Vous êtes sur la page 1sur 76

ASAM NUKLEAT

DNA dan RNA


Polimer/Polinukleotida
Monomer
: nukleotida
Komponen : gula, fosfat, basa

www.esb.utexas.edu/ mabrybio211/chapter05/ch5.htm

DNA
Tulang punggung :
Fosfat-gula
Basa dalam untai
Antiparalel
Polaritas :
53 vs 35
Komplemen :
Pasangan basa
(C=O dan N-H basa
antar polinukleotida)
Ikatan fosfodiester
(antar nukleotida)

KROMOSOM VS PLASMID

SEL

DNA : menyimpan dan mentransmisi informasi


genetik
RNA : berperan dalam ekspresi informasi genetik
Protein : hasil dari ekspresi informasi genetik
memiliki fungsi tertentu

DNA vs RNA
 Gula: deoksiribosa
 Basa: AGCT
 Untai ganda
 Prokariot:
sitoplasma
 Eukariot: inti
 Penyimpan
informasi

 Gula: ribosa
 Basa: AGCU
 Untai tunggal
 Prokariot:
sitoplasma
 Eukariot: inti dan
sitoplasma
 Hasil transkripsi

PROTEIN

Polimer
Monomer : asam
amino (20 aa)
Polaritas :
Ujung N - Ujung C
Ikatan peptida

RNA > Protein


20 amino acids occur in nature
64 different combinations of 4 nucleotides

Amino Acid

RNA codons

GCU
GCC
GCA
GCG

UAA
UAG
CUU
CUC
CUA
CUG

GUU
GUC
GUA
GUG

ASAM AMINO

FUNGSI PROTEIN
Protein struktural kolagen, keratin
Protein fungsional
motilitas

: flagelin

Enzim

: piruvat kinase

Kontraksi

: aktin

Transport

: hemoglobin

Hormon

: insulin

Reseptor

: asetilkolin

Imunoglobulin

: antibodi

dll

Asam nukleat vs protein


 Nukleotida
 Polaritas 5 3
 Ikatan
fosfodiester
 Penyimpan
informasi

 Asam amino
 Polaritas N C
 Ikatan peptida
 Hasil ekspresi DNA

SENYAWA TERAPEUTIK
PROTEIN: INSULIN, INTERFERON,
STREPTOKINASE, ERITROPOEITIN,
ANTIBODI MONOKLONAL, HBsAg
DNA: TERAPI GEN, DNA ANTISENS,
OLIGONUKLEOTIDA, VAKSIN DNA

GENOM KROMOSOM - GEN

FENOTIP VS GENOTIP

KROMOSOM DAN DNA

GEN DAN EKSPRESI GEN ..

MENGAPA INFORMASI TENTANG


TRANSKRIPSI PENTING?
PROTEIN INGIN DIPEROLEH DALAM
JUMLAH BESAR
SALAH SATU STRATEGI ADALAH
MENINGKATKAN EFISIENSI
TRANSKRIPSI

TRANSKRIPSI

SINTESIS RNA (mRNA, rRNA, tRNA)


RNA POLIMERASE
SITOPLASMA (PROKARIOT)
PROMOTOR (KUAT vs LEMAH)
TERMINATOR (KUAT vs LEMAH)

OPERATOR (REGULASI)
SITUS AKTIVATOR (REGULASI)

TRANSKRIPSI

mRNA

TRANSKRISPI DAN BIOTEKNOLOGI

PROMOTOR DAN TERMINATOR KUAT


PROMOTOR DAN TERMINATOR
DIKENALI OLEH RNA POLIMERASE
INANG

TRANSKRIPSI BALIK

KEBALIKAN TRANSKRIPSI
RNA DNA (cDNA)
REVERSE TRANSKRIPTASE
VIRUS (RETROVIRUS)

TRANSLASI
SINTESIS POLIPEPTIDA
CETAKAN mRNA (tRNA dan rRNA
TIDAK DITRANSLASI TETAPI
BERFUNGSI LANGSUNG)
RIBOSOM
RIBOSOM BINDING SITE (RBS)
AUG (KODON START)
UAA, UGA, UAG (KODON STOP)

INISIASI TRANSLASI PADA


PROKARIOT

Ribosome-binding site
= (RBS)

A = situs tRNA aminoasil; P = situs tRNA peptidil

Kodon stop

Kodon start

TERMINASI TRANSLASI

ORGANISASI GEN PROKARIOT


Coding sequence
5

RBS

3
Promotor

Kodon start
Inisiasi
transkripsi

Komponen transkripsi: promotor, terminator, situs inisiasi


transkripsi
Komponen translasi: RBS, kodon start, kodon stop

Kodon stop
3
5
terminator

TRANSKRIPSI (EUKARIOT)
HASIL TRANSKRIPSI: RNA PRIMER
(INTRON DAN EKSON)
PENAMBAHAN CAP DAN EKOR POLI A
PENGHILANGAN INTRON (SPLICING)
RNA MATANG DIKIRIM KELUAR INTI
SIAP DITRANSLASI

TRANSKRIPSI (EUKARIOT)
HASIL TRANSKRIPSI: RNA PRIMER
(INTRON DAN EKSON)
PENAMBAHAN CAP DAN EKOR POLI A
PENGHILANGAN INTRON (SPLICING)
RNA MATANG DIKIRIM KELUAR INTI
SIAP DITRANSLASI

MENGAPA INFO MENGENAI TRANSKRIPSI


PADA EUKARIOT PENTING?
PROTEIN DARI EUKARIOT BANYAK
DIGUNAKAN SEBAGAI PROTEIN
TERAPEUTIK
INFORMASI PADA PROTEIN TERLETAK
PADA mRNA MATANG TANPA INTRON
MULAI BEKERJA DARI mRNA MATANG
DNA

Transkripsi balik
Masalah pada eukariot adalah gen
mengandung intron dan ekson
Sintesis DNA menggunakan mRNA
sebagai cetakan
DNA hasil sintesis disebut cDNA
(tidak mengandung intron)
Katalisis oleh reverse transkriptase

REPLIKASI DAN
POLYMERASE CHAIN REACTION
(PCR)

Central Dogma of Molecular Biology

Replikasi
Replikasi adalah penggandaan DNA
Sintesis 2 molekul DNA dari 1
molekul DNA
Konsep pasangan basa
Arah 5 ke 3 pada untai yang
disintesis
Dikatalisis oleh DNA polimerase

Komponen komponen Replikasi DNA

 Mulai pada origin of replication (ori)










Protein DnaA mengenali pertama kali


Protein pengikat DNA untai tunggal
Helikase (pembuka untai)
Girase (merelakskan super kumparan)
Primase (RNA polimerase)
DNA polimerase
DNA ligase (menyambungkan fragmen
Okazaki)

REPLIKASI DNA

DNA POLIMERASE
Prokariot
Pol I
Pol II

Fungsi
Gap filling & DNA repair
Gap filling & DNA repair

Pol III
Eukariot

Replikasi

Pol-
Pol-
Pol-
Pol-
Pol-

Replikasi lagging strand


Gap filling & DNA repair
Replikasi leading strand
Replikasi pada mitokondria
Gap filling & DNA repair

PCR :
Polymerase Chain Reaction
(Karry Mulis, 1985)

Perbanyakan DNA
in vitro, hanya di
tabung reaksi,
tidak di dalam sel

Dasar : Struktur DNA

* Ikatan kovalen antara satu nucleosida dan yang lain


*Ikatan hidrogen antara kedua buah strand

PCR
Perbanyakan karena adanya pembentukan
copy DNA
Komponen yang diperlukan:

* template DNA
* oligonukleotida pendek (primer)
* DNA polymerase & buffer
* dNTP

PCR Step 1
Thermal Denaturation

PCR Step 2
Annealing of Primer to DNA
Primer

DNA

PCR Step 3
DNA Polymerization
Primer Extension
DNA Polymerase
Primer

DNA

End of 1st PCR Cycle


Double-Stranded DNA Copy (Amplicon)
of the Target Sequence
Amplicon

DNA

PCR End of Second Cycle


Amplicon

Biotin

cDNA

Biotin

Typical PCR cycles


Cycle 1

Cycle 2

Cycle 3

94 oC
T
72 oC

55 oC

Time (seconds)

Perbanyakan DNA:
eksponensial
2
4
8
16
220

KEISTIMEWAAN PCR?
* DNA Polymerase :
enzim termostabil :Taq Polymerase
* Tidak perlu penambahan enzym di setiap
siklusnya
* Enzym tetap bekerja setelah proses denaturasi
(94oC)
Dalam 1
mesin saja

Tahap PCR

0.5 kb

* perancangan primer
* siapkan PCR di dalam tabung
reaksi: template DNA, primers, Taq
DNA polymerase, dNTP

* reaksi PCR
dalam mesin

deteksi

Kontrol PCR
Kontrol positif: DNA templat; harus +
Kontrol negatif: tanpa DNA templat
Kontrol internal: DNA yang ada dalam
reaksi

PCR KUALITATIF

1400 pbs
PCR
product

500 pbs

PCR KUANTITATIF
lisis

PCR
deteksi kolorimetri

molekul target sinyal

substrat

denaturasi

hibridisasi

Deteksi kolorimetri
TMB
H2O2

Horse radish peroxidase


Avidin
Biotin
Produk PCR
Pelacak

PCR konvensional vs
PCR real-time
PCR konvensional: amplifikasi
dilanjutkan dengan deteksi
(konsekutif)
Real-time PCR: amplifikasi langsung
deteksi (simultan)