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Unix Linux
Unix Linux
Pierre Tuffry
Equipe de Bioinformatique et Gnomique Molculaire
Universit Paris 7
tuffery@ebgm.jussieu.fr
adaptedfromfuchs@ebgm.jussieu.fr
adaptedfromguyon@ebgm.jussieu.fr
17/02/2004
PLAN
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Introduction
Premire session
Gestion et manipulation des fichiers
Quelques outils Unix courants
Fichiers et flux
Archivage des donnes
Gestion des processus
Quelques bases d'Unix avanc
17/02/2004
PLAN
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Introduction
systme d'exploitation
caractristiques et fonctionnement d'UNIX
historique d'UNIX
Commandes de base
Gestion et manipulation des fichiers
Quelques outils Unix courants
Fichiers et flux
Archivage des donnes
Gestion des processus
Quelques bases d'Unix avanc
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Systme d'exploitation
Dfinition : programme assurant la gestion de
l'ordinateur et de ses priphriques. Il sert
d'interface entre l'utilisateur et le matriel.
Rq : on utilise souvent le sigle OS pour "Operating System"
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Systme
d'exploitation
Utilisateur(s)
Caractristiques d'UNIX
UNIX est un Systme d'exploitation :
multi-utilisateurs
multi-tches
multi-plate-formes (c'est--dire portable) : IBM, SUN, HP, IRIX
(Silicon Graphics) et maintenant sur PC avec Linux, mais aussi cach
dans MacOS X
qui gre la rpartition des ressources (mmoire et espace disque)
orient rseau (e.g. partage de fichiers sur une machine distante :
NFS)
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Historique d'UNIX
premire version
d'UNIX dveloppe
par Ken Thompson
LINUX
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systme
UNIX
Utilisateurs
Shell
Noyau
Matriel
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PLAN
1. Introduction
2. Premire session
3.
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7.
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Les Utilisateurs
Unix est multi-utilisateurs
2 types d'utilisateurs
l'utilisateur "root" : super utilisateur -> possde tous les droits sur
la machine
les autres utilisateurs (possdent des droits restreints)
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Premire Connexion
Saisie du
nom
d'utilisate
ur
saisie du
mot de passe
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type de session
X (KDE ou
Mot de passe
ne pas le divulguer
viter les mots de passe triviaux (e.g. votre nom)
utiliser des lettres (majuscules et/ou minuscules)
et des chiffres (ventuellement des caractres
spciaux)
doit faire 8 lettres au minimum
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L'environnement X-Windows
On arrive sous l'environnement X-Windows (KDE ou gnome = interface
graphique rendant l'interaction avec le systme plus conviviale) :
(permet le
multifentrage)
ouvertu
re d'un
shell
bouton
de menu
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icn
e
burea
u
barre
de
tches
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Notion de shell
Le shell est un programme qui va faire le lien
entre le noyau UNIX et l'utilisateur
= interprteur de commandes interactif
invite
("prompt")
le shell est prt
recevoir des
commandes
rentres au clavier
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Fermeture du shell :
commande exit
commande logout
Ctrl-D
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IMPORTANT :
Unix est sensible la casse ( a != A): ls != LS ou de Ls
Unix utilise l'espace comme sparateur de commandes (e.g.
utiliser mandate et non mandate)
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PLAN
1. Introduction
2. Premire session
3. Gestion et manipulation des fichiers
4.
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8.
gnralits
arborescence / rfrences absolues et relatives
manipulation des fichiers
droits des fichiers
caractres spciaux
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Systme de fichier
En UNIX, tout est fichier :
les fichiers dits normaux
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L'arborescence Unix
racine
(rfrence
absolue)
bin
ls
dev
etc
home
usr
var
passw prot1
bin
loca
d
l
DESS
formati
biolog
on
y
rpertoir
softs
maitre rasmol
es
2
ce_linux.tar
monpro
fichiers
.gz
g.c
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lsoptions :
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Manipulations de fichiers
copie de fichiers : cpsourcedestination
1er cas : si destination est un fichier
e.g : cpfichier1fichier2 : effectue une copie de fichier1
en un nouveau fichier appel fichier2
option i : si fichier2 existe, le shell demande confirmation
avant l'crasement
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renommer un fichier :
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3 types d'utilisateur :
propritaire (u) : l'utilisateur lui-mme (e.g. maitre1)
groupe (g) : les utilisateurs font partie de groupe (e.g.
maitrise)
le reste du monde (o) : tout autre utilisateur
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type
de
fichie
r
droits
nombre
de liens
physiqu
es
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taille
nom
utilisateu groupe
date de
r
proprita dernire
proprita
ire
modificat
ire
ion
droits du
reste du
monde
droits de
l'utilisat
eur
proprita droits de
ire
l'utilisat
eur
proprita
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e.g. :
chmod644fichier -> rwrr...fichier
chmod750fichier -> rwxrx...fichier
par une combinaison de lettres dsignant les individus concerns (r,
g ou o) ainsi qu'une autre combinaison de lettres dsignant les
droits que l'on veut affecter (prcdes du signe +) ou retirer
(prcdes du signe -)
e.g. :
chmod+xfichier
-> affecte le droit x u, g et o
chmodugo+rwfichier -> affecte les droits rw u, g et o
chmodoxfichier -> retire le droit x o
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Noms de fichiers :
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8.
Introduction
Premire session
Gestion et manipulation des fichiers
Quelques outils Unix courants
Fichiers et flux
Archivage des donnes
Gestion des processus
Quelques bases d'Unix avanc
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Outils de dveloppement :
compilateurs
gcc : compilateur C
f77 : compilateur Fortran
Langages de programmation
python
perl
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etc
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Introduction
Premire session
Gestion et manipulation des fichiers
Quelques outils Unix courants
Fichiers et flux
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e.g. :
lsl/etc>toto : redirection de stdout dans le fichier
toto (si toto existe, il est cras)
lsl/bin>>toto : redirection de stdout la fin du fichier
toto (le fichier toto n'est pas cras)
cat<toto : redirection de l'entre standard depuis le fichier
toto
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PLAN
1.
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8.
Introduction
Premire session
Gestion et manipulation des fichiers
Quelques outils Unix courants
Fichiers et flux
Archivage des donnes
Gestion des processus
Quelques bases d'Unix avanc
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Compression
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PLAN
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Introduction
Premire session
Gestion et manipulation des fichiers
Quelques outils Unix courants
Fichiers et flux
Archivage des donnes
Gestion des processus
Quelques bases d'Unix avanc
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17/02/2004
PLAN
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Introduction
Premire session
Gestion et manipulation des fichiers
Quelques outils Unix courants
Fichiers et flux
Archivage des donnes
Gestion des processus
Quelques bases d'Unix avanc
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alias
alias
alias
alias
le fichier ~/.bashrc :
LavariablePATH:decritl'endroitochercherlesprogrammes
echo$PATH
exportPATH=${PATH}:/home/prot1/formation/bin
etc
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