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BIOCHIMIE METABOLIQUE

Généralités et Energie de la cellule (cours 1)

La glycolyse (cours 2)

Le cycle du citrate ou cycle de Krebs(cours 3)

La néoglocugenèse
Le cycle des pentoses phosphates (cours 4)

Le métabolisme des lipides (cours 5)

Le métabolisme des acides aminés (cours 6)

Cycle du citrate : plaque tournante du métabolisme (cours 7)


LE CYCLE DU CITRATE

1. Introduction

Catabolisme oxydatif aérobie de


l ’acétylCoA en CO2 et H2O

cycle du citrate = cycle des acides tricarboxyliques


= cycle de Krebs
LE CYCLE DU CITRATE

1. Introduction

Catabolisme oxydatif aérobie de l ’acétylCoA

par enlèvement d ’e- et H+


(accepteurs NAD+, FAD)

en présence d ’O2
il ne participe à aucune
réaction du cycle
MAIS accepteur ultime d ’électrons
LE CYCLE DU CITRATE

1. Introduction

L ’acétyl Coenzyme A est le point de convergence


du catabolisme des glucides, des lipides, des protéines

Dans les cellules animales et végétales, au niveau des


mitochondries
Partout et toujours
LE CYCLE DU CITRATE
1. Introduction

Grâce au cycle du citrate :

L ’acétyl Coenzyme A est source d ’énergie


par réoxydation des coenzymes réduits
NADH, H+ et FADH2

Les intremédiaires sont :


Point d ’arrivée de certains catabolismes
Point de départ de certains anabolismes

Plaque tournante du métabolisme aérobie = amphibolique


LE CYCLE DU CITRATE

2. Passage du pyruvate dans la mitochondrie

Protéines de transport de la membrane


interne mitochondriale

la pyruvate translocase
LE CYCLE DU CITRATE
3. Le complexe de la pyruvate
deshydrogénase

NAD+ NADH,H+

Pyruvate AcétylCoA

CoASH CO2

Pyruvate Déshydrogénase
LE CYCLE DU CITRATE
3. Le complexe de la pyruvate deshydrogénase

Complexe plurienzymatique

canalisation des métabolites

Trois enzymes
E1 = Pyruvate déshydrogénase (TPP)
E2 = Dihydrolipoyl transacétylase (acide lipoïque, CoA)
E3 = Dihydrolipoyl déshydrogénase (FAD, NAD)

5 coenzymes
LE CYCLE DU CITRATE
4. Le cycle du citrate produit des molécules riches
en énergie

8 réactions dont la dernière régénère le substrat


de la première (l ’oxaloactétate)
Les deux atomes de carbones de l ’acétyl-CoA
donne du CO2

4 des 8 réactions sont des oxydations dont l ’énergie


est conservée dans des coenzymes réduits

1 réaction produit un nucléoside triP = GTP


5. Les 8 réactions du cycle du citrate
5.1. Condensation de l ’acétylCoA et de l ’oxaloacétate

H2O CoASH + H+

Oxaloacétate + acétyl CoA citrate


Citrate synthase
5. Les 8 réactions du cycle du citrate

5.2. Conversion du citrate en isocitrate

citrate isocitrate
Aconitase
5. Les 8 réactions du cycle du citrate

5.3. Oxydation de l ’isocitrate en α cétoglutarate *

NAD+ NADH

isocitrate α -cétoglutarate

CO2

Isocitrate Déshydrogénase
5. Les 8 réactions du cycle du citrate

5.4. Formation de succinylCoA *

NAD+ NADH

α -cétoglutarate SuccinylCoA

CoASH CO2

Complexe de l’α cétoglutarate Déshydrogénase


5. Les 8 réactions du cycle du citrate

5.5. La phosphorylation au niveau du substrat

GDP GTP

SuccinylCoA succinate

Pi CoASH

SuccinylCoA synthétase
5. Les 8 réactions du cycle du citrate

5.6. Conversion du succinate en fumarate *

FAD FADH2

Succinate Fumarate

Omplexe de la succinate Déshydrogénase


5. Les 8 réactions du cycle du citrate

5.7. Hydratation réversible du fumarate

H2O

Fumarate Malate

Fumarase
5. Les 8 réactions du cycle du citrate

5.8. Oxydation du malate en oxaloacétate *

NAD+ NADH,H+

malate Oxaloacétate

Malate Déshydrogénase
LE CYCLE DU CITRATE
6. Les Coenzymes réduits produits génèrent de l ’ATP

Equation bilan :

AcétylCoA + 3 NAD+ + FAD + GDP (ou ADP) + Pi + 2H2O

CoASH + 3 NADH + FADH2 + GTP (ou ATP) + 2CO2 + 2H+

1 molécule de NADH forme 3 molécules d ’ATP


1 molécule de FADH2 forme 2 molécules d ’ATP

d ’où on a 3 NADH 3 * 3 = 9 ATP


1 FADH2 1 * 2 = 2 ATP
1 GTP ou 1 ATP 1 ATP
12 ATP
6. Les Coenzymes réduits produits génèrent de l ’ATP

H H+ H+ H+ H+ H+
+
H
+
Espace
intermembranaire
e-

H+ H+ H20 matrice
1/2 O2
H+ H+ ADP ATP
2 H+
+ Pi H+
LES COMPLEXES I, II, III, et IV

NADH
Trajet des
électrons
NAD+ Complexe I
NADH-coenzymeQ
Succinate réductase
Q
Complexe III
coenzymeQ-cytochrome c
Fumarate
réductase
Cyt c
Complexe II
Succinate-coenzymeQ Complexe IV
réductase Cytochrome c
oxydase

1/2 O2 + 2H+ H2O


LE CYCLE DU CITRATE

6. Les Coenzymes réduits produits génèrent de l ’ATP


A partir d ’une molécule de glucose dégradée
via la glycolyse

Glycolyse 2 ATP
Puryvate AcétylCoA 2 * 3 ATP
Cycle du citrate 2 * 12 ATP

32 ATP

Navette malate - aspartate 3 ATP au dépend du NADH

Donc en fait 38 ATP (32 + 2 * 3)


LE CYCLE DU CITRATE

7. Le cycle du citrate est un carrefour métabolique

8. Contrôle du cycle du citrate

8.1. Régulation du complexe de la pyruvate déshydrogénase

Pyruvate + NAD+ + CoASH NADH + AcétylCoA + CO2


E3
E2
+ E1 -
8.2. Régulation des enzymes du cycle du citrate
Citrate synthase : -NADH, H+, ATP
Isocitrate déshydrogénase : + ADP et Ca++ ; - NADH et ATP
Complexe de l ’α cétoglutarate déshydrogénase : + Ca++
LE CYCLE DU CITRATE
9. Le cycle du glyoxylate

Chez les plantes, les bactéries et les levures


Permet la formation à partir de l ’acétylCoA
de reformer des glucides

2 enzymes interviennent

l ’Isocitrate lyase
isocitrate succinate + glyoxylate

La malate synthase
glyoxylate + acétylCoA Malate + HSCoA

dans le glyoxysome
2 acétylCoA + FAD +3 H2O malate + FADH2 + 2HSCoA