ASAM NUKLEAT & SINTESIS PROTEIN

dr. Siti Wasilah,Msi.Med Bgn Biologi Kedokteran FK.UNLAM

Molecular Biology Overview

Cell Nucleus Chromosome

Protein

Gene (mRNA), single strand

Gene (DNA)
Graphics courtesy of the National Human Genome Research Institute

PENDAHULUAN
AS.Nukleat mrpk polimer dari unit2 nukleotida Polimer mbentuk konformasi double heliks DNA dan untai tunggal nonheliks pada RNA Satu nukleotida ikatan dr 1 molekul basa N,1 molekul gula pentosa & 1 molekul as.monofosfat Basa N penyusun as.nukleat:
Purin : Adenin(A); Guanin (G) Pirimidin : Citosin (C); Timin (T) dan Urasil (U)

Gula pentosa : ribosa RNA dan deoksiribosa DNA Nukleosida ikatan antara 1 molekul basa N dgn 1 molekul gula pentosa

DNA & RNA structure

Introduction to DNA & RNA

Eukaryotic DNA structure

DNA
DNA membawa informasi genetik sel dan terdiri atas ribuan gen. Setiap gen berfungsi sebagai resep untuk membentuk suatu molekul protein Protein berperan penting dalam berbagai fungsi sel (building blocks). Informasi yang terkandung dalam suatu gen menentukan komposisi suatu protein dan fungsinya dalam sel.

12

DNA adalah materi pembawa (carrier) hereditas, seperti nsebuah buku besar yang berisi segala informasi untuk pembentukan dan bahan-bahan kehidupan orgIanisme Proses replikasi yang diikuti dengan pembelahan sel adalah jawaban terhadap suatu pertanyaan paling menarik tentang kehidupan : How can the union of a single sperm and an egg become a five-trillion-cell baby, all containing the same DNA?
13

DNA adalah suatu deoxyribonucleic acid yang terdiri atas gula, phosphate dan basa yang membentuk ikatan komplek double helix

14

15

STRUKTUR DNA
Double heliks ditemukan oleh Watson dan Crick (1953) Merupakan suatu polinukleotida yang terdiri dari Gula pentosa : deoksiribosa Pospat : PO4 Basa nitrogen : Pirimidin : sitosin (S) Timin (T) Purin : Adenin (A) Guanin (G) Kedua basa nitrogen berikatan melalui ikatan hidrogen membentuk pasangan A = T dan S = G

DNA
Dua untai polinukleotida pada DNA mbtk konformasi double heliks arah untai yg satu dg lainnya antiparalel. Pasangan basa berikatan : ikatan hidrogen Faktor yg menentukan konformasi DNA : muatan negatif gugus fosfat dan afinitas ik. Basa Purin & Pirimidin. Kedua untai polinukleotida mbtk belitan searah jarum jam kekanan mengelilingi sumbu tengah. Satu belitan : 10 ps nukleotida : jaraknya 3,4 A

Struktur memberikan kemudahan u/ mhasilkan variasi2 gen yang berbeda Struktur tdk random : urutan pasangan basa dipelihara : PURIN PIRIMIDIN Panjang total DNA manusia dalam satu set kromosom haploid : 3000 jt ps basa Jk 1 Kilobasa ~ 1000 ps basa jadi panjang DNA ~ 1,74 meter Kromosom eukariot mengandung sekuens DNA yang diulang beberapa kali DNA Repetitive

Komposisi kimia DNA memenuhi 2 syarat:

1. Fungsi Genotip atau Replikasi Materi genetik mampu menyimpan informasi genetik & mentransmisikan informasi tsb scr tepat dari parental ke progeni dari generasi ke generasi. 2. Fungsi Fenotip - Ekspresi Gen Materi genetik mengontrol perkembangan fenotip dari organisme atau materi genetik mendikte pertumbuhan & diferensiasi organ dari sel tunggal (zygot) sampai organisme dewasa. Materi genetik selain mengekspresikan dirinya scr akurat jg mengontrol aktivitas setiap gen di tempat dan waktu yang tepat. Co: sistem saraf disusun o/ sel2 saraf

Ke-2 untai polinukleotida dpt dipisahkan memutus ikatan hidrogen antara basa2 yg berkomplentasi Denaturasi : pemanasan 90 C, diberi alkali (5M NaOH) Renaturasi/reannealing >< denaturasi Fungsi DNA: molekul pembawa informasi genetik (gen)

DNA & Chromatin

DNA double helix dalam sel dikemas oleh protein khusus yang disebut histones untuk membentuk suatu komplek protein/DNA yang disebut chromatin

23

The structural unit of chromatin is the nucleosome. It consists of a central protein complex, the histone octamer, and two turns of DNA, about 146 base pairs, which are wrapped around the histone octamer complex.

24

PENDAHULUAN
AS.Nukleat mrpk polimer dari unit2 : nukleotida Polimer mbentuk konformasi double heliks DNA dan untai tunggal nonheliks pada RNA Satu nukleotida : ikatan dr 1 molekul basa N,1 molekul gula pentosa & 1 molekul as.monofosfat Basa N penyusun as.nukleat:
Purin : Adenin(A); Guanin (G) Pirimidin : Citosin (C); Timin (T) dan Urasil (U)

Gula pentosa : ribosa RNA dan deoksiribosa DNA

Nukleosida : ikatan antara 1 molekul basa N dgn 1 molekul gula pentosa

Gen
Elemen fungsional dan dapat diturunkan (inheritable) dalam genome disebut sbg gen dan biasanya mengkode suatu protein.
Bukti bahwa DNA adlh pembawa informasi genetik: Percobaan Griffith (1958) : bakteri pneumococcus S & R Percobaan Hershey & Chase (1952) : fungsi DNA bateriofaga

Sebagian Gen juga mengkode molekul RNA yang tidak ditranslasi menjadi protein, seperti ribosomal RNA.
26

RNA
Merupakan molekul genetik yang dimiliki oleh virus Berbentuk pita tunggal (Single stranded) Merupakan polimer nukleotida yang terdiri atas : Gula ribosa Basa pirimidin : sitosin (S) urasil (U)

RNA
Mrpk suatu molekul polimer yg besar,panjang & tidak bercabang td 4 macam nukleotida yg saling berikatan dg ikatan 3-5 fosfodiester
Jenis RNA tergantung lokasi ditemukannya : Di nukleus : m RNA/RNA duta Di sitoplasma : t RNA/RNA pemindah Di ribosom : r RNA

Merupakan molekul genetik yang dimiliki oleh virus Berbentuk pita tunggal (Single stranded) Merupakan polimer nukleotida yang terdiri atas : Gula ribosa Basa pirimidin : sitosin (S) urasil (U)

RIBONUCLEIC ACID (RNA)

Fungsi :
m RNA : menerima informasi genetik dari DNA proses transkripsi, berlangsung dalam nukleus t RNA : mengikat Asam amino yang terdapat dalam sitoplasma. t RNA membawa asam amino yang telah diikat di ribosom. Pada saat ini terjadi perubahan informasi genetik yang dinyatakan oleh urutan basa dari m RNA ke urutan AA dalam protein proses translasi r RNA : mensintesa protein, hasil akhir berupa polipeptida

KODE GENETIK
Adalah suatu cara untuk menetapkan jumlah serta urutan nukleotida yang berperan menentukan posisi yang tepat dari AA dalam rantai polipeptida yang bertambah panjang Tersusun atas triplet nukleotida : kodon. Kombinasi AA yang mungkin terbentuk dari 4 buah basa : 43 = 64 Bersifat universal Pengaturan kodon dalam RNA menentukan struktur dan fungsi protein

KODE GENETIK
Protein berupa gabungan banyak AA yang membentuk polipeptida Jumlah AA : 20 macam sedang DNA hanya t.d 4 basa (A,T,S,G) tetapi kemungkinan terbentuknya varietas protein tidak terbatas ? Nurenberg dkk (1968) : menciptakan kode genetik sehingga mampu menerangkan bagaimana sebuah gen mengontrol pengaturan AA dalam protein tertentu

35

SINTESIS PROTEIN:
Komponen yg terlibat : ribosom, tRNA, mRNA, AA (Met,UAA,UAG,UGA), aminoasilRNAt sintetase, bbrp faktor protein(IF1,IF2 ,EF-1,EF-2,RF1,RF2), ion2 anorganik dan GTP.

DOGMA SENTRAL
DNA polimerase

DNA
RNA polimerase

REPLIKASI TRANSKRIPSI

RNA
TRANSLASI

PROTEIN

REPLIKASI DNA
Suatu proses pembentukan DNA baru (DNA sebagai cetakan),Replikasi bersifat semikonservative Komponen aparatus replikasi: DNA polimerase (4) : , , lokasi di nukleus; pada mitokondria. Replikasi DNA kromosom & . Helicase : u/ membuka heliks ganda Faktor2 replikasi seperti : RF-A, RF-B, RF-C Protein PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen) merupakan kofaktor Polimerase u/ menaikan kecepatan replikasi. Protein2 lain (blm jelas diket)

1.

2. 3. 4.

5.

Replikasi DNA semikonservatif : DNA baru yg terbentuk terdiri dari satu untai basal dr DNA induk dan untai komplemennya dibentuk berdsrkan sikuens DNA asal Proses Replikasi: Pembukaan belitan DNA dg E.helikase replication fork DNA untai tunggal template u/ DNA baru Arah sintesis DNA selalu dari 5 ke 3

Replication
Formation of the leading strand

3' 5' Newly synthesized leading strand 5' DNA polymerase III 5' 3'

Replication fork

41

42

Transkripsi
Proses pembentukan RNA dengan mentransfer atau menyalin informasi yang terdapat pada DNA

43

RNA Processing
Produk primer proses transkripsi adalah precursor mRNA, pre-mRNA.
Both ends of the pre-mRNA are modified. An additional nucleotide, a 7-methylguanosine is added to the 5'-end to form a cap-structure. This process is called capping. The 3'-end of the premRNA is cleaved and polyadenylated. The premRNA is cut at a specific site and 150-200 adenylate residues are added to the 3'-end to form a poly(A)-tail. The third major modification is splicing.

46

47

Translation
Proses pembentukan protein yang mengacu pd informasi yang terdapat pada RNA Translation is the actual synthesis of a protein under the direction of mRNA the ribosome, provides the basic machinery for the translation process. The major role of the ribosome is to catalyse coupling of amino acids into protein according to the sequence specified by the mRNA. The amino acids are brought to the ribosome by tRNA (transfer RNA) molecules.

48

49

50

Tahapan sintesis protein:

Aktivasi E.aminoacyl tRNA-syntetase Inisiasi initiation complex : mRNA,aminoacyl-tRNA,ribosom Elongasi pertumbuhan rantai peptida mjd protein lengkap Terminasi kodon nonsense : UAA,UAG, UGA

Initiation formation of the initiation complex between mRNA, charged tRNA and the ribosome translation begins at a specific codon, the initiation codon (AUG)

52

Elongation the growing polypeptide chain is attached to an amino acid in the P site the next codon to be read is present beneath the A site the tRNA bearing the next amino acid to be inserted enters the A site a peptide bond is formed between the new amino acid and the growing chain, transfering the chain to the tRNA in the A site the ribosome moves down one codon moving the peptide-tRNA to the P site and the cycle repeats
53

Termination translation of a particular protein ends when the ribosome encounters one of three termination codons (UAG, UAA or UGA)

54

Pascatranslasi : perlu modifikasi agar terbentuk protein fungsional. Contoh: Zimogen (inaktif)melepas bbrp komponen mjd aktif : tripsinogen tripsin; pepsinogen pepsin