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Comptences de la communaut scientifique en rgion Languedoc-Roussillon

Collections taxonomiques, collections vivantes et ressources gntiques pour la biodiversit


Numro 17

AGROPOLIS
Agropolis International associe les institutions de recherche et denseignement suprieur de Montpellier et du Languedoc-Roussillon, en partenariat avec les collectivits territoriales, avec des socits et entreprises rgionales, et en liaison avec des institutions internationales. Agropolis International constitue un espace international ouvert tous les acteurs du dveloppement conomique et social dans les domaines lis lagriculture, lalimentation, la biodiversit, lenvironnement et aux socits rurales.

INTERNATIONAL
agriculture alimentation biodiversit environnement
Agropolis International est un campus ddi aux sciences vertes . Il reprsente un potentiel de comptences scientifiques et techniques exceptionnel : plus de 2 200 cadres scientifiques rpartis dans 80 units de recherche Montpellier et en Languedoc-Roussillon, dont 300 scientifiques travaillant dans 60 pays. La communaut scientifique Agropolis International est structure en grands domaines thmatiques correspondant aux grands enjeux scientifiques, technologiques et conomiques du dveloppement : Biodiversit et cosystmes terrestres ; Biodiversit et cosystmes aquatiques ; Interaction hte-parasites et maladies infectieuses ; Ressources gntiques et biologie intgrative des plantes ; Agronomie, plantes cultives et systmes de cultures, agro-cosystmes ; Une filire emblmatique : vigne et vin ; Production et sant animales ; Alimentation, nutrition, sant ; conomie, socits et dveloppement durable ; Modlisation, information gographique, biostatistiques ; Eau, ressources et gestion ; cotechnologies. Lieu de capitalisation et de valorisation des savoirs, espace de formation et de transfert technologique, plateforme daccueil et dchanges internationaux, la communaut scientifique Agropolis International dveloppe des actions dexpertise collective et contribue fournir des lments scientifiques et techniques qui permettent dlaborer et de mettre place des politiques de dveloppement.
Collections pour la biodiversit
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Les collections scientifiques de Montpellier et du Languedoc-Roussillon pour ltude et la valorisation de la biodiversit


La communaut scientifique rgionale uvrant dans le domaine de la biodiversit constitue un ensemble exceptionnel, avec 31 units de recherche regroupant plus de 1 200 scientifiques et 400 doctorants. Son excellence scientifique de premier plan a t encore rcemment reconnue, par la mise en place dans le cadre du programme Investissements dAvenir, en tant que Laboratoire dExcellence, du Centre Mditerranen de l'Environnement et de la Biodiversit (LabEx CeMEB)*. Pour mener bien ses travaux de recherche, cette communaut scientifique a, au fil dune histoire amorce ds la fin du 16e sicle avec la cration du Jardin des Plantes de Montpellier, progressivement constitu dimportantes collections de rfrence permettant ltude de la biodiversit et de ses applications tant dans le domaine de la sant que dans celui de lagronomie ou de lenvironnement. Ce dossier prsente plus de 40 de ces collections despces microbiennes, vgtales ou animales, taxinomiques et vivantes. Cet ensemble unique se caractrise notamment par son importance en matire de ressources gntiques vgtales (la communaut scientifique abrite plusieurs Centres de Ressources Biologiques), et son ouverture sur le monde mditerranen et tropical ; ce qui en fait une rfrence de porte mondiale.
* www.agropolis.fr/actualites/2011-labex-centremediterraneen-environnement-biodiversite-cemeb.php

Collections taxonomiques, collections vivantes et ressources gntiques pour la biodiversit


Avant-propos
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Les collections prsentes

Collections pour les sciences de la biodiversit Collections pour les sciences agronomiques Collections pour les sciences de la sant animale et humaine Collections et mdiation scientifique

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Outils, mthodes de gestion et de diffusion des collections, bases de donnes et connaissances Les formations Agropolis International

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Liste des acronymes et abrviations

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la mmoire de Pierre Poilecot (1950-2012), responsable de lHerbier ALF du Cirad, qui a tant uvr pour les collections.

Photos de couverture Photos principales (recto/verso) : P . Poilecot Vignettes de haut en bas : V. Bonneaud Cirad - Herbier MPU UM2-Ple Patrimoine scientifique - R. Lebrun - C. Raynaud Inra - DGIMI Inra CNEV - Ville de Montpellier - D. Mathieu - CNRS Les informations contenues dans ce dossier sont valides au 01/03/2013.

Collectons pour la biodiversit 3

Avant-propos

e dossier fait linventaire que nous souhaitons exhaustif des collections taxinomiques et vivantes ainsi que des ressources gntiques gres par les laboratoires et institutions de recherche de la Rgion LanguedocRoussillon. Vritable patrimoine scientifique, ces collections et ressources sont galement des supports indispensables de nombreuses recherches en Biodiversit, Sant et Agronomie. Ce dossier complte ainsi celui consacr la Biodiversit* (2010) qui rpertorie les comptences rgionales de recherche sur ce thme. Ces deux dossiers confirment limportance de cette communaut rgionale qui hberge en outre le deuxime plus grand ensemble de collections musologiques dintrt scientifique (aprs le Musum national dHistoire naturelle Paris), avec ses herbiers et collections (palontologiques, entomologiques, etc.). Les ressources gntiques ne sont pas moins nombreuses et concernent des ressources dimportance pour les pays mditerranens et tropicaux. Les importantes collections de parasites, de pathognes ou de leurs vecteurs, confirment la vitalit et lanciennet des recherches conduites en sant humaine, sant animale et sant vgtale, particulirement pour les zones intertropicales. Les collections vivantes sont galement des lieux publics, comme le Jardin des Plantes de Montpellier, dont la cration remonte plus de quatre sicles ou encore le parc zoologique (parc Darwin) avec sa serre amazonienne, vritable russite de mdiation naturaliste. Ces remarquables collections et ressources participent ainsi la vitalit et la visibilit internationale de ce ple de recherche unique en France.

Elles intressent trois thmatiques : Collections pour les sciences de la biodiversit : quinze collections majeures concernent la botanique, la palynologie, la palontologie, la mammalogie, lherptologie, lichtyologie et la microbiologie marine. Elles appuient de nombreuses tudes sur lvolution, et trouvent de nouvelles applications avec les recherches sur les consquences des changements globaux. Collections pour les sciences agronomiques : neuf collections dimportance pour lagronomie et la sant vgtale hberges dans des units de recherche du ple agronomique de Montpellier rassemblent des pathognes, parasites, nmatodes et insectes ravageurs des cultures, ainsi que des agents de leur contrle biologique. ceci sajoutent cinq centres de ressources gntiques de plantes mditerranennes et tropicales dimportance (vigne, lgumes graines, cafiers, mas, Medicago) qui constituent des rservoirs de gnes et de mcanismes physiologiques pour lamlioration vgtale face aux dfis agronomiques. Collections pour les sciences de la sant animale et humaine : quatre collections concernent les arthropodes vecteurs dagents responsables de maladies infectieuses tropicales des humains ou des animaux. noter galement un Centre de Ressources Biologiques sur les Leishmania. Lcologie volutive est prsente avec une collection de plasmas et jaunes dufs doiseaux. Enfin, il faut mentionner le Droguier, patrimoine scientifique et historique de la facult de Pharmacie. La comprhension de la diversit des mcanismes dinfection et de virulence de ces agents, dont certains sont en rmergence, est indispensable lamlioration des mthodes de contrle ou de soin.

Deux chapitres de ce dossier sont consacrs aux indispensables outils, mthodes de gestion et bases de donnes associes ainsi qu la mdiation scientifique : Outils, mthodes de gestion et de diffusion des collections, bases de donnes et connaissances : une collection nest dintrt scientifique que si les objets biologiques sont accompagns de certaines informations (provenance gographique, identification, etc.). Parfois, ce sont des connaissances et des savoirs associs quil faut grer (usages et pratiques agricoles, utilisations mdicinales, reprsentations, noms vernaculaires, etc.). Ces informations et connaissances associes aux collections ncessitent alors des outils de gestion de donnes htrognes. Des recherches portent sur la cration et le dveloppement de tels outils. La mdiation scientifique : musums, jardins botaniques et zoologiques ont depuis longtemps concili deux aspects prservation des collections ou des ressources vivantes et exposition au public. Il existe Montpellier et dans sa rgion des lieux de mdiation scientifique : le Jardin des Plantes, le parc Darwin et les jardins antiques moins connus. Ce dossier souligne limportance de ce patrimoine historique et scientifique, la base de nos connaissances passes et futures sur la diversit du vivant et des ressources gntiques issues de lvolution et des pratiques millnaires des socits humaines. Ce patrimoine est fragile ; il ncessite des ressources matrielles, et surtout humaines, pour le conserver. Nous esprons que ce dossier contribuera mobiliser les moyens ncessaires sa prservation et sa valorisation. Serge Morand (UMR ISEM)
* Dossier Agropolis International n13. Biodiversit : des Sciences pour la Nature et les Humains. Octobre 2010.

Collections pour la biodiversit

Abrus precatorius L. (Fabaceae) : feuilles comestibles permettant de soigner la toux mais graines hautement toxiques pour lhomme (Cte dIvoire).

Pierre Poilecot

Collectons pour la biodiversit 5

Les collections prsentes


(Mars 2013)

es diffrentes collections apparaissant dans le texte de ce dossier sont classes selon leur finalit principale, en quatre chapitres :

1. Collections pour les sciences de la biodiversit 2. Collections pour les sciences agronomiques 3. Collections pour les sciences de la sant animale et humaine 4. La mdiation scientifique

Lemplacement de chacune d'elles est signal par un point rouge () dans le tableau ci-dessous.

Collections
Herbier ALF du Cirad (Cirad) Herbier Montpellier Universit (MPU) Ple Patrimoine scientique de l'UM2 Xylothque du Cirad UPR Production et valorisation des bois tropicaux et mditerranens (Cirad) Phyllothque, anthracothque, xylothque, carpothque, collections de plantes modles, collections de restes fossiles et archologiques de lUMR CBAE UMR CBAE - Centre de Bio-Archologie et d'cologie (CNRS/UM2/EPHE/INRAP) Collection de Palobotanique de lUM2 UMR AMAP - botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (Cirad/CNRS/Inra/IRD/UM2) UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2) Collection de lames de pollen de rfrence de lISEM UMR ISEM - Institut des Sciences de l'volution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2) Collection dOstologie de lISEM Ple Patrimoine scientique de lUM2 Collection de zoologie de lUM2 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'volution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2) Collection de Palontologie de lISEM UMR ISEM - Institut des Sciences de l'volution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2) Collections de souris et de rongeurs de lISEM UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2) Conservatoire gntique de souris sauvages de lISEM UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2) Collection de tissus de mammifres de lISEM UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2) Collection de tissus de poissons de l'ISEM UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2) Collection herptologique Biogographie et cologie des vertbrs quipe Biogographie et cologie des vertbrs - UMR CEFE - Centre d'cologie Fonctionnelle et volutive (CNRS/EPHE/UM2/Montpellier SupAgro/Cirad/IRD/Inra/UM1/UM3) Collections de vgtaux et d'animaux mditerranens (terrestres et marins) xs et/ou vivants UMS OOB - Observatoire Ocanologique de Banyuls (UPMC/CNRS) MOLA : Observatoire microbiologique du Laboratoire Arago (Microbial Observatory of the Laboratoire Arago) UMS OOB - Observatoire Ocanologique de Banyuls (UPMC/CNRS) Collections dagents phytopathognes UMR BGPI - Biologie et gntique des interactions plantes-parasites pour la protection intgre (Cirad/Inra/Montpellier SupAgro) Collection de bactries entomopathognes UMR DGIMI - Diversit, Gnomes & Interactions Microorganismes - Insectes (Inra/UM2) Collection vivante de nmatodes entomopathognes UMR DGIMI - Diversit, Gnomes & Interactions Microorganismes - Insectes (Inra/UM2) Collection des nmatodes du sol (IRD) UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Inra/Cirad//IRD/Montpellier SupAgro)
Collections pour la biodiversit

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Collection entomologique du CBGP UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Inra/Cirad/IRD/Montpellier SupAgro) Collection dacariens (Montpellier Supagro, Inra, IRD) UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Inra/Cirad/IRD/Montpellier SupAgro) Collection de petits mammifres (Inra, IRD) UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Inra/Cirad/IRD/Montpellier SupAgro) Collection de rhizobiums du LSTM UMR LSTM - Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mditerranennes (Cirad/IRD/UM2/Montpellier SupAgro/Inra) Centre de Ressources Biologiques Tropicales de Montpellier (CRB-T) UMR AGAP - Amlioration gntique et adaptation des plantes mditerranennes et tropicales (Cirad/Inra/Montpellier SupAgro)

Xylia torreana Brenan (Mimosaceae).

Collecti ion ons


Centre de Re es sso so ourc ur es s Biolog log o iqu iq es s (CR (CRB) B) ) du Mas UE DIASCO OPE P (In In nra) ra Centre de Re Centre Resso ssour ur urc rces Bio r B log logiqu iqu ques ues es M Med ed edica icago go (Inra) (In ra) Centre de Ressources Bio B log logiqu iqu ique ques d de e la Vigne (Inra) Centre de Re Centre Resso ssourc urces es Bio Biolog l iqu log ques qu es des L Lgum gumes es grai graines nes UR GAF GAFL L - Gn Gnti tique que ue et am amli liora oratio tion n des des fru fruits its et l lgum gumes es (Inr (Inra a Avignon vignon vig non) on) Centre de Ressources e Biologiques Cafiers (IRD) Collectio Collec tions ns his histor toriqu iques es de lI lIRD RD UMR DI DIADE ADE - Div Divers ersit it ad adapt aptati ation on et dv dvelo eloppe ppemen ment t des des pla plante nte tes te es (Cir Cirad ad/IR ad RD/UM RD /UM2) 2) Collection de Culicoi ides (Di ( ptera : Ceratopogonidae) UMR CMAEE - Contrle des ma aladies animales exotiques et t mer m gen gentes te (C tes (Cir ira ir r d/Inra) Collectio Collec tion n de de plas plasmas mas et ja jaune unes s du duf f doi doisea seaux ux ma ar a rins ns CEFE CEF E - Ce Centr ntre e d'c d'colo ologie gie Fo Fonct nction ionnel nelle le et vo volut lutive ive (C CNRS NR RS/E /EP E HE/ H UM2 UM2/Mo /Mo M ntp n e nt ell ll lier Su SupAg pAgro/ ro/Cir Cirad/ ad/IRD IRD/In /Inra/ ra/UM1 UM1/UM /UM3) 3) Collection historique de tiques du monde (Ac cari i : Ixo Ix did i a) id ) de de P Pi ierr erre e Cla Cl lau ude d Morel UMR CMAEE - Contrle des maladies animales ex xotique ques que s et mer rgen g tes ge es (C (Cira ira rad/I d/I d / nra nra) Collectio Collec tions ns de pat pathog hogne nes s d'in d'intr trt t en san nt an ani n mal ni male ma e UMR CM CMAEE AEE - Con Contr trle le des ma malad ladies ies an anima imales les s ex xoti otique ot qu s et qu que et mer mer me ergen gentes te (C tes ( ira irad/I d/Inra nra ra) ) Collection de glossines du Cirad (Cirad) Collectio Collec tion n Tryp Trypano anosom somes es d'I d'Inte ntertr rtryp yp UMR In Inter tertry tryp p - In Inter teract action ions s hte htes-v s-vect ecteur eurs-p s-p par ara ras sit s ites i s dan da s les les inf fect ction ion io ns par des s tr try ypanos ypanos n oma omatid tidae ae a e (IR ( D D/C / ira /C irad) d) Centre de Re Ressources Biologiques de Lei ei ishm sh ani na CHRU de Montpellier/UM1/UMR MIVEGEC C - Maladie dies die s infe ectieuses es et vec cteu t rs : col logi ogie, e, gn gnti tique que, , vol v ution et contrle vo (IRD/CNRS/UM1/UM2) Collectio Collec tion n IRD IRD d'a d'arth rthrop ropode odes s d'in 'intr tr rt t md dica ical l UMR MI MIVEG VEGEC EC - Mala Maladie dies s infe infecti ctieus euses es et e v vec e teu te rs r : col col ologi ogi g e, e gn ti t t que u , vol voluti tion ion o et e con contr co trle le e (IR RD D/C / NRS NRS/U /UM /U U 1/U 1/UM2) M2) Droguier de la facult de Pharmacie ie (UM1) Jardin de Jardin des s Plan Plantes tes de Mo Montp ntpell ellier ier (UM1) (UM 1) Parc Darwin, parc zoologique de e Mont ont on tpel p lie pe i r (Ville de Montpellier) Jardin An Jardin Antiq tique ue Md Mdite iterra rrane nen n de Ba Bala alaru ruc u -l -le -les-B les s-B Bai ain a ins s (H Hr ra aul ult) t Thau Tha u Aggl Agglo o - Ce Centr ntre e de de BioBio-Arc Archo ho olog ogie ie et d' col cologi co o e (CNR og ogi (CNR C S/U /UM2/ M2/ M2 2 EPH EP E/I E NRAP) NRA RAP) Jardins de Pline lAncien du parc c ar arch ch h h ologiq giq ique Chassen iq senon o (Ch (C are a nte nte) tablissement Public de Chassenon - Cen Centr tr tre re e de d Bi B o-A o rch rc ologi og e et d'c d'c olo o gie (CNRS/UM UM2/E 2/E / PHE H /IN HE NRAP RA R AP)

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Pierre Poilecot Collectons pour la biodiversit 7

Collections pour la biodiversit

Squelette mont de primate Mandrillus sphinx.


UM2

pour les sciences de la biodiversit


rserver la biodiversit ncessite de comprendre les modalits et les processus de son volution. Cette thmatique implique actuellement une communaut importante de chercheurs Montpellier, et prend racine dans les recherches naturalistes qui ont trs tt conduit la constitution de collections. Ce patrimoine ancien continue de senrichir au fil des recherches menes sur la biodiversit actuelle et passe. Aujourdhui, les collections se numrisent et deviennent aussi des bases de donnes de rfrence qui gagnent en accessibilit et visibilit. Les types dobjets qui les constituent sont trs varis : tissus mous, tissus squelettiques, ADN, chromosomes, spcimens entiers despces actuelles, fossiles, pollen ou organismes vivants. Ils reprsentent une importante diversit dorganismes (faune, flore, microorganismes) avec des herbiers, des lames de pollens de rfrence, des animaux et vgtaux marins et terrestres mditerranens, des souris et rongeurs ( animaux modles ), des souches vivantes de souris, des cultures de bactries aquatiques, des poissons tropicaux, mditerranens et autres (eau douce et mer), des faunes et flores fossiles ainsi que des amphibiens et des reptiles du Palarctique occidental. Les recherches qui sappuient sur ces collections utilisent des techniques et des savoir-faire diversifis et innovants observations macroscopiques et microscopiques, analyse molculaire, squenage, etc. qui font appel un vaste ventail dapproches : morphomtrie, spectromtrie, cytognomique, expression des gnes, gnomique, modlisation, phylognie et phylogographie. Ces recherches rpondent un des dfis majeurs de notre communaut scientifique : connatre, comprendre et conserver la biodiversit. Ces objectifs se dclinent en trois problmatiques principales : Dcrire la biodiversit. La premire tape pour comprendre la biodiversit est de la dcrire prcisment : inventorier et nommer les espces, documenter leur variation morphologique ou gntique, mais aussi dfinir des critres didentification morphologiques pour permettre aux gestionnaires et aux naturalistes didentifier les organismes quils rencontrent. Cette dmarche systmatique combine ltude de caractres morphologiques dtermins par lanalyse des spcimens et, de plus en plus, celle de caractres molculaires faisant appel aux collections de ressources gntiques (tissus et ADN).

Collections

Les collections montpelliraines documentent ainsi la biodiversit actuelle, lchelle de rgions (p. ex. Afrique du Nord, Mditerrane, Arctique occidental) et de continents (Afrique, Amrique du Sud, Europe, Asie), mais galement celle du temps profond (du Palozoque au Quaternaire). Comprendre les mcanismes qui crent et maintiennent la biodiversit. La biodiversit actuelle est le rsultat dune longue histoire volutive qui a t marque par des vnements de diversification et dextinction. Comprendre comment lvolution faonne les patrons de diversit est au cur de la biologie volutive. Les collections permettent dtudier les variations gographiques des phnotypes ou des gnotypes, mais aussi les variations temporelles puisquelles permettent dtudier les traits de populations qui vivaient dans le pass. Actuellement, en associant ltude des patrons de variabilit gntique et phnotypique, les collections permettent didentifier les dterminants volutifs de la diversit et danalyser les processus de diversification. Prdire les changements de biodiversit. Documenter les changements temporels de distribution et dabondance des espces permet dvaluer les capacits de rponse des organismes et des communauts aux changements globaux (climatiques, anthropiques). Pour prdire lvolution de cette diversit, les recherches utilisent la modlisation pour simuler des scnarios de changement. La fiabilit des modles tests, quils soient mcanistes ou statistiques, dpend de la solidit des donnes concernant la rpartition spatiale et temporelle de la biodiversit. Par leur richesse en organismes et par la qualit des informations qui y sont rattaches, les collections reprsentent un outil essentiel pour documenter la distribution actuelle ou passe des organismes, et donc assurer la qualit des outils de dcision indispensables face aux enjeux biologiques et socitaux lis la 6e extinction. On voit donc aisment que la richesse et la valeur scientifique des collections montpelliraines rendent essentielle leur prservation long terme afin de garantir leur utilisation future. Rodolphe Tabuce (UMR ISEM), Brigitte Meyer-Berthaud (UMR AMAP), Pierre-Andr Crochet (UMR CEFE) & Janice Britton-Davidian (UMR ISEM)
Collectons pour la biodiversit 9

Salle principale abritant lherbier ALF. Planche Acacia senegal (L.) Willd. (Mimosaceae).
Pierre Poilecot

dveloppement (Cirad) renferme environ 70 000 spcimens dherbier ltat sec (gs de 1 100 ans) de 5 500 espces vgtales, dont 60 types, et des collections annexes de fruits secs et de graines. Spcifique de lAfrique tropicale sche, depuis la Mauritanie jusqu la mer Rouge, il comprend une majorit despces des savanes soudaniennes et sahliennes et donc des grandes zones dlevage. Lherbier renferme aussi des espces provenant dautres cosystmes tropicaux, quils soient anthropiss ou conservs.
Pierre Poilecot

associe ainsi quune importante iconographie. La mise en ligne de ces informations permet dchanger avec les institutions botaniques du monde entier, de diffuser informations et connaissances, de faciliter les changes et les prts de matriel vgtal des fins scientifiques ou de formation. La collection fait partie des rseaux Tela Botanica (cf. p. 61), des herbiers de France et collabore avec des herbiers europens (Wageningen, conservatoire et jardin botaniques de Genve) et africains (Laboratoire de recherches vtrinaires et zootechniques de Farcha au Tchad p. ex.).

Lherbier ALF du Cirad


Cr en 1962 et enregistr sous le nom ALF lIndex Herbariorum (New York Botanical Garden), cet herbier du Centre de coopration internationale en recherche agronomique pour le

Herbier ALF du Cirad


70 000 spcimens dherbier ltat sec de 5 500 espces vgtales dont 60 types et collections annexes de fruits secs et de graines (gs de 1 100 ans). Provenance : Afrique tropicale sche, notamment savanes des domaines soudanien et sahlien, Afrique du Nord, Moyen-Orient (environ 60 pays) Localisation Cirad, Campus International de Baillarguet UR AGIRs,TA C 22/E, Btiment G, Bureaux G209 (G210 et G211) 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : herbieralf@cirad.fr http://alf.plantnet-project.org

Collections pour la biodiversit

Lherbier ALF constitue un capital biologique inestimable. Il reprsente un outil pour la connaissance, lestimation et le suivi de la diversit biologique dans lespace et le temps. Il contribue aux tudes en biologie molculaire qui permettent la rvision de la classification des plantes et leur nomenclature. Cette collection reprsente une mmoire qui permet de suivre et dexpliquer, partir des vgtaux, les bouleversements observs au sein des cosystmes. Celle-ci est ainsi implique dans diffrentes disciplines scientifiques et environnementales : botanique, systmatique, gntique, chorologie, phnologie, palynologie, ethnobotanique, anthropologie. Elle participe galement diverses manifestations scientifiques destines diffuser les connaissances auprs des professionnels et du grand public (expositions, confrences...). Tous les spcimens intgrs dans la base de donnes ont t gorfrencs de faon pouvoir cartographier la rpartition des plantes collectes. En complment des informations sur chaque spcimen, celle-ci permet aussi de consulter la planche dherbier

LHerbier Montpellier Universit (MPU)


Lherbier de lUniversit Montpellier 2 (UM2) conserve environ 3,5 millions dchantillons provenant du monde entier de taxons de vgtaux et champignons terrestres ou aquatiques, essentiellement sous forme de planches dherbier, ainsi que des documents souvent indits (iconographies, notes de terrain et archives). Cet herbier provient de la runion des collections des facults de Mdecine et de Sciences de Montpellier, constitues depuis la cration de ces institutions. Ainsi, les plus anciens spcimens datent du dbut du 17e sicle, et les chantillons des grandes expditions la majorit des 18e et 19e sicles. Cette collection senrichit encore actuellement de lapport de chercheurs montpellirains et de correspondants de tous les continents.

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Collections de Palobotanique de lUM2


les fossiles ptrifis de fougres du Palozoque
Outre leur aspect esthtique, les caractres lis la forme de la vascularisation sont particulirement informatifs pour identifier les fougres fossiles. Ils permettent galement de reconstituer les modalits de croissance de ces plantes et den reconstruire les principaux traits architecturaux. Les collections de palobotanique de lUM2 renferment de nombreux fossiles ptrifis de fougres datant du Palozoque dont la qualit de prservation est remarquable. Originalement dcrit partir de quelques sections dans un petit spcimen du Dvonien suprieur (375 millions dannes environ) de Pologne, Pietzschia est un genre de Cladoxylopsida (fougres basales) dont les axes anatomiquement conservs ont t retrouvs en abondance dans lAnti-Atlas marocain par les chercheurs montpellirains. Ces nouveaux spcimens, dont le plus large mesure 16 cm de diamtre, reprsentent de petits arbres abondamment ramifis. B. Meyer-Berthaud CNRS Parce quils leur sont phylogntiquement proches, lanalyse de ces Pietzschia a permis de proposer des hypothses concernant la croissance des premiers arbres terrestres, les Cladoxylopsida du Dvonien Moyen (385 millions dannes environ) qui ont constitu la fort bien connue de Gilboa dans ltat de New York. Au contraire du modle conifre, exploit au Dvonien par les Archaeopteris, le modle cladoxylopside est dpourvu de feuilles et de bois. Les modalits de sa croissance sont dtermines prcocement et prsentent peu de possibilits dajustement au cours du dveloppement.
Contact : Brigitte Meyer-Berthaud, meyerberthaud@cirad.fr Coupe transversale dun axe de Pietzschia schulleri. La vascularisation primaire est constitue dun anneau de faisceaux allongs radialement la priphrie et de petits faisceaux circulaires immergs dans la moelle centrale. Dvonien suprieur (365 ma), Maroc.

Herbier MPU UM2-Ple Patrimoine scientifique

Cette vritable banque de donnes permet la recherche et la formation dans de nombreuses disciplines de la biologie (morphologie et anatomie des plantes, palynologie, systmatique, cologie, phytogographie) et des sciences humaines (ethnobotanique, histoire des sciences). Elle apporte de prcieuses informations ltude de la biodiversit vgtale et sa conservation.

Lherbier de lUM2 participe aux activits nationales dans le cadre de diffrents rseaux des herbiers en France ; inscrit lIndex Herbariorum* sous lacronyme MPU , il participe des programmes internationaux comme Global Plants Initiative**. Avec la numrisation programme de 1,5 millions dchantillons, MPU sera le principal bnficiaire dun financement de 16 M dans le cadre des Investissements dAvenir. Le projet dinfrastructure E-ReColNat (cf p. 71) vise constituer un muse virtuel des collections naturalistes. Port par le Musum national dHistoire naturelle (MNHN), ce projet implique Montpellier lUM2, Tela Botanica, lInstitut de recherche pour le dveloppement (IRD) et le Cirad.
*http://sciweb.nybg.org/science2/ IndexHerbariorum.asp ** JSTOR Plants Science : http://plants.jstor.org

Herbier Montpellier Universit (MPU)


Ple Patrimoine scientifique de lUM2
3,5 millions dchantillons despces de plantes, algues et champignons, collects du 17e sicle nos jours. Provenance : mondiale Localisation Institut de botanique - 163 rue A. Broussonet 34090 Montpellier Pour plus dinformations : Vronique Bourgade, herbier-mpu@univ-montp2.fr www.collections.univ-montp2.fr/ les-collections-de-lum2/botanique

Vitex agnus castus, herbier Boissier de Sauvages.

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Collectons pour la biodiversit

Des cubes de bois pour voir les trois sections de rfrence.

V. Bonneaud Cirad

La xylothque du Cirad
La xylothque du Cirad fut mise dans sa forme scientifique, quelle conserve toujours, en 1937 partir de diverses petites collections elles-mmes rassembles depuis la fin du 19e sicle des fins dexposition et de dmonstration. Ce fut un botaniste qui mit au point un classement original pour des chantillons de bois ayant une origine et une valeur scientifique prouves. En 2012, cette collection rassemblait 34 400 chantillons de bois appartenant environ 8 400 espces du monde tropical. Ces bois, pour tre introduits dans la collection, devaient, et doivent toujours, provenir dune rgion tropicale, tre produit par un arbre et, si possible, avoir t rcolts avec un herbier dpos dans un institut de botanique franais ou tranger. Chaque chantillon (format 13 x 6 x 1 cm) porte une tiquette mentionnant le numro dentre dans la collection, le pays

dorigine, le nom du rcolteur, le numro de la rcolte botanique, le nom vernaculaire si connu et la dtermination botanique de larbre. Les spcimens sont rangs dans un ordre dtermin par quatre systmes simultans de classement : ordre dvolution botanique pour les familles, ordre alphabtique pour les genres, ordre gographique pour les espces, elles-mmes ranges par ordre alphabtique dans un mme pays. Parmi les plus anciens chantillons, certains avaient une valeur scientifique (car authentifis par un herbier), dautres avaient un intrt historique, comme les bois dAmazonie envoys par le Brsil lExposition Universelle de Paris (1867). Par la suite, la collection fut approvisionne par les rcoltes de botanistes, les services ou inventaires forestiers de divers pays et par des changes avec dautres collections : Madison et Syracuse (tats-Unis dAmrique), Utrecht (Pays-Bas), etc. Connatre la structure du bois aide les botanistes, car celle-ci, comme la structure du pollen, peut conforter une dcision de scission dun genre, de mise en synonymie ou de cration de nouveaux taxons. Les chantillons authentifis par herbier servent aussi de rfrence lidentification de bois inconnus la demande de particuliers, de socits de lindustrie et du commerce, de muses et de socits archologiques. Des bois peuvent en effet conserver intacte leurs structure aprs avoir pass 4 000 ans dans le dsert gyptien, plus de 1 000 ans dans la vase au Kampucha ou 400 ans immergs au fond de la mer des Philippines.

Collections de rfrence pour la palobiodiversit : Phyllothque, anthracothque, xylothque, carpothque, collections de plantes modles, collections de restes fossiles et archologiques
Lunit mixte de recherche (UMR) Centre de Bio-Archologie et dcologie (UMR CBAE, CNRS/UM2/ EPHE/INRAP) possde de riches collections de matriel biologique actuel ( thques ), supports fondamentaux pour comprendre la biodiversit et, en particulier, la palo-biodiversit. Ces collections comprennent du bois carbonis, des lames de bois, des fruits, graines et feuilles, despces europennes, asiatiques, nord-africaines et sud-amricaines, rassembls depuis 30 ans en provenance de conservatoires, de jardins botaniques et de prlvements sur le terrain. Ces collections sont classes et en partie informatises. Leur accs est ouvert aux tudiants et chercheurs. La phyllothque comprend 4 000 spcimens de feuilles du monde entier, lanthracothque plus de 2 300 espces de bois carbonis dAmrique du Sud, 500 dEurope occidentale et des chantillons du pourtour mditerranen. Les graines, fruits secs et autres organes vgtaux (pices dinfrutescences, organes de rserve, etc.) actuels provenant despces cultives ou sauvages, pour la plupart europennes et mditerranennes, comprennent environ 3 000 chantillons. Sy ajoutent des collections dorganismes modles (graines, bois et feuilles de vigne, olivier, dattier, mrier ;

Xylothque du Cirad
UPR Production et valorisation des bois tropicaux et mditerranens (Cirad)
Collections pour la biodiversit

34 400 chantillons de bois (format 13 x 6 x 1 cm) denviron 8 400 espces, datant de la n du 19e sicle nos jours. Provenance : rgions tropicales Localisation Cirad - TA-B-40/16 - 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Pierre Dtienne, pierre.detienne@cirad.fr http://ur-bois-tropicaux.cirad.fr/equipementsscientiques/xylotheque

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bois et feuilles de chne vert, kerms, pins) dintrt cologique, ethnobiologique, agronomique et conomique provenant du monde entier, et lorigine de bases de donnes biologiques (morphomtrie, gntique) (cf. p. 67). Lensemble de ces collections de matriels biologiques actuels constitue un outil de travail majeur pour lidentification botanique et lanalyse morphomtrique des restes anciens, empreintes de la fin du Tertiaire et du Quaternaire et restes subfossiles, carboniss ou gorgs deau, issus de sdimentations naturelles ou archologiques. Elles alimentent les thmatiques du CBAE dans les domaines de la palobotanique et de la palocologie : histoire du climat, des feux, dynamiques forestires, histoire de lagriculture, des usages des plantes et, plus largement, des relations des socits avec leur environnement.

Les collections de matriels anciens fossiles ou subfossiles constituent galement un riche patrimoine, archiv et informatis dans les sous-sols du CBAE sur 145 mtres linaires. Leur intrt musographique va de pices pouvant tre directement exposes aux matriels servant de supports denseignement, expositions, photos, prsentations au microscope, etc. Le CBAE accueille tudiants et stagiaires autour de formations orientes sur lapprentissage de la reconnaissance de spcimens anciens ainsi que la recherche et la reconnaissance dindicateurs biologiques en vue de restitutions paloenvironnementales. Les Jardins Antiques (cf. p. 60) constituent un aboutissement de ces recherches et un formidable outil pdagogique.

Phyllothque, anthracothque, xylothque, carpothque, collections de restes fossiles et archologiques de lUMR CBAE
Centre de Bio-Archologie et dcologie (CNRS/UM2/EPHE/INRAP)
Phyllothque : 4 000 spcimens de feuilles sches actuelles. Anthracothque et xylothque : bois actuel carbonis de 3 800 espces et lames de bois de 3000 espces. Carpothque : 3 000 spcimens de graines, fruits et autres organes vgtaux (infrutescences, organes de rserve) actuels despces cultives ou sauvages. Collections de restes vgtaux fossiles ou archologiques : (n Tertiaire et Quaternaire). Provenance : Europe, Asie, Afrique, Amrique du Sud Localisation Institut de botanique - 163 rue A. Broussonet 34090 Montpellier Pour plus dinformations : Lucie Chabal, chabal@univ-montp2.fr & Laurent Bouby, laurent.bouby@univ-montp2.fr www.umr5059.univ-montp2.fr/ 10b_collection_BD.html

S. Ivorra CNRS

Loupe binoculaire, empreintes de feuilles fossiles sur travertins et phyllothque.

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences de la biodiversit

Collection de Palobotanique de lUM2


Cette collection de plantes fossiles lycophytes, sphnophytes, fougres, plantes graines (gymnospermes, angiospermes) et groupes disparus comprend au total 5 000 spcimens datant du Dvonien (Palozoque) jusquau Plio-Quaternaire, soit un ventail stratigraphique de 400 millions dannes. Il sagit dempreintes, de spcimens anatomiquement conservs et de moulages de diffrents types dorganes vgtaux tels que tiges, feuilles, organes reproducteurs, racines et bois. La collection est divise en : Une collection historique (2 000 spcimens), rassemble entre le 19e sicle et 1960. Elle est visite par des chercheurs trangers lUM2 souhaitant voir les spcimens types et figurs. Des collections issues de nouvelles recherches (3 000 spcimens) et rgulirement enrichies depuis 1963, date de la fondation du Laboratoire de Palobotanique par le Pr Grambast. Elles font lobjet de recherches quotidiennes par les palobotanistes montpellirains.

Les spcimens proviennent du Massif central, mais galement de GrandeBretagne, Allemagne, Afrique du Nord, Chine et Australie pour les plus rcemment collects. Des spcimens des tats-Unis dAmrique et de Belgique ont t obtenus par change. Certaines collections historiques et dautres plus rcentes correspondent des gisements aujourdhui puiss ou inaccessibles. Celles-ci sont donc dune grande valeur scientifique et font lobjet de recherche en cours. Une partie des spcimens sert de support lenseignement dispens en licence et master lUM2. Des spcimens sont prts diverses institutions (Cit des Sciences, Technische Universitt Dresden) pour des expositions temporaires. La collection de Palobotanique est rgulirement visite par des chercheurs nationaux et internationaux (2 fois par an en moyenne). Elle est dpose sur trois sites : deux sites du campus de Triolet (collections historiques et une partie des collections de recherche), le troisime site se trouvant sur le campus Agropolis, dans les locaux de lUMR botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (UMR AMAP , Cirad/CNRS/Inra/IRD/UM2).

Collection de lames de pollen de rfrence


La collection de lames de pollen de rfrence de lInstitut des Sciences de lvolution de Montpellier (UMR ISEM, CNRS/IRD/UM2) est lune des plus importantes au monde. Elle est constitue ce jour de 50 000 lames dangiospermes, 2 400 lames de gymnospermes et 2 000 lames de spores. Le pollen est actolys et mont entre lames et lamelles dans de la glycrine phnole, elle mme entoure de paraffine (pour viter le dveloppement de champignons). Les lames sont montes partir dchantillons de fleurs dont certaines furent prleves en 1872. Cette collection a dbut en 1945 lors de la fondation du laboratoire de Palynologie par Madeleine Van Campo au Musum de Paris. En 1967, le laboratoire sest install Montpellier luniversit des Sciences et Techniques du Languedoc. Depuis, cette collection est sans cesse enrichie par de nouveaux chantillons (missions de terrain, changes, herbiers) ; ce qui permet de constituer des collections trs spcifiques telles que celles du Groenland, de Chine, de Thalande, dAfrique du Sud, du
B. Meyer-Berthaud CNRS

Collections historiques de Palobotanique. Campus du Triolet.

Collection de Palobotanique de lUM2


UMR AMAP - botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (Cirad/CNRS/Inra/IRD/UM2) & UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2)
5 000 spcimens de plantes fossiles (lycophytes, sphnophytes, fougres, plantes graines) et de groupes disparus du Dvonien (Palozoque) au Plio-Quaternaire. Provenance : Massif central (France), Grande Bretagne,Allemagne,Afrique du Nord, Chine, Australie, tats-Unis dAmrique, Belgique Localisation UMR AMAP - Cirad,TA-A51/PS2 - Boulevard de la Lironde, 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Suzanne Jiquel, suzanne.jiquel@univ-montp2.fr Jean Galtier, jean.galtier@cirad.fr & Brigitte Meyer-Berthaud, meyerberthaud@cirad.fr www.bdd-inee.cnrs.fr/spip.php?article115

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Collections pour la biodiversit

Maghreb, de la Martinique, du Liban, etc. Cette collection a ainsi permis llaboration datlas polliniques indispensables aux analystes. Des changes de lames se font rgulirement avec dautres laboratoires franais (p. ex. Sophia Antipolis) et trangers (Espagne, Chili, etc.). Elle est utilise en permanence car elle constitue un outil de travail pour les chercheurs, les analystes, les tudiants et mme les visiteurs non scientifiques.

Collection de lames de pollen de rfrence


UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2)
50 000 lames dangiospermes, 2 400 lames de gymnospermes, 2 000 lames de spores partir dchantillons de eurs prleves depuis 1872. Provenance : mondiale Localisation Laboratoire de Paloenvironnements et Paloclimats - UM2, Bat 22, 3 tage - CC 061 Place E. Bataillon, 34095 Montpellier CEDEX 05 Pour plus dinformations : Rachid Cheddadi, rachid.cheddadi@univ-montp2.fr www.collections.univ-montp2.fr/lames-de-pollen www.palyno.org/Pollen

J. Ferrier

Pollen dAbies silicica (Abietaceae).

Les fossiles du Quercy


une rfrence mondiale pour la palobiodiversit durant locne en Europe occidentale
Les collections patrimoniales peuvent trouver une seconde jeunesse grce lutilisation de nouvelles techniques dinvestigation. Cest le cas du petit crne dartiodactyle ci-contre, attribu au genre Robiacina dat de locne (~38 millions dannes) 1 cm et conserv dans les collections de Palontologie (UM2). Ce fossile a probablement t dcouvert la fin du 19e sicle par des ouvriers qui exploitaient du minerai de ISEM phosphate de chaux dans les remplissages karstiques des causses calcaires du Quercy (dpartement du Lot, France). Durant locne, lenvironnement du Quercy est tout autre : il abrite une fort tropicale la biodiversit luxuriante. Le genre Robiacina fait partie des mammifres reprsents. Longtemps sous-exploits dun point de vue scientifique, les fossiles du Quercy reprsentent aujourdhui une rfrence mondiale pour comprendre les mcanismes de lvolution et donner une image fiable de la palobiodiversit durant locne en Europe occidentale. Les chercheurs montpellirains ont t lorigine de ce renouveau ds 1965 et ont constitu une riche collection de spcimens de rfrence (notamment types et figurs). Les tudes palontologiques (systmatique, phylogntique, palocologique, etc.) sur cette collection se poursuivent ce jour. Avec lutilisation de micro-CT scans (microtomographie rayons X assiste par ordinateur), les chercheurs ont accs des structures internes tout en prservant lintgrit des spcimens tudis. De plus, la standardisation et la reproductibilit des acquisitions numriques assurent un partage des donnes et des connaissances, autrement dit une nouvelle collection dimages numriques virtuelles en 3D. Le crne de Robiacina provenant du Quercy a t dcrit et figur en 1978 lors dune tude morphologique de surface et fait dsormais lobjet dune investigation interne approfondie par CT scan. Un traitement informatique permet de reconstruire virtuellement le moulage de sa cavit endocrnienne et donne accs la morphologie externe de son cerveau. Ces donnes font partie dune tude sur lvolution des structures crbrales des artiodactyles en cours lISEM.
Contact : Rodolphe Tabuce, rodolphe.tabuce@univ-montp2.fr & Mava Orliac, maeva.orliac@univ-montp2.fr

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Crne de Robiacina, ocne ~38 Ma, Quercy (spcimen nACQ-69) en vue latrale et reconstruction 3D de son endocrne aprs exploitation numrique des donnes micro-CT scans.

Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences de la biodiversit

La collection de zoologie de lUM2


La collection de zoologie de lUM2 est constitue de prs de 40 000 spcimens appartenant diffrentes familles danimaux (insectes, coraux, mollusques, amphibiens, reptiles, poissons, oiseaux, mammifres), conservs sous diffrentes formes : spcimens naturaliss (reptiles, poissons, oiseaux, mammifres) ; spcimens conservs en fluides, en bocal avec alcool ou formol (vertbrs et invertbrs) ; collection de mollusques coquille ; botes d'entomologie. Constitue progressivement depuis la cration de la facult des Sciences de Montpellier, elle compte de nombreux spcimens du 19e sicle. Elle continue de nos jours tre rgulirement enrichie (legs, dons, changes). Cette collection est utilise pour lenseignement de la biologie, pour la recherche, et sert galement aux actions de culture scientifique organises par le ple patrimoine de lUM2 ou celles auxquelles il participe.

squelettes complets qui sont articuls et monts sur socle. Une grande partie de cette collection rsulte dune longue histoire naturaliste car certains lments ont t rassembls partir de 1850. Ce fond ancien remarquable nous parvient de lancienne facult des Sciences ; il sest ensuite enrichi par des legs, changes et dpts. Il est aujourdhui aliment par le biais de collaborations avec les zoos, aquariums, rserves et centres dlevage nationaux et europens. Cette collection est utilise comme matriel de comparaison par les tudiants et chercheurs (tudes anatomiques, dveloppementales et cologiques) mais aussi comme support pdagogique pour les enseignements de travaux pratiques. Cest galement un excellent support pour la diffusion de la culture scientifique (actions de sensibilisation, expositions, ateliers, confrences).

et, enfin, une des plus importantes collections mondiales de mammifres cnozoques (50 000 spcimens inventoris) et de slaciens mso-cnozoques (1 million dlments odontologiques). Le fond ancien de ces collections sest constitu partir dacquisitions dorigines diverses (achats, dons, changes, saisies) mais rsulte surtout des fouilles historiques menes dans la rgion par les amateurs et universitaires au cours des 19e et 20e sicles. Depuis la cration de lISEM (1981), ces collections sont gres et alimentes par le personnel du laboratoire de Palontologie. Les dernires rcoltes proviennent dAfrique du Nord, dAsie du Sud-Est et dAmrique du Sud. la fois support et produit de la recherche, ces collections abritent ce jour 10 000 spcimens types et figurs. Ce sont des rfrences internationales servant dcrire les nouveaux taxons fossiles qui, conformment aux codes internationaux de nomenclature, sont entretenus et mis la disposition de la communaut scientifique internationale. Il existe au sein du laboratoire un systme de consultation et de prt conventionn.

Collection de Palontologie de lISEM


La collection de Palontologie de lISEM se dcline en plusieurs ensembles, reflets des diverses thmatiques de recherche dveloppes depuis la fin du 19e sicle jusqu ce jour au sein de lUM2 : une collection de Stromatolithes sous forme dchantillons de roches et de lames minces, issus des grands cratons dge Archen et Protrozoque ; une collection de Palobotanique qui compte prs de 10 000 spcimens de macrorestes de vgtaux fossiles conservs en empreintes ou perminralisations ; une collection de pollens et Charophytes fossiles ; une collection de Paloichnologie constitue dempreintes et pistes de ttrapodes fossiles dge permien et trias ; un ensemble de prs de 144 000 spcimens dinvertbrs marins, parmi lesquels une collection de rfrence du Palozoque de la Montagne Noire et une collection unique du Tertiaire du LanguedocRoussillon ;

Collection dOstologie de lISEM


La collection dOstologie de lISEM regroupe des spcimens de vertbrs actuels, reprsentants des grands ordres modernes de poissons , amphibiens, reptiles, mammifres et oiseaux. Elle compte 1 200 rfrences qui proviennent du monde entier. Il sagit dlments isols du squelette (dents, mchoires, crnes, os des membres...) ou, pour la plupart, de

Collection dOstologie
UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2)
1 200 rfrences dlments isols du squelette ou de squelettes complets de vertbrs actuels des grands ordres modernes de poissons , amphibiens, reptiles, mammifres et oiseaux. Provenance : Ocans et continents du monde entier Localisation UMR ISEM, CC64 - UM2 Place E. Bataillon - 34095 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Suzanne Jiquel, suzanne.jiquel@univ-montp2.fr www.collections.univ-montp2.fr

Collection de zoologie de lUM2


Ple Patrimoine scientifique de lUM2
Collections pour la biodiversit

40 000 spcimens, dont 1 500 oiseaux naturaliss Provenance : Mondiale Localisation Institut de botanique - 163 rue A. Broussonet 34090 Montpellier Pour plus dinformations : Vronique Bourgade, collections@univ-montp2.fr www.collections.univ-montp2.fr/les-collectionsde-lum2/zoologie

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UM2

Crne dhippopotame.

Collection de Palontologie
UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2)
Vgtaux fossiles, invertbrs et vertbrs fossiles, pistes et empreintes fossiles du Palozoque jusqu lactuel : 10 000 macrorestes de vgtaux (Palozoque au Quaternaire), 144 000 spcimens dinvertbrs marins, 50 000 spcimens de mammifres cnozoques & 1 million dlments odontologiques slaciens mso-cnozoques, importante collection dempreintes de ttrapodes terrestres. Provenance : Europe, Afrique, Amrique, Asie du Sud-Est Localisation UMR ISEM, CC64 - UM2 Place E. Bataillon - 34095 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Collection de vertbrs : Bernard Marandat, bernard.marandat@univ-montp2.fr Autres collections : Suzanne Jiquel, suzanne.jiquel@univ-montp2.fr www.isem.univ-montp2.fr/accueil/collections/ collection-de-paleontologie/ http://transtypal.u-bourgogne.fr

Mandibule de mammifre prissodactyle Lophiodon lautricense, du gisement de Robiac, ge 40 millions dannes.

UM2-Sonnet

lors des missions des chercheurs de lISEM. Ces collections ont deux vocations : Constituer une rfrence taxinomique despces et de sousespces appartenant plusieurs genres de murids (Mus, Rattus, Apodemus) dorigine eurasienne et africaine ; noter la prsence de spcimens provenant de nouvelles espces de souris dcrites en Asie et Chypre. Mettre la disposition de la communaut scientifique internationale des sries temporelles, et surtout gographiques, de plusieurs espces de souris, et, en particulier, de la souris domestique. De par son tendue, ce matriel constitue une rfrence unique de la variabilit gntique, gnomique, chromosomique et morphologique de la souris domestique et des espces voisines dans leur aire de rpartition eurasienne et africaine. Cette collection permet ltude de la variabilit gntique, chromosomique et phnotypique dune espce permettant didentifier les dterminants volutifs de sa diversit et danalyser les processus de spciation. Ce matriel est le fruit de recherches menes par les membres de lISEM ; il est amen senrichir considrablement dans les annes venir.

Reconstruction virtuelle dun spcimen (Mus musculus) de la collection de crnes de souris de lISEM, imag par microtomographie RX (SkyScan 1076 in vivo CT).

Collections de souris et de rongeurs de lISEM


UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2)
Diffrents genres de murids (genres Mus, Rattus, Apodemus) : 7 500 spcimens congels (-20C), 500 spcimens et 4 000 tissus conservs dans lalcool, 8 800 chromosomes congels (-20C dans du xateur), 1 600 crnes.
Collectons pour la biodiversit 17

Collections de souris et de rongeurs de lISEM


Les collections de souris et despces apparentes de lISEM sont remarquables par leurs compositions : 7 500 spcimens congels -20C et 500 conservs dans lalcool, 4 000 tissus conservs dans lalcool, 8 800 chromosomes congels -20C dans du fixateur et 1 600 crnes. Ces collections ont dbut dans les annes 1970 sous limpulsion de Louis Thaler alors professeur de Palontologie lUM2. Depuis cette poque, elles nont cess de senrichir par de nouveaux chantillons collects

Provenance : eurasienne et africaine Localisation UMR ISEM - UM2 (btiments 22, 24) Place E. Bataillon - 34095 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Spcimens, tissus et ADN / Chromosomes : Janice Britton-Davidian, janice.britton-davidian@univ-montp2.fr Crnes : Sylvie Agret, sylvie.agret@univ-montp2.fr

R. Lebrun

Collection de crnes de souris

S. Renaud et J.-C. Auffray

Cette collection a largement contribu la connaissance taxinomique (tablissement de caractres diagnostiques) et ltude de la diffrentiation morphologique entre les diffrents groupes de souris. Profitant du dveloppement de nouvelles mthodologies dapproche, particulirement les mthodes de morphomtrie gomtrique et de gntique quantitative, ces spcimens sont aujourdhui utiliss pour apprcier les contraintes dveloppementales ou infrer le rle de la slection dans lmergence de cette diversit morphologique lchelle de ce groupe. Lutilisation importante des souris de laboratoire comme modle en biologie du dveloppement ravive encore lintrt de cette collection, notamment pour les approches cherchant dcrypter linteraction entre la dynamique du dveloppement et la dynamique volutive (vo-dvo). Ainsi, cette collection a rcemment permis de mettre en vidence un mcanisme dvolution rpte de la morphologie dentaire chez la souris. Lapparition indpendante dun tubercule dentaire supplmentaire dans plusieurs populations, et la fixation possible de ce trait dans certaines dentre elles, font aujourdhui lobjet dun consortium de recherche alliant biologistes de lvolution et du dveloppement, qui tente de comprendre le mcanisme sous-jacent de cette variabilit et son rle volutif. Il est dailleurs enthousiasmant de concevoir quune autre collection de lISEM, la collection des dents de rongeurs fossiles, pourra par la suite tre mise profit pour prouver, grandeur nature, le rle volutif de cette variation.
Contact : Jean-Christophe Auffray, jean-christophe.auffray@univ-montp2.fr Ranges dentaires suprieures de la souris domestique (Mus musculus domesticus) et de la souris naine africaine (Mus mattheyi). La premire molaire montre une extension antrieure (flche) de taille variable selon les populations et les espces.

Continent (Montpellier)

Corsica (Fango)

Islet (Piana)

Nammoys mattheyi

Les souris constituent un modle historique et important des recherches qui ont t ralises lISEM depuis presque 40 ans. Lintrt dune collection est de maintenir un ensemble dinformations accessibles pour la communaut, sans savoir, a priori, do viendra le besoin de la consulter et quelle sera la question pose ou le mcanisme volutif documenter. La collection de crnes de souris de lISEM regroupe la fois des individus prlevs dans la nature depuis le dbut de ces recherches, ou des souris issues de croisements contrls en laboratoire effectus par les quipes de lISEM pour rpondre des questions trs varies. Dans ces deux cas, lintrt nest pas de disposer simplement de spcimens, mais de vritables chantillons permettant les approches populationnelles.

Conservatoire gntique de souris sauvages de lISEM


Cr en 1976, le Conservatoire gntique de souris sauvages de lISEM (CGSS) regroupe 39 lignes de souris vivantes dorigines gographiques diverses appartenant 10 taxons reprsentant les sousgenres Mus et Pyromys, soit 5 millions dannes dhistoire

volutive. La diversit molculaire entre les sous-espces proches de la souris de laboratoire est quivalente celle qui prvaut entre homme, chimpanz et gorille. Ces lignes sont maintenues par croisements consanguins (environ 800 cages). La souris est leve comme animal de laboratoire depuis plus dun sicle. Nanmoins, la diversit rduite et lorigine volutive incertaine des souches de laboratoire les rendent peu adaptes aux approches modernes de la relation gnotype/phnotype par scans gnomiques telles quelles sont mises en uvre chez lhomme par exemple (programme HapMap). La puissance de ce genre de programme pour identifier des dterminants gntiques de maladies ou dadaptations particulires nest plus dmontrer. Chez la souris, les ressources gntiques correspondantes font pourtant dfaut. Le rle du CGSS est de contribuer prenniser un suffisamment grand nombre de lignes reprsentant des populations dorigines identifies qui peuvent tre changes entre laboratoires, et propos desquelles les donnes phnotypiques et gnotypiques sadditionnent au cours du temps.

Il est ainsi possible que les souches consanguines de souris dorigine sauvage jouent dans le futur un rle quivalent aux lignes des stocks center de drosophiles, ou bien encore aux collections daccessions chez Arabidopsis ou C. elegans. Ainsi, avec prs de la moiti des lignes recenses au niveau mondial (80 lignes), le Conservatoire constitue la principale collection de rfrence de souris sauvages et, de fait, un outil important pour la gnomique compare et lvolution molculaire. Le Conservatoire fournit rgulirement des souris et/ou des chantillons de tissus ou dADN des partenaires de diverses institutions. Il est en relation avec le rseau national dtudes fonctionnelles chez les organismes modles (EFOR) et le rseau informel des principales institutions dtentrices de lignes sauvages : RIKEN Institute (Japon), Institut Pasteur (France), Jackson Lab. (tats-Unis), University of Southern California, University of Wisconsin, Max Planck Institut (Allemagne), Academy of Sciences (Rpublique tchque) et sera bientt membre de lInternational Mouse Strain Resource.

Conservatoire gntique de souris sauvages de lISEM


UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2)
39 lignes de souris dorigine sauvage appartenant 10 taxons diffrents (sous-genres Mus et Pyromys) maintenues par croisements consanguins. Provenance : Algrie,Armnie, Bulgarie, Chypre, Danemark, Espagne, France, Gorgie, Inde, Iran, Isral, Italie, Kenya, Madagascar, Maroc, Ocanie, Pakistan, Pologne, Rpublique Tchque, Thalande,Tunisie, Ukraine Localisation UMR ISEM - UM2 (btiment 13) Place E. Bataillon - 34095 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Franois Bonhomme, francois.bonhomme@univ-montp2.fr www.isem.univ-montp2.fr/recherche/les-plateformes/conservatoire-genetique-de-sourissauvages

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Collections pour la biodiversit

Collection de tissus de mammifres de lISEM


tablie en juin 1986, cette collection de tissus de mammifres (plus de 6 160 chantillons de foie, muscles, autres) comprenait en 2011 environ 650 espces, reprsentant prs de 350 genres et 110 familles de mammifres. Des chantillons de 0,1 3,0 grammes de tissus sont prservs en thanol-95 % dans des flacons normaliss pour lextraction des ADN. Depuis 2001, les tissus des mammifres de Guyane sont aussi conservs sec (dessication par silicagel en armoires tanches). La majorit de ces chantillons provient de Guyane franaise et concerne des rongeurs (Rodentia) et opossums (Didelphimorphia). Lensemble est rpertori sur des supports physiques (fichiers, catalogues) et magntiques. Les divers fichiers et catalogues organisent la collection par ordre chronologique et par ordre

taxonomique et comprennent une estimation de la quantit de matriel disposition. Les donnes suivantes figurent sur chaque chantillon : taxon, localit et date dorigine, nom du collecteur, numro de spcimen (du collecteur ou du muse dpositaire) et numro dextraction dADN le cas chant. En parallle, des efforts particuliers ont t faits pour documenter les animaux capturs sous forme de spcimens scientifiques destins aux collections des Musums de Paris et de Genve, comblant ainsi un srieux manque de ressources biologiques indispensables aux travaux de rvisions taxonomiques. Ainsi, entre 2006 et 2011, ce sont prs de 800 rongeurs, marsupiaux et chiroptres originaires de Guyane qui sont venus enrichir les collections scientifiques. La collection sert de banques de ressources gntiques disponibles pour les chercheurs, enseignantschercheurs et tudiants de France et

dEurope, des fins de recherche en systmatique, phylognie et volution molculaire. Le dernier recensement (2007 2011) fait apparatre lenvoi de 1 207 chantillons destination de lISEM, de Montpellier, de la France, dEurope et des autres continents.

Collection de tissus de mammifres de lISEM


UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2)
6 160 chantillons de tissus (foie, muscles, autres) de 650 espces, reprsentant prs de 350 genres et 110 familles de mammifres, prservs en thanol-95 %. Provenance : Divers pays, mais en majorit Guyane franaise Localisation UMR ISEM - UM2 (btiment 32) Place E. Bataillon - 34095 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Franois Catzeis, francois.catzeis@univ-montp2.fr
A. Orth

Vue des salles dlevage du Conservatoire gntique de souris sauvages. .

Gracilinanus emiliae, spcimen V-1932 collect en dcembre 2003 Route de Kaw (commune de Roura), Guyane, par P. Gaucher (rfrence PG-192). Tissu prserv sous le numro T-4614.

P. Gaucher

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences de la biodiversit

O. Buisson

Aphyosemion elberti, Cameroun.

Collections de tissus de poissons de lISEM


Les collections de tissus de poissons de lISEM comprennent plus de 45 000 chantillons prservs dans lalcool de tissus de poissons (gs de 20 ans 20 jours), essentiellement issus de populations sauvages provenant de tous les continents et de toutes les latitudes. Ces collections sont localises sur trois sites : Montpellier, Prou, Indonsie. Diverses espces et genres y sont reprsents (cf. ci-dessous) : gobies (Pomatoschistus spp. et Sicyopterus spp.), truites (Salmo trutta), barbeaux (Barbus spp.), anguilles (Anguilla spp.), esturgeons (Acipenser spp.), etc. Les premires collections datent de 1990 (truites de France) et de nombreuses collections

se sont constitues depuis sur diverses espces. Ces collections de tissus de rfrence (de taxons ou de localits) sont susceptibles dtre utilises de multiples fois pour des analyses dADN. LISEM ayant une longue tradition des analyses molculaires de poissons, les champs de recherche sont essentiellement la gntique volutive des populations et la phylogographie. Ces collections sont des outils de travail que prservent les membres des dpartements de lISEM Conservation et domestication (quipes volution des poissons et Diversit ichthyologique et aquaculture ) et Phylognie et volution molculaire (quipe Gnomique intgrative ). Certaines collections sont gres par lObservatoire des Sciences de lUnivers Observatoire de REcherche Mditerranen de lEnvironnement (OSU OREME) de lUM2*.

Dans la mesure du possible, chaque chantillon de spcimen non collect est associ une srie de photographies de lanimal afin de valider les identifications ralises sur le terrain. Lintgralit des chantillons est catalogue sous forme dune base de donnes Excel (spcimens, tissus). Ces chantillons reprsentent plus de 577 espces et sous-espces provenant essentiellement de 25 pays dEurope, dAfrique du Nord ou du Proche-Orient. Ils ont t rcolts de 1950 nos jours (sauf pour 35 individus collects entre 1849 et 1949). Certaines espces, qui font lobjet de programmes spcifiques, sont largement surreprsentes, notamment dans la collection de tissus (1 900 chantillons pour les trois espces les plus reprsentes). Il sagit de la deuxime collection franaise aprs celle du MNHN par le nombre de spcimens entiers. Elle est de loin la collection franaise dchantillons de tissus la plus importante en nombre despces damphibiens et reptiles. Elle a ainsi acquis une visibilit internationale qui lui vaut dtre rgulirement sollicite pour des prts de spcimens ou des envois de tissus. En 2012, on comptait ainsi plus de 33 articles publis bass en partie sur des chantillons issus de la collection BEV-CEFE. Plusieurs quipes partenaires (Centro de Investigao em Biodiversidade e Recursos Genticos / universit de Porto, Instituto de Biologia Evolutiva / universit Pompeu Fabra de Barcelone) dposent dornavant leurs vouchers (spcimens de rfrences) dans cette collection.

Collection de tissus de poissons de lISEM


UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS/IRD/UM2)
Plus de 45 000 spcimens prservs dans lalcool (gs de 20 ans 20 jours) : 4 000 gobies europens (Pomatoschistus spp.) et 3 000 tropicaux (Sicyopterus spp.), 500 blennies (Salaria uviatilis), 3 200 barbeaux (Barbus spp.), 1 000 muges (plusieurs genres), 1 200 loups (Dicentrarchus labrax), 600 daurades (Sparus aurata), 500 anchois (Engraulis enchrasicolus), 15 000 truites (Salmo trutta), 300 esturgeons (Acipenser spp.), 3 000 anguilles (Anguilla spp.), 1 500 Pimelodidae, 2 500 Serrasalmidae, 1 000 Cichlidae, 1 500 tilapia, 500 siluriformes, 1 500 Lates, 1 500 Aphyosemion, 1 500 Melanoteniidae, 500 Clariidae, 50 Botiidae. Provenance : mondiale Localisation UMR ISEM - UM2 (btiment 22) Place E. Bataillon - 34095 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Patrick Berrebi, patrick.berrebi@univ-montp2.fr & Jean-Franois Agnse, agnese@univ-montp2.fr www.oreme.univ-montp2.fr/spip.php?article44

Collection de spcimens, de tissus damphibiens et de reptiles du Palarctique occidental


La collection herptologique Biogographie et cologie des vertbrs (BEV) du Centre dcologie Fonctionnelle et volutive (UMR CEFE, CNRS/ EPHE/UM2/Montpellier SupAgro/ Cirad/IRD/Inra/UM1/UM3), cre en 1983 sous lgide du laboratoire de Biogographie et cologie des Vertbrs de lcole Pratique des Hautes tudes (EPHE), comprenait, fin 2012, 12 360 spcimens et 6 250 chantillons de tissus dans lalcool.
* www.oreme.univ-montp2.fr

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Collections pour la biodiversit

Un exemple danimaux conservs en alcool. Ltiquette comporte toujours le nom de lespce, la localit, la date et le numro BEV.

Collection herptologique Biogographie et cologie des vertbrs


quipe Biogographie et cologie des vertbrs de lUMR CEFE - Centre dcologie Fonctionnelle et volutive (CNRS/EPHE/UM2/Montpellier SupAgro/Cirad/IRD/Inra/UM1/UM3)
12 360 spcimens et 6 250 chantillons de tissus dans lalcool damphibiens et de reptiles du Palarctique occidental (577 espces et sousespces rcoltes depuis 1950 jusqu aujourdhui).
Collectons pour la biodiversit 21

Provenance : Europe, Afrique du Nord, Proche-Orient Localisation UMR CEFE - 1919 Route de Mende 34293 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Philippe Geniez, philippe.geniez@cefe.cnrs.fr & Pierre-Andr Crochet, pierre-andre.crochet@cefe.cnrs.fr www.cefe.cnrs.fr/collection-bev/collection-bev

P. Geniez / EPHE-CEFE

Biodiversarium - UPMC - Les Archives du Laboratoire Arago

Collections de vgtaux et danimaux mditerranens (terrestres et marins) fixs et/ou vivants


Depuis 1882, lObservatoire Ocanologique de Banyuls (unit mixte de service [UMS] OOB, UPMC/ CNRS) hberge des collections varies dorganismes provenant de la mer Mditerrane et de diffrentes lagunes mditerranennes. Ces collections rassemblent des organismes fixs mais aussi vivants ; elles sont centres autour de quatre thmes : les organismes marins, les vgtaux terrestres, les oiseaux terrestres et marins ainsi que les insectes. La collection dorganismes marins vivants est prsente au public au sein de laquarium de Banyulssur-Mer, vitrine grand public de lObservatoire. Cette collection, qui rassemble plus de 250 espces (poissons et invertbrs marins mditerranens), sera toffe en 2014, date de louverture du nouvel aquarium de Banyuls. Outre son intrt en termes de communication autour de la biodiversit locale auprs du grand public, cette collection sert aussi de support aux enseignements suprieurs dispenss au sein de lOOB. Enfin, elle permet

la mise en uvre de programmes de reproduction et/ou de conservation de certaines espces sensibles. La collection dorganismes marins vivants est rfrence au sein du rseau de lUnion des Conservateurs dAquariums et de lEuropean Union of Aquarium Curators. La collection de vgtaux vivants mditerranens est, quant elle, prsente au public au sein du Jardin Mditerranen du Mas de la Serre. Cette collection prsente 300 espces vgtales dont de nombreuses espces dintrt pour la recherche de substances actives par exemple. Laquarium et le Jardin Mditerranen constituent un ensemble de mdiation scientifique appel Biodiversarium. Les collections dorganismes mditerranens fixs sont des collections de rfrence pour les chercheurs de lOOB mais galement pour les tudiants et les chercheurs accueillis. Celles-ci incluent environ 1 900 espces rfrences de poissons et dinvertbrs marins, 1 500 espces dinsectes et environ 180 espces doiseaux taxidermiss. La collection doiseaux est visible lentre de lOOB. Cette collection historique et trs complte est parfois utilise dans le cadre de recherches

ornithologiques en gntique des populations (analyse ADN partir des racines de plumes).
Collection doiseaux.

Collections de vgtaux et danimaux mditerranens (terrestres et marins) fixs et/ou vivants


UMS OOB - Observatoire Ocanologique de Banyuls (UPMC/CNRS)
Collection dorganismes marins vivants : 250 espces (poissons et invertbrs). Collection de vgtaux terrestres vivants : 300 espces vgtales. Collection historique doiseaux terrestres et marins : 180 espces taxidermises. Collections dorganismes xs : 1 900 espces de poissons et invertbrs, 1 500 espces dinsectes. Provenance : Mer Mditerrane & diffrentes lagunes mditerranennes Localisation Observatoire Ocanologique de Banyuls Avenue du Fontaul - 66650 Banyuls-sur-Mer Pour plus dinformations : Organismes marins vivants : Pascal Romans, pascal.romans@obs-banyuls.fr Organismes marins xs : Cline Labrune, celine.labrune@obs-banyuls.fr Oiseaux / Vgtaux & insectes: Julie Rius, julie.rius@obs-banyuls.fr www.biodiversarium.fr

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Collections pour la biodiversit

MOLA : Observatoire microbiologique du Laboratoire Arago (Microbial Observatory of the Laboratoire Arago)
Cre en 2001, la souchothque de lOOB est une collection environnementale qui comprend 2 500 souches (cryoconserves -80C dans du glycrol 35 % et dans du dimethyl sulfoxide [DMSO] 5 %). Elle inclut la fois des souches bactriennes correspondant des espces rfrences dans les collections nationales et souvent dcrites sur les plans taxinomique, physiologique et mtabolique mais aussi et surtout de trs nombreuses souches originales qui nont, pour la plupart, jamais t dcrites et qui ne sont rfrences dans aucune autre collection publique. Ces souches proviennent des ocans Atlantique, Pacifique, Arctique, de la mer Mditerrane et de diffrentes lagunes. Toutes les souches de la collection sont dcrites sur le plan phylogntique par la squence totale ou partielle du gne ribosomique 16S. Elles sont souvent caractrises par plusieurs paramtres aux niveaux mtabolique, physiologique et/ou
Cultures de bactries photohtrotrophes et de cyanobactries en lumire continue.

gntique (prsence de certains gnes fonctionnels). La collection est aujourdhui utilise dans le cadre dun partenariat industriel afin dtudier la capacit de ces souches produire des mtabolites secondaires et dexplorer leurs activits dans le domaine de la pharmacie et de la dermo-cosmtique. Plusieurs souches font actuellement lobjet de recherches approfondies pour une valorisation industrielle. Dautres partenariats sont possibles pour la recherche dactivits complmentaires comme dans le domaine de la bioremdiation pour la dgradation ou la transformation de polluants ou encore dans le domaine agroalimentaire. Cette souchothque est galement une ressource trs importante pour les recherches fondamentales en cologie microbienne de lOOB. titre dexemple, lquipe Biodiversit et biotechnologies marines sintresse limportance de la photohtrotrophie dans le fonctionnement du cycle du carbone marin, et donc au rle des bactries photohtrotrophes qui utilisent la lumire comme complment nergtique pour la respiration. Cela amliore leur

efficacit dans la transformation de la matire organique. Plusieurs souches originales ont ainsi t trouves et font lobjet de programmes de recherche financs par lAgence Nationale de la Recherche (ANR). La collection est rfrence dans le systme mondial dinformation sur la biodiversit et, depuis 2007, dans la World Federation for Culture Collections (n WDCM911).

MOLA : Observatoire microbiologique du Laboratoire Arago (Microbial Observatory of the Laboratoire Arago)
UMS OOB - Observatoire Ocanologique de Banyuls (UPMC/CNRS)
2 500 souches bactriennes cryoconserves -80C dans du Glycrol 35 % et dans du DMSO 5 %. Provenance : Ocans Atlantique, Pacique & Arctique, mer Mditerrane, diffrentes lagunes Localisation Observatoire Ocanologique de Banyuls Avenue du Fontaule - 66650 Banyuls-sur-Mer Pour plus dinformations : Philippe Lebaron, philippe.lebaron@obs-banyuls.fr & Laurent Intertaglia, curator.mola@obs-banyuls.fr http://collection.obs-banyuls.fr

23 MOLA Culture Collection - UPMC - Les Archives du Laboratoire Arago

Collectons pour la biodiversit

J.-M. Prosperi Inra Montpellier

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Collections pour la biodiversit

Graines et gousses de diffrentes espces de lgumineuse.

pour les sciences agronomiques


es collections pour les sciences agronomiques peuvent tre classes en deux grandes catgories : les collections en lien avec la protection des cultures et celles pour la prservation des ressources gntiques. Conservation des agents phytopathognes Les maladies causes par des agents phytopathognes et les pertes dues aux ravageurs des plantes cultives constituent une contrainte majeure la production de ressources alimentaires, de bois et de biomasse, entrainant des pertes conomiques importantes. Ces ennemis des cultures prsentent une grande diversit et un potentiel dadaptation important. Lagriculture moderne, en rduisant la gamme des espces cultives et la diversit au sein de ces espces, exerce une pression de slection forte et homogne sur les pathognes. Cette pression favorise lapparition de nouvelles souches contournant les rsistances varitales ou slectionne des souches pour leur tolrance aux traitements phytosanitaires. La comprhension de ces dynamiques dadaptation est essentielle pour amliorer les moyens de lutte (cration varitale et gestion optimise des traitements). Elle implique une bonne connaissance des populations des agents pathognes et ravageurs qui sappuie sur la caractrisation de larges ensembles disolats pour des caractres phnotypiques (pouvoir pathogne, etc.) et gntiques (diversit de marqueurs neutres ou slectionns). Ces approches ncessitent lutilisation de collections de centaines dindividus, reprsentatives de la diversit intraspcifique dune espce. Ces collections sont en cela diffrentes de celles utilises pour des tudes taxonomiques. Afin dtudier leurs caractristiques biologiques, il est aussi ncessaire de disposer dindividus vivants. Pour certains agents phytopathognes, la conservation sur le long terme dindividus stables, ou isolats, est possible. Ceux-ci sont collects des chelles gographiques et des moments diffrents et dans des contextes varis, afin de connatre la structure et lvolution de ces populations. Ainsi, les collections disolats sont continuellement enrichies ; la conservation des isolats responsables des pidmies passes senrichit des isolats dpidmies contemporaines ou de nouvelles zones dextension des maladies. Sajoutent galement les collections de pathognes (bactries, virus) et de parasitodes (nmatodes entomopathognes, micro-hymnoptres parasitodes) dinsectes ravageurs, utilises pour tudier les mcanismes dinteraction et identifier de nouvelles voies de lutte biologique.

Collections

Prservation des ressources gntiques vgtales Les ressources phytogntiques reprsentent la diversit du matriel gntique contenu dans les varits traditionnelles et cultivars modernes, le matriel utilis par les slectionneurs et les espces sauvages apparentes aux cultures. Cette diversit constitue un patrimoine inestimable dont la prservation est un enjeu stratgique majeur pour toutes les activits en rapport avec le vivant. La conservation ex situ constitue le moyen le plus courant de conserver ces ressources phytogntiques, le plus commode et le plus fiable pour les rendre accessibles aux utilisateurs. La communaut scientifique rgionale a une longue exprience de maintien de collections remarquables de plantes cultives (Cirad, IRD, Inra). Ces collections concernent les cultures des zones tempres, mditerranennes et tropicales. La plupart de ces collections sont dsormais organises dans des Centres de Ressources Biologiques (CRB). Ce sont des centres spcialiss qui acquirent, conservent, tudient et distribuent des collections dorganismes vivants (semences, etc.) et des parties de ces organismes (banques dADN, etc.) ainsi que les bases de donnes associes, dans des conditions rigoureuses de qualit et de traabilit. Les CRB doivent satisfaire aux critres levs de qualit et dexpertise exigs par la communaut internationale scientifique et les industriels concernant la diffusion dinformations et de matriels biologiques. Ils permettent laccs aux ressources biologiques pour la recherche-dveloppement en sciences de la vie ainsi quaux agriculteurs. Plusieurs CRB sont grs au sein de la communaut scientifique rgionale : les CRB Tropicales de Montpellier, CRB Medicago et CRB Vigne. Une initiative majeure, soutenue par la Rgion Languedoc-Roussillon, vise mettre en place Montpellier un centre mondial pour la conservation et ltude des ressources gntiques. Le programme Agropolis Resource Center for Crop Conservation, Adaptation and Diversity (Arcad) rassemblera au mme endroit des quipements de conservation (chambres froides, cryoconservation, DNAthque), danalyse (phnotypage de semences, gnotypage/squenage), de recherche et de formation. Par ailleurs, des quipes de recherche travaillent avec un rseau de CRB ddis aux plantes cultives tropicales (Antilles, Guyane, Runion). Enfin, bien quil ne sagisse pas de ressources phytogntiques stricto sensu, il convient de mentionner la collection de souches bactriennes symbiotiques (rhizobiums) dune grande diversit de lgumineuses tropicales et mditerranennes dintrt agronomique et/ou cologique. Daniel Bieysse (UMR BGPI), Jean-Louis Pham (UMR DIADE) & Patrick Tailliez (UMR DGIMI)

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences agronomiques

D. Bieysse Cirad

Baies de cafier arabica attaques par Colletotrichum kahawae.

Les collections dagents phytopathognes


LUMR Biologie et gntique des interactions plantes-parasites pour la protection intgre (UMR BGPI, Cirad/Inra/Montpellier SupAgro) tudie la structure et lvolution des populations dun nombre important dagents pathognes (champignons, bactries, virus) de plantes cultives : riz, bananier, canne sucre, cafier, cacaoyer, igname, arbres fruitiers noyaux, etc.

En effet, ces agents pathognes prsentent un potentiel dadaptation important ; la comprhension des dynamiques dadaptation est alors essentielle pour amliorer les moyens de lutte. Une bonne connaissance des populations dagents pathognes sappuie sur la caractrisation (caractres phnotypiques et gntiques) de larges ensembles disolats. Ces approches ncessitent lutilisation de collections dagents pathognes de plusieurs centaines dindividus qui soient reprsentatives de la diversit intraspcifique dune espce. Pour tudier leurs caractristiques biologiques, il faut galement disposer dindividus vivants. Pour cela, les collections du BGPI contiennent prs de 17 000 isolats dagents pathognes de plantes cultives conservs selon diffrentes techniques adaptes leur biologie (conservation basse temprature, -20 ou -80C, sur papier filtre ou glycrol, dshydratation, lyophilisation, glose, plante entire). Elles incluent notamment des : Champignons : Mycosphaerella spp., Colletotrichum kahawae, Fusarium xylarioides, Corynespora cassiicola, Magnaporthe grisea Stramenopiles : Phytophthora sp.

Collection dagents phytopathognes


UMR BGPI - Biologie et gntique des interactions plantes-parasites pour la protection intgre (Cirad/Inra/Montpellier SupAgro)
17 000 isolats dagents pathognes (champignons, bactries, virus) de plantes cultives conservs selon diffrentes techniques adaptes leur biologie (conservation basse temprature, -20C ou -80C, sur papier ltre ou glycrol, dshydratation, lyophilisation, glose, plante entire). Provenance : mondiale Localisation Cirad - UMR BGPI, Campus International de Baillarguet - TA A - 54 / K 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Daniel Bieysse, daniel.bieysse@cirad.fr http://umr-bgpi.cirad.fr

Bactries : Xanthomonas albilineans Babuvirus: Banana bunchy top virus Caulimovirus : Cauliflower mosaic virus Cucumovirus : Cucumber mosaic virus Flexivirus : Banana mild mosaic virus Nanovirus : Faba bean necrotic stunt virus Potyvirus : Sugarcane mosaic virus Polerovirus : Sugarcane yellow leaf virus Geminivirus : Tomato yellow leaf curl virus, Maize streak virus, Tomato leaf curl Mayotte virus, Sugar cane streak virus, Maize streak virus Phytoplasmes : Candidatus Phytoplasma prunorum Badnavirus : Dioscorea bacilliform virus, Banana streak virus, Cacao swollen shoot Pour certains agents phytopathognes, la conservation long terme dindividus stables est possible. Ces isolats sont collects diffrentes chelles gographiques, diffrents contextes et moments, afin de dcrire la structure et suivre lvolution des populations. Les collections disolats responsables des pidmies passes sont ainsi continuellement enrichies par des isolats dpidmies contemporaines ou de nouvelles zones dextension des maladies.

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Collections pour la biodiversit

Une collection internationale de Magnaporthe oryzae pour amliorer la lutte contre la pyriculariose
Magnaporthe oryzae est le champignon responsable dune maladie, la pyriculariose, prsente sur des plantes cultives et sauvages. Sur le riz, aliment de base de la moiti de la population mondiale, cette maladie est prsente dans toutes les zones de production et elle est considre comme la maladie fongique entranant les pertes de rcolte les plus importantes. Sur le bl, la pyriculariose est, pour linstant, cantonne lAmrique du Sud mais les risques dextension sont importants. LUMR BGPI dispose dune collection de souches de M. oryzae unique au monde. Initie il y plus de 30 ans, elle rassemble aujourdhui 6 000 souches provenant de 55 pays et collectes principalement sur le riz mais aussi sur une trentaine dautres espces. La diversit gntique de plus de la moiti des souches a t caractrise avec des marqueurs molculaires et le pouvoir pathogne denviron 500 souches a t valu. Cette collection est utilise pour rpondre des questions de recherche fondamentale et applique. La collection a t exploite pour identifier des souches particulires qui ont permis et permettent encore de mieux comprendre les bases gntiques et molculaires du pouvoir pathogne et de la spcificit dhte. partir des donnes de diversit gntique, des souches de rfrence sont choisies pour valuer la rsistance la pyriculariose des varits de riz. La cartographie de la distribution gographique de la diversit permet de comprendre comment la maladie sest rpandue dans le monde et comment les pidmies se propagent des chelles plus restreintes. Toutes ces connaissances participent la prvention et lamlioration des mthodes de lutte contre la pyriculariose.
Contact : Daniel Bieysse, daniel.bieysse@cirad.fr
Pour plus dinformations : http://umr-bgpi.cirad.fr/equipes/equipe5.htm D. Tharreau Cirad

Feuilles et panicules de riz attaques par Magnaporthe oryzea agent de la pyriculariose.

Une collection de Fusarium xylarioides permet de comprendre la rmergence de la trachomycose des cafiers en Afrique
De nombreuses maladies cryptogamiques de plante mergent ou r-mergent sur diffrentes cultures et dans diffrentes zones du monde en grand partie cause de lactivit humaine et des changes commerciaux. Ltude de la structure gntique des populations de ces agents pathognes nous renseigne sur leur origine et leur potentiel adaptatif, comme le montre lexemple de la tachomycose des cafiers en Afrique cause par Fusarium xylarioides. Cette maladie, signale pour la premire fois en Rpublique centrafricaine en 1927, est ensuite apparue entre 1930 et 1950 en Cte dIvoire, au Cameroun, en Rpublique du Congo et en Guine-Bissau. Elle provoque un dprissement de larbre en 2 24 mois. Elle a entrain la disparition de la culture de Coffea excelsa et larrachage et le brulage de millions de plants de C. canephora. La plantation de varits rsistantes et le changement des zones de culture ont permis une radication de la maladie dans ces pays. Au dbut des annes 1960, la trachomycose ntait plus considre comme un flau. Au dbut des annes 1980, la maladie a de nouveau t signale en Rpublique du Congo, suivie dune extension en Ouganda (1993) et en Tanzanie (2000) o elle a fait des ravages considrables. La constitution dune collection dchantillons collects dans lensemble des zones infectes a constitu une tape essentielle pour lanalyse de la diversit gntique et du pouvoir adaptatif des populations de F. xylarioides. Ces chantillons conservs en collection, reprsentatifs de la diversit intraspcifique contemporaine de lagent pathogne, servent de points de rfrence pour suivre lvolution des populations au cours du temps et retracer leur route dexpansion.
D. Bieysse Cirad

Cultures de Fusarium xylarioides, agent de la trachomycose des cafiers.

Contact : Daniel Bieysse, daniel.bieysse@cirad.fr


Pour plus dinformations : http://umr-bgpi.cirad.fr/equipes/equipe5.htm

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Collectons pour la biodiversit

Dans le cadre de cette tude, des isolats collects dans les annes 1960 lors de la premire mergence en Rpublique du Congo ont permis de mettre en vidence un trs faible pouvoir adaptatif de ce champignon. Les isolats historiques et les isolats contemporains forment une ligne clonale pour les marqueurs neutres tudis (microsatellites). La comprhension de la structure gntique contemporaine et le dveloppement de stratgies de lutte ont t possibles grce lexistence disolats historiques conservs en collection vivante depuis 1960.

DGIMI Inra

Cellules de la bactrie Photorhabdus observes au microscope lectronique.

Collection de bactries entomopathognes


LUMR Diversit, Gnomes & Interactions MicroorganismesInsectes (UMR DGIMI, Inra/ UM2) sintresse aux mcanismes dinteractions entre les insectes ravageurs de cultures et leurs pathognes (bactries, virus) et parasites (nmatodes entomopathognes, microhymnoptres parasitodes). En plus de ses activits de collecte de ressources biologiques vivantes et dlevages permanents et temporaires, lUMR possde des collections dorganismes vivants de nmatodes entomopathognes (cf. ci-aprs) et de leurs bactries symbiotiques associes. Unique au monde, la collection de bactries entomopathognes comprend 300 souches (famille des Enterobacteriaceae, conservation -80C et dans lazote liquide) symbiotiques de nmatodes entomopathognes :

150 souches du genre Photorhabdus (associ spcifiquement Heterorhabditis) rparties en trois espces : P . luminescens (n=114); P . temperata (n=26) et P . asymbiotica (n=15) ; 150 souches du genre Xenorhabdus (associ spcifiquement Steinernema) rparties en 22 espces : X. beddingii (n=1), X. bovienii (n=82), X. budapestensis (n=6), X. cabanillasii (n=2), X. doucetiae (n=3), X. ehlersii (n=5), X. griffiniae (n=1), X. hominickii (n=3), X. indica (n=2), X. innexi (n=2), X. japonica (n=1), X. koppenhoeferi (n=1), X. kozodoii (n=7), X. magdalenensis (n=1), X. mauleonii (n=1), X. miraniensis (n=1), X. nematophila (n=23), X. poinarii (n=5), X. romanii (n=1), X. stockiae (n=1), X. szentirmaii (n=3), X. vietnamensis (n=1). Les plus anciennes souches datent des annes 1980. Elles ont t isoles partir de nmatodes collects sur tous les continents (sauf Antarctique), des rgions tempres et tropicales. Cette collection sert de rfrence pour des travaux de taxinomie, dhistoire volutive et de covolution bactrie-hte. Elle est valorise dans des recherches sur les facteurs de virulence utilisant des approches cibles sur des gnes et des approches globales de gnomique comparative et fonctionnelle. LUMR dispose ainsi dune dizaine de gnomes bactriens. Laptitude de ces bactries produire des molcules antimicrobiennes et des toxines insecticides est explore en collaboration avec des partenaires privs.

La collection met disposition des chercheurs, les souches types de diffrentes espces et quelques souches de rfrence. Elles sont dposes dans des collections internationales comme celle de lInstitut Pasteur et du Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen. noter que lUMR dispose aussi de ressources gnomiques importantes (noctuelle Spodoptera frugiperda & hymnoptre Hyposoter didymator) dposes au Centre National de Ressources Gnomiques Vgtales de Toulouse, ainsi que de plusieurs gnomes bactriens hbergs au Gnoscope dEvry.

Collection vivante de nmatodes entomopathognes


Les nmatodes entomopathognes sont de petits vers ronds, translucides et microscopiques (500 1 200 m) sous leur forme infestante. Ils vivent dans les sols et chassent les larves dinsectes dans lesquelles ils se reproduisent. La collection vivante de nmatodes entomopathognes de lUMR DGIMI possde des reprsentants des deux genres principaux de nmatodes entomopathognes : Dans le genre Heterorhabditis, la collection possde des reprsentants de six espces sur les 16 dcrites : H. atacamensis (n=1), H. bacteriophora (n=7), H. floridensis (n=1), H. georgiana (n=1), H. indica (n=6) et 6 nouvelles espces en cours didentification. Dans le genre Steinernema, la collection possde les reprsentants de 19 espces sur les

Collection de bactries entomopathognes


UMR DGIMI - Diversit, Gnomes & Interactions Microorganismes - Insectes (Inra/UM2)
Collections pour la biodiversit

150 souches du genre Photorhabdus (3 espces) 150 souches du genre Xenorhabdus (22 espces) Provenance : tous les continents (sauf Antarctique) Localisation UMR DGIMI - UM2 - Place E. Bataillon 34095 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Patrick Tailliez, tailliez@univ-montp2.fr www6.montpellier.inra.fr/dgimi

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69 dcrites : S. affine (n=1), S. arenarium (n=1), S. australe (n=1), S. boemarei (n=4), S. carpocapsae (n=4), S. ceratophorum (n=1), S. cholashanense (n=1), S. diaprepesi (n=1), S. feltiae (n=11), S. glaseri (n=2), S. ichnusae (n=1), S. littorale (n=1), S. longicaudum (n=1), S. oregonense (n=1), S. sangi (n=1), S. scapterisci (n=1), S. websteri (n=1), S. weiseri (n=1), S. xueshanense (n=1) et 5 nouvelles espces en cours didentification.
Forme infestante du nmatode Heterorhabditis.

Les formes infestantes sont conserves vivantes sous forme de populations dans de leau physiologique 8C (Steinernema) et 15C (Heterorhabditis). Elles sont multiplies (rgnration) 2 3 fois par an sur insecte (Galleria mellonella ou teigne des ruches). Les souches les plus anciennes sont conserves dans la collection depuis les annes 1980. Les spcimens viennent de tous les continents (sauf

Antarctique), des rgions tempres et des rgions tropicales. Les souches sont utilises comme rfrence pour des travaux de taxinomie, de phylognie et de covolution et comme sources de bactries entomopathognes quelles hbergent en symbiose dans leur tube digestif. La collection est unique en France et pratique des changes de matriel avec les laboratoires spcialiss dans le monde entier.

Collection vivante de nmatodes entomopathognes


UMR DGIMI - Diversit, Gnomes & Interactions Microorganismes - Insectes (Inra/UM2)
Reprsentants des deux genres principaux : six espces (et 6 nouvelles espces en cours didentication) du genre Heterorhabditis ; 19 espces du genre Steinernema (et 5 nouvelles espces en cours didentication). Provenance : tous les continents (sauf Antarctique) Localisation UMR DGIMI - UM2 - Place E. Bataillon 34095 Montpellier CEDEX 5

DGIMI Inra

Pour plus dinformations : Patrick Tailliez, tailliez@univ-montp2.fr www6.montpellier.inra.fr/dgimi

E. Artige Inra

Collection de nmatodes du sol.

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences agronomiques

Collection des nmatodes du sol (IRD)


La collection des nmatodes du sol (vers ronds microscopiques libres ou parasitaires) de lIRD comprend 10 000 spcimens dont 1 800 types (holotypes, allotypes, paratypes, notypes, topotypes). Les nmatodes sont conservs sous plusieurs formes : 14 000 lames avec glycrol ; 360 isolats de spcimens dans lthanol 80 %, 500 extraits de sol dans lacide actique formol, 8 000 isolats de spcimens dans leau -20C. La collection est compose de reprsentants de lordre des Tylenchida (Criconematidae, Paratylenchidae, Hemicycliophoridae, Heteroderidae, Hoplolaimidae, Meloidogynidae, Pratylenchidae, Telotylenchidae), de lordre des Dorylaimida (Longidoridae et Trichodoridae) et de lordre des Aphelenchida (Aphelenchidae et Aphelenchoididae). La collection remonte 1935 et renferme des spcimens provenant de toutes les rgions du monde. Cre par lOffice de la Recherche Scientifique et Technique OutreMer (ORSTOM dornavant IRD)

et dpose initialement Dakar (Sngal), elle fut complte par la collection de l'Institut National de la recherche Agronomique (Inra) (Antibes) en 1960. Elle fut transfre au MNHN (Paris) de 1980 1995. Elle est actuellement base Montpellier et gre par le Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP, Inra/Cirad/IRD/ Montpellier SupAgro). La collection est un des outils qui vient en appui aux programmes de recherche dvelopps sur lcologie des communauts de nmatodes du sol. Lui est adosse une base de donnes (PINS, Portail dInformations sur les Nmatodes du Sol*) comprenant des donnes affrentes la golocalisation, lenvironnement, la systmatique et des rfrentiels (disponible en 2013). Cette base est galement interconnecte au rseau national de Systmatique R-syst** et au systme mondial dinformation sur la biodiversit*** (Global Biodiversity Information Facility, GBIF).
* www.pins.ird.fr ** w3.pierroton.inra.fr/r-syst ***www.gbif.fr

La collection entomologique du CBGP


Le CBGP hberge une collection entomologique constitue denviron un million de spcimens de nombreux ordres dinsectes (principalement coloptres, lpidoptres, hymnoptres, diptres, hmiptres, thysanoptres, trichoptres, orthoptres, nvroptres). Elle regroupe les collections constitues au cours des 50 dernires annes lInra, au Cirad, lIRD et SupAgro. Les insectes sont conservs sec dans des cartons entomologiques, entre lames et lamelles, en alcool ou en couches, et sont complts par une collection dADN extraits de plusieurs milliers despces. Cette collection extrmement riche est de grande valeur scientifique et patrimoniale car elle hberge de nombreux spcimens de rfrence (types, rfrences molculaires). Elle est galement une collection de rfrence pour plusieurs groupes dimportance agronomique en Europe : pucerons, mouches mineuses (Agromyzidae),

Pratylenchus.

Collection des nmatodes du sol (IRD)


UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Inra/Cirad/IRD/Montpellier SupAgro)
10 000 spcimens des ordres Tylenchida, Dorylaimida et Aphelenchida, 1 800 types reprsents : 14 000 lames, 360 isolats de spcimens dans lthanol 80 %, 500 extraits de sol dans lacide actique formol, 8 000 isolats de spcimens dans leau -20C. Provenance : mondiale Localisation UMR CBGP, Campus international de Baillarguet, CS 30016 - 34988 Montferrier-sur-Lez Pour plus dinformations : Johannes Tavoillot, johannes.tavoillot@ird.fr & Emma Artige, artige@supagro.inra.fr www.pins.ird.fr
J. Tavoillot IRD

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Collections pour la biodiversit

L. Soldati Inra

thrips, hymnoptres symphytes, chalcidiens, tordeuses et noctuelles (Lpidoptres) et nvroptres. Elle abrite, en outre, une trs importante collection dinsectes tropicaux (insectes ravageurs et auxiliaires, faune forestire). Seconde collection dEurope (aprs celle du Bristish Museum) pour les Chalcidiens, elle est la premire du monde pour les hymnoptres associs aux figuiers (1 500 espces). Elle comprend des collections patrimoniales de grande valeur scientifique comme la collection Gruardet qui contient 85 % des coloptres de la faune de France, la collection Perris et la collection Bonfils (Hmiptres) de renomme mondiale, consultes par les spcialistes notamment pour les types quelles contiennent. Enfin, elle hberge la premire collection exhaustive des insectes du Qatar.

Provenance : mondiale Localisation UMR CBGP, Campus international de Baillarguet, CS 30016 - 34988 Montferrier-sur-Lez Pour plus dinformations : Emma Artige, artige@supagro.inra.fr www1.montpellier.inra.fr/cbgp/?q=fr/content/ collections

* www.q-bank.eu/arthropods/

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Collectons pour la biodiversit

La collection entomologique est consulte par de nombreux taxonomistes amateurs ou professionnels dinstitutions europennes et internationales. Cette collection est intgre dans le rseau de collections europennes, via le projet European Distributed Institute of Taxonomy (programmecadre europen FP6 EDIT) auquel lInra a particip. Elle est aussi considre comme une collection de rfrence pour les insectes de quarantaine europens (via le projet FP7 QBoL, Development of a new diagnostic tool using DNA barcoding to identify quarantine organisms in support of plant health)*.

Boite collection de Carabidae (Coleoptera).

Collection entomologique du CBGP


UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Inra/Cirad/IRD/Montpellier SupAgro)
1 million de spcimens de coloptres, diptres, hmiptres, hymnoptres, lpidoptres, nvroptres, orthoptres, thysanoptres et trichoptres (conservs dans des cartons entomologiques, sur lames, en alcool ou en couches).

Collections pour les sciences agronomiques

Eurytetranychus admes.

La collection dacariens (Montpellier SupAgro, Inra, IRD)


Le CBGP abrite une collection dacariens qui comprend : 7 500 spcimens sur lames de la famille des Phytoseiidae - acariens prdateurs (157 espces sur 33 genres) ; 10 000 spcimens sur lames de la famille des Tetranychidae - acariens phytophages ; quelques spcimens dEriophyidae et de Stigmaeidae. Premire collection europenne pour les acariens Phytoseiidae avec 19 spcimens types (50 lames) collects de 1970 nos jours, dont lorigine

est mondiale, principalement des rgions palarctiques, notropicales (Carabes, Brsil) et australasiennes (Nouvelle-Caldonie). Les chercheurs rcoltent actuellement en Europe, Afrique du Nord, Nouvelle-Caldonie, Mascareignes et Antilles. La collection dacariens Phytoseiidae fait lobjet de collaborations internationales avec des taxonomistes des universits de So Paulo (Brsil), Palerme (Italie), Valence (Espagne), Padoue (Italie) ainsi que de lAgricultural Research Council de Pretoria (ARC, Afrique du Sud). Cette collection est aussi la premire collection mondiale dacariens Tetranychidae de Madagascar et de Nouvelle-Caldonie avec 50 types runis dans la collection J. Gutierrez (IRD). Cette dernire inclut galement des spcimens provenant dEurope et de larchipel des Mascareignes (collectes de 1960 1995). Les chercheurs rcoltent actuellement en Europe, Afrique du Nord et Nouvelle-Caldonie. La collection comprend galement 20 autres types de la famille des Tetranychidae dans la collection Auger-Migeon en cours de constitution. Les recherches sur les Tetranychidae au CBGP sinsrent dans un rseau international avec pour principaux partenaires les universits de So Paulo, Valence, Ibaraki (Japon) et lARC. Figurent aussi dans la collection 12 lames avec des spcimens paratypes de six espces dEriophyidae et deux lames avec des spcimens paratypes dune espce de Stigmaeidae, espces toutes dcrites des Antilles.

La collection de petits mammifres (Inra, IRD)


Cette collection de lInra et de lIRD prsente 90 % de rongeurs, essentiellement des familles suivantes : Cricetidae, sous-famille des Arvicolinae (genres Microtus, Arvicola, Myodes, France) ; Muridae, particulirement la sous-famille des Murinae (Europe, Afrique, Asie : genres Apodemus, Mus) ; Gerbillinae (Afrique de lOuest et du Nord) ; quelques spcimens des familles des Sciuridae, Nesomyidae (Dendromurinae) et Dipodidae. Elle comprend galement des spcimens de lordre des Soricomorpha (principalement des musaraignes appartenant aux Soricidae et Crocidurinae : Sorex, Neomys, Suncus) et de lordre des Erinaceomorpha (Erinaceidae, Erinaceinae) ainsi que quelques spcimens de carnivores. La collection compte 58 250 chantillons : 2 250 spcimens complets (peaux, crnes) ; 15 000 crnes ; 30 000 tissus en thanol (23 000 chantillons dADN extrait) ; 5 500 ARN en tampon ; 500 cultures cellulaires cryoprserves ou fixes ; 300 prparations chromosomiques fixes et 5 000 parasites - nmatodes en thanol. La collection historique (19301970), passive, en provenance du laboratoire de Jouy-en-Josas fut initialement acquise et dveloppe par lInra (collection essentiellement

Collection dacariens (Montpellier SupAgro, Inra, IRD)


UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Inra/Cirad/IRD/Montpellier SupAgro)
1e collection europenne pour les acariens Phytoseiidae avec 19 spcimens types (50 lames), 7 500 spcimens sur lames de la famille des Phytoseiidae (157 espces sur 33 genres). 1e collection mondiale dacariens Tetranychidae de Madagascar et de Nouvelle-Caldonie avec 50 types. Au total : 10 000 spcimens sur lames de la famille des Tetranychidae. Provenance : mondiale Localisation UMR CBGP, Campus international de Baillarguet 34988 Montferrier-sur-Lez Pour plus dinformations : Emma Artige, artige@supagro.inra.fr www1.montpellier.inra.fr/cbgp/?q=fr/content/ collections

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Collections pour la biodiversit

A. Migeon Inra

franaise). La collection vivante, quant elle, fut constitue partir des annes 1980 par des chercheurs de lInra et de lIRD partir de programmes de recherche centrs sur la France pour les Arvicolinae, lEurope, lAfrique et lAsie pour les Murinae et lAfrique de lOuest et du Nord pour les Gerbillinae. Depuis le dbut des annes 2000, aux collections morphologiques, se sont ajoutes des collections de tissus en thanol : un chantillon est dsormais systmatiquement conserv pour tout individu captur. La collection des Murins du sud-est asiatique comprend 109 spcimens rfrents (ou vouchers) pour la caractrisation (barre-code molculaire) de 28 espces rparties sur trois pays (Thalande, Cambodge, Laos). Ce travail collaboratif ISEM-CBGP permet la description ostologique, morphologique, cytogntique et cologique de ces espces ainsi que leur identification molculaire.
E. Artige Inra

La collection IRD recouvre toute lAfrique de lOuest et principalement la zone sahlienne du Sngal au Tchad depuis les annes 1980 et comporte des individus dune soixantaine despces diffrentes. Ce sont principalement les tissus en thanol qui font lobjet dchanges, mais des spcimens ostologiques et dADN issus de cultures cellulaires, ainsi que des prparations chromosomiques sont galement demands par dautres laboratoires de recherche en France et linternational.

La collection de rhizobiums du LSTM


La collection de souches bactriennes du Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mditerranennes (UMR LSTM, Cirad/IRD/UM2/Montpellier SupAgro/Inra) est constitue en majorit de souches symbiotiques de lgumineuses (communment appeles rhizobiums), ainsi que de quelques bactries rhizosphriques non symbiotiques. Les rhizobiums fixent lazote de lair dans des structures appeles nodules sur les racines des lgumineuses, confrant ainsi une source azote la plante. Les rhizobiums peuvent tre utiliss comme inoculum sur plantes pour leur confrer une nutrition azote indpendamment de lutilisation dengrais, do des intrts agronomiques (haricots, pois, fves, nib, arachide) et cologiques (plantes pionnires) majeurs. Cette symbiose tant spcifique, chaque espce de lgumineuse sassocie avec une ou plusieurs espces de rhizobiums, do la ncessit dune collection importante de bactries provenant de diffrents htes afin de les slectionner (les lgumineuses comptent environ 18 000 espces). La souchothque a t construite partir des symbiotes bactriens isols de nodules dune grande diversit de lgumineuses (herbaces, arbustes, arbres) dintrts agronomiques et/ou cologiques, et provenant
Y. Chaval Inra

Collection de petits mammifres (Inra, IRD)


UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Inra/Cirad/IRD/Montpellier SupAgro)
58 250 chantillons de rongeurs (spcimens complets, crnes, tissus en thanol, ARN en tampon, cultures cellulaires cryoprserves ou xes, prparations chromosomiques xes, parasites - nmatodes en thanol) de la famille des Cricetidae (genres Microtus, Arvicola, Myodes), Muridae (genres Apodemus, Mus), Gerbillinae, Sciuridae, Nesomyidae (Dendromurinae), Dipodidae. Provenance : Europe, Afrique, Asie Localisation UMR CBGP, Campus international de Baillarguet, CS 30016 - 34988 Montferrier-sur-Lez Pour plus dinformations : Emma Artige, artige@supagro.inra.fr Base de donnes de rongeurs sahlosoudaniens : www.bdrss.ird.fr/bdrsspub.php cologie des communauts de rongeurs et leurs pathognes, Asie du Sud-Est : www.ceropath.org Tubes thanol Datamatrix d'chantillons de tissus de rein d'Arvicanthis (rat roussard) du Cameroun. Arvicola scherman (campagnol terrestre).

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences agronomiques

L. Hannibal LSTM

talement dune souche de Bradyrhizobium photosynthtique (prsence de carotnode donnant la pigmentation rouge) sur bote de Ptri (milieu YMA), aprs 7 jours de croissance 37C.

Collection de rhizobiums du LSTM


UMR LSTM - Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mditerranennes (Cirad/IRD/UM2/Montpellier SupAgro/Inra)
~12 000 souches de bactries symbiotiques de lgumineuses (herbaces, arbustes, arbres) et quelques bactries rhizosphriques non symbiotiques : Phylum protobactrie : 17 genres et ~ 70 espces de la classe des alphaprotobactries ; 2 genres et 14 espces de la classe des bta-protobactries ; 3 genres et 8 espces de la classe des gamma-protobactries Phylum : Gram+ haut GC : plusieurs espces des genres Agromyces, Arthrobacter, Curtobacterium, Microbacterium Phylum Firmicutes : plusieurs espces des genres Paenibacillus, Bacillus Provenance : zones tropicales et mditerranennes (Afrique,Asie, Ocanie,Amrique du Sud, Europe) Localisation LSTM - TA-A82/J Campus International Agropolis de Baillarguet 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Pierre Tisseyre, pierre.tisseyre@ird.fr & Lionel Moulin, lionel.moulin@ird.fr

de zones tropicales et mditerranennes (Afrique, Asie, Ocanie, Amrique du Sud, Europe). Elle contient 12 000 souches de 39 genres bactriens et plus de 100 espces (principalement alpha et bta-protobactries), dans deux collections (congeles -80C en 20 % glycrol, culture pralable en milieu YM-yeast mannitol) hberges dans deux btiments diffrents. Cette collection senrichit chaque anne denviron un millier de souches, provenant des diffrents programmes de recherche du LSTM. Cette collection est lune des plus importantes au monde de rhizobiums, de par sa diversit en termes despces (parmi les alphaet bta-protobactries), mais aussi de provenances gographiques. Elle sert de base pour des tudes de diversit bactrienne, de slection dinoculum (revgtalisation, agronomie), dvolution de la symbiose (approches volutives, gnomiques), et dapproches fonctionnelles sur un groupe restreint de couples symbiotiques (Aeschynomene-Bradyrhizobium, Mimosa-Burkholderia, MedicagoSinorhizobium, AnthyllisMesorhizobium, AcaciaBradyrhizobium). Cette collection nest pas en accs libre pour toutes ses ressources, certaines tant

contraintes par la convention de Rio (1993) sur la diversit biologique.

Le Centre de Ressources Biologiques Tropicales de Montpellier


Le Cirad dispose Montpellier au sein de lUMR Amlioration gntique et adaptation des plantes mditerranennes et tropicales (UMR AGAP, Cirad/Inra/Montpellier SupAgro) dun Laboratoire de Semences et des Ressources Gntiques (LSRG) qui gre de nombreuses collections de semences tropicales. Le LSRG a t labellis en 2009 sous la dnomination Centre de Ressources Biologiques Tropicales de Montpellier (CRB-T). Depuis septembre 2011, il est le premier CRB vgtales certifi selon lextension de la norme NF S 96-900 pour lintroduction, la conservation et la diffusion de semences. Les activits lies la gestion des semences sont informatises permettant ainsi de garantir la traabilit des changes. Un catalogue varital est consultable en ligne*. Ce catalogue comprend notamment des collections de riz (plus de 5 200 varits), de sorgho (2 100 varits) et de fonio (70 varits).
R. Cottin

Traabilit avec codes-barres pour les ressources gntiques gres au CRB-T.

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Collections pour la biodiversit

C. Raynaud Inra

La diversit des couleurs et formes des grains de mas et de la tosinte.

Centre de Ressources Biologiques Tropicales de Montpellier (CRB-T)


UMR AGAP - Amlioration gntique et adaptation des plantes mditerranennes et tropicales (Cirad/Inra/Montpellier SupAgro)
Collections de riz (plus de 5 200 varits), de sorgho (2 100 varits) et de fonio (70 varits). Provenance : rgions tropicales Localisation Laboratoire de Semences et des Ressources Biologiques - Cirad / LSRG - TA A-108 / 01 Avenue Agropolis - 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Najate Maghnaoui, najate.maghnaoui@cirad.fr ou crb-t@cirad.fr http://golo.cirad.fr

Le Centre de Ressources Biologiques du Mas


Pour lespce mas (Zea mays L.), le CRB national est gr au sein de lunit exprimentale (UE) DIASCOPE (Inra) base Mauguio (Hrault). Il comprend trois collections : La collection nationale regroupe 533 accessions (274 populations tempres franaises, 131 populations synthtiques et pools, 113 populations tropicales franaises et 15 lignes publiques). Libres daccs, ces accessions ont t verses au systme multilatral dchanges du Trait International sur les Ressources Phytogntiques pour lalimentation et lagriculture (Organisation des Nations Unies pour lalimentation et lagriculture, FAO). Accessible aux seuls membres du rseau, la collection rseau compte plus de 1 200 populations venant du monde entier. La collection prive compte plus de 2 300 lignes et autres matriels scientifiques crs pour les besoins de programmes de recherche. Elle nest pas libre daccs. Ces collections sont caractrises pour les besoins de diffrents programmes de recherche avec comme descripteurs de base la phnologie et la description des pis. Elles sont des supports pour (i) lanalyse de la diversit des populations et lorigine de leurs introductions en Europe, (ii) lvaluation de certains caractres (tolrance au dficit hydrique, digestibilit des parois), (iii) la comprhension de mcanismes physiologiques (cintique de la croissance des feuilles).

partir des populations franaises dcrites et analyses pour comprendre lorganisation de leur diversit dans un programme europen (RESGEN088 : Implementation of European network for evaluation, conservation and utilization of European landraces genetic resources) dans les annes 2000, une core collection de 16 populations a t dfinie, reprsentant au mieux la diversit de la collection franaise. Ce CRB fait partie du rseau national de conservation des ressources gntiques de mas impliquant les diffrentes units de lInra travaillant sur la diversit et la gntique du mas ainsi que les slectionneurs privs intresss par la conservation des ressources gntiques et runis au sein de lassociation Promas. La gestionnaire du CRB lInra assure lanimation de ce rseau de conservation du mas.

Le CRB-T assure les fonctions et services suivants : enrichissement permanent des collections de semences ; identification et qualit des semences (puret varitale, taux de germination...) ; multiplication (sous serres Montpellier, au champ en Camargue et Guadeloupe) ; stockage moyen terme en chambres froides et long terme en conglateurs ; diffusion de semences selon les catalogues en ligne ; dveloppement de systmes dinformations grant la traabilit des changes de ressources biologiques et le systme de documentation Qualit ; aide la dtermination du statut juridique des ressources biologiques ; formations et missions dappui.
* http://golo.cirad.fr

Centre de Ressources Biologiques (CRB) du Mas


UE DIASCOPE (Inra)
Trois collections : Nationale : 533 accessions (274 populations tempres franaises, 131 populations synthtiques et pools, 113 populations tropicales franaises et 15 lignes publiques) Rseau : plus de 1 200 populations du monde entier Prive : plus de 2 300 lignes et autres matriels scientiques crs pour les besoins de la recherche Provenance : mondiale Localisation UE DIASCOPE - Inra, Domaine exprimental de Melgueil - 34130 Mauguio Pour plus dinformations : Anne Zanetto, anne.zanetto@supagro.inra.fr www6.inra.fr/zea-french-network

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences agronomiques

Origine et domestication des plantes cultives


La domestication des plantes est ranger parmi les vnements qui ont faonn lhistoire de lhumanit en permettant le dveloppement de lagriculture et le passage de socits de chasseurs-cueilleurs des socits agricoles sdentaires productrices de leurs ressources, aux rapports sociaux et conomiques indits. La domestication a faonn durablement la diversit des plantes cultives puisque cette phase a dtermin leur base gntique initiale, sur laquelle sest ensuite construite la suite de leur histoire volutive. Pour les biologistes, la domestication est une sorte dexprimentation gante en gntique des populations. Dans un monde o la nature est de plus en plus affecte par les activits humaines, elle reprsente un cas, ou plutt des cas, dvolution du vivant en interaction avec lhomme, et de processus adaptatifs des plantes de nouveaux environnements. Lhistoire de la domestication des plantes reste ainsi un champ de recherches vivant, impliquant des disciplines aussi diverses que larchologie ou la gntique. La premire demeure indispensable pour conforter les scnarios de domestication qui peuvent tre infrs de ltude de la diversit des plantes cultives et de leurs anctres sauvages. Lhistoire des plantes pour lesquelles il ny a pas de restes archologiques, telles les plantes racines et tubercules, est ainsi moins bien connue que celles des crales dont des restes de grains ont travers les millnaires. Les outils et mthodes dinvestigation du gnome permettent daffiner ou renouveler notre regard sur la domestication. En effet, le gnome des organismes vivants garde une empreinte de leur histoire volutive. Il devient aujourdhui possible de faire de larchologie gntique pour dtecter les gnes qui ont t slectionns au cours de la domestication des plantes cultives et de leur adaptation de nouveaux milieux. Ceci est rendu possible grce lexplosion des technologies de squenage du gnome et au dveloppement des mthodes danalyse des donnes. Les informations recueillies sont susceptibles dtre exploites en amlioration varitale. Cependant, quels que soient les outils, ces tudes gntiques se fondent sur lexploration de larges chantillons de matriel vgtal dont lorigine gographique doit tre connue et dont lintgrit gntique doit avoir t autant que possible maintenue. Les collections de ressources gntiques sont la source de ces chantillons.
Contact : Jean-Louis Pham, pham@agropolis.fr pis de Triticum monococcum ssp. boeticum, l'anctre sauvage du premier bl domestiqu, l'engrain (ou petit peautre).

Sylvain Glemin

MusaNet
le rseau mondial des ressources gntiques des bananes et plantains
Un rseau mondial des ressources gntiques des bananes et plantains, coordonn par Bioversity International, a t lanc rcemment : MusaNet qui fournit un cadre de collaboration pour mettre en uvre la stratgie mondiale pour la conservation et l'utilisation des ressources gntiques de Musa. MusaNet s'efforce d'amliorer la conservation et la diffusion de ces ressources gntiques ainsi que les connaissances sur ces ressources. MusaNet permet doptimiser les efforts des collections mondiales, rgionales et nationales pour conserver, valoriser et promouvoir l'utilisation et la diffusion d'une grande diversit gntique de Musa. et daugmenter le nombre de collections nationales partageant cette documentation. Le groupe thmatique Conservation souhaite renforcer la capacit des partenaires conserver long terme, grer des collections de ressources gntiques et faciliter l'accs des programmes d'amlioration dautres utilisateurs de ressources gntiques. Sa priorit est doffrir la possibilit de commander du matriel gntique in vitro en ligne sur le site du Centre de transit de Bioversity International via MGIS et de mettre jour les directives techniques sur la circulation du matriel gntique en toute scurit.

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MusaNet se compose d'un secrtariat de coordination, MusaNet est li quatre rseaux rgionaux de recherche : dun comit d'experts et de quatre groupes thmatiques (i) BAPNET sur les bananes en Asie-Pacifique, (ii) BARNESA en au sein desquels des experts saccordent sur les actions Afrique de lEst et centrale, (iii) la plateforme d'innovation sur collectives prioritaires et proposent des solutions : le plantain en Afrique de l'Ouest, (iv) MusaLAC en Amrique Le groupe thmatique Diversit vise la conservation du latine et Carabes, ainsi qu dautres initiatives comme ProMusa pool gntique Musa. Sa priorit est de collecter de nouveaux (plateforme pour le partage des connaissances sur Musa) et plants en Asie du Sud-Est Global Musa Genomics Consortium. (p. ex. Indonsie, Myanmar, Philippines) et la cte est-africaine. Contact : Nicolas Roux, n.roux@cgiar.org Le groupe thmatique valuation souhaite valoriser les Pour plus dinformations : www.musanet.org ressources gntiques Musa pour la slection. Sa priorit est dvaluer le matriel vgtal utile et celui issu des programmes Les collections damlioration gntique afin dobtenir de Musa dans le monde. des donnes sur les descripteurs biotiques et abiotiques. Le groupe thmatique Documentation et Information vise assurer que linformation sur tous les aspects de la diversit gntique des collections de Musa soient bien document et facilement accessible tous utilisateurs de faons efficace. Sa priorit est de dissminer les bonnes pratiques de documentation

Collections pour la biodiversit

J.-M. Prosperi Inra Montpellier

Vue gnrale de la collection de Medicago.

Le Centre de Ressources Biologiques Medicago


LInra de Montpellier possde la deuxime plus grande collection mondiale de diversit naturelle de Medicago truncatula, une espce annuelle de la famille des lgumineuses (Fabaces). La particularit de cette famille est sa capacit dvelopper des symbioses avec des bactries ou des champignons fixateurs dazote atmosphrique. Medicago truncatula offre de nombreux avantages en termes danalyse gntique et molculaire, dont un cycle de vie court, un petit gnome diplode, une importante production de graines, une bonne rponse aux transformations gntiques, etc. Ces caractristiques en font une plante modle pour ltude du dterminisme gntique et molculaire des lgumineuses.

Le CRB a t tabli pour soutenir les recherches dans ce domaine en maintenant et diffusant dans la communaut scientifique internationale des semences de luzernes annuelles (medics), et, plus particulirement, du complexe despces M. truncatula / M. littoralis. La premire collection a t constitue partir de prospections autour du bassin mditerranen (France, Grce, Algrie, Espagne, Portugal), avec plus de 3 000 populations naturelles dont 444 populations du complexe despces. En 2000, ont t introduits 366 chantillons du Centre Australien de Ressources Gntiques Medicago. Des chantillons du Centre international pour la recherche agricole dans les zones arides (ICARDA) ont galement t ajouts la collection de populations. Les chantillons sont maintenus aussi bien au niveau de populations pour permettre ltude des variations naturelles au sein des populations que de lignes pures qui permettent des tudes gntiques et molculaires prcises. Aujourdhui, la collection comprend environ 1 200 lignes pures. Cette collection de Medicago est la seule actuellement organise et gre de manire rpondre aux besoins des scientifiques dans le domaine de la gnomique, en proposant des populations, des lignes consanguines, des lignes recombinantes, des hybrides F1

et leurs descendances. Le matriel est dj largement distribu la communaut scientifique internationale avec plus de 2 000 chantillons envoys chaque anne.

Le Centre de Ressources Biologiques de la Vigne


LUE du Domaine de Vassal (Inra) hberge la collection nationale et internationale de vignes de lInra. Entirement ddie la conservation, la connaissance et la valorisation de la biodiversit de la vigne, cette collection amplographique unique au monde compte plus de 7 500 accessions de vigne provenant de 52 pays : Matriel sauvage : 3 genres botaniques et 60 espces du genre Vitis (origine amricaine et asiatique) (250 accessions) ; V. vinifera subsp. sylvestris (lambrusques) (origine : 12 pays, 8 rgions franaises) (200 accessions). Matriel cultiv : 2 600 varits de V. vinifera subsp. vinifera (cpages) (5 500 accessions dont une centaine de mutants naturels) ; 720 varits dhybrides interspcifiques producteurs (1 100 accessions) ; 210 varits de porte-greffes (460 accessions). Matriel issu de programmes de cration varitale : 400 obtentions exprimentales Inra (nouveaux cpages, tudes gntiques).

Centre de Ressources Biologiques Medicago


(Inra)
2e collection mondiale de diversit naturelle de Medicago truncatula (Fabaces) (1 200 lignes pures). Provenance : Bassin mditerranen, Asie, Australie Localisation Inra - 2 place Viala - 34060 Montpellier CEDEX 2 Pour plus dinformations : Jean-Marie Prosperi, prosperi@supagro.inra.fr www.montpellier.inra.fr/BRC-MTR

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences agronomiques

Utilisation des collections pour l'amlioration varitale :


le cas du riz
de ponts interspcifiques. Lhistoire de ces espces, issues dun mme parent sauvage asiatique, a conduit lmergence dune barrire reproductive qui est un des mcanismes centraux de lvolution : il dfinit lapparition de nouvelles espces. Croiser O. sativa et O. glaberrima est possible pour engendrer une nouvelle plante, mais celle-ci est strile. Les chercheurs ont dans un premier temps identifi la portion de chromosome responsable de cette strilit, appele S1, grce une cartographie trs prcise du gnome ralise en partenariat avec le Centre international dagriculture tropicale (Colombie). Les chercheurs ont ensuite compar chez les deux espces la structure du fragment S1. Les gnticiens ont notamment constat que peu de changements gntiques se sont produits au cours de lhistoire volutive dO. sativa et O. glaberrima. De fait, si toutes deux possdent des traits morpho-physiologiques trs diffrents suite leur domestication, leurs cousins sauvages ne se sont diffrencis que rcemment lchelle de lvolution : leur spciation remonterait tout au plus 600 000 ou 700 000 ans. Lquipe de recherche a pu identifier les marqueurs gntiques qui vont permettre de contourner la barrire reproductive. Ces travaux permettent de saffranchir dun fastidieux travail de slection et dacclrer ainsi le dveloppement de lignes fertiles de riz asiatique amlior. terme, pourront tre cultives des varits mieux adaptes au contexte africain, o lespce asiatique reprsente plus de 90 % des surfaces rizicoles.
Contact : Jean-Louis Pham, arcad@agropolis.fr

Romain Guyot IRD

Dtails de panicules de riz africain (Oryza glaberrima).

La plus grande partie de la production mondiale de riz est issue de la culture de nombreuses varits de lespce de riz asiatique Oryza sativa. On sait peu quune autre espce de riz a t domestique en Afrique, O. glaberrima, au potentiel gntique encore peu exploit pour lamlioration des varits cultives. Cette espce africaine possde diffrentes qualits intressantes : tolrance au virus de la panachure jaune du riz qui provoque des pertes considrables dans les rcoltes en Afrique, aux attaques de plusieurs espces de nmatodes ainsi qu certains alas tels que le stress hydrique ou la salinit des sols. Afin de transfrer ces vertus au riz asiatique et damliorer ses rendements agricoles, les chercheurs veulent crer des sortes

Le rpertoire de cette collection peut tre consult via la base de donnes en ligne du Rseau Franais des Conservatoires de Vigne*. Lunit gre une importante documentation constitue entre autres par plus de 5 000 dossiers varitaux.

La bibliothque thmatique regroupe les principales amplographies franaises et trangres, anciennes ou rcentes. Un herbier de rfrence (14 000 dossiers) est compos de fiches de description morphologique normalises et de feuilles adultes sches pour chaque accession. Enfin, une photothque regroupe 50 000 clichs des cpages. Formidable patrimoine culturel et historique, cette collection permet de conserver des varits qui ne sont plus cultives grce lextrme diversit du matriel. Une telle collection constitue aussi une source de gnes indispensable pour lamlioration varitale. Elle permet lidentification de varits tout au long de la filire vitivinicole, servant de rfrence lchelon national et international. Cest aussi un outil de connaissance et de formation important pour les professionnels et le public. Enfin, cette collection permet de reconstituer ou de complter
J.P. Bruno, Inra Domaine de Vassal

Centre de Ressources Biologiques de la Vigne


(Inra)
Plus de 7 500 accessions de vigne : matriel sauvage (3 genres & 60 espces du genre Vitis, V. vinifera subsp. sylvestris) ; matriel cultiv (2 600 varits de V. vinifera subsp. vinifera ; 720 varits dhybrides interspciques producteurs ; 210 varits de porte-greffes) ; matriel issu de programmes de cration varitale.
Collections pour la biodiversit

Feuilles et fruits de la collection amplographique du domaine de Vassal.

Provenance : 52 pays Localisation Inra - Unit exprimentale du Domaine de Vassal Route de Ste - 34340 Marseillan Plage Pour plus dinformations : Blaise Genna, genna@supagro.inra.fr Jean-Michel Boursiquot, boursiqu@supagro.inra.fr & Thierry Lacombe, lacombe@supagro.inra.fr www1.montpellier.inra.fr/vassal/index.html

dautres collections franaises et trangres, ou dtablir des parcelles exprimentales. Ainsi, elle est lorigine de certains clones mais galement du renouveau cultural de vieux cpages. Pour cela, le domaine expdie plusieurs centaines de varits chaque anne la demande de chercheurs, scientifiques, techniciens ou professionnels.
* http://bioweb.supagro.inra.fr/collections_ vigne/index.php

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C. Slagmulder

Le Centre de Ressources Biologiques des Lgumes graines


Lunit de recherche Gntique et amlioration des fruits et lgumes (UR GAFL, Inra Avignon) hberge un CRB pour cinq espces lgumires (aubergine, laitue, melon, piment, tomate) et espces apparentes. Ces collections comprennent des ressources gntiques (RG) dites patrimoniales, reprsentant la diversit naturelle, ainsi que des ressources gntiques scientifiques (qui ne font pas lobjet de ce descriptif ). Avec prs de 10 000 accessions, les collections de RG patrimoniales reprsentent la diversit mondiale de ces espces. Elles se situent parmi les premires au monde pour leur diversit et la documentation associe : donnes passeport, descripteurs primaires, valuations secondaires et photos. La richesse en espces apparentes laubergine fait dailleurs de cette collection lune des plus importantes au niveau mondial. Ces collections ont t constitues au cours des
Espces Aubergine (Solanum melongena) Espces apparentes Laitue (Lactuca sativa) Espces apparentes Melon (Cucumis melo) Espces apparentes Piment (Capsicum annuum) Espces apparentes Tomate (Solanum lycopersicum) Espces apparentes Total

50 dernires annes essentiellement par des changes et par quelques collectes (plus de 50 % des Lactuca apparentes la laitue). Trois solanaces (aubergine, piment, tomate) et le melon sont maintenus dans le cadre de deux rseaux coordonns par lInra dont les partenaires sont des slectionneurs privs et, pour les solanaces, le Groupe dtude et de contrle des varits et des semences (GEVES, Brion) ainsi que le Cirad. Les graines de ces accessions sont disponibles. Sur la priode 2006-2011 : Plus de 10 000 chantillons de RG melon ont t envoys des slectionneurs privs, ltranger (recherche publique), aux instituts et stations rgionales de dveloppement agricole franais et dautres UR de lInra ; 10 740 chantillons taient utiliss par lUR GAFL pour ses programmes. 1 413 lots daubergine taient envoys destination de la recherche publique franaise et trangre ainsi quau secteur priv ; 2 500 lots taient utiliss par lUR GAFL.
RG patrimoniales 839 1 066 700 240 2 584 60 1 440 60 2 500 270 9 959 RG scientifiques 530 500 5 900 1 300 1 200 9 030

Ces collections permettent une connaissance patrimoniale et historique, en particulier des anciennes varits franaises Elles constituent une source de nouveaux caractres pour la slection et lamlioration des plantes daujourdhui et du futur, ainsi quun objet de recherche sur la diversit gntique, la domestication et la slection. Dautres espces lgumires sont maintenues AgroCampusOuest (Angers), lInra de Rennes, au GEVES ainsi que dans des conservatoires botaniques rgionaux ou nationaux.
Diversit des fruits de piment.

Centre de Ressources Biologiques des Lgumes graines


UR GAFL - Gntique et amlioration des fruits et lgumes (Inra Avignon)
Ressources gntiques patrimoniales de 5 espces lgumires (aubergine, laitue, melon, piment, tomate) et espces apparentes (prs de 10 000 accessions). Provenance : France et monde entier Localisation Inra - UR GALF - Domaine St Maurice Alle des Chnes - CS 60094 84143 Montfavet CEDEX Pour plus dinformations : Marie-Christine Brand Daunay, ga-crb@avignon.inra.fr http://urgi.versailles.inra.fr/siregal/siregal w3.avignon.inra.fr/rg_melon w3.avignon.inra.fr/rg_tomate

Nombre daccessions pour les ressourves gntiques (RG) patrimoniales et scientifiques des espces lgumires cultives et des espces apparentes.

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Collectons pour la biodiversit

Vue de la collection principale de cafiers.


E. Couturon

Le Centre de Ressources Biologiques Cafiers


Considrant les menaces qui psent sur les cosystmes abritant les espces sauvages du genre Coffea en Afrique et dans les les de locan Indien, ltablissement de collections ex situ pour la sauvegarde de cette biodiversit est dimportance primordiale.

La collection au champ de Coffea sauvages mise en place par lIRD lle de la Runion au cours des dernires annes grce au soutien de lUnion europenne et de la Rgion Runion, a reu en 2009 laccrditation CRB. Cette collection est implante sur trois sites runionnais en conditions pdoclimatiques et environnementales contrastes : la collection principale la station de Bassin Martin (sud-Runion, altitude 350 m), partiellement rplique au Conservatoire Botanique National des Mascarins (ouest-Runion, altitude 550 m) et la station Cirad de la Bretagne (nord-Runion, altitude 150 m). Ces implantations en champs sont compltes par une cryobanque de semences en cours de mise en place au centre IRD de Montpellier (plus de 200 gnotypes cryoconservs). La collection regroupe ce jour 746 gnotypes appartenant 35 espces endmiques originaires de la zone intertropicale humide dAfrique et des les de locan Indien, couvrant

ainsi la totalit de laire naturelle de dispersion du genre Coffea : gnotypes despces africaines et malgaches en provenance de lIRD Montpellier (collection de base : 434 gnotypes) ; gnotypes despces endmiques de la Runion, le Maurice et Mayotte (203 gnotypes) ; gnotypes despces cultives anciennement introduites la Runion (109 gnotypes). Gre par lUMR Diversit adaptation, dveloppement des plantes (UMR DIADE, Cirad/IRD/ UM2), elle fait actuellement lobjet du dveloppement d'une plateforme commune de gestion des ressources vgtales tropicales au sein des CRB du Cirad, de lInra et de lIRD (projet Inter-trop, cf. ci-contre), ainsi que de plusieurs programmes de recherche principalement axs sur la caractrisation morphologique et molculaire des diffrentes espces et sur ltude de la tolrance la dessiccation des semences.

Centre de Ressources Biologiques Cafiers


(IRD)
746 gnotypes appartenant 35 espces endmiques de Coffea sauvages. Provenance : zone intertropicale humide dAfrique et des les de locan Indien
Collections pour la biodiversit

Localisation Centre 3P - 7 chemin de l'IRAT, Ligne Paradis 97410 Saint Pierre Pour plus dinformations : Florent Engelmann, orent.engelmann@ird.fr & Emmanuel Couturon, emmanuel.couturon@ird.fr www.la-reunion.ird.fr/recherche-et-missions/ programmes-de-recherche/perennisation-etvalorisation-scientique-d-une-collection-deressources-genetiques-des-cafeiers

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Denis Wirrmann IRD

Dtail de plants de vanille. Fruits tropicaux.

Inter-TROP
Mise en rseau des Centres de Ressources Biologiques vgtales tropicales du Cirad, de lInra et de lIRD
Le Cirad, lInra et lIRD ont constitu des CRB vgtales tropicales dans diffrentes rgions ultra-marines ou hexagonales. Afin de mutualiser leurs efforts et gagner en lisibilit, le projet Inter-TROP vise : la progression de la dmarche qualit ; le dveloppement doutils de gestion des collections et de traabilit des changes de matriel ; la mise en place dun portail web commun pour communiquer, diffuser et susciter des partenariats. Ce projet associe le CRB Tropicales (accessions de riz conserves Montpellier, cf. p. 34), le CRB Coffea (cafiers conservs la Runion et Montpellier, cf. p. 40) ainsi que : le CRB VATEL (Runion) qui comprend : lunique collection franaise de vanilliers (~30 espces du genre Vanilla) dAmrique, Afrique et Asie (~700 accessions sous forme de matriel vivant, d'chantillons dshydrats ou d'extraits d'ADN) ; une collection daulx tropicaux (43 accessions d'Allium sativum) originaires d'Afrique et de l'ocan Indien ; une collection de 35 espces de lgumes de la Runion sous-utiliss (lgumes lontans) dont 11 multiplication vgtative (250 accessions sous forme de semences). le CRB Plantes tropicales (Guadeloupe et Martinique) qui comprend : la plus importante rserve mondiale de la diversit du genre Ananas (585 accessions) ; une collection dignames (~500 accessions de Disocorea alata, D. cayennensis-rotundata, D. trifida et despces sauvages) ; une collection de manguiers (Mangifera indica, 100 accessions) ; une collection de bananiers (450 accessions dont 80 varits sauvages et 130 ancestrales) ;

une collection de canne sucre (1 400 accessions des principaux genres et espces du complexe Saccharum : clones sauvages et apparentes, hybrides de premire gnration et hybrides commerciaux) ; un herbier des plantes vasculaires des Antilles franaises (2 500 espces, 10 000 chantillons).

Contact : Claudie Pavis, claudie.pavis@antilles.inra.fr


Pour plus dinformations : www4.inra.fr/intertrop

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Collectons pour la biodiversit

le CRB Plantes prennes (Guyane) qui comprend : une collection de cacaoyers (216 clones dont 188 sauvages), 155 descendances libres (dont 123 sauvages) dorigine locale, 125 clones dorigine externe ; la 2e collection mondiale de Coffea canephora (robusta) : 340 gnotypes et 33 clones hybrides de C. canephora x C. arabica (arabusta) ; une collection dhvas (869 accessions de clones (i) asiatiques et ivoiriens, (ii) collects en Amazonie, (iii) issus du projet Cirad-Michelin-Brsil et des descendances utilises dans les travaux de gntique du Cirad. le CRB Agrumes (Corse) qui comprend une des collections dagrumes les plus riches au monde, notamment dans le groupe des mandariniers.

Inra Antilles-Guyane

Collections pour les sciences agronomiques

Graines de fonio (Digitaria exilis) rcoltes en Guine. pis de fonio.


A. Barnaud

En dehors des centres de ressources biologiques : les collections historiques de lIRD


LIRD dispose Montpellier au sein de lUMR DIADE des collections inities dans les annes 1970 sur plusieurs crales africaines (mil, fonio, sorgho, riz). Ces collections sont les collections originales pour le mil (~4 000 accessions dont des formes cultives, adventices et sauvages), le fonio (~600 accessions), le riz (~2 500 accessions) et le sorgho (~4 000 accessions). Les duplicatas de ces collections sauf cas particuliers sont dposs dans les centres internationaux (ICRISAT, Institut international de recherche sur les cultures des zones tropicales semi-arides et Africa Rice Center) qui ont vocation la conservation long terme de telles collections. Par ailleurs, le stockage ralis lIRD se fait en chambre froide pour une conservation moyen terme.
A. Barnaud

Les rapports de missions originaux associs ces collections sont en grande partie disponibles* ainsi que lhistorique des transferts et les correspondances entre les noms daccessions des diffrents dpositaires. Ces accessions proviennent principalement de collectes ralises dans les pays dAfrique de lOuest. Elles sont particulirement utiles car elles fournissent un tat de la diversit dans le pass permettant ainsi danalyser son volution par comparaison avec des chantillons rcents. Plusieurs projets scientifiques sappuient sur ces collections, notamment le projet Agropolis Resource Center for Crop Conservation, Adaptation and Diversity (Arcad, cf. ci-contre) focalis sur la relation entre la diversit des plantes cultives et les processus de domestication et d'adaptation l'environnement agricole.
* www.central-repository.cgiar.org/crop_ collecting_missions.html

Collections historiques de lIRD


UMR DIADE - Diversit adaptation et dveloppement des plantes (Cirad/IRD/UM2)
Collections originales de crales africaines : mil (~4 000 accessions dont des formes cultives, adventices et sauvages), fonio ~600 accessions), riz (~2 500 accessions), sorgho (~4 000 accessions). Provenance : principalement Afrique de lOuest Localisation UMR DIADE IRD - 911 Av. Agropolis 34394 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Yves Vigouroux, Yves.vigouroux@ird.fr Alain Ghesquire, alain.ghesquiere@ird.fr & Adeline Barnaud, adeline.barnaud@ird.fr

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Collections pour la biodiversit

Le projet Arcad
Agropolis Resource Center for Crop Conservation, Adaptation and Diversity
La communaut scientifique de Montpellier est engage depuis plusieurs dcennies dans la conservation et ltude des ressources gntiques des plantes cultives mditerranennes et tropicales, et dans des activits denseignement et de formation dans ces domaines. Le projet Arcad vise valoriser ces efforts pour accrotre leurs impacts en termes de dveloppement des connaissances et dutilisation des ressources gntiques pour le dveloppement agricole, et leur donner une dimension internationale. Arcad vise dvelopper un centre de ressources biologiques, technologiques, scientifiques et pdagogiques sur lagrobiodiversit vgtale. Le projet scientifique est centr sur lanalyse de lhistoire volutive, les modalits de domestication et dadaptation au changement climatique des plantes cultives tropicales et mditerranennes. Il comprend trois sous-projets structurants : Gnomique des populations de plantes sauvages et cultives (bananier, palmier huile, bl engrain, mil, sorgho, riz africain, cafier, cacaoyer, luzerne, vigne, tomate, igname, fonio, olivier et leurs apparentes sauvages) et analyse des processus de domestication et dvolution). Adaptation des plantes (riz, mil, Medicago truncatula) au changement climatique : analyse des processus gntiques impliqus dans la rponse phnologique aux variations des conditions climatiques dans lespace et au cours du temps. Crales en Afrique : tude des facteurs gntiques et socioculturels qui dterminent la diversit et les dynamiques de domestication chez quatre espces majeures (riz, sorgho, bl dur, mil) ainsi que des espces orphelines (fonio). Arcad comprend galement le dveloppement de mthodes et doutils : outils bioinformatiques partags pour la gestion de donnes et lanalyse de squenage haut-dbit ; tablissement dune banque dADN pour les plantes mditerranennes et tropicales et mthodes de purification, contrle de qualit et stockage de lADN vgtal ; mthodes de cryoconservation pour diffrentes espces multiplication vgtative ou semences non orthodoxes. La Rgion Languedoc-Roussillon, le Cirad, lInra, lIRD et Montpellier SupAgro ont engag un programme immobilier ambitieux permettant de rassembler en une infrastructure unique des facilits de conservation (chambres froides, cryoconservation, DNAthque) pour rassembler les collections de semences maintenues Montpellier, danalyse de la diversit (phnotypage de semences, gnotypage/squenage), de recherche et de formation. Cette construction et les synergies qui en rsulteront assureront Arcad et la communaut montpelliraine sur les ressources gntiques une visibilit mondiale. Ouvert aux partenariats nationaux et internationaux, Arcad simplique fortement dans llaboration dun projet dinfrastructure nationale distribue pour la conservation et lanalyse des ressources phytogntiques, impliquant notamment lensemble des centres de ressources biologiques vgtales labelliss IBiSA. Il est partenaire du projet RG-Scope, observatoire national sur les ressources gntiques coordonn par la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversit.
Contact : Jean-Louis Pham, arcad@agropolis.fr
Pour plus dinformations : www.arcad-project.org Jean-Louis Pham IRD

Rcolte du riz en Basse-Guine.

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour la biodiversit

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Exemple de boites de collections pour des glossines.


CNEV

pour les sciences de la sant animale et humaine


omprendre lpidmiologie des systmes infectieux et la diffusion des maladies associes, puis dvelopper des mthodes de lutte adaptes, ncessite en premier lieu lidentification des diffrents acteurs du cycle de transmission. Dans le cas des maladies transmission vectorielle ou avec des htes rservoirs, lidentification des espces vectrices ou des espces rservoirs doit tre aussi prcise que possible et atteindre le niveau de lespce, et parfois mme de sous-espces : en effet des espces proches morphologiquement voire des populations gntiquement diffrencies dune mme espce peuvent prsenter des diffrences cologiques ou biologiques importantes pouvant expliquer leurs rles dans les cycles de transmission. Ces diffrences peuvent concerner la virulence pour les agents pathognes, la comptence ou la capacit vectorielle pour les arthropodes vecteurs. Enfin des htes vertbrs du mme genre peuvent tre de bons rservoirs ou se rvler tre des impasses parasitaires. Une mauvaise identification des espces dintrt peut avoir des consquences dsastreuses lors de la mise en place des stratgies de lutte anti-vectorielle ou lors de la surveillance despces exotiques invasives (Aedes albopictus, Ochlerotatus japonicus, Culicoides imicola). Aujourdhui, les collections dpassent lintrt musologique dinventaire de faunes. Les collections de rfrence pour les arthropodes ou les vertbrs dintrt pour la sant animale ou humaine sont indispensables pour maintenir le niveau dexpertise taxonomique, prenniser la formation des chercheurs au Nord et au Sud, progresser dans la comprhension des mcanismes de spciation pour rviser ltat des connaissances taxonomiques et systmatiques. Elles permettent le dveloppement doutils daide lidentification morphologique (cls didentification interactive informatise ou sur internet) ou doutils daide lidentification molculaire (tests didentification par raction en chane par polymrase [PCR] ou barrescodes).

Collections

Les collections de spcimens sec, ou monts entre lames et lamelles, sont associes des collections dADN, de squences nuclotidiques, indispensables pour le typage ou le diagnostic des pathognes, lidentification de la diversit cryptique (cas des espces jumelles dans les complexes despces) ou de collections de tissus en thanol ou cryoprservs, permettant une bonne conservation de lADN. Il existe aussi des banques de cellules vivantes et des colonies darthropodes de rfrence (phnotypes et gnotypes) en levage. Les collections historiques collectes il y a plusieurs dizaines dannes voire plus dun sicle (collection de tiques Argasidae de Morel), sont des outils prcieux pour comprendre limpact des changements climatiques et environnementaux sur la diversit et sa rpartition gographique, lvolution des mcanismes des rsistances et les consquences de ces changements sur la transmission des pathognes. La connaissance des rpartitions passes et prsentes doit nous permettre de modliser et de prvoir lvolution des zones gographiques potentiellement touches par une maladie donne. Les collections sant animale et humaine du ple de Montpellier, principalement situes sur les campus de Lavalette et de Baillarguet (Cirad, IRD), dans les universits et au Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), rassemblent des collections dagents pathognes (principalement virus, trypanosomes et Leishmania), de vecteurs (moustiques, phlbotomes, tiques, glossines, culicodes, triatomes) et de rservoirs vertbrs (rongeurs). Plusieurs holotypes (rfrences mondiales uniques) sont rpertoris dans ces collections. Au-del de la communaut scientifique montpelliraine, ces collections sont utilises dans le cadre de collaborations nationales ou internationales lors de prts ou de dons, et comme support des enseignements de niveau technicien post-doctorat. Leur utilisation est facilite par une gestion informatise souvent via des sites internet. Les zones gographiques couvertes concernent majoritairement la faune des rgions palarctique, orientale et afrotropicale.
Collectons pour la biodiversit 45

Jean-Marc Duplantier (UMR CBGP), Claire Garros (UMR CMAEE) & Didier Fontenille (UMR MIVEGEC)

Collections pour les sciences de la sant animale et humaine

J.-B. Ferre EID-Med

Culicoides nubeculosus. Pige suction et lumire noire pour capturer des Culicoides (pige de type OVI).

La collection de Culicoides (Diptera : Ceratopogonidae) du Cirad


Les Culicoides sont responsables de la transmission dOrbivirus (fivre catarrhale ovine [FCO], peste quine), respectivement pizooties majeures des ruminants sauvages et domestiques, et des quins.

Collection de Culicoides (Diptera : Ceratopogonidae)


UMR CMAEE - Contrle des maladies animales exotiques et mergentes (Cirad/Inra)
Plus de 3 millions de spcimens conservs par espce et par site de collecte en alcool (~ 80 espces pour la faune de France).
Collections pour la biodiversit

Provenance : France, rgions afrotropicale et palarctique Localisation Cirad, UMR CMAEE Campus international de Baillarguet 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Claire Garros, claire.garros@cirad.fr http://ocapi.cirad.fr Les donnes sont dsormais disponibles sur le site AVABase : http://avabase.cirad.fr

La FCO est une maladie en mergence depuis 2000 en Corse et depuis 2006 en Europe du Nord et France continentale. Les populations de Culicoides font lobjet lchelle europenne de rseaux de surveillance afin dapprhender leurs dynamiques spatiotemporelles et leurs diversit. Mandat par la Direction gnrale de lAlimentation, le Cirad ralise la surveillance des populations de Culicoides en France avec des pigeages rguliers. Les pigeages (depuis 2009, 160 piges rpartis sur lensemble du territoire national) sont tris lespce, au sexe et au statut physiologique pour les femelles, constituant ainsi une collection sans prcdent de la diversit de la faune de France du genre Culicoides. Lensemble des individus sont conservs au Cirad (UMR CMAEE Contrle des maladies animales exotiques et mergentes, Cirad/ Inra), par espce et par site de collecte en alcool avec une gestion informatise. Les individus appartenant des espces difficiles

identifier sont dissqus, puis monts entre lames et lamelles pour une observation au microscope ; ce qui constitue ensuite une collection de rfrence. ce jour, la collection rassemble plusieurs millions dindividus en alcool pour plus de 80 espces de la faune de France, ainsi que plusieurs centaines individus dissqus et monts entre lame et lamelle. cette collection de la faune de France, sajoutent des spcimens de la faune mondiale (rgion afrotropicale et palarctique) collects lors de missions sur le terrain ou dchanges dans le cadre de collaborations internationales. Dans un contexte mondial dmergence et de risque dextension gographique des orbiviroses ainsi que de perte de lexpertise taxonomique, cette collection de Culicoides est une mine dinformations pour les futures actions de recherche sur la taxonomie, la bio-cologie et, par consquent, pour la surveillance des espces dintrt vtrinaire.

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Cirad

AVAbase
une plateforme de connaissances taxonomiques et cologiques pour les arthropodes dintrt en sant animale
ruminants domestiques et sauvages. Lagent pathogne est un Orbivirus transmis par des moucherons hmatophages du genre Culicoides. La diagnose des Culicoides est difficile du fait de la petite taille de linsecte, de lexistence de caractres diagnostiques variables ou chevauchants et dune trs grande diversit (environ 1 300 espces dans le monde et plus de 80 espces pour la faune de France). Le dveloppement doutils daide lidentification morphologique et molculaire, lactualisation des connaissances pidmiologiques et biocologiques ainsi que la gestion des individus de rfrence en collection sont alors primordiaux pour maintenir lexpertise taxonomique, former des tudiants ou des chercheurs et diffuser des donnes dintrt. Dans ce cadre, une plateforme ddie aux arthropodes dintrt en sant animale (AVAbase*, Arthropod Vectors of interest for Animal Health database), alimente en priorit avec les donnes du genre Culicoides, a t dveloppe par lUMR CMAEE. Elle permet de communiquer la communaut scientifique et au grand public les connaissances taxonomiques (synonymes connus, rfrences bibliographiques) et biocologiques (distribution, rle vecteur connu, cologie larvaire) sur les arthropodes dintrt en sant animale (tiques, Culicoides, glossines), de grer les individus de rfrence en collection au Cirad et leurs iconographies, et dassurer la diffusion de donnes molculaires de qualit.
Contact : Claire Garros, claire.garros@cirad.fr
* Pour plus dinformations : http://avabase.cirad.fr

C. Garros Cirad

Patron alaire de Culicoides punctatus.

Les organisations de sant animale sont aujourdhui confrontes des crises sanitaires importantes lies lmergence, ou la rmergence, de maladies transmission vectorielle. Avec laccroissement des changes et des changements environnementaux, ces risques sanitaires dpassent le clivage Nord/Sud. Or la comprhension des cycles de transmission et le dveloppement de modles pour prvoir les zones et priodes risque et donc prvenir les crises sanitaires, ne sont possibles que si l'identification des espces vectrices impliques dans la transmission des pathognes est correcte. Par exemple, la fivre catarrhale ovine est une maladie virale infectant les

La systmatique et la taxonomie du genre Culicoides


un vrai imbroglio !
Dans le domaine de la sant animale, les enjeux majeurs de la recherche sur les maladies transmission vectorielle sont la comprhension des processus biologiques et pidmiologiques lis la transmission afin de dvelopper des modles prdictifs pour anticiper les vnements sanitaires, et, ainsi, mieux surveiller et contrler les maladies. Ceci na de sens que si les espces impliques dans la transmission des agents pathognes sont clairement identifies. Le genre Culicoides, moucherons hmatophages, est connu partout dans le monde comme nuisant et vecteur de parasites et de virus dintrt pour la sant animale (virus de la peste quine et de la fivre catarrhale ovine) ou publique (virus Oropouche). Malgr son importance pidmiologique, la systmatique et la taxonomie de ce genre restent problmatiques. En effet, lexpertise taxonomique disparat progressivement et, avec elle, les collections de rfrence, sans renouvellement des comptences acquises. Le genre Culicoides se caractrise par une grande diversit toujours en cours de description, mal connue et mal dcrite pour certaines rgions biogographiques. Un grand nombre de synonymies est toujours suspect parmi les espces rpertories et la diversit cryptique a t trs peu tudie. Lexistence des hypothses de synonymies non rsolues brouille la comprhension de la biologie et de lcologie des espces. De plus, les descriptions en langue trangre (russe, chinois) et la perte des spcimens porteurs de noms despces compliquent la description ou les redescriptions.
Exemple de prlvement aprs une nuit de capture avec un pige OVI

X. Allne Cirad

Contact : Claire Garros, claire.garros@cirad.fr


Pour plus dinformations : http://bluetongue.cirad.fr & http://avabase.cirad.fr

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Collectons pour la biodiversit

Labsence de phylognie robuste entraine un schma systmatique incertain. Le genre est spar en 30 sous-genres, eux-mmes diviss en groupes et sous-groupes complexes qui ne sont pas unanimement reconnus par la communaut scientifique et pour lesquels il nexiste pas de consensus sur leurs dlimitations. Les sous-genres sont pour la plupart dfinis sur des ressemblances morphologiques dont on ne sait si elles sont analogues ou homologues. Les experts sentendent pour dire que le schma systmatique actuel ne reflte pas les relles relations phylogntiques entre les espces. Dans ce contexte et devant limportance sanitaire des maladies transmises par les Culicoides (mergence du virus Schmallenberg, risque dmergence du virus de la peste quine), le dveloppement daxes de recherche en taxonomie intgrative est primordial.

Collections pour les sciences de la sant animale et humaine

La collection de plasmas et jaunes dufs doiseaux marins


La circulation dagents infectieux dans les populations sauvages doiseaux marins est tudie dans le cadre de programmes de

Collection de plasmas et jaunes dufs doiseaux marins


CEFE - Centre d'cologie Fonctionnelle et volutive (CNRS/EPHE/UM2/ Montpellier SupAgro/Cirad/IRD/Inra/ UM1/UM3)
~12 000 chantillons sanguins et de jaunes dufs doiseaux marins : plasma et culots de globules rouges de Mouette tridactyle, Guillemot de Trol, Macareux moine et Guillemot de Brunnich ; jaunes duf de Goland leucophe (4 000 tubes 0,5 ml de plasma, 4 000 tubes 2,5 ml de culots de globules rouges, 4 000 sachets zip-lock de jaunes duf, congels -20C). Provenance : plasmas et culots de globules rouges de la mer de Barents (Arctique, Norvge) et des ocans Atlantique Nord (cosse, Islande) et Pacique Nord (Kamtchatka, Russie, Alaska, tats-Unis dAmrique) ; jaunes dufs de louest du bassin mditerranen (France, Espagne, Tunisie). Localisation CEFE - Campus CNRS, 1919 Route de Mende 34293 Montpellier Pour plus dinformations : Thierry Boulinier, thierry.boulinier@cefe.cnrs.fr

recherche sur lcologie volutive de la dispersion dans les systmes hte-parasite mens par le Centre d'cologie Fonctionnelle et volutive* (CEFE, CNRS/EPHE/UM2/ Montpellier SupAgro/Cirad/IRD/ Inra/UM1/UM3) en collaboration avec lUMR Maladies infectieuses et vecteurs : cologie, gntique, volution et contrle (UMR MIVEGEC**, IRD/CNRS/UM1/UM2). Les agents infectieux tudis sont surtout la bactrie responsable de la maladie de Lyme (Borrelia burgdoferi sensu lato) et les virus de lInfluenza aviaire. Les oiseaux marins sont particulirement intressants car leur reproduction en colonies denses et leurs mouvements grandes chelles spatiales en font des htes particuliers, fortement exposs des parasites vecteurs dagents infectieux. Dans ce cadre, une collection a t constitue dchantillons sanguins et de jaunes dufs doiseaux marins : plasmas et culots de globules rouges de Mouette tridactyle (Rissa tridactyla), Guillemot de Trol (Uria aalge), Macareux moine (Fratercula arctica) et de Guillemot de Brunnich (Uria lomvia) ainsi que jaunes dufs de Goland leucophe (Larus michaellis). Au total, environ 4 000 tubes (0,5 ml) de plasma, 4 000 tubes (2,5 ml) de culots de globules rouges et 4 000 sachets zip-lock de jaunes dufs, sont conservs congels -20C.

Leur provenance est varie : plasmas et culots de globules rouges de la mer de Barents (Arctique, Norvge) et des ocans Atlantique Nord (cosse, Islande) et Pacifique Nord (Kamtchatka, Russie, Alaska, tatsUnis dAmrique) ; jaunes dufs de louest du bassin mditerranen (France, Espagne, Tunisie). Chaque anne, cette collection est complte par les chantillonnages effectus pour des suivis long terme comme en Norvge (programme ParasitoArctique, Institut polaire franais) ou louest du bassin mditerranen (taches dobservations de lOSU OREME***). Ces travaux sont dvelopps dans le cadre de collaborations nationales et internationales (programme Parasito-Arctique, projet Blanc de lANR EVEMATA cologie volutive du transfert maternel danticorps , taches dobservation de lOSU OREME du systme dobservation cologie-dynamique des populations dorganismes modles , Groupe immuno-cologie du rseau cologie des interactions durables [CNRS/Inra]).
* www.cefe.cnrs.fr/ecologie-spatiale-despopulations/thierry-boulinier ** www.mivegec.ird.fr/index.php?option=com_ content&view=article&id=57&Itemid=97 &selected=9 *** www.oreme.univ-montp2.fr/spip.php?article42

tude de la circulation dagents infectieux dans les populations sauvages doiseaux marins
La mise en vidence chez les vertbrs sauvages de la prsence danticorps dirigs contre diffrents agents infectieux aide comprendre les facteurs affectant lmergence de maladies ainsi que le rle des processus cologiques et volutifs dans la circulation et les effets dagents infectieux, notamment la bactrie responsable de la maladie de Lyme, Borrelia burgdoferi sensu lato, et les virus de lInfluenza aviaire. Avec le dveloppement de nouvelles mthodes danalyse et lintrt nouveau pour certains agents infectieux, la collection de plasmas et jaunes dufs doiseaux marins peut aider complter les rsultats obtenus. Outre la dtermination des prvalences d'exposition des individus de diffrentes espces d'oiseaux sauvages de tels agents infectieux, les analyses effectues sur des chantillons sanguins ont, par exemple, permis d'valuer si l'exposition l'agent de la maladie de Lyme semblait affecter le taux de survie annuelle des mouettes tridactyle. Les analyses ont montr que ce n'est pas le cas. En revanche, les individus qui ont dvelopp des anticorps vis--vis de cette bactrie les conservent pendant de nombreuses annes et une faible proportion d'individus est nouvellement expose chaque anne cet agent infectieux sur les colonies de reproduction. Chez une autre espce d'oiseau marin pour laquelle des chantillons ont aussi t collects le Puffin cendr, Calonectris diomedea , ce type d'analyse a permis de montrer que les anticorps transmis de la mre au poussin via l'uf peuvent perdurer plusieurs semaines chez ce dernier aprs l'closion ; ce qui est trs diffrent de ce qui tait connu chez la caille ou la poule. Ces types d'analyse sont donc intressants pour une meilleure comprhension de l'cologie des interactions hte-parasite mais aussi en termes d'copidmiologie.
Contact : Thierry Boulinier, thierry.boulinier@cefe.cnrs.fr
Pour plus dinformations : www.cefe.cnrs.fr/ecologie-spatiale-despopulations/thierry-boulinier

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Collections pour la biodiversit

Colonie dtude de mouettes tridactyles, Rissa tridactyla, en Norvge.


T. Boulinier

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Collectons pour la biodiversit

Le Centre National dExpertise sur les Vecteurs et le groupe de travail sur les collections darthropodes
Depuis juillet 2011, le Centre National d'Expertise sur les Vecteurs (CNEV), structure multidisciplinaire, permet la mobilisation rapide et efficace de l'ensemble de l'expertise et des comptences franaises dans les domaines de l'entomologie mdicale et vtrinaire, de la lutte anti-vectorielle (LAV) et des sciences humaines et sociales appliques la LAV, dans une perspective d'aide la dcision. Le CNEV a, entre autres, pour mission l'expertise entomologique sur les vecteurs par l'valuation et l'amlioration des techniques de surveillance entomologique et de LAV. Il est constitu d'un laboratoire coordinateur (UMR MIVEGEC) et de trois laboratoires associs (UMR CMAEE, Entente interdpartementale pour la dmoustication du littoral mditerranen, cole des Hautes tudes en Sant Publique) et de 37 partenaires aux comptences complmentaires. Dans ce cadre, un groupe de travail sur les collections darthropodes a t constitu et sintresse tablir des recommandations visant valoriser, maintenir et dvelopper les collections darthropodes dintrt mdical et vtrinaire en France. Les collections constituent en effet des ressources uniques en termes de rfrences taxonomiques pour lidentification de vecteurs avrs et/ou potentiels et doutils de formation la dtermination de vecteurs pour les agents de LAV. En outre, les collections dites vivantes cest--dire constitues de spcimens maintenus en levage permettent la mise au point de mthodes de LAV bases sur la connaissance

CNEV

Exemple de boites de collections pour des triatomes.

fine des traits dhistoire de vie ou le test des effets de substances insecticides/acaricides. Jusqu prsent, les collections restent souvent mconnues et donc sous-exploites par les autorits sanitaires et les services de LAV, notamment du fait de leur dispersion, de difficults de gestion ainsi que dun manque de valorisation.
Contacts : Didier Fontenille, Thierry Lefranois, Christophe Lagneau & Jocelyn Raude, cnev@ird.fr
Pour plus dinformations : www.cnev.fr

K. Huber & L. Vial Inra/Cirad

La collection historique de tiques du monde (Acari : Ixodida) de Pierre Claude Morel


Les tiques, acariens hmatophages parasitant de nombreux vertbrs terrestres, ont des effets dltres sur les animaux de rente (exsanguination, amaigrissement, baisse de production laitire, dgradation des cuirs, action toxique de la salive). Elles sont en outre vecteurs de nombreux pathognes humains et animaux (virus, bactries, protozoaires). Lintrt pour ces arthropodes est croissant ces dernires annes du fait de leur sensibilit avre aux changements globaux et de rcentes (r)-mergences de maladies tiques telles que la maladie de Lyme transmise par Ixodes scapularis (tats-Unis), lencphalite tiques transmise par I. ricinus (Europe), la fivre hmorragique CrimeCongo transmise par Hyalomma marginatum marginatum (Turquie) ou encore la peste porcine africaine potentiellement transmise par des tiques molles ornithodores (Caucase). Acarologiste mondialement reconnu ayant uvr au Cirad de 1954 1996, Pierre Claude Morel a constitu une formidable collection de tiques partir de ses collectes de terrain et

Amblyomma nocens.

La collection historique de tiques du monde (Acari : Ixodida) de Pierre Claude Morel


UMR CMAEE - Contrle des maladies animales exotiques et mergentes (Cirad/Inra)
7 634 chantillons (conservation en alcool 70 dans des systmes de doubles pots limitant lvaporation) de 26 genres ou sousgenres, 348 espces ou sous-espces. Provenance : mondiale (principalement Afrique et Amrique du Sud)
Collections pour la biodiversit

de celles de ses collgues, ainsi que lors dchanges entre collections de rfrence. Au total, plus de 7 000 chantillons identifis sont stocks en alcool, correspondant la quasi-totalit des genres et sous-genres connus au monde (26 genres ou sous-genres sur 31) et la moiti des espces ou sousespces actuellement dcrites et reconnues (soit 348 sur 867 daprs la classification de Camicas, 1998). Tous les continents y sont reprsents avec des spcimens collects tout au long du sicle dernier. Le plus ancien spcimen date de 1820, la majorit datant des annes 1940 1960 (priode des grandes missions exploratoires). La prsence de 11 types ou paratypes des 13 espces dcrites par Morel en fait une collection de rfrence pour la taxonomie des Ixodida. Une base de donnes lectronique y est associe afin de recenser pour chaque chantillon la date et la localisation de la collecte, le nom du collecteur, lhte ou lhabitat dorigine. Lobjectif de lUMR CMAEE (Cirad/Inra) est de faire revivre cette collection en communiquant son existence et son contenu au monde scientifique et en lutilisant comme rfrence pour la dtermination morphologique et des approches innovantes de barcoding.

Localisation Cirad TA A15/G Campus International de Baillarguet 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Laurence Vial, laurence.vial@cirad.fr Les donnes sont dsormais disponibles sur le site AVABase : http://avabase.cirad.fr Site Biodiversit Montpellier : www.biodiversite-montpellier.org/ page.php?id_rubrique=4

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Collections de pathognes d'intrt en sant animale


LUMR CMAEE (Cirad/Inra) sintresse la biologie des interactions pathogne/hte/ vecteur afin de dvelopper des outils de dtection, dpidmiologie et de contrle des maladies animales exotiques et mergentes affectant les productions animales au Sud et menaant le Nord. Ces maladies sont soit transmission directe (peste des petits ruminants, pripneumonie contagieuse bovine et caprine, influenza aviaire, maladie de Newcastle) soit vectorielle (cowdriose, fivre de la valle du Rift,

fivre catarrhale ovine, fivre du Nil occidental). Le maintien de matriel biologique est ncessaire au dveloppement de programmes de recherche sur ces maladies. Ce matriel peut tre des chantillons, des souches ou ADN/ ARN de pathognes. Il peut sagir galement de vecteurs ou ADN/ ARN de vecteurs de pathognes (comme les tiques, moustiques ou Culicoides) et de srums danimaux infects. Ces collections de rfrence, collectes travers le monde par le Cirad et ses partenaires, sont principalement utilises pour des travaux de diversit gntique, de gnomique fonctionnelle et didentification de gnes dintrt, ainsi que de rponse immunitaire de lhte, de dveloppement de vaccins, dpidmiologie et dcologie. Dans le cadre de ses mandats de laboratoire de rfrence nationaux et internationaux, lunit se doit aussi de dvelopper des mthodes diagnostiques et de diffuser du matriel de rfrence. Comme pour lensemble de son activit diagnostic pour laquelle lunit est accrdite selon le rfrentiel 17025 sur dix mthodes et six maladies, le laboratoire fonctionne pour la conservation de ses collections sous assurance qualit et en utilisant notamment un Laboratory Information Management System (LIMS) permettant la traabilit des chantillons et une conservation de type Centre de ressources biologiques .

Collection de glossines du Cirad


En Afrique subsaharienne, les trypanosomoses animales transmises par les glossines (mouches ts-ts) ont des consquences conomiques et sociales considrables sur l'levage. Chez les bovins, la maladie entraine des baisses de productivit importantes (lait, viande), mais aussi une baisse de leur puissance motrice, avec un impact important sur les cultures bases sur la traction animale. Les pertes totales sont estimes 4,75 milliards de dollars par an. Les glossines sont prsentes dans 37 pays africains, et menacent environ un tiers des 165 millions de bovins qui y sont prsents. Il en existe 31 espces et sous-espces rparties en trois grands groupes : les glossines riveraines (sous-genre Nemorhina), de savane (sous-genre Glossina) et de fort (sous-genre Austenina). Les glossines riveraines sont les plus rsistantes aux changements environnementaux, notamment anthropiques, et peuvent donc transmettre les trypanosomoses dans les zones densment peuples, comme les zones priurbaines, reprsentant ainsi une limite importante lintensification des systmes dlevage, comme dans la zone priurbaine de Dakar.

Collections de pathognes d'intrt en sant animale


UMR CMAEE - Contrle des maladies animales exotiques et mergentes (Cirad/Inra)
chantillons, souches et ADN/ARN de pathognes ; vecteurs ou ADN/ARN de vecteurs de pathognes (tiques, moustiques, Culicoides) ; srums danimaux infects. Provenance : Afrique, ocan Indien, Carabes, Mditerrane, Europe Localisation UMR CMAEE Campus International de Baillairguet,TA A-15/G 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Virologie : Renata Servan de Almeida, renata.servan_de_almeida@cirad.fr Bactriologie : Franois Thiaucourt, Franois.thiaucourt@cirad.fr Entomologie : Claire Garros, claire.garros@cirad.fr

Chvre du Sngal infecte par un morbillivirus de ruminant.


Habib Salami

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences de la sant animale et humaine

M. Desquesnes Cirad

Trypanosoma congolense. Glossina tachinoides, spcimen mle mont originaire de llevage de lUMR IRD-Cirad Intertryp, Campus International de Baillarguet, Montpellier.
P. Grbaut

Le Cirad a constitu une collection de glossines (genre Glossina) qui comprend 70 spcimens adultes de 18 espces, monts sec dans des boites de collection : G. austeni, G. brevipalpis, G. caliginea, G. fusca congolensis, G. fusca fusca, G. fuscipes fuscipes, G. longipalpis, G. longipennis, G. medicorum, G. morsitans centralis, G. morsitans morsitans, G. morsitans submorsitans, G. nigrofusca, G. nigrofusca nigrofusca, G. pallidipes, G. palpalis gambiensis, G. palpalis palpalis et G. tachinoides. Les spcimens, gs de 1 57 ans, proviennent dun rseau de partenaires. Leur origine est varie : collection historique de Dominique Cuisance, collectes rcentes de terrain de Jrmy Bouyer et dons de partenaires (Institut de Mdecine Tropicale dAnvers, universit Eduardo Mondlane du Mozambique, Institut Sngalais de Recherches Agricoles).

Cette collection accompagne les tudes de systmatique et de taxonomie du genre Glossina. Elle est actuellement en cours de barcoding afin de mieux dfinir les limites taxonomiques entre espces et sous-espces. Une meilleure dfinition des taxons permettra galement de mieux dfinir leur importance pidmiologique respective.

En tout, 748 souches parasitaires (ges de 40 ans pour les plus anciennes, 2 ans pour les plus rcentes) sont cryoconserves dans de lazote liquide sous forme sanguicole (infectante) ou procyclique (non infectante). Cette collection est utilise dans de nombreuses tudes de gntique des populations, car la majorit de ces souches ont t isoles dans plusieurs pays africains. Ainsi, la souche EATRO 1125 (T. b. brucei) a t isole sur Hippotragus en 1966 dans la rgion de Busoga (Ouganda) ; EATRO 325 (T. c. savanne) a t, quant elle, isole sur Glossina en 1967 dans la rgion de Busoga (Ouganda). Les souches sont rpertories selon la nomenclature adopte par lOrganisation Mondiale de la Sant : foyer dorigine, pays, hte et anne disolement.

La collection Trypanosomes d'Intertryp


Il existe une vingtaine d'espces de trypanosomes infectant divers vertbrs (parmi lesquels l'homme) provoquant des maladies, les trypanosomiases. La plupart des espces sont transmises par des invertbrs hmatophages. Parmi les plus connus, Trypanosoma brucei est transmis l'homme par la mouche ts-ts (ou glossine) et entrane la maladie du sommeil. La collection Trypanosomes, gre par l'UMR Intertryp (IRD/Cirad), comprend une dizaine despces du genre Trypanosoma : T. Megatrypanum Theileri, T. Dutonella vivax, T. Nannomonas congolense forest type, T. Nannomonas congolense savannah type, T. Nannomonas simiae, T. trypanozoon evansi, T. trypanozoon equiperdum, T. trypanozoon brucei brucei et T. trypanozoon brucei gambiense.

Collection Trypanosomes d'Intertryp


UMR Intertryp - Interactions htesvecteurs-parasites dans les infections par trypanosomatidae (IRD/Cirad)
748 souches parasitaires dune dizaine despces du genre Trypanosoma sous forme sanguicole ou procyclique (non infectante), cryoconserves en azote liquide. Provenance : Afrique Localisation UMR Intertryp - TA A17 G, Campus International de Baillarguet - 34398 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Pascal Grbaut, pascal.grebaut@ird.fr

Collection de glossines du Cirad


Collections pour la biodiversit

70 spcimens adultes de 18 espces de glossines (genre Glossina), monts sec dans des boites de collection. Provenance : Afrique Localisation Cirad,V216 Mbour III,This, Sngal Pour plus dinformations : Jrmy Bouyer, jeremy.bouyer@cirad.fr Prochainement sur AVABASE : http://avabase.cirad.fr

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Le Centre de Ressources Biologiques de Leishmania


Le Laboratoire de ParasitologieMycologie du Centre Hospitalier Rgional Universitaire (CHRU) et de la Facult de Mdecine de Montpellier (Universit Montpellier 1) est associ l'UMR "MIVEGEC". Depuis 1975, ce laboratoire constitue une collection de souches du protozoaire parasite Leishmania. Cette collection, unique au monde par son importance, renferme plus de 6 000 souches de Leishmania, provenant de 67 pays sur quatre continents, de divers htes (homme, rservoirs animaux, phlbotomes vecteurs) et de situations co-

pidmiologiques varies. Elle comprend des souches de Leishmania isoles en culture et conserves dans l'azote liquide ainsi que des ADN de Leishmania conservs -30C. Les souches entrant dans la collection sont types de faon systmatique. Consultable en ligne*, la collection utilise un systme de gestion informatise pour le suivi des chantillons biologiques (souches comprises). Elle a permis au laboratoire d'tre reconnu depuis 1998 comme Centre National de Rfrence (CNR) des Leishmania et CRB reconnu plateforme IBiSA** depuis 2009. Elle comprend : deux units de culture in vitro (laboratoires de niveau de confinement P2 et P3) et une unit de cryoconservation (cryobanque) ; deux services d'identification des Leishmania pour (i) lidentification biochimique via une mthode de rfrence ralise depuis 1981 par lectrophorse des isoenzymes en gel pais damidon et (ii) lidentification molculaire avec une approche de type Multi Locus Sequence Typing. Un typage par microsatellites est galement propos. Le centre est engag depuis 2007 dans une dmarche Qualit visant obtenir la certification selon les normes ISO 9001 et NF S96-900. Il est membre du rseau des CRB microbiologiques franais*** et du projet Infrastructures nationales en biologie et sant (BioBanques). La collection a t enregistre en 2005

dans la base de donnes du World Data Centre for Microorganisms de la World Federation for Culture Collection sous le N WDCM 879.
* www.parasitologie.univ-montp1.fr/catalogue_list.asp ** Infrastructure en Biologie Sant et Agronomie : www.ibisa.net *** www.fbrcmi.fr

Collection IRD d'arthropodes d'intrt mdical


La collection d'arthropodes d'intrt mdical de lIRD hberge prs de 2 600 espces dont 2 026 de l'ordre des Diptera (moustiques, phlbotomes, simulies, glossines, culicoides), 209 Ixodida (tiques), 93 Phthiraptera (poux), 135 Hemiptera (punaises), 94 Acarina (acariens), 93 Siphonaptera (puces). Elle comprend galement une collection but pdagogique prsentant la taxonomie gnrale des insectes ainsi que l'illustration des principaux groupes d'arthropodes d'intrt mdical. Les espces culicidiennes (1 138 espces, 29 genres) y sont juste titre largement dominante (43 % des espces), soit prs dun tiers des espces mondiales. Cette collection recle la moiti des espces dAnophelinae connues, dont la plus belle collection d'anophles afrotropicaux au niveau mondial. La collection s'est constitue partir de 1950 grce aux entomologistes de terrain de l'IRD (ex ORSTOM), de dons de collections prives et d'changes avec d'autres collections nationales ou internationales. Les plus rcents spcimens ont t collects

Centre de Ressources Biologiques de Leishmania


CHRU de Montpellier/UM1/UMR MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : cologie, gntique, volution et contrle (IRD/CNRS/UM1/UM2)
Plus de 6 000 souches de Leishmania isoles en culture, conserves dans l'azote liquide, ADN conservs -30C. Provenance : 67 pays sur quatre continents, divers htes (homme, rservoirs animaux, Phlbotomes vecteurs) Localisation Laboratoire de Parasitologie-Mycologie CHRU de Montpellier - 39 Av. Charles Flahault 34295 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Patrick Bastien, patrick.bastien@univ-montp1.fr www.parasitologie.univ-montp1.fr/cryobanque.htm Leishmania.
P. Bastien CRB des Leishmania (CHRU de Montpellier)

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour les sciences de la sant animale et humaine

Culicidae Psychodidae Tabanidae Ceratopogonidae Calliphoridae Simuliidae Chironomidae Sarcophagidae Glossinidae Nycteribiidae Autres

Nombre d'espces en collection (par famille, ordre des Diptera).


Total : 2 026 espces diffrentes

Mayotte en mai 2011 avec la dcouverte d'une nouvelle espce. La faune est dominante afrotropicale mais concerne galement de nombreux spcimens d'Europe, d'Asie, d'Ocanie, d'Amrique du Nord et du Sud (92 pays cits sur la base de donnes). En tout, environ 380 000 spcimens sont conservs dans deux salles de collection au sein de l'UMR MIVEGEC. La collection est riche de spcimens de la srie type pour 428 espces, dont 261 holotypes. Au stade adulte, les spcimens sont conservs piqus sec ou monts sur lame pour certains ordres (phlbotome, puce, etc.) et pour les Genitalia ; au stade larvaire, ils sont monts sur lame. Une partie des spcimens (larve ou adulte) est conserve en alcool. Cette collection fait partie de rseaux d'change et de consultation entre divers muses nationaux ou internationaux (British Museum, MNHN, etc.).

Cest galement un outil de rfrence pour le Centre National d'Expertise sur les Vecteurs (CNEV). Elle est dornavant consultable en ligne (base de donnes ArIM*) grce GCol**, nouveau gestionnaire de collection dvelopp par lIRD (cf. p. 70).
* Arthropodes d'Intrt Mdical : www.arim.ird.fr ** Gestion et diffusion des Collections dorganismes biologiques : http://gecol.ird.fr

Le Droguier de la facult de Pharmacie


Lide dun Droguier est ne Montpellier en 1588 quand Bernardin II Duranc, apothicaire montpellirain, dcida dans sa boutique de constituer un chantillonnage de prparations ralises partir de drogues vgtales et animales issues de la pharmacope traditionnelle de lpoque. En 1633, l'universit reprend cette ide en crant officiellement son Droguier la facult de Mdecine. Plus ou moins tomb dans loubli, celui-ci renat au dbut du 19e sicle avec la cration en 1803 de lcole de Pharmacie. Enrichi au fil du temps par des donateurs bnvoles et par des botanistes de renom, il rassemble un grand nombre despces provenant des diffrents continents. Deuxime de France aprs celui de l'universit Paris Descartes, le Droguier possde une collection unique denviron 10 000 chantillons de drogues, en majeure partie dorigine vgtale. Ces spcimens, conservs dans leurs bocaux originaux, sont classs selon la nomenclature de T. Durand (1888), lIndex Generum Phanerogamorum. Les caractristiques de chaque chantillon sont dcrites sur une fiche portant diffrentes indications nom franais, nom scientifique, origine, nom du donateur, date dentre, partie utilise, proprits pharmacologiques et parfois

quelques renseignements spcifiques. Diffrents herbiers y sont aussi prservs ainsi que les donnes bibliographiques manuscrites des enseignants depuis 1850, des planches pdagogiques du dbut du sicle, dessines ou peintes par les professeurs ou des tudiants en pharmacie. Lensemble des objets mobiliers (armoires, bocaux, herbiers, microscopes, etc.) conservs dans ce Droguier est inscrit au titre des Monuments Historiques depuis 2009. Le Droguier est un outil au service de la pdagogie (travaux pratiques, thses, cration d'units d'enseignement) de la recherche (dtermination de drogues inconnues, modifications pharmacocintiques de drogues, etc.) et de la culture (visites guides, expositions, etc.). Le Droguier est en relation avec le Centre Interrgional de Conservation et de Restauration du Patrimoine pour la ralisation dune banque de donnes pour lauthentification des tableaux et des uvres dart (analyse par chromatographie en phase gazeuse/spectromtrie de masse dchantillons de faible quantit de matire vgtale ou animale).

Collection IRD d'arthropodes d'intrt mdical


UMR MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : cologie, gntique, volution et contrle (IRD/CNRS/UM1/UM2)
380 000 spcimens datant de 1950 nos jours de 2 600 espces de l'ordre des Diptera, Ixodida, Phthiraptera, Hemiptera, Acarina, Siphonaptera (conservation piqus sec, sur lame ou en alcool). Provenance : mondiale, dominante afrotropicale
Collections pour la biodiversit

Droguier de la facult de Pharmacie


(UM1)
2e Droguier de France : 10 000 chantillons de drogues majoritairement dorigine vgtale (conservs dans leurs bocaux originaux). Provenance : mondiale Localisation UFR Pharmacie, 15 avenue Charles Flahault BP 14491, 34093 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Chantal Marion, chantal.marion@univ-montp1.fr ric Letessier, eric.letessier@univ-montp1.fr & Franoise Olivier, francoise.olivier@univ-montp1.fr www.univ-montp1.fr/patrimoine/musees_ et_collections/le_droguier

Localisation UMR MIVEGEC/BEES Biologie, cologie et volution des Systmes vectoriels- Centre IRD de Montpellier, 911 Avenue Agropolis - BP 64501 34394 Montpellier CEDEX 5 Pour plus dinformations : Philippe Bousss, philippe.bousses@ird.fr Gilbert Le Goff, gilbert.legoff@ird.fr & Nil Rahola, nil.rahola@ird.fr www.arim.ird.fr

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placedelacom & UM1

Kinkliba, Combretum micranthum (Droguier de la facult de Pharmacie.)

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Collectons pour la biodiversit

Collections pour la biodiversit

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Vendanges l'Agriparc du Mas Nouguier (rserve agricole entretenue par la ville de Montpellier).
M. Croze

et mdiation scientifique
Les collections prsentes dans ce dossier ont t dveloppes avant tout des fins scientifiques. Cependant, elles peuvent aussi servir dautres desseins. Ainsi, certaines dentre elles sont utilises comme outils pdagogiques, notamment dans le cadre de cursus denseignement suprieur (voir page 72), mais galement pour sensibiliser scolaires et grand public aux questions de biodiversit. Ainsi utilises, elles deviennent de vritables outils de mdiation scientifique. et d'ateliers pdagogiques), et un centre d'accueil pour des animations. Un jardin botanique, le Jardin des Plantes, incontournable patrimoine culturel et touristique de la ville, tmoigne d'une activit scientifique florissante depuis des sicles, insre dans divers rseaux nationaux et internationaux. D'autres passerelles relient dans les Jardins Antiques recherche, patrimoine archologique, collections botaniques, ethnobotaniques et historiques, mlant mdiation culturelle et scientifique.

Collections

Du laboratoire au citoyen : la mdiation scientifique


Le grand public a besoin de mieux connatre et comprendre la biodiversit, dont limportance pour nos socits nest pas toujours facile apprhender. Il peut aussi tre amen participer la recherche en s'impliquant notamment dans les inventaires, proposs dans des programmes de sciences citoyennes. Peuvent ainsi se nouer des changes bilatraux entre public et scientifiques ; le dialogue qui permet ces changes est l'essence mme de la mdiation scientifique. Pour aller au-del de la simple transmission des savoirs, au-del de l'enseignement ou de la communication scientifique, il faut tablir des relais entre le producteur de connaissances et le public. Cela ncessite une traduction des problmatiques et connaissances scientifiques dans un mode d'expression comprhensible, s'aidant de cadres cognitifs, esthtiques et affectifs connus du public. Par l'motion qu'elles suscitent ou la curiosit qu'elles veillent, les collections de biodiversit se prtent bien cette approche. Les formes, outils et supports mobilisables pour ce travail de mdiation sont trs variables selon le contexte ou le type de public : de l'exposition l'animation, du site web aux bases de donnes participatives, de la confrence au dbat, de l'atelier dcouverte aux publications, des collections musologiques aux collections vivantes...

Des collections de donnes ou images, la dmarche participative


De nombreux ouvrages et cdroms de taxonomie et de systmatique dits par diffrentes institutions de recherche ou associations diffusent et valorisent les connaissances sur la biodiversit auprs de professionnels et amateurs amoureux de la nature. Des rseaux de science collaborative tels que Tela Botanica permettent d'intgrer les contributions volontaires (observations de scientifiques ou d'amateurs clairs) dans de vastes programmes nationaux ou internationaux.

Des approches originales : se biodivertir


La Fte de la Biodiversit, organise chaque anne par la ville de Montpellier, est le lieu de rencontre entre le grand public et de multiples acteurs lis la biodiversit (organismes de recherche, associations). Les passerelles entre arts et sciences sont au got du jour, et les interactions avec le thtre sont de plus en plus fortes; c'est ainsi que depuis 2010 des chercheurs mettent en scne la biodiversit dans le Petit Thtre de la Biodiversit. Autre approche pdagogique : apprendre prospecter, inventorier, mesurer, observer, dcrire, classer, apprhender la diversit, la classification, l'cologie, lvolution, en se basant sur une collection de peluches. Tel est le dfi lanc depuis 2010 par le Ple Culture Scientifique de l'UM2.

Les collections vivantes dans la mdiation scientifique


Les collections vivantes, jardins ou parcs, articulent la prservation des collections ou des ressources avec l'exposition au public. Elles relvent de la mdiation naturaliste, abordant les questions scientifiques par une approche concrte et en gnral sensible, et amnent souvent le public une rflexion interdisciplinaire en combinant intrts scientifique et patrimonial. La rgion Languedoc-Roussillon est riche de son histoire, de la diversit de ses territoires et de la qualit des recherches qui y sont menes en cologie et sur la biodiversit. Les collections vivantes qu'on y rencontre sont le reflet de ces richesses. Montpellier, un complexe existe en plein cur de ville, le Parc Darwin, alliant un parc zoologique ( vocations multiples : ducation, sensibilisation du public, conservation in situ), une serre amazonienne ( but surtout pdagogique), une rserve naturelle (illustrant la diversit vivante anthropise, objet de visites guides

Mdiation, culture et science


Le mdiateur scientifique est un passeur de connaissances, mais aussi de passion, de sensibilit, de posie... Les actions culturelles concernant le patrimoine, lethnologie, lhistoire des techniques, etc., font partie intgrante de la diffusion de la culture scientifique. Des espaces de dialogue et d'changes redonnant la science toute sa dimension sociale et culturelle sont construire et, comme disait le physicien franais Jean-Marc LvyLeblond, il est urgent de mettre la science en culture . Paula Dias (Agropolis International), Sylvie Hurtrez-Bousss (UMR Mivegec et Dpartement d'enseignement de Biologie-cologie, UM2), Luc Gomel (Parc Darwin - Ville de Montpellier) & Thierry Brassac (Ple Culture Scientifique UM2)

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Collectons pour la biodiversit

D. Nespoulous UM1

Olivier Piau

Xrophytes dans la serre Martins restaure.

Le Jardin des Plantes de Montpellier


Cr en 1593, le Jardin des Plantes de Montpellier est le plus ancien jardin botanique de France. Avec 4,5 hectares au cur de la ville, il est protg au titre des Sites et Monuments Historiques et fait partie du patrimoine de lUniversit Montpellier 1 (UM1).

Jardin des Plantes de Montpellier


(UM1)
Plus de 2 000 espces vgtales cultives en plein air et 1 000 taxons (abris vitrs) : plantes adaptes la scheresse, plantes mdicinales, Cistaceae et palmiers, plantes vivrires, espces arbores remarquables, plantes succulentes, plantes tropicales sous serre, etc.
Collections pour la biodiversit

Mondialement connu pour ses contributions au dveloppement de la botanique, ce jardin entend concilier sa dimension patrimoniale exceptionnelle avec sa vocation scientifique et pdagogique en : tant un outil pour lducation et la formation de publics varis ; tant un centre de ressources pour la recherche scientifique ; contribuant la prservation et lutilisation durable de la biodiversit vgtale par la conservation despces in situ et la participation des rseaux internationaux de conservation ex situ ; tant un lment important du patrimoine culturel et touristique de Montpellier. Le jardin abrite plus de 2 000 espces vgtales cultives en plein air et 1 000 taxons rpartis dans les abris vitrs. Une grande partie des plantes provient de rgions au climat mditerranen. noter galement : la serre Martins, restaure en 2012, prsente la biodiversit des plantes adaptes la scheresse, regroupes en biotopes, de Madagascar aux dserts amricains ;

lcole de Systmatique : jardin didactique o les plantes sont classes en ordre taxonomique ; laccent est mis sur les plantes locales et celles offrant des stratgies adaptatives la scheresse ; les plantes mdicinales : 250 plantes de la pharmacope traditionnelle et de la phytothrapie mditerranenne ; les collections de Cistaceae et de palmiers ; les collections de plantes vivrires, despces arbores remarquables, de plantes succulentes, de plantes tropicales sous serre, etc. La graineterie du jardin sinscrit dans un rseau dchanges avec 600 institutions botaniques franaises et trangres (80 pays). Des semences rcoltes dans le jardin et dans la nature autour de Montpellier sont proposes lchange dans un Index Seminum en ligne (500 800 espces) aux jardins botaniques et botanistes professionnels. De 1 500 2 000 chantillons de graines sont expdis chaque anne.

Provenance : mondiale, avec une prdominance de rgions au climat mditerranen Localisation 63 rue Auguste Broussonnet, 34090 Montpellier Entre du jardin : boulevard Henri IV, face la Tour des Pins Pour plus dinformations : Nathalie Mougin, jdplantes@univ-montp1.fr www.univ-montp1.fr/patrimoine/ jardin_des_plantes

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Le parc Darwin, parc zoologique de Montpellier


Plus grand espace vert de la ville de Montpellier, le parc Darwin (80 ha) comprend : Un parc zoologique qui, avec la serre amazonienne, contient plus de 1 000 animaux en semilibert pour la plupart. Les 164 espces sont rparties par zone biogographique (Afrique, Amrique du Sud, Ocanie, Eurasie, Afrique du Nord, Madagascar). Membre de lAssociation Europenne des Zoos et des Aquariums (EAZA), il entend cooprer avec les parcs

Le parc Darwin, parc zoologique de Montpellier


(Ville de Montpellier)
Parc zoologique et serre amazonienne : 1 320 animaux de 164 espces. Provenance : Afrique,Amrique du Sud, Ocanie, Eurasie,Afrique du Nord, Madagascar Localisation Parc zoologique de Montpellier 50, avenue Agropolis - 34090 Montpellier Pour plus dinformations : Vincent Perret (Service pdagogique), vincent.perret@ville-montpellier.fr www.zoo.montpellier.fr
Ville de Montpellier

et aquariums dEurope pour lducation et la sensibilisation du public, la recherche sur des espces mconnues et difficilement observables dans leur milieu naturel et la conservation (reproduction en captivit, conservation in situ). LEAZA, en collaboration avec lUnion Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN), a dvelopp des programmes d'levage europens (EEP). Des espces menaces sont inscrites sur des livres gnalogiques (ESB) qui pourront aboutir des programmes d'levage. Le coordinateur dun EEP gre les changes entre parcs afin d'optimiser la reproduction de l'espce en captivit. Parfois, la rintroduction des animaux dans leur milieu naturel est envisage. Actuellement, le parc abrite 30 espces appartenant des EEP (gupard p. ex.) et 23 des ESB (petit koudou p. ex.). La serre (2 300 m), ouverte en 2007, reconstitue les biotopes de la fort amazonienne. Les animaux, pour la plupart des espces protges, sont visibles dans une ambiance vgtale la plus fidle possible au milieu d'origine. Un espace pdagogique (300 m) est consacr aux menaces qui psent sur la fort amazonienne et la biodiversit de ces milieux.

La rserve naturelle de Lunaret, en bordure du Lez, abrite une diversit paysagre et une biodiversit remarquables, entre ripisylve et garrigue chne vert et pin dAlep. Elle est inscrite au rseau Natura 2000 "le Lez". Frquent par lhomme depuis le palolithique, ce site tmoigne de laction anthropique sur lenvironnement depuis des millnaires. Visites guides et ateliers pdagogiques y sont proposs. Le centre de ressources Darwin constitue lappui logistique au dveloppement pdagogique du parc ( projet Darwin ). Certains ateliers et rendez-vous pdagogiques utilisent les salles de ce centre : salle daccueil (confrences, projections de documentaires), salle dactivit (observations scientifiques) et rucher pdagogique.

Ville de Montpellier

Une espce faisant l'objet d'un ESB: le gupard. Le dendrobathe tapirer dans la serre amazonienne.

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Collectons pour la biodiversit

Collections et mdiation scientifique

S. Ivorra CNRS

Les jardins antiques, vritables collections vivantes de ressources ethnobotaniques


Depuis peu, des collections vivantes sont prsentes au public sous forme de deux jardins botaniques dont le CBAE est consultant scientifique. Directement adosss la recherche, ces jardins rassemblent des espces qui refltent les acquis les plus rcents en matire de paloethnobotanique et de paloagronomie, notamment ceux du CBAE. L'intrt est pdagogique, botanique, archologique, historique et culturel. Le Jardin Antique Mditerranen de Balaruc-les-Bains (Hrault)*, sur le site du Puech dAy de la cit thermale, prsente sur 1,7 hectares, face ltang de Thau, plus de 1 200 plantes mditerranennes. Sept espaces thmatiques (hoeredium, bois sacr, hortus) font autant rfrence aux usages des plantes qu la mythologie avec une riche documentation sous forme de panneaux explicatifs. Inaugurs en juillet 2011 par Thau Agglo, le jardin et ses structures daccueil assurent leur mission de transfert et de valorisation culturelle et scientifique au travers de divers changes organiss en partenariat avec le CBAE, dans le cadre du Laboratoire d'excellence Centre Mditerranen de l'Environnement et de la Biodiversit (LabEx CeMEB). Ce jardin a t labellis Jardin remarquable (juillet 2012). Implants dans le sanctuaire dune agglomration secondaire de la province dAquitaine, les Jardins de Pline lAncien du parc archologique de Cassinomagus (20 000 visiteurs par an) Chassenon (Charente)** sintgrent la visite des difices monumentaux (thermes sur deux tages, aqueduc, temple).

Ces jardins en plein dveloppement, inspirs de lHistoire Naturelle de Pline lAncien, ont galement une vocation conservatoire des plantes typiques de lAntiquit gallo-romaine. Ils prsentent, sur 5 500 m de jardins et vergers, des espces provenant de 90 genres botaniques, organises en fonction de leur usage alimentaire, mdicinal, aromatique, dcoratif ou utilitaire. L encore, le CBAE intervient dans la mdiation culturelle et scientifique dans le cadre des journes nationales : Rendez-vous aux Jardins , journes europennes du patrimoine, de lArchologie prventive, Fte de la Science.
Contacts : Laurent Fabre, l.fabre@thau-agglo.fr & Philippe Poirier, philippe.poirier@inrap.fr
* Jardin Antique Mditerranen, Rue des Pioch, 34540 Balaruc-les-Bains, jam@thau-agglo.fr, www.thau-agglo.fr/-Le-JAM-.html ** Cassinomagus Parc Archologique, tablissement Public de Chassenon, Longeas 16150 Chassenon, contact@cassinomagus.fr, www.cassinomagus.fr

Le jardin Antique Mditerranen Balaruc-les-Bains (Hrault) :


la cellule des Apicius (marachres, condimentaires et aromatiques)

Topiarius (architecture vgtale) au premier plan et cellule de


Vnus (parfums et cosmtiques) au second plan.

S. Ivorra CNRS

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Collections pour la biodiversit

Lamium album L., Vauxrenard, Rhne.

D. Mathieu

Tela Botanica
le rseau de rfrence des botanistes francophones
Fruit dune initiative lance en 1999 et fonde sur le principe des rseaux participatifs, Tela Botanica est devenu lespace de rfrence des botanistes francophones. Initialement rserv aux professionnels avec la publication de lindex synonymique de toutes les plantes de France, le rseau a vu son audience slargir rapidement un public amateur avide de connaissances sur la flore sauvage (22 000 inscrits rpartis dans 95 pays). Les milliers de pages de son site internet* rendent accessibles toutes les informations produites par les membres du rseau qui, de simples visiteurs, peuvent devenir de vritables contributeurs. La collecte et la restitution des contributions volontaires apportes par les membres du rseau ncessitent une organisation en projets qui soit souple mais rigoureuse, pour attirer des bnvoles et assurer la qualit des donnes. Ces projets sont conduits en partenariat avec des organismes de recherche comme le MNHN, le CNRS ou le Cirad, des institutions comme les Conservatoires botaniques ou des partenaires privs comme la fondation Yves Rocher ou la fondation Andrew Mellon. Tela Botanica dispose dun conseil scientifique qui valide les choix et fait des propositions dactions une quipe dune quinzaine de salaris (botanistes, informaticiens, animateurs) qui quotidiennement intgrent des donnes, dveloppent des outils collaboratifs, rpondent aux questions, publient des actualits, etc. Ce rapprochement entre scientifiques et citoyens autour
Papaver lacerum, Turquie.

D. Mathieu

Contact : Daniel Mathieu, dmathieu@tela-botanica.org


* Pour plus dinformations : www.tela-botanica.org

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Collectons pour la biodiversit

dobjectifs identiques a trouv son expression consacre : celle de science participative . Cest ainsi que depuis quelques annes de vastes programmes auxquels participe Tela Botanica sont mis en chantier lchelle nationale et internationale pour assurer le suivi des changements climatiques, lvolution de la biodiversit ou la constitution de vastes corpus de donnes (iconographie, digitalisation dherbiers, publications douvrages en ligne, cration dindex taxonomiques, laboration de cartes de rpartition, etc.), librement consultables sur Internet.

Collections et mdiation scientifique

Photothque dentomologie mdicale de lIRD


Ce cdrom, cd publi en 2002 par lIRD*, rassemble prs de 1 500 illustrations : arthropodes entiers, l'tat larvaire ou adulte, appartenant des ordres et des familles arthro d'insectes hmatophages (moustiques, phlbotomes, glossines, puces, poux, tiques, d'inse etc.). etc.) Cette photothque propose diverses illustrations des parties caractristiques (tte, (tte thorax, ailes, pattes, pices gnitales, etc.), des images d'insectes en microscopie lectronique (organes sensoriel, yeux, tguments, ufs, etc.). lec Un programme de gestion permet de slectionner, de visualiser et d'exporter les illustrations choisies, sur des critres taxonomiques et anatomiques. Celles-ci pe peuvent ensuite tre dites par tout logiciel graphique, sous rserve du respect du code des usages. c Ce cdrom s'adresse aux enseignants et aux professionnels de l'entomologie mdicale.
Contact : Philippe Bousss, philippe.bousses@ird.fr
* Hervy J.P., Bousss P., Bruhnes J., 2002. Photothque d'entomologie mdicale [CD-ROM]. Paris: IRD Editions, Collection Didactiques.

Publier la taxonomie et la systmatique : les ditions de lIRD et les ditions Quae


Les ditions de l'IRD et les ditions Quae (Cirad, Ifremer, Inra, Irstea) publient des ouvrages et des cdroms de taxonomie et de systmatique vgtale et animale, parfois en codition avec dautres organismes publics, tel le MNHN. Elles diffusent et valorisent les connaissances les plus jour sur la biodiversit terrestre et aquatique dans le monde. Parmi les nombreux ouvrages quelles publient, certaines collections sur ce thme sont remarquables : La collection Guide pratique , dite par Quae, accueille des ouvrages de taxonomie vgtale et animale richement illustrs. De la flore dle-de-France aux poissons de locan Indien, des rongeurs de France aux bois tropicaux, les sujets sont extrmement varis. Ces guides sadressent aux professionnels comme tous les passionns de nature. LIRD publie galement des guides illustrs sur les faunes et flores des pays du Sud. La collection Faune et flore tropicales , codite par lIRD et le MNHN, comprend une quarantaine douvrages consacrs aux vertbrs, aux invertbrs et aux espces vgtales des rgions intertropicales. Elle a pour objectif de diffuser les connaissances les plus rcentes sur la systmatique et la rpartition des diffrents groupes. La collection Flore des Mascareignes , publie l'initiative de lIRD, du Mauritius Sugar Industry Research Institute (rpublique de Maurice) et des Royal Botanic Gardens de Kew (Royaume-Uni), est consacre la taxonomie, la rpartition gographique et la frquence des espces vgtales des les Maurice, Rodrigues et de la Runion. Cette collection sadresse aux dcideurs et techniciens ayant en charge la conservation du patrimoine vgtal des les de l'ocan Indien ainsi quaux amateurs et professionnels intresss par cette flore remarquable. La collection Faune de Madagascar (90 volumes, codition IRD/Quae/MNHN), comprend des monographies et des ouvrages d'identification de la faune vertbrs et invertbrs de la Grande le (franais et anglais). LIRD dite aussi des cdroms didentification et denseignement qui sadressent aux entomologistes, parasitologistes, enseignants, tudiants, agents de la sant et de llevage. Ils comprennent de nombreuses illustrations originales et des donnes compltes sur la morphologie, lcologie, lpidmiologie et la lutte contre les vecteurs de maladies.
Contacts : Thomas Mourier, thomas.mourier@ird.fr & Jean Arbeille, jean.arbeille@quae.fr
Pour plus dinformations : www.editions.ird.fr & www.quae.com

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Collections pour la biodiversit

Le Petit Thtre de la Biodiversit


la biodiversit mise en scne
Jean-Louis Pham (IRD/Agropolis Fondation) : Do viennent les plantes cultives ?

pour expliquer limportance de connatre, dinventorier, de classer et de conserver la biodiversit dans ses diffrentes formes. C'est ainsi que la diversit du mas, du mil, du sorgho, des poissons ou des bois exotiques a pu t mise en scne. Une dclinaison du Petit Thtre de la Biodiversit a vu le jour en 2012 au sein du festival Saperlipopette, organis par le Domaine d'O (Montpellier). Sadressant aux enfants de tous ges, cette version rduite fait partie de la constellation d'ateliers et animations qui envahissent le parc du domaine cette occasion, et contribue ainsi dvelopper des passerelles entre arts et science. Ces actions, dveloppes tant pour les scolaires que pour le grand public, ont pu toucher plusieurs centaines d'enfants ou adultes, les aidant prendre conscience de limportance des recherches en biodiversit menes localement. Elles ont galement favoris un rapprochement entre citoyens (grands & petits) et la communaut scientifique locale, autour dune thmatique dactualit.

P. Dias

Lide est de faciliter laccs du public aux difficiles questions lies la biodiversit, sa connaissance et sa prservation, par le biais dune forme de mdiation particulire, la mise en scne thtrale : derrire un castelet, des chercheurs de la communaut scientifique rgionale viennent ainsi prsenter leurs travaux de recherche sur la biodiversit, de manire ludique et interactive histoires, contes, jeux, thtre d'ombres, anecdotes, jeu de rle, dgustation.... Chaque anne, ce sont une vingtaine de scientifiques des institutions membres d'Agropolis International qui se mobilisent ainsi pour cette opration. Les responsables des collections prsentes dans ce dossier se sont particulirement impliqus
Jean-Louis Martin (CEFE) : La biodiversit dans nos jardins et dans nos maisons

La peluchologie : la dmarche scientifique des collections mise au service de la pdagogie


Depuis 2010, le ple culture scientifique de lUM2 a dvelopp un ensemble d'activits de mdiation scientifique en biodiversit bas sur des peluches. La peluchologie permet daborder de manire douce la dmarche scientifique dtude de la biodiversit, depuis linventaire mticuleux et la constitution dune collection scientifique (tiquetage, nom scientifique, description prcise des spcimens) jusqu la classification des peluches par les mthodes modernes de classification du vivant (la phylognie). Prospecter, inventorier, mesurer, observer, dcrire, classer, tudier la diversit, lvolution, lcosystme, tous ces aspects sont pris en compte dans la dmarche. Sur cette base, des animations ont t dployes Montpellier et Paris, lors d'vnements publics, dans des mdiathques et des centres culturels : expositions, animations itinrantes, pices de thtre, et mme un congrs mondial de peluchologie au cours duquel a eu lieu la premire exprimentation de classification de peluches en direct. Paralllement, un site en ligne* permet dinventorier et de golocaliser les spcimens de peluches (plus de 1 300 recenss ce jour). Un dossier pdagogique est mis la disposition des enseignants qui souhaitent, partir de la ralisation dune collection de peluches en classe, aborder de faon transdisciplinaire et pdagogique des domaines aussi varis que la dmarche de classification, la psychologie, lcologie, la sociologie, la taxonomie, la gographie... Contact : Thierry Brassac, peluche@um2.fr
* Pour plus dinformations : www.peluche.um2.fr

P. Dias 63 Collectons pour la biodiversit

Sur une ide originelle du Ple Patrimoine scientifique de l'UM2 et de lassociation ConnaiSciences, le Petit Thtre de la Biodiversit est n en 2010, dans le cadre de la Fte de la Biodiversit, organise par la Ville de Montpellier, dont il est devenu depuis une action phare.

Contact : Paula Dias, dias@agropolis.fr


Pour plus dinformations : Petit Thtre de la Biodiversit : http://miniurl.agropolis.fr/theatre2013 Fte de la Biodiversit : www.montpellier.fr/4058-fete-de-la-biodiversite-2013.htm Festival Saperlipopette : www.domaine-do-34.eu/profil-saperlipopette

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Collections pour la biodiversit

Des outils la diffusion.


Photos Cirad et Morguefile Montage : O. Piau

Outils, mthodes de gestion et de diffusion des collections, bases de donnes et connaissances


es sciences de la nature se caractrisent par la grande masse des donnes qu'elles produisent : observations sur le terrain, chantillons, rfrentiels... L'volution rapide de l'informatique permet d'envisager une valorisation de ces donnes tous les niveaux, depuis le chercheur ou la collection isole jusqu'au monde entier. Mais les dfis sont nombreux. Le premier de ces dfis est dinformatiser les collections pour rendre disponibles les donnes lies aux chantillons et permettre une meilleure exploitation de ces rservoirs dinformations pour les besoins de la recherche comme pour ceux de la socit en gnral. De nombreuses collections, pour lesquelles cette dmarche a t engage parfois depuis plusieurs dcennies, sont dores et dj informatises et leurs donnes consultables sur internet. Pour dautres, le travail parfois colossal reste encore faire. Le projet E-ReColNat vise combler ce retard pour les herbiers, notamment pour MPU et lherbier ALF du Cirad. Un deuxime dfi est de permettre des recherches simultanes sur toutes ces bases de donnes naturalistes, cres indpendamment les unes des autres, et donc avec des formats de donnes et des systmes de gestion extrmement htrognes. Pour y rpondre, le groupe de travail international Biodiversity Standards (Taxonomic Database Working Group)*, dont Montpellier a accueilli le congrs de 2010, propose des normes et des formats dchange de donnes. Grce ces standards, le portail internet du Global Biodiversity Information Facility (GBIF)** offre un accs unique un nombre croissant de bases de donnes dans le domaine de la biodiversit. Mais ces standards techniques, quoiquindispensables, ne sont pas suffisants. Il est galement ncessaire dlaborer des rfrentiels taxinomiques communs, ce qui est loin d'tre une tche triviale, tant le niveau des connaissances est htrogne selon les taxons et les zones gographiques. Sur ce plan l galement, des initiatives internationales tentent, avec plus ou moins de succs, de fdrer les rfrentiels les plus utiliss. Ainsi, pour les plantes vasculaires (plantes fleurs,

conifres, fougres et mousses), le portail The Plant List ***, lanc en 2010, regroupe prs de 1,3 millions de noms scientifiques provenant de nombreuses sources rgionales, nationales et internationales. En France, Tela Botanica (Montpellier) gre un rfrentiel de la flore de France et est charge par le ministre de l'Environnement de coordonner les rfrentiels pour les champignons, les algues, les lichens et pour la flore de loutre-mer franais. Un dernier dfi porte sur les outils permettant au chercheur individuel ou lamateur de grer ses propres donnes, tout en changeant avec les divers serveurs sur internet. Les informations grer peuvent tre trs diverses : donnes textuelles, cartes et surtout photos. Avec le numrique, les photos deviennent faciles prendre et leur nombre explose. Les voies de leur valorisation se diversifient : identification participative, reconnaissance d'images, etc. Dans le domaine de la botanique, Pl@ntNet**** a t cr pour rpondre ces dfis. Parmi les principales ralisations en cours, figurent notamment un gestionnaire de donnes facilitant la production, le partage et lagrgation de donnes de tout type sur les plantes, ainsi que des outils didentification automatique ou assiste, de validation collaborative des informations, etc. Les grandes quantits de donnes htrognes peuvent aussi tre produites et gres de faon collaborative grce des wikis. Cest le cas du projet Pl@ntUse*****, cas dtude de Pl@ntNet ddi aux plantes utiles, qui bnficie des fonctionnalits du moteur Mediawiki. Jean-Franois Molino (UMR AMAP) & Michel Chauvet (UMR AMAP)
*

Taxonomic Database Working Group : www.tdwg.org Global Biodiversity Information Facility : www.gbif.fr *** The Plant List : www.theplantlist.org **** Pl@ntNet : www.plantnet-project.org ***** Pl@ntUse : http://uses.plantnet-project.org/fr
**

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Collectons pour la biodiversit

Outils, mthodes de gestion...

M. Vernay

Diffrents profils de platelage en bois tropical. Essais de produits de finition en milieu extrieur.
M. Vernay

Bases de donnes et de connaissances sur les caractristiques technologiques des bois tropicaux
Depuis leur cration, les diffrents laboratoires d'tude des bois du Cirad ont dtermin les caractristiques technologiques de plus de 1 200 espces tropicales. Ces rsultats sont organiss en bases de donnes et bases de connaissances qui se dclinent sous plusieurs applications facilement accessibles par les chercheurs de lUR Production et valorisation des bois tropicaux et mditerranens (Cirad). Lenrichissement rcurrent de ces bases de donnes se fait sur les plans quantitatif et qualitatif dans le cadre : dessais systmatiques de qualification ; dexpertises ou de projets contractualiss concernant directement ou non la qualification et/ou ltude de la variabilit dune espce ou dun groupe despces ; de la rcente tude des dterminants microstructuraux et chimiques (extractibles) de proprits de rfrence : lutilisation de la base de donnes pour tudier les relations entre proprits a t couple lintgration de nouveaux types de caractristiques non conventionnelles telles que le coefficient damortissement. Des recherches mthodologiques permettent damliorer la qualit et la pertinence des donnes obtenues (protocoles de dtermination du point de saturation des fibres, analyse comparative des mthodes de dtermination de la duret, procdures de prlvement homogne des chantillons dans une pice de bois). Outre leur fonction de mmoire collective et de rservoir dinformations , ces bases constituent un outil de rfrence pour toutes les recherches conduites sur les bois tropicaux, notamment la recherche des adquations qualits-usages et ltude des relations entre caractristiques technologiques. Lhomognit des donnes collectes sur un nombre lev despces provenant de toutes les rgions tropicales contribue aujourdhui conforter le positionnement de ces bases au niveau international. Elles constituent aujourdhui un outil de rfrence pour de nombreux travaux de recherche dans le domaine.
Contacts : Daniel Guibal, daniel.guibal@cirad.fr & Jean Grard, jean.gerard@cirad.fr
Pour plus dinformations : http://ur-bois-tropicaux.cirad.fr & http://tropix.cirad.fr

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Collections pour la biodiversit

Le programme PROTA
ressources vgtales dAfrique tropicale
PROTA est un programme international intern de documentation docum portant sur 8 000 plantes utiles dAf dAfrique tropicale. Il fait la sy synthse de donnes disperses, disp les rend facilement fac accessibles sous so plusieurs formes to en encourageant tout le utilisation leur d dans le cadre de la vulgarisation, de lducation, de la recherche, du dveloppement et de la gouvernance. Il contribue sensibiliser le public sur le patrimoine mondial des plantes utiles africaines et leur usage durable, dans le respect des connaissances traditionnelles et des droits de proprit intellectuelle. Jamais un tel inventaire n'avait t ralis au niveau du continent. Chaque espce rpertorie fait lobjet dune fiche de rfrence comportant des informations sur des aspects aussi varis que, par exemple, la classification, les noms scientifiques et vernaculaires, lorigine et la distribution gographique, les usages, la botanique et lcologie, les maladies et ravageurs, les ressources et lamlioration gntiques Chaque fiche recense galement les rfrences bibliographiques relatives lespce considre. Les donnes collectes sont disponibles via : PROTA4U, base de donnes en ligne accessible gratuitement et bilingue, dans laquelle les espces sont traites et accompagnes dun dessin botanique, dune carte de rpartition et de photographies en couleurs destines illustrer lespce traite et les usages qui en sont faits. On peut faire une recherche par nom scientifique, nom vernaculaire, groupe dusage, rpartition gographique ou texte libre. Ouvrages : chaque ouvrage, publi en anglais et franais, regroupe les articles de synthse concernant les espces dun groupe dusage donn. Ont t publis ce jour les ouvrages suivants : Crales et lgumes secs ; Lgumes ; Colorants et tanins ; Bois duvre (1re et 2e partie) ; Olagineux ; Plantes mdicinales (1re partie) ; Plantes fibres. L'ouvrage Plantes mdicinales (2e partie) est en prparation. Cdrom : version bilingue hors-ligne de la base de donnes, avec des fonctionnalits similaires, couvrant exactement les mmes espces que celles de louvrage correspondant. Les cdroms ne sont pas commercialiss sparment mais vendus avec les livres.
Contact : Michel Chauvet, michel.chauvet@cirad.fr
Pour plus dinformations : www.prota.org

Collections de matriel biologique et base de donnes pour ltude de la dynamique spatiale et chronologique de la biodiversit
Le CBAE compte parmi ses collections de matriels biologiques vgtaux (bois, graines et feuilles) destines la recherche, des collections concernant diffrentes espces cultives et leur(s) anctre(s) sauvage(s), revtant des caractres emblmatiques dun point de vue culturel, historique, cologique et socioconomique : lolivier, la vigne, le palmier et, plus rcemment, le cerisier. L'une de ces collections concerne le palmier dattier et des espces affines. Elle comprend 2 059 accessions de graines et feuilles collectes sur lensemble de leur aire de distribution, dans le cadre du programme ANR PHOENIX* qui a permis de dvelopper des partenariats nationaux et internationaux et de mener des recherches transdisciplinaires dans les domaines de lcologie, de lenvironnement, de la biologie volutive et des sciences humaines et sociales. Chaque collection est associe une base de donnes qui rfrence pour chaque accession des informations stationnelles, taxonomiques, biologiques, agronomiques et ventuellement sanitaires. Ces bases de donnes sont structures au format Access. Le CBAE amliore la sauvegarde, la gestion, la diffusion des donnes et envisage actuellement une migration dans le systme de gestion PostGreSQL (systme OpenSource de rfrence). Les chantillons dorigine archologique de ces espces et les informations connexes (gographie, datation, contexte archologique...) sont archivs l'identique. Les collections actuelles et archologiques sont ainsi interoprables.

La base de donnes DATTIER du CBAE.

Contacts : Sarah Ivorra, sarah.ivorra@univ-montp2.fr & Laure Paradis, laure.paradis@univ-montp2.fr


* ANR PHOENIX Programme blanc Origine et volution dun agrosystme la culture en Oasis au Moyen Orient et en gypte de lge du Bronze lpoque islamique . ** ANR BIOARCHEODAT Socits, Pratiques et Environnement ANR Corpus et outils de la Recherche en Sciences Humaines et Sociales .

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Collectons pour la biodiversit

Par ailleurs, le CBAE alimente et utilise la base de donnes de recherche europenne ArboDat, un inventaire de bois, fruits et graines archologiques carboniss ou non, identifis et quantifis. Cette base de donnes sous Access est lextension aux flores atlantiques et mditerranennes, dans le cadre du programme de lANR BIOARCHEODAT**, dune base allemande cre Wiesbaden. La base multilingue (anglais, franais, tchque, allemand) est la plus importante de ce type ce jour, avec en France plus de 20 500 restes saisis. Sa mise jour annuelle est gre au MNHN.

S. Ivorra CNRS

Outils, mthodes de gestion...

Pl@ntGrape
le catalogue des vignes cultives en France
Le projet Pl@ntGrape constitue un exemple de la plateforme Pl@ntNet initie Montpellier en 2009 par Agropolis Fondation pour soutenir la recherche agronomique et le dveloppement durable. Lobjectif de Pl@ntGrape est de fournir une information synthtique, valide et actualise accessible tous ceux qui souhaitent sinformer sur les cpages et les clones : viticulteurs, ppiniristes, responsables, techniciens, chercheurs, tudiants, amateurs de vin, etc. Pl@ntGrape est un site internet ddi la vigne qui donne accs au catalogue des varits et clones de vignes cultivs en France et dans le monde (plus de 340 varits de cuve, de table et de porte-greffes, 1 180 clones environ). Il inclut galement un outil intuitif de reconnaissance varital qui ne ncessite pas de connaissance amplographique approfondie et qui permet didentifier des varits de vigne de manire pdagogique. Pl@ntGrape est conduit par lunit mixte technologique (UMT) Gno-Vigne (IFV/Inra/ Montpellier SupAgro) en partenariat avec lUMR AMAP. Il associe ainsi lexpertise apporte autour des ressources gntiques de la vigne et des nouvelles technologies de linformation par lInstitut Franais de la Vigne et du Vin (IFV), lInra, Montpellier SupAgro, lIRD, lInstitut de recherche en sciences du numrique (Inria), le CNRS et le Cirad. LUMT Gno-Vigne, labellise en 2008, a pour objectifs doptimiser la gestion, la conservation, la caractrisation et la valorisation des ressources gntiques de la vigne au profit de la filire vitivinicole. Les collections de lInra (Domaine de Vassal) et de lIFV (Domaine de lEspiguette) constituent un support unique au monde pour les diffrents travaux de recherche et dveloppement de lUMT parmi lesquels figurent la formation et la communication.
Grappe du cpage Viognier. Contacts : Laurent Audeguin, laurent.audeguin@vignevin.com Jean-Michel Boursiquot, boursiqu@supagro.inra.fr Thierry Lacombe, Lacombe@supagro.inra.fr Christophe Sereno, Christophe.sereno@vignevin.com & Pierre Bonnet, pierre.bonnet@cirad.fr
Pour plus dinformations : Projet PlantGrape : http://plantgrape.plantnet-project.org Plateforme Pl@ntNet : www.plantnet-project.org

IFV

Droits de proprit, accs aux ressources et partage des avantages


Les plantes cultives nont cess de voyager depuis les dbuts de lagriculture, il y a environ 10 000 ans. Agriculteurs, marchands, explorateurs, scientifiques ont chang, commercialis, collect ou diffus des semences sans aucune restriction ou presque pendant des millnaires. Si les droits de proprit sur les semences de varits amliores se sont vite imposs ds les dbuts de lamlioration des plantes par des firmes prives, la libre circulation des ressources gntiques tait un tat de fait il y a encore une quarantaine dannes. Cette situation fut remise en cause lors des annes 1970-1980 avec la constitution des collections des grandes banques de gnes et lutilisation de plus en plus systmatique des ressources gntiques par lindustrie semencire. Si lEngagement international sur les ressources phytogntiques faisait en 1983 des ressources gntiques un patrimoine commun de lhumanit , la Convention sur la diversit biologique (CDB, Rio 1992) consacrait labandon de cette notion au profit de la souverainet des tats . Une des particularits des ressources gntiques est quaucun pays nest autosuffisant en ce domaine. Que ce soit pour lamlioration varitale ou la recherche, des changes sont toujours ncessaires. Les difficults engendres par la CDB conduisirent au principal accord qui dfinit aujourdhui les rgles dchanges des ressources gntiques : le Trait International pour les ressources gntiques pour lagriculture et lalimentation. Les CRB utilisent aujourdhui le cadre rglementaire mis en place par ce trait. Lutilisation daccords de transfert de matriel , dfinissant entre fournisseur et demandeur les conditions de transfert et dutilisation du

matriel transfr, est devenue la rgle. Cest le cas quand une demande dchantillons des CRB doit tre traite ou que des chercheurs montpellirains souhaitent importer du matriel dun autre pays. La standardisation nest que partielle et les rgles peuvent varier selon les espces et les pays. Plus rcemment, le Protocole de Nagoya lgifre laccs et le partage des avantages issus de la biodiversit, notamment des ressources gntiques. Sil est cens protger le droit des agriculteurs, le paysage rglementaire freine toutefois les changes de ressources gntiques dont personne et certainement pas les acteurs les moins puissants ne sort gagnant. Il est aujourdhui suffisamment complexe pour motiver la rdaction dun vademecum sur les lignes directrices pour laccs aux ressources gntiques et leur transfert.
Contact : Jean-Louis Pham, jean-louis.pham@ird.fr

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Collections pour la biodiversit

Trans'TyfiPal
inventaire national des spcimens types et figurs palontologiques
Pour valoriser les collections rgionales, lISEM et l'UM2 se sont fortement impliqus dans la mise en place du programme Trans'TyFiPal, outil national de gestion des bases de donnes des collections palontologiques. Les donnes sont accessibles en ligne depuis le site http://transtyfipal.u-bourgogne.fr; elles concernent la systmatique, la gographie, la stratigraphie, la bibliographie et l'iconographie de chaque spcimen fossile. Linventaire compte ce jour 28 519 enregistrements. terme, ce rseau devrait permettre dinventorier lensemble des types et figurs conservs en France aussi bien dans les structures universits et muses possdant un grand nombre de spcimens que celles ne conservant que quelques pices. Il permettra galement de mettre plus facilement en relation les professionnels de la conservation du patrimoine palontologique avec les spcialistes des groupes fossiles (professionnels ou amateurs.
Contact : Suzanne Jiquel, suzanne.jiquel@univ-montp2.fr Calcaire Tornoceras de la Montagne Noire, d'ge Dvonien (380 millions d'annes).

Le museum virtuel des rongeurs d'Asie du Sud-est, et son outil d'identification molculaire
Community Ecology of Rodents and their pathogens in South-East Asia
LAsie du Sud-Est se caractrise par une forte biodiversit (hotspot) menace par les importantes modifications des habitats en raison du fort dveloppement et de linsertion dans lconomie globale que connat cette rgion. En outre, les rongeurs y sont les rservoirs de nombreux agents de maladies chez lhomme (fivre hmorragique, typhus, peste, leptospirose) et chez les animaux (trypanosome). Le projet CERoPath (2008-2012), puis le projet BiodivHealthSEA (2012-2015), financs par lANR, tudient les dynamiques et Y. Chaval structures des communauts de rongeurs murins, de leurs parasites (helminthes, arthropodes) et pathognes (microparasites et microchampignons pathognes) dans trois pays dAsie du Sud-Est : Cambodge, Rpublique dmocratique populaire lao et Thalande. Les connaissances produites par ces projets sont diffuses aussi largement que possible grce une base de donnes sur les rongeurs d'Asie du Sud-Est (Rodent Database of Southeast Asia*).
Mus cookii. Structure de RodentSEA, outil d'identification et musum virtuel prsentant spcimens et informations concernant les rongeurs d'Asie du Sud-Est.

Les donnes recueillies sont compiles dans deux centres d'information. Elles incluent des donnes gnrales sur les espces de rongeurs et les parasites quils hbergent, provenant des sept sites d'tude du projet CERoPath ainsi que dautres sites danciens projets situs dans la mme zone. Le Centre dinformation sur les rongeurs comprend une compilation de la littrature et des connaissances produites par les partenaires du projet CERoPath, ainsi quun muse virtuel donnant accs aux diffrents vouchers morphologiques de l'outil de barcoding (codesbarres) permettant ainsi didentifier rapidement et prcisment des chantillons provenant du terrain. Le Centre dinformation sur les parasites prsente, quant lui, des informations gnrales sur les espces de parasites hberges par les rongeurs collectes dans les sept sites dtude du projet.
Contacts : Serge Morand, serge.morand@univ-montp2.fr & Yannick Chaval, chaval@supagro.inra.fr
Pour plus dinformations : www.ceropath.org & www.biodivhealthsea.org * RDBSEA : www.ceropath.org/barcoding_tool/rodentsea

Ceropath

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Collectons pour la biodiversit

Outils, mthodes de gestion...

GCol
un gestionnaire de collections biologiques
Lapplication GCol (Gestion et diffusion des Collections dorganismes biologiques), dveloppe par lIRD de Montpellier, est un outil de gestion et de diffusion de collections dorganismes biologiques (au sens entrept de donnes ). Une base de donnes permet galement de rechercher, grce des critres multiples, les spcimens en collection et de se renseigner sur un taxon. GCol gre actuellement la collection dArthropodes dintrt mdical (ArIM) de lUMR MIVEGEC (cf. p. 54) et la collection de nmatodes du sol (PINS) du CBGP (cf. p. 30). Cette application est gnrique et transposable diffrentes thmatiques scientifiques et diffrents modles biologiques. Elle est libre daccs pour tout public et certaines donnes sont rserves aux partenaires de lIRD. Elle est base sur des technologies classiques, disposant dun systme de maintenance et dadministration simplifi ainsi que dune structure volutive et non fige. Facile dutilisation grce la mise en place dinterfaces simples et conviviales, GCol permet la structuration, le stockage, la gestion ainsi que la qualification des donnes. Elle offre de nouvelles possibilits de valorisation de la donne : diffusion sur le net et via des rseaux spcialiss, prts de collection, analyses statistiques complmentaires, etc. GCol est interoprable avec des serveurs de donnes cartographiques via le web service WMS (Web Map Service) pour raliser des cartographies de taxons, mais galement avec

Portail dinformations sur les arthropodes dintrt mdical (ARIM) de lUMR MIVEGEC.

le Systme mondial d'information sur la biodiversit (GBIF), le portail de rfrences bibliographiques sur les taxons Walter Reed Biosystematics Unit (WRBU) ou encore loutil didentification taxonomique Xper ainsi que dautres rseaux (p. ex. le rseau de systmatique Rsyst de lInra).
Contacts : Bruno Granouillac, bruno.granouillac@ird.fr Philippe Bousss, philippe.bousses@ird.fr & Johannes Tavoillot, johannes.tavoillot@ird.fr
Pour plus dinformations : http://arim.ird.fr

Dfinition dun indice denrichissement des collections ex situ de ressources phytogntiques pour lalimentation et lagriculture
Les ressources phytogntiques pour lalimentation et lagriculture constituent un lment important de la scurit alimentaire mondiale. Elles reprsentent la diversit gntique relative aux plantes cultives et leurs apparentes sauvages. La mesure des tendances dvolution du matriel conserv ex situ permet dvaluer la capacit maintenir et/ou augmenter la diversit gntique totale requise pour la production agricole actuelle et future. Un indice denrichissement a t labor afin de mesurer le dynamisme de la diversit biologique et gographique contenue dans les collections ex situ au fil du temps. Lindicateur a t test sur les donnes des collections ex situ fournies par les inventaires nationaux europens (EURISCO), lUnited States Department of Agriculture (USDA), lICRISAT, le Centre International dAgriculture Tropicale (CIAT) et le System-Wide Information Network For Genetic Resources (SINGER, ICRISAT et CIAT exclus). Lindice denrichissement value les accessions entrant dans la collection chaque anne en fonction de leur originalit taxonomique et gographique par rapport celles qui y sont dj prsentes. Toute nouvelle entre augmentera la valeur de lindice ; toutefois, le degr daugmentation dpendra de la nouveaut apporte par les accessions ajoutes. Chaque nouvelle accession est value individuellement puis est additionne la totalit des obtentions entrant dans la collection. Ainsi, une augmentation de lindice reprsente lentre de nouvelles obtentions dans les collections ex situ. La pente est fonction du degr de diversit nouvelle apporte aux collections.
100

Valeur de l'indice

80 60 40 20 0
1897 1905 1913 1921 1929 1937 1945 1953 1961 1969 1977 1885 1993 2001 2009

Annes Indice denrichissement des collections de cultures ex situ.


Source : ensemble de donnes rassemblant des donnes fournies par EURISCO, USDAGRIN, ICRISAT, CIAT et SINGER ( lexclusion de ICRISAT et CIAT).

Une pente plus prononce indique lapport dune plus grande nouveaut dans les collections du point de vue de la taxonomie et des pays de provenance. Une pente nulle indique quaucune obtention originale na t ajoute aux collections. Toute augmentation de lindice sera bnfique sur le plan de la protection des ressources gntiques pour lalimentation et lagriculture. Une ligne dont la pente est plus prononce indique nanmoins une meilleure rponse des gouvernements dans le domaine de la conservation de la diversit des ressources gntiques et de la garantie de la scurit alimentaire.
Contacts : Jean-Louis Pham, pham@agropolis.fr & Anne-Cline Thuillet, anne-celine.thuillet@ird.fr
Pour plus dinformations : www.twentyten.net & www.bipindicators.net/cropcollections

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Collections pour la biodiversit

Entada gigas (L.) Fawcett & Rendle (Mimosaceae).


P. Poilecot

E-ReColNat
valorisation du patrimoine franais en collections taxinomiques
Les collections publiques franaises, qui conservent depuis trois sicles une centaine de millions de spcimens au moins, sont parmi les plus importantes du monde quantitativement et scientifiquement. Elles sont restes ngliges pendant des dcennies et sous-utilises par la recherche car peu accessibles. Le projet E-ReColNat a pour ambition de runir lensemble des donnes et photos des collections franaises dhistoire naturelle sur une mme plateforme informatique, au service de la recherche et de l'expertise sur la biodiversit. Le projet comporte trois volets : Lacquisition rapide et bas cot de donnes brutes (jusqu 17 000 images par jour) implique plus de 60 partenaires franais. La numrisation automatise en 3D ntant pas encore oprationnelle, lacquisition de donnes en zoologie, palontologie et gologie portera sur linventaire des spcimens de rfrence pour la nomenclature internationale, en associant des donnes valides des photographies. Le traitement de ces donnes et leur intgration dans une base de donnes utilisable pour la recherche et l'expertise ncessitent de mobiliser taxonomistes professionnels et amateurs. Le projet mettra ainsi en place des outils collaboratifs de sciences citoyennes de type web 2.0. La cration dun portail permettant les demandes de prts, consultations, prlvements et extraits fait l'objet de la Trs Grande Infrastructure de Recherche RECOLNAT dont E-ReColNat sera la porte d'entre informatique. Les donnes seront intgres dans les programmes nationaux franais comme lInventaire National du Patrimoine Naturel, et mises disposition au niveau international via le GBIF-France. E-ReColNat s'inscrit dans des initiatives internationales telles que-Biosphere ou le programme europen LIFEWATCH. La plateforme E-ReColNat sera galement ouverte un partenariat avec les institutions gestionnaires de collections dans les pays du Sud.

MNHN

Paphiopedium rothschildianum.

Contact : Marc Pignal, pignal@mnhn.fr

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Collectons pour la biodiversit

Le projet E-ReColNat a t reconnu comme Infrastructure Nationales en Biologie et Sant du programme dInvestissements dAvenir, et dot de 16 millions deuros sur 5 ans. Il est coordonn par le MNHN en partenariat avec lUM2, le Ple de Recherche et d'Enseignement Suprieur Clermont-Universit , luniversit de Bourgogne, lIRD, lInra), le Conservatoire National des Arts et Mtiers, Tela Botanica et Agoralogie (avec le soutien du CNRS et de lAllEnvi).

Les formations Agropolis International dans le domaine des collections


gropolis International, au travers de ses tablissements membres, universits et coles dingnieurs (et institutions spcialises dans la formation continue), propose une offre de formation complte.

Cela reprsente plus de 80 formations diplmantes (de bac +2 bac +8 : technicien, ingnieur, licence, master, mastre spcialis, doctorat...) ainsi quune centaine de modules de formation continue (prexistants ou la carte).

Lcole thmatique internationale Agrobiodiversit : des Hommes et des Plantes


Dveloppe dans le cadre du projet Agropolis Resource Center for Crop Conservation, Adaptation and Diversity (Arcad, cf. p. 43), lcole thmatique forme aux mthodes et outils pour l'analyse pluridisciplinaire de la diversit diffrents niveaux (plantes, agrosystmes, pratiques). Elle apprhende galement leurs limitations et situe les projets dans le contexte scientifique et politique complexe de la prservation et de lutilisation de l'agrobiodiversit. Elle a pour objectif de permettre aux acteurs de la conservation in situ la ferme de l'agrobiodiversit de dvelopper leurs projets dans un domaine de recherche en mergence et un contexte politique complexe. Cette formation s'adresse aux professionnels du Sud (chercheurs, ONG, dcideurs publics ou privs), aux doctorants et post-doctorants, issus tant des sciences biologiques que des sciences sociales. Chaque session rassemble entre 20 et 30 participants et aborde : les aspects fondamentaux des disciplines impliques en sciences sociales et biologiques ; les rcentes avances mthodologiques pluridisciplinaires pour ltude de limpact des socits humaines et des dynamiques politiques sur la diversit des plantes cultives ; lanalyse de jeux de donnes laide de logiciels pour mettre en pratique diffrentes mthodes ; la prsentation et lanalyse dexpriences de recherche et de conservation au Sud et au Nord. Elle combine des confrences sur l'tude de l'agrobiodiversit, des exposs magistraux orients vers l'application, des travaux dirigs en gntique des populations et en sciences humaines et sociales bass sur lanalyse de jeux de donnes relles et sur lutilisation de logiciels d'analyse de donnes, la prsentation d'tudes de cas et des discussions collectives sur les projets des participants. La premire session sest droule Montpellier (novembre 2008) et la seconde Rabat (mai 2010) avec le soutien de lInstitut Agronomique et Vtrinaire Hassan II (Maroc) et l'appui de la reprsentation de lIRD au Maroc.
Contact : Jean-Louis Pham, pham@agropolis.fr
Pour plus dinformations : www.arcad-project.org/training

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Collections pour la biodiversit

Jean-Louis Pham

Formations autour de lHerbier Montpellier Universit (MPU)


Lherbier de l'UM2 (cf. p. 10), avec ses 3,5 millions dchantillons provenant du monde entier de taxons de vgtaux et champignons terrestres ou aquatiques, accompagne la recherche et la formation au sein de diffrentes disciplines de la Biologie et des Sciences humaines. Toutes les formations de licence et de master en Biologie de l'UM2 peuvent tre potentiellement associes cet herbier : Les projets tutors de 3e anne de licence cologie et Biologie des Organismes ou Biologie, Environnement & Sciences de la Terre (formations incluses dans la nouvelle mention Gosciences biologie Environnement* ) peuvent exploiter l'herbier MPU. Par ailleurs, la nouvelle licence professionnelle tude et Dveloppement des Environnements Naturels sappuie significativement sur l'Herbier MPU. Les stages de master de la mention cologie-Biodiversit** peuvent galement faire appel cet herbier. Le parcours Biodiversit Vgtale Tropicale est plus troitement associ l'tude de ces collections (pour les enseignements et stages). Des formations non diplmantes sont aussi associes l'herbier MPU comme : la formation continue en floristique du CREUFOP (composante de formation continue de l'UM2) intitule Biodiversit vgtale en milieu mditerranen*** ; les cours de Botanique organiss par Tela Botanica (cf. p. 61), avec le concours de la Ville de Montpellier et de l'UM2****.
Contact : Franois Munoz, francois.munoz@univ-montp2.fr Amanita inaurata. Illustration de G. Malenon. Dessin de 1950.
* www.formations.univ-montp2.fr/fr/_modules/education/education.html?educationid=FR_RNE_0341088Y_ PR_1294648699638 ** www.masters-biologie-ecologie.com *** www.creufop.univ-montp2.fr/pdfcourt/biodiversite-vegetale.pdf **** www.tela-botanica.org/page:evenements?vue=1&action=8&id_fiche=1806

Herbier MPU UM2-Ple Patrimoine scientifique

Les formations de Montpellier SupAgro autour des collections


Les enseignements dispenss par Montpellier SupAgro visent sensibiliser les tudiants la Taxonomie, son utilit, ses dveloppements modernes et donc limportance des collections pour lidentification, la conservation et la vie des informations qui y sont associes. Ces enseignements sappuient en partie sur les comptences scientifiques des UMR CBGP et BGPI ; les collections les plus tudies sont les collections entomologiques et acarologiques. En 2e anne dcole dingnieur (niveau M1), le module optionnel volution et diversit du vivant. II. Phylognie et diagnostic sensibilise les tudiants lexistence des collections, leur gestion et leur utilisation scientifique et applique (notamment au cours de visites des salles de collection). Les tudiants de 3e anne (niveau M2) sont galement sensibiliss limportance des collections et leur gestion durant la spcialisation Protection des plantes et environnement et le master Sant des plantes . Ils visitent galement les salles de collections et sexercent lors de travaux pratiques lidentification sur du matriel musologique. Les tudiants peuvent tre amens raliser leur propre collection dinsectes. De plus, les cours de protection des plantes dans la spcialisation Viticulture nologie et le master Vigne et vin sappuient, par exemple, sur des spcimens issus des collections pour illustrer les ravageurs de la vigne et leurs ennemis naturels.

tudiants de Montpellier SupAgro (1re anne promotion 2012-2013) manipulant des acariens.

Marie-Stphane Tixier Montpellier SupAgro

Contacts : Marie-Stphane Tixier, tixier@supagro.inra.fr & Serge Kreiter, kreiter@supagro.inra.fr

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Collectons pour la biodiversit

Les formations continues organises chaque anne par des entomologistes de lInra et du Cirad (UMR CBGP) et des acarologistes de Montpellier SupAgro, sappuient galement sur ces collections. Lors de ces formations en Entomologie agricole destines des praticiens de la protection des plantes, les stagiaires sont sensibiliss aux collections existantes qui accompagnent lexpertise des chercheurs. Les stagiaires intresss peuvent aussi visiter les collections. Par ailleurs, des stagiaires professionnels venant se former en travaillant partir du matriel entomologique et acarologique en collection sont accueillis individuellement.

Liste des acronymes et abrviations


ANR Agence Nationale de la Recherche ARC Agricultural Research Council Arcad Projet Agropolis Resource Center for Crop Conservation, Adaptation and Diversity ArIM Arthropodes d'Intrt Mdical BEV Biogographie et cologie des vertbrs CDB Convention sur la diversit biologique CERoPath Community Ecology of Rodents and their pathogens in South-East Asia CGSS Conservatoire gntique de souris sauvages de lISEM CHRU Centre Hospitalier Rgional Universitaire CIAT Centre International dAgriculture Tropicale Cirad Centre de coopration internationale en recherche agronomique pour le dveloppement CNEV Centre National d'Expertise sur les Vecteurs CNR Centre National de Rfrence CNRS Centre National de la Recherche Scientique CRB Centre de Ressources Biologiques CRB-T Centre de Ressources Biologiques Tropicales DMSO Dimethyl sulfoxide EAZA Association Europenne des Zoos et des Aquariums EEP Programme d'levage europen EHESP cole des Hautes tudes en Sant Publique EID Entente interdpartementale pour la dmoustication Mditerrane EPHE cole pratique des hautes tudes EURISCO Inventaires nationaux europens FAO Organisation des Nations Unies pour lalimentation et lagriculture FCO Fivre catarrhale ovine FP Programme-cadre europen GBIF Systme mondial dinformation sur la biodiversit / Global Biodiversity Information Facility GCol Gestion et diffusion des Collections dorganismes biologiques GEVES Groupe dtude et de contrle des varits et des semences IBiSA Infrastructure en Biologie Sant et Agronomie
Collections pour la biodiversit

ICRISAT Institut international de recherche sur les cultures des zones tropicales semi-arides / International Crops Research Institute for the Semi-Arid tropics Ifremer Institut Franais de Recherche pour l'Exploitation de la Mer IFV Institut Franais de la Vigne et du Vin Inra Institut National de la Recherche Agronomique INRAP Institut national de recherches archologiques prventives Inria Institut de recherche en sciences du numrique IRD Institut de recherche pour le dveloppement Irstea Institut national de recherche en sciences pour lenvironnement et lagriculture LabEx Laboratoire d'excellence Centre Mditerranen de CeMEB l'Environnement et de la Biodiversit LAV Lutte anti-vectorielle LIMS Laboratory Information Management System LSRG Laboratoire de Semences et des Ressources Gntiques MGIS Musa Germplasm Information System MNHN Musum national dHistoire naturelle ORSTOM Ofce de la Recherche Scientique et Technique Outre-Mer (maintenant IRD) OSU Observatoire des Sciences de lUnivers Observatoire OREME de REcherche Mditerranen de l'Environnement PCR Raction en chane par polymrase PINS Portail dInformations sur les Nmatodes du Sol RG Ressources gntiques UE Unit exprimentale UM1 Universit Montpellier 1 UM2 Universit Montpellier 2 UM3 Universit Montpellier 3 UMR Unit mixte de recherche UMS Unit mixte de service UMT Unit mixte technologique UPMC Universit Pierre et Marie Curie UR Unit de recherche USDA United States Department of Agriculture WMS Web Map Service WRBU Walter Reed Biosystematics Unit YM Yeast mannitol

ICARDA Centre international pour la recherche agricole dans les zones arides

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Cette publication a t ralise avec le soutien de ltat et de la Rgion Languedoc-Roussillon. Les organismes membres et partenaires dAgropolis International impliqus dans ce dossier CHRU de Montpellier Cirad CNRS EPHE Ifremer Inra INRAP IRD Irstea Montpellier SupAgro UM1 UM2 UM3 UPMC Ville de Montpellier
Directeur de la publication : Bernard Hubert Coordinateur scientifique : Serge Morand (UM2) quipe de coordination Agropolis International : Fabien Boulier, Paula Dias, Nathalie Villemejeanne Rdaction et dition scientifique : Isabelle Amsallem (Agropolis Productions) Conception, mise en page et infographie : Olivier Piau (Agropolis Productions) info@agropolis-productions.fr Ont particip ce numro : Jean-Franois Agnse, Sylvie Agret, Emmanuel Albina, Jean Arbeille, Emma Artige, Laurent Audeguin, Jean-Christophe Auffray, Adeline Barnaud, Daniel Barthlmy, Patrick Bastien, Patrick Berrebi, Daniel Bieysse, Franois Bonhomme, Pierre Bonnet, Laurent Bouby, Thierry Boulinier, Vronique Bourgade, Jean-Michel Boursiquot, Philippe Bousss, Jrmy Bouyer, Marie-Christine Brand Daunay, Thierry Brassac, Janice Britton-Davidian, Franois Catzeflis, Mathilde Causse, Lucie Chabal, Michel Chauvet, Yannick Chaval, Rachid Cheddadi, Roland Cottin, Pierre Couteron, Emmanuel Couturon, Pierre-Andr Crochet, Grard Cuny, Caroline Danglant, Denis Delebecque, Pierre Dtienne, Jean-Marc Duplantier, Grard Duvallet, Florent Engelmann, Laurent Fabre, Didier Fontenille, Jean Galtier, Claire Garros, Philippe Geniez, Blaise Genna, Jean Grard, Alain Ghesquire, Jean-Christophe Glazmann, Sylvain Glmin, Luc Gomel, Bruno Granouillac, Pascal Grbaut, Daniel Guibal, Michel Guiraud, Serge Hamon,Sylvie Hurtrez-Bousss, Laurent Intertaglia, Sarah Ivorra, Philippe Jarne, Suzanne Jiquel, Serge Kreiter, Cline Labrune, Thierry Lacombe, Christophe Lagneau, Philippe Lebaron, Michel Lebrun, Thierry Lefrancois, Gilbert Le Goff, ric Letessier, Najate Maghnaoui, Bernard Marandat, Rmy Marchal, Chantal Marion, Dominique Martinez, Jol Mathez, Daniel Mathieu, Catherine Mejean, Brigitte Meyer-Berthaud, Francois Michaud, Jean-Franois Molino, Nathalie Mougin, Lionel Moulin, Thomas Mourier, Franois Munoz, Jean-Louis Noyer, Franoise Olivier, Mava Orliac, Laure Paradis, Nicole Pasteur, Stphanie Pathier, Claudie Pavis, Vincent Perret, Emilie Peylin, Jean-Louis Pham, Marc Pignal, Catherine Plasse, Pierre Poilecot, Philippe Poirier, Jean-Marie Prosperi, Nil Rahola, Syvie Rapior, Jocelyn Raude, Christophe Raynaud, Julie Rius, Franois Roger, Pascal Romans, Bruno Rosset, Philippe Rott, Nicolas Roux, Max Ruas, Martine Seguier-Guis, Christophe Sereno, Renata Servan de Almeida, Frdric Simard, Rodolphe Tabuce, Patrick Tailliez, Johannes Tavoillot, Jean-Frdric Terral, Franois Thiaucourt, Anne-Cline Thuillet, Pierre Tisseyre, Marie-Stphane Tixier, Flavie Vanlerberghe, Laurence Vial, Christel Vignau, Yves Vigouroux, Anne Zanetto Remerciements pour liconographie : tous les contributeurs au dossier. Impression : Les Petites Affiches (Montpellier) ISSN : 1628-4240 Dpot lgal : Octobre 2013 galement disponible en anglais et espagnol

Dix-sept dossiers parus dans la mme collection dont :

Fvrier 2010 68 pages Franais et anglais

Fvrier 2010 28 pages Franais et anglais

Juin 2010 48 pages Franais et anglais

Juillet 2010 - 2012 68 pages (2nde d.) Franais et anglais

Octobre 2010 84 pages Franais et anglais

Fvrier 2012 72 pages Franais, anglais, espagnol

Octobre 2012 48 pages Franais, anglais

Fvrier 2013 48 pages Franais, anglais, espagnol

Les dossiers dAgropolis International


Collectons pour la biodiversit 75

La srie des dossiers dAgropolis International est une des productions dAgropolis International dans le cadre de sa mission de promotion des comptences de la communaut scientifique. Chacun de ces dossiers est consacr une grande thmatique scientifique. On peut y trouver une prsentation synthtique et facile consulter de tous les laboratoires, quipes et units de recherche prsents dans lensemble des tablissements dAgropolis International et travaillant sur la thmatique concerne. Lobjectif de cette srie est de permettre nos diffrents partenaires davoir une meilleure lecture et une meilleure connaissance des comptences et du potentiel prsents dans notre communaut mais aussi de faciliter les contacts pour le dveloppement dchanges et de cooprations scientifiques et techniques.
En savoir plus : www.agropolis.fr/publications/dossiers-thematiques-agropolis.php

1000 avenue Agropolis F-34394 Montpellier CEDEX 5 France Tl. : +33 (0)4 67 04 75 75 Fax : +33 (0)4 67 04 75 99 agropolis@agropolis.fr

www.agropolis.fr