Facult de Mdecine de Strasbourg, Module de Pharmacologie Gnrale DCEM1 2005/2006

Pharmacogntique - C. Loichot et M. Grima - Mise jour : septembre 2004

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Chapitre 9 : PHARMACOGENETIQUE


Objectifs

- Etre capable dexpliquer les bases de la variabilit individuelle dans la rponse au mdicament.
- Etre capable dillustrer cette variabilit gntique avec quelques exemples.


Pour atteindre les objectifs, il est ncessaire de connatre, comprendre et matriser les
mots cls suivants : (mots cls souligns dans le texte)

Pharmacogntique
Polymorphisme



Plan

1. Dfinition
2. Techniques dtude
3. Polymorphisme dordre pharmacocintique
3.1. Polymorphisme dactylation des mdicaments

3.2. Polymorphisme des CYP

3.3. Autres exemples

4. Polymorphisme dordre pharmacodynamique

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1. Dfinition

La pharmacogntique tudie la variabilit gntique dans la rponse aux mdicaments. Elle analyse
le statut gntique et permet dtablir le lien entre le polymorphisme gntique et la variabilit de la
rponse leffet dun mdicament. Cette variabilit interindividuelle dorigine gntique peut tre
dordre pharmacocintique : variation dexpression des gnes codant pour des enzymes impliques
dans le mtabolisme des mdicaments, ou dordre pharmacodynamique : variation dexpression de
gnes codant pour des rcepteurs.
Le polymorphisme dune squence dADN chromosomique se dfinit comme une modification de
squence observe chez plus de 1 % de la population.
Lexpression du gnotype est appele phnotype.
Lobjectif long terme de la pharmacogntique est de mettre disposition des cliniciens des tests de
dpistage du polymorphisme gntique, ralisables en routine, permettant de prdire la rponse un
mdicament et de cerner le risque de survenue deffets indsirables. Les consquences cliniques des
mutations gntiques restent encore lucider dans certains cas.
Lobjectif de la pharmacogntique est de pouvoir adapter la thrapeutique (quel mdicament et
quelle posologie) en fonction du statut gntique de lindividu.

2. Techniques dtude

Gnotypage : recherche de mutation, dltion sur prlvement sanguin par des techniques de
biologie molculaire (PCR avec hybridation doligonuclotides, DNA on a chip, microarray..). Il
ny a pas toujours de corrlation dmontre entre la prsence de mutation ou dltion et une
diffrence dactivit de lenzyme.
Phnotypage : mesure de lactivit enzymatique in vitro (ex. mesure de lactivit de la TPMT
(thiopurine mthyltransfrase) de globules rouges voir ci aprs) ou in vivo par ladministration
dune dose test (ex. dbrisoquine pour phnotypage de CYP2D6, )
Identification dun mtaboliseur inhabituel : le tableau ci-dessous rassemble les donnes collectes
dans le cadre du suivi du mtabolisme de la dbrisoquine chez quatre volontaires sains. Il apparat
clairement que le sujet 4 ne mtabolise pas cette substance de la mme manire que les trois autres.
Ce type dtude, couramment ralis au cours du dveloppement dun nouveau mdicament,
permet de reprer des mtabolismes particuliers et den entreprendre lexploration.

Identification of an aberrant metabolizer of debrisoquine

*Percent of dose eliminated in urine by four subjects
Metabolite 1 2 3 4
Debrisoquine 45 28 27 40
4-Hydroxydebrisoquine 30 37 39 2
5-Hydroxydebrisoquine 0,5 1,3 2,3 0,2
6-Hydroxydebrisoquine - 0,7 1,0 3,6 0,9
7-Hydroxydebrisoquine 1,2 1,9 6,3 4,0
8-Hydroxydebrisoquine 0,3 0,6 1,5 0,2

*Four volunteers took an oral dose (40 mg, 10 Ci) of
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C-labeled debrisoquine, and the urine samples were collected for 0
to 24 hours and assayed for debrisoquine and its hydroxylated metabolites by gas chromatography

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Analyse des modalits de transmission dun phnotype au sein dune famille. Cette analyse peut
par exemple se faire par ltude des jumeaux pour apprcier le caractre gntique dun phnotype.
Exemple : La demi-vie dlimination de la phnylbutazone varie largement au sein dune
population : 20 100 heures. Ces variations se retrouvent chez des jumeaux htrozygotes, par
contre, chez des vrais jumeaux, il ny a pas de diffrence. Ceci suggre lexistence dun
dterminisme gntique pour ce mtabolisme.

Jumeaux homozygotes
t 1/2
Age/sexe Coumarine
(h)
Antipyrine
(h)
Phnylbutazone
(j)
HoM 48/M 25,0 11,3 1,9
HoM 48/M 25,0 11,3 2,1

DT 43/F 55,5 103 2,8
VW 43/F 55,5 9,6 2,9

JG 22/M 36,0 11,5 2,8
PG 22/M 34,0 11,5 2,8

JaT 44/M 74,0 14,9 4,0
JaT 44/M 72,0 14,9 4,0

CJ 55/F 41,0 6,9 3,2
FJ 55/F 42,5 7,1 2,9

GeL 45/M 72,0 12,3 3,9
GuL 45/M 69,0 12,8 4,1

DH 26/F 46,0 11,0 2,6
DW 26/F 44,0 11,0 2,6
Moyenne
des carts
1,5 0,2 0,1

Jumeaux htrozygotes
t
Age/sexe Coumarine
(h)
Antipyrine
(h)
Phnylbutazone
(j)
AM 21/F 45,0 15,1 7,3
SM 21/M 22,0 6,3 3,6

DL 36/F 46,5 7,2 2,3
DS 36/F 51,0 15,0 3,3

SA 33/F 34,5 5,1 2,1
FM 33/F 27,5 12,5 1,2

JaH 24/F 7,0 12,0 2,6
JeH 24/F 19,0 6,0 2,3

FD 48/M 24,5 14,7 2,8
PD 48/M 38,0 9,3 3,5

LD 21/F 67,0 8,2 2,9
LW 21/F 72,0 6,9 3,0

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Jumeaux htrozygotes
t
Age/sexe Coumarine
(h)
Antipyrine
(h)
Phnylbutazone
(j)
EK 31/F 40,5 7,7 1,9
RK 31/M 35,0 7,3 2,1
Moyenne
des carts
10,5 5,3 1,0

Analyse de la distribution, au sein dune population, des paramtres pharmacocintiques dun
mdicament. Si cette distribution est unimodale, la population ne prsente pas de polymorphisme.
Si cette distribution est bi- ou plurimodale, il est probable quil existe deux ou plusieurs phnotypes
diffrents au sein de cette population, (voir ci-dessous lexemple du polymorphisme dactylation).

3. Polymorphisme dordre pharmacocintique

3.1. Polymorphisme dactylation des mdicaments

Connu depuis les annes 50, il peut tre tudi chez des sujets traits par lisoniazide (un
antituberculeux) qui est mtabolis principalement en actyl isoniazide et secondairement en acide
pyridine carboxylique.


Au sein dune population traite par lisoniazide, il est possible de distinguer des individus ayant une
activit dactylation rapide et des individus actyleurs lents. Cette distribution bimodale est due une
diffrence gntique touchant la capacit de biotransformation due lactivit de la N-
actyltransfrase. Ce polymorphisme a essentiellement t mis en vidence avec lisoniazide, mais il
concerne toutes les substances mtabolises par lactyltransfrase.

En pratique, on dtermine des histogrammes reprsentant le nombre de sujets en fonction de la vitesse
ou du pourcentage dactylation.
ISONIAZIDE
(Rimifon)
ACETYL ISONIAZIDE
N
O N
H
NH
2
O
N
O N
H
N
H
CH
3
N
O OH
CH
3
COOH
H
2
O
voie accessoire
Acide pyridine carboxylique
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Exemple : histogramme de frquence : nombre de sujets en fonction de la concentration plasmatique
de lisoniazide 6 heures aprs ladministration dune posologie quivalente disoniazide. La
distribution est bimodale.

Plusieurs paramtres pharmacocintiques peuvent tre utiliss pour analyser une population :
la demi-vie plasmatique ;
la concentration plasmatique ;
la concentration urinaire.

Mais en gnral, on utilise :
[mdicament actyl]
plasma

log
[mdicament non actyl]
plasma



Le pourcentage dactyleurs rapides dans une population europenne est denviron 50%. Ce
pourcentage est trs variable selon lethnie :

Groupes Ethniques % dactylateurs rapides
Egyptiens
Sudois
Tchques
Amricains
Philippins
Japonais
Esquimaux (canadiens)
18
32
40
48
72
88
100


Les consquences pratiques pour ce polymorphisme peuvent tre :
diminution de leffet thrapeutique chez un actyleur rapide ;
apparition de produits toxiques et risque accru deffet indsirables : les risques d apparition
deffets toxiques par surdosage, en particulier neurologiques sont plus levs chez un actyleur
lent. Par contre, chez les actyleurs rapides, la production de mtabolite ractif et toxique peut
prendre une grande importance do un risque dhpatotoxicit. En fait, on observe chez les
actyleurs rapides un pourcentage dhpatotoxicit plus lev que chez les actyleurs lents lorsque
la rifampicine est associe lisoniazide. La rifampicine est un inducteur de lactyltransfrase et
lhpatotoxicit est probablement due lactyl-isoniazide dont lapparition est favorise en
prsence de rifampicine.

En pratique, il faut dterminer le type dactylation chez les sujets prsentant un terrain particulier o
le risque dhpatotoxicit ou de polynvrite est augment. Par ailleurs, il est ncessaire dadapter la
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posologie sachant que la demi-vie plasmatique est de 6 h en cas dactylation rapide et de 24 heures en
cas dactylation lente.
Vivien et coll (Rev. Fr. Mal. Resp. 1973 : 1 :753-772) ont dvelopp une mthode simple dadaptation
de posologie de lisoniazide fonde sur la concentration plasmatique en isoniazide la 3
me
heure (H3)
aprs une prise orale. Les auteurs ont montr quil existait une corrlation linaire entre la dose
disoniazide (per os) et la concentration plasmatique en isoniazide : le rapport dose / concentration est
constant pour chaque patient ; la pente des droites dose /concentration a une valeur diffrente pour
chaque patient : cest lindice dactylation I3. En connaissant la concentration plasmatique la 3
me

heure : C3, on peut calculer pour chaque patient lindice dactylation I3 :
I3 = (C3 + 0 ,6) / dose (mg/kg)
Avec C3 en g/ml ou mg/l

I3 < 0,45 : actylateur rapide ;
I3 = 0,45-0,65 : population intermdiaire ;
I3 > 0,65 : actylateur lent

Lindice dactylation permet ensuite de dterminer la dose quotidienne disoniazide permettant
dobtenir une concentration recommande disoniazide de 1,5 g/ml la 3
me
heure :

[Poids (kg) x (0,6 + C3)] [Poids (kg) x (0,6 +1,5)]
Dose quotidienne mg /24 h =
I3
=
I3


3.2. Polymorphisme des CYP

Un polymorphisme est dcrit pour plusieurs isoformes de CYP notamment pour les CYP 2D6 ; CYP
2C9 ; CYP2C19 ; CYP 2B6 (voir site sur les CYP : http://medicine.iupui.edu/flockhart/table.htm

3.2.1 Polymorphisme CYP 2D6 dit polymorphisme dhydroxylation dbrisoquine/spartine
Il existe un polymorphisme dhydroxylation de la dbrisoquine (ganglioplgique antihypertenseur non
commercialis en France) et de la spartine ( analeptique cardiovasculaire, non commercialis en
France). Ce polymorphisme concerne le CYP 2D6, CYP mtabolisant ces 2 molcules, on parle de
polymorphisme debrisoquine/spartine ou polymorphisme du CYP 2D6.
Le polymorphisme dhydroxylation de la dbrisoquine a t mis en vidence en mesurant le
pourcentage de dbrisoquine hydroxyle par rapport la dbrisoquine non hydroxyle et en ralisant
un histogramme de frquence de ce pourcentage au sein dune population : lhistogramme obtenu a
une distribution bimodale avec 5 10% dhydroxyleurs lents (ou limites). Ce polymorphisme peut
dans certains cas expliquer une toxicit qui apparat dans une faible partie de la population pour des
mdicaments mtaboliss par le CYP 2D6.

Figure extraite de Dahl et coll., 1995. J. Pharmacol. Exp.Ther.
UM = ultra mtaboliseur
E.M. = mtabolisme extensif
P.M. = mtabolisme lent (poor)
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On distingue 3 phnotypes pour le CYP 2D6 :
Mtaboliseur rapide ou Ultra-metabolizer (UM) : vitesse de mtabolisation rapide : ils ont
plusieurs copies du gne normal
Mtaboliseur intermdiaire ou Extensive metaboliser (EM) : gne normal
Mtaboliseur lent ou Poor metabolizer (PM) : gne inactif ou absent.
Il y a environ 5-10 % de PM dans la population caucasienne.

Les consquences cliniques du polymorphisme dune enzyme implique dans le mtabolisme dun
mdicament sont :
Accumulation de la molcule mre pour les mtaboliseurs lents avec parfois risque deffets
indsirables, de toxicit ;
Pas deffet thrapeutique des prodrogues mtabolises par cette enzyme ;
Mtaboliseurs ultrarapides : pas deffet thrapeutique en raison de concentration trop faible
de la molcule active.

Exemples pour le polymorphisme du CYP 2D6 :
o perhexilline (un antiangoreux qui nest plus commercialis en France) : une toxicit neurologique
et hpatique a t observe chez des sujets mtaboliseurs lents avec dpt de perhexilline dans le
foie.
o pas deffet analgsique de la codine chez les mtaboliseurs lents :


Codine
CYP 2D6
Morphine

o non rponse au tamoxifne chez des mtaboliseurs lents (tamoxifne mtabolis en mtabolite
actif par le CYP 2D6)
o Absence de rponse thrapeutique certains mdicaments mtaboliss par le CYP 2D6 chez les
ultra mtaboliseurs : ex non rponse certains antidpresseurs (amitriptylline, clomipramine,
desimipramine) : il faudra utiliser un antidpresseur empruntant une autre voie mtabolique .

3.2.2 Polymorphisme CYP 2C9
Il existe un polymorphisme pour le CYP 2C9 (substrat du CYP 2C9 : ex phnytone, S-warfarine..).
Chez les mtaboliseurs lents : risque de toxicit la phnytone, risque accru dhmorragies avec la S-
warfarine. Il faut une dose de warfarine environ 30 % plus faible chez les mtaboliseurs lents par
rapport aux mtaboliseurs normaux.
Il y a environ 1-3 % de mtaboliseurs lents dans la population caucasienne.

3.2.3 Polymorphisme CYP 2C19
Il y a environ 3-5 % de mtaboliseurs lents pour le CYP 2C19 dans la population caucasienne et 15
20 % dans la population asiatique.
Le risque de toxicit est accru chez les mtaboliseurs lents pour certains mdicaments mtaboliss par
ce CYP, ex pour les inhibiteurs de la recapture de la srotonine (ex sertaline)

3.3. Autres exemples

Polymorphisme de la TPMT
La TPMT (thiopurine mthyl transfrase) est une enzyme implique dans le mtabolisme de
lazathioprine (Imurel

) et de la 6 mercaptopurine (Purinthol

) (voir figure ci-dessous) ;

mdicaments utiliss dans le traitement de certaines leucmies et dans le traitement et la prvention de
pousses aigus des maladies inflammatoires cryptogniques de lintestin (ex maladie de Crohn).
Il existe 3 gnotypes de TPMT associs 3 phnotypes : 89 % dhomozygotes normaux avec une
activit TPMT leve ; 11 % dhtrozygotes avec une TPMT activit intermdiaire et 1 personne
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sur 300 homozygotes muts dficiente en TPMT. Chez les sujets homozygotes muts, dficients en
TPMT, la prise dazathioprine ou de 6 mercaptopurine entrane une toxicit hmatologique
(leucopnie, aplasie mdullaire) lie une production plus importante de 6 thioguanine nuclotide.
Avant linstauration dun traitement par azathioprine ou 6 mercaptopurine, il est recommand de
raliser un phnotypage de la TPMT (mesure de lactivit de la TMPT in vitro sur un prlvement de
globules rouges) ou un gnotypage. Il faudra exclure le traitement par ces deux molcules chez les
homozygotes muts activit TPMT nulle ou trs faible et adapter la posologie chez les htrozygotes
en fonction de lactivit de la TPMT.

Mtabolisme de lazathioprine et de la 6-mercaptopurine
Dficit en cholinestrase
La succinylcholine est utilise en anesthsie gnrale pour bloquer la jonction neuro-musculaire, elle a
habituellement une dure daction trs brve car elle est rapidement mtabolise en choline et
monosuccinylcholine par des cholinestrases plasmatiques et hpatiques. Chez certains sujets, le
blocage de la jonction neuro-musculaire dure plusieurs heures plusieurs jours. Ces sujets ont une
forme anormale de pseudo-cholinestrase qui possde une affinit 100 fois moindre celle de
lenzyme normale, expliquant un mtabolisme trs lent.

Dficit en glucose 6 phosphate dshydrognase.
Cette enzyme catalyse la dgradation du glucose 6P en 6P gluconate, raction permettant la synthse
de glutathion rduit. En se combinant avec certains mtabolites ractifs, le glutathion empche les
substances oxydantes (ex. fve, certains mdicaments) de se fixer sur la membrane des rythrocytes
dont elles produisent la lyse (do une anmie hmolytique). Ce processus est dficitaire chez les
sujets ayant un dficit en glucose 6 phosphate deshydrognase.

En cas de dficit en cette enzyme, certains mdicaments peuvent provoquer une hmolyse, par
exemple :
- antimalariques (chloroquine, quinine)
- sulfamides antibiotiques
- nitrofuranes
- aspirine
- phnactine
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4. Polymorphisme dordre pharmacodynamique

La rsistance la warfarine est essentiellement dorigine pharmacocintique. Toutefois un
mcanisme de rsistance de type pharmacodynamique est propos : la rsistance la warfarine
pourrait aussi tre due une variation gntique de la vitamine K1 2,3 poxyde rductase empchant
une fixation irrversible de la warfarine.
Lhyperthermie maligne induite par les anesthsiques halogns est un accident rare mais trs
grave. Dans plus de 50 % des cas, lhyperthermie maligne est associe une mutation du rcepteur de
la ryanodine.
La tacrine est moins efficace chez des patients qui possdent lallle APO4 de lapolipoprotine
E que chez ceux qui ont lallle 2 ou 3. Dans ce cas, la variabilit pharmacodynamique ne concerne
pas directement le rcepteur. En fait, lApo E avec son rcepteur LDL joue un rle important dans le
transport des phospholipides, dont la phosphatidylcholine, maillon important de la synthse de
lactylcholine.
Polymorphisme du gne du transporteur de srotonine. Cette protine est un des transporteurs de
neurotransmetteur, elle est localise au niveau de la membrane du neurone prsynaptique et sa
principale fonction est la recapture de la srotonine. Cest la cible pharmacologique des inhibiteurs de
la recapture de la srotonine (exemple : Fluoxtine, Prozac). Plusieurs polymorphismes ont t
dcrits. Il semble que lefficacit de la fluoxtine est augmente chez des patients prsentant lallle
I du promoteur du gne de ce transporteur. De mme la probabilit dune absence de rponse
thrapeutique est de 83 % chez les patients qui nont pas cet allle I .

Pour en savoir plus

Johnson JA. : Pharmacogenetics : potential for individualized drug therapy through genetics
Trends in genetics 2003 : 19 (11) : 660-666.
Ingelman-Sundberg M. Pharmacogenetics of cytochrome P450 and its applications in drug
therapy : the past, present and future. Trends in pharmacological Sciences 2004 : 25 (4) : 193-200