Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
biologie
ALTE DOCUMENTE
Cicuitul carbonului n natura
Proteinele
Stomacul
AMINO-ACIZI, PROTEINE, MONOZAHARIDE SI
VIATA
LEUL
Phylum CNIDARIA (Celenterate)
TESUTURILE
Ecosisteme acvatice
Curiozitati animale
Ochiul uman instrument optic
Search
Acizii nucleici pot fi impartiti in 2 mari clase, intre care exista diferente structurale si functionale: acizii
ribonucleici (ARN sau RNA) si acidul dezoxiribonucleic (ADN sau DNA).
Ambele macromolecule prezinta din punct de vedere chimic o structura polinucleotidica, construita cu ajutorul
legaturilor fosfodiesterice si avand in componenta pentoze facand din ADN si ARN molecule inrudite. Exista insa
diferente nete la nivelul structurii:
-
pentoza din ARN este reprezentata de riboza iar in ADN de deoxiriboza, o riboza in care gruparea hidroxil
de la carbonul 2 lipseste fiind, inlocuita cu hidrogen.
ARN are o structura predominant monocatenara iar ADN are o structura bicatenara.
ADN-ul, structura polinucleotidica dublu catenara, formeaza genomul unui organism, cu alte cuvinte, totalitatea
genelor care poarta informatia acelui sistem biologic. ADN-ul este prezent in nucleul celulelor (si in mitocondrii) sub
forma de cromatina sau cromozomi pentru animalele eucariote.Pentru procariote exista un cromozom circular in
citoplasma, compactat -prin formarea unor superhelixuri cu ajutorul unei enzime numita ADN giraza. Plasmidele sunt
unitati mici de ADN specifice bacteriilor (exemplu: plasmidele care codifica rezistenta la antibiotice).
La eucariote cromatina apare in nucleul celulelor in perioadele de repaus. In momentul inceperii mitozei
cromatina se organizeaza in cromozomi, complexe ADN-proteine cu numar diferit de la specie la specie (la om 44xy sau
44xx).
Lungimea de aproximativ 2m a ADN-ului eucariotelor face necesara o supercompactare a acestei molecule
care trebuie sa incapa intr-un nucleu cu dimensiuni de ordinul micronilor. Aceasta superhelicare se realizeaza cu ajutorul
unor proteine speciale numite histone. Exista 5 clase de histone (H1, H2a, H2b, H3, H4) care realizeaza un miez proteic
pe care ADN-ul se infasoara de aproximativ doua ori. Histona H1 nu intra in structura miezului dar are un rol in
stabilizarea structurii. Celelalte histone formeaza un octamer(2H2a-2H2b-2H3-2H4) care impreuna cu 2 spire de ADN
formeaza un nucleozom. Deci cu ajutorul histonelor ADN-ul eucariot esteimpachetat de mai multe ori formandu-se o
structura super spiralata.
Exista si proteine nehistonice in nucleu, mai mult de 1000 de tipuri, cu functii diverse: diferiti factori de
transcriptie, polimeraze, receptori hormonali, etc. Hertonele, de exemplu, au rol in modificarea structurii
hipercompactate a ADN-ului in vederea citirii genelor existente la acest nivel.
Nu toate nucleotidele din lantul ADN (numarul lor total fiind de aproximativ 3,5 miliarde de perechi) codifica informatia
necesara sintezei de proteine. Exista 3 tipuri de portiuni in
aceasta molecula:
-
Zone inalt repetitive construite din 6-10 perechi de baze ce se repeta de sute de mii de ori.
Zone non-repetitive, portiuni corespunzatoare genelor, detinatoare de informatii ce sunt stocate prin
insiruirea intr-o anumita ordine a celor 4 litere ale alfabetului genetic: A, T, C, G. La eucariote, o gena
apare doar o singura data in tot genomul, exceptie facand doar cateva gene care se pot repeta, de
exemplu genele care codifica histonele sau ARN-ul ribozomal.
Tot in cazul eucariotelor, s-a observat in ADN prezenta unor portiuni nepurtatoare de informatie chiar in
interiorul genelor. Acestea poarta numele de introni si, in procesul de biosinteza proteica vor fi copiate pe ARN mesager
dar vor fi apoi excizate. Doar genele pentru histone si genele procariotelor nu prezinta introni.
Lantul unei catene de ADN este format prin insiruirea celor 4 tipuri de nucleotide care se unesc intre ele cu
ajutorul acidului fosforic. Astfel, se formeaza legaturi fosfodiesterice intre deoxiriboza unui nucleotid si o
deoxiriboza a urmatorului, in pozitiile 5' si 3'. Scheletul va fi deci construit dintr-o succesiune deoxiriboza-acid fosforic, de
fiecare pentoza fiind legata cate o baza azotata.
Legaturile 5'-3' vor conferi un sens pentru fiecare dintre cele 2 catene care se infasoara una in jurul celeilalte deci se
poate vorbi de o catena cu sens 5'-3' si de o catena cu sens invers, 3'-5' numita si catena antisens (catene antiparalele).
S-a demonstrat ca ADN-ul adopta aceasta conformatie dublu helicoidala din ratiuni de stabilitate
energetica. Structura este stabilizata astfel prin interactiunea dintre bazele azotate care se plaseaza in interiorul dublului
helix. Aici apar legaturi de hidrogen intre bazele de pe o catena si bazele de pe cealalta catena conform unui principiu al
complementaritatii. Acest principiu postuleaza ca intotdauna adenina se leaga de timina prin 2 legaturi de hidrogen si
guanina se leaga de citozina prin 3 legaturi de hidrogen.
Cele 2 catene pot fi despartite in anumite conditii (de exemplu temperatura si pH) prin desfacerea legaturilor de
hidrogen. Acest fenomen se numeste denaturare si este reversibil, prin revenirea la conditiile initiale, procesul numinduse renaturare. S-a observat ca zonele cu o cantitate mai mare de guanina si citozina sunt mai greu de denaturat din
cauza legaturii de hidrogen in plus dintre acestea.
Hibridizarea reprezinta procesul de renaturare a doua catene provenind de la 2 acizi nucleici diferiti, tehnica prin
care se poate aprecia de exemplu, gradul de potrivire a acizilor nucleici provenind de la specii diferite.
Exista mai multe posibilitati de structurare a dublului helix (A,B,Z), cea mai raspandita fiind forma B. Aceasta
forma se prezinta ca o elice formata din doua lanturi antiparalele, stabilizata prin legaturile de hidrogen din interior.
Diametrul este de 20 A, pasul elicei (distanta pentru o rotatie completa de 360) este de 34 A si cuprinde o spira cu 10
perechi de nucleotide. Deci distanta dintre 2 nucleotide de pe acelasi lant este de 3,4 A. Exista doua zone numite
jgeaburi (unul mare si unul mic), importante penru ca aici se poat face un contact mai intim intre diferite substante
(medicamente, proteine) si molecula de ADN.
Se poate vorbi deci de mai multe posibilitati de abordare structurala a ADN-ului:
Structura primara, care ne arata insiruirea bazelor azotate pe scheletul format din pentoze unite prin punti
fosfodiesterice. (vezi figura 2)
Structura secundara, care ne arata forma de dubla elice stabilizata de puntile de hidrogen dintre bazele
azotate complementare.
Exista 3 procese esentiale in manipularea informatiei genetice pentru orice celula vie:
1.
Replicarea ADN - reprezinta procesul prin care cantitatea de ADN dintr-o celula se dubleaza si se regaseste practic
neschimbata in fiecare dintre celulele fiice.
2.
Transcriptia - reprezinta procesul prin care o parte din informatia de pe ADN este copiata pe ARN (o genaun ARN
mesger).
3.
Translatia - reprezinta procesul prin care informatia din ARN este folosita la sinteza unei proteine in ribozomi.
REPLICAREA ADN
Toate celulele se divid in timpul vietii, unele dintre ele sufera mai multe diviziuni si altele se divid de un numar
limitat de ori.
Ribonucleotidele necesare sintezei unui ARN care va folosi ca punct de plecare pentru
sinteza ADN (ATP, GTP, CTP, UTP)
Ioni de magneziu
b. ADN primaza - enzima care produce mici fragmente de ARN, necesare inceperii
procesului de replicare.
c.
leaga de timina prin 2 legaturi de hidrogen si guanina de citozina prin 3 legaturi de hidrogen,
conform principiului complementaritatii;A=T, G=C). Enzimele implicate in acest proces se
numesc helicaze. Astfel pe catenele eliberate se poate construi o noua catena de ADN. Deci in
fata enzimelor care realizeza replicarea se afla aceste helicaze care separa cele 2 catene.
Prin separarea celor 2 catene dubla elice a ADN-ului devine din ce in ce mai tensionata.
Aceasta situatie ar putea duce la oprirea replicarii daca nu ar exista topoizomerazele care
detensioneaza ADN-ul. Topoizomeraza 2 numita si ADN giraza poate induce tensionari
negative, inverse tensionarilor produse de helicaza permitand continuarea procesului. Astfel
se poate explica actiune antimicrobiana a acidului nalidixic (negram) care inhiba ADN giraza
si blocheaza deci diviziunea bacteriana. Topoizomeraza 1 detensioneaza ADN-ul suprahelicat
pentru ca poate sadesfaca o legatura fosfodiesterica de pe o catena a ADN-ului permitand
relaxarea elicei (catena rupta se roteste in jurul celelalte catene). Dupa detensionare catena
desfacuta se poate reface deoarece fenomenul este reversibil, mai mult decat atat neavand
nevoie de energie pentru ca aceasta energie este conservata cu ajutorul unui rest de tirozina
din enzima.
Odata desfacut si detensionat, pe ADN-ul mama se poate incepe construirea celor 2
catene a noului ADN.Pentru aceasta este nevoie de mici molecule de ARN numite primeri sau
initiatori (au 5-10 nucleotide). Acestea sunt realizate cu ajutorul ADN primazei.
De la capatul 3` al ARN-ului initiator pleaca sinteza ADN-ului propriu zis prin
adaugarea succesiva a deoxinucleotidelor care se unesc prin legaturi fosfodiesterice. Molecula
fiica nou constituita respecta cu strictete ADN-ul matrita astfel incat daca pe ADN-ul mama
exista timina acolo va veni adenina, pentru citozina va veni guanina, s.a.m.d. , conform
principiului complementaritatii. Enzima necesara este ADN polimeraza III.
Replicarea la eucariote
Se face asemanator cu cea de la procariote. Exista totusi o serie de particularitati:
-
originea replicarii: la eucariote viteza este mai mica si s-ar parea ca nu exista explicatie
cum aprope 2 metri de ADN care contine in jur de 3 miliarde jumatate de baze
nucleotidice pot fi copiate doar in aproximativ 8 ore. Dar explicatia este foarte simpla
pentru ca exista mai multe origini de replicare, aproximativ una la cateva zeci de mii de
baze care functioneaza in acelasi timp. Aici, in momentul inceperii copierii fiecare origine
are cate un replizom care se ocupa de ambele catene ale ADN-ului. Fidelitatea este si mai
mare, riscul erorii fiind de una la cateva miliarde.
exista un mecanism propus pentru catena 5`-3` a ADN-ului mama in momentul copierii.
Se pare ca la nivelul replizomului aceasta catena poate face o bucla care permite folosirea
complexului de sinteza in acelasi sens ca in cazul catenei 3`-5`.
biosinteza ADN apare in faza S a diviziunii celulare, intreaga cantitate de ADN si histone
(necesare "impachetarii") fiind dublata complet.
TRANSCRIPTIA ARN
Reprezinta un proces absolut necesar de transfer a informatiei genetice de pe ADN (o portiune a ADN-ului
numita gena) pe ARN-ul mesager. Acesta estemodalitatea de transport a informatiei care se gaseste in nucleu la
ribozomii din citoplasma in vederea sintezei proteinelor.
Exista situsuri reglatoare ale transcriptiei situate in fata situsurilor promotoare care
supravegheaza frecventa transcrierii. Pe de alta parte promotorii pot imprima viteze diferite
procesului ceea ce face ca anumite gene sa fie mai active decat altele.
Exista diferite substante care pot bloca transcrierea. Exemple: actinomicina modifica
structura ADN-ului matrita si acesta nu mai poate fi copiat; rifampicina, chimioterapic folosit
in tratarea TBC-ului si activ pe un spectru larg microbian inhiba ARN-polimeraza bacteriana.
ARN-ul mesager astfel obtinut difera la procariote fata de eucariote. Astfel in ARN-ul
procariot molecula estecontinua deci intreaga informatie de aici poate fi folosita pentru
sinteza proteinelor. In ARN-ul eucariot s-a observat prezenta unor portiuni repetitive de
nucleotide numite introni care nu detin nici o informatie pentru sinteza proteica.
Acesta este motivul pentru care ARN-ul mesager primar este mult mai lung decat ARN-ul
mesager folosit de ribozom.Deci intronii trebuie excizati si pastrate doar portiunile cu
informatie utila numite exoni.
Cu ajutorul unor enzime speciale care recunosc capetele fiecarui intron (exemplu: ARN
U1) acestia sunt eliminati si capetele libere ale exonilor sunt sudate.
Prin autocataliza, fenomen remarcabil care pune pentru prima data in discutie posibilitatea
catalitica a unui compus neproteic. Deci chiar ARN-ul ribozomal isi autoelimina intronii
printr-un proces care genereaza o bucla (reprezentata de intron), eliminarea acestei bucle
cu ajutorul guanozinei si coaserea exonilor.
a.
b. ARN-ul de transfer este molecula care transporta fiecare din cei 20 de aminoacizi la locul
de sinteza.
c.
a. ARN-ul ribozomal prin asociere cu proteine si lipide constituie ribozomul sau corpusculul
lui Palade. Ribozomul esteconstruit din 2 subunitati, una mica (30S la procariote si 40S la
eucariote) si una mare (50S la procariote si 60S la eucariote). Astfel
ribozomul va avea constanta de sedimentare 70S la bacterii si 80S la organismele superioare.
Precum am vazut, ribozomul prezinta 2 situsuri speciale: situsul A care este sediul
ARN-ului de transfer ce vine cu aminoacizii necesari sintezei proteice si situsul P ce
gazduieste ARN-ul de transfer legat de un lant polipeptidic deja sintetizat.
Procesul de sinteza proteica poate fi schitat sumar prin interactiunea celor 3 tipuri de
ARN. Cu alte cuvinte informatia din ARN-ul mesager este citita in ribozom si transpusa in
proteine, aminoacizii necesari fiind adusi de ARN-ul de transfer.
Mai multi ribozomi pot citi simultan acelasi ARN mesager pe care il parcurg in acelasi
sens. Se constituie astfel un poliribozom, structura ce permite accelerarea sintezei proteice.
b. ARN-urile de transfer sunt molecule mici cu o forma care poate fi asemanata cu un "trifoi
cu patru foi" sau cu o "cruce". La un capat al unuia din brate (capatul 3` terminal) toti ARNt
au secventa CCA. Aici se fixeaza unul din cei 20 de aminoacizi. Deci exista cel putin 20 de
tipuri de ARNt. In realitate exista mai multe tipuri pentru ca un aminoacid poate fi transportat
de diferiti ARNt. O regula este insa sigura: fiecare ARNt ce transporta un aminoacid are la
bratul diametral opus o secventa de 3 nucleotide numita anticodon care este strict specifica
aminoacidului transportat. Anticodonul trebuie sa se potriveasca perfect prin
complementaritate cu codonul corespunzator de pe ARN-ul mesager.
S-a demonstrat ca informatia genetica este foarte bine organizata. Astfel la nivelul
ADN-ului, exceptand portiunile care nu codifica nici o informatie si sunt doar zone
polinucleotidice repetitive sau moderat repetitive, informatia pentru fiecare
proteina este organizata in gene. O gena reprezinta deci un grup mai mare sau mai mic de
nucleotide purtatoare de informatie. Un codon reprezinta 3 nucleotide. Fiecare codon
codifica un aminoacid. Fiecare gena codifica o proteina. Deci ARN-ul mesager copie toti
codonii unei gene transportand in acest fel informatia pentru fiecare aminoacid.
La nivelul ribozomului fiecare codon se potriveste cu anticodonul complementar de pe
ARNt si aceasta estemodalitatea prin care aminoaciziii sunt adusi in ordine, uniti prin legaturi
peptidice si transformati in proteine.
Se poate face o comparatie intre modul de stocare a informatiei in meomoria calculatoarelor si
acizii nucleici. Pentru calculatoare limbajul primar este in baza 2 (binar), pentru acizii nucleici
limbajul este in baza 4 (patru nucleotide) si este transferat proteinelor ca limbaj in baza 20 (20
de aminoacizi). Codul genetic reprezinta "alfabetul" necesar sintezei de proteine si ne arata
care codoni (3 nucleotide) corespund fiecaruia dintre cei 20 de aminoacizi.
Biosinteza proteinelor (translatia) se realizeaza in 5 etape:
1. Activarea aminoacizilor.
2. Initierea lantului polipeptidic.
3. Elongarea lantului polipeptidic.
4. Terminarea lantului polipeptidic si eliberarea acestuia.
5. Prelucrari post traducere ale proteinei sintetizate.
1. Activarea aminoacizilor este necesara inceperii biosintezei si poate fi explicata in 2 etape:
-
In a doua etapa complexul cedeaza aminoacidul unei molecule de ARNt, specifica acelui
aminoacid (deoarece anticodonul ARN-ului corespunde codonului de pe ARN-ul mesager
care codifica aminoacidul respectiv).
Pentru realizarea legaturii peptidice intre aminoacizi este nevoie de o enzima numita
peptidiltransferaza, un factor de elongare G si consum de energie.
Toxina difterica, molecula foarte toxica fabricate de Corynebacterium diphtheriae microorganismul care provoaca difteria - blocheaza sinteza proteica prin inhibarea unui singur
factor de elongare. Astfel, o singura molecula poate distruge o celula.
4.
Terminarea sintezei se face cand pe ARN-ul mesager ce trece prin ribozom apare un
codon care nu codifica nici un aminoacid. Acesta se mai numeste codon stop sau nonsens si
nu exista un ARN de transfer cu anticodonul corespunzator. In acest moment polipeptidul
sintetizat se desface de ARNt, acest ultim ARNt este eliberat din ribozom si ribozomul se
desface din nou in cele doua subunitati fiind pregatit pentru o noua sinteza. ARNm dupa
copiere esteeliminat prin hidroliza.
Sinteza de proteine necesita deci un complex de factori, o mare cantitate de energie si
se desfasoara foarte rapid (100 de aminoacizi pot fi legati in 5 secunde).
La eucariote aminoacidul initiator este metionina, si viteza de sinteza este mult mai mare
decat la procariote.
Procesul inhibat
Mitomicina
Replicare
Acid nalidixic
Rifampicina
Actinomicina
Replicare
Transcriere
Transcriere
Streptomicina
Translatie
Cloramfenicol
Translatie
Tetraciclina
Translatie
Eritromicina,Azitromicina
Translatie
Puromicina
Translatie
Kanamicina
Translatie
Mecanismul de actiune
Impiedica separarea
catenelor de ADN
Inhiba ADN giraza
Inhiba ARN polimeraza
Se fixeaza pe ADN
Inhiba legarea ARNt
initiator la subunitatea 30S
Inhiba peptidil transferaza
Inhiba legarea ARNt la
ribozomi
Blocheaza subunitatea 50S
Blocheaza elongarea
inhiband competitiv ARNt
Inhiba citirea codului
genetic
Difterica
(C. Diphtheriae)
Toxina A
(Bacilul pioceanic)
Toxina Shiga
(S. dysenteriae)
Mecanisme de actiune
(acceptori de ADP-riboza)
Factorul de elongare 2
(EF-2)
EF-2