Clase # 12

Dinmica Molecular (II)

Prof. Ramn Garduo Jurez
Modelado Molecular
Diseo de Frmacos

d xi Fxi

2
dt
mi
2

DM: Descripcin

Mtodo basado en la segunda ley del movimiento de

Newton. Con una descripcin conocida de la fuerza sobre
cada partcula, las ecuaciones clsicas del movimiento
pueden ser integradas para dar la posicin, la velocidad y
la aceleracin de todas las partculas en el sistema. Debido
a que las partculas interaccionan entre si, el estado final
del sistema no es soluble analticamente y debe ser
integrado numricamente.
Su ejecucin es dependiente de la implementacin
eficiente de un campo de fuerza (para describir las
interacciones atmicas), un integrador numrico (para
resolver las ecuaciones de movimiento a cada paso de
tiempo) y atajos computacionales (tales como el uso de
celdas peridicas para evitar efectos de superficie e imitar
el bulto).

Tratamiento clsico de las

interacciones
Longitud de onda deBroglie de una masa
atmica m con energa cintica kBT:
2

mk BT
La aproximacin clsica se mantiene
para << a (distancia inter-partcula
promedio). A 300K, esta se mantiene para
tomos ligeros como el Li. Solamente
cuando uno est interesado en el
movimiento de tomos muy ligeros, a bajas
temperaturas, uno necesita considerar los
efectos cunticos.

Efecto del paso de tiempo en las

propiedades

Preparando y corriendo una

Simulacin
Despus de la configuracin inicial, asignar las
velocidades iniciales. La distribucin de MaxwellBoltzmann a la temp de inters (probabilidad).

p(vix )

mi

2k BT

1/ 2

1 mi vix2
exp

2 k BT

A menudo el momento inicial se sita en cero

(ensamble NVEP). La suma de los componentes
del momento atmico a lo largo de x, y y z son
calculados. Dividiendo entre la masa total, se le
resta de las velocidades atmicas de cada tomo
para dar un momento total de cero.

Equilibrio y Produccin
Equilibrio: Llevar al sistema al equilibrio desde
la configuracin inicial. Generalmente KE, PE,
las velocidades, T y presin son estables.
Cuidado especial para inhomogneos: Primero
minimizar la energa del disolvente + C iones;
equilibr del disolvente + C iones; equilibro del
sistema entero.
Produccin: Regularmente almacenar las
propiedades (posiciones, energas y velocidad).
Se comporta bien el sistema?

Calculo de propiedades
termodinmicas simples
1
Energa: U E
M

E
i 1

Presin que se obtiene del teorema Virial. W

xi p xi
El virial total para un sistema real es igual a la suma de
la parte de gas ideal y la contribucin debida a las
interacciones entre las partculas.
N

W 3PV
i 1

j i 1

dv(rij )

ij

1
1 N
P Nk BT
V
3 i 1

drij

3Nk BT

r f

j i 1

ij ij

Calculo de propiedades
Temperatura (de la equiparticin de la
energa; cada grado de libertad contribuye
con kBT/2):
N

2
i

p
k BT
3N N c
K

2
i 1 2mi

Calculo de propiedades
Funcin de Distribucin
Radial
4
4
3
V
(r r )
(r ) 3
32
3 4
2

4r r 4rr

r 3 4r 2r

Funcin de Distribucin por

Pares g(r) da la probabilidad
de encontrar un tomo a una
distancia r de otro tomo
comparado con la distribucin
de un gas ideal.
Los vecinos alrededor de
cada tomo se clasifican en
compartimentos, y se
promedian sobre cada
compartimiento sobre toda la
simulacin o configuracin
actual.

Propiedades tiempo-dependientes
La Funcin de Correlacin para cuantificar la relacin
entre las mismas (auto-correlacin) o diferentes
propiedades (correlacin-cruzada).
1
C xy
M

x y
i 1

i i

xi yi

cxy

1
M

1
M

x y
i 1

i i

1
xi

M
i 1
2

y
i 1

xi yi
xi 2 yi 2

Las trayectorias estn conectadas en el tiempo. As que

correlacionan alguna propiedad en un instante dado
con alguna/otra propiedad en cualquier otro instante.

C xy (t ) x(t ) y (0)
lim t 0 C xy (0) xy

lim t C xy (t ) x y

Tiempo de Relajacin

En general la funcin de auto-correlacin tiene

un valor inicial de 1 y un valor a tiempo largo de
0. El tiempo que se toma en perder la
correlacin: Tiempo de Relajacin.

1 N vi (t ).vi (0)
cvv (t )
N i 1 vi (0).vi (0)

Si la duracin de la simulacin es ms largo

que el tiempo de relajacin, muchos conjuntos
de correlacin pueden ser extrados.
P: pasos requeridos para la relajacin, Q:
pasos totales, Q-P conjuntos de correlacin.
M conjuntos de orgenes del tiempo

1 M
cvv (t )

MN j 1

v (t ).v (t
i 1

t)

DM a temperatura constante

Temperatura constante
Energa del sistema sin restricciones
Control de la Temperatura

NVT

3
Nk BT
2

escalamiento de la velocidadN
1
2 mi (vi ) 2 1 N 2 mi vi2
T

2 i 1 3 Nk B
2 i 1 3 Nk B
T (2 1)T (t )

Tnew / T (t )

Bao de calor
Las velocidades se escalan en cada paso, de forma tal que la velocidad del cambio de
temperatura es proporcional a la diferencia en temperatura entre el bao y el sistema:

dT (t ) 1
(Tbath T (t ))
dt

El cambio en temperatura entre pasos de tiempo sucesivos es:

t
(Tbath T (t ))

El factor de escalamiento para las velocidades en este caso es:

2 1

t Tbath

1
T (t )

DM a presin constante
Un sistema microscpico mantiene la presin constante al cambiar su volumen.
La cantidad de fluctuaciones en el volumen est relacionada con la
compresibilidad isotrmica, k:
1 V
k

V P T
Un cambio del volumen en una simulacin isobrica se puede obtener la cambiar
el volumen en todas direcciones, o solo en una direccin. La compresibilidad
isotrmica est relacionada con desplazamiento cuadrado mnimo del volumen
2
2
por:
1 V V
k

V2

k BT

Un mtodo alternativo es el acoplar el sistema a un bao de presin, anlogo al

bao de temperatura. La velocidad de cambio de la presin est dada por:
dP(t ) 1
( Pbath P(t ))
dt

El volumen de la caja de simulacin se escala por un factor , el cual es

equivalente a escalar las coordenadas atmicas por by 1/3.
1 k

t
P Pbath
P

Las nuevas posiciones estn dadas por:

ri ' 1/ 3 ri

Los limites
El tratamiento correcto de los limites posibilita las
propiedades macroscpicas.
En un cubo de un litro, con 3.3x1025 molculas, una en 1.5
milln experimenta los efectos de las paredes. Qu tal si
usamos menos tomos?
Condiciones de Limite Peridico: Mimetiza las
propiedades del bulto con un nmero ms pequeo de
partculas. Rodea cada caja
con 8(en 2d) o 26(en 3d)
cajas idnticas.

Los limites
Limite No-peridico
Cuando el inters est solo en alguna parte
del sistema.
Zona de Reaccin, Regin del Reservorio

DM: Algunos temas

Energa No-enlazante : Consume la mayor parte del
tiempo; ~ N2.
El potencial de L-J cae rpidamente (r-6).
Distancia de corte No-enlazante o convencin de imagen
mnima.
La partcula no debe
de ver su propia
imagen. O la misma
partcula dos veces.

Lista de Vecinos No-enlazados

Los vecinos de un tomo no
cambian significativamente en
10/20 pasos de DM. Si
conociramos cuales tomos
incluir.
Se usa un arreglo que se
actualiza regularmente (con la
frecuencia correcta).
La distancia usada para calcular
al vecino debe ser ms grande
que el corte no-enlazado actual.
Cuando la suma del
desplazamiento mximo excede
la diferencia entre la distancia de
corte y la lista de distancia entre
vecinos, se actualiza.

Corte basado en grupos

Las molculas se dividen en grupos que contienen un
nmero pequeo de tomos conectados. Estos grupos
deben de ser electrnicamente neutros.

Corte basado en grupos

Cmo se debe dividir una molcula en grupos?
Preferiblemente, la carga total debe ser cero
(carga-carga ~ 1/r)
Cundo un par en particular necesita ser
considerado? Se usan tomos marcadores o
grupos de carga.

Problemas con los Cortes

El corte introduce una discontinuidad en el potencial y la
fuerza cercanas al corte. No hay conservacin de la energa.
Use un potencial desplazado

v(r ) v(r ) vc
v(r ) 0

r rc
r rc

El trmino constante desaparece

cuando se hace la diferencial para
calcular la fuerza.
Discontinuidad en la fuerza.
Igualar la derivada a cero.
dv(r )

v (r ) v(r ) vc
(r rc ) r

dr r rc

v(r ) 0

rc

r rc

Funcin de Desplazamiento
Una funcin polinomial con la cual se multiplica
la energa potencial. v(r ) v(r ) S (r )
Algunas se aplican en todo el intervalo:

r 2
r 4
v(r ) v(r ) 1 2( ) ( )
rc
rc

S= 1 a r=0, y 0 a r=rc

Funcin de Desplazamiento
Gradualmente se estrecha el potencial
entre dos cortes. Valor usual hasta rl baja,
luego multiplicar por la funcin de
desplazamiento hasta ru alta. Valor=1 a rl,
0 a ru.
S 1.0
rij rl
S (ru rij ) /( ru rl )

S 0 .0

rl rij ru
ru rij

Discontinuidad de nuevo en
energa/fuerza a dos valores de corte.

Funcin de Desplazamiento
Ms aceptable: cambios mas suaves de 1 a 0 y
satisface la siguiente condicin.
2

d
S
S r rl 1.0; dS

0
0;
2
dr r rl
dr r rl
S r ru 1.0;

dS

dr

r ru

d 2S
0;

2
dr

r rl
r rl
S (r ) c0 c1
c2

r
r

r
u l
u l

0
r ru
3

r rl
r rl
c3
c4

r
r

r
u l
u l

c0=1; c1=c2=0; c3=-10, c4=15; c5=-6

r rl
c5

r
u l

Incorporando los efectos del disolvente:

Potencial de Fuerza Media (PFM)
Cuando el foco est en el soluto, uno puede usar un
disolvente implcito.
El PFM es una aproximacin que describe como la energa
libre cambia sobre una o algunas coordenadas de reaccin
en particular.
El disolvente afecta al soluto por colisiones al azar, arrastre
friccional, y efectos electrostticos.
Dinmica Estocstica : Fi (fuerza interpartcula, modelada
cuando se usa PFM); Ffriccional (fuerza friccional); y R(t)
(fluctuaciones azarosas).

F friccional v

: Frecuencia de colisin y

/m

puede pensarse que es la

velocidad del tiempo de relajacin.

Efectos del Disolvente

d 2 xi (t )
dxi (t )
m

F
{
x
(
t
)}

mi Ri (t )
Ec. De Langevin i
i
i
2
dt
dt
R(t) est descorrelacionada de posicin/velocidades o de
las fuerzas, y obedece la distribucin Gaussiana.
Fi es una funcin de x, y se supone que es constante
durante el paso de tiempo.
Tres escenarios : a) t 1
Sin efectos de disolvente, la Ec. De Langevin se reduce a
la Ec. de Newton.
b) t 1 : Rgimen difusivo, movimientos rpidamente
amortiguados.
c) Intermedio: Necesita un integrador.

Efectos del Disolvente

Integrador Simple :
xi 1 xi vi t 1 / 2(t ) 2 {vi m 1 ( Fi Ri )}

vi 1 vi t{vi m ( Fi Ri )}
1

Expresin alternativa:
2
2
2
d x / dt ( xi 1 2 xi xi 1 ) / t
dx / dt ( xi 1 xi 1 ) / 2t
xi1

1
1 t
2
(

t
)
( Fi Ri )
2
xi ( xi xi1 )

1
1
m
1 t
1 t
2
2

Dinmica Restringida (DR)

Los modos de alta frecuencia consumen la mayor parte
del tiempo de computadora.
Los modos de baja frecuencia corresponden a los
cambios conformacionales.
Restriccin: el sistema est forzado a satisfacer ciertas
condiciones: e.g. unin fija, estructuras locales rgidas.
Restriccin: al sistema se le alienta para satisfacer ciertas
condiciones, pero se puede desviar de stas.
En la DR, las ecuaciones del movimiento se resuelven
mientras se satisfacen simultneamente las restricciones
impuestas.
En la DR, las restricciones se implementan como trminos
extra en las fuerzas: Fuerzas Normales ms fuerzas de
restriccin.

Un ejemplo: unin fija

La restriccin k requiere de una unin entre
los tomos i y j permanezca fija.
k
F

La fuerza se puede escribir como: ckx k

x
2
2
Naturalmente: ij (ri rj ) d ij 0
Diferenciando: k / ri 2(ri rj )
Fci (ri rj )
k / rj 2(ri rj )
Fcj (ri rj )
Incorporacin al algoritmo de Verlet

t 2
k t 2
ri (t t ) 2ri (t ) ri (t t )
Fi (t )
rij (t )
mi
mi
k

Unin Fija

t 2
ri(t t ) 2ri (t ) ri (t t )
Fi (t )
Escribiendo:
mi
2
k t

r
(
t

t
)

r
(
t

t
)

k m rij (t )
i
Verlet: i
i
12t 2
(r1 (t ) r2 (t ))
Para cada tomo: r1 (t t ) r1(t t )

m1
12t 2
r2 (t t ) r2(t t )
(r1 (t ) r2 (t ))
m2

El tercero de la restriccin:
2

r1 (t t ) r2 (t t ) r1 (t ) r2 (t ) d12

Finalmente:

2 4
2
2
2
2
2

r12 (t t ) 212t (1 / m1 1 / m2 )r12 (t ) 12 t (1 / m1 1 / m2 ) r12 (t ) d12

SHAKE

Cambios
conformacionales
en DM