ASAM NUKLEAT

Dr. F. Y. Widodo, M. Kes.

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS WIJAYA KUSUMA SURABAYA

Fungsi:
Informasi genetik, misal informasi tentang deferensiasi Asam nukleat terdiri dari polimer nukleotida Nukleotida terdiri dari: basa N + ribosa / deoksiribosa + fosfat Rumus umum: P P
DEOKSIRIBOSA BASA N

DNA RNA

RIBOSA

BASA N

DEOXYRIBO NUCLEID ACID (DNA)

Terdiri dari 2 utas polinukleotida membentuk Helix. (double stranded) yang terpilin

Basa N dalam utas 1 akan berpasangan secara spesifik dengan basa N dalam utas 2 (komplementer) membentuk struktur double helix yang stabil. Informasi genetik dalam DNA tergantung : Urutan tertentu dari basa N Panjang molekul informasi jumlah informasi. Basa N yang menyusun DNA : Mengandung cincin pirimidin : Sitosin (C) dan Timin (T) Mengandung cincin purin : Adenin (A) dan Guanin (G) Urutan nukleotida menentukan urutan asam amino dari protein yang akan disintesis dapat menentukan ciri-ciri suatu organisme A T dan G C : dengan ikatan hidrogen.

DEOXYRIBO NUCLEID ACID (DNA)

DEOXYRIBO NUCLEID ACID (DNA)

Nukleotida-nukleotida terikat dengan ikatan diester fosfat Kerangka deoksiribosa P terletak di luar, pasangan-pasangan basa N terletak di bagian dalam double helix. Ikatan diester fosfat menghubung-kan atom C5 suatu nukleotida dengan atom C3 nukleotida lain. Berarti pada satu utas kerangka terdapat ujung C5 dan C3.

TATA NAMA
BASA - N RIBONUKLEOSIDA NUKLEOTIDA

James Watson

ADENIN
GUANIN SITOSIN

ADENOSIN
GUANOSIN SITIDIN

ADENOSIN 5 P
GUANOSIN 5 P SITIDIN 5 P

TIMIN

TIMIDIN

TIMIDIN 5 P

Nukleotida : nukleosida + fosfat Bila karbohidrat yang terdapat pada nukleosida / nukleotida adalah Deoksiribosa Deoksi (d), misal deoksi-Adenosin (dA)

CIRI-CIRI DOUBLE HELIX

Bagian luar DNA bersifat polar, karena semua gugus P berada di luar (fosfo diester adalah asam kuat). Bagian dalam DNA bersifat non polar, karena mengandung basa N yang bersifat non polar. Celah antara dua kerangka gula fosfat tidak sama lebar supaya molekul luar dapat mengintip basa-basa N yang terdapat dalam double helix pemindahan informasi dari DNA. Suhu meningkat denaturasi double helix Melting point : suhu dimana setengah dari jumlah DNA telah lengkap terpisah. bila suhu turun di bawah melting point, maka double helix akan terbentuk kembali : Annealing.

FUNGSI INFORMASI GENETIKA

1. Replikasi : - pembelahan sel sel anak = induk. Jadi, DNA anak = DNA induk

2.

Transkripsi : - sintesis RNA yang berperan pada penerusan arus informasi (mRNA) - sebagian RNA membentuk struktur dari komponenkomponen yang terlibat pada proses sintesis protein (Ribosoma RNA) : rRNA.
Translasi : - urutan nukleotida pada mRNA menjadi urutan asam amino - t-RNA akan memindahkan asam amino bebas ke tempat penyusunan protein (membawa asam amino dari sitoplasma masuk ke dalam ribosom) atas instruksi m-RNA.

3.

FUNGSI INFORMASI GENETIKA

KLASIFIKASI DNA
1. Fraksi non-repetitif Urutan nukleotida-nukleotida tertentu yang diulangi hanya beberapa kali. Sebagian besar instruksi sintesis protein. Fraksi Repetitif Moderat Pengulangan urutan > No. 1 Termasuk DNA Spacer yang terletak di antara fraksi non repetitif. Berperan pada pengendalian terhadap transaksi instruksiinstruksi tertentu. Termasuk pula disini bagian DNA yang ditranskripsikan menjadi rRNA dan t-RNA. Fraksi sangat Repetitif Segmen yang sangat pendek, meliputi 10c turunan (copies) Sentrifugasi terdapat segmen DNA yang bj-nya berbeda, sehingga letaknya jauh terpisah dari fraksi yang lain : DNA Satelit. Terkait dengan nukleolus peran struktural.

2.

3.

REPLIKASI DNA
Pembentukan DNA baru yang sama dengan DNA induk terjadi saat pembelahan sel Replikasi sebagian pada saat sel tidak membelah mengadakan perbaikan-perbaikan pada kerusakan DNA. Masing-masing utas DNA dipakai sebagai template untuk menyusun utas DNA baru Prekursor adalah deoksiribonukleosida 3 P Penggabungan 1 mol. Nukleotida akan menghasilkan 1 mol. pirofosfat inorganik. Enzim : DNA polimerase meregangkan ikatan antar basa-basa pembacaan template. Terjadi besamaan pada kedua utas DNA komplemen anti paralel baru (utas baru) Kemudian utas lama d utas baru menjadi template DNA baru Kedua utas DNA lama dengan adanya DNA polimerase membentuk komplemen anti paralel baru. Replikasi berjalan mengarah ke ujung 5 utas induk DNA

TAHAP-TAHAP REPLIKASI
Tiap menit DNA polimerase membentuk DNA baru 1 mikrometer, replikasi lengkap 1 molekul DNA perlu 55 hari (in vitro) Kenyataan (in vivo) hanya perlu 4-8 jam karena tiap molekul DNA memiliki banyak titik awal (replikan) Replikasi terjadi secara simultan dari banyak titik awal Replication Bubble. Utas ganda yang mengalami replikasi agar tidak terpilin dipegang oleh Unwinding Protein sehingga melting point rendah disosiasi double strand. Selain itu, satu ikatan fosfodiester dihidrolisis oleh Enzyme Helicase makin lepas / longgar (untuk memperbaiki DNA yang terputus DNA Ligase). Replikasi terjadi pada masing-masing utas dengan arah berlawanan (Bidirectional) komplemen anti paralel. Sebelum replikasi berlanjut, harus dibentuk RNA primer dulu (10-12 nukleotida) replikasi berlanjut (RNA polimerase) 120 nukleotida DNA. DNA baru (120 nukleotida) + RNA primer = Fragmen Okazaki. RNA primer dilepaskan oleh enzim spesifik, tempat yang kosong diisi oleh DNA yang komplementer. Ujung 3 dan 5 yang berdekatan dihubungkan oleh DNA ligase DNA baru yg identik dg DNA asal

TAHAP-TAHAP REPLIKASI

TAHAP-TAHAP REPLIKASI

PROTEIN-PROTEIN YANG BERPERAN PADA PROSES REPLIKASI

PROTEIN
DNA polimerase Helicase Tropoisomerase RNA primase Single-strand binding proteins DNA ligase

FUNGSI
Polimerisasi deoksinukleotida Proses unwinding DNA Melepaskan torsional strain (belitan) akibat proses unwinding Inisiasi sintesis primer RNA Melindungi reannealing dsDNA yang terlalu dini (premature reannealing of dsDNA) Melekatkan utas single strand satu dg yang lain, dan juga pada fragmen-fragmen Okazaki

LANGKAH-LANGKAH REPLIKASI
1. 2. 3. 4. 5. Identification of the origins of replication Unwinding (denaturation) of dsDNA to provide an ssDNA template Formation of the replication fork Initiation of DNA synthesis and elongation Formation of replication bubbles with ligation of the newly synthesized DNA segment 6. Reconstitution of chromatin structure MACAM-MACAM DNA POLIMERASE
JENIS LOKASI INTI SEL INTI SEL PERANAN UTAMA REPLIKASI DNA INTI REPLIKASI DNA INTI

MITOKONDRIA

REPLIKASI DNA MITOKONDRIA

REPLIKASI.MOV KNOTTY.MOV

KROMOSOM
Rantai polinukleotida DNA dalam inti sel berkondensasi dengan protein berkas Khromosom. Sel somatik terdiri dari 46 khromosom (diploid) Khromosom terdiri dari serat-serat yang tersusun dalam berkas-berkas (bundle). Serat-serat tersebut = khromatin. Khromosom terikat dengan protein (histon) nukleoprotein. Histon berperan pada proses replikasi dan transkripsi. Serat-serat khromatin terdiri dari unit-unit. Masing-masing unit terdiri dari 200 bp DNA yang melingkari 8 molekul histon nukleosoma.

KROMOSOM

PERUBAHAN - PERUBAHAN PADA DNA

Sel membelah diri - DNA polimerase naik 10x. -DNA polimerase membentuk DNA baru tanpa RNA primer. Kerusakan DNA perubahan susunan nukleotida (mutasi). Penyebab kesalahan : 1. Kecelakaan waktu replikasi Terjadi saat polimerasi DNA baru, ada nukleotida yang hilang atau disisipkan kesalahan penyusunan basa-basa komplemen. Transisi : nukleotida sejenis, misal : seharusnya adenin (purin) diganti guanin(purin). Transversi : nukleotida tidak sejenis, misal : adenin (purin) diganti sitosin (pirimidin). 2. Modifikasi kimiawi Misal : deaminasi hidrolitik adenin menjadi hipoxantin pasangan jadi guanin (bukan timin) 3. Radiasi - Terutama pada pirimidin (T dan C), khususnya T aktivasi pada ikatan etilen dari cincin pirimidin. - Bila terjadi pada cincin pirimidin lain ikatan antar cincin (dimer). Molekul air dapat terikat pada ikatan etilen bila tidak terbentuk dimer. Radiasi kuat (x, , dan lain-lain) rantai putus dan cincin terbuka.

PERUBAHAN - PERUBAHAN PADA DNA

Types of damage to DNA

1. Single-base alteration A. Depurination B. Deamination of cytosine to uracil C. Deamination of adenine to hypoxanthine D. Alkylation of base E. Insertion or deletion of nucleotide F. Base-analog incorporation Two-base alteration A. UV light-induced thymine (pyrimidine) dimer B. Bifungtional alkylating agent cross-linkage Chain breaks A. Ionizing radiation B. Radioactive disintegration of backbone element C. Oxidative free radical formation Cross-linkage A. Between bases in same or opposite strands B. Between DNA and protein molecules (eq. histone)

2.

3.

4.

Mechanism of DNA repair Mechanism Mismatch repair Problem Copying errors (single base or two to fivebase unpaired loop Spontaneous, chemical or radiation damage to a single base Spontaneous, chemical or radiation damage to as DNA segment Ionizing radiation, chemotherapy, oxydative free radicals Solution Methyl-directed strand cutting, exonuclease digestion & replacement Base removal by N-glycosylase, abasic sugar removal, replacement Removal of an approximately 30 nucleotide oligomer and replacement Synapsis, unwinding, aligment, ligation

Base excision repair

Nucleotide excision

Double-strand break repair

MISMATCH REPAIR Daerah yang rusak dikenali oleh endonuklease yang melakukan pemotongan satu sisi. Utas tersebut dicerna oleh Eksonuklease. Kerusakan di perbaiki oleh Polimerase Religasi oleh Ligase.

BASE EXCISION-REPAIR Suhu tinggi depurinisasi DNA. Sitosin, adenin & guanin berubah menjadi urasil, xanthin atau hipoxanthin N-glikosilase mengenal basa yang salah dipotong oleh endonuklease Kerusakan Kerusakan di perbaiki oleh Polimerase Religasi oleh Ligase
NUCLEOTIDE EXCISION-REPAIR Mereparasi kerusakan > 30 base akibat sinar UV, rokok, radiasi, kemoterapi kanker & bahan kimia lain. Area yang rusak dikenali dipotong di dua tempat oleh Exinuclease dibuang Kerusakan di perbaiki oleh Polimerase Religasi oleh Ligase DOUBLE-STRAND BREAK REPAIR Mereparasi kerusakan akibat radiasi, radikal bebas, kemoterapi. Melibatkan protein Ku dan DNA-PK (DNA protein kinase)

MISMATCH REPAIR
CH3 3 5 CH3 5 3

CH3 3 5 CH3 3 5 CH3 3 5 CH3 3 5

CH3

Single-site strand cut by GATC 5 endonuclease 3

CH3 5 3 CH3 5 3 CH3 5 3

Defect removed By exonuclease

Defect repaired By polymerase

Religated by ligase

Base Excision-Repair
3
ATCGGCTCATCCGAT

5
ATCGGCTUATCCGAT

II I I I I I I I I I I III
TAGCCGAGTAGGCTA 5 3

Heat

I I I I I II I I I I I II I
TAGCCGAGTAGGCTA Uracil DNA glikosilase

ATCGGC

TCCGAT

ATCGGCT #ATCCGAT

I I I I I I

I I I I II

Nuclease

I I I I I I I I I I I I III
TAGCCGAGTAGGCTA

TAGCCGAGT AGGCTA

DNA polimerase + DNA ligase

ATCGGCTCATCCGAT

I II I I I I I I I I I I II
TAGCCGAGTAGGCTA

Nucleotide Excision-Repair
3 5 XXXX 5 3

Recognition & Unwinding

3 5 XXXX 5 3

Oligonucleotide excision by cutting at two site

3 5 5 3

XXXX

Degradation of mutated DNA Resynthesis and religation

3 5 5 3

DOUBLE-STRAND BREAK REPAIR

KERUSAKAN PROSES REPARASI

Xeroderma Pigmentosum Proses perbaikan dengan eksisi nukleotida memperlihatkan aktivitas yang rendah. Ataksia Teleangiektasia Peningkatan kerusakan karena kepekaan terhadap sinar-X tinggi. Kerusakan (?) Anemia Fanconi Gangguan dalam perbaikan kerusakan pada pembentukan ikatan silang.

SIKLUS HIDUP SEL

Fase mitosis (M) GAP (G1) fase sintesis DNA (S) G2 M G1 S G2 ..G0

Mitotic Phase

Siklus aktif pada : GIT, sistem Hematopoitik, infeksi Siklus kurang aktif pada : ginjal, hati. G0 dan G1 : - transkripsi RNA sintesis protein - setelah kebutuhan protein dipenuhi replikasi DNA (fase S) + sintesis histon khromatin Tetraploid Khromatid. G2 : Sintesis RNA dan protein

SIKLUS HIDUP SEL

M: - pemisahan satu sel induk 2 sel anak - pembelahan khromosom - dapat terjadi crossover

crossover pada sel somatik tetap identik hasilnya. sex khromosom (germ-cell) : tetraploid khromatid yang terbentuk pada fase S dibagi rata 4 sel anak haploid replikasi tanpa pembelahan miosis.
X X X Y Y X X X Y Y Y Y X X Y Y X X Y Y

Branch migration Crossing Over

Siklus hidup sel dapat dihambat oleh antibiotik dan khemoterapetik.

RIBONUCLEIC ACID (RNA)

Meneruskan informasi dari DNA sintetis protein. Selalu berubah atau dirusak Basa : adenin, guanin, sitosin, urasil A><U, G><C Sifat-sifat DNA, perbedaan:
DNA KARBOHIDRAT BASA UTAS BASA KOMPLEMEN 2`-DEOKSIRIBOSA A,G,C,T DOUBLE HELIX RNA RIBOSA A,G,C,U UNTAI TUNGGAL, TAPI ADA YANG BERSIFAT DOUBLE HELIX (MELIPAT) JUMLAH TIDAK PERLU SAMA

JUMLAH HARUS SAMA TIDAK DAPAT DIHIDROLISIS OLEH ALKALI

STABILITAS

DAPAT DIHIDROLISIS OLEH ALKALI 2`,5`-DIESTER

Jenis : mRNA, tRNA, rRNA, (snRNA)

TRANSKRIPSI DNA MENJADI RNA

Rantai polinukleotida RNA dibangun dengan cara setiap kali terjadi penambahan satu molekul nukleotida. OH atom C3 (ribosa) mengikat gugusan fosfat pada atom C5 (ribosa) dari nukleotida yang baru : polimerisasi setiap kali + 1 molekul nukleotida melepas 1 . Pemanjangan rantai RNA 5`3`. DNA ditranskripsikan 3`5`.

Lilitan double helix DNA harus dibuka template dapat terlihat RNA polimerase melakukan transkripsi. Hanya 6 basa yang terlihat, hanya satu utas DNA yang bertindak sebagai template (utas sense), yang lain tidak sebagai template (anti sense). RNA polimerase : Tipe I/A : dalam nukleolus rRNA Tipe II/B : dalam nukleoplasma mRNA Tipe III/C : dalam nukleoplasma tRNA

TRANSKRIPSI DNA MENJADI RNA

Apabila ada bagian DNA yang akan ditranskripsi oleh RNA bagian ini dibagi dalam unit-unit (operon). Operon yang mengarah ke ujung-ujung 3` akan ditempeli oleh RNA polimerase (promotor) Terdapat tempat-tempat tertentu dalam DNA yang memiliki signal untuk dimulainya atau diakhirinya proses transkripsi RNA initiatur dan terminatur. Urutan nukleotida pada bagian awal operon merupakan susunan yang simetris, yang tidak terdapat pada bagian lain PALLINDROM. Palindrom membentuk tonjolan spesifik sehingga dikenal oleh RNA polimerase. RNA polimerase bakteri terdiri dari 4 subunit (22) + faktor (sigma). Yang emngikat RNA polimerase dengan bagian promotor DNA. Proses transkripsi berhenti karena adanya urutan nukleotida yang spesifik dari sense DNA, dimana signal ini dikenal oleh protein terminator yang disebut faktor (rhu). Setelah terminasi RNA polimerase akan dilepaskan dari utas sense DNA. Suatu gen pada utas sense DNA dapat ditranskripsikan oleh lebih dari satu molekul RNA polimerase.

TRANSKRIPSI DNA MENJADI RNA

Transkripsi

PROCESSING RNA Terjadi dalam inti sel atau sampai dengan perjalanan ke sitoplasma. Processing : 1. Pemutusan rantai (nukleotik) 2. Penyambungan rantai (ligasi) 3. Penambahan nukleotida-nukleotida 4. Modifikasi nukleosida

PROCESSING RNA
RNA hasil transkripsi mengadakan pemutusan rantai. bagian yang tidak dikehendaki akan dibuang (intron) sisanya (exon) membentuk RNA mature Contoh : heterogenous RNA (hn RNA) mRNA Fungsi intron : 1. Spacer (pengisi kekosongan) 2. Faktor pengendali 3. Gen struktural

Exon vs Intron

mRNA
Prekursor : hn RNA modifikasi sebagai berikut : 1. DNA transkripsi untuk membentuk RNA 2. Penambahan gugus adenosin fosfat pada ujung 3` prekursor BB + ekor poli AAAAA rentan terhadap hidrolisis tanpa ekor poli AAAAAA tahan terhadap hidrolisis. Tujuan +/- poli A : proses pengendalian

mRNA
3. 4. 5. Nukleotida-nukleotida ekstra di ujung 5` dihidrolisis. Ujung 5` diberi topi oleh guanosin fosfat melalui jembatan anhidrida jembatan trifosfat antara ujung 5` RNA dan guanosin (G5``-ppp.) Modifikasi kovalen (metilasi) segmen terminal dari unit-unit basa dan ribosa. Pemberian tutup / topi di bagian awal akan diubah menjadi m7Gppp-m6am Struktur awal ini penting untuk pengenalan mRNA oleh ribosoma. Saat menuju sitoplasma, mRNA melepas sebagian ekor poli A.

6.

TRANSFER RNA (tRNA)

Adaptor proses translasi mRNA asam-asam amino protein Processing tRNA : - pemutusan rantai nukleotida (nukleolitik) oleh ribonuklease P. yang diputus adalah bagian intervening sequences dibuang. - alkilasi bentuk fungsional (melipat double stranded pada beberapa bagian). - pengikatan rantai nukleotida (C-C-A) pada ujung-ujung 3` mengikat asam amino spesifik.

tRNA

rRNA Ribosom : - tempat sintesis protein - molekul-molekul protein dan molekul-molekulRNA tersusun secara khusus. - 30nm, koefisien sedimentasi 805 yang merupakan gabungan 2 subunit 605 dan 405. INHIBITOR SINTESIS DNA DAN RNA Antibiotika, anti cancer, analog nukleotida Mekanisme/efek: bermacam-macam.

KODE GENETIKA
Gen (DNA) transkripsi mRNA ke sitoplasma ribosom / polisom asam amino disusun oleh tRNA. Dalam ribosom mRNA mengikat tRNA (kodon-anti kodon) menyusun asam amino. Ikatan kodon-antikodon terdiri dari urutan 3 nukleotida (triplet). Jenis nukleotida : 4 (A,G,C,T/U). Jumlah variasi triplet 43 = 64. (AUU,CCA, dan lain-lain). Jumlah asam amino: 20 macam (UUC PHE). Jadi satu jenis asam amino dapat dikenal oleh lebih dari 1 macam tRNA. Dari 64 variasi triplet, ada yang tidak memberikan kode kodon nonsens sebagian sebagai signal untuk menghentikan proses polimerisasi (stop kodon) 2/3 triplet, 61 sisanya kodon sense. Daya memilih / mengenal dari kodon / anti kodon dapat menurun wobble.

FUNGSI tRNA
Asam nukleat tidak memiliki afinitas untuk bergabung dengan asam amino perlu protein pembantu yang spesifik : aminoasil-tRNA sintetase. Pengenalan / pengikatan tRNA terhadap asam amino berlangsung 2 tahap : 1. Pembentukan kompleks enz-amp-asam amino (intermediate aktif) 2. Pembentukan kompleks tRNA-asam amino.

KODE GENETIKA

NUKLEASE
Memecah asam nukleat Klasifikasi berdasarkan substrat : 1. Deoksiribonuklease : memecah DNA 2. Ribonuklease : memecah RNA Kedua enzim memecah ikatan fosfodiester di tengah, menghasilkan ujung 3` hidroksil dan 5` fosforil, atau 3` fosforil dan 5` hidroksil. Klasifikasi berdasarkan tempat ikatan fosfodiester yang dipecah : 1. Endonuklease : memecah ikatan fosfodiester di tengah 2. Eksonuklease : memecah ikatan fosfodiester di bagian tepi polinukleotida. Ada enzim yang dapat menghidrolisis 2 utas sekaligus pada double stranded, tetapi ada yang hanya bisa menghidrolisis satu utas saja. Endonuklease restriksi - dapat mengenali rangkaian yang spesifik dalam DNA. - riset DNA rekombinan. Eksonuklease hanya bisa bekerja / menghidrolisis nukleotida yang berada di terminal molekul dan bekerja searah (3`5` atau 5`3`) AA diikat oleh tRNA di ujung rantai C-C-A. Lengkung TjC berperan pada pengikatan asam amino tRNA dengan ribosom. Lengkung D berperan pada pengenalan enzim. Lengkung antikodon terdiri dari 7 nukleotida, dibaca dari 3`5`. Kodon dibaca dari 5`3`. Pasangan basa dapat berubah (wobble) pada nukleotida ke III. Kesimpulan : nukleotida ke III tidak penting.

MUTASI

mutasi
Mutasi : perubahan urutan nukleotida dari suatu gen. Gen mutasi transkripsi mRNA berubah urutannya pada daerah yang sesuai dengan mutasi. POINT MUTATION
Transisi : purin purin, pirimidin pirimidin. Transversi : purin pirimidin, pirimidin purin Akibat point mutation : 1. Tidak berpengaruh : apabila yang mengalami mutasi adalah nukleotida ke III (wobble) 2. Missense (salah makna) Asam amino yang berbeda ditempatkan pada urutan polipeptida. 3. Kodon non sense terminasi prematur Apabila terjadi missense, maka asam amino tersebut : 1. Acceptable (diterima) fungsi normal Missense 2. Partially acceptable fungsi kurang normal Nonsense 3. Unaceptable fungsi tidak normal

mutasi
Acceptable missense Hb A, rantai Hb hikari, rantai Partially acceptable missense Unaceptable missense Hb A, rantai Hb S, rantai Hb A, rantai Hb M (boston, ) 61 lisin asparagin 6 glutamat Valin 58 histidin Tirosin AAA atau AAG AAU atau AAC GAA atau GAG GUA atau GUG CAU atau CAC UAU atau UAC

FRAME SHIFT MUTATION

Penghapusan / penyisipan nukleotida dalam DNA mRNA akan berubah. Contoh : B-thalasemia : terbentuk kodon non sense pada posisi 17 rantai Hb wayne : nukleotida ke 138 lepas pada sintesis rantai Hb icaria dan Hb constant spring : perubahan pada kodon terminal / non sense Normal
mRNA (-1) mRNA UAG UUUG AUG GCC UCU UGC AAA GGC UAU AGU AGU UAG MET -ALA-SER-CYS-LYS -GLY-TYR-SER -SER-STOP (-1U) UAG UUUG AUG GCC CUU GCA AAG GCU AUA GUA GUU AG MET-ALA LEU -ALA-LYS-ALA -THR-UAL-UAL-SER KELIRU (-3UGC) UAG UUUG AUG GCC UCU AAA GGC UAU AGU AGU UAG MET-ALA-SER-LYS -GLY-TYR-SER- SER-STOP (+1C) UAG UUUG AUG GCC CUC UUG CAA AGG CUA UAG UAG UUAG MET-ALA -LEU-LEU-GLN-ARG-LEU STOP KELIRU (+1U) (-1C) UAG UUUG AUG GCC UCU UUG CAA AGG UAU AGU AGU UAG MET-ALA-SER-LEU- GLN-ARG-TYR-SER-SER-STOP KELIRU

(-3) mRNA

(+1) mRNA

(+1/-1) mRNA

SINTESIS PROTEIN (TRANSLASI)

transkripsi DNA replikasi DNA RNA translasi (sitesis protein) RNA protein INISIASI ELONGASI TERMINASI

INISIASI
B

60S + 40S = 80S

A. Disosiasi ribosom Faktor EIF (Eukaryotic Initiation Factor) : menghalangi reasosiasi ribosom B. Pembentukan kompleks prainisiasi 40s C. Pembentukan kompleks inisiasi 40s D. Pembentukan kompleks inisiasi 80s

ELONGASI
Faktor : EF-1 dan EF-2 (elongation factor) Mula-mula A-site kosong, aminoasil tRNA akan masuk ke A-site A. Pengikatan aminoasil tRNA pada A-site Faktor EF-1 membentuk kompleks dng GTP dan aminoasil tRNA masuk ke A-site. B. Pembentukan ikatan peptida - Gugus -amino pada aminoasil tRNA dalam A-site melakukan serangan nukleofilik pada gugus karboksil dalam peptidil tRNA di P-site (enzim peptidil transferase rRNA) - tRNA di P-site keluar - GTP EF-1 dilepaskan C. Translokasi - Pemindahan peptidil tRNA dari A-site ke P-site - Perlu GTP dan EF-2 - Kemudian GTP GDP + Pi - Tempat A (A-site) kembali kosong

IMAGE OF RIBOSOME

TERMINASI
Dimulai saat kodon non sense muncul di A-site. Kodon non sense tidak dikenal oleh tRNA, tapi dikenali oleh RE (releasing factor). EF + GTP + peptidil transferase menghidrolisis ikatan ester antara rantai peptida dengan tRNA di P-site. Ribosom 80 s disosiasi 40 s + 60 s. EF-1 mengenali UAA dan UAG EF-2 mengenali UAA dan UGA Satu molekul mRNA, beberapa ribosom dapat melakukan translasi bersama-sama secara simultan. Jarak ribosom satu dengan yang lain tidak boleh kurang dari 80 nukleotida Dalam 10 detik, 1 ribosom dapat menstranslasi 400 kodon menjadi protein dengan berat molekul 40.000 Poliribosom (polisom) bisa bebas atau terikat dengan retikulum endoplasma Poliribosom bebas mensintesis protein untuk kebutuhan sel itu sendiri, sedangkan yang terikat dengan R.E. dikeluarkan

TERMINASI

40S

60S

TRANSLASI

PROCESSING PROTEIN
Protein yang diproduksi harus dimodifikasi dulu berfungsi Contoh: 1. Virus : protein yang panjang harus dipotong-potong Protein spesifik. 2. Insulin : disintesis sebagai pro insulin yang terdiri dari 2 rantai polipeptida yang dihubungkan oleh ikatan disulfida. 3. Prokolagen hidroksilasi dan oksidasi pada asam amino spesifik cross link (lebih stabil)

INHIBITOR SINTESIS PROTEIN

1. 2. Puromycin : mirip dengan tirosinil tRNA terikat pada ribosom Toksin difteri : mengkatalisis ADP ribosilasi pada EF-2 tidak bisa aktif.

PENGENDALIAN EKSPRESI GEN

PENGENDALIAN EKSPRESI GEN

Ekspresi informasi genetika harus dapat dikendalikan agar :
- dapat beradaptasi dengan lingkungan - menghemat makanan atau energi - tanggap terhadap signal dari luar Pengendalian positif : ekspresi informasi gen Pengendalian negatif : informasi genetik Molekul protein yang berperan : regulator +/-

Efektor : menghambat regulator (-) pengendalian (+)

RESPON TERHADAP SIGNAL PENGENDALIAN : 1. Tipe A : signal penginduksi ekspresi gen

signal penginduksi ekspresi gen

2. 3. Tipe B : signal induksi ekspresi gen hilang timbul (transient) Tipe C : ekspresi gen berlanjut walau signal penginduksi (-). Signal hanya sebagai trigger.

MODEL PENGENDALIAN EKSPRESI GEN

Gen konstitutif : - gen yang diekspresikan secara konstan dan tidak diatur - akibat mutasi gen induksibel dapat berjalan seperti gen konstitutif Transcriptional control: # Represi: - end-product - block RNA polymerase from initiating transcription # Induksi: - substrat - menghasilkan enzim induksibel (inducible enzyme) Operon: - pembentukan gen-gen baru pada suatu utas DNA - terbentuk dari satu utas RNA - promoter site: mengikat RNA polimerase - operator site : mengikat regulatory protein

Lac operon :
E. coli glukosa Bila dalam media E.coli tidak diberi glukosa, tapi diberi laktosa produksi enzim-enzim sebagai berikut : a. b-galaktosidase (gen Z) laktosa galaktosa + glukosa b. galaktosida permease (gen Y) mempermudah masuknya galaktosa ke dalam sel c. thiogalaktosida transasetilase (gen A) Respon lac operon termasuk tipe A : inducer / signal laju sintesis protein
E.coli media glukosa + laktosa glukosa di metabolisme dulu berhenti memetabolisme laktosa setelah gen Z lac operon terbentuk. Untuk melekatkan RNA polimerase dengan promotor perlu CAP (Catabolite gene Activator Protein) yang harus berikatan dulu dengan cAMP

Tryptophan Operon

A GENETIC SWITCH IN A BACTERIAL VIRUS

Lytic pathway Lysogenic pathway

Virus menyerang bakteri Virus memasukkan DNA ke dalam tubuh bakteri. Fase Lisogenik DNA virus berintegrasi dg kromosom bakteri Virus Dorman Prophage. Sel yg mengandung virus dorman: Lisogen Fase Litik replikasi DNA virus terbentuk banyak virus baru sel bakteri rusak Radiasi UV prophage bangun fase litik

Virus bakteriofag lambda (l) virus DNA E.coli Induktor akan menyalakan switch, sehingga virus pada keadaan tidur (dormant) menjadi aktif. Virus memiliki gen yang disebut OR (right operator), yang diapit oleh gen struktural (Cro) dan gen represor (cl) Gen represor on maka gen Cro off, sebaliknya bila gen represor off, maka gen Cro on. Gen represor (ke kiri) memproduksi protein represor yang terikat pada OR1 dan OR2 berfungsi untuk mempererat ikatan RNA polimerase dengan promotor (kiri) Protein represor yang terikat pada OR1 dan OR2 akan menghalangi pengikatan enzim pada bagian kanan. Radiasi uv akan mengaktifkan enzim protease rec A yang memecah monomer protein represor enzim polimerase dapat menuju ke kanan. Polimerase RNA akan terikat pada daerah kanan transkripsi gen Cro dan gen-gen lisis lain.

Virus Dorman dalam Lisogen Induksi UV Bangun

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Tehnik penggandaan DNA in vitro, melalui cara replikasi enzimatik (10 kb 40 kb) Komponen dasar yang diperlukan: - DNA template - primers - DNA polimerase (Taq polimerase) - Deoxynucleotide triphosphate (dNTPs) - larutan buffer - kation divalen (Mg2+ / Mn2+ ) - kation monovalen (K+)

Thermal cycler for PCR

PCR tubes in a stand after a colony PCR

Prosedur PCR
1. Initialization pemanasan 960C 5 penambahan DNA polimerase Melting pemanasan 960C 30 DNA denaturasi Annealing primer pindah polimerase mulai mengcopy template Elongation pemanasan 720C 45

2.

3.

4.

# Tahap 2 4 dpt diulang sp 25-35 kali # Didinginkan sd 70C

PCR

Hasil PCR dibaca melalui elektreoforesis gel

Negative Gel electrophoresis image of a standard PCR. Two sets of specific primers were used to amplify one gene from three separate tissues. As the gel shows, Tissue #1 lacks that gene, whereas Tissue #2 and #3 possess that gene.

Kegunaan PCR: 1. DNA fingerprinting 2. Paternity testing 3. Deteksi penyakit herediter 4. Cloning genes 5. Mutagenesis 6. Dll.

Gel Electrf

Ayah

Anak

Ibu

Recombinant DNA
Artificial DNA sequence resulting from the combination of different DNA sequences Recombinant DNA is used for genetic transformation to produce genetically modified organisms. Some examples of recombinant DNA products are peptide hormone medications including insulin, growth hormone, and oxytocin. Vaccines can also be produced using recombinant processes (as is the case with the Hep. B vaccine). The organism most commonly used is Escherichia coli. Plasmids Plasmids are extrachromosomal fragments of DNA present in some bacteria A plasmid can transfer genetic material to another bacterium, allowing it to express the transmitted gene(s). Most of the plasmid is used for the production of antibiotics.

DNA Recomb