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1.

1 Replicacin de los cidos Nuclicos


1.1.1 Estructura general de los cidos nuclicos 1.1.2 Replicacin de ADN 1.1.3 Molculas importantes en el proceso de replicacin

RESUMEN
Los componentes estructurales del DNA y el RNA son muy parecidos. Esta similitud qumica es muy importante para coordinar las funciones que desempean estas molculas durante la expresin gnica.
La replicacin del material gentico es una de las facetas del ciclo celular. Una vez que el material gentico de las clulas se ha replicado, se debe repartir equitativamente entre las clulas hijas.

Las mutaciones son una fuente de variacin gentica y la base para la seleccin natural, pero tambin son el origen del dao gentico que contribuye a la muerte celular, a enfermedades genticas y cncer. Los organismos cuentan con diversos mecanismos de reparacin del DNA que contrarrestan estas mutaciones.

1.1.4 Correccin de mutaciones durante la replicacin


1.1.5 Replicacin de ARN Referencias
Imagen tomada de: http://img520.imageshack.us/img520/4120/genomeba3.jpg

1.1.1 Estructura General de los cidos Nuclicos

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

Los nucletidos son las bases estructurales de los cidos nuclicos. Cada uno est formado por una base nitrogenada (purina o pirimidina), un azcar de cinco carbonos (pentosa) y un grupo fosfato.

Imagen tomada de ciam.ucol.mx/.../image005.jpg

Purinas: doble anillo de 9 lados (Adenina y Guanina).


Pirimidinas: anillo de 6 lados (Timina, Citosina y Uracilo).

Tanto el DNA como el RNA contienen Adenina, Guanina y Citosina, la Timina slo se encuentra en el DNA, mientras que el Uracilo slo esta presente en el RNA.

Imgenes tomadas de: http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/componentes%20dna1_archivos/image002.jpg

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

Entre 1950 y 1953, Rosalind Franklin, utilizando la difraccin de rayos X en muestras purificadas de DNA, sugiri que su estructura era algn tipo de hlice.

Cuando las fibras de una molcula se someten a un bombardeo de rayos X, los rayos se dispersan en funcin de la estructura atmica de la molcula. El patrn de dispersin (difraccin), puede capturarse sobre una pelcula fotogrfica y puede analizarse su forma general y las regularidades de la molcula.

Imgenes tomadas de: https://sites.google.com/a/iespedrodeluna.es/cmcb2010/ y http://www.nature.com/scitable

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

En 1953, Watson y Crick, basados en el trabajo de Rosalind Franklin, publicaron su anlisis sobre la estructura del DNA.

CARACTERISTICAS DEL MODELO


1. Dos largas cadenas de polinucletidos enrolladas alrededor de un eje central, formando una doble hlice enrollada hacia la derecha (dextrgira). 2. Las dos cadenas son antiparalelas; la orientacin C5 C-3 va en direcciones opuestas. 3. Las bases de las dos cadenas forman estructuras planas y perpendiculares al eje; estn apiladas una sobre otra con una separacin de 0.34 nm. 4. El apareamiento de las bases nitrogenadas resulta en la formacin de puentes de hidrgeno (A = T y G C). 5. Una vuelta completa de la hlice tiene una longitud de 3.4 nm, por lo tanto, cada vuelta de la cadena contiene 10 bases. 6. La doble hlice mide 2.0 nm de dimetro. 7. En cualquier segmento de la molcula se observa un surco mayor y un surco menor alternados a los largo del eje.

Imagen tomada de: http://www.ciencia-activa.org/Imagenes/WatsonCrickADN.gif

Imagen modificada de: http://bio-cotidiano.blogspot.com/2009_04_01_archive.html

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

La clave del modelo de Watson y Crick es la especificidad en el emparejamiento de las bases

C con G A con T (DNA) A con U (RNA)

Por qu no se pueden dar los emparejamientos A con C y G con T a pesar de estar formados por una purina y una pirimidina?
Las configuraciones tridimensionales de estos emparejamientos NO producen la alineacin adecuada para la formacin de los puentes de hidrgeno.

2.0 nm

Por qu no son posibles otros pares de bases?


A C G T purina pirimidina purina Dimetro mayor a 2.0 nm pirimidina Dimetro menor a 2.0 nm
Azcar
Azcar

Esto se explica por las reglas de Chargaff 1. La cantidad de Adenina es proporcional a la cantidad de Timina en el DNA de cualquier especie.

Adenina (A)

Timina (T)

2. La suma de purinas es igual a la suma de pirimidinas.


3. El porcentaje de C+G no necesariamente es igual al porcentaje de A+T.
Azcar Azcar

Guanina (G)

Citosina (C)

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Los tres tipos de RNA tienen su origen como una molcula complementaria de una de las dos cadenas del DNA durante el proceso de transcripcin.

ARN mensajero (ARNm): lleva las instrucciones para hacer una protena en particular, desde el ADN en el ncleo hasta los ribosomas. ARN de transferencia (ARNt): lleva los aminocidos a los ribosomas, se encuentra en el citoplasma. ARN ribosomal (ARNr): forma parte de los ribosomas.

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Los diferentes tipos de RNA se distinguen por su comportamiento de sedimentacin en un campo centrfugo y por su tamao, de acuerdo al numero de nucletidos que contiene. El comportamiento de sedimentacin depende de la densidad, tamao, masa y forma y se mide en unidades que designan el coeficiente de Svedberg (S) de la molcula. Caracterizacin del RNA. Tipo de RNA Coeficiente de Svedberg 5S 5,8S 16S 18S 23S 28S 4S Diverso Eucaritico (E) Procaritico (P) PyE E P E P E PyE PyE Nmero de nucletidos 120 160 1.542 1.874 2.904 4.718 75 90 100 10.000

RNA ribosmico (rRNA)

RNA de Transferencia (tRNA) RNA Mensajero (mRNA)


Modificado de Klug y col. 2006.

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1.1.2 Replicacin de ADN

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Para que una molcula sea considerada como material gentico debe poseer cuatro caractersticas principales:

1. 2. 3. 4.

Replicacin. Almacenaje de la informacin. Expresin de esta informacin. Variacin por mutacin.

Imagen tomada de: http://t1.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcRLlVp0kWQpwDoIQKG14XNhdlKoBCk7APHdoIhD9dGzHeMTpzIBrg&t=1

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

La sntesis de DNA tiene solo un punto de origen o varios?


La sntesis de DNA contina desde el origen en una sola direccin o en ambas?

En que lugar del cromosoma se inicia la replicacin?

Es igual el proceso de replicacin en eucariotas que en procariotas?

En donde se localiza el sitio de origen?


Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

En cualquier lugar del cromosoma en que se est produciendo replicacin, las cadenas de la hlice estn desenrolladas formando la Horquilla de Replicacin. Esta horquilla aparece inicialmente en el punto de origen de la sntesis, y a medida que avance la replicacin se mover a lo largo del DNA dplex. La replicacin es bidireccional, habr dos horquillas en direcciones opuestas a partir del origen (oriC). completa la replicacin semiconservativa de todo el estas horquillas convergen en una regin de denominada ter.

movindose Cuando se cromosoma terminacin

La longitud del fragmento de DNA que se replica en cada suceso de replicacin dado en un solo origen se llama Replicn. En las bacterias (y en la mayora de los bacterifagos), la sntesis de DNA se inicia en un solo punto y todo su cromosoma constituye el replicn.

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La replicacin de los cromosomas eucariticos se inicia en orgenes mltiples. Cada horquilla de replicacin individual se extiende hasta que finalmente se encuentra con otra y ambas se unen.

En esta fotomicrografa electrnica de una clula embrionaria de Drosophila melanogaster, los centros de las horquillas de replicacin estn indicados con flechas rojas.

Imagen tomada de: www.geosfera.es/monograficos/DNA/index.htm

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Adems del modelo propuesto por Watson y Crick, existen otras dos formas de replicacin:

Replicacin Conservativa: la doble hlice parental permanece intacta y las cadenas hijas se juntan.

Replicacin Semiconservativa: Las dos cadenas de la molcula parental se separan, cada una funciona como molde para la sntesis de una nueva cadena complementaria.

Replicacin Dispersa: Las cadenas parentales se dispersan entre las dos nuevas cadenas despus de la replicacin. Cada cadena esta formada por DNA nuevo y viejo.
Imagen tomada de: http://www.phschool.com/science/biology_place/biocoach/images/dnarep/repmodel.gif

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

En 1958, Matthew Meselson y Franklin Stahl, comprobaron que las clulas bacterianas se replican de manera semiconservativa.

La clave para el xito de este experimento, es que el DNA que contiene 15N puede distinguirse del que contiene 14N.

Con esta tcnica, llamada Centrifugacin en Gradiente de Densidad, se separa a las muestras en un gradiente de densidad. Las molculas de DNA alcanzarn el equilibrio cuando su densidad sea igual a la del gradiente del medio. Por lo tanto, el DNA-15N estar en una posicin mas cercana a la base del tubo que el DNA-14N.
Imagen tomada de: http://www.nature.com/scitable/nated/content/4208/pierce_12_3_FULL.jpg

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

ENTONCES CMO SE LLEVA A CABO LA REPLICACIN?

El origen de replicacin (oriC), est formado por 245 pb y se caracteriza por tener secuencias de 9 y 13 bases repetidas (denominadas nanmeros y trecmeros). La protena responsable de iniciar el proceso de desenrollamiento de la hlice es la DnaA, posteriormente se unen las protenas DnaB y DnaC que abren y desestabilizan la hlice, estas protenas se denominan helicasas. Al continuar el desenrollamiento, se produce una tensin de enrollamiento por delante de la horquilla de replicacin, originando un superenrollamiento. La DNA girasa (del grupo de las DNA topoisomerasas), es una enzima capaz de deshacer estos superenrollamientos. Debido a que los cromosomas circulares (como los de las bacterias y virus) no tienen un extremo 3 hidroxil libre (para que pueda actuar la DNA Polimerasa III), se ha observado que el RNA sirve como cebador para que pueda iniciar la sntesis de DNA.

Imagen tomada de: http://2.bp.blogspot.com/-CuDQ5Dj5lOA/TxYq-gqVLJI/AAAAAAAABKE/JIViN7HBRyU/s1600/Replicaci%25C3%25B3n.gif

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

El dNTP precursor contiene los tres grupos fosfatos unidos al carbono 5 de la desoxirribosa.

Durante la sntesis se cortan los dos fosfatos terminales, por lo tanto, el fosfato restante unido al carbono 5se une covalentemente al carbono 3-OH de la desoxirribosa a la que se aade el nucletido.

As, el alargamiento o elongacin de la cadena se produce en direccin 5 3 por la adicin de nucletidos al extremo 3 en crecimiento.

Imagen tomada de Kulg y col. 2006.

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Considerando que las dos cadenas de DNA en la doble hlice son antiparalelas y que la sntesis solo se lleva a cabo en direccin 53, la sntesis simultanea ocurre en una direccin en una cadena y en la direccin opuesta en la otra.

En consecuencia, cuando se desenrolla la cadena y avanza la horquilla de replicacin por la hlice, solo una cadena puede servir como molde para la sntesis continua de DNA, esta cadena recin sintetizada se llama cadena lder.

Como la sntesis de DNA es continua en una cadena y discontinua en la otra, se puede utilizar el termino Sntesis semidiscontinua para referirse al proceso en conjunto.

Al avanzar la horquilla, se necesitan muchos puntos de inicio en la cadena opuesta, lo que da lugar a una sntesis discontinua de DNA en la cadena retrasada.

La sntesis discontinua necesita enzimas para eliminar el cebador de RNA (DNA Polimerasa I) y para unir los fragmentos de Okazaki (DNA Ligasa) en la cadena retrasada.
Imagen tomada de: Kulg y col. 2006.

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El DNA eucaritico se replica de manera muy parecida al DNA bacteriano.

En ambos sistemas, el DNA de doble cadena se desenrolla en los orgenes de replicacin, se forman horquillas de replicacin y la sntesis bidireccional de DNA genera cadenas adelantadas y cadenas retrasadas a partir de DNA molde.

Las polimerasas eucariticas tienen los mismos requisitos funcionales que las bacterianas: 4 dNTPs, un molde y un cebador.

Imagen tomada de: http://files.myopera.com/tutoriabiologiaUBAXXI/blog/divfig10.JPG

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1.1.3 Molculas importantes en el proceso de replicacin

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

El cebador es un segmento corto de RNA (5-15 nucletidos), complementario al DNA de la cadena molde.

Incapaz de unir covalentemente 2 nucletidos.

El RNA es sintetizado por un tipo de RNA Polimerasa llamada Primasa que no necesita un extremo 3libre para iniciar la sntesis.

3 5 5

A partir de este cebador de RNA, la DNA Polimerasa empieza a aadir 5desoxirribonucletidos, iniciando as la sntesis de DNA.

3 5
Capaz de unirlos covalentemente.

Finalmente, el cebador de RNA debe ser cortado y reemplazado por DNA. Probablemente es la DNA Polimerasa la responsable de realizar este proceso.

Primer o cebador

3 5

Los cebadores de RNA han sido encontrados en virus, bacterias y varios organismos eucariotas, por lo que se cree, es un proceso universal para la iniciacin de la sntesis de DNA.

5 3

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Tuneko y Reiji Okazaki, descubrieron que cuando se replica el DNA de un bacterifago en E. coli, algunos de los fragmentos de DNA recin formados, son pequeos fragmentos de 1000 a 2000 nucletidos. Cebadores de RNA forman parte de estos fragmentos que se conocen como Fragmentos de Okazaki, y se van convirtiendo en cadenas de DNA cada vez mas largas y con un mayor peso molecular.

Tomada de: http://mujeresquehacenlahistoria.blogspot.com/2009_10_01_archive.html

Sntesis de la cadena nueva

DNA polimerasa sobre la cadena lder DNA helicasa DNA primasa Primosoma Topoisomerasa

Molde de la cadena Lder DNA polimerasa sobre la cadena retrasada (al final de un fragmento de Okazaki Fragmento de Okazaki DNA de cadena sencilla ligado a protenas El nuevo fragmento de Okazaki comenzar aqu Hlice de DNA parental

Primer de RNA

Molde de la cadena retrasada

Imagen modificada de: www.nature.com/.../box/nature01407_bx1.html

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DNA Polimerasa I En 1957, Arthur Kornberg y colaboradores, aislaron una enzima de E. coli que poda dirigir la sntesis del DNA en un sistema exento de clulas (in vitro):
5

dNTP (A, G, C, T)

DNA molde

3 5 3

La DNA Polimerasa I, fue la primera en aislarse y consta de una cadena sencilla de 928 aminocidos.

Con uno solo de los 4 desoxirribonuclesidos que falte en la reaccin, no se detecta la sntesis.
Si se usan derivados de estas molculas precursoras diferentes a los dNTP (nucletidos o nuclesidos difosfato), no se produce la sntesis. Si no se aade DNA molde, la sntesis de DNA se ve fuertemente reducida.

5 3 Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

LAS DNA POLIMERASAS I, II y III

La Polimerasa I es la responsable de eliminar el cebador y de la sntesis que rellena estos huecos. Su actividad exonucleasa le permite participar en la reparacin del DNA.

Propiedades de las tres DNA Polimerasas Bacterianas.


PROPIEDADES Iniciacin de la sntesis de la cadena. Polimerizacin 5- 3. I II III

La Polimerasa II, junto con las polimerasas IV y V, participan en diversos aspectos de la reparacin del DNA que ha sido daado por agentes externos, como la luz UV.

La Polimerasa III es quiz la ms importante por ser la responsable de la polimerizacin 5- 3, esencial para la polimerizacin in vivo. Su actividad exonucleasa 3- 5 le proporciona la funcin de correccin de errores durante la sntesis y es la responsable de la correccin de errores durante la replicacin: cuando se inserta un nucletido incorrecto, la sntesis se detiene y la polimerasa invierte su marcha en direccin 3 - 5, cuando se elimina el nucletido incorrecto, continua en la direccin 5 - 3 sintetizando la cadena complementaria a la cadena molde.

Actividad exonucleasa 3- 5.
Actividad exonucleasa 5- 3. Molculas de Polimerasa/clula.

400

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Se conocen 5 DNA Polimerasas eucariontes:

Todas tienen un mecanismo de accin similar a las enzimas procariontes:

Polimerasa
Mr* Composicin de la subunidad Sitio en el que se encuentra

300 000 4 Ncleo

45 000 1 Ncleo

140 000 4 Mitocondria

180 240 000 2 Ncleo

290 000 2 Ncleo Replicacin del DNA cromosomal (similar, pero no depende del PCNA**). Reparacin del DNA daado por radiacin UV. +
Tomado de Smith y Wood, 1998.

Actividad polimerasa 5 3

Replicacin del DNA cromosomal (cadena retrasada)

Reparacin

Replicacin del DNA mitocondrial

Replicacin del DNA cromosomal (cadena gua). Su actividad depende del PCNA**

Actividad exonucleasa 3 5

*Mr: Masa Molecular Relativa. **PCNA: Antgeno Nuclear de Clulas en Proliferacin.

Las DNA polimerasas y son las que estn asociadas directamente a la replicacin del DNA cromosmico. La DNA polimerasa est formada por una sola cadena de polipptido y es responsable de la reparacin del DNA. La DNA polimerasa se encuentra en las mitocondrias y se encarga de la replicacin mitocondrial. La polimerasa es una enzima recin descubierta que en algunos aspectos se asemeja a la polimerasa .
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1.1.4 Correccin de mutaciones durante la replicacin

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

Una mutacin es la alteracin del genotipo, que es la constitucin gentica del individuo, y en ocasiones tambin del fenotipo que son las caractersticas externas del individuo.

El DNA puede ser daado por diversos agentes fsicos, qumicos y biolgicos presentes en el ambiente

Espontaneas

MUTACIONES

Errores de replicacin del DNA, cambios tautomricos, ionizacin de las bases

Inducidas Agentes que aumentan la frecuencia de mutagnesis, llamados mutgenos y que alteran el DNA

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Transiciones
Purina por purina y pirimidina por pirimidina

ACGA

ACCA

Cambios de Base

Transversiones
Purina por pirimidina y pirimidina por purina

ACGA ACGA

ACTA AGCA

Puntuales
un solo nucletido alterado

Inversin

Desfases
(cambio en el nmero)

Delecin

ACGA ACA

ACA ACGA

Mutaciones

Insercin

Pseudopuntuales
alteracin de un pequeo grupo de nucletidos

Deleciones Cromosmica
alteracin de un gran nmero de nucletidos de una secuencia de ADN

Duplicaciones
Inversiones Translocaciones Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

Adems de la actividad de las DNA Polimerasas, existen otros mecanismos generales y especficos para la reparacin del DNA que detectan y responden a bases mal apareadas o irregularidades ocurridas durante la replicacin .

ENZIMATICOS:
1. Corte por una endonucleasa. Reconocen distintos tipos de lesiones y cortan el esqueleto fosfodister en el extremo 5, ste es extendido por una exonucleasa que remueve la parte afectada y algunos nucletidos adyacentes para producir un hueco (gap). 2. Sntesis de nuevo DNA. Se rellena el hueco usando el extremo OH 3 libre, la DNA polimerasa I sintetiza nuevamente las bases usando la cadena no mutada como molde. 3. Formacin del enlace Fosfodister. La ligasa del DNA sella el esqueleto del DNA ligando el extremo OH 3 del DNA recin sintetizado y el extremo 5P- del DNA que ya se haba sintetizado.

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Si durante la replicacin la DNA Polimerasa encuentra un dmero de Timina, se detiene en este punto.

RECOMBINACIN HOMOLOGA

Inserta al azar una base nucleotdica, removida despus por su actividad de correccin.

Este mecanismo acta en respuesta a un bloqueo en la replicacin del DNA.

La replicacin continua hacia abajo de la cadena, dejando un hueco de aprox. 1000 bases, mientras que la otra cadena se replica normalmente.

Una regin de la cadena no mutada que ya se replic, se inserta en la cadena que tiene el hueco bajo la accin de la enzima RecA, para reemplazar la regin faltante y continuar con la sntesis del DNA.

La Polimerasa I y la ligasa, rellenan el hueco generado en la cadena del molde.

El dmero de Timina se elimina de la cadena que lo contena. Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

RESPUESTA SOS

Se activa cuando se produce un dao masivo al DNA y los otros sistemas de reparacin son insuficientes.

Es poco eficiente, pues es propenso a cometer errores durante la reparacin pero es una medida desesperada de la clula para mantener su integridad cromosmica.

En E. coli se incrementa la expresin de un grupo de genes cuya funcin es la de reparar el DNA daado y conferir a la clula ms oportunidades de sobreponerse y sobrevivir en condiciones de estrs.

Imagen tomada de: Serment-Guerrero, J. et al. 2005.

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1.1.5 Replicacin de ARN

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El ARN es una cadena de polinucletidos de una sola hebra, sin embargo, algunos virus tienen ARN de cadena doble, formado por dos cadenas de polinucletidos complementarios.

En estos virus, la replicacin del ARN en la clula hospedera sigue la misma pauta que la replicacin del ADN.

En la mayora de los virus de RNA, ste se replica y acta directamente como mRNA. Otros, llevan en la partcula viral una enzima propia que les permite sintetizar los mRNA, usando como molde el RNA genmico, ya que ste no puede funcionar como mensajero.

Cada nueva molcula de ARN tiene una cadena de polinucletidos procedente de otra anterior.

Cada uno de los nucletidos de la cadena se acopla con otro nucletido de ARN

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Enterovirus

Penetran en la clulas hospederas y sintetizan una cadena de ARN complementaria para transformar la molcula sencilla en doble. Durante la replicacin las dos hebras se separan, pero slo la formada recientemente atrae nucletidos con bases complementarias. Por tanto, la cadena de polinucletidos formada como resultado de la replicacin es exactamente igual a la original.

Virus con ARN de cadena nica


Retrovirus
Despus de entrar en la clula hospedera, forman una cadena de ADN complementaria de su propio ARN gracias a la retrotranscriptasa, en donde usando los nucletidos de la clula, esta nueva cadena de ADN se replica y forma una doble hlice que se incorpora a los cromosomas de la clula hospedera, donde a su vez se replica junto con el ADN celular. Mientras se encuentra en la clula hospedera, el ADN vrico sintetizado a partir del ARN produce virus de ARN de cadena nica que abandonan la clula e invaden otras.

Imagen tomada de: http://mundobio-anemix.blogspot.com/2010/06/replicacion-virica.html

Biol. Vernica Pacheco Gonzlez

REFERENCIAS
Klug W. S., Cummings M. R. y Spencer C. A. (2006). Conceptos de Gentica 8. Edicin. Prentice Hall. Madrid, Espaa.

Smith A. A. y Wood E. J. (1998). Biologa Molecular y Biotecnologa. Addison Wesley Iberoamericana, S. A. Mxico. Balbs P. (2002). De la Biologa Molecular a la Biotecnologa. Trillas. Mxico. 324 p. Serment-Guerrero, J., Brea-Valle M. y Espinosa-Aguirre J. (2005). La respuesta SOS en Escherichia coli. Tip Revista Especializada en Ciencias Qumico-Biolgicas [en lnea]. Disponible en: <http://redalyc.uaemex.mx/redalyc/src/inicio/ArtPdfRed.jsp?iCve=43220805> http://www.cienciaybiologia.com

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