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Les enzymes Allostériques

I. Considérations générales :

La régulation de l'activité enzymatique se fait à deux niveaux :


1) long terme : régulation de la quantité d’enzyme par synthèse ou dégradation (ou les deux)
2) court terme : modification des activités enzymatiques elles-mêmes.

Contrôle de l'activité d'une enzyme


Les mécanismes principaux se résument en deux catégories :
1) mécanisme impliquant un changement dans la structure covalente d’une enzyme.
2) mécanisme modifiant la conformation de l’enzyme par la liaison réversible de molécules
régulatrices.

L’activité des enzymes peut être contrôlée par de nombreux processus :


• L’activité des enzymes dépend de leur concentration et de leur localisation dans la cellule,
fonction de la synthèse et de la dégradation des enzymes, de leur trafic intracellulaire et/ou
de leur sécrétion.
• L’activité des enzymes dépend de leur environnement : concentration de substrat , cofacteurs
(ions, coenzymes), pH, température.
• L’activité des enzymes peut être contrôlée de manière réversible par modification covalente.
• L’activité des enzymes peut être contrôlée de manière irréversible par protéolyse ménagée.
• L’activité des enzymes peut être contrôlée par des agents modulateurs (inhibiteurs,
activateurs) agissant par divers mécanismes.

II. Les enzymes allostériques :

1. L’allostérie :
L’allostérie désigne une variation de conformation de protéines sous l’effet de la fixation
d’un substrat ou d’une molécule effectrice, d’où l’acquisition de propriétés particulières (changement
d’activité.) On décrit cela comme des effets coopératifs. Ceux ci sont concevables si et seulement si
la macromolécule est sous forme oligomérique.

2. Effet de coopérativité :
la coopérativité traduit le fait que la fixation sur l'enzyme d'une molécule d'un effecteur allostérique
influe sur la fixation des molécules suivantes. Dans le cas de coopérativité en présence du substrat, Si
l'effecteur allostérique est le substrat lui même on parle de modulation homotrope. Si l'effecteur est
différent du substrat on parle de modulation hétérotrope. Dans une coopérativité positive, une
molécule d'un effecteur entraîne l'augmentation de l'affinité pour les mêmes molécules et vice versa
pour une coopérativité négative.

3. Propriétés d’une molécule allostérique


• Il existe une structure quaternaire (en pratique, entre un dimère et un tétramère)
• La variation de conformation de la structure dépend du taux d’occupation des sites de liaison.
• Pour toutes les enzymes allostériques, la cinétique n’est pas michaélienne.
• Ces molécules jouent des rôles clef dans la régulation du métabolisme.

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4. Mécanisme
Dans certains systèmes multienzymatiques, l’enzyme régulateur est inhibé de façon spécifique par le
produit terminal de la voie métabolique, chaque fois qu’il se trouve en excès par rapport aux besoins.
Ce type de régulation est appelée rétrocontrôle (inhibition par «feed-back»).

Ces enzymes ne sont autres que des protéines allostériques présentant des
propriétés semblables à celles de l’hémoglobine.
Les enzymes allostériques font intervenir une liaison réversible, non covalente,
d’une molécule régulatrice appelée modulateur, ou effecteur, allostérique.
Le terme allostérique vient du grec allos, autre, et stereos, forme.
Les enzymes allostériques prennent une autre forme (une autre conformation) à
la suite de la liaison du modulateur. Ce sont des protéines complexes possédant
généralement plusieurs sous-unités. Il existe au moins un site de
fixation pour le substrat (site actif, catalytique) et au moins un site de fixation (spécifique)
pour un modulateur (site régulateur).
Dans certains cas, le site régulateur et le site actif sont sur des sous-unités
différentes.
Les modulateurs des enzymes allostériques peuvent être des inhibiteurs ou des
activateurs.

5. Cinétique des enzymes allostériques :

Les enzymes allostériques sont des enzymes de régulation des chaînes métaboliques. Elles sont
caractérisées par des comportements cinétiques différents de ceux des enzymes michaelliennes.
Contrairement à ces dernières (cinétique 'HYPERBOLIQUE'), les enzymes allostérique présentent
une cinétique 'SIGMOIDE'

Il existe sur la courbe sigmoïde de saturation une concentration en substrat pour laquelle la vitesse
est égale à la moitié de la vitesse maximale, il n’est pas correct de l’appeler Km, puisque l’enzyme
n’est pas michaelien. On utilisera les expressions (K 1/2) pour désigner cette concentration de
substrat donnant pour un enzyme allostérique une vitesse de réaction égale à la moitié de la vitesse
maximale.

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Une cinétique sigmoïde reflète en général des interactions coopératives entre
plusieurs sous unités
protéiques. En d’autres termes, des changements dans la structure d’une sous-
unité se traduisent par des changements dans la structure des autres sous-
unités, à la suite d’interactions non covalentes à l’interface entre les sous-
unités.

Les principes et les modèles sont semblables à ceux qui sont présentés à propos
de la liaison coopérative de l’oxygène à la protéine non enzymatique
hémoglobine, avec un état tendu (T)
et un état relaché (R). Le mécanisme précis des interactions allostériques n’a
pas été établi.

6. Modulations allostériques de types K et V :


Trois types d'enzymes allostériques peuvent être distingués selon les effets exercés sur elles par les
effecteurs homotropes et hétérotropes qui les concernent. Ainsi, on distingue:

• Les enzymes du système K où l'effecteur ne modifie que l'affinité apparente (K1/2) de


l'enzyme pour le substrat.
• Les enzymes du système V où l'effecteur ne modifie que la vitesse maximale (Vmax) de la
réaction.
• Les enzymes du système mixte où l'effecteur modifie les deux paramètres K 1/2 et Vmax.

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7. Effet de désensibilisation :
Le traitement d'une enzyme allostérique par des agents physiques (ex. Chauffage) ou chimiques
(urée, dérivés mercuriques) s'accompagne d'une perte de la sensibilité de l'enzyme aux effecteurs
allostériques (désensibilisation). Cependant, l'activité enzymatique persiste. Seul, le site allostérique
est détruit. Il en résulte une perte du phénomène de coopérativité et la cinétique devient hyperbolique
III. Utilisation des enzymes au Laboratoire

Les enzymes au laboratoire sont utilisés dans des domaines très différents :
1. À des fins de dosage :
• Dosage de substrats grâce à une ou des réactions qui mettent en œuvre des enzymes, on dose un
produit P (ou P’) après transformation totale de S. L'enzyme n'est qu'un réactif particulier.

• Dosage d’enzyme ; on détermine une concentration d’activité catalytique (catc), cela revient à
déterminer une vitesse initiale dans les conditions bien particulières de mesure de Vmax.
2. À des fins de production industrielle.

1. Expressions de l'activité enzymatique :

katal (kat), unité officielle : quantité d'enzyme qui catalyse la transformation de 1 mole de substrat
par seconde. Le katal n'est jamais utilisé, car beaucoup trop grand. On doit utiliser des sous-unités
comme les µkat (10-6 katal), nkat (10-9 katal) ou pkat (10-12 katal).

L'unité internationale (IU, International Unit), utilisée par la plupart des biochimistes.
Elle correspond à la quantité d'enzyme qui catalyse la transformation de 1 µmole de substrat par
minute. 60 IU valent donc 1 µkat.

L'activité molaire est le nombre de moles de substrat transformé par mole d'enzyme par minute
(kcat x 60).

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L’activité spécifique, soit l'activité par mg de protéine purifiée. Normalement, elle est donnée en
IU/mg protéine (ou µkat/mg).
Si on calcule l'activité spécifique sur un extrait non-purifié (soit un mélange de protéines), elle
indique la pureté d'une enzyme.

2. Préparation et purification des enzymes :

Au cours d'une purification d'enzyme, on mesure régulièrement:


l'activité totale (IU ou µkat), la quantité totale de protéines (mg) et le volume total de solution (ml).
De ces trois valeurs, on peut calculer:

L'activité spécifique (Activité totale / quantité totale de protéine, IU/mg)

Le rendement : Activité enzymatique à une étape donnée / Activité enzymatique à l’étape initiale

Le taux de purification : Activité spécifique à une étape donnée / Activité spécifique à l’étape de
purification.

L'activité spécifique et le taux de purification atteigne une valeur maximale lorsque l'enzyme est
pure.

Coenzymes et Vitamines

Les enzymes sont des protéines, certaines enzymes sont très simples car
constituées d’une seule chaîne polypeptidiques, ce sont les holoprotéines,
comme le lysozyme, mais la plupart des enzymes sont des hétéroprotéines :
pour exercer leurs fonctions catalytiques ces protéines ont besoin d’un
cofacteur, ce cofacteur va être un ion métallique ou un coenzyme.

I. Coenzymes

Quand une enzyme fonctionne avec un coenzyme, on a un complexe, dans ce


complexe on va définir l’enzyme proprement dite que l’on appelle apoenzyme,

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à cette apoenzyme se fixe un coenzyme pour former un complexe actif : un
holoenzyme.
Un coenzyme n’est jamais de nature protéique. Souvent, ce sont des
molécules organiques
de petite taille par rapport à l’enzyme. Très souvent, ce sont des composés
thermostables,
contrairement aux enzymes qui sont thermolabiles. Enfin, les coenzymes ne
sont jamais
responsables de la spécificité enzymatique.

On peut dégager 3 grandes familles :

I.1. Groupements prosthétiques


On parle de groupement prosthétique quand le coenzyme est lié à l’enzyme de façon covalente.
Exp : Coenzymes flavinique FAD/FMN

I.2. Coenzymes vrais


Dans ce cas, une très petite molécule va assister les chaînes latérales de l’enzyme lors de la catalyse
(par exemple, le phosphate de pyridoxal), en revanche la liaison à l’enzyme est faible.

I.3. Cosubstrats
Un cosubstrat est faiblement lié à l’apoenzyme, le cosubstrat va pleinement participer à la catalyse
enzymatique. Exp : Coenzymes pyridiniques NAD/NADP.

II. Relations vitamines-coenzymes


Les vitamines sont des substances organiques, certains organismes sont incapables d’en assurer
la synthèse, elles doivent donc être apportées par l’alimentation. On les classe en se basant sur leur
solubilité : on va différencier les hydrosolubles des liposolubles.
Le plus souvent, ce sont les vitamines hydrosolubles qui sont à l’origine des coenzymes, toutefois
certains coenzymes n’ont pas de caractère vitaminique, par exemple l’acide lipoïque, le coenzyme Q,
les cytochromes…

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