Module de Base 3

Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprtation de lexamen cyto-bactriologique des urines(ECBU)

ED Infections Urinaires
Diagnostic, Techniques et Interprtation
de lExamen Cyto-Bactriologique des Urines (ECBU)
Objectifs
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.

Dfinir les termes : leucocyturie, hmaturie, bactriurie, cystite, pylonphrite

Expliquer les principaux mcanismes physiopathologiques de linfection urinaire
Citer les principales indications de lECBU
Dcrire les conditions de prlvement dun ECBU
Argumenter les intrts et les limites de la bandelette urinaire
Expliquer le principe de lECBU
Interprter un compte-rendu dun ECBU
Connatre les principales bactries responsables dinfections urinaires chez lhomme :
Bactries Gram positif : S. aureus, Enterococcus spp.
Bactries Gram ngatif : Entrobactries (E. coli +++), P. aeruginosa

Plan de cours

I- Introduction .........................................................................................................................2
II- Physiopathologie des infections urinaires......................................................................2

II.1- Infection ascendante ................................................................................................................ 2

II.2- Infection hmatogne ............................................................................................................... 2
II.3- Infections iatrognes nosocomiales....................................................................................... 2

III- Indications de l'ECBU .......................................................................................................2

IV- Prlvements ....................................................................................................................3
V- La Bandelette Urinaire.......................................................................................................3
VI- L'ECBU...............................................................................................................................4

VI.1- Cytologie urinaire .................................................................................................................... 4

VI.2- Culture, Interprtation des Rsultats .................................................................................... 4
VI.3- Bactries responsables des Infections Urinaires ................................................................ 5

VII- Antibiotiques oraux pour Infections Urinaires .............................................................6

VIII- Ouvrages et site de rfrence .......................................................................................6
Annexe 1 .................................................................................................................................7
Annexe 2 .................................................................................................................................8
Annexe 39

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Microbiologie- Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprtation de lexamen cyto-bactriologique des urines(ECBU)

I- Introduction
L'
urine est strile en dehors de toute infection. Elle peut tre souille lors de la miction par les
microorganismes de la peau et des muqueuses et les scrtions urtrales. Les erreurs d'
interprtation
sont nombreuses si le prlvement est incorrect.

II- Physiopathologie des infections urinaires

Il existe 3 types principaux d'
infections urinaires:
II-1 Infection ascendante:
les facteurs favorisants sont :
- les anomalies de l'
arbre urinaire, congnitales ou acquises,
- la contamination du mat urinaire par les bactries commensales d'
origine fcale
ou prinale,
- plus frquente chez la femme en raison de l'
urtre court (proximit du vagin avec
risque de contamination par la flore vaginale).
II-2 Infection hmatogne: fait suite une bactrimie.
II-3 Infections iatrognes - nosocomiales:
la suite de manuvres endoscopiques, de sondages, de cathtrismes.

*Les facteurs prdisposant sont:

- la prsence de calculs rnaux et vsicaux
- l'
existence d'
un reflux urtral
- la grossesse
- l'
hypertrophie prostatique
- les problmes neurologiques retentissant sur la vessie par perte du contrle sphinctrien
- l'
urtre court chez la femme
- le cathtrisme de la voie urinaire

*Les facteurs de virulence bactriens sont:

- l'
adhsion de la bactrie l'
pithlium vsical (rle des pili chez E. coli),
- au niveau rnal: l'
existence d'
une capsule bactrienne, la production d'
une hmolysine ou
d'
une urase (Proteus spp.),
- la colonisation du mat urinaire.

III- Indications de lECBU

Un examen des urines est ncessaire :
en cas de signes de cystite (infection superficielle de la paroi vsicale induisant brlures
mictionelles, envie imprieuses et frquentes, pollakiurie, dysurie), de pylonphrite
(infection du bassinet avec envahissement intersticiel du rein entranant la mme
symptomatologie que la cystite associe de la fivre et des douleurs lombaires) ou de
prostatite (fivre, frisson, douleurs pelviennes, tnesme rectal et troubles fonctionnels
urinaires)
si la bandelette urinaire est positive, ou en cas de pyurie ou dhmaturie
lors de fivre suprieure 39C (notamment chez le nourrisson)
lors de contrle dun traitement antibiotique aprs une infection urinaire
dans certaines circonstances cliniques : femme enceinte, diabte sucr,
immunodpression, malformation urologique, sondage urinaire, tat grabataire

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IV- Prlvements
Lors de la miction, l'
urine peut tre souille par les microorganismes et les produits des scrtions
dcolles au niveau du segment terminal de l'
urtre et du mat. Le sondage vsical, longtemps
considr comme indispensable, doit tre cart comme mthode courante en raison du risque
infectieux (jusque 4 %).
La qualit du prlvement conditionne la qualit de l'examen.

3 situations de recueil:
* Miction normale: Le 2 jet (milieu du jet) est recueilli le matin dans un rcipient strile ; le 1 jet
peut tre conserv en cas de suspicion d'
urtrite ou de prostatite. Une toilette soigneuse doit
prcder le recueil avec un antiseptique doux ou de leau savonneuse suivi dun rinage leau.
- Femme: toilette vulvaire, position accroupie ou gyncologique, grandes lvres cartes. Sil
y a des pertes vaginales, mme minimes, la mise en place dune protection vaginale est
indispensable
- Homme: toilette du gland et du mat urinaire
- nouveau-n: mise en place d'
une poche adhsive aprs toilette soigneuse du prine. Le
risque d'
introduire des germes fcaux est important. Le sac ne doit pas tre laiss en place
plus de 20 min. Renouveler le sac au-del de ce temps.
* Sonde demeure: Ne jamais prlever dans le sac collecteur. Clamper la sonde pendant 10 min.
Dsinfecter la sonde et ponctionner la sonde. Ne pas ouvrir la tubulure.
* Ponction sus-pubienne: idal pour recueillir une urine strile.
L'
urine, recueillie dans un pot strile, doit tre transmise au laboratoire dans les 2h suivant le
prlvement ou conserve + 4 C. Un dlai maximum de 24 h + 4 C permet de conserver toute la
validit de l'
examen cytologique. Un dlai plus long entrane des modifications de la population
bactrienne.

V- La Bandelette Urinaire
Lintrt essentiel du dpistage par les bandelettes urinaires rside dans sa possibilit de ralisation
au lit du malade et dans sa valeur prdictive ngative (VPN> 95%).
Le prlvement est identique celui dun ECBU.
La bandelette urinaire sert dpister :
une leucocyturie, par la dtection de lactivit estrasique
une bactriurie, par la dtection de nitrites
La bandelette urinaire ne peut pas tre utilise pour le dpistage dune bactriurie chez un patient
porteur de sonde. La prsence de nitrites est une caractristique des entrobactries qui transforme
le nitrate en nitrite. Les autres bactries nont pas cette capacit et ne sont donc pas dtectes par la
bandelette (Ex : Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus)
Lutilisation de la bandelette chez le sujet g non sond est une mthode fiable sous rserve du
respect des conditions dutilisation de la bandelette.

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Lors dun premier pisode de cystite aigu non complique (chez une jeune fille), une bandelette
urinaire positive suffit pour le diagnostic dinfection urinaire sans faire dECBU.

VI LECBU
VI-1 CYTOLOGIE URINAIRE (SCHMA I)
Le comptage des cellules seffectue ltat frais, dans une cellule numration (Kova slide). La
prparation est observe au microscope avec lobjectif X25.
* Hmaties - leucocytes
normalement: hmaties < 104/ml
leucocytes < 104/ml
* Cellules pithliales
- il existe quelques cellules pithliales rnales et vsicales l'
tat normal,
- leur prsence est augmente en cas de nphropathies tubulo-interstitielles aigus.
* Cylindres
Les cylindres sont forms dans la lumire du nphron par prcipitation de la muco-protine de TammHorsfall scrte par ces mmes cellules pour tre limines dans l'
urine.
.c. hyalins: normal, sans signification pathologique,
.c. leucocytaires: signe une raction inflammatoire aigu du parenchyme rnal,
.c. pithliaux: forms des cellules de l'
pithlium tubulaire lors d'
une desquamation massive
du nphron,
.c. granuleux: agglomrat de dbris cellulaires,
.c. cireux: stade ultime de la dgnrescence des cylindres granuleux aprs une stase
prolonge: en cas d'
insuffisance rnale chronique avance.
* Cristaux
- l'
urine est normalement sature en sels de calcium, phosphate, acide urique.
- leur prsence n'
a pas de signification pathologique sauf:
.a. urique: en cas d'
insuffisance rnale aigu donnant une hyperuricmie.
.cystine : en cas de cystinurie.
VI-2 CULTURE - INTERPRTATION DES RSULTATS (SCHMA II)
- il est conseill de dnombrer les bactries prsentes dans l'
urine afin de distinguer les germes
contaminants des germes potentiellement responsables d'
une infection urinaire. Le seuil significatif est
fix 105 bactries/ml. Un milieu densemencement CPS (bioMrieux) permet cette numration des
germes. Une ou deux espces isoles sont lorigine de linfection urinaire. Au del, le prlvement
est considr comme contamin par une flore polymicrobienne. Il doit tre effectu nouveau.
- la numration bactrienne est prise en dfaut :
. lors des mictions nombreuses et rptes, empchant la multiplication massive des
bactries dans la vessie.
. lorsque l'
infection est ailleurs que dans la vessie (bassinet, prostate, tissu para-urtral).
. en cas de pH basique des urines.
. en cas de prsence de substances antibactriennes dans les urines.
. lors des infections par des bactries croissance lente
- un rsultat d'
urine s'
interprte en associant la cytologie et la bactriologie.

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* Exemples de rsultats:
Cas 1 : leucocyturie: < 104/ml
bactriurie: 104/ml
Etiologie : urine normale, ne pas refaire l'
ECBU
Cas 2 : leucocyturie: < 104/ml
bactriurie 105/ml
1 espce = - infection dbutante, refaire ECBU aprs un traitement ATB (J3)
- terrain immuno-dprim : infection urinaire
- infection chronique
- infection sur sonde
plusieurs espces (> 2): contamination
Cas 3 : leucocyturie: > 104/ml
bactriurie > 105/ml
1 espce ou 2 espces dans 2 prlvements
Etiologie : infection urinaire
Cas 4 : leucocyturie: > 104/ml
bactriurie: 104/ml
Etiologies : infection urinaire traite et poursuivre
tuberculose urinaire
infection urtrale: 1 jet (gonocoque, Chlamydia trachomatis,
Mycoplasme)
souillure vaginale: refaire
causes non bactriennes:
mdicaments(= phnactine: leucocyturie interstitielle chronique)
malformations urologiques
maladie nphrologique avec rein inflammatoire ou traumatique
leucmie, tumeur
infection virale ou parasitaire (candidurie)

VI- 3 BACTRIES RESPONSABLES D'INFECTIONS URINAIRES

*Milieu Hospitalier :
Escherichia coli (40%) Proteus indole +
Providencia, Klebsiella, Serratia, S. aureus
Pseudomonas
*Milieu Communautaire :
E. coli (80%)
Entrocoques

Proteus mirabilis

*Femme en priode d'

activit gnitale :
Streptocoque B

Staphylococcus saprophyticus

* Recherches particulires signaler au laboratoire:

- leptospires
- B.K.
- anarobies
- gonocoque

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VII- Antibiotiques Oraux pour Infections Urinaires (Tableau I)

Utilisation dantibiotiques limination urinaire
Ampicilline, amoxicilline: 37 50% des bacilles Gram ngatif sont rsistants par production de lactamases. Trs utile chez la femme enceinte.
Amoxicilline+acide clavulanique: actif contre la plupart des bacilles Gram ngatif rsistant
l'
ampicilline. Trs utile chez la femme enceinte.
Cphalosporine de 1re et 3e gnration: spectre plus large que l'
ampicilline mais inactif vis vis des
streptocoques. Utile chez la femme enceinte.
Cotrimoxazole: intressant pour les traitements sans diagnostic bactriologique prcis. Rsistance
en nette progression : Ne sont plus utiliss en premire intention.
Nitrofurantoine et drivs: antiseptiques actifs pH acide (pas pour les infections Proteus), pour
les infections urinaires non compliques. Utiliss en monodose.
Acide nalidixique: pour les infections non compliques bacilles Gram ngatif ou aprs un chec
dun traitement monodose. Inactif sur les Gram positif. Contre-Indiques chez la femme enceinte.
Fluoro-quinolones (+++) : trs large spectre. Actif sur la majorit des germes responsables
dinfections urinaires, aprs un chec dun traitement monodose, pour les infections svres, dont
celles Pseudomonas aeruginosa. Inactif sur les entrocoques (>50% de rsistance). ContreIndiques chez la femme enceinte.

VIII- Ouvrage et site de rfrence

PILLY, Ed. 2M2
Abrg de bactriologie, Ed. MASSON
Internat 2004, Maladies Infectieuses, Ed. Vernazobres Grego
http://lyon-sud.univ-lyon1.fr - Rubrique Cours en ligne DES bactriologie

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Annexe 1

Schma I : Principe de lECBU

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Annexe 2

Schma II : Interprtation dun ECBU

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Microbiologie

Infections Urinaires - Diagnostic, techniques et interprtation de lexamen cyto-bactriologique des urines(ECBU)

Annexe 3

Tableau I : Principaux types dinfections urinaires et leur traitement. Tir de : JP Lavigne, V Le Moing, A Sotto. Quels antibiotiques utiliser en pratique
courante dans les infections urinaires communautaires en France ?. Spectra Biologie. 2005
Formes cliniques

Antibiothrapie de 1re intention1

Infection urinaire basse non complique de la pfloxacine 800mg

femme jeune
ou ofloxacine 400 mg
ou cirpofloxacine 500 mg
ou fosfomycine-tromtamol 3g
ou nitrofurantone 50 100 mg
ou cotrimoxazole 1g

monodose- po

norfloxacine 800 mg/j

lomfloxacine 400 mg/j
Infection urinaire basse de la femme
(autres situations)
Pylonphrite non complique
Pylonphrite complique
Infection urinaire basse au cours de la grossesse

Dure

Commentaires

Utilisation dAB limination urinaire prolonge.

Indications : femme de moins de 65 ans, non
enceinte, sans fivre ni douleur lombaire, voluant
depuis moins de trois jours, sans antcdents
urologiques ou nphrologiques, en labsence de
pathologie sous-jacente svre (diabte sucr,
immunodpression) et sans intervention ou
endoscopie urologique rcente.

3 jours - po

Quinolone (acide nalidixique 100mg x2)

ou FQ (norfloxacine 400mg x2) po
ou C3G (cfixime 200mg x2) po
ou AMC (500mg x2) po
C3G (cefotaxime 1g x3/j ou ceftriaxone 1g) iv
ou FQ (ofloxacine 200 mg x2/j (po ou iv)
ou ciprofloxacine 750mg x2/J po ou 200mg x2/j iv)
Aminoside 3 5 mg/kg 1 injection (7 10 jours)
2
+ C3G inj ou FQ
Pni A (500mg x3) ou cphalosporine (cfuroxime
500mg x2)

7 10 jours

Echec du traitement court, femme > 65 ans, terrain

(diabte sucr, immunodpression)

10 21 jours
21 jours au moins

Pylonphrite au cours de la grossesse

C3G iv puis po 3

Courte : 3 jours
Conventionnelle :
10 jours
15 21 jours

Prostatite aigu

C3G iv ou FQ po aminosides

4 6 semaines

Prostatite chronique

Fonction de lantibiogramme

12 semaines

Bactriurie asymptomatique

Selon le contexte

Association dun traitement urologique

Traitement initi lhpital

ECBU 1/mois jusqu laccouchement

Le choix se porte surtout sur les FQ,

ventuellement le cotrimoxazole ; les cyclines sont
indiques en cas dinfection Chlamydia
Cf Confrence de Consensus 2002

Lantibiothrapie est guide secondairement par lantibiogramme. Lorsque le traitement a t initi par voie intra-veineuse, le relais per os est habituellement pris aprs
rmission des signes infectieux. 2Le choix de la C3G ou de la FQ est le mme que pour la pylonphrite non complique. 3Le choix de la C3G est le mme que pour la
pylonphrite non complique.
iv : administration intra-veineuse ; po : per os ; AMC : amoxicilline + acide clavulanique ; FQ : fluoroquinolone; C3G : Cphalosporine de 3e gnration

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