11/05/2012

Projeto Genoma Humano iniciou em 1990

Evoluo de genes e genomas

Professor Fabrcio R Santos fsantos@icb.ufmg.br Departamento de Biologia Geral, UFMG 2012

Organizao, funo e complexidade genmica

Vrios genomas de procariotos e eucariotos foram concludos antes do genoma humano

Tamanhos de genomas completos

Genomas
Mycoplasma genitalium Escherichia coli Saccharomyces cerevisiae Caenorhabditis elegans Arabidopsis thaliana Drosophila melanogaster Homo sapiens Monodelphis domestica 16 6 5 5 24 10

Complexidade genmica

cromossomos (N)

tamanho
0,58 Mpb 5,4 Mpb 12,5 Mpb ~100 Mpb ~115 Mpb ~122 Mpb ~ 3,3 Gpb ~3,5 Gpb

genes
521 5.416 5.770 19.427 ~28.000 13.379 ~22.500 ~20.000

A organizao e as propores genmicas de regies codificadoras de protenas, no codificadoras (com ou sem funo) e repetitivas so diferentes entre txons.

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Distribuio de genes no Homo sapiens

Grande parte dos genes eucariticos no tem funo conhecida (unknown)

A densidade de genes varia muito ao longo dos cromossomos humanos

Saccone et al. (2001) Chromosome Res.

Genomas eucariticos comparados

Genomas eucariticos comparados

Homem vs.. Tamanho (Gpb) Tempo desde a divergncia Conservao em regies codificadoras Permite identificar:

Chimpanz 3,0 ~5-7 MAA >99%

Mudanas genmicas e/ou adaptativas exclusivamente humanas

Camundongo 2,5 > 75 MAA ~80%

Sequncias codificadoras e no codificadoras

Gamb 4,2 > 150 MAA ~70-75%

Baiacu 0,4 ~450 MAA ~65%

Sequncias Sequncias codificadoras codificadoras e no codificadoras

Usando a teoria evolutiva, os genomas so comparados a fim de caracterizar mudanas que ocorrem nos ancestrais comuns (sinapomorfias) e tambm mudanas exclusivas (autapomorfias) das espcies.

autapomorfias sinapomorfias

Sintenia Homem-Baiacu
Regies cromossmicas com extensa homologia e mesmo ordenamento gnico (sintnicas) podem ser mapeadas entre espcies.

Genmica Comparativa Sintenia

Cromossomo humano 1 vs. Chimpanz
Divergncia 6 MAA

Homo sapiens

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Genmica Comparativa Sintenia

Cromossomo humano 1 vs. Camundongo

Genmica Comparativa Sintenia

Cromossomo humano 1 vs. Vaca

Divergncia >75 MAA Divergncia >95 MAA

Homo sapiens

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Homo sapiens

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Genmica Comparativa Sintenia

Cromossomo humano 1 vs. Gamb

Genmica Comparativa Sintenia

Cromossomo humano 1 vs. Ornitorrinco

Divergncia >150 MAA

Homo sapiens

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Divergncia >180 MAA

Homo sapiens

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Genmica Comparativa Sintenia

Cromossomo humano 1 vs. Galinha

DNA entulho
Antes do sequenciamento de vrios genomas eucariticos, grande parte da poro no codificadora era chamada de DNA entulho (junk DNA), que por alguns foi traduzida equivocadamente como DNA lixo.
Atualmente, vrias pores deste DNA entulho possuem funes estruturais ou regulatrias: 1. RNAs funcionais: miRNA, snRNA, snoRNA, RNA anti-senso etc 2. Regies conservadas no codificadoras: enhancers, reguladores diversos etc No entanto, a maior parte do DNA entulho corresponde a segmentos repetitivos, principalmente os elementos transponveis: 1. LINEs (elementos retrotransponveis ou retroposons via RNA - longos) 2. SINEs (retroposons curtos) 3. ERV (retrovrus endgenos) 4. Transposons (elementos transponveis via DNA)

Divergncia >200 MAA

Homo sapiens

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RNAs funcionais que emergiram da genmica evolutiva

Micro RNA (miRNA)

Famlia de pequenos RNAs de 2125 nucleotdeos que regulam negativamente a expresso gnica no nvel ps-transcricional.

miRNA

miRNA e RNA anti-senso esto subestimados

Obs: outros RNAs no codificadores funcionais raros no esto representados

O complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC) operado por miRNA (junto com protenas argonautas)

Enhancer HACNS1 descoberto por genmica comparada est relacionado ao desenvolvimento

HAR1F: regio no codificadora altamente conservada que expressa um RNA funcional

Expresso exclusivamente nos membros anteriores e posteriores durante o desenvolvimento na espcie humana, seus ortlogos de chimpanz e rhesus no se expressam da mesma forma nos fetos transgnicos de camundongos.

A alta conservao desta sequncia transcrita foi detectada por genmica comparada entre inmeras espcies de vertebrados, indicando que mantida por seleo purificadora, pois possui uma funo importante, embora ainda no seja conhecida.

Elementos transponveis em eucariotos

Retrotransposons e transposons constituem quase metade do genoma humano

Os elementos transponveis representam vrias classes que se multiplicam e se mobilizam nos genomas eucariticos e procariticos. Esses elementos no codificam normalmente funes do organismo hospedeiro e podem ser considerados como unidades evolutivas relativamente independentes, algumas vezes vistos como comensais, mas outras vezes so vistos como mutualistas ou parasitas moleculares.

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Proporo de elementos transponveis em genomas eucariticos

Tamanhos de genomas completos

Arabidopsis thaliana ~115 Mpb Psilotum nudum ~ 250 Gpb

Muitas diferenas de tamanhos dos genomas entre espcies se devem, principalmente, ao acmulo de elementos transponveis.

Por que alguns genomas so to grandes?

No h uma relao clara entre tamanho de genomas e complexidade biolgica.
Valor-C quantidade total de DNA no genoma haplide (N) Paradoxo do valor-C falta de relao entre o contedo de DNA em um organismo e seu potencial codificador e complexidade.
Valor-C (escala logartmica)

Paisagens genmicas contrastadas

Elementos repetitivos, geralmente transposons etc

A quantidade de elementos transponveis est positivamente correlacionada com o tamanho genmico

DNA genmico Elementos transponveis DNA codificador de protenas

Sequncias repetitivas e de cpia nica no genoma humano

09_26_noncoding.jpg

Feschotte e Pritham 2006

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Elementos transponveis em humanos

Retrotransposon longo

Transposons versus Retrotransposons (ou retroposons)

Retrovrus endgeno

Transposon tpico

Retrotransposon curto

Retrotransposons autnomos
1. Retrovrus endgenos: retrotransposons com LTR (long terminal repeats) (vrus inserido no genoma, sem atividade infectiva)

Retrotransposons eucariticos autnomos tm a sua prpria transcriptase reversa

2. Retrotransposons sem LTR (possuem poli-A)

Retrovrus endgenos (ERV) so similares a retrovrus, apresentando as mesmas estruturas gnicas e ciclo de propagao parecido, mas no formam partculas infectantes

LINEs e SINEs em metazorios

uma longa histria coevolutiva
LINE Sequncia repetitiva intercalada longa

Transcriptase Reversa

SINE Sequncia repetitiva intercalada curta

Os LINEs, como o elemento L1 de primatas, so autnomos, i.e., codificam sua prpria enzima de replicao (RT), que utilizada na replicao de SINEs (como ALU de primatas) e pseudogenes processados. A presena de um Poli-A a marca tpica da retrotransposio mediada pelas RTs dos LINEs.
ERVs so retrotransposons com LTRs, repeties tpicas de Retrovrus.

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Retrotransposon do tipo LINE

ORF1: protena de ligao ao RNA ORF2: (RT) endonuclease + transcriptase reversa

Retrotransposio mediada por LINEs

Estes elementos tm capacidade autnoma de retrotransposio

Slide 38

Propagao de LINEs e SINEs nos genomas eucariticos

Insero de LINEs e SINEs nos genomas

Geralmente, os LINEs providenciam a enzima transcriptase reversa que utilizada por eles e pelos SINEs para sua retrotransposio e aumento de cpias no genoma hospedeiro.

Evoluo dos elementos ALU em Primatas

Os retroposons ALUs so derivados do RNA ribossmico 7SL. Os transcritos de ALU tambm se ligam a protenas ribossmicas. As ALUs se associam aos ribossomos, prximo ao stio de sntese. Quando um RNAm de L1 (LINE) est sintetizando sua RT com afinidade por caudas poli-A, est se liga cauda do elemento ALU. Este complexo ALU + RT se dirige ao ncleo, onde se dar a retrotransposio que resulta em nova cpia inserida de ALU. A RT pode tambm se ligar eventualmente poli-A de outros RNAm, dando origem aos pseudogenes processados.

Componentes estruturais e funcionais do genoma humano

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Transposons no cromossomo 21 humano

L1s (LINEs) so comuns em regies pobres em GC, enquanto ALUs (SINEs) so comuns nas GC-ricas

A maior parte das inseres de elementos transponveis nos genomas observada em regies no codificadoras ou sem importncia funcional

No genoma humano, a densidade das classes de repeties intercaladas varia como uma funo do contedo de GC
IHGSC. Nature (2001) 409 860-921

Inferncia filogentica com o uso de SINEs e LINEs

Inferncia filogentica com o uso de SINEs e LINEs

espcie A

espcie B

espcie C

espcie D

A insero de um elemento transponvel geralmente um evento nico de mutao neutra, e vrios destes eventos acumulam ao longo das linhagens evolutivas, podendo ser utilizados como caracteres sinapomrficos em cladstica.

Elementos ALU e filogenia de Hominides

PNAS (2003) 22:12787-91

Expanso dos elementos Alu na linhagem primata

Mark A. Batzer e Prescott L.Deininger

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Alteraes mediadas por retroelementos

Promotor

Inseres de elementos transponveis

Transposons e retrotransposons podem afetar o funcionamento gnico quando inseridos prximos ou dentro dos genes

Mutagnese insercional

Altera expresso do gene

Rompe a matriz de leitura

Danifica o processamento de ntrons

No altera

Recombinao desigual mediada por ALUs

Insero de um elemento L1 (LINE humano) interrompeu poro codificadora do xon 14 do gene do fator VIII a causa molecular de um tipo de hemofilia A.

Inseres de ALU e doenas genticas

Locus
BRCA2 Mlvi-2 NF1 APC PROGINS Btk IL2RG Colinesterase CaR Inibidor C1 ACE Fator IX 2 x FGFR2 GK

Importncia evolutiva do DNA entulho

Sincitina (Syncytin - poliprotena env de um retrovrus endgeno com funo no sinciciotrofoblasto)
Blond JL (1999): Molecular characterization and placental expression of HERV-W, a new human endogenous retrovirus family". J Virol

Ocorrncia
de novo de novo (somtica?) de novo Familiar ~ 50% Familiar Familiar Uma famlia Japonesa Familiar de novo ~ 50% Um av de novo ?

Tipo de Alu
Y Ya5 Ya5 Yb8 Ya5 Y Ya5 Yb8 Ya4 Y Ya5 Ya5 Ya5 Sx

Doena
Cncer de mama Associado com leucemia Neurofibromatose Doena desmide hereditria Ligada com carcinoma de ovrio X-linked agammaglobulinaemia XSCID Deficincia de colinesterase Hipercalcemia hipocalcirica e hiperparatireoidismo neonatal Deficincia do complemento Ligada com proteo de doenas cardacas Hemofilia Sndrome de Apert Deficincia de Glicerol Quinase

Regulao da expresso gnica e promoo de diversidade gentica

Peaston A et al (2004): Retrotransposons Regulate Host Genes in Mouse Oocytes and Preimplantation Embryos. Developmental Cell

Evoluo de novos genes, p.ex., uma protena anticongelamento de peixes polares

DeVries AL e Cheng C-HC (2005): Antifreeze proteins in polar fishes. Fish Physiology

Capacidade de reparo de fitas quebradas mediada por LINE-1.

Morrish TA et al (2002): DNA repair mediated by endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition. Nature Genetics

Fontes de microRNAs
Woolfe A et al (2005): Highly conserved non-coding sequences are associated with vertebrate development .PLoS Biol

Alguns raros eventos de insero, quando inseridos nas pores funcionais do genoma (regies regulatrias, xons, ntrons etc) podem levar a efeitos deletrios.

Sincitina e a formao do sinciciotrofoblasto da Placenta

Eventos de duplicao genmica detectados

Esta poliprotena (env) de origem viral modificada essencial para formao da placenta em mamferos eutrios. De fato, retrovrus endgenos (ERV) so ativos em todas as placentas de eutrios.

Duplicao de genomas: poliploidizao

Van de Peer et al. Nature Reviews Genetics (2009)

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Duplicao gnica

Duplicao de segmentos genmicos em Arabidopsis thaliana

A maioria das famlias gnicas geradas por duplicao so pequenas, com exceo daquelas que possuem uma base adaptativa, por exemplo, genes de imunoglobulinas (1000 cpias em humanos), receptores olfatrios (centenas de cpias em mamferos)

A maior parte do genoma aparece em pares (no como triplicatas etc) Alm disto, h evidncias de que mais de 6070% das angiospermas possuem um ancestral poliplide em algum momento, resultado de duplicao genmica.
Arabidopsis Genome Initiative. Nature 408, 796815 (2000)

Homlogos: ortlogos e parlogos

Homlogos: genes que tm um mesmo ancestral...
Ortlogos: genes em organismos diferentes que divergiram a partir do gene no ancestral comum por causa da especiao a1 a2 ou b 1 b 2 Parlogos: genes que derivados de um gene ancestral via duplicao gnica a1 b 1 ou a1 b 2, etc

Recombinao gerando duplicao gnica

(SINEs, LINEs, transposons etc)

Elementos repetidos intercalados funcionam como regies portteis de homologia que promovem o crossing-over desigual

Retroposons (e transposons) geram diversidade

Recombinao promove embaralhamento de xons

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Elementos repetidos intercalados nos ntrons funcionam como regies portteis de homologia que promovem o crossingover desigual que gera duplicao ou novas combinaes de xons.

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Diversidade gnica e retrotransposons

Embaralhamento de xons via mobilizao de SINEs
xon 1
Transcrito SINE + xon

Quimerismo gnico
Genes quimricos se originam via embaralhamento de xons e/ou retrotransposio
Na retrotransposio, mRNA transcrito a cDNA que ento inserido no gene (sem ntrons).

SINE
ntron

xon 2

SINE

xon 2

A transcrio do SINE (ou LINE) pode se estender alm do sinal de parada normal, incluindo um xon. A insero do elemento SINE por retrotransposio pode levar o xon para dentro de outro gene e permitir um novo embaralhamento e produzir um novo gene.
insero por retrotransposio

Ambos genes Jingwei e Ymp so expressos em testculos de Drosophila.

xon 4

SINE

xon 2
Elemento inserido

xon 5

xon 6

No entanto, Retrotransposio frequentemente resulta em pseudogenes que no so funcionais.

Embaralhamento de xons e novidades evolutivas

Vrias novidades evolutivas aparecem no nvel genmico por eventos de embaralhamento de xons e duplicao gnica. Alguns genes apresentam funes novas oriundas da combinao de diferentes xons.

Famlia das globulinas

Produtos gnicos resultados de duplicao e embaralhamento de xons

Protena anticongelante (AFGP)

Notothenioides

Transposons promovem diversidade genmica

AFGP parece ser derivada (via multiplicao de motivos e perda de xons) a partir do gene Tripsinognio. Foi encontrada uma verso quimrica em alguns peixes, uma forma transicional.

Vrios genomas apresentam uma grande diversidade estrutural e flexibilidade recombinacional devido presena de elementos repetitivos do tipo transposons (via DNA e RNA). Estas caractersticas so tambm teis no melhoramento gentico convencional e na transgenia em cereais, com genomas ricos em transposons.

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Genmica comparativa e biotecnologia

Um nova rea biotecnolgica est emergindo da genmica comparativa:

Genomas Sintticos
Mycoplasma laboratorium
Organismo parcialmente sinttico e derivado da espcie Mycoplasma genitalium
Gibson D, et al. (2008): Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome. Science.

A genmica sinttica
1. conhecer as funes mnimas e essenciais que podem ter um genoma depende de compreender as relaes de ancestralidade entre espcies ou linhagens. genomas artificiais com requisitos funcionais mnimos foram inferidos das comparaes filogenticas. genes tambm foram comparados filogeneticamente para, em alguns casos, reconhecer funes compartilhadas com ancestrais e tambm sintetizar genes com funes simplificadas ou consensuais. nestas abordagens, os genomas so vistos como os programas (software) que permitem controlar todas funes. desta forma, funes extras podem ser acopladas ao genoma mnimo artificial.

2. 3.

Synthia
Organismo bacteriano totalmente sinttico derivado do genoma de Mycoplasma mycoides que foi transplantado em uma clula de Mycoplasma capricolum
Gibson D, et al. (2010): Creation of a bacterial cell controlled by a chemically synthesized genome. Science.

4. 5.

Informao no DNA funciona com um software para gerao de organismos sintticos

Homologia dos genes humanos

Genmica comparada em Primatas

Dados do Projeto Genoma Humano em 2001

O genoma humano apresenta uma estrutura tpica de vertebrados, sem apresentar qualquer gene exclusivo de nossa linhagem que possa ser considerado como uma novidade evolutiva. Em 2001, 1% dos genes no eram conhecidos em qualquer outro organismo, mas posteriormente foram todos encontrados no chimpanz e em outros organismos cujos genomas j foram sequenciados.

Os genomas de vrios primatas esto fase adiantada de andamento e alguns j concludos

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Genmica comparada e estudos demogrficos

Eventos de duplicao, inverso e translocao de segmentos cromossmicos, incluindo fuses e fisses de cromossomos inteiros, so promovidos por elementos repetitivos tais como transposons e retroposons. A evoluo cromossmica est intimamente relacionada a vrios eventos de especiao nos primatas e em vrios outros grupos taxonmicos.

Dados genmicos entre espcies so utilizados em clculos mais precisos dos tamanhos populacionais efetivos das espcies

Genomas extintos

Genomas extintos: Neandertal

A comparao dos genomas utilizando a teoria evolutiva permite a identificao de vrias modificaes proticas diferenciais entre as linhagens do homem moderno e do neandertal, as quais podem identificar possveis adaptaes exclusivas de cada espcie. Novas tecnologias esto permitindo recuperar sequncias genmicas de organismos extintos

Genomas extintos: Neandertal

Homens modernos e Neandertais coexistiram na Europa pelo menos 15.000 anos (entre 45 e 30 mil anos atrs), mas no h indcios de fluxo gnico ali. No entanto, algum fluxo gnico (1 a 4%) entre as duas linhagens pode ter ocorrido h ~100.000 anos no Oriente Mdio.

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