Normalmente se distingue entre metabolismo primario y secundario. El
primero se refiere a los procesos fotosintticos que dan lugar a los cidos carboxlicos del ciclo de Krebs que son de bajo peso molecular y que estn ampliamente distribuidos, alfa-aminocidos, carbohidratos, grasas, protenas y cidos nucleicos implicados en los procesos vitales.
Estos compuestos se clasifican atendiendo a diferentes criterios, cumplen
funciones muy diversas en los seres vivos y tienen diferentes capacidades como materiales de partida (precursores) para los metabolitos secundarios. Los metabolitos secundarios son, en principio, no esenciales para la vida pero contribuyen definitivamente a la adaptacin de las especies y su supervivencia. Son ms caractersticos para un grupo biolgico particular, tal como una familia o un gnero, y aparentemente, la maquinaria sinttica puesta en juego aqu est relacionada con la evolucin de las especies. El patrn especfico de
constituyentes en las especies ha sido, de hecho, usado para la
determinacin sistemtica. Este campo de investigacin, llamado sistemtica bioqumica o quimiotaxonoma, ha tenido un inters creciente durante las ltimas dcadas. La Qumica de Productos Naturales se entiende hoy da como aquella que se dedica principalmente a la formacin, estructura y propiedades de los productos naturales. No obstante, no hay una lnea divisoria clara entre metabolitos bioqumicos primarios y metabolitos secundarios.
Los azcares ms comunes como, glucosa, fructosa y manosa, cuya
qumica y misin biolgica han sido estudiadas ampliamente por los bioqumicos, se colocan en el primer grupo, mientras que azcares, raros estrechamente relacionados, tales como calcosa, estreptosa, y micaminosa, descubiertos como constituyentes de antibiticos e investigados por qumicos orgnicos, se consideran como metabolitos secundarios. El aminocido prolina se entiende como un metabolito primario pero el anlogo de 6 miembros, cido pipeclico, que est tambin ampliamente distribuido, se clasifica como un metabolito secundario o un alcaloide.