CZ I (Koblowska)

Pytania zamknite po 2 pkt., otwarte po 5.

1. Na ekspresyjnej mikromacierzy DNA wypordukowanej przez firm Affymetrix znajduj si:
a) zestawy kilku (do trzydziestu) sond o dugoci 25 nukleotydw wykrywajcych kady z
badanych transkryptw;
b) zestaw kilku sond o dugoci kilkuset nukleotydw wykrywajcych kady z badanych
transkryptw;
c) po jednej sondzie o dugoci kilkuset nukleotydw specyficznej dla kadego z badanych
transkryptw;
d) po jednej sondzie o dugoci 25 nukleotydw dla kadego z transkryptw, do ktrych badania
zostaa zaprojektowana mikromacierz;
e) po jednej sondzie o penej dugoci kadego z transkryptw, do ktrych badania zostaa
zaprojektowana mikromacierz.
2. Mikromacierze maj zastosowanie w:
a) w rozrnianiu jednostek chorobowych poprzez badanie poziomw ekspresji wielu genw na
raz;
b) badaniu regulacji ekspresji genw poprzez analiz wzorw modyfikacji posttranslacyjnych na
mikromacierzach o wysokiej gstoci;
c) identyfikacji markerw chorobowych poprzez wykrywanie transkryptw wyraanych na
poziomie charakterystycznym dla badanego stanu;
d) badaniach asocjacyjnych majcych na celu genotypowanie setek tysicy SNP na raz;
e) adna z powyszych odpowiedzi nie jest poprawna;
f) odpowiedzi a i d s poprawne/odpowiedzi od a do d s poprawne?
3. W jaki sposb mona potwierdzi wyniki mikromacierzowej analizy ekspresji okrelonego
genu:
a) analiza za pomoc mikromacierzy DNA jest najprecyzyjniejszym i najlepszym sposobem
ilociowej oceny ekspresji genw, potwierdzenie jej wynikw nie ma sensu
b) metod Northern blot
c) metod Southern blot
d) przy pomocy drodowego systemu dwuhybrydowego
e) metod ilociowego PCR (qPCR)
f) wszystkie odpowiedzi s poprawne
g) poprawne s odpowiedzi b,c,d
h) poprawne s odpowiedzi b,c,d,e
i) poprawne s odpowiedzi b,e
j) poprawne s odpowiedzi a,b,c,e
k) poprawne s odpowiedzi a,b,e
l) brak odpowiedzi poprawnej

4. Do czego su mikromacierze tilingowe?

a) porwnywania poziomw ekspresji genw;
b) identyfikacji miejsc wizania czynnikw transkrypcyjnych do DNA
c) analizy alternatywnego splicingu; (przypadkiem nie C??) nie wydaje
alternatywnego splicingu wystarcz zwyke RNA
d) wykrywania nieznanych genw;
e) wszystkie odpowiedzi s prawidowe;
f) prawidowe s odpowiedzi b, c, d;
g) prawidowe odpowiedzi a, c, d.

mi

si,

do

5. Przeprowadzono dowiadczenie na 2 krowach, z ktrych jedn traktowano substancj S

odziaujc na mzg. Z pierwszego osobnika pobrano 4 prbki kontrolne, a z innego osobnika
4 prby badane, po zastosowaniu S. Przeprowdzono mikromacierzow analiz ekspresji
genw. Jaki bdzie wynik?
a) substancja odziaujca na mzg jest tak silna, e zmienione bdzie ekspresja minimum 60%
genw
b) 4 prby to za mao by wynik by reprezentatywny
c) nie mona stwierdzi, czy ronice bd powodowane dziaaniem badanej substancji,
czy rnicami osobniczymi midzy zwierztami
d) adna z odpowiedzi nie jest prawidowa.
6. Plik .CEL zawiera:
a) urednione i znormalizowane dane o sile sygnau dla kadego transkryptu badanego na
mikromacierzy
b) bitmap bdc zeskanowanym obrazem mikromacierzy DNA nie poddan jakiejkolwiek
obrbce
c) dane o intensywnoci sygnau zarejestrowanego dla kadej z sond znajdujcych si na
mikromacierzy
d) znormalizowanie dane o intensywnoci sygnau zarejstrownego dla kadej sond znajdujcej
si na mikromacierzy
7. Na powierzchni nieuywanej mikromacierzy znajduj si:
a) czsteczki RNA o odpowiedniej strukturze przestrzennej
b) dwuniciowe DNA wyznakowane fluorescencyjnie
c) dwuniciowe DNA niewyznakowane
d) jednoniciowe DNA wyznakowane fluorescencyjnie
e) jednoniciowe DNA niewyznakowane
8. Czym rni si macierze tilingowe od tradycyjnych macierzy ekspresyjnych?
a) rodzajem podoa
b) gstoci pokrycia genomu
c) rodzajem wykorzystanych sond
d) macierze tilingowe w przeciwietswie do macierzy DNA wykrywaj biaka

e) poprawne s odpowiedzi a, b, c
9. Jeli Fold Change genu wynosi -5, oznacza to, e poziom transkrypcji:
a) wzrs o 5% w prbie badawczej w stosunku do prby kontrolnej
b) zmala o 5% w prbie badawczej w stosunku do prby kontrolnej
c) wzrs lub zmala o 5% w prbie badawczej w stosunku do prby kontrolnej
d) wzrs lub zmala 5 razy w prbie badawczej w stosunku do prby kontrolnej
e) wzrs 5 razy w prbie badawczej w stosunku do prby kontrolnej
f) zmala 5 razy w prbie badawczej w stosunku do prby kontrolnej
10. Wska zdanie prawdziwe.
a) do jednoczesnego badania zmian w poziomach wielu tysicy czsteczek mRNA su
mikromacierze RNA;
b) za pomoc mikromacierzy jestemy w stanie oznaczy dokadny poziom transkryptu w
komrce;
c) rnice w poziomach mikroRNA pomidzy prbami mona wykrywa jedynie za pomoc
sekwencjonowania nowej generacji;
d) mikromacierze DNA mog suy do badania stanu chromatyny w jdrze komrki;
e) poziom transkryptu dla danego genu jest zawsze wprost proporcjonalny do iloci
funkcjonalnego biaka.
11. Opisz, jak ustali pooenie znanego czynnika transkrypcyjnego w genomie drody.
Podaj etapy eksperymentu i ich krtki opis.
ChIP-seq lub ChIP-chip; ChIP-chip to jak ChIP-seq (patrz zad. 5 z Tiuryna), tylko zamiast
sekwencjonowania nakadamy na mikromacierz.
12. Jakie metody badawcze stosuje si w celu ustalenia zwizku midzy wystpowaniem
badanej cechy klinicznej, a polimorfizmami w genomie czowieka? Jakie znasz typy
polimorfizmw wystpujcych w genomie czowieka? W jakim celu prowadzone s te
badania?
chodzi o GWAS; polimorfizmy: single nucleotide polymorfism, polimorfizm chromosomw, copy
number variation
CZ II (Tiuryn)
po 6 pkt. za zadanie, wystarczy zrobi 5 zada eby mie maksa
1. Opisz dziaanie algorytmu Gibbs sampler. Jaki problem rozwizuje ten algorytm?
Gibbs sampler to algorytm sucy do rozwizywania nastpujcego problemu: mamy dany
zbir sekwencji (np. zbir sekwencji, o ktorych wiemy, e wie si do nich jeden czynnik
transkrypcyjny); chcemy znale w nich wsplny motyw o zadanej dugoci. Algorytm dziaa
nastpujco:

Dane: X={X1, X2, Xn} - zbir sekwencji

L - dugo szukanego motywu
G - zbir losowo wybranych L-merw z X (po jednym z kadej sekwencji) {S1, S2, , Sn}
O - macierz czstoci G (to jest teta, tylko nie ma go w special characterach)
O0 - macierz ta z X (nie jestem pewna o co chodzi)
while (jaki warunek stopu) repeat
losuj i
usu Si
oblicz nowe O, O0
dla kadego S, bdcego L-merem z Xi: waga(S) + P(S|O) / P(S|Oo)
(przypisujemy wagi na podstawie prawdopodobiestw)
losuj nowy L-mer z Xi zgodnie z wyliczonymi wagami
docz do G
oblicz nowe O, O0
Warunkiem stopu moe by ilo iteracji, albo sprawdzamy na ile zmieniaj si wyliczane
macierze czstoci w kolejnych interacjach, jeli nieznacznie albo wcale - przerywamy.
2. Opisz procedur usuwania ta dla macierzy firmy Affymetrix. Do czego suy procedura
usuwania ta?
Dzielimy macierz na K obszarw (przewanie K=16); dla kadego obszaru za warto ta
przyjmujemy najsabsze 2% sygnau (nie bierzemy pod uwag komrek kontrolnych); na tej
podstawie wyliczamy to dla konkretnych komrek, biorc pod uwag ich pooenie wzgldem
obszarw (troch improwizuj, nie mam tego w zeszycie, ale mniej wicej tak napisaam i byo
dobrze). Liczymy rwnie poziom niespecyficznego wizania transkryptw na podstawie sond
Mismatch (cotam byo mdrzej opisane jak dokadnie to si dzieje, pniej sprawdz).
Procedura ta suy do wyeliminowania szumw powstaych z niedoskonaoci technicznych
eksperymentu oraz z niespecyficznego wizania transkryptw.
(w sumie chyba wystarczy tak, dokadnych wzorw nie wymaga)
3. Jakie znasz metody selekcji genw wykazujcych rnicow ekspresj przy pomiarach
mikromacierzami cDNA? Opisz kad nich skrtowo. Na czym polega zagadnienie
selekcji genw wykazujcych rnicow ekspresj?
fold change (czyli krotno zmiany ekspresji genu) - przyjmujemy, e od pewnej wartoci
progowej fold changeu geny uznajemy za ulegajce rnicowej ekspresji
- testowanie hipotez (najczciej za pomoc testu t-Studenta)
- ANOVA - analiza wariancji; badamy rda wariancji wartoci ekspresji genu; zakadamy, e
wszystkie prbki z tym genem s niezalene, wartoci ich ekspresji maj t sam wariancj i
rozkad normalny
4. Na czym polega sekwencjonowanie "dideoxy" Sangera? Jakiej dugoci odczyty si
uzyskuje?

Sekwencjonowanie Sangera przebiega nastpujco: w probwkach z DNA, ktre

chcemy zsekwencjonowa znajduje si polimeraza, wszystkie nukleotydy oraz jeden z
dideoksynukleotydw. Polimeraza tworzy acuch komplementarny do naszego, przy czym
jeeli przyczepi dideoksynukleotyd zamiast deoksynukleotydu nie moe kontynuowa replikacji i
przerywa. W ten sposb w probwce z dideoksyadeninami powstaj sekwencje rnej dugoci
koczce si na dideoksyadenin; analogicznie dla dideoksycytozyny etc. Na koniec uzyskane
sekwencje rozdziela si na elu przy pomocy elektroforezy i odczytuje sekwencje - na przykad,
jeeli najlejsza sekwencja (skadajca si z jednego nukleotydu) znajduje si w kolumnie
z dideoksyguaninami oznacza to, e pierwszym nukleotydem w sekwencji bya guanina etc.
Mona w ten sposb uzyska odczyty dugoci ok. 800 nukleotydw.
5. Opisz na czym polega metoda ChIP-seq. Do czego suy to podejcie?
Metoda ChIP-seq suy do znajdowania miejsc w genomie, do ktrych wi si konkretne
biaka, np. czynniki transkrypcyjne albo histony z wybranymi modyfikacjami. Eksperyment
przebiega nastpujco:
- uzyskanie materiau, z ktrego chcemy uzyska wyniki (jeli np. badamy, gdzie wie si
dany czynnik transkrypcyjny pod wpywem stresu solnego pobieramy materia z komrek
poddawanych stresowi)
- utrwalenie wiza midzy DNA a biakami
- losowa fragmentacja DNA (najczciej sonikacja)
- immunoprecypitacja przy pomocy przeciwcia specyficznych do danego biaka / modyfikacji
histonowej
- oczyszczenie uzyskanego materiau z biaek - zostaj fragmenty DNA, do ktrych przywizane
byo dane biako
- sekwencjonowanie uzyskanych fragmentw
- analiza bioinformatyczna (zmapowanie na genom; szukiwanie peakw istotnych statystycznie,
np. przy pomocy programu MACS)
Dobrze jest przygotowa rwnie prb kontroln, aby uwzgldni w analizie szumy.
Najczciej stosuje si tzw. input DNA, czyli prb przygotowan podobnie do powyszej z
pominiciem etapu immuoprecypitacji.
6. Opisz metod 'de novo' asemblacji transkryptomu w eksperymencie RNA-Seq. Jakie
s silne oraz jakie s sabe strony tej metody? Do czego suy metoda asemblacji
transkryptomu i co to jest transkryptom?
Metoda asemblacji de novo polega na odtworzeniu transkryptomu z odczytw RNA bez uycia
genomu referencyjnego. Przebiega nastpujco:
Tworzymy z odczytw wszystkie moliwe k-mery, tworzymy z nich graf de Bruijna, a nastpnie
szukamy w nim cieki eulerowskiej. Graf de Bruijna to graf, w ktrym wierzchoki stanowi
prefiksy i sufiksy o dugoci k-1 z wszystkich k-merw, przy czym dwa wierzchoki A i B s
poczone, jeli A stanowi prefiks pewnego k-meru C, a B stanowi jest sufiks. Zalet podejcia
de novo jest to, e nie musimy mie genomu referencyjnego. Wad jest dua wraliwo na
powtrzenia w genomie i bldy w sekwencjonowaniu (w przypadku asemblacji referencyjnej
odczyty le zsekwencjonowane po prostu nie zalignuj si do genomu). Wad jest rwnie dua

zoono obliczeniowa dla duych transkryptomw.

CZ III (Dadlez)
1. Na poniszej obwiedni izotopowej peptydw A i B wska piki monoizotopowe. Oblicz
stopie naadowania i mas monoiztopow B. Eksperyment wykonano w spektrometrze
pracujcym w trybie jonw dodatnich. Obowizuje dokadno do 1-go miejsca po
przecinku. 2 pkt.
Pik monoizotopowy to pierwszy wysoki pik po szumach, niekoniecznie ten najwyszy. Stopie
naadowania liczymy tak: patrzymy na odlego midzy pikami na osi x (pewnie wyjdzie co
w stylu 0.5; powinny by rozoone w miar rwnomiernie); odwrotno tej rnicy to stopie
naadowania (w tym wypadku byoby 2). Co do masy to gowy nie dam, ale jeli na osi x jest m/
z, to chyba to jest po prostu masa przez adunek, wic wystarczy sczyta warto m/z dla piku
monoizotopowego (powinna by napisana nad pikiem) i pomnoy przez adunek, ktry nam
wyszed.
2. jaki rysunek z iTRAQ; 2 pkt.
3. Opisz kolejne kroki prowadzce od wycicia prka z elu do identyfikacji biaka
podczas eksperymentu LC-ESI-MS-MS/MS. 5 pkt
przygotowanie prbek - trawienie
rozdzielenie peptydw przez HPLC (LC step)
ESI - jonizacja biaka poprzez rozpylanie go z igy pod napiciem
MS step - wybr fragmentow do fragmentacji
MS/MS step - fragmentacja peptydw
przeszukanie baz wynikow list
do generowane s listy pocztkowych mas jonw
oraz po wtrnej fragmentacji
4. cotam o domenowych pikach; jak wygldayby widma m/z dla MALDI i ESI; 2pkt

Isotope peaks in ESI are not evenly spaced

5. Opisz co dzieje si z biakiem w komorze kolizyjnej. 2 pkt
zderza si z czsteczkami gazu i ulega fragmentacji
Nastpuje zderzanie si jonw naadowanego wczeniej peptydu z czsteczkami gazu
obojtnego obecnymi w komorze, na skutek zderze jony rozpadaj sie
6. Rnica midzy obwiedni izotopow a adunkow w eksperymencie ESI-MS. 2 pkt
DRUGI TERMIN
CZ I (Koblowska)
Pytania 3-6, 8, 11-12 takie same.
CZ II (Tiuryn)

1. Opisz dziaanie algorytmu MEME. Jaki problem rozwizuje ten algorytm?

2. Podaj matematyczne podoe metody analizy skadowych gwnych (PCA). Do czego
suy?
3. Jakie znasz rodzaje mikromacierzy? Opisz kad nich skrtowo. Czym jest wykres MA
(MA plot) przy analizie macierzy cDNA? Do czego suy? Porwnaj MA plot z wykresem
log-log.
4. Na czym polega sekwencjonowanie wedug metody Illumina/Solexa? Jakiej dugoci
odczyty si uzyskuje?
5. Opisz na czym polega metoda ChIP-seq. Do czego suy to podejcie?
6. Opisz konstrukcj grafw de Bruijna. Jaki problem algorytmiczny rozwizuje si przy
uyciu grafw de Bruijina w kontekcie asemblacji genomw z krtkich odczytw?
CZ III (Dadlez)
Identyczna jak w pierwszym terminie.