameroun (aboudikro en Cte dIvoire), est un arbre hliophile qui, lge adulte, merge au niveau de la canope. Cette espce est distribue sur lensemble du bassin guinocongolais de la Cte dIvoire, au Cameroun et, lest, jusquen Ouganda. Elle occupe les forts denses humides sempervirentes et semi-dcidues. Le sapelli est moFigure 1. Technique damplification de lADN par PCR (polymerase chain reaction). noque, il est pollinis par les DNA amplification by PCR (polymerase chain reaction). insectes et ses graines ailes sont dissmines par le vent. Cette essence fut longtemps privilgie comme bois duvre pour lesthtique et la facilit du travail. Elle reprsente avec Entandrophragma utile Sprague prs de 15 % des importations de bois africains vers lEurope. Au Cameroun, o le diamtre dexploitabilit est fix 100 cm, le sapelli fournit Une banque dune centaine de clones bactriens contenant avec layous (Triplochiton scleroxylon K. Schumann) prs de des squences microsatellites a donc t obtenue et dix 50 % des grumes exploites (Karsenty, 1999). couples damorces microsatellites ont t construits selon le Outre son utilisation industrielle, le sapelli constitue pour protocole de Billotte et al. (1999). Ensuite, lutilisation de les communauts locales une source de produits divers (corce, sept amorces parmi les dix a permis dtudier, aprs des amlarves) usage alimentaire ou thrapeutique. plifications par PCR et des migrations par lectrophorse sur des gels dacrylamide (figure 2), lADN des feuilles des 186 arbres reproducteurs.

Dveloppement de la banque enrichie en microsatellites et utilisation des amorces

Parcelles dchantillonnage
Deux parcelles ont t chantillonnes au sud-est du Cameroun. Elles font partie dun massif forestier qui a donn lieu llaboration de plans damnagement en partenariat avec le ministre de lenvironnement et des forts du Cameroun (MINEF) dans la province de lest (FORAFRI, 1998). Sur les deux parcelles, tous les arbres de diamtre suprieur 20 cm ont t inventoris et cartographis (Dubois, 1998). La premire parcelle de 400 ha, exploite principalement pour le sapelli de 1958 1974, est situe dans la fort communale de Dimako (carte 1). La densit des sapellis de diamtre suprieur 20 cm est de 0,36 individu par hectare. La seconde parcelle se trouve 150 km au sud-est. Elle fait partie de lunit forestire damnagement (UFA) 10-038, proximit de la rivire Ndama (carte 1). La densit darbres de diamtre suprieur 20 cm sur ce site de 100 ha est de 1,46 individu par hectare. Cette parcelle na pas encore t exploite. Tous les arbres reproducteurs de diamtre suprieur 50 cm ont t gnotyps, soit 122 arbres Ndama et 63 Dimako, plus un arbre de 30 cm de diamtre ayant prsent des fructifications en 1998.

Carte 1. Localisation des parcelles chantillonnes dans le sud-est du Cameroun. Location of sample sites in south-eastern Cameroon.

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Diversit gntique au sein des deux parcelles darbres reproducteurs


Les amorces utilises ont rvl de nombreux allles, 8 pour le locus le moins polymorphe et 36 pour le plus variable, avec une moyenne de 22 par locus. Cela est suprieur ce qui a pu tre observ chez dautres espces forestires. Seuls 7 allles aux locus les moins polymorphes ont des frquences suprieures ou gales 0,2 et nous constatons une bonne correspondance des frquences entre les deux parcelles. Des allles rares dont la prsence est infrieure 1 % ont t rvls, 30 Ndama et 26 Dimako. Ainsi, 97 % des arbres Ndama et 99,5 % Dimako ont t identifis, soit 119 gnotypes diffrents dans la premire parcelle sur 122 possibles et 63 gnotypes dans la seconde sur 64 arbres. La diversit gntique des arbres adultes dans les deux parcelles ne marque pas de grandes diffrences. Elle est estime par le taux dhtrozygotie moyen(3) qui est gal 0,77. Ce taux est semblable celui dautres espces et il montre une variabilit gntique leve. Cependant, certains locus, les taux dhtrozygotie indiquent un dficit en htrozygotes et traduisent donc un cart la panmixie(4). Ce dficit peut avoir diverses origines. La premire est due la prsence dallles nuls. En effet, des mutations ponctuelles sur les sites dhybridation avec les amorces empcheraient lamplification des squences microsatellites. Ainsi, lors de la lecture du gel, nous pouvons surestimer le nombre dhomozygotes (Grivet, Noyer, 1999). La seconde raison est lie la biologie de lespce et son mode de reproduction. Daprs des observations en 1998 et 1999, il semble que dune anne sur lautre tous les arbres matures ne prennent pas part la reproduction ; ainsi, une participation ingale des adultes favoriserait certains gnotypes. De plus, lhomogamie positive peut tre envisage, cest--dire que les arbres fleurissant tt dans la saison sont prfrentiellement polliniss par dautres arbres prcoces et il en est de mme pour les individus plus tardifs. Lautofcondation pourrait accrotre ce dficit observ et ainsi la consanguinit. Mais ce mode de reproduction semble tout de mme exceptionnel pour de nombreuses espces des forts tropicales et nos rsultats vont dans ce sens. Les 7 locus ne traduisent pas tous un cart la panmixie, ce qui devrait tre le cas si lautofcondation tait forte. De plus, 99 % de la diversit gntique observe est due une variation intrapopulation. De telles constatations, frquentes chez de nombreuses espces prennes de milieu tempr ou tropical, sexpliquent par un fort taux dallogamie. La dissmination des graines joue galement un rle important dans le dficit en htrozygotes. En effet, une parent gntique plus forte a t constate dans les deux parcelles pour les arbres distants de 100 150 m les uns des autres. Ceci traduit une dissmination des graines dans un voisinage proche et les croisements parents-enfants, entre frres ou demi-frres seraient favoriss et constitueraient des groupes apparents. Cependant, lmission du pollen a souvent un rle antagoniste celui des graines (Doligez, Joly, 1997 ; Streiff et al., 1998). Sa dissmination alatoire, lie aux pollinisateurs, favorise les croisements entre des arbres non apparents et diminue, ainsi, les consquences de la consanguinit. Le pollen a donc pour effet daccrotre la diversit au sein de la parcelle considre.

Figure 2. Migration par lectrophorse sur gel dnaturant des ADN amplifis par PCR. Migration by electrophoresis on denaturing polyacrylamide gel of DNA amplified by PCR

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Perspectives Diversit de la rgnration


Cette tude devrait permettre de caractriser dmographiquement et gntiquement les diffrents stades de rgnration (graines, plantules, juvniles). Les chantillons seront prlevs autour de quelques pieds mres prfrentiellement choisis au centre des parcelles, afin de minimiser le flux de pollen provenant de lextrieur de celles-ci. Les arbres entre 20 et 50 cm de diamtre seront galement identifis gntiquement. Ainsi, nous pourrons : suivre lvolution de la diversit gntique en fonction des classes de diamtre et des effectifs ; procder une analyse de paternit (figure 4) qui nous renseignera sur le pourcentage de pres participant la reproduction et sur les distances de pollinisation ; vrifier limpact de lexploitation sur la diversit gntique de la rgnration Dimako. Les consquences directes sur les flux de gnes seront visibles partir des graines, les effets slectifs de la consanguinit, par exemple, seront valus sur les plantules. Lanalyse de la diversit gntique, la mesure des flux de gnes et leur suivi facilitent la comprhension de la biologie et de la dynamique de ces espces. plus long terme, ce type dtude peut devenir une aide ltablissement de rgles de gestion et au maintien in situ des populations forestires. Nous souhaitons dterminer le nombre darbres et leur rpartition spatiale ncessaire une bonne rgnration de lespce. De manire globale, nous voulons viter la fragmentation des populations et leur isolement gntique. partir des marqueurs microsatellites dvelopps, les rsultats obtenus au Cameroun pourront tre gnraliss dautres populations de sapellis sur lensemble de laire de rpartition de cette essence et sur dautres mliaces africaines comme le tiama (Entandrophragma angolense (Welw.) De Candolle) ou le kosipo (Entandrophragma candollei Harms). Ils pourraient ainsi vrifier dventuels cas dhybridations interspcifiques.

Figure 3. Identification des arbres adultes (gnotypage). Identification of adult trees (genotyping).

Figure 4. Recherche de paternit. Estimation du nombre de pres participant la reproduction et valuation des distances de pollinisation. Paternity analysis. Evaluation of the number of fathers involved in reproduction and evaluation of pollinisation distances.

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Rfrences bibliographiques
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(1)

Ces marqueurs sont composs de rptitions nuclotidiques en tandem. Leurs squences peuvent tre des motifs diffrents mono-, di-, tri- ou ttranuclotidiques [(A)n, (AG)n, (AGC)n, (AGCT)n]. Exemple de rptitions dinuclotidiques : gctaggcaGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAagttgctcga (brin dADN). Le nombre de rptitions gnralement variable dun individu un autre permet donc de les diffrencier. (2) Couples damorces nuclotidiques courtes (15 25 paires de bases) qui rendent faible la probabilit damplifier par PCR deux squences dans le gnome et sont donc spcifiques un lieu (locus) donn, ici un microsatellite. (3) Moyenne des frquences dhtrozygotes par locus. (4) Les valeurs observes sont infrieures aux valeurs thoriques qui correspondent une participation gale de tous les arbres la reproduction.

Un arbre reproducteur dans la parcelle de Dimako, au sud-est du Cameroun. A reproductive in the Dimako plot, south-east Cameroon. Photo G. Moynot.