Este material ha sido organizado por Martha Cecilia Daza Espinosa,

profesora de la Universidad Industrial de Santander para el curso
de Bioquímica I para la carrera de Biología.

La información fue tomada del libro:

David, L. Nelson, Michael M. Cox. Lehninger Principles of 
Biochemistry. 2000. Third Edition. Worth Publishers.

   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
 Amino ácidos: Clasificación 
Esenciales No esenciales
Arginina Alanina
Histidina Asparagina
Isoleucina Aspartato
Leucina Cisteína
Metionina Glutámico
Lisina Glutamina
Treonina Glicina
Fenilalanina Prolina
Triptófano Serina
Valina Tionina
   
   
Absorción de luz ultravioleta por los aminoácidos aromáticos
   
   
   
 Aminoácidos no comunes en la célula
Protrombina

Paredes celulares
Cólageno

Elastina

Miosina
   
 Intermediarios en la síntesis de Arginina y de Urea

Unos 300 aminácidos han sido encontrados en las células.
   
El punto isoeléctrico (pI) es el pH al que una molécula
es eléctricamente neutra. La forma en que se
encuentra la molécula en el punto isoeléctrico se
denomina zwitterion o forma isoeléctrica. 

   
 Punto isoeléctrico

   
Aminoácidos como buffers 
Grupos α amino y α carboxilo, grupos -COOH
y NH2 de las cadenas laterales

   
Efecto del ambiente químico sobre el pK de los aa

   
 Curvas de titulación de los aminoácidos

predicen la carga de los aa

   
Curvas de titulación de los aminoácidos predicen su
carga eléctrica.

  pK1 + pK R
pI =
   
2
 Curvas de titulación de los aminoácidos

    pK2 + pK R  
pI =
Enlace peptídico es un enlace amida

   
Péptidos y proteínas. Pentapéptido.

Serilglicilfenilalanilalanilleucina: SGFAL
   
Este péptido tiene un grupo amino y uno carboxilo terminal y 
 dos grupos ionizables en la cadena lateral de los residuos E y K.
 
   
 Péptidos

Muchas hormonas son pequños péptidos. La oxitocina (9 residuos),
la bradiquidina (9 residuos) evita que los tejidos se inflamen.
 
El factor liberador de la tirotropina (3 residuos) se sintetiza en el
hipotálamo y estimula la liberación de otra hormona, la tiroxina, 
en la parte anterior de la glándula pituitaria.
Algunos son tóxicos como al amanitina, sintetizado por algunos 
hongos, y otros tienen propiedades antibióticas.

   
 Proteínas

   
   
   
Niveles de estructura en las proteínas

   
 Extracción y purificación de 
proteínas

Cromatografía

Salting out Diálisis

Separación

Extracto crudo

   
Cromatografía en columna

   
Cromatografía de intercambio iónico

Grupos aniónicos
Intercambiadores catiónicos

   
Cromatografía de exclusión por tamaño

   
Cromatografía de afinidad

   
   
Las proteínas pueden ser separadas y caracterizadas por electroforesis

   
Las proteínas pueden
ser visualizadas tratando el
gel con azul de Coomassie
que forma complejos con
las proteínas pero no con
el gel.

   
   
   
Determinación del PM de una proteína
SDS

   
   
   
Isoelectroenfoque Punto isoeléctrico de una proteína

   
Electroforesis bidimensional

   
Electroforesis bidimensional

Más de 1000 proteínas de E. coli pueden ser identificadas.
   
Cuantificación de proteínas, página 94

   
Estructura covalente de las proteínas. Estructura primaria

¿Qué hace que una proteína sea una enzima, una hormona, un 
anticuerpo, una proteína estructural, un receptor, un canal iónico, un 
canal para el flujo de agua, etc?

Proteínas con la misma secuencia provenientes de especies diferentes 
tienen la misma función.

¿Es la secuencia de una proteína, fija o invariante?

La estructura primaria determinará la estructura secundaria y a su vez 
la manera como se plegará la proteína en el espacio 3­D.

La estructura 3­D determina que la proteína sea funcional o no.

   
Humanos, cerdo, perro,  Vaca, cerdo, perro,
conejo e insulina de cabra y caballo
esperma de ballena.

Insulina bovina
   
 Homología de proteínas entre especies
Proteínas homólogas son proteínas que están evolutivament
 relacionadas.
Desarrollan la misma función en diferentes especies.

Aminoácidos invariantes en amarillo

Sustituciones conservativas en azul

   
Citocromo C. ~13000 Mr, 100 residuos
Principales ramas del
arbol evolutivo eucariote
construido con base en el
número de aa diferentes en
el citcromo de especies 
diferentes.
Entre el caballo y la levadura hay 48 aa diferentes
Entre el pollo y el pato solo 2.

   
Secuenciación de proteínas. Determinación de estructura primaria

1. Hidrólisis ácida. Tipo y cantidad de residuos
2. Determinación del residuo N­terminal con 1,F­2,4.dinitrobenceno.
Método de Sanger
3. Degradación de Edman. Feniltiocianato +proteína ⇾ derivado 
feniltioidantoina del aa + hidrólisis con HCl.

Eficiencia hasta 50 residuos.

Las proteínas largas son divididas en fragmentos pequeños y luego se 
aplica Edman.
1. Ruptura de los puentes disulfuro con ditiotreitol o con ácido 
perfórmico.
2. Ruptura de cadena peptídica
a) Proteasas
b) Bromuro de cianógeno  M
   
Secuenciación de proteínas. Determinación de estructura primaria

3. Secuenciación de cada péptido

4. Ordenamiento de los péptidos

5. Localización de los puentes disulfuro

Otros métodos

Espectrometría de masas

   
 Degradación de Edman

   
   
   
   
   
 Ruptura del enlace peptídico

Del lado carboxilo

   
   
Síntesis de péptidos