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www.emmsb.lncc.br
APOIO E FINANCIAMENTO
CNPq Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientfico e Tecnolgico
CAPES Coordenao de Aperfeioamento de Pessoal de Nvel Superior
FAPERJ Fundao de Amparo Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro
LNCC Laboratrio Nacional de Computao Cientfica
IBCCF Instituto de Biofsica Carlos Chagas Filho/UFRJ
FIOCRUZ Fundao Oswaldo Cruz/RJ
COMISSO ORGANIZADORA
Ernesto Raul Caffarena - PROCC-FIOCRUZ/RJ
Pedro Geraldo Pascutti - IBCCF - UFRJ
Laurent Emmanuel Dardenne - LNCC/MCTI
Priscila V. S. Z. Capriles - UFJF
Diego E. B. Gomes - IBCCF - UFRJ
Fabio L. Custdio - LNCC/MCTI
Paulo R. Batista - PROCC-FIOCRUZ/RJ
Mauricio Costa - PROCC-FIOCRUZ/RJ
SECRETRIA
Snia Brando LNCC/MCTI
ORGANIZAO
Instituto de Biofsica Carlos Chagas Filho - IBCCF - UFRJ
Programa de Computao Cientfica - PROCC - FIOCRUZ/RJ
Laboratrio Nacional de Computao Cientfica - LNCC/MCTI
PALESTRANTES
Raul Grigera Universidad Nacional de La Plata Argentina
Bruno Horta PUC/RJ
Fabio Custdio LNCC
Priscila Capriles UFJF
Kaline Coutinho USP
Hubert Stassen UFRGS
Werner Treptow UnB
Dave Ritchie (INRIA/Nancy Grand-Est - LORIA Frana)
Fernando Barroso USP/FCFRP
Gerd Bruno UFPB
Hugo Verli UFRGS
Maurcio Santanna UFRRJ
Laurent Dardenne LNCC
Ernesto Caffarena FIOCRUZ/RJ
Rafaela Salgado Ferreira UFMG
Floriano Paes FIOCRUZ/RJ
Kleber C. Mundim UnB
Thereza Soares UFPE
Rafael C. Bernardi Beckman Institute
Paulo Ricardo Batista FIOCRUZ/RJ
Tcio Fernandes UFRJ
PROGRAMAO
SEGUNDA-FEIRA - 18/08/2014 (Introduo modelagem molecular e predio de
estruturas)
HORA
PALESTRA
PALESTRANTE
09:00 10:00
Bruno Horta
10:45 11:00
Coffee-Break
11:00 11:30
Raul Grigera
13:00 14:00
Almoo
14:30 19:00
Minicursos
Fabio Custdio
Priscila Capriles
10:45 11:00
Coffee-Break
11:00 11:30
Bruno Horta
Kaline Coutinho
Hubert Stassen
Werner Treptow
13:00 14:00
Almoo
14:30 19:00
Minicursos
Dave Ritchie
Fernando Barroso
10:45 11:00
Coffee-Break
11:00 11:30
Hugo Verli
13:00 14:00
Almoo
14:30 15:00
Palestra Intel
15:00 19:30
Minicursos
19:30 21:00
Cocktail
PALESTRANTE
Maurcio Santanna
Laurent Dardenne
10:30 10:45
Coffee-Break
Ernesto Caffarena
Rafaela S. Ferreira
Floriano Paes
13:00 14:00
Almoo
14:30 19:00
Minicursos
PALESTRANTE
Kleber C. Mundim
Thereza Soares
10:30 10:45
Coffee-Break
Rafael C. Bernardi
11:30 12:15
12:15 13:00
Tcio Fernandes
13:00 14:00
Almoo
14:30 17:30
17:30 18:30
18:30 19:00
Raul Grigera
PSTERES
(Identificao do pster Autores Ttulo do trabalho)
1
Anderson H. Lima, Alberto M. dos Santos, Jernimo Lameira e Cludio Nahum Alves
Gisele Vieira Rocha, Paulo Srgio Lopes de Oliveira e Floriano Paes Silva Junior
Jos Fernando R. Bachega, Lus Fernando S.M. Timmers , Osmar Norberto de Souza,
Ciraco Pinheiro
Modelagem Molecular de Dispiro-1,2,4-Trioxanos Antimalricos
16
Carina Mucciolo Melo, Sheyla Lucena, Eloah Rabello Suarez, Maria Bethania Rossi
Piva, Helena Bonciani Nader, Monica Valdyrce Dos Anjos Lopes Ferreira e Maria Aparecida da
Silva Pinhal
Seleo de peptdeos ligantes de heparam sulfato por sistema de Phage Display
18
Andrei Santos Siqueira, Ronaldo Correa da Silva, Adonis de Melo Lima, James Siqueira
Pereira, Juliana Simo Nina de Azevedo, Leonardo Teixeira Dall Agnol e Evonnildo Costa
Gonalves
Modelagem Molecular da Subunidade Maior da Ribulose -1,5- bifosfato carboxilaseoxigenase (RuBisCO) da Cianobactria Cyanobium sp. CACIAM 14
21
Lu F. S. Oliveira, Helieverton G. Brito, Jos Ciraco Pinheiro, Julio L.S Miranda, Sady
Study and Development of spherical harmonics based methods for ligand similarity
analysis
26
Wesley Alves, Reinaldo Oliveira, Bruno Macedo, Diego Gomes, Rafael Linden, Pedro
Raquel C. de Melo-Minardi
Visual strategies to reveal patterns of protein-ligand interactions
28
Vincius Contessoto, Debora Lima , Ronaldo Oliveira,Aline Bruni, Jorge Chahine, Vtor
Leite
Analyzing the effect of homogeneous frustration in protein folding
29
Maycon Jos dos Santos Pereira, Amanda R. S. Oliveira; Clauber H. S. Costa; Ricardo
Ana C. A. Vig, Eduardo F. Franca, Luiz C. G. Freitas , Osvaldo N. O. Jr, Fabio L. Leite
Development of a computer-assisted nanobiosensor for pesticide monitoring
40
Ana Clara Negreiros Parente Capela Sampaio, Disraeli Cavalcante Araujo Vasconcelos,
Identification and modeling of GH3 and GH9 glycosyl hydrolase from Achatina fulica's
metagenome
43
Building the transmembrane and intracellular domains of Toll Like Receptor 1 (TLR1) in
complex with a Dipalmitoylphosphatidylcholine membrane and analysis of the influence
of the I602S mutation in the structure
44
Marcos Tadeu Geraldo, Agnes Alessandra Sekijima Takeda, Antnio Srgio Kimus Braz
e Ney Lemke
As bases da interao de complexos de importao nuclear mediados por Importina-alfa:
protenas Ku70 e Nucleoplasmina como modelos de estudo
46
Amanda Lima Barros, Roberta Pereira Dias, Severino Alves-Jr, and Thereza Amlia
Soares
Characterization of HostGuest Interactions in MOF-based Drug Delivery Systems
47
Joo Augusto Pereira da Rocha, Fabiano Reis da Silva, Marcio Roberto Teixeira Nunes,
Joo Ldio da Silva Gonalves Vianez Jnior, Luiz Guilherme Machado de Macedo
Estudo via MMPBSA e MMGBSA de inibidores da enzima Diidroorotato Desidrogenase da
Leishmania major
48
In silico
Analysis of the Human Protein VAPB in Familial Amyotrophic Lateral Sclerosis Type 8
53
Molecular modeling calculations towards elucidation of anti-TB activity of novel gemdifluorinated derivatives of isoniazid
54
Adonis de Melo Lima, Ronaldo Correia da Silva, Nelson Alberto Nascimento de Alencar,
Marina Luiza Saraiva Mller, Andrei Santos Siqueira,Leonardo Teixeira Dall'Agnol, Evonnildo
Costa Gonalves.
Estudo terico da interao lectina microvirina de Microcystis aeruginosa SPC777 e a
glicoprotena gp120 do HIV.
56
Andr Grecco Carvalho, Rafael Andrade Caceres, Ednaldo Teixeira da Silva, Ricardo de
dynamics
studies
of
hypoxanthine-guanine-xanthine
Fraga, H. M. e Fernandez, J. H.
Ana Alice Farias da Costa, Isabella Menezes Queiroz, Jaqueline Bianca Carvalho
66
Hydration shell of the TS-Kappa protein: higher density than bulk water
70
AutoModel, a graphical interface for protein homology modeling: Refining loops and
remote access
78
Sousa, B. L., Silva-Filho, J. C., Kumar, P., Rocha, B. A. M., Delatorre, P. , Bezerra, G. A.,
Marina Luiza Saraiva Mller , Ronaldo Correa da Silva,, Jonas Frana da Cruz, Nelson
Alberto de Alencar,,Maryene Wilde Melo , Antonio Pereira Silva Neto, Adonis de Melo Lima
Estudo por modelagem computacional das classes Delta e Epsilon da glutationa Stransferase obtidas da espcie Anopheles darlingi
82
Luan Carvalho Martins, Luana Faria da Cruz, Rafaela Salgado Ferreira, Renata Barbosa
de Oliveira
Estudos computacionais e sntese de potenciais inibidores da cruzana de T. cruzi
83
Rebeca Cristina Costa Pereira, Paula Alvarez Abreu e Helena Carla Castro
Ccera Luana Cruz Tavares, Ccera Jacielly de Matos Cassiano e Diniz Maciel de Sena
Junior
In silico assessment of anti-inflammatory potential of three diterpene acids from
sunflower
86
Neto; Raisa Melo Lima ; Ceclia Maria Alves de Oliveira; Luclia Kato; Clia Maria de Almeida
Soares; Maristela Pereira e Roosevelt Alves da Silva
Inibidores da enzima Malato-Sintase do Paracoccidioides spp: uma abordagem por
ancoragem molecular e dinmica molecular
88
Ricardo Gargano
Propriedades Estruturais e Eletrnicas da Teobromina: Dinmica Molecular e Teoria do
Funcional de Densidade
91
Clculo do perfil de energia livre de complexao da Quercetina com a betaCiclodextrina por simulaes de Dinmica Molecular
92
94
Maryene Wilde Melo, Antonio Pereira Silva Neto, Marina Luiza Saraiva Mller, Jonas
Frana da Cruz, Adonis de Melo Lima, Nelson Alberto N. de Alencar, Ronaldo Correia da Silva
Modelagem comparativa da enzima l-asparaginase tipo II de Pseudomonas fluorecens
95
Jonas Frana da Cruz, Marina Luiza Saraiva Mller, Maryene Wilde Melo, Antonio
Magalhes de Oliveira
Molecular modeling of proteins containing WD-40 motifs in Leishmania spp
98
C. A.
Molecular design and biological evaluation of Neq0054 as TcGAPDH inhibitor with
tripanocidal activity
105
Bruno Marques Soares, Bruno Colho Cavalcanti, Daniel Pascoalino Pinheiro, Ftima
de Cassia Evangelista de Oliveira, Marclia Pinheiro da Costa, Eufrnio Nunes da Silva Jnior ,
Jairo Diniz Filho, Manoel Odorico de Moraes e Claudia do Pessoa
Nor--Lapachona Como Provvel Inibidor Cataltico da Enzima Topoisomerase II Humana
107
R
New Inhibitors of the Enzyme Acetylcholinesterase Derivatives Cardanol
109
Pinheiro, D.P.; Costa, M.P.; Soares, B.M.; Oliveira, F.C.E.; Cavalcanti, B.C.; Diniz Filho,
Tammy M.R. Nagashima Lira, Brbara A.A. Vieira, Carlos Rangel Rodrigues, Lcio
Vtor Won-Held Rabelo, Ana Elisa Guimaraes da Silva, Nelilma Correia Romeiro, Paula
Alvarez Abreu
Modelagem molecular de um alvo teraputico em infeces por vrus Herpes simplex
115
Araujo
Desenvolvimento de um sistema computacional para a realizao de simulaes de
Dinmica Molecular a pH Constante (CpHMD)
116
Marcos A. B dos Santos; Fbio dos Santos Gil; William A. Consolao; Rodrigo S.
124
Modelagem
Molecular
de
Anlogos
da
Ribavirina
com
Inosina
Monofosfato
Desidrogenase (IMPDH)
128
Souring control in fluid samples of oil industry using a multiple ligand simultaneous
docking (MLSD) strategy
130
Gilberto Cavalheiro Vieira, Marialva Sinigaglia, Maurcio Rigo, e Vera Lcia da Silva
Valente
Comparative analysis between molecular modeling methods of DNA methyltransferase 2
(DNMT2) from drosophilids
RESUMOS
Walsh CT, Benson TE, Kim DH., Lees WJ. ChemBiol, 3 (1996) 8391
Molina-Lpez et al. Peptides, 27 (2006) 31153121.
3
Eschenburg S, Schnbrunn E. Proteins, 40 (2000) 290298.
2
This work is supported by FACEPE, CNPq, CAPES, Nanobiotec-BR, INCTIMANI, LAVITE-CPqAM. Partial computer allocation was granted by Swiss
Supercomputing Centre (CSCS), ACLF at Argonne National Laboratory and HPC2N
at Ume University, Sweden.
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21
Wesley Alves, 1Reinaldo Oliveira, 2Bruno Macedo, 3Diego Gomes, 1Rafael Linden,
1
Pedro Pascutti, 2Yraima Cordeiro
1
Instituto de Biofsica Carlos Chagas Filho e 2Faculdade de Farmcia, Universidade
Federal do Rio de Janeiro; 3Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia
Algumas doenas amiloidognicas compartilham o fato de que seus agentes
etiolgicos so protenas fisiolgicas cuja caracterizao funcional incompleta e a
resoluo estrutural mostra domnios intrinsecamente desenovelados. Entretanto,
estudos de biologia celular e molecular apontam para um grande nmero de
protenas que possuem afinidade pelas regies flexveis das protenas amiloides,
que funcionariam assim como protenas adaptadoras aproximando ligantes
distantes. Temos utilizado a protena pron (PrP C) como modelo de investigao. Um
domnio C-terminal estruturado em trs alfa-hlices, duas fitas-beta antiparalelas, um
domnio N-terminal e duas glicanas ligadas covalentemente constituem a estrutura
da PrPC. Estudos recentes sugerem que a PrPC sirva como uma plataforma de
interao para outras protenas, modulando a sinalizao celular com diversas
consequncias funcionais. Este estudo dirigido aos ligantes proteicos cochaperona hop/STI1 (Stress Inducible protein), receptor de laminina LRP e de
adeso celular neuronal N-CAM. Para cada um desses so conhecidos os domnios
recprocos de interao com PrPC. Utilizamos tcnicas de modelagem, docking e
dinmica molecular para gerar conjuntos conformacionais de PrP C incluindo seu
domnio N-terminal flexvel, e posteriormente estabilizar modelos de interao entre
PrPC e os ligantes escolhidos. As tcnicas espectroscpicas de dicrosmo circular
(CD), anisotropia de fluorescncia e calorimetria de titulao isotrmica (ITC) foram
usadas para estudos da interao in vitro de PrPC murina recombinante com os
peptdeos sintticos correspondentes aos domnios de interao das trs protenas
mencionadas. Os resultados de docking para o domnio globular de PrP C humana e
murina mostram perfis distintos de interao com os ligantes em funo da ordem.
Quando a PrPC humana foi ancorada primeiramente ao peptdeo STI1, possibilitou
docking sequencial dos outros ligantes, entretanto, quando o primeiro peptdeo
inserido foi o LRP, nenhum ligante conseguiu interagir com a PrP C nos domnios
dirigidos. Esse fenmeno no ocorreu com a PrP C murina, permanecendo acessvel
aos ligantes independente da ordem. Os resultados de CD indicam que o efeito no
contedo de estrutura secundria mais significativo quando STI1 primeiro
adicionada soluo de PrPC em comparao com LRP ou NCAM. Ensaios
preliminares de ITC indicam alta afinidade entre PrP C e STI1, mas no para LRP.
Portanto, acreditamos que PrPC pode interagir com ligantes simultaneamente e em
ordens preferenciais, com diferentes padres de afinidade e contedo estrutural
decorrentes das interaes. Continuaremos os ensaios espectroscpicos para
determinar outros parmetros importantes de interao PrP C com os mesmos
ligantes fisiolgicos. Atravs de dinmica molecular, estamos gerando um conjunto
conformacional de PrPC incluindo o domnio flexvel o que nos permitir um novo
estudo de docking seriado que leve em considerao a flexibilidade da PrP C.
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A malria uma doena que afeta vrios pases. Estudos apontam que ela
existe h muito tempo, quase no mesmo tempo em que surgiram os primeiros seres
humanos. Nos anos 1990 o tratamento antimalrico era feito a base de compostos
sintticos de cloroquina e primaquina, que no tinham eficincia no combate aos
casos mais graves da doena causados pelo agente Plasmodium falciparum.
Existem diversos medicamentos antimalricos, mas algumas destas drogas j
perderam a eficincia em inibir cepas de plasmdio, como a cloroquina e
pirimetanamina. Algumas pesquisas a partir do Triclosan permitiram desenvolver
anlogos desse composto para atingir cepas de plasmdios j resistentes a alguns
medicamentos. Esses anlogos tiveram uma excelente eficincia no combate a
cepas resistentes de P. falciparum. As exploraes dos anlogos de Triclosan so
significativamente importantes no combate da Malria, pois suas novas molculas
tero uma funcionalidade orgnica capaz de manter interaes de ligao de
hidrognio que foram mostrados cristalograficamente ser importante para inibio
desta enzima. Neste trabalho as molculas geradas da combinao foram
submetidas a um tratamento mecnico quntico, atravs do clculo de estrutura
utilizado pelo programa Gaussian, utilizando o mtodo B3LYP com a base 6-31 e
duas funes difusas (d,p). Posteriormente, com o resultado do clculo de
otimizao, foram feitas as simulaes de Docking Molecular atravs do programa
AutoDockTools (ADT), Molegro Virtual Docker (MVD) e pela plataforma online
DockThor, a fim de avaliar a energia de interao ligante-cofator e comparar o
complexo fornecido pelo estudo de docking dos trs programas. Para o docking foi
utilizada a protena 3AM5, retirada do Protein Data Bank (PDB) e o ligante 5-cloro-2(2,4-dichorophenoxy)aniline. Com base nos estudos desses anlogos, e nas
simulaes com um dos anlogos, os resultados das energias fornecidas pelos
programas utilizados esto disponveis na tabela abaixo.
Tabela: valores das energias do docking
Composto
5-cloro-2-(2,4dichorophenoxy)aniline
MVD
ENERGIA
-87.6104
Kcal/mol
Programas
ADT
ENERGIA
KI
-9.86
59.59 nM
Kcal/mol
DockThor
ENERGIA
-21.029 Kcal
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Identification and modeling of GH3 and GH9 glycosyl hydrolase from Achatina fulica's metagenome
Werneck K.A.A.1,2 ; Da Silva M.L. 1 ; Gomes D. E. B. 1
1
Laboratrio de Biologia Computacional DIMAV, INMETRO.
2
Universidade Catlica de Petrpolis.
Sugarcane processing generates large volumes of bagasse (30%), a residue with impacts in profitability and environmental protection 1. Bagasse is a renewable resource, rich in
cellulose (45-55%) and hemicellulose (20-25%) and lignin (18-24%) 2, amenable to produce
ethanol and other valuable products through chemical transformation. A major obstacle to
convert lignocellulosic biomass into biofuels is the efficient deconstruction of plant polysaccharides2, a function which microorganisms conquered over millions of years, many colonize
the digestive track of animals, such as Achatina fulica. Its gastric juices metagenome pointed
to numerous sequences with probable glycosyl hydrolase function3. Here, we probe these sequences for candidate cellulase enzymes and predict their structures by comparative modeling.
The sequences were identified through a database search with BLAST-NR, and annotated using records from UniProt, KEGG, MetaCyc, pSort, RPS-BLAST, PSIPRED and SignalP servers. The 3D molecular models were build using MODELLER after sequence alignment to similar sequences found in the Protein Databank. 1000 candidate models
were build for each, refined and evaluated for validity though PROCHECK, DOPE.
The sequences were identified as Glycoside Hydrolase from Families 3 (GH3) and 9
(GH9). GH3 was found identical to the beta-n-acetylhexosaminidase from Bacterioides sp. (WP_008641704.1), sharing 35% of its sequence with the crystal structure (2X42).
GH9
was
found
identical
to
the endoglucanase from Phyllobacterium sp (WP_008122639.1), sharing 43% residues with the crystal structure (1UT9). The
best 3D models (GH3#8, GH9#94) conjugated a high DOPE with excellent stereochemistry,
therefore allowing confident delimitation of the active site.
There was obtained a three-dimensional model of optimum quality. As a perspective,
the research will involve docking of oligosaccharides to this binding site, followed by molecular dynamics simulations and estimation of the binding free energy.
Financial Support:CNPq
Reference
J. W. Ondersma and T. W. Hamann. J. Am. Chem. Soc. 133, 8264 (2011).
G. D. Gopen and J. A. Swan, American Scientist 78, 550 (1990).
3
T. Pozzo, et al., J Mol Biol. 397(3):724 (2010)
1
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Lateral
Sclerosis,
Non-synonymous
Single
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De acordo com os valores obtidos nas avaliaes das distncias das ligaes de
hidrognio e na distribuio das cargas na superfcie da protena foi possvel
confirmar a conservao das regies de interao microvirina e manose.
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A dengue uma doena febril aguda causada por um tipo de flavivrus, que
so vrus envelopados de geometria esfrica, que atinge seres humanos com maior
ocorrncia nas regies tropicais e subtropicais e considerada como uma das mais
importantes doenas infecciosas emergentes da atualidade. O envelope viral composto por duas protenas: a glicoprotena E e a protena M. A protena E forma projees na superfcie do vrus e possui determinantes antignicos para hemaglutinao
e neutralizao, sendo considerada a principal protena viral. Esta protena desempenha atividades importantes tais como: participa do processo de fuso de mem brana; montagem do vrus; receptor de ligao e o principal alvo para anticorpos
neutralizantes. A protena E possui uma sequncia de aminocidos rica em resduos
hidrofbicos e de glicinas chamada de peptdeo de fuso. Esse peptdeo est envolvido no processo de fuso do vrus com a membrana celular endossomal necessrio
para a injeo do material gentico viral no meio intracelular. Em pH neutro a protena E glicosilada e forma homodmeros dispostos paralelamente superfcie viral.
Nessa condio, seu peptdeo de fuso est incapaz de interagir com a membrana
alvo. Com a exposio ao pH cido do meio endossomal a protena E sofre alterao conformacional que a leva para a conformao fusognica onde o peptdeo de
fuso est exposto. Apesar da mudana estrutural sofrida pela glicoprotena viral durante este processo, seu peptdeo de fuso mantm a mesma conformao em pH
neutro e cido conforme evidenciado por trabalhos experimentais. Neste trabalho
ser investigada a diferena entre a afinidade (energia livre de ligao) de duas
sequncias de aminocidos da protena E do vrus da dengue que contm o peptdeo de fuso (resduos 88-123 e 98-110) com um modelo de membrana de POPC
utilizando simulaes de dinmica molecular e o mtodo ABF (Adaptive Biasing
Force). Nossos resultados indicam uma pequena diferena na energia livre de ligao de cada peptdeo com a membrana de POPC e um enterramento do resduo de
triptofano de aproximadamente 13, em acordo com resultados experimentais.
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Lectins are a structurally very diverse class of proteins which bind mono- and
oligosaccharides reversibly and with high specificity, but without enzymatically
modifying them (Sharon & Lis, 1995, Rini, 1995). Legume lectins represent the
largest and most thoroughly studied lectin family, comprising a large group of
homologous carbohydrate-binding proteins (Sharon & Lis, 1990). A few galactose/Nacetylgalactosamine (Gal/GalNAc) binding lectins isolated from legume plants have
proven to be useful as markers in cancer histochemistry. The increased presence of
GalNAc containing epitopes on the surface of cancerous cells is one of the
signatures of the altered glycosylation pathway (Brooks, 2000), and amongst these
epitopes the Tn-antigen (GalNAc--O-Ser/Thr) is one of the most specific human
tumor-associated structures. Present in mucin-type O-glycans, the Tn-antigen has an
epithelial origin and is shielded in both healthy and benign-diseased tissues, but
uncovered in approximately 90% of carcinomas (Desai, 2000 ). Structural analysis of
Tn-binding lectins is of considerable interest for elucidating the mechanism of specific
protein-carbohydrate recognition as well as for engineering novel binding activities in
legume lectins. Here we present the crystal structures of a legume lectin from the
seeds of Vatairea macrocarpa (VML) in complex with GalNAc and Tn-antigen at 1.7
and 1.4 resolution, respectively. The structural data is supported by Isothermal
Titration Calorimetry (ITC) assays. Additionally, molecular docking simulations were
performed to better understand the binding of this lectin to naturally occurring Omucins. This is the first crystal structure of a GalNAc binding legume lectin from the
Dalbergieae tribe.
68
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de
bioquimicamente.
novas
molculas
serem
sintetizadas
caracterizadas
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73
74
75
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77
Referncias:
[1] Ucun F., Saglam A., Guclu V. Spectrochimica Acta Part A, 2007. 67, 342349.
[2] Usmani, O. S. The Faseb Journal. 2005. 19, 231-233.
[3] Car & Parrinello. Phys. Rev. Lett. 1985. 55, 24712474.
[4] Gaussian 09, Revision D.01, Frisch M. J. et al. Gaussian, Inc., Wallingford CT,
2009.
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Figure 1
Figure 2
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a
acetilcolinesterase humana (hAChE)1. Um
dos medicamentos hoje utilizados para o
tratamento dessa doena a galantamina
(GNT), um alcalide obtido de plantas da
famlia Amarylidaceae, e atividade inibitria da
hAChE2. Outros alcalides derivados de GNT
so encontrados em Amarylidaceae, com
respectivas atividades inibitrias variando
drasticamente sob sutis substituies de
grupos qumicos2. Neste trabalho, buscamos
uma maior compreenso das bases fsicoqumicas de tal fenmeno atravs de estudos
computacionais
da
interao
da
acetilcolinesterase com a GNT e mais dois de
seus derivados: a licoramina (LYC), que, ao
perder uma nica dupla ligao, reduz
significativamente sua atividade inibitria 2, e a
sanguinina (SANG)2, que ao substituir um
nico grupo metoxi por uma hidroxila ganha
atividade substancialmente maior.
Mtodos
Foram utilizadas as estruturas cristalogrficas
da hAChE holo (PDB: 4EY6) e apo (PDB:3LII).
Os arquivos mol2 dos ligantes foram obtidos
na base de dados Zinc3. Foi utilizado o
programa AutoDockVina4 para os ensaios
virtuais. Foram realizados ensaios deixandose como flexveis quatro resduos com
variao posicional em diferentes estruturas
cristalogrficas: W86, Y124, Y337 e H447. Os
ensaios foram realizados em triplicata.
Resultados e Discusses
As energias recuperadas para os trs ligantes
so condizentes com a ordem de atividade
inibitria. Anlises estatsticas sugerem que a
multiplicidade de interaes com baixo score
seja o principal fator de aumento da atividade
inibitria da sanguinina (fig.1), assim como a
Concluses
Os ensaios virtuais permitiram verificar a
influncia estereoqumica e energtica de
sutis variaes dentre estes trs ligantes com
significativa similaridade. Clculos qunticos e
simulaes de dinmica molecular (MD) esto
sendo realizados para refinar tais dados.
____________________
J.W.OndersmaandT.W.Hamann.J.Am.Chem.Soc.133,8264(2011).
2
R. A. Day, How to Write and Publish a Scientific Paper (Cambridge
UniversityPress,Cambridge,1995),4thedition,p.130.
3
G.D.GopenandJ.A.Swan,AmericanScientist78,550(1990)
93
94
95
96
97
98
NHZ
NFZ
NFD
NFT
FTD
-0,348
-0,343
-0,351
-0,352
-0,346
0,008
0,017
0,010
-0,020
0,002
0,340
0,326
0,361
0,372
0,344
energia de
desprotona
o (E)
energia de
ligao
C-H (vinil)
Energia
total
(hartree)
372,87
372,98
365,40
368,32
370,24
0,97
1,00
0,94
1,13
1,14
-731,400
-747,396
-860,069
-975,950
-1000,116
(a)
(b)
Figura 1: (a) HOMO do NHZ e (b) Mapa de Potencial Eletrosttico Molecular do NHZ
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Introduo: Peptdeos antimicrobianos so molculas ativas em algumas plantas e animais como sapos. So usados para combate de principais bactrias como Enterococcus faecalis, Escherichia coli,
Staphylococcus aureus, e Pseudomonas aeruginosa. O peptide abordado o Dermadistinctina K (DD
K), do Phylomedusa distincta que possui 33 resduos: GLWSKIKAAGKEAAKAAAKAAGKAALNAVSEAV, possui estrutura de alfa-hlice e s se mantm dessa forma na presena de membranas de
bactria ou de solventes como o 2,2,2 trifluoretanol. Possui uma estrutura com resduos com caractersticas polares e apolares, tem caractersticas anfipticas que foram corroboradas com o estudo de
NMR, o qual determinou sua estrutura. Esse estudo determinou que a ao do DD K atravs de um
poro toroidal, em que provoca grande influxo de gua e efluxo de material intersticial da clula bacteriana, desestabilizando osmoticamente e provocando sua ruptura.
Objetivo: Esse trabalho estudou o peptdeo in silico de forma a mant-lo em forma alfa-hlice em
presena de TFE/gua, estudando a estrutura do peptdeo em simulao extraindo informaes para
o posicionamento no sistema em membran.
Metodologia: O DD K foi simulado em dinmica molecular usando o Gromacs 4.5.5 e o campo de
fora Gromos53a6. Foi dividido em 3 sistemas, o primeiro em gua apenas, o segundo em gua/TFE
e foi simulado na dinmica clssica e o terceiro em gua/TFE, mas antes otimizado com a tcnica de
generalized simulated annealing (GSA). Temperatura foi ajustada em 293.15K, a proporo da concentrao da gua e do TFE foi de 50%/50%, os contraions adicionados foram 5 e a presso foi de 1
atm. A estrutura inicial foi obtida no PDB: 2JX6. A tcnica de GSA foi desenvolvida na UFRJ no Labo ratrio de Modelagem e Dinmica Molecular para a predio de estruturas atravs da busca do mnimo global em uma hipersuperfcie de energia. Depois a conformao final foi submetida a dinmica
clssica no Gromacs. Outro estudo feito foi com a membrana de POPC j estabilizada e armazenada
no site do Gromacs. Utilizamos 3 peptdeos de DDK, foram alinhados sobre a membrana simulando o
modelo carpete. entendido que a adeso do peptdeo na membrana necessria para comear a
formao do poro, esse alinhamento a membrana sugere um incio tambm desse mecanismo.
Resultados: As simulaes gua do DD K demonstraram no ter estrutura ativa com menos de
200ns de simulao. No entanto a simulao com a mistura de TFE e gua por 1s demonstrou a estrutura ativa por 700ns de simulao. Na otimizao feita com GSA esse peptdeo se manteve em es trutura de alfa-hlice pelos 1s. As anlises de funo radial demonstraram que resduos como a lisina esto na interface entre o TFE e a gua, ainda que o contato com a gua seja maior. Esse estudo
demonstra uma possvel posio para adeso do peptdeo sobre uma membrana e foi com base nele
que posicionamos os peptdeos a montagem do sistema em membrana contendo em torno de 128
fosfolipdeos. Mesmo no sendo o poro toroidal, ainda possvel a observao de um dobramento na
membrana ou seja de uma inicial perturbao da membrana.
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The human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is the major cause of lower
respiratory tract illnesses in children and elderly people worldwide. Its genome
encodes 11 proteins including the surface protein F, G and SH which are responsible
for entry and distribution of virus in the host cell. Among the surface protein, little is
known about the function of SH protein. However, studies shows that presence of SH
protein increase de RSV virulence degree and permeability of low molecular weight
compounds, sugesting its involvement in the ion channels formation. Knowing their
structure and function is fundamental to a better understanding of its mechanism.
The aim of this study was modeling and caracterizing of the RSV SH protein and
analysing the structural behavior in water and phopholipid bilayer environments. The
SH protein model was generated by I-TASSER server and VMD, and its funcional
and structural caracteriscts was analyzed by PredictProtein and PsiPred. Molecular
Dynimics Simulation were performed for analysis of hidrophobicit of protein central
region, studies of the protein behavior on the membrane, pentamer formation and its
activities. The SH protein model prediction resulted in a linear model with a helixalpha between amino acid 20-42 and the analysis performed by PsiPred indicated
this region as transmembrane region. Molecular Dynamics Simulation showed that in
solution the protein changes its linear conformations for globular conformation
confirming the hydrophobicity of the central domain. The presence of the SH protein
itself or of the pentamer in bilayer resulted in a decrease of the area per lipid and
increased of the order parameter, giving the chains more stability and less mobility
and greater alignment. The pentamer simulation showed the calculated free energy
barriers for water across the membrane are near 18,2 KJ/mol and 24 KJ/mol, which
suggests a transport of water molecules through the pore. Based on these results,
we proposed the tertiary and quaternary structure of the SH protein and we
suggested that the virulence is increased by SH protein once its presence contributes
to cell stability resulting an increase in the life time of cell and a grow of viral
replication activity.
Financial Support: CAPES/FAPESP/CNPq
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Ligaes de Halognio:
uma Descrio por Teoria de Interao Orbital
Thompson, H. N.1; Marmitt, S.1; Toldo, J. M.;2 Livotto, P. R.2
Programa de Ps-graduao em Qumica, Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
Uma ligao de halognio uma interao especfica direcional no covalente
entre um tomo de halognio (X) e uma base de Lewis (A), sendo o tomo de
halognio tipicamente ligado a um tomo de carbono ou a outro tomo de halognio.
Os tomos de halognio podem atuar como bases de Lewis em interaes
halogniohalognio. As ligaes de halognio tm preferncia por tomos
aceptores (bases de Lewis) e interaes de geometria linear. Dessa forma, o tomo
de halognio definido como o tomo doador (X) e a base de Lewis (A), como o
aceptor de densidade eletrnica. 1,2 Como a teoria de interao orbital j foi aplicada
com sucesso para descrever ligaes de hidrognio, utilizamos essa teoria no
presente trabalho para dar uma explicao geral s ligaes de halognio.
Foram realizados clculos com o software Gaussian 09 no nvel de teoria do
Funcional da Densidade (DFT), com o funcional B3LYP e a base 6-31G (d,p). Todas
as estruturas foram otimizadas at suas geometrias de equilbrio, tendo seus
mnimos confirmados atravs de anlise de frequncia vibracional. Parmetros
geomtricos e de energia, assim como os orbitais de fronteira (HOMO/LUMO) foram
calculados e comparados.
Avaliando as interaes halognio-eletrfilo (Br 2X2, ; X = F, Cl e Br ), foi
observado que de X2 = F2 a Br2 ocorre um decrscimo no ngulo de interao. Isso
pode ser explicado do ponto de vista eletrosttico: quanto mais pesado o tomo de
halognio na molcula X2, menos concentrada a carga parcial positiva sobre ele e,
portanto, menor a repulso com a regio de potencial eletrosttico positivo no
buraco sigma de Br2. Consequentemente, as variaes de energia, E, tornam-se
progressivamente mais negativas. Tambm foram avaliadas as interaes halognionuclefilo (Br2A-, com A- = F-, Cl- e Br-). Observou-se um aumento na distncia de
interao de A- = F- a Br- que, por sua vez, est associado a um aumento
progressivo de E nessa mesma ordem. O enfraquecimento das interaes de
halognio X2A- (de A- = F- a I-) est relacionado a uma concomitante reduo na
habilidade de doao de densidade eletrnica do orbital HOMO (np) de A -.
Em concluso, no presente trabalho foram investigadas as interaes de
halognio para um conjunto de sistemas, tendo sido possvel associar os resultados
com a teoria de interao orbital. Num futuro prximo, pretende-se expandir os
resultados para explicar um conjunto maior de sistemas e reaes qumicas, assim
como aplicar as interaes de halognio no estudo de interaes entre ligantes e
stios ativos de enzimas.
Agradecimentos: CAPES, CNPQ e PPGQ-UFRGS.
Referncias:
[1] M. Fourmigu, Current Opinion in Solid State and Material Science; 13 (2009) 36.
[2] L.P. Wolters, F.M Bickelhaupt, ChemistryOpen 1 (2012) 96.
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Instituto Federal da Educao, Rua Emdio dos Santos, s/n- Barbalho, Salvador,
Bahia
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