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Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
F.Ciencias UNAM
Propiedades,
representaciones grficas
y manipulacin del DNA
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
F.Ciencias UNAM
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
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Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
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Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
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Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
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5 ATCGACCTTGACTAGTCCGTAGC 3
Secuencia complementaria, -, molde o templado: |||
3 TAGCTGGAACTGATCAGGCATCG 5
Secuencia reversa:
3 CGATGCCTGATCAGTTCCAGCTA 5
Secuencia antiparalela (reversa complementaria): |||
5 GCTACGGACTAGTCAAGGTCGAT 3
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
F.Ciencias UNAM
Cadena codificante
El cdigo gentico
TTT
TTC
TTA
TTG
(AAA)
(GAA)
(TAA)
(CAA)
Phe
Phe
Leu
Leu
F
F
L
L
TCT
TCC
TCA
TCG
(AGA)
(GGA)
(TGA)
(CGA)
Ser
Ser
Ser
Ser
S
S
S
S
TAT
TAC
TAA
TAG
(ATA)
(GTA)
(TTA)
(CTA)
Tyr
Tyr
Och
Amb
Y
Y
*
*
TGT
TGC
TGA
TGG
(ACA)
(GCA)
(TCA)
(CCA)
Cys
Cys
Opa
Trp
C
C
*
W
CTT
CTC
CTA
CTG
(AAG)
(GAG)
(TAG)
(CAG)
Leu
Leu
Leu
Leu
L
L
L
L
CCT
CCC
CCA
CCG
(AGG)
(GGG)
(TGG)
(CGG)
Pro
Pro
Pro
Pro
P
P
P
P
CAT
CAC
CAA
CAG
(ATG)
(GTG)
(TTG)
(CTG)
His
His
Gln
Gln
H
H
Q
Q
CGT
CGC
CGA
CGG
(ACG)
(GCG)
(TCG)
(CCG)
Arg
Arg
Arg
Arg
R
R
R
R
ATT
ATC
ATA
ATG
(AAT)
(GAT)
(TAT)
(CAT)
Ile
Ile
Ile
Met
I
I
I
M
ACT
ACC
ACA
ACG
(AGT)
(GGT)
(TGT)
(CGT)
Thr
Thr
Thr
Thr
T
T
T
T
AAT
AAC
AAA
AAG
(ATT)
(GTT)
(TTT)
(CTT)
Asn
Asn
Lys
Lys
N
N
K
K
AGT
AGC
AGA
AGG
(ACT)
(GCT)
(TCT)
(CCT)
Ser
Ser
Arg
Arg
S
S
R
R
GTT
GTC
GTA
GTG
(AAC)
(GAC)
(TAC)
(CAC)
Val
Val
Val
Val
V
V
V
V
GCT
GCC
GCA
GCG
(AGC)
(GGC)
(TGC)
(CGC)
Ala
Ala
Ala
Ala
A
A
A
A
GAT
GAC
GAA
GAG
(ATC)
(GTC)
(TTC)
(CTC)
Asp
Asp
Glu
Glu
D
D
E
E
GGT
GGC
GGA
GGG
(ACC)
(GCC)
(TCC)
(CCC)
Gly
Gly
Gly
Gly
G
G
G
G
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
F.Ciencias UNAM
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
F.Ciencias UNAM
Marcos de lectura (5 3)
TTT
TTC
TTA
TTG
(AAA)
(GAA)
(TAA)
(CAA)
Phe
Phe
Leu
Leu
F
F
L
L
TCT
TCC
TCA
TCG
(AGA)
(GGA)
(TGA)
(CGA)
Ser
Ser
Ser
Ser
S
S
S
S
TAT
TAC
TAA
TAG
(ATA)
(GTA)
(TTA)
(CTA)
Tyr
Tyr
Och
Amb
Y
Y
*
*
TGT
TGC
TGA
TGG
(ACA)
(GCA)
(TCA)
(CCA)
Cys
Cys
Opa
Trp
C
C
*
W
CTT
CTC
CTA
CTG
(AAG)
(GAG)
(TAG)
(CAG)
Leu
Leu
Leu
Leu
L
L
L
L
CCT
CCC
CCA
CCG
(AGG)
(GGG)
(TGG)
(CGG)
Pro
Pro
Pro
Pro
P
P
P
P
CAT
CAC
CAA
CAG
(ATG)
(GTG)
(TTG)
(CTG)
His
His
Gln
Gln
H
H
Q
Q
CGT
CGC
CGA
CGG
(ACG)
(GCG)
(TCG)
(CCG)
Arg
Arg
Arg
Arg
R
R
R
R
ATT
ATC
ATA
ATG
(AAT)
(GAT)
(TAT)
(CAT)
Ile
Ile
Ile
Met
I
I
I
M
ACT
ACC
ACA
ACG
(AGT)
(GGT)
(TGT)
(CGT)
Thr
Thr
Thr
Thr
T
T
T
T
AAT
AAC
AAA
AAG
(ATT)
(GTT)
(TTT)
(CTT)
Asn
Asn
Lys
Lys
N
N
K
K
AGT
AGC
AGA
AGG
(ACT)
(GCT)
(TCT)
(CCT)
Ser
Ser
Arg
Arg
S
S
R
R
GTT
GTC
GTA
GTG
(AAC)
(GAC)
(TAC)
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Val
Val
Val
Val
V
V
V
V
GCT
GCC
GCA
GCG
(AGC)
(GGC)
(TGC)
(CGC)
Ala
Ala
Ala
Ala
A
A
A
A
GAT
GAC
GAA
GAG
(ATC)
(GTC)
(TTC)
(CTC)
Asp
Asp
Glu
Glu
D
D
E
E
GGT
GGC
GGA
GGG
(ACC)
(GCC)
(TCC)
(CCC)
Gly
Gly
Gly
Gly
G
G
G
G
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
F.Ciencias UNAM
3)
3
2
1
1(r)
3(r)
2(r)
TTT
TTC
TTA
TTG
(AAA)
(GAA)
(TAA)
(CAA)
Phe
Phe
Leu
Leu
F
F
L
L
TCT
TCC
TCA
TCG
(AGA)
(GGA)
(TGA)
(CGA)
Ser
Ser
Ser
Ser
S
S
S
S
TAT
TAC
TAA
TAG
(ATA)
(GTA)
(TTA)
(CTA)
Tyr
Tyr
Och
Amb
Y
Y
*
*
TGT
TGC
TGA
TGG
(ACA)
(GCA)
(TCA)
(CCA)
Cys
Cys
Opa
Trp
C
C
*
W
CTT
CTC
CTA
CTG
(AAG)
(GAG)
(TAG)
(CAG)
Leu
Leu
Leu
Leu
L
L
L
L
CCT
CCC
CCA
CCG
(AGG)
(GGG)
(TGG)
(CGG)
Pro
Pro
Pro
Pro
P
P
P
P
CAT
CAC
CAA
CAG
(ATG)
(GTG)
(TTG)
(CTG)
His
His
Gln
Gln
H
H
Q
Q
CGT
CGC
CGA
CGG
(ACG)
(GCG)
(TCG)
(CCG)
Arg
Arg
Arg
Arg
R
R
R
R
ATT
ATC
ATA
ATG
(AAT)
(GAT)
(TAT)
(CAT)
Ile
Ile
Ile
Met
I
I
I
M
ACT
ACC
ACA
ACG
(AGT)
(GGT)
(TGT)
(CGT)
Thr
Thr
Thr
Thr
T
T
T
T
AAT
AAC
AAA
AAG
(ATT)
(GTT)
(TTT)
(CTT)
Asn
Asn
Lys
Lys
N
N
K
K
AGT
AGC
AGA
AGG
(ACT)
(GCT)
(TCT)
(CCT)
Ser
Ser
Arg
Arg
S
S
R
R
GTT
GTC
GTA
GTG
(AAC)
(GAC)
(TAC)
(CAC)
Val
Val
Val
Val
V
V
V
V
GCT
GCC
GCA
GCG
(AGC)
(GGC)
(TGC)
(CGC)
Ala
Ala
Ala
Ala
A
A
A
A
GAT
GAC
GAA
GAG
(ATC)
(GTC)
(TTC)
(CTC)
Asp
Asp
Glu
Glu
D
D
E
E
GGT
GGC
GGA
GGG
(ACC)
(GCC)
(TCC)
(CCC)
Gly
Gly
Gly
Gly
G
G
G
G
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
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Mapa de Restriccin
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
F.Ciencias UNAM
Mapa de Restriccin 2
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
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cebadores
3 dNTPs, Mg2+
Ligasas
P
P
Mg2+, ATP 5
P
P
P
3
P 5
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
F.Ciencias UNAM
3
P5
5 OH
3
3
OH
Cinasas(fosforilacin)
5 P
3 OH
P 3
3 P
PP 5
OH
P
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Lab. Biologa Molecular Optativa
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Endonucleasas
No especficas
Especficas (enzimas de restriccin)
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Lab. Biologa Molecular Optativa
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Enzimas de Restriccin
Sistema bacteriano de restriccin/metilacin para proteger el
material gentico propio (metilado) y destruir el extrao.
Las enzimas comerciales constan nicamente del dominio de
restriccin.
Tipo II:
En general reconocen secuencias palindrmicas de 4 a 8 pb
EcoR I 5G|AATTC 3
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Lab. Biologa Molecular Optativa
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Enzimas de Restriccin
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5CTGCA|G 3
3G|ACGTC 5
SpeI
5 A|CTAGT 3
3 TGATC|A 5
5 CTGCA 3
3 G
5
5
3
G 3
ACGTC 5
5 A
3
3 TGATC 5
5 CTAGT 3
3
A 5
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Lab. Biologa Molecular Optativa
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Enzimas de Restriccin
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Lab. Biologa Molecular Optativa
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algunas aplicaciones
de las herramientas
de la biologa molecular
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RFLPs
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Herencia de RFLPs
Viviana Escobar
Lab. Biologa Molecular Optativa
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ms frecuentes:
Caracterizacin de protenas, mRNAs, regiones reguladoras
Secuenciacin de genomas
Expresin heterloga
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in vivo
in vitro
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Lab. Biologa Molecular Optativa
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Clonacin
en un vector
de expresin
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Plsmidos
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Clonacin en un plsmido
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Fagos y fagmidos
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Csmidos
Csmidos: plsmidos con
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Cromosomas artificiales
PACs:cromosomas artificiales
de fago
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Tipos de inserto:
Productos de PCR
Libreras de cDNA (generadas con transcriptasa reversa)
DNA genmico (fragmentado por mtodos fsicos, qumicos o enzimticos)
DNA de muestras ambientales (metagenomas)
Productos de digestin (restriccin)
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PCR
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PCR
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F.Ciencias UNAM
Amplificacin
de DNA
genmico y de
mRNA
por PCR
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Lab. Biologa Molecular Optativa
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Sntesis de cDNA
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Lab. Biologa Molecular Optativa
F.Ciencias UNAM
Secuenciacin
de un genoma
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Chromosome walking
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F.Ciencias UNAM
Estrategias de secuenciacin
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Secuenciacin de Sanger 1
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Sanger 2
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secuenciacin con
terminadores fluorescentes
electroferograma
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Mtodos
post Sanger
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Southern/Northern blot
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Microarreglos
para perfiles
de expresin
de genes
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Bibliografa Bsica
Molecular Cloning: a Laboratory Manual
Joseph Sambrook y David W. Russell
3a ed. Cold Spring Harbor Laboratory
Press, 2001
www.neb.com
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Soluciones y diluciones
Peso molecular
PM = m/n = g/mol
Molaridad
Normalidad
N=(nmero de equivalentes)/(Litro de solucin) = eq/L
equivalente=(masa molecular)/(nmero de equivalencia)
Dilucin
C1V1=C2V2
Ej: Que volumen de buffer 10X debo poner a 10 uL de una reaccin para que la concentracin final sea 1x?
Viviana Escobar
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4.
5.
6.
7.
8.
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Material
tijeras
cinta adhesiva transparente (para tubos)
Masking tape (soluciones)
marcador indeleble punto fino (UNO por
equipo cada sesin)
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