Aplicacin de R en la

evaluacin de stocks
pesqueros
Paz Sampedro, Gersom Costas
Instituto Espaol de Oceanografa

Evaluacin
Stocks

Recoleccin
Datos
Gestin
Pesqueras
Elaboracin
Regulaciones

Medidas
Gestin

- Los stocks son

compartidos: internacional
- Repite anualmente
- Proceso transparente

paquete INBIO
Informacin biolgica especies con incertidumbre
asociada
Estandarizar metodologas de estimacin a nivel
nacional

Ajusta los modelos ms comunes de relacin tallapeso, madurez, crecimiento y sexratio.

Incertidumbre: bootstrap no paramtrico.

paquete INBIO
# crecimiento(especie = "nombre especie", cl = 1, unid=cm, sex = F, b = 3, Li = 80,
Lfija=F, Ki = 0.7, T0i = -1, Wi = 2500, Wfijo=F, Kwi = 0.4, T0wi = -1, n = 1000)
crecimiento (especie="caballa", sex=T)
Datos, fichero plano
tal

pes
38
37.5
35
38.5
36
35.8
38.5
38.5
36.8
39.9
33.5
34.7
35.8
35.2
36.4

eda
432
408
331
446
385
323
434
447
409
463
292
343
381
324
365

mad
7
6
8
9
7
8
5
8
7
4
4
5
5
7

sex
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

2
2
1
2
1
2
1
1
2
2
2
1
2
2
1

paquete INBIO: outputs grficas

paquete INBIO: outputs txt

Da: 15-feb-2013

Hora: 14:51:40

CRECIMIENTO EN TALLA: von Bertalanffy

-----------------------------------------------------Especie: caballa
Sexo: Hembras
N: 838
Argumentos Rutina:
crecimiento(especie = "caballa", sex = T)
-----------------------------------------------------RESULTADOS AJUSTE (datos originales)
Nonlinear regression model
model: tal ~ L * (1 - exp(-K * (eda - T0)))
data: parent.frame()
L
K
T0
37.8763 0.4278 -0.7066
residual sum-of-squares: 11496
Number of iterations to convergence: 4
Achieved convergence tolerance: 1.964e-05
PARMETROS ESTIMADOS: ORIGINALES-BOOTSTRAP
Estima original
Linf (cm) 37.87626
k (ao-1) 0.427815
t0 (ao) -0.706567

Estima boot
37.85166
0.430047
-0.696725

CV boot
0.017
0.109
0.334

COST*: A Common Open Source Tool

La precisin de datos biolgicos y estimas de parmetros:
capturas por talla y edad
COSTcore: clases de datos, funciones bsicas
COSTeda: anlisis exploratorio de datos
COSTdbe: estimaciones analticas y bootstrap
COSTmbe: estimaciones bayesianas
COSTsim: simulaciones
*http://wwz.ifremer.fr/cost

COSTcore: clases de datos, funciones bsicas

Commercial
sampling

Commercial
landings

Commercial
effort

COSTeda: anlisis exploratorio de datos

data(sole)
strDef <- strIni(timeStrata="quarter",techStrata="foCatEu5")
object <- csDataCons(csDataVal(sole.cs),strDef)
res <- disCorrPlot(object,aux="landings",techStrata=TRUE,l.col="steelblue)

COSTeda: anlisis exploratorio de datos

data(cod2004)
spacePlot(cod2004ce,"trpNum","rect",sum,statrects=TRUE,scale.title="Number of
trips")
title("Effort by Scottish vessels for cod in 2004")

COSTdbe: estimaciones analticas y bootstrap

strD <- strIni(timeStrata="quarter",techStrata="commCat")

csObject <- csDataCons(csDataVal(subset(sole.cs,sampType%in%c("M","V"))),strD)
clObject <- clDataCons(clDataVal(sole.cl),strD)
dbeOutput <- dbeObject(species="Solea solea",catchCat="LAN",strataDesc=strD)
sol.dbe.boot <- RaiseLgthBoot (dbeOutput, csObject, clObject, B=1000)
sol.dbe.boot <- RaiseAgeBoot (dbeOutput = sol.dbe.boot, csObject = csObject,
type="p")
head(sol.dbe.boot@ageStruc$estim )

head(sol.dbe.boot@ageNum$cv)

time
2006 - 1
2006 - 1
2006 - 1
2006 - 1
2006 - 1
2006 - 1

time space technical age value

2006 - 1 all
1
1
NaN
2006 - 1 all
1
2
NaN
2006 - 1 all
1
3
NaN
2006 - 1 all
1
4 1.8137208
2006 - 1 all
1
5 0.6464937
2006 - 1 all
1
6 0.6106700

space technical age value

all
1
1 0.0000
all
1
2 0.0000
all
1
3 0.0000
all
1
4 450.3181
all
1
5 6450.1442
all
1
6 10598.0905

Modelos
Evaluacin STOCKS
PESQUEROS
en R
FLR (Fisheries Libraries in R)*
Coleccin de herramientas para la ciencia pesquera cuantitativa.
Escrita en R y C++
Basada en S4 clases

* http://www.flr-project.org/

Modelos
Evaluacin STOCKS PESQUEROS
en R

Modelos ya desarrollados:
XSA: modelo estructurado por edad
(C++)

Modelos nuevos en R:
Fla4a: assessment for all

ASPIC: modelo dinmica de biomasa

(FORTRAN)
* http://www.flr-project.org/
SAM: state-space model (ADMB)

paquete FLXSA
Modelo ms usado para la evaluacin de stocks: XSA
(Extended Survivor Analysis)
Datos de entrada: mantienen el formato del programa
previo:
indexms.txt
catonms.txt
canumms.txt
wecams.txt
westms.txt
natms.txt
ogims.txt
fprms.txt
mprms.txt
fleet07.txt

paquete FLXSA

mon07 <- read.FLStock("indexms.txt")

mon07.ind <- read.FLIndices("fleet07.txt")
mon07.ind.sel <- mon07.ind[c(3,4)]
mon07.xsa.ctl <- FLXSA.control(maxit=30,fse = 0.5, rage = -1, qage = 10, shk.n =
FALSE, shk.f = TRUE, shk.yrs = 5, shk.ages = 5, window = 100, tsrange = 100, tspower
= 0, vpa = FALSE)
mon07.xsa <- FLXSA(mon07, mon07.ind.sel, mon07.xsa.ctl, "Assessment FLR L.
piscatorius)

Resultados de evaluacin de stocks

FLXSA
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006

Yield(t)
2955
3715
2981
1932
1259
788
1032
2278
3157
3644
2932

Fbar(ages3-10)
0.212
0.269
0.197
0.128
0.046
0.027
0.040
0.070
0.081
0.088
0.048

Rage=1, thousands
3049
3383
4289
4520
5293
9702
9069
10860
10258
4038
1973

SSB(t)
11916
11373
9538
8130
8232
10889
14041
17795
21963
25522
29943

ichthyoanalysis*
Paquetes:
BIOMAN 2012
10 - 30 May
R/V Ramn Margalef

geofun: estimacin de rea

representada por cada estacin de
muestreo

61

48

59

57
Nantes

55

47
53
51
49

egg: modelos multinomiales para

estimar la produccin total de
huevos

47

La Rochelle

46

46

45
44
43
42
41

Anchovy eggs(eggs/0.1m^2)

39
Bordeaux

45

37

1 113 226 338 450

eggsplore: glm biniomiales

35

Arcachon

34

33

32
31
30

44

29

shachar: caracterizacin reas de

puesta T y salinidad

28
27

07

09

11

Santander
13
15

Bi

17

19

21

SS

23

25

* http://sourceforge.net/projects/ichthyoanalysis/

paquete egg:

Abundancia media
(huevos estado 1/ m2)
Modelo de desarrollo

pi,t = f (Edad, Temperatura)

Produccin diaria de huevos
(huevos/m2/da)
Elevado al
rea y Periodo
de Puesta

Produccin Total
Anual de Huevos

fit.inc.model (data, formula = ~Age * Stage +

Temp * Stage + Age * Temp, link = "probit)

CONCLUSIONES
Uso de R:
+ efectividad
- tiempo: scripts
+ colaboracin