Mtodos computacionales para la prediccin de la actividad biolgica de molculas pequeas: Molecular Docking

Farm. Juan J. Casal jjcasal@ffyb.uba.ar

Introduccin
Una droga es una sustancia diseada para regular la actividad de receptores biolgicos llamados blancos o dianas. El proceso del descubrimiento de drogas requiere un extenso estudio para determinar los problemas biolgicos y bioqumicos que pueden generar la enfermedad.

El docking molecular (MD por sus siglas en ingls) apunta a predecir si una molcula se une a otra. Si la geometra del par de molculas es complementaria e involucra interacciones bioqumicas favorables, esas molculas podrn unirse potencialmente in vitro o in vivo.

Interacciones DrogaReceptor
DROGA (D) RECEPTOR (E)

COMPLEJO DROGA-RECEPTOR

Si consideramos la unin no covalente entre el receptor (tpicamente una enzima, E) y una droga (D). La ecuacin que caracteriza esa unin es:

E+D

ED

Definimos una constante de unin (kb) como:

[ ED] kb = [ E ][ D]

La energa libre de unin (Gb) se puede calcular con la relacin:

DGb = -RT ln kb
Donde R es la constante de los gases ideales (8.31 J K-1 mol-1) y T es la temperatura absoluta en K

Cuando el valor de la energa libre de unin se hace menor, aumenta la fuerza de la unin D-E. Gb > 0 proceso no espontneo, kb pequea Gb < 0 proceso espontneo, kb grande

DISEO TRADICIONAL

Generacin de lderes: Ligando natural / Screening

Pruebas Biolgicas

Ciclo del Diseo de Drogas

Si es prometedor

Sntesis de nuevos compuestos Estudios pre-clnicos

Diseo basado en la estructura (SBDD)

Ligando natural/ Screening

Biologa Molecular & Qumica proteica

Determinacin de la estructura 3D del blanco y del Complejo blanco-ligando

Modelado Ciclo del diseo de drogas Anlisis estructural y diseo del compuesto Sntesis de nuevos compuestos
Estudios pre-clnicos

Ensayos biolgicos
Si es prometedor

 SBDD: Blanco de las drogas (usualmente protenas) Unin de los ligandos a su blanco (docking) Diseo racional (beneficios = se ahorra tiempo y $$)

Diseo de drogas basado en la estructura

Molecular Docking
El MD se ha vuelto una tcnica vital en el diseo de drogas modernas. Ms y ms estructuras de receptores son subidas al Protein Data Bank (PDB), lo cual las hace disponible como blanco para el docking. El empleo de modernos sistemas computacionales potenci el screening con bases de datos de millones de compuestos.

Desde el desarrollo en los 80s del primer algoritmo por Kuntz et al., se han creado una variedad de aproximaciones y herramientas para resolver el problema del docking. Debido al uso de diferentes herramientas para diferentes blancos y la diversidad de criterios en los estudios, es difcil comparar las herramientas para docking. Cmo podemos elegir el programa que ser de utilidad para los blancos de inters? (Leach et al.)

Todas las aproximaciones al docking comparten el problema del orden correcto de soluciones (scoring step). La mayora de los estudios muestra que las herramientas fallan en colocar la conformacin nativa al principio de la lista de resultados y que no hay correlacin entre las energas de unin medidas y predichas.

Por lo tanto el scoring step es considerado el paso ms importante en la generacin de resultados del docking.
A pesar de estos problemas el docking puede servir como una herramienta rpida de screening virtual (virtual screening, VS).

Introduccin a AutoDock

AutoDock es una suite de herramientas para docking automtico. Est diseado para predecir cmo las molculas pequeas, tales como sustratos o drogas, se unen a un receptor de estructura conocida. Las distribuciones actuales de AutoDock consisten en dos generaciones de software: AutoDock 4 y AutoDock Vina.

Autodock 4 actualmente consiste en dos programas principales: autodock realiza el docking del ligando a una serie de mallas (grids) que describen la protena blanco; autogrid precalcula esta malla. AutoDock Vina no requiere elegir los tipos de tomos y precalcular el mapa de la malla (grid maps). En su lugar, calcula las mallas internamente, para los tipos de tomos que lo necesitan, y lo hace rpidamente. Adems se ha desarrollado una interfaz grfica llamada AutoDockTools (ADT), que, entre otras cosas, sirve para elegir los enlaces rotables en el ligando y para analizar resultados.

AutoDock tiene aplicaciones en: Cristalografa de rayos-X Diseo basada en la estructura molecular Optimizacin lder Screening virtual Diseo de libreras combinatorias Docking protena-protena Estudios de mecanismos bioqumicos

AutoDock 4 est disponible gratuitamente bajo la licencia GNU General Public Licence (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html) AutoDock Vina est disponible bajo la licencia Apache 2.0 (http://www.apache.org/licenses/LICENSE2.0.html) disponible para uso y redistribucin comercial y no-comercial.

Por qu AutoDock?

Teora
En el espectro de las aproximaciones al modelado ligando-receptor: 1.Dinmica molecular con solvente explcito 2.Dinmica molecular y mecnica molecular con solvente explcito 3.Docking molecular Puede verse un incremento en el inters por el tiempo que lleva hacer esas simulaciones empleando computadoras.

Dentro de lo que se asume mediante estas aproximaciones es el compromiso de una determinada distribucin de la carga y protonacin de las molculas que no cambia, por ejemplo, entre su forma libre y unida. Adicionalmente, se asume que el receptor es rgido, y los ngulos y enlaces covalentes son constantes. Mientras que se considera que un pequeo grupo de enlaces es rotable (rotatable bonds). Aunque la dinmica molecular involucra energas (force fields), el docking est interesado en reproducir potenciales qumicos, que determinan la conformacin de unin preferida y la energa libre de unin (Gb).

Ejemplos de docking

Estudio del complejo naproxeno : COX-2

Naproxeno

COX-2 (PDB: 3NT1)

Superposicin de la estructura calculada (violeta) con respecto a la estructura cristalina en el sitio de accin de la COX-2 (blanca)

Complejo Flurbiprofeno : COX-1

Flurbiprofeno

COX-1 (PDB: 3N8W)

Superposicin de la estructura calculada (violeta) con respecto a la estructura cristalina en el sitio de accin de la COX-1 (blanca)

Conclusiones Generales
Existe una necesidad cada vez mayor de ahorrar tiempo y dinero en investigacin de nuevos compuestos. El docking molecular puede ser aplicado en: 1. Identificacin de los compuestos activos 2. Optimizacin de ligandos lderes A pesar de sus grandes ventajas, el docking no es el Santo Grial de la qumica medicinal. Se pueden obtener resultados que contradicen los datos experimentales.