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PACES 2014-2015

UE 1 : ENZYMOLOGIE
I-Enzyme
1-Structure
1-1 Intro/dfinition
Un catalyseur est une substance qui interagit avec un ractant en modifiant la distribution dnergie entre
ces liaisons chimiques avec finalement diminution du niveau dnergie requis pour transformer le
ractant en produit.
Pour transformer le ractant en produit, lnergie dactivation tant moindre, la raction est plus rapide. La
composition chimique du catalyseur nest pas modifie par la raction et donc une molcule unique de
catalyseur peut tre utilise de multiples reprises pour catalyser la conversion de nombreuses molcules de
ractants en produits.

1-2 Les enzymes


La plupart des ractions chimiques survenant dans lorganisme se ferait des vitesses trs lentes si elles
taient effectues dans un tube essai en mlangeant simplement les ractants et les produits car leurs
nergies dactivation sont trs leves. Pour obtenir les grandes vitesses de raction observes dans les
organismes vivants, il faut que des catalyseurs particuliers abaissent les nergies dactivation. Ces catalyseurs
particuliers sont appels enzymes. Celles-ci sont des protines et une enzyme est un catalyseur protique.
Certaines molcules dARN ont des activits catalytiques et portent le nom de ribozymes. Pour assurer ces
fonctions, une enzyme doit entrer au contact des ractants appels substrats dans le cas des ractions
enzymatiques. Le substrat se fixe sur lenzyme, formant un complexe enzyme/substrat (ES) qui se dsagrge
pour librer les produits et lenzyme. La raction entre enzyme et substrat est dcrite de la manire suivante :
E + S = ES = E + P
A la fin de la raction, lenzyme peut entrer dans une nouvelle raction avec une autre molcule de substrat.
Leffet global est lacclration de la conversion du substrat en produit, lenzyme agissant comme catalyseur.
Une enzyme, comme toute protine, est synthtise partir des infos codes dans lADN ou dans une molcule
dARN dans le cas de certain virus (VIH= rtrovirus=ARN).
Ex : le prcurseur de TRH est de 185 aa alors que TRH actif ne fait que 3 aa (plusieurs molcules de TRH sont
contenues dans le prcurseur=conomie de moyen).

Les principales caractristiques des enzymes sont :


-

Une enzyme ne subit aucun changement chimique au cours de la raction quelle catalyse.
La fixation dun substrat sur le site actif dune enzyme toutes les caractristiques de la fixation
dun ligand sur une protine en termes de spcificit chimique, affinit, comptition et
saturation.
Une enzyme augmente la vitesse dune raction chimique mais ninduit pas une raction qui
naurait pas lieu en son absence.
Une enzyme abaisse lnergie dactivation dune raction mais ne modifie pas la quantit nette
dnergie qui est apporte au systme ou qui est libre par le substrat au cours de la raction.

Les enzymes sont des protines qui jouent le rle de catalyseur en ce sens quelles font voluer plus
rapidement la raction vers son point dquilibre. Est toutefois modifie la position de ce dernier, ce sont
des catalyseurs biologiques.
Les enzymes diffrent des catalyseurs chimiques par leur structure chimique : les catalyseurs sont des
composs minraux alors que les enzymes sont des composs organiques.

Julien Coguic

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Il existe de grandes catgories denzymes :
-

Les enzymes purement protiques qui nont besoin de rien dautre pour tre active et avoir un effet
biologique ds la fin de leur synthse.
Les enzymes qui ont deux parties :
o
Une partie protique apoenzyme
o
Lautre non protique cofacteur
Linteraction entre les deux va donner le complexe biologiquement actif holoenzyme
Lapoenzyme porte la caractristique catalytique. Le cofacteur est un mtal prsent ltat
de traces comme le magnsium, le fer, le manganse, le cuivre ou le zinc. La fixation de lun de
ces mtaux sur lenzyme modifie la conformation de lenzyme, lui permettant dinteragir avec
le substrat pour le modifier en produit.
Le cofacteur peut tre aussi une molcule organique le plus souvent de faible poids
molculaire qui participe directement la raction comme lun des substrats, on parle alors de
coenzyme. Une enzyme complte active sur le plan catalytique en interaction soit avec la
coenzyme ou soit avec le facteur mtallique est appele holoenzyme.
Lactivit catalytique spcifique appartient lapoenzyme donc la composante
protique. On peut dfinir une coenzyme comme un compos organique mais de nature non
protique qui, associe la partie protique de lenzyme, lui confre ses proprits
enzymatiques. Sans la coenzyme, la catalyse de la raction ne peut avoir lieu. Les enzymes qui
ncessitent des coenzymes catalysent les ractions dans lesquelles quelques atomes (tels
que lhydrogne ou groupement actyl ou mthyl par exemple) sont soit rajouts ou extraits au
substrat.

2 types denzymes :
Enzyme purement protique

Enzyme deux parties

(Active ds la fin de sa synthse)

Apoenzyme
Cofacteur

Coenzyme

+
(Activateu
r)

(Partie protique inactive si


seule)

(Compos organique
Ion mtallique
OU
non protique)

(Compos non organique :


mtal)

(Complexe biologiquement
actif)

Holoenzyme

Julien Coguic

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Prcurseur des coenzymes : les vitamines sont souvent des prcurseurs des coenzymes. Les vitamines
sont de petites biomolcules ncessaire en petite quantit dans le rgime des animaux suprieurs.
Les vitamines hydrosolubles sont la vitamine C qui va donner lascorbate=acide ascorbique (anti
oxydant) et les vitamines du complexe B qui donnent donc des composantes des coenzymes. Lascorbate est
ncessaire lhydroxylation des rsidus prolines du collagne, protine cl du tissu conjonctif. Ex :
Thiamine=vitamine B1 ; Tryptophane synthtase + groupement PLP=B6.
Les vitamines liposolubles sont la vitamine A (rtinol) qui est le prcurseur du rtinal, groupe
sensible la lumire dans la rhodopsine (un dficit de vitamine A conduit la perte de la vision nocturne), la
vitamine D rgulateur du mtabolisme du calcium et du phosphore, ainsi que la vitamine E antioxydants des
membranes et la vitamine K, acteur de la carboxylation du glutamate.

Proprits gnrales des coenzymes : les coenzymes et cofacteurs sont stables la chaleur, ils
sont de faible PM et ne sont pas responsables de la spcificit de lenzyme. Cette reconnaissance est lie
la structure de la coenzyme et surtout de son site actif. A linverse des substrats qui sont transforms en
produits durant la raction enzymatique, les coenzymes finissent toujours par retrouver leur tat initial.
Une mme coenzyme (ex : ATP) peut tre utilise par des enzymes de spcificit diffrente mais exerant le
plus souvent un mme type deffet sur le substrat comme lactyl coA carboxylase et la pyruvate
carboxylase. Les ractions auxquelles participent les coenzymes sont des ractions de transferts
dlectrons, de protons, de groupements phosphates, elles servent daccepteurs temporaires.

On distingue :
-

Les coenzymes activatrices ou groupements prosthtiques qui sont fortement lies


lapoenzyme (liaison covalente) et ne se dtachent pas de lenzyme au cours de la raction (ex :
FAD=Flavine Adnine Dinuclotide qui est une apoenzyme). Les mdicaments se fixent sur les
groupements prosthtiques.

Les coenzymes transporteurs ou Co substrat se dissocient facilement de la coenzyme, la


coenzyme ne retrouve son tat initial que lors dune deuxime raction faisant intervenir une
autre enzyme.
Lascorbate est ncessaire lhydroxylation des rsidus prolines du collagne, protine cl du tissu
conjonctif.

R-2H + Coenzyme = ER + Coenzyme-2HE= Produit-2H + Coenzyme


1

Quand lenzyme est inactive, la coenzyme nest pas fixe lenzyme.

1-3 Les isoenzymes


De nombreuses enzymes apparaissent sous plus dune forme molculaire dans la mme espce, dans le
mme tissu ou mme dans la mme cellule. Dans chaque cas, les formes diffrentes de lenzyme catalysent la
mme raction mais puisquelles ont des proprits cintiques diffrentes ainsi quune squence en aa
diffrente, elles peuvent tre distingues et spares par des procds appropris. Ces formes multiples
denzymes sont appels des isoenzymes ou isozymes. Une des premires enzymes trouves possder des
formes multiples est la Lactate Dshydrognase (LDH) qui catalyse la raction rversible doxydo
rduction : Lactate + NAD+ = Pyruvate + NADH, H+ dans laquelle le lactate perd deux atomes dH pour
donner du pyruvate. La LDH apparat dans le tissu des animaux sous 5 isozymes diffrentes sparables par
lectrophorse. Des Ac anti LDH sont capables de rvler les 5 isozymes diffrentes de la LDH. La LDH
catalyse le stade final de la glycolyse anarobie dans toutes les cellules et possdent une structure
formes de 4 sous-units.

Deux types de sous-units diffrentes sont observs :


-

Chane M (prdomine dans le muscle)


Chane H (pour Heart, prdomine dans le tissu cardiaque)

La composition en aa de ces 2 types de chanes indique les diffrences. Ces chanes peuvent sassembler pour
former 5 iso enzymes diffrentes : M4, M3H1, M2H2, M1H3, H4. Leur distribution selon le tissu dpend
ainsi des chanes H et M.

Julien Coguic

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Autre exemple disoenzyme :
Lenzyme damidation (PAM) : au cours de leur synthse, les peptides biologiquement actifs subissent
plusieurs modifications post traductionnelles. Un grand nombre de ces peptides sont amids en position
Cter et cette fonction amide est essentielle leurs activits biologiques. La PAM est lenzyme catalysant la
raction d-amidation de ces peptides. Cest une raction deux tapes dont chacune est catalyse par un
domaine diffrent de lenzyme bi fonctionnel. Un seul gne complexe code pour la PAM mais des phnomnes
dpissages alternatifs, soumit une rgulation au cours du dveloppement et prsentant une spcificit
cellulaire, engendrent plusieurs formes dARNm codant pour les diffrentes formes protiques de lenzyme.

2- Vitesse de raction
2-1 Dfinition
La vitesse de raction enzymatique est mesure partir de la quantit de produit form ou de ractifs
disparus par unit de temps. Laffinit de lenzyme pour son substrat est donne par son Km (constante

de Michaelis) dans le cas dune enzyme simple avec un seul site de fixation. Les enzymes sont de vrais
catalyseurs et augmentent considrablement la vitesse de ractions chimiques spcifiques qui ne
pourraient se produire que trs lentement. Une raction chimique telle que A+B=AB seffectue parce quune
certaine fraction de molcules A et B possde un moment donn plus dnergie interne que le reste de la
population. Lnergie suffisante pour les amener au sommet de cette colline nergtique a une forme ractive
appele tat de transition.
Les substrats A et B en conditions normales requirent une quantit dnergie considrable E1 pour
atteindre ltat de transition AB la suite duquel le produit de raction AB peut se former. Lenzyme cr un
microenvironnement dans lequel A et B peuvent atteindre un tat de transition AEB plus facilement,
rduisant la quantit dnergie requise.
Lnergie dactivation dune raction est la quantit dnergie en calorie ncessaire pour amener
toutes les molcules dune mole de substance une temprature donne ltat de transition au
sommet de la barrire nergtique. La vitesse dune raction chimique est proportionnelle la
concentration des espces en tat de transition. La vitesse dune raction chimique sera trs leve si
une grande fraction des molcules A et B se trouve dans un tat de transition riche en nergie mais trs
faible si une petite fraction se trouve dans cet tat de transition.

! Plus il y a de molcules en tat de transition et plus la raction est rapide !

Julien Coguic

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Il existe 2 mthodes pour augmenter la vitesse dune raction chimique :
-

Augmentation de la temprature qui augmente la fraction ayant une nergie interne suffisante
pour entrer en tat de transition. La vitesse dune raction chimique est approximativement double
par une augmentation de 10C de la temprature (car pas denzyme, juste des lments chimiques).

Ajout dun catalyseur ou dune enzyme, lenzyme se combine transitoirement aux substrats A
et B pour produire un nouveau complexe AEB dont ltat de transition possde une nergie dactivation
beaucoup plus basse que ltat de transition de A et B dans ltat non catalys. Les catalyseurs et les
enzymes abaissent lnergie dactivation des ractions chimiques. (si augmentation de la temprature
en prsence denzyme, baisse de vitesse car dgradation protique).

Catalase
H2O2

H 2O +

1
2

O2

Ea : 18 kcal/mole (sans catalyseur)


Ea : 12 kcal/mole (catalyseur platine)
Ea : 6 kcal/mole (catalyseur=catalase)

2-2 Facteurs influenant la vitesse enzymatique


La modification de la vitesse enzymatique dpend de plusieurs facteurs :
-

Concentrations en enzymes et en substrat : lenzyme en prsence dune forte concentration


en substrat est sature. Quand elle est sature, la vitesse initiale est gale la vitesse maximale
atteinte note Vmax (Vinit=Vmax)

Faible concentration : Vmax dpend de la concentration en substrat.


Grande concentration : Vmax dpend de lenzyme.
-

Concentrations en ions mtalliques

Des caractristiques physico-chimiques du milieu de raction (temprature et


pH) :

Julien Coguic

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o

La temprature a une influence sur la vitesse de raction des ractions enzymatiques


comme pour nimporte quelle raction chimique (ex du frigo : retard raction enzymatique
avec baisse temprature).
Par exemple, varie avec la temprature la structure de lenzyme, la stabilit du complexe ES,
lionisation de certains sites, lenvironnement des enzymes, la fluidit de la phase lipidique
des membranes, la concentration dun substrat (par exemple, la solubilit de loxygne,
substrat des oxydases, diminue par lvation de temprature). La raction enzymatique
ralentie et sarrte rapidement au-del dune certaine zone de temprature par
dnaturation de la protine. Les enzymes possdent une temprature optimale de
fonctionnement qui doit approcher les 37/38C, il existe cependant des enzymes
thermostables comme lADN polymrase utilise dans les ractions de PCR (raction en
chane de la polymrase). La Taq polymrase (bactrie) a une temprature de fonction qui
est 72C.

La vitesse des ractions enzymatiques est aussi affecte par le pH. Lactivit de toutes les
enzymes varie en fonction de la concentration en ion H+, elle prsente en gnral un
maximum de rendement pour un certain pH dans des conditions dtermines. La plupart
des enzymes prsentent un maximum dactivit entre pH 6 et 8. Certaines cependant
requirent des conditions sensiblement plus acide ou plus alcaline. La prsence de rsidus
daa ionisables dans la structure du site actif explique linfluence du pH sur la vitesse des
ractions enzymatiques.

Si la forme intermdiaire est la seule active ou la plus active, la vitesse de raction sera
maximale aux environs de la neutralit. Selon les ractions, le complexe ES devra se faire
pH neutre (amidon), acide (pepsine : acidification de lestomac par sucs gastriques), basique
(trypsine). Ltat de protonation du site actif (ou site de liaison) peut en effet tre critique
dans lactivit de lenzyme. Lactivit catalytique des enzymes dans les cellules peut tre
rgule en partie par des modifications du pH du milieu environnant.

La prsence dinhibiteur de la raction enzymatique.

3- Inactivation thermique
Lagitation thermique comme de nombreux autres agents physiques provoque la rupture des liaisons
faibles (H, hydrophobe ou lectrostatique) qui maintiennent des structures II, III ou IV des protines. La
dnaturation thermique des enzymes entrane leur inactivation en gnral de faon irrversible. La
dnaturation provoque des changements de formes de la protine qui peut passer dune forme globulaire
une forme allonge et devenir insoluble.

II- Mode daction des enzymes

Julien Coguic

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1- Mise en vidence de lactivit catalytique dune


enzyme et enseignements en dcoulant
Lactivit catalytique dune enzyme est mise en vidence par sa cintique (vitesse laquelle elle catalyse
une raction dans diffrentes conditions). En 1913, Lonor Michaelis et Mand Menten ont dcrit la relation
mathmatique entre la concentration de substrat et la rapidit de la raction enzymatique mesure par la
quantit de produit form ou de substrat consomm en un temps donn. On a dtermin la vitesse
initiale pour une srie de mlange contenant la mme quantit denzyme mais des concentrations
croissantes de substrat.

Sur cette courbe on voit bien que la Vinit varie avec la concentration de substrat. Cet effet repose sur la
capacit de chaque enzyme. Lorsque la concentration en substrat est faible, les molcules denzymes sont
soumises un nombre relativement limit de collision avec le substrat pendant un temps donn. Les
molcules de substrats sont le facteur qui limite la vitesse. Aux concentrations leves, les enzymes
entrent en collision avec les molcules de substrats plus rapidement que celles-ci peuvent tre transformes
en produit. Lorsque les substrats sont concentrs, les molcules enzymatiques individuelles travaillent
capacit maximale, la vitesse est limite par les molcules denzymes. Lorsque la concentration du
substrat augmente progressivement, lenzyme se rapproche dun tat de saturation, la vitesse ce point
thorique de saturation est le Vmax.
La constante de Michaelis Km=concentration de substrat au moment o la vitesse de raction atteint la
moiti de Vmax. Km est une constante pour une enzyme donne, elle est donc indpendante du substrat et
de la concentration de lenzyme. La meilleure estimation de la relation entre Vmax et Km est donne par la
relation de Michaelis-Menten :

V =Vm

ax[ S]
[ S ] + Km

[S]=Km donc V=Vmax/2

2- La formation du complexe ES repose sur des


mcanismes diverses
2-1 Complexe ES
La formation dun complexe ES est la premire tape de la catalyse enzymatique. Une grande partie du pouvoir
catalytique des enzymes vient du fait quelles se mettent en prsence des substrats dans des orientations
favorables au sein de complexe ES. Les substrats sont lis une rgion spcifique de lenzyme appele site

actif. La plupart des enzymes sont trs slectives dans leurs liaisons avec le substrat.
Lexistence des complexes ES a t mise en vidence de diffrentes faons :
-

A une concentration constante denzyme, la vitesse de raction augmente avec laugmentation de la


concentration du substrat jusqu ce quune vitesse maximale soit atteinte.
Les complexes ES ont t visualiss directement par microscopie lectronique comme dans le cas de
lADN POL 1 lie sa matrice de lADN.

Les caractristiques spectroscopiques de nombreuses enzymes ou substrats changent lors de la formation dun
complexe ES.

Julien Coguic

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Groupement
prosthtique

Tryptophane

L-srine + indole synthtase

L-tryptophane Baisse de la fluorescence

Ces changements sont particulirement parlants quand lenzyme contient un groupement prosthtique
color (pridoxal phosphate PLP). La tryptophane synthtase, enzyme bactrienne possdant le groupement
prosthtique PLP en est un exemple : laddition de la L-srine et indole lenzyme rduit la
fluorescence.

2-2 Spcificit du site actif


Le site actif dune enzyme est la rgion qui lie les substrats et contient les rsidus qui participent directement
la formation ou au clivage des liaisons. Ces rsidus sont appels groupes catalytiques. Bien que les enzymes
diffrent largement dans leur structure, leur spcificit, leur mode de catalyse, un certain nombre de caractres
gnraux concernant leur site actif peuvent tre tablis. Le site actif occupe une part relativement rduite
du volume total dune enzyme. La plupart des rsidus aa dune enzyme ne sont pas en contact avec le
substrat. La structure du site actif dpend du repliement correct de la chane polypeptidique. Le site actif est
une entit tridimensionnelle constitue de groupes venant de diffrentes rgions de la squence linaire des aa.
Des rsidus loigns dans la squence linaire peuvent interagir plus fortement que des rsidus adjacents dans
la squence en aa.
Ex : dans le lysozyme, les groupes importants du site actifs sont constitus par les rsidus 35, 52, 62, 63, 101 et
108 dans la squence linaire des 129 aa. Les sites actifs sont des fissures ou des crevasses. Dans toutes les
enzymes de structures connues, les molcules de substrats sont lies une fissure ou une crevasse.

2-3 Liaison au substrat


La spcificit de liaison dpend de la disposition dfinie des atomes dans un site actif. Un substrat doit avoir
une forme identique celle du site pour sadapter lui. Les tudes sur la spcificit du substrat des enzymes
ont conduit au concept dune complmentarit de cl-serrure entre la molcule de substrat et le site actif.
Certaines enzymes ont des formes complmentaires de celles du substrat seulement aprs que celui-ci ce soit
li. Ce processus de reconnaissance dynamique est appel adaptation induite .

2-4 Modifications du substrat


Elles font intervenir des modifications de lenzyme avec des transferts dlectron ou datomes entre lenzyme et
le substrat. Lnergie de liaison entre lenzyme et le substrat atteint un maximum au moment de la catalyse,
cd quand celui-ci est sous la forme de ltat de transition. Le modle cl-serrure propos par Fisher en 1890
rend compte de la liaison du substrat mais pas de celle des tats de transitions. Le bon modle est celui

du bton . On imagine une enzyme, la btonase dfinit pour catalyser la cassure dun bton de mtal.
Pour se casser, le bton doit dabord tre pli (tat de transition). Dans la btonase, des interactions
magntiques remplacent les liaisons de faibles nergies entre lenzyme et le substrat. Puis une enzyme
avec une poche double daimants complmentaire de la structure du substrat (bton) va le stabiliser, il
ne pourra plus tre pli cause des attractions magntiques changes avec lenzyme. Une enzyme
complmentaire de ltat de transition permettra de dstabiliser le bton et donc de catalyser la raction. Les
interactions magntiques fournissent lnergie ncessaire pour plier le bton.

3- Influence des inhibiteurs

Julien Coguic

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Les inhibiteurs peuvent tre inhibs par des molcules spcifiques. Lactivit de nombreuses enzymes peut tre
inhibe par les liaisons de petites molcules spcifiques. La plupart des enzymes peut tre rendue inefficace par
certains ractifs chimiques. Ltude des inhibiteurs enzymatiques a fourni des infos intressantes sur la
spcificit de substrat des enzymes, la nature des groupements fonctionnels du site actif et le mcanisme de
lactivit catalytique. Linhibition enzymatique peut tre soit rversible, soit irrversible. Il existe 2 principaux
types dinhibiteurs enzymatiques : les inhibiteurs irrversibles et les inhibiteurs rversibles.

3-1 Les inhibiteurs irrversibles


Les inhibiteurs irrversibles sont ceux qui se combinent avec ou qui dtruisent un groupement fonctionnel de
lenzyme qui est ncessaire son activit catalytique. Les inhibiteurs irrversibles entrainent une perte des
proprits catalytiques de lenzyme, soit par modification de sa conformation, soit par blocage du site actif de
lenzyme. Les inhibiteurs irrversibles peuvent tre rpartis en 3 catgories :
-

Les ractifs spcifiques de groupes


Les analogues du substrat
Les inhibiteurs suicides

Ex dinhibiteurs irrversibles :
-

Laspirine (acide actylsalicylique) agit par modifications covalentes de lenzyme cyclooxygnase, ce qui rduit la synthse des prostaglandines et des thromboxanes la base de
signes dinflammation. Il se comporte comme un inhibiteur irrversible du cycle actif des cyclooxygnase en actylant une srine du site actif.

La pnicilline, analogue du substrat naturel de la glycopeptide transpeptidase bactrienne,


se comporte comme un substrat suicide. Le groupement CO du cycle lactame de la pnicilline
ragit par formation dune liaison covalente avec lhydroxyle dune srine du site actif de
lenzyme aboutissant son inhibition irrversible. Le rsultat de cette inhibition sera larrt de la
synthse de la paroi des cellules bactriennes et donc la mort des bactries.

3-2 Les inhibiteurs rversibles


Linhibition rversible, contrairement linhibition irrversible est caractrise par une dissociation rapide
du complexe enzyme-inhibiteur. On distingue selon leurs mcanismes daction deux types principaux : les
inhibiteurs comptitifs et les inhibiteurs non comptitifs.

a/ Les inhibiteurs comptitifs


Dans une inhibition comptitive, lenzyme peut se lie au substrat (formation complexe ES) ou linhibiteur
(formation complexe EI) mais pas aux deux.
E + S = ES ou E + I= EI mais jamais E + S + I = ESI
Linhibiteur comptitif ressemble au substrat et se lie au site actif de lenzyme. Le substrat ne peut alors pas se
lier au mme site actif. Un inhibiteur comptitif diminue la vitesse de catalyse en rduisant la proportion de
molcules denzymes lies au substrat. A une concentration dinhibiteur donne, linhibition comptitive peut
tre leve par augmentation de la concentration de substrat.
Dans linhibition comptitive, linhibiteur rentre en comptition avec le substrat pour se lier au site actif. La
constante de dissociation de linhibiteur est donne par la formule :

Ki=

[ E ][ I ]
[ EI ]

Etant donn que laugmentation de la quantit de substrat peut surmonter linhibition, Vmax peut tre
atteinte en prsence dun inhibiteur comptitif. Le caractre propre dune inhibition

comptitive est quelle peut tre leve par une concentration suffisamment leve du
substrat. La valeur apparente de Km est modifie, leffet dun inhibiteur comptitif est daugmenter la valeur
apparente de Km. Revoir schma an dernier.

Julien Coguic

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! Lorsque la valeur de la concentration en inhibiteur augmente, la valeur de Km
apparent augmente !
S
E+I

ES

E+P

Ki

EI
S

Ex : le mthotrexate est un analogue structural du ttrahydrofolate (qui constitue la vitamine B9), coenzyme de
lenzyme dihydrofolate rductase qui joue un rle dans la synthse des purines et des pyrimidines. Il se lie la
dihydrofolate rductase 1000 fois plus fortement que le substrat naturel et il inhibe la synthse des bases
nuclotidiques. En prsence de mthotrexate, on ne pourra pas avoir synthse de purines et de pyrimidines
donc il ny aura pas de synthse dADN et donc pas de prolifration cellulaire mort cellulaire. Elle est utilise
dans le traitement du cancer.

b/ Les inhibiteurs non comptitifs


Dans linhibition non comptitive, linhibiteur se lie un site de lenzyme autre que le site de fixation du
substrat. Cela altre la conformation de lenzyme et produit une inactivation rversible du site catalytique. Les
inhibiteurs non comptitifs se fixent rversiblement la fois lenzyme libre et au complexe enzyme-substrat
pour former des complexes inactifs EI et ESI.
E + S = ES ou E + I = EI ou E + S + I = ESI
Linhibition non comptitive, contrairement linhibition comptitive, ne peut tre surmonte par
laugmentation de la concentration du substrat. Les mesures de la vitesse de catalyse, diffrentes
concentrations de substrats et dinhibiteurs, permettent de faire la distinction entre linhibition comptitive et
linhibition non comptitive.
Dans linhibition non comptitive, le substrat peut encore se lier au complexe EI, cependant, le complexe ESI ne
donne pas naissance un produit. La valeur de Vmax est diminue une nouvelle valeur appele Vmax
apparent alors que la valeur de Km est inchange. Linhibition abaisse la concentration de lenzyme, mais
pourquoi la vitesse maximale apparente est abaisse alors que Km est inchang ? Par nature, linhibition
abaisse simplement la concentration de lenzyme fonctionnel, lenzyme restante se comporte comme une
concentration plus dilue denzyme. Linhibition non comptitive ne peut pas tre leve par
augmentation de la concentration en substrat, contrairement linhibition comptitive.

! Vmax est abaiss mais Km est le mme !


S
E+I

ES

E+P

(parfois)

Ki

EI
produit)

ESI

X (pas de

III- Classification des enzymes :


Les enzymes sont classes selon les ractions quelles catalysent. La spcificit daction des enzymes permet
de les dnommer et de les classer selon les ractions quelles catalysent. Quelques enzymes ont reues un nom
commun (tel que la trypsine, la chymotrypsine ou la papane) qui est encore utilis. Cependant, la plupart des
enzymes sont dsigns :

Julien Coguic

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-

en ajoutant le suffixe -ase au nom de leur substrat. Par exemple lurase qui catalyse lhydrolyse
de lure, larginase catalyse hydrolyse de larginine et la DNase catalyse la dgradation de lADN.

Ou un terme dcrivant la raction catalyse comme par exemple la glucose 6 phosphate


dshydrognase. Les enzymes sont rparties selon le type de raction quelles catalysent en 6
classes elles-mmes subdivises en sous-classes permettant de mieux dfinir la fonction de chaque
enzyme.

Classe 1 : les oxydo rductases catalysent les ractions de transferts dlectrons.


Classe 2 : Les transfrases catalysent les ractions de transferts datomes ou de groupements
datomes.
Classe 3 : Les hydrolases catalysent les ractions de coupure de liaison par leau.
Classe 4 : Les liases catalysent les ractions de coupure de liaison dune autre faon (PAL).
Classe 5 : Les isomrases catalysent les ractions disomrisation.
Classe 6 : Les ligases catalysent les ractions de cration de liaison avec consommation de lATP.
Chaque enzyme a un numro de code qui permet didentifier la classe et les sous-classes auxquelles elle
appartient.
Ex : la nomenclature de lenzyme catalysant la raction : D-glucose + ATP D-glucose-6-phosphate + ADP est
ATP glucose phospho transfrase = hexokinase (hexo : substrat=sucre et kinase : phosphorylation) qui
indique quelle catalyse le transfert dun groupement phosphate de lATP au glucose. Elle est classe dans la
catgorie 2 et son numro dans la classification est EC, 2.7.1.1
Le premier chiffre 2 correspond au numro de la catgorie de la transfrase .
Le second chiffre 7 correspond la sous-catgorie phospho transfrase .
Le troisime chiffre 1 correspond la sous sous-catgorie phospho transfrase avec un hydroxyle
comme accepteur.
Le dernier chiffre 1 pour les D-glucose comme accepteur du phosphate.
Quand le nom systmatique dune enzyme est long et peu commode, un nom trivial peut tre utilis :
hexokinase dans lexemple prcdent.

Julien Coguic