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Preguntas Seminario 1 Agua y Equilibrio cido-Base

1.- Describa detalladamente la estructura del agua 2.- Explique en qu consiste un enlace o puente de hidrgeno. Mencione ejemplos de biomolculas que formen este tipo de enlaces. 3.- Describa otros tres tipos de interacciones dbiles presentes en las biomolculas 4.- Cul es la concentracin de H+ de una solucin con pH de (a) 3.82; (b) 6.52; (c) 11.11? 5.- Defina solucin amortiguadora o tamponante (buffer) y describa un par ejemplos en sistemas biolgicos 6.- Calcule el pKa del cido lctico si una solucin de cido lctico 0,01 M y de lactato 0,087 M tiene un pH de 4,8 7.-Cmo podra saber el rango til de pH de un determinado buffer? 8.- El pH del contenido del estmago es alrededor de 1,5 y el pH del intestino delgado es alrededor de 6,0. Se absorbe ms aspirina hacia el torrente sanguneo en el estomago o en el intestino delgado? Justifique su respuesta. pKa Aspirina: 3,5

Preguntas Seminario 2 Seminario aminocidos-estructura y funcin de protenas

1:- Explique las caractersticas de un enlace peptdico y mencione la importancia que tienen estas caractersticas en las estructuras tridimensionales de la cadena polipeptdica. 2.- Qu son la estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria de una protena?. Qu en enlaces forman parte de cada una de ellas y cuales estabilizan cada estructura? 3.- Qu entiende por pKR? qu diferencias puede mencionar respecto al pK1 y pK2 de un aminocido cualquiera? 4.- Calcule el pI (punto isoelectrico) para los aminocidos: - Glutamato (pK1=2.19; pK2=9.67; pKR=4.25) - Histidina (pK1=1.82; pK2=9.17; pKR=6) 5.- Para el siguiente aminocido indique: a) b) c) d) e) f) g) Los aminocidos que se pueden fosforilar Los aminocidos entre los que se pueden formar puentes de azufre El aminocido aminoterminal El aminocido carboxilo terminal El nmero de enlaces peptdicos Los aminocidos con grupo R ionizable Los aminocidos que pueden presentar carga positiva y negativa en su cadena lateral R

6.- Indique en qu consiste el proceso de denaturacin de protenas. Mencione al menos 3 agentes denaturantes. 7.- Cul es la funcin biolgica de los siguientes pptidos: encefalina, bradikinina y angiotensina? 8.- Mencione 3 ejemplos de enfermedades que estn asociadas al mal plegamiento proteico y explique las posibles causas. 9.- La mioglobina es una protena cuantitativamente importante en el msculo de mamferos. Por qu?

Preguntas Seminario 3 SEMINARIO ENZIMAS 1.- Mencione algunas diferencias entre un catalizador inorgnico y un catalizador biolgico (enzima) 2.- Identifique en una curva de Michaelis-Menten los parmetros Km y Vmax. Qu representa cada uno de ellos? 3.- Defina y explique qu es el nmero de recambio de una enzima 4.- Explique el mecanismo de accin general de una enzima (su funcionamiento), respecto a la reaccin qumica que cataliza, en trminos de la energa libre de la reaccin. 5.- Defina los siguientes conceptos: Holoenzima Apoenzima Cofactor Coenzima Enzima alostrica Sitio activo 6.- Qu es un inhibidor enzimtico?. Mencione y describa tres tipos de inhibicin enzimtica. 7.- El alopurinol es utilizado en el tratamiento de la gota, patologa asociada al metabolismos de las purinas, y su mecanismos de accin est asociado a la inhibicin de cierta enzima . Averigue la enzima blanco y el mecanismo de inhibicin. 8.- Describa el mecanismo de accin de la aspirina (acido acetilsalislico) y del viagra (sildenafil citrato). 9.- Comente brevemente el mecanismo de accin de las enzimas del tipo betalactamasas.

Preguntas Seminario 4 SEMINARIO BIOENERGETICA

1. A) Compare las vas catablicas con las vas anablicas B) Del siguiente listado de vas metablicas clasifique como anablica o catablica: Gliclisis Gluconeognesis Glicogenlisis Ciclo de Krebs Glicogenognesis Liplisis Lipognesis Cetognesis

2.- Defina los conceptos termodinmicos: energa libre de Gibbs (G), entalpa (H) y entropa (S) de una reaccin qumica. 3.- Explique cmo los parmetros entropa (S) y entalpia (H) influyen en la energa libre de una reaccin (G=H-TS) 4.- Una solucin de glucosa-1-fosfato (G1P) es incubada a 25 C en presencia de la enzima fosfoglucomutasa. Al establecerse el equilibrio, las concentraciones de reactante y producto son: G1P = 1,5 x 10 -4 M y Glucosa-6-P = 6,3 x 10-3 M. Calcule la constante de equilibrio y el cambio de energa libre estndar para esta reaccin. 5.- Explique por qu la reaccin de hidrlisis de ATP es altamente favorable desde el punto de vista termodinmico. 6.- Considerando la siguiente reaccin de interconversin de la gliclisis Fructose 6-phosphate glucose 6-phosphate (Keq = 1.97) Cul es el G de la reaccin si la concentracin de fructose 6-phosphate es ajustada a 1.5 M y la de la glucosa a 0.5 M?. Por qu el G y el G son diferentes? 7.- Usando la informacin de las constantes de equilibrio determinadas a 25 C, calcule la energa libre estndar para la hidrlisis de ATP

Preguntas Seminario 5
Seminario gliclisis y metabolismo de otros azcares

1.-A.- Indica si los siguientes pares de molculas, son ismeros, anmeros, epmeros o enantiomeros: a) D-Xilosa y D-Lixosa b) -D-Galactosa y -D-Galactosa c) D-Alosa y D-Talosa d) L-Arabinosa y D-Arabinosa e) L-glucosa y L-manosa B.- Describa las caractersticas comunes y las diferencias de cada par de azcares a) celulosa y glicgeno b) D-glucosa y D-fructosa c) Maltosa y sacarosa 2.- Indique los pasos de la gliclisis en que se llevan a cabo reacciones irreversibles y las enzimas que las catalizan. Cmo se regulan? 3. Qu entiende Ud. por fosforilacin a nivel de sustrato? 4.- Explique cmo puede ser metabolizada la galactosa, un producto de la hidrlisis de la lactosa presente en la leche. Cul es el rendimiento neto de ATP desde galactosa hasta piruvato? 5.- Describa cmo procede la gliclisis en clulas cancergenas (tumor) en comparacin con tejido sano. 6.- Cul es la importancia de la gliclisis para los glbulos rojos? 7.- Cul es el efecto del fluor en la glicolisis?

Preguntas Seminario 6 Seminario Fermentacin, Descarboxilacin oxidativa del Piruvato y Ciclo de Krebs 1.- Nombre y compare las enzimas involucradas en la fermentacin lctica y alcohlica. Indique las coenzimas y cofactores requeridos y el tipo de reaccin qumica que catalizan 2.- Ya que el lactato es denominado un producto muerto del metabolismo, en el sentido que su nico destino es ser reconvertido a piruvato, cul es el propsito de su formacin? 3.- Explique por qu en las clulas en condiciones anaerbicas la relacin piruvato/lactato es mucho menor que 1, mientras que en condiciones aerbicas la misma relacin es mayor que 1. 4.- Indique la cantidad de ATP producido en la degradacin anaerbica de una molcula de glucosa en dos molculas de etanol. Qu pasa en este mismo proceso con el NADH producido en la gliclisis? 5.- Describa a la enzima (complejo enzimtico) encargada de transformar piruvato en acetil-CoA. Indique su localizacin celular, coenzimas requeridas y la forma en que su actividad es regulada 6.- Explique por qu el Ciclo de Krebs es considerado un proceso anfiblico 7.- Explique a qu se refiere el trmino respiracin celular 8.- Indique por qu y cmo el calcio regula la tasa metablica del Ciclo de Krebs 9.- Individuos con una deficiencia de tiamina en la dieta tienen altos niveles de piruvato en la sangre. Describa este fenmeno en trminos bioqumicos 10.- Describa brevemente el efecto del fluoracetato de sodio, un compuesto altamente txico utilizado masivamente en la 2da Guerra Mundial. 11.- Relacione la toxicidad de los compuestos de arsnico con la respiracin celular.

Preguntas Seminario 7 Seminario de fosforilacin oxidativa

1.-Dnde ocurre el transporte electrnico asociado a la fosforilacin oxidativa en organismos procariontes? 2.-Defina qu es un citocromo 3.-Mencione los complejos proteicos que participan en el transporte electrnico 4.-Explique desde el punto de vista bioqumico por qu la inhalacin de monxido de carbono puede provocar la muerte. 5.-Qu entiende por lado P y N mitocondrial? Explique cmo se genera esta diferencia y defina el trmino gradiente electroqumico. 6.- Cmo se relaciona la cadena transportadora de electrones y la produccin de especies oxidantes en la clula. 7.-Cuantas molculas de ATP se obtienen aproximadamente desde NADH y FADH2? Explique la diferencia. 8.- Investigue la funcin de las protenas desacoplantes y qu relacin tienen stas con la termoresistencia de los bebs y los animales que hibernan 9.- Las mitocondrias son las responsables de la creacin de ms del 90% de la energa que el cuerpo necesita para mantener la vida y apoyar el crecimiento. Las patologas mitocondriales parecen ocasionar el mayor dao a las clulas del cerebro, corazn, hgado, msculo esqueltico, rin as como a los sistemas endocrino y respiratorio. Estas patologas afectan principalmente a los nios, pero los brotes en adultos se estn volviendo cada vez ms comunes. Investigue algunas enfermedades mitocondriales y su relacin con deficiencias a nivel de la cadena transportadora de electrones.

Preguntas Seminario 8 Seminario Pentosas Fosfato y Glicgeno 1.- Explique la importancia de la va de las pentosas fosfato. Especifique en qu tejidos esperara encontrar activa esta va. Por qu? 2.- Qu consecuencia puede tener un dficit de glucosa-6-fosfato deshidrogenasa a nivel de los eritrocitos? Explique. 3.- Explique el papel que tiene la razn NADPH/NADP + intracelular sobre el destino que tendr la glucosa-6-fosfato (gliclisis v/s va de las pentosas fosfato). A qu nivel se ejerce esta regulacin? 4.- Por qu al aumentar el anabolismo de lpidos se estimula de manera importante la va de las pentosas fosfato? 5.- Nombre las enzimas encargadas de la degradacin del glicgeno y explique las reacciones que catalizan cada una de ellas. 6.- Calcule el balance energtico (produccin de ATP) de la degradacin de una molcula de glucosa, proveniente del glicgeno, hasta piruvato. 7.- Indique el rol que cumple la molcula UDP en la sntesis del glicgeno 8.- Explique el funcionamiento de la glicogenina y su importancia en la sntesis del glicgeno. 9.- En el msculo la tasa de conversin de glicgeno a glucosa 6-fosfato es determinada por la razn entre la glicgeno fosforilasa a (forma activa) a glicgeno fosforilasa b (forma menos activa). Determinar qu ocurre con la tasa de ruptura del glicgeno si una preparacin de msculo esqueltico de ratn, que contiene glicgeno fosforilasa, es incubada con: a) fosforilasa kinasa y ATP b) PP1 c) epinefrina

Preguntas Seminario 9 Seminario Gluconeognesis 1.- Explique cul es la funcin principal de la gluconeognesis 2.- Nombre los precursores de glucosa en los distintos tipos celulares (tejidos) 3.- Cules son las vas reguladas en la gluconeognesis?. Compare con la gliclisis 4.- Explique por qu y cmo la Fructosa 2,6 bifosfato regula la gliclisis y gluconeognesis 5.- Explique en qu consiste el Ciclo de Cori 6.- Por qu las clulas animales no pueden convertir Acetil-coA derivado de cidos grasos en glucosa a diferencia de las plantas? 7.- Determinar si los siguientes sustratos son o no glucognicos a) succinato b) glicerol c) acetil-coA d) piruvato e) butirato 8.- Un defecto congnito en la enzima heptica fructosa 1,6-bifosfatasa resulta en niveles anormalmente elevados de lactato en el plasma sanguneo. Explique por qu sucede esto.

Preguntas Seminario 10 Seminario Estructura y Catabolismo de Lpidos 1.- Que es una lipoprotena? Describa composicin y funcin de 4 tipos de lipoprotenas. 2.- Cul es la estructura qumica de un cido graso? 3.- Cul es la estructura del colesterol? Existen otras molculas de importancia biolgica que se asemejen en su estructura, cules? 5.- Dibuje la estructura qumica de un triacilglicerol. 6.- En relacin al catabolismo lipdico, Cundo y qu reaccin catalizan las lipasas? 7.- Por qu el proceso de B-oxidacin es altamente rendidor desde el punto de vista de la produccin de ATP? Compare con el catabolismo de hidratos de carbono (glucosa). 8.- Qu ocurre en la etapa final de la B-oxidacin de un cido graso de cadena impar en comparacin con un cido graso de cadena par? 9.- Cunto NADH, FADH2 y Acetil CoA se produce al oxidar un cido graso de 20 tomos de carbono? Cuntas molculas de ATP podran producirse gracias a este proceso?, Explique. 10. Qu y cules son los cuerpos cetnicos? Bajo que condicin fisiopatolgica podran estar aumentados sus niveles?. Qu riesgo revierte un aumento en sus niveles? 11.- Desde el punto de vista clnico, cmo influye la ausencia del receptor para LDL en el metabolismo del colesterol?

Preguntas Seminario 11 Seminario biosntesis de lpidos 1.- A nivel celular, Dnde ocurre la biosntesis de cidos grasos? 2.- Explique el funcionamiento del complejo enzimtico de la cido graso sintasa. 3.-De dnde proviene el NADPH utilizado para la sntesis de los cidos grasos? 4.- Explique desde el punto de vista bioqumico por qu el consumo excesivo de azcar combinado con una vida sedentaria deriva en un aumento de peso. 5.- Cmo son transportados los acetilos destinados a la sntesis de cidos grasos desde la matriz mitocondrial al citoplasma? 6.- Qu funcin cumplen la citrato liasa y la acetil CoA carboxilasa en la sntesis de los cidos grasos? De qu forma estn siendo reguladas? 7.- Cuantos acetil-coA se requieren en total para sintetizar un cido graso de 20 carbonos? 8.- Comente qu ocurre con los niveles de HDL, LDL y VLDL en un paciente diabtico, en comparacin con un individuo sano?.

Preguntas Seminario 12 Seminario Catabolismo de Aminocidos 1.- Dnde se cataboliza la gran mayora de los aminocidos? 2.- El plasma humano contiene todos los aminocidos requeridos para la sntesis de protenas en el cuerpo, pero no en concentraciones equivalentes. Alanina y glutamina estn presentes en mayor concentracin que el resto de los aminocidos. Explique a qu se debe esto. 3.- Nombre las formas en que el exceso de nitrgeno es excretado. Por qu debe ser excretado el exceso? 4.- Describa el proceso de transaminacin de los aminocidos mencionando el requerimiento de grupo prosttico. 5.- Describa las caractersticas del proceso de desaminacin oxidativa. Cul es la enzima clave de este proceso y cmo est regulada? 6.- Cmo estn relacionados el ciclo de la urea y el Ciclo de Krebs? 7.- De qu forma pueden entrar los aminocidos al Ciclo de Krebs? Este proceso es idntico en todos los casos? 8.- Explique, desde una perspectiva metablica, las causas de la fenilcetonuria y el albinismo. 9.- Explique la diferencia entre un aminocido esencial y no esencial. 10.- Si usted tiene una dieta rica en alanina pero deficiente en aspartato, presentar sntomas de deficiencia de aspartato?. Explique 11.- Los niveles de transaminasas en la sangre son un marcador comnmente utilizado para medir dao celular. Al respecto responda: - Para qu tejidos especficamente se utiliza este marcador? - Frente a qu cuadros patolgicos podra encontrar elevado dichos niveles? 12.- Qu relacin existe entre fenilalanina, adrenalina, noradrenalina y melanina?

Preguntas Seminario 13 Seminario Integracin Metablica 1.- Describa cmo es el metabolismo de la glucosa 6-P en el hgado dependiendo de las condiciones fisiolgicas del organismo (disponibilidad de energa). 2.- Cul es el efecto de la insulina en los niveles de glucosa sangunea? Como logra dicho efecto? 3.- Comente cuales son las fuentes posibles de energa para el msculo esqueltico en reposo y actividad intensa. 4.- Compare las vas metablicas que se ven activadas o inhibidas al consumir alimentos y en una condicin de ayuno. 5.- Explique por qu la enzima creatina quinasa es ms relevante para el msculo esqueltico que para el msculo cardiaco. 6.- Un hombre con diabetes insulino-dependiente es llevado a urgencia en estado cercano al coma. Mientras estaba de vacaciones en un lugar aislado, perdi su insulina y no se inyect por dos das. Describa qu procesos metablicos se alterarn en los tejidos adiposo, muscular y heptico. Explique desde el punto de vista de la regulacin enzimtica a que se debe cada cambio descrito. 7.- Qu sucede con los niveles de glicemia en caso de stress? Analcelo del punto de vista metablico.

FACULTAD DE CIENCIAS BIOLGICAS DEPARTAMENTO DE CIENCIAS BIOLGICAS

1. Identificacin de la Asignatura CURSO CDIGO : SEMINARIO BIOQUMICA GENERAL : BIO169

2. Profesor: Claudia Sandoval (seccin 1) claudia.sandoval@unab.cl Samuel Parra (seccin 2) 3. Horario: Viernes, mdulos 5-6 (secc 1 y 2) samuel.parra.a@gmail.com

4. Cronograma del curso Semana 22 Marzo 05 Abril Actividad Presentacin del curso Seminario n1: Propiedades del agua, Equilibrio cido-base Seminario n2: Estructura y funcin de protenas Seminario n3: Enzimas Seminario n4: Bioenergtica Seminario n5: Gliclisis y metabolismo de azcares Seminario n6: Fermentacin, CPDH y Ciclo de Krebs Seminario n7: Fosforilacin oxidativa Seminario n8: Va Pentosas Fosfato y Metabolismo glicgeno Seminario n9: Gluconeognesis Seminario n10: Estructura y catabolismo de lpidos Seminario n11: Sntesis de lpidos

12 Abril 19 Abril 26 Abril 03 Mayo 17 Mayo 24 Mayo 31 Mayo 07 Junio 14 Junio 21 Junio

28 Junio 05 Julio

Seminario n12: Catabolismo de aminocidos Seminario n13: Integracin metablica

12 Julio Examen md 5-6 *Cualquier eventual modificacin de la informacin entregada en este documento ser informada oportunamente a los alumnos. 5. Requisitos de asistencia y criterios de eximicin Cada seminario correspondiente a este curso se evaluar mediante controles de entrada. El promedio de estas evaluaciones definir la nota de presentacin a examen (NP), la cual corresponder al 70% de la nota final (NF). El 30% restante de la NF estar dada por la nota del examen. - Para la eximicin del examen el alumno deber tener un 100% de asistencia y una NP entre 5,0 y 5,4 sin notas parciales inferiores a 4,0, o bien, una NP de 5,5 (o superior) con un mximo de 3 notas parciales inferiores a 4,0. En caso de cumplir con los requisitos de eximicin del examen, la NF ser equivalente a la NP. - La asistencia al seminario es de carcter obligatoria. Lo anterior implica que slo se aceptarn un mximo de 2 inasistencias debidamente justificadas. Una tercera o ms inasistencias (justificada o no), ser calificada en el control respectivo con nota 1,0. La NP se calcular con las notas parciales existentes, segn lo estipulado anteriormente. - Ante cualquier inasistencia, an cuando sta sea justificada debidamente, el alumno perder automticamente el derecho de eximicin del examen. - Las inasistencias no justificadas debidamente y la existencia de una tercera o ms inasistencias (justificadas o no), adems de ser calificadas con nota 1,0 en el control respectivo harn que el alumno pierda automticamente el derecho a rendir examen, siendo calificado con nota 1,0 en ste. - Los certificados mdicos debern ser presentados en su escuela respectiva y adems entregar una copia de ste al profesor. No se contemplan controles recuperativos Se requiere puntualidad y asistencia completa a los dos mdulos de clases para tener derecho a rendir el control respectivo. El llegar atrasado implicar no poder realizar el control respectivo y ser calificado con nota 1,0 (uno) en ste.

6. Prueba Recuperativa No aplica. 7. Evaluacin - Cada seminario correspondiente a este curso se evaluar mediante controles de entrada. El promedio de estas evaluaciones definir la nota de presentacin a examen (NP), la cual corresponder al 70% de la nota final (NF). El 30% restante de la NF estar dada por la nota del examen. - El alumno que no trae la gua resuelta optar como nota mxima en el control respectivo a un 4,0.

8. Metodologa de actividades acadmicas Seminarios semanales 9. Bibliografa Principles of Biochemistry. Lehninger, A., Nelson, D. y Cox, M. Cuarta Edicin (2000).Worth Publishers. Biochemistry. Mathews, C. y Van Holde, K. Segunda Edicin. (1996). Benjamin Cummings Publishers. Biochemistry. Stryer, L. Cuarta Edicin. (1997).Editorial W.H. Freeman and Company NY