Code for common R tasks

Nameofdataframe:dat
Nameofvariables:Var C, Var C1, Var C2(forcontinuousvariables),Var F, Var F1(forfactors)
Whatyouwanttodo Howyoudoit
Somedatamanipulations
Readdataintoadataframe
dat =r ead. del i m( " Dat af i l e. t xt " )
Showdata
dat
Showcolumnnames
names( dat )
View/editdata
f i x( dat )
Changingavariableintoafactor
dat $Var F = f act or ( dat $Var C)
Listcontentsofworkspace
l s( )
Emptyworkspace
r m( l i st =l s( ) )

Showhistogramofdata
hi st ( dat $Var C)
Calculatingamean
mean( dat $Var C)
Calculatingastandarddeviation
sd( dat $Var C)
Workingwithsubsets
(here,tocalculatethemeanofasubset)
mean( dat $Var C[ dat $Var F ==
" subset l abel " ] )
Applyingonecommandtoseveralsubsets
(here,tocalculatemeansofseveralsubsets)
t appl y( dat $Var C, dat $Var F, mean)
Assumptionchecking
Checkfornormaldistribution
(ShapiroWilkstest)
shapi r o. t est ( dat $Var C)
Testforhomogenousvariances
(variancetest)
var . t est ( Var C ~ Var F, dat a = dat )
Testforhomogenousvariances
(Bartletttest)
bar t l et t . t est ( dat $Var C ~ dat $Var F)
Testforhomogenousvariances
(Flignertest)
f l i gner . t est ( dat $Var C ~ dat $Var F)
BoxCoxtransformationanalysis
(intheMASSpackage)
boxcox( dat $Var C ~ dat $Var F)
Somesummarycalls
Summarizingamodel
summar y( f m)
Anovatableofamodel
anova( f m)
Anovatableofamodel(typeIIsumofsquares)
(inthecar package)
Anova( f m)
Whatyouwanttodo Howyoudoit
Hypothesistesting
Singlesamplettest
t . t est ( dat $Var C)
Independentsamplesttest
t . t est ( Var C ~ Var F, var . equal = T,
dat a = dat )
Dependentsamplesttest
t . t est ( Var C1, Var C2, pai r ed = T, dat a
= dat )
Wilcoxonstestforindependentsamples
(MannWhitneyUtest)
wi l cox. t est ( dat $Var C1, dat $Var C2,
pai r ed = F)
Wilcoxonstestfordependentsamples
wi l cox. t est ( dat $Var C1, dat $Var C2,
pai r ed = T)
Correlation
cor . t est ( dat $Var C1, dat $Var C2)
Spearmanrankcorrelation
cor . t est ( dat $Var C1, dat $Var C2, met hod
= " spear man" )
Linearregression
l m( Var C1 ~ Var C2, dat a = dat )
Mulipleregression
l m( Var C1 ~ Var C2 + Var C3, dat a = dat )
OnewayANOVA
l m( Var C ~ Var F, dat a = dat )
TwowayANOVA
l m( Var C ~ Var F1 + Var F2 + Var F1: Var F2,
dat a = dat )
PlannedcomparisonsinatwowayANOVA
wherebothpredictorvariableshavetwolevels
cnt r = cbi nd( c( 1, - 1, 0, 0) , c( 0, 0, 1, - 1) ,
c( 1, 1, - 1, - 1) )
(inthisexample,maineffectsandinteractions)
l m( Var C ~ Var F, dat a = dat f , cont r ast s
= l i st ( Var 2 = cnt r ) , dat a = dat )
Posthoctest(inthemul t comppackage)
f m= l m( Var C ~ Var F, dat a=dat )

gl ht ( f m, l i nf ct = mcp( Var F = Tukey) )

NestedANOVA
aov( Var C ~ Var F1 + Er r or ( Var F2) , dat a
= dat )
NestedANOVA(inthenl mepackage)
l me( Var C ~ Var F1, dat a = dat , r andom=
~ 1 | Var F2)
Logisticregressionwithonepredictorvariable
gl m( Var F ~ Var C, dat a = dat , f ami l y =
bi nomi al )

gl m( Var F ~ Var C, dat a = dat , f ami l y =

bi nomi al ( l i nk = " l ogi t " )

gl m( cbi nd( Var 1, Var 2) ~ Var C, dat a =

dat , f ami l y = bi nomi al )
Logisticregressionwithtwopredictorvariables
gl m( Var F ~ Var C1 + Var F2 +
Var C1: Var F2, dat a = dat , f ami l y =
bi nomi al )

Fishersexacttest(2x2table)
f i sher . t est ( t bl )
Chisquaredtest(nxmtable)
chi sq. t est ( t bl )
Chisquaredtest(nxmtable)withoutYates
correction
chi sq. t est ( t bl , cor r ect = F)

Bayesianmodelfitting
(intheMCMCgl mmpackage)
MCMCgl mm( Var 1 ~ Var 2, dat a=dat ,
ver bose = FALSE)
Manteltestsformatrixescorrelations
(intheveganpackage)
mant el ( mat r i x1, mat r i x2, per mut at i ons
= 10000)