Biochimie Structurale

Universit Paris-VI
Structures Biologiques
Objectifs prrequis pour
Biochimie PCEM2
Biochimie mtabolique et Rgulations C1
2002 - 2003
Pr. A. Raisonnier (raisonni@ccr.jussieu.fr)
Mise jour : 19 juin 2002

Relecture : Pr. A. Raisonnier
2/169
Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier
2002 - 2003
Plan du cours
Plan du cours
3
Plan du cours
Objectifs
11
Partie I :
Les glucides
13
Chapitre 1 :
Dfinitions et formules. Proprits gnrales
1.1
1.2
1.3
1.4
1.5
1.6
1.7
14
15
16
17
18
19
20
21
Chapitre 2 :
2.1
2.2
2.3
2.4
2.5
2.6
22
23
24
25
26
27
29
GLUCIDES
Glucose
Reprsentation de Fischer
Cyclisation
Dcyclisation
Anomres
Sries
-D-Glucose
-D-Mannose
-D-Galactose
Epimre ; Isomre
-D-Ribose
-D-Fructose
Chapitre 3 :
30
31
32
33
34
35
36
37
38
2002 - 2003
3.1
3.2
3.3
3.4
3.5
3.6
3.7
3.8
3.9
Oses simples
Drivs des oses
Acide glucuronique ; Acide gluconique

Acide ascorbique = vitamine C
2-Dsoxyribose ; L-Fucose
Sorbitol ; Mannitol ; Glycrol
Glucosamine ; N-Actylgalactosamine
Acide N-Actylneuraminique = NANA
Lactose
Saccharose
Maltose
3/169
Plan du cours
39
40
41
42
43
44
45
Chapitre 4 :
4.1
4.2
4.3
Amidon
Glycogne
Cellulose
Chapitre 5 :
5.1
5.2
Polyosides
Htrosides
Amygdaloside
Hparine
47
Partie II :
Les lipides
49
Chapitre 6 :
Dfinitions
50
51
52
53
54
55
56
57
59
60
61
62
63
64
65
66
67
69
70
71
72
73
4/169
6.1
Lipides
Chapitre 7 :
7.1
7.2
7.3
7.4
7.5
7.6
Acide palmitique
Acide starique
Acide olique
Acide linolique
Acide linolnique
Acide arachidonique
Chapitre 8 :
8.1
8.2
8.3
8.4
8.5
8.6
8.7
8.8
Alcools des lipides
Glycrol ; Sphingosine ; Alcool ctylique

Cholestrol
Vitamine A
Vitamine E
Vitamine K
Ethanolamine ; Srine ; Choline
Myo-inositol
Liaisons des phospholipides
Chapitre 9 :
9.1
9.2
9.3
9.4
Acides gras
Lipides neutres
Cride
Glycride neutre
Diglycride
Stride
2002 - 2003
Plan du cours
75
Chapitre 10 : Lipides complexes

10.1
10.2
10.3
10.4
10.5
10.6
10.7
10.8
10.9
10.10
10.11
10.12
10.13
10.14
10.15
10.16
10.17
10.18
10.19
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
Lcithine
Phosphatidyl-glycrol
Phosphatidyl-inositol
Sphingomyline
Sphingolipides
Cramide
Sphingolipidoses
Crbroside
Sulfatide
Globoside
Fucosido-glycolipide
Ganglioside GM1
Ganglioside GM2
Ganglioside GD1a
Plasmalogne
Actalphosphatide
Etherlipide
PAF-acther
Inositol triphosphate
95
Partie III :
97
Chapitre 11 : Formules
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
2002 - 2003
11.1
11.2
11.3
11.4
11.5
11.6
11.7
11.8
11.9
11.10
11.11
11.12
11.13
11.14
11.15
11.16
11.17
11.18
Protines : les acides amins
Alanine
Arginine
Aspartate
Asparagine
Cystine
Glutamate
Glutamine
Glycocolle
Histidine
Isoleucine
Leucine
Lysine
Mthionine
Phnylalanine
Proline
Srine
Thronine
Tryptophane
5/169
Plan du cours
116
117
119
120
121
122
123
124
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128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
11.19
11.20
Tyrosine
Valine
Chapitre 12 : Proprits gnrales

12.1
12.2
12.3
12.4
12.5
Hydrophobicit
Polarit
Charges
Spectre dabsorption
Sries
Chapitre 13 : Drivs des acides amins

13.1
13.2
13.3
13.4
13.5
13.6
13.7
13.8
13.9
13.10
13.11
13.12
Acide hippurique
Phosphosrine
Homosrine
Amines (I)
Amines (II)
Soufrs
Extrmits
Ornithine
Amidines
Hydroxyproline
Phnylpyruvate
Iodotyrosines
139
Partie IV :
141
Chapitre 14 : Dfinitions
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
6/169
14.1
Les protines
PROTEINES
Chapitre 15 : La structure primaire

15.1
15.2
15.3
15.4
15.5
15.6
15.7
15.8
STRUCTURE PRIMAIRE
Carnosine ; Ansrine
Glutathion
Pnicilline
TRH
Vasopressine = ADH
Glucagon
Insuline
2002 - 2003
Plan du cours
153
Chapitre 16 : La structure secondaire

16.1
16.2
16.3
16.4
16.5
16.6
16.7
154
155
156
157
158
159
160
161
Chapitre 17 : La structure tertiaire

17.1
17.2
17.3
17.4
162
163
164
165
167
STRUCTURE SECONDAIRE
Liaison peptidique
Angles de rotation
Table de Ramachandran
Hlice
Feuillet
Motif Rossmann
STRUCTURE TERTIAIRE
Liaisons lectrostatiques
Liaisons hydrophobes
Ponts interchanes
Chapitre 18 : La structure quaternaire
168
169
2002 - 2003
18.1
18.2
STRUCTURE QUATERNAIRE
Oligomre
7/169
Plan du cours
8/169
2002 - 2003
Objectifs
Objectifs
Connatre1 la structure, les proprits physiques et chimiques, le rle principal du glucose, du

mannose, du galactose, du ribose et du fructose. Donner des exemples2 daliments contenant
ces substances.
Savoir crire les formules dveloppes des oses dans les reprsentations de Fisher et de
Haworth. Dfinir3 les diffrences structurales entre les anomres, les pimres et les isomres
des oses simples.
Connatre les structures, les proprits principales des drivs suivants des oses : acides gluconique et glucuronique, vitamine C, dsoxyribose, sorbitol, osamines, acides sialiques.
Connatre les structures, les proprits physiques et chimiques des osides suivants :
Donner des exemples daliments contenant ces substances.

Connatre la structure (formule dveloppe, fonctions, isomres) et les proprits physiques
et chimiques des acides gras :
glycrol, sphingosine, alcool gras (un exemple)

cholestrol, vitamine A
thanolamine, srine, choline
Connatre la structure (molcules simples et liaisons qui les unissent) des lipides simples :
saturs = palmitique, starique

insaturs = olique, linolique, linolnique et arachidonique
Connatre la structure gnrale (en dtail pour le cholestrol) et les proprits physiques et
chimiques des alcools constitutifs des lipides :
diholosides = lactose, maltose, saccharose

polyosides = amidon, glycogne, cellulose
htrosides = un exemple
glycosaminoglycanes = hparine.
crides, strides, glycrides neutres

Connatre la structure (molcules simples et liaisons qui les unissent) des lipides complexes :
lcithines, cphalines, phosphatidyl-inositol, phosphatidyl-glycrol, cardiolipide, plas-
1. Connatre
corps chimique : crire sa formule dveloppe, numrer les molcules simples dans une structure complexe, expliquer une exprience mettant en vidence une proprit physique ou chimique
image : dessiner un objet ou une structure
raction : crire lquation chimique
voie mtabolique : tablir son bilan chimique partir des ractions de chaque enzyme.
2. Donner un exemple : choisir, dcrire et expliquer une situation o un concept ou un corps dfini joue le
rle principal et met en vidence ses proprits essentielles.
3. Dfinir : prciser dans une phrase concise lessence dun objet ou les limites dun concept en excluant
toute notion trangre et en comprenant toutes les variations possibles de lobjet ou du concept cern.
2002 - 2003
9/169
Objectifs
malognes.
Connatre la formule gnrale, les proprits physiques (solubilit, absorption de la lumire

UV, dviation du plan de polarisation de la lumire, ionisation) et les proprits chimiques
(fonction acide : esters, amides ; fonction amine : alkylation, base de Schiff ; dsamination,
chromatographie sur changeur dions) des acides -amins.
Connatre la formule dveloppe et les proprits particulires de chacun des vingt acides
amins constitutifs des protines. Donner des exemples daliments contenant ces acides amins.
Connatre les structures, les proprits principales des drivs suivants des acides amins :
acide hippurique, acides amins phosphoryls, homologues, amines obtenues par dcarboxylation (plusieurs exemples), taurine, acide pyroglutamique, ornithine, citrulline,
acides amins hydroxyls, phnyl-pyruvate, iodotyrosines.
Dcrire la structure de la liaison peptidique. Connatre la structure de plusieurs exemples de

peptides.
Dfinir et dcrire les quatre ordres de la structure des protines :
1.
2.
3.
4.
10/169
structure primaire = orientation, code une lettre

structure secondaire = hlice , feuillet
structure tertiaire = liaisons covalentes, lectrostatiques, hydrogne et hydrophobe
structure quaternaire = sous-units, protomres, oligomres
2002 - 2003
Les glucides
Partie I
Les glucides
Rappel des objectifs
Connatre1 la structure, les proprits physiques et chimiques, le rle principal du glucose, du

mannose, du galactose, du ribose et du fructose. Donner des exemples2 daliments contenant
ces substances.
Savoir crire les formules dveloppes des oses dans les reprsentations de Fisher et de
Haworth. Dfinir3 les diffrences structurales entre les anomres, les pimres et les isomres
des oses simples.
Connatre les structures, les proprits principales des drivs suivants des oses : acides gluconique et glucuronique, vitamine C, dsoxyribose, sorbitol, osamines, acides sialiques.
Connatre les structures, les proprits physiques et chimiques des osides suivants :
diholosides = lactose, maltose, saccharose

polyosides = amidon, glycogne, cellulose
htrosides = un exemple
glycosaminoglycanes = hparine.
1. Connatre
2002 - 2003
11/169
Les glucides
12/169
2002 - 2003
Chapitre 1
Dfinitions et formules.
Proprits gnrales
2002 - 2003
13/169
1.1 GLUCIDES
ST 1
Les aliments sont les produits dont nous nous nourrissons. Les principaux aliments sont des
molcules biologiques (parce quils sont synthtiss par des cellules vivantes).
Les nutriments sont les produits dont nos cellules se nourrissent. Pour transformer les aliments
en nutriments il faut que lorganisme les soumette des ractions chimiques dont lensemble
forme la digestion. A partir des nutriments nos cellules synthtisent leurs propres molcules
biologiques.
Les molcules biologiques sont groupes en trois classes : glucides, lipides et protines.
Dautres molcules biologiques nappartiennent aucune de ces classes (ex : acides nucliques,... )
Les glucides les plus simples sont des oses, quon appelle encore hydrates de carbone parce
que leur formule brute gnrale scrit : Cn(H2O)n. A titre dexemples : glucose, fructose, ribose, galactose,
Les drivs des oses, quelle que soit leur structure chimique, sont rangs dans la classe des
glucides. A titre dexemples : vitamine C (acide ascorbique), gluconates et glucuronates, sorbitol, glucosamine,
Les aliments les plus abondants de la classe des glucides sont des polyosides, rsultant de la
condensation de nombreuses molcules doses. A titre dexemples : amidon, glycogne,
Dautres glucides enfin sont forms doses lis diverses autres molcules : on les appelle htrosides. A titre dexemples : amygdaloside, sinigroside,
14/169
2002 - 2003
1.2 Glucose
ST 2
Le glucose est le plus abondant des oses simples de notre organisme.

Le glucose est form dune chane de six carbones dont le plus oxyd (fonction aldhyde) porte le n 1.
Les carbones 2 5 portent des fonctions alcool secondaires et le carbone n 6 une fonction
alcool primaire.
La fonction aldhyde et la fonction alcool du carbone 5 forment (par limination dune molcule deau) une liaison interne (pont oxygne).
La masse molculaire du glucose est de 180 daltons.
2002 - 2003
15/169
1.3 Reprsentation de Fischer
ST 3
La convention de Fischer tablit les rgles pour crire la formule dveloppe plane des oses.
(1) La chane carbone doit tre regarde de faon ce que tous les angles des liaisons
carbone-carbone soient convexes vers lobservateur, et que la fonction la plus oxyde (aldhyde pour le glucose) soit situe en haut de la formule.
(2) En tournant les angles carbone-carbone vers vous limage devient verticale. Les oxhydriles des fonctions alcool secondaires se rpartissent alors de faon spcifique gauche ou
droite du plan des carbones selon la nature de lose reprsent.
(3) On imagine alors que la chane se droule en un axe vertical comprenant toutes les liaisons
carbone-carbone et on reprsente les oxhydriles des fonctions alcool secondaires droite ou
gauche comme dans la reprsentation (2).
16/169
2002 - 2003
1.4 Cyclisation
ST 4
La reprsentation de Haworth tablit les rgles pour crire la formule dveloppe des oses
dans lespace.
(1) Pour passer de la reprsentation de Fisher (plane) celle de Haworth, on convient de reprsenter la formule dans un plan vu de devant et de dessus. Le carbone le plus oxyd (aldhyde) est plac lextrmit droite et toutes les liaisons carbone-carbone sont convexes vers
lextrieur de la molcule. On convient de reprsenter en traits gras les liaisons situes en
avant et de placer les derniers carbones en arrire.
Les oses simples prsentent un pont oxygne entre la fonction aldhyde (ou ctone) une des
fonctions alcool secondaires. Pour tablir ce pont oxygne, on ajoute la fonction oxyde
(carbone 1) une molcule deau (aldhyde hydrate) dont un des oxhydriles est orient dans
le plan de la molcule. De mme on fait tourner sur son axe la liaison carbone 4-carbone 5
pour orienter loxhydrile de la fonction alcool secondaire du carbone 5 dans le plan, prs de
loxhydrile de la fonction aldhyde hydrate.
(2) Le carbone 6 vient alors se placer en dessus ou en dessous du plan de la molcule selon la
nature de lose reprsent. On reprend ensuite la molcule deau ajoute, avec un hydrogne
et un oxhydryle des deux fonctions rapproches.
(3) On forme alors un pont oxygne entre la fonction oxyde (carbone 1) et la fonction alcool
secondaire (carbone 5).
2002 - 2003
17/169
1.5 Dcyclisation
ST 4/1
Pour revenir de la reprsentation de Haworth dans lespace la reprsentation de Fischer plane, on place
(1) la molcule dans un plan vertical, de telle faon que le carbone le plus oxyd se trouve en
haut.
(2) On ajoute alors une molcule deau sur le pont oxygne en sparant les oxhydriles des
fonctions quil liait. Puis on fait tourner sur son axe la liaison carbone 4-carbone 5 pour orienter le carbone 6 (alcool primaire) dans le plan des autres carbones.
(3) On dshydrate enfin la fonction oxyde qui redevient aldhyde ou ctone. Il suffit alors de
drouler la formule en respectant les orientations des oxhydriles des fonctions alcool secondaires pour retrouver la formule plane.
Noter que si le carbone 6 se trouve au dessus du plan de la formule spatiale (Haworth) cest
dire gauche en (1), loxhydrile du carbone 5 sera orient droite. Si au contraire le carbone
6 se trouve au dessous du plan de la formule spatiale (Haworth) cest dire droite en (1),
loxhydrile du carbone 5 sera orient gauche.
18/169
2002 - 2003
1.6 Anomres
ST 5
Dans la nature, les molcules des oses sont rarement sous une forme linaire comme dans la
formule plane, mais au contraire le plus souvent sous une forme cyclise comme dans la reprsentation de Haworth. Ces molcules passent trs souvent dune forme cyclise la forme
linaire et vice versa.
Dans ces cyclisations lun des oxhydriles de la fonction aldhyde (ou ctone) hydrate est engag dans le pont oxygne. Lautre peut tre orient au dessus ou en dessous du plan de la
molcule, selon lorientation des directions de valence du carbone 1 au cours de la formation
du pont oxygne. Il en rsulte deux isomres possibles quon appelle anomres.
Dans la ralit, la formule spatiale de Haworth ne tient pas compte des angles rels des directions de valence des atomes. Si on reprsente les molcules cyclises des oses dans lespace
elles ressemblent plus ces images, quon dsigne sous les noms de forme bateau gauche et
de forme chaise droite.
Lorsque la cyclisation du glucose se fait dans la forme bateau loxhydrile du carbone 1 se place prfrentiellement en dessous (anomre ) et loxhydrile du carbone 2 qui pointe en
dehors de la molcule vers le bas est alors trs ractif . Au contraire lorsque la cyclisation
du glucose se fait dans la forme chaise loxhydrile du carbone 1 se place prfrentiellement
en dessus (anomre ) et cet oxhydrile qui pointe en dehors de la molcule vers la droite
est alors le plus ractif .
2002 - 2003
19/169
1.7 Sries
ST 6
Pour chacun des oses simples il existe des isomres optiques dont les solutions peuvent
dvier le plan de polarisation de la lumire dans des directions opposes.
Lorsquon crit la formule de ces isomres, la formule de lun est symtrique de la formule
de lautre par rapport un axe (formules planes), ou par rapport un plan (formules spatiales).
Dans les formules planes on dsigne tous les oses dont loxhydrile de lavant-dernier carbone
est orient droite comme des oses de la srie D, et ceux dont cet oxhydrile est orient gauche comme des oses de la srie L. Dans les formules cyclises, les oses de la srie D ont leur
fonction alcool primaire au dessus du plan de la molcule dans la reprsentation de Haworth.
Dans nos cellules, la plupart des oses et de leurs drivs appartiennent la srie D.
20/169
2002 - 2003
Oses simples
Chapitre 2
Oses simples
2002 - 2003
21/169
Oses simples
2.1 -D-Glucose
ST 2/1
Le D-glucose est lose simple le plus abondant de notre organisme. Cest un ose 6 carbones
(hexose), dont la fonction rductrice est une fonction aldhyde situe par convention sur le
carbone 1 (le plus oxyd). Le glucose se prsente rarement sous forme linaire mais la plupart
du temps sous forme cyclise par une liaison entre la fonction rductrice et la fonction alcool
secondaire du carbone 5.
Sa masse molculaire est de 180 daltons.
Le glucose passe facilement de lanomre lanomre , ce qui modifie les ractions qui
affectent les carbones 1 et 2 dans le mtabolisme.
22/169
2002 - 2003
Oses simples
2.2 -D-Mannose
ST 7
Le D-mannose est un ose simple que nous recevons dans notre alimentation (vgtaux) et qui
est ncessaire la synthse de certaines molcules (glycoprotines). Cest un ose 6 carbones
(hexose), dont la fonction rductrice est une fonction aldhyde situe par convention sur le
carbone 1 (le plus oxyd). Le mannose se prsente rarement sous forme linaire mais la plupart du temps sous forme cyclise par une liaison entre la fonction rductrice et la fonction
alcool secondaire du carbone 5.
2002 - 2003
23/169
Oses simples
2.3 -D-Galactose
ST 8
Le D-galactose est un ose simple que nous recevons dans notre alimentation (lait) et qui joue
un grand rle dans lalimentation du nourrisson. Cest un ose 6 carbones (hexose), dont la
fonction rductrice est une fonction aldhyde situe par convention sur le carbone 1 (le plus
oxyd). Le galactose se prsente rarement sous forme linaire mais la plupart du temps sous
forme cyclise par une liaison entre la fonction rductrice et la fonction alcool secondaire du
carbone 5.
24/169
2002 - 2003
Oses simples
2.4 Epimre ; Isomre
ST 9
Le mannose est un isomre du glucose qui ne diffre de celui-ci que par lorientation des substituants du carbone 2 (fonction alcool secondaire). On dsigne spcifiquement par le nom
dpimres les isomres des oses qui ne diffrent que par lorientation des substituants du carbone 2 : glucose-mannose, ribose-arabinose, throse-rythrose,
Les autres isomres des oses qui diffrent par lorientation des substituants des autres fonctions alcool secondaires sont appels plus gnralement isomres : galactose-glucose, ribosexylose,
2002 - 2003
25/169
Oses simples
2.5 -D-Ribose
ST 10
Le D-ribose est un ose simple que nous recevons dans notre alimentation (abats) et qui est ncessaire la synthse des acides nucliques. Cest un ose 5 carbones (pentose), dont la fonction rductrice est une fonction aldhyde situe par convention sur le carbone 1 (le plus
oxyd). Le ribose se prsente rarement sous forme linaire mais la plupart du temps sous forme cyclise par une liaison entre la fonction rductrice et la fonction alcool secondaire du carbone 4.
26/169
2002 - 2003
Oses simples
2.6 -D-Fructose
ST 11
Le D-Fructose est un ose simple que nous recevons dans notre alimentation (fruits, sucre) et
qui joue un grand rle dans lalimentation. Cest un ose 6 carbones (hexose), dont la fonction
rductrice est une fonction ctone situe par convention sur le carbone 2 (le plus oxyd). Le
fructose se prsente rarement sous forme linaire mais la plupart du temps sous forme cyclise
par une liaison entre la fonction rductrice (carbone 2) et la fonction alcool secondaire du carbone 5.
Le fructose est aussi un isomre du glucose, qui en diffre principalement parce que sa fonction rductrice est une ctone situe sur le carbone 2 au lieu dun aldhyde situ sur le carbone
1. On appelle aldoses les oses fonction aldhyde (glucose, galactose, mannose,) et ctoses
les oses fonctions ctone (fructose, ribulose,). Le suffixe -ulose dsigne des ctoses.
2002 - 2003
27/169
Oses simples
28/169
2002 - 2003
Drivs des oses
Chapitre 3
Drivs des oses
2002 - 2003
29/169
Drivs des oses
3.1 Acide glucuronique ; Acide gluconique
ST 12
Loxydation des oses simples conduit des acides dont plusieurs sont des intermdiaires de
voies mtaboliques diverses.
La nomenclature de ces acides est faite de suffixes (-onique, -uronique) qui dpendent de la
fonction oxyde :
lorsque le glucose est oxyd sur la fonction aldhyde du carbone n 1, on dsigne le produit obtenu comme acide gluconique
lorsque le glucose est oxyd sur la fonction alcool primaire du carbone n 6, on dsigne
le produit obtenu comme acide glucuronique
De la mme faon le produit de loxydation du galactose sur sa fonction alcool primaire est
donc lacide galacturonique.
30/169
2002 - 2003
Drivs des oses
3.2 Acide ascorbique = vitamine C
ST 13
Lacide ascorbique est un driv des oses qui prsente sur ses carbones 2 et 3 une fonction
ne-diol qui peut tre oxyde en dictone ce qui donne lacide dhydroascorbique.
Ascorbate et dhydroascorbate forment un couple doxydorduction dont le potentiel standard est de + 200 mv. Lascorbate est un coenzyme transporteur dhydrogne.
Lacide ascorbique est un cofacteur indispensable de plusieurs oxydorductases du mtabolisme des acides amins.
Chez lHomme et plusieurs espces animales (anthropodes, cobaye, criquet), un des gnes de
la voie mtabolique qui permet la synthse de lacide ascorbique partir du glucose nest pas
exprim par le patrimoine gntique : il sen suit que la synthse de ce coenzyme est devenue
impossible. Lacide ascorbique est donc pour nous un aliment indispensable : la vitamine C.
2002 - 2003
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Drivs des oses
3.3 2-Dsoxyribose ; L-Fucose
ST 14
Quelques drivs sont obtenus par des ractions de rduction des fonctions alcool des oses
simples.
Le dsoxyribose, composant essentiel de la structure des acides dsoxyribonucliques (ADN)
est driv du ribose par une rduction de la fonction alcool secondaire du carbone n 2. Le
dsoxyribose confre cet acide nuclique une plus grande stabilit propre sa fonction de
conservation de linformation gntique.
Dans la structure des chanes polyosidiques des glycoprotines on rencontre quelquefois un
driv du mannose appartenant la srie L, dont la fonction alcool primaire (Carbone 6) a t
rduite : il sagit du L-Fucose.
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Drivs des oses
3.4 Sorbitol ; Mannitol ; Glycrol
ST 15
La rduction des oses simples peut aussi se faire sur les fonctions aldhyde ou ctone : on obtient alors des polyalcools que lon dsigne avec le suffixe -itol.
Le sorbitol est le polyalcool obtenu par rduction du glucose. Par une nouvelle oxydation cette
fois sur le carbone 2, il peut tre transform en fructose. Ces ractions sont lorigine du fructose qui sert daliment nergtique aux spermatozodes dans le plasma sminal.
Le mannitol est un driv de rduction du mannose. Il nest pas mtabolis chez lHomme et
peut donc servir de marqueur inerte pour les explorations fonctionnelles des reins.
Le glycrol est un trialcool, driv des trioses. Estrifi par des acides gras il constitue un
composant essentiel de la structure des glycrolipides.
La molcule du glycrol est symtrique par rapport au carbone n 2. Toutefois lorsquon numrote les carbones du glycrol, on donne le numro 1 au carbone situ en haut de la formule
lorsque loxhydrile de la fonction alcool secondaire du carbone 2 est orient gauche (sn-Glycrol = stereo numbered glycerol)
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Drivs des oses
3.5 Glucosamine ; N-Actylgalactosamine
ST 16
Dans la structure des chanes polyosidiques des glycoprotines, on trouve des drivs azots
des glucides simples dsigns par le suffixe -osamine.
La glucosamine est construite par une substitution de la fonction alcool secondaire du carbone
2 de l-D-glucose, remplae par une fonction amine. Par la mme substitution on obtient la
galactosamine ou la mannosamine, partir du galactose ou du mannose.
Toujours dans les chanes polyosidiques des glycoprotines, on trouve aussi des osamines
dont la fonction amine a t amidifie par lacide actique : N-Actyl-galactosamine ou NActyl-glucosamine.
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Drivs des oses
3.6 Acide N-Actylneuraminique = NANA
ST 17
Parmi les osamines des chanes polyosidiques des glycoprotines, il faut faire une place part
aux acides sialiques. Les acides sialiques sont des drivs N-actyls des nonulosamines : drivs amins dun acide ctonique 9 carbones.
Lacide N-actyl-neuraminique (en abrg NANA = N-Acetyl-Neuraminic Acid) est le plus
abondant des acides sialiques.
Les acides sialiques sont des acides forts et leur prsence dans la structure des glycoprotines
confre celles-ci des proprits acides (anioniques) plus marques et une tendance migrer
plus vite vers lanode dans les lectrophorses.
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Drivs des oses
3.7 Lactose
ST 18
Le lactose est le sucre du lait. Il est prsent dans le lait humain au taux de 69 g/l et dans le lait
de vache au taux de 46 g/l.
Son got est assez peu sucr.
Cest un disaccharide, form de lassociation de -D-galactose avec du -D-glucose par une
liaison osidique. La liaison osidique est une liaison dans laquelle un ose se lie avec une autre
molcule par le carbone porteur de la fonction rductrice : ici, le carbone 1 du galactose.
Lorsque le lait nest pas strile, les bactries quil contient fermentent le lactose en le transformant en acide lactique. Cette acidification est assez forte pour provoquer la prcipitation
des protines du lait : on dit alors que le lait a tourn (casification, transformation en fromage
blanc).
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Drivs des oses
3.8 Saccharose
ST 19
Le saccharose est un disaccharide quon trouve chez beaucoup de vgtaux : canne sucre,
betterave sucrire, etc... Raffin, cest dire purifi et cristallis, cest notre sucre ordinaire,
employ comme condiment pour adoucir les mets. Il est le produit chimique purifi (dorigine
naturelle) le plus abondant de notre alimentation.
Le saccharose est form d-D-glucose et de -D-fructose, lis par une liaison osidique laquelle participent les deux fonctions rductrices du glucose (carbone 1) et du fructose (carbone 2) de sorte que le saccharose ainsi constitu nest plus rducteur.
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Drivs des oses
3.9 Maltose
ST 20
Le maltose est un produit intermdiaire de la digestion des polyosides : amidon ou glycogne.

Le maltose est un disaccharide form de deux molcules d-D-glucose, lies par une liaison
osidique entre le carbone 1 (rducteur) de lune et le carbone 4 (alcool secondaire) de lautre.
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Polyosides
Chapitre 4
Polyosides
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Polyosides
4.1 Amidon
ST 21
Les amidons sont des polycondenss forms par la runion de milliers de molcules d-Dglucose unies par des liaisons osidiques comme dans le maltose.
Le poids molculaire des amidons est trs lev.
Ce sont des substances de rserve quon trouve dans les tissus vgtaux : tubercules de pomme de terre ou de manioc, granes des crales (riz, bl, mas).
Lamidon est une molcule branche : tous les 20 rsidus glucose environ un glucose est li
par deux liaisons osidiques : une en 1-4 comme partout ailleurs et une autre en 1-6 qui forme
donc une branche partir de la fonction alcool primaire (carbone 6) de ce glucose.
Les solutions damidon dans leau ont des proprits trs particulires, bien connues des
cuisiniers : visqueuses au dpart, elles se liqufient progressivement et produisent un prcipit
(rtrogradation de lamidon).
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2002 - 2003
Polyosides
4.2 Glycogne
ST 22
Le glycogne est comme lamidon, un polycondens form par la runion de milliers de molcules d-D-glucose unies par des liaisons osidiques. Comme lamidon le glycogne est une
molcule branche, mais les liaisons 1-6 y sont beaucoup plus frquentes, une tous les 3 ou 4
rsidus glucose.
Le glycogne est une substance de rserve quon trouve dans les tissus animaux : foie et muscles des mammifres, mais aussi chez les insectes ou chez les mollusques (hutres).
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Polyosides
4.3 Cellulose
ST 23
La cellulose est un polycondens du -D-glucose, li par des liaisons osidiques 1-4, sans
aucune ramification. Il forme chez les vgtaux une structure fibreuse extracellulaire qui sert
de squelette aux plantes : le bois.
La digestion de la cellulose ncessite lhydrolyse de la liaison osidique : chez lHomme, cette
hydrolyse (enzymatique) nest possible que si le carbone de la fonction rductrice est orient
en . De sorte que la cellulose dont le carbone 1 est orient en ne peut pas tre digre dans
notre tube digestif. Les fibres vgtales constituent donc un aliment de lest, qui est limin
aprs la digestion dans les matires fcales.
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Htrosides
Chapitre 5
Htrosides
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Htrosides
5.1 Amygdaloside
ST 24
Lamygdaline ou amygdaloside est le principe toxique prsent dans les granes de nombreuses
Rosaces : amandes amres, granes de Cotoneaster.
Sa structure comprend un oligoside : gentiobiose = -D-glucosido-1,6--D-glucoside et lisomre D du mandlonitrile form dun aldhyde benzoque li un cyanure.
Au cours de la digestion des amandes, lhydrolyse des liaisons oside permet la libration du
mandlonitrile qui est ensuite hydrolys en librant lion cyanure, poison trs actif qui inhibe
la respiration.
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Htrosides
5.2 Hparine
ST 25
Lhparine est un glucosaminoglycane. Cette classe dosides est constitue de polymres dont
le protomre est constitu dun acide uronique avec une osamine lis par une liaison osidique.
Dans lhparine, lacide uronique est lacide L-iduronique, remplac quelquefois par lacide
D-glucuronique. Cet acide iduronique est li par une liaison -1,4 avec une glucosamine qui
est lie lacide iduronique suivant. Un certain nombre de fonction alcool ou amine sont
sulfates : fonction amine de la glucosamine, fonction alcool primaire de la glucosamine,
fonction alcool secondaire du carbone n 3 de la glucosamine et quelquefois fonction alcool
secondaire du carbone n 2 de lacide iduronique.
Le poids molculaire des hparines naturelles est variable : de 5000 30000 daltons, correspondant des polymres de 10 50 units disaccharidiques.
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Htrosides
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2002 - 2003
Les lipides
Partie II
Les lipides
Connatre1 la structure (formule dveloppe, fonctions, isomres) et les proprits physiques

et chimiques des acides gras :
Connatre la structure gnrale (en dtail pour le cholestrol) et les proprits physiques et
chimiques des alcools constitutifs des lipides :
glycrol, sphingosine, alcool gras (un exemple)

cholestrol, vitamine A
thanolamine, srine, choline
Connatre la structure (molcules simples et liaisons qui les unissent) des lipides simples :
saturs = palmitique, starique

insaturs = olique, linolique, linolnique et arachidonique
crides, strides, glycrides neutres
Donner des exemples2 daliments contenant ces substances.

Connatre la structure (molcules simples et liaisons qui les unissent) des lipides complexes :
lcithines, cphalines, phosphatidyl-inositol, phosphatidyl-glycrol, cardiolipide, plasmalognes.
1. Connatre
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Les lipides
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2002 - 2003
Dfinitions
Chapitre 6
Dfinitions
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Dfinitions
6.1 Lipides
ST 26
Les molcules biologiques insolubles dans leau (hydrophobes) appartiennent la classe des
lipides.
Les lipides sont presque tous des esters dacides aliphatiques chanes longues (acides gras)
avec diffrents alcools : glycrol, cholestrol,
Les lipides sont les constituants essentiels des membranes biologiques. Par leur impermabilit ils permettent de limiter les diffrents compartiments des cellules.
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Acides gras
Chapitre 7
Acides gras
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Acides gras
7.1 Acide palmitique
ST 27
Lacide palmitique est un acide gras chane longue, le principal produit de la synthse des
lipides dans nos cellules. On le symbolise souvent par les nombres 16:0 pour indiquer quil a
16 carbones et aucune liaison thylnique : cest acide gras satur.
Cest un solide blanc, qui fond 64C.
Son nom vient de lhuile de palme, mais il est abondant dans toutes les graisses et huiles animales ou vgtales.
Cest un excellent aliment nergtique. Industriellement on utilise lacide palmitique pour la
fabrication des margarines, des savons durs.
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Acides gras
7.2 Acide starique
ST 28
Lacide starique est un autre acide gras chane longue, quon symbolise par les nombres
18:0 pour indiquer quil a 18 carbones et aucune liaison thylnique : cest acide gras satur.
Cest galement un solide blanc, qui fond 70C.
Son nom (, en grec) signifie graisse, il est abondant dans toutes les graisses animales
(surtout chez les ruminants) ou vgtales. Lacide starique sert industriellement faire des
bougies, des savons.
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Acides gras
7.3 Acide olique
ST 29
Lacide olique est le plus abondant des acides gras chane longue dans notre organisme. On
le symbolise par les nombres 18:1 pour indiquer quil a 18 carbones et une liaison thylnique.
Pour indiquer la position de la double liaison on prfre indiquer le nombre de carbones entre
le dernier carbone (n 18) et le carbone o commence la double liaison (n 9), do 18 - 9,
quon crit n - 9, en dsignant par n le nombre de carbones de la chane. Lacide olique est
donc un acide gras insatur, plus prcisment monoinsatur.
A la temprature de notre corps cest un liquide (huile) qui ne se solidifie qu 4C.
Son nom vient de lhuile dolive, mais il est abondant dans toutes les huiles animales ou vgtales.
Cest un excellent aliment nergtique. Il est utilis pour la fabrication des savonnettes.
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Acides gras
7.4 Acide linolique
ST 30
Lacide linolique est un acide gras chane longue quon trouve dans les huiles vgtales.
On le symbolise par les nombres 18:2 (n-6, n-9) pour indiquer quil a 18 carbones et deux
liaisons thylniques situes sur les carbones n 9 (n-9) et n 12 (n-6) : cest un acide gras insatur, et mme polyinsatur.
A la temprature de notre corps cest un liquide (huile) qui ne se solidifie qu -12C. En prsence dair, il soxyde rapidement (rancissement).
Son nom vient de lhuile de lin, mais il est abondant dans toutes les huiles vgtales.
Lacide linolique ne peut pas tre synthtis dans lorganisme des animaux. Il est reu exclusivement par voie digestive (huiles vgtales) et cest un compos indispensable de notre ration alimentaire.
Lacide linolique est essentiel la formation de la barrire impermable de la peau (piderme). Il est aussi le prcurseur de plusieurs hormones (eicosanodes).
Parce quil doit tre prsent dans notre alimentation et quil est irremplaable dans ses fonctions on le qualifie dacide gras indispensable et essentiel.
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Acides gras
7.5 Acide linolnique
ST 31
Lacide linolnique est un acide gras chane longue quon trouve dans les huiles vgtales
et dans les huiles de poissons. On le symbolise par les nombres 18:3 (n-3, n-6, n-9) pour indiquer quil a 18 carbones et trois liaisons thylniques situes sur les carbones n 9 (n-9)
n 12 (n-12) et n 15 (n-3) : cest un acide gras insatur, et mme polyinsatur.
A la temprature de notre corps cest un liquide (huile) qui ne se solidifie qu -11C. En prsence dair, il soxyde rapidement (rancissement).
Lacide linolnique ne peut pas tre synthtis dans lorganisme des animaux. Il est reu exclusivement par voie alimentaire (huiles vgtales).
Lacide linolnique est mtabolis dans notre organisme mais son caractre indispensable
nest pas certain.
Les acides gras polyinsaturs sont siccatifs : ils soxydent lair en se saturant ce qui lve
leur point de fusion et les rend solides. Cette proprit permet la fabrication des peintures
lhuile, du linolum,...
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2002 - 2003
Acides gras
7.6 Acide arachidonique
ST 32
Lacide arachidonique est un acide gras chane longue quon trouve dans certaines huiles
vgtales. On le symbolise par les nombres 20:4 (n-6, n-9, n-12, n-15) pour indiquer quil a
20 carbones et quatre liaisons thylniques situes sur les carbones n 5 (n-15), n 8 (n-12),
n 11 (n-9) et n 14 (n-6) : cest un acide gras polyinsatur.
La position des doubles liaisons par rapport au dernier carbone : n-6, n-9, est partiellement la
mme que pour lacide linolique : on dit que ces deux acides gras appartiennent la famille
des acides gras n-6 (qui ont la dernire double liaison en n-6) alors que lacide linolnique appartient la famille n-3 (sa dernire double liaison est en n-3).
Lacide arachidonique est fabriqu dans notre organisme partir de lacide linolique : ce
nest donc pas un acide gras indispensable.
Il est le prcurseur direct des hormones eicosanodes : cest donc un acide gras essentiel.
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Acides gras
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2002 - 2003
Alcools des lipides
Chapitre 8
Alcools des lipides
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Alcools des lipides
8.1 Glycrol ; Sphingosine ; Alcool ctylique
ST 33
Les lipides sont des molcules biologiques principalement formes desters dacides gras.
Les alcools estrifiant ces acides gras vont dfinir les principales classes de lipides.
Le glycrol forme des esters dacides gras quon appelle glycrides. Il a trois fonctions alcool,
deux primaires, une secondaire. On numrote les carbones du glycrol qui sont symtriques
de telle faon que lorsque le carbone 1 est en haut, loxhydrile du carbone 2 soit orient gauche (sn-glycrol, ce qui signifie stereo-numbered glycerol en anglais).
Les alcools gras comme lalcool ctylique sont les drivs rduits des acides gras chane longue. Leurs esters avec des acides gras sont les cires (crides).
La sphingosine est un driv dacide gras galement sur lequel les carbones 1 et 3 sont porteurs de fonctions alcool alors que le carbone n 2 porte une fonction amide. La sphingosine
forme des amides dacides gras quon appelle sphingolipides.
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2002 - 2003
Alcools des lipides
8.2 Cholestrol
ST 34
Le cholestrol est un compos soluble dans les graisses de lorganisme. Cest une molcule
polycyclique, insature portant une fonction alcool secondaire sur son carbone 3.
Le cholestrol forme avec les acides gras (surtout polyinsaturs) des esters quon nomme cholestrides (strides) ou esters de cholestrol.
Le cholestrol et les strides sont des solides la temprature de notre corps.
La synthse du cholestrol peut se faire dans la plupart de nos cellules mais il est aussi abondant dans notre alimentation.
La numrotation des atomes du cholestrol et de ses drivs (strols, hormones strodes, acides biliaires) est constante : aussi est-il indispensable de connatre cette numrotation pour
pouvoir comprendre la structure et le mtabolisme de ces drivs.
2002 - 2003
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Alcools des lipides
8.3 Vitamine A
ST 35
Le rtinol est un alcool provenant du mtabolisme des carotnes. Comme ces derniers cest
une huile rougetre, quon trouve dans lalimentation (carottes, tomates, poivrons, fruits, huile de palme, etc...).
Le rtinol est transport dans notre organisme sous forme desters avec des acides gras.
Par oxydation il donne la vitamine A et lacide rtinoque, mtabolites essentiels qui jouent
un rle important dans la transmission des signaux cellulaires.
Notre organisme ne sait pas faire la synthse des carotnes et donc du rtinol et de ses drivs
qui sont ncessaires notre vie : les carotnes ou le rtinol sont donc des aliments indispensables (vitamine A).
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2002 - 2003
Alcools des lipides
8.4 Vitamine E
ST 35/1
La vitamine E ou -tocophrol est un nutriment indispensable qui jouent un rle important

dans la protection de lorganisme contre les oxydations : peroxydation des acides gras polyinsaturs, peroxydation des rtinodes et des carotnes, oxydation des fonctions thiols des protines.
L-tocophrol agirait en captant les radicaux libres engendrs par les ractions doxydation,
en particulier par la chane respiratoire des mitochondries.
La ration quotidienne ncessite une faible quantit de vitamine E : 10 30 mg/jour et dpend
de la quantit dacides gras insaturs de la ration. Les huiles vgtales, les ufs et les crales
sont de bonnes sources de vitamine E.
2002 - 2003
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Alcools des lipides
8.5 Vitamine K
ST 35/2
La vitamine K ou phylloquinone est un nutriment indispensable dont la structure permet de

lui attribuer un rle de transporteur dhydrognes ou dlectrons comme lubiquinone ou
coenzyme Q.
Le besoin alimentaire en vitamine K est trs faible; elle est abondante dans lalimentation vgtale ou animale. 5 g/jour semblent suffisants pour maintenir le taux de prothrombine
100 %.
Elle intervient dans la coagulation du sang chez les Mammifres, peut-tre en participant la
synthse de la prothrombine et de la proconvertine.
Le dicoumarol ou les substances voisines ont un effet pharmacologique antagoniste de la vitamine K : ce sont des antivitamines K.
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2002 - 2003
Alcools des lipides
8.6 Ethanolamine ; Srine ; Choline
ST 36
Les lipides qui sont des esters dacides gras et des alcools que nous venons de passer en revue,
nont jamais de charges lectriques dans leur molcules faute de fonctions ionisables : on les
appelle les lipides neutres.
En estrifiant une des fonctions alcool du glycrol par une molcule ionisable phosphoryle
(acide-alcool ou base alcool lie un acide phosphorique) , on obtient des phosphoglycrides
(ou phospholipides) qui peuvent porter des charges lectriques au pH de nos cellules.
Les molcules ionisables formant les phospholipides sont lacide phosphorique et des alcools
amins : thanolamine, srine (qui est la fois alcool, acide et amine) et la choline (qui porte
une fonction ammonium quaternaire).
Les lipides complexes comprenant phosphate et alcools amins dans leurs molcules sont les
constituants principaux des membranes biologiques qui forment les parois et les organites de
nos cellules.
2002 - 2003
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Alcools des lipides
8.7 Myo-inositol
ST 37
Parmi les lipides des membranes cellulaires, on trouve aussi des phospholipides inositol.
Linositol est un compos cyclique driv du cyclohexane et porteur de six fonctions alcool
secondaire. Parmi les isomres possibles selon lorientation des oxhydriles, beaucoup sont
asymtriques et un seul peut servir former des lipides membranaires : le myo-inositol dont
la structure est dcrite ici.
Le myo-inositol des membranes cellulaires est le prcurseur de molcules qui jouent un rle
important dans la transmission des signaux cellulaires.
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2002 - 2003
Alcools des lipides
8.8 Liaisons des phospholipides
ST 37/1
Certains phospholipides prsentent des liaisons diffrentes des liaisons esters habituellement
rencontres dans les glycrophospholipides.
Ainsi, lorsque la liaison ester est rduite, on obtient une liaison ther, dans la structure des
therlipides. La chane grasse appartient alors un alcool gras.
De mme, un degr moindre de rduction, lacide gras est transform en aldhyde gras qui
est li par une liaison actal avec les deux fonctions alcools voisines du mme glycrol : cest
un actalphosphatide.
Enfin, un aldhyde gras peut tre li au carbone n 1 du glycrol par une fonction ther thylnique.
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Alcools des lipides
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Lipides neutres
Chapitre 9
Lipides neutres
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Lipides neutres
9.1 Cride
ST 38
Les crides (cires) sont des lipides constitus dacides gras estrifiant des alcools gras longue chane, le plus souvent saturs.
Le palmitate de ctyle ou blanc de baleine est un lipide de rserve trs nergtique qui
constitue la plus grande partie du tissu adipeux des ctacs. On lexploite comme base pour
des prparations cosmtiques (crmes).
La cire dabeille est constitue dacides et dalcools gras trs longues chanes (20 60 carbones).
La paroi des bactries et des vgtaux renferme des crides. Certains fruits (pommes) sont recouverts dune pellicule de cire, protectrice.
Chez les animaux, le sbum est une scrtion cutane protectrice contenant des cires (lanoline).
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2002 - 2003
Lipides neutres
9.2 Glycride neutre
ST 39
Les glycrides neutres sont les esters du glycrol avec des acides gras, qui ne comportent pas
de fonctions ionisables. On y rencontre des esters avec un acide gras (monoglycrides), avec
deux acides gras (diglycrides) ou avec trois acides gras (triglycrides). Les acides gras peuvent tre diffrents.
Les glycrides neutres peuvent tre solides (graisses) ou liquides (huiles) la temprature ambiante. Leur tat dpend de leur composition en acides gras : les graisses contiennent plutt
des acides gras saturs ; les huiles contiennent plutt des acides gras insaturs.
Les glycrides neutres sont compltement insolubles dans leau et les liquides biologiques.
Les glycrides neutres shydrolysent dans les solutions alcalines (saponification). Les acides
gras sont transforms en savons (sels dacide gras avec un cation) et le glycrol est libr (glycrine).
Les glycrides neutres se rencontrent dans des vacuoles de rserve lintrieur du cytoplasme
de nombreuses cellules (adipocytes, hpatocytes, graines vgtales). Leur fonction principale
est de constituer des rserves nergtiques. Certains diglycrides membranaires jouent le rle
de molcules informationelles (second messagers).
2002 - 2003
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Lipides neutres
9.3 Diglycride
ST 39/1
Les diglycrides sont des glycrides ne comportant que deux acides gras sur les trois fonctions
alcool estrifiables du glycrol.
Ils sont peu abondants dans les membranes mais leurs fonctions sont importantes : ce sont des
intermdiaires mtaboliques des voies de Kennedy, pour la synthse des triglycrides et des
principaux phospholipides.
Les diglycrides sont aussi des second messagers des membranes plasmatiques, produits de
lhydrolyse du phosphatidyl-inositol-diphosphate (PIP2) par la phospholipase C. Cette raction est commande par plusieurs types de rcepteurs membranaires, lis aux phospholipases
C.
Les diglycrides membranaires agissent en activant les protines kinases C.
Lextinction du signal peut se faire par :
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une diglycride lipase, hydrolysant le diglycride en monoglycride

une diglycride kinase, qui transforme le diglycride en phosphatidate soluble (cycle des
phosphoinositides).
2002 - 2003
Lipides neutres
9.4 Stride
ST 40
Les strides sont des lipides constitus dacides gras estrifiant des strols. Les strols sont
des drivs du cholestrol caractriss par une ou plusieurs fonctions alcool.
Lolate de cholestrol est un stride prsent dans beaucoup de cellules animales o il constitue une rserve de cholestrol.
Dans le plasma les lipoprotines transportent des strides (esters de cholestrol) rsultant de
laction de la lcithine cholestrol acyl transfrase.
2002 - 2003
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Lipides neutres
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2002 - 2003
Lipides complexes
Chapitre 10
Lipides complexes
2002 - 2003
75/169
Lipides complexes
10.1 Lcithine
ST 41
Les phospholipides sont des glycrides dont le glycrol est estrifi par deux acides gras et la
dernire fonction alcool primaire par un acide phosphorique. Cette structure commune tous
les phospholipides porte le nom dacide phosphatidique.
Lacide phosphorique des phospholipides est estrifi une deuxime fois dans la plupart des
phospholipides par une molcule dun autre alcool :
choline (phosphatidyl- choline ou lcithine),
thanolamine (phosphatidyl-thanolamine),
srine (phosphatidyl-srine),
inositol (phosphatidyl-inositol),
glycrol (phosphatidyl-glycrol), etc...
Les phospholipides se rencontrent dans toutes les cellules vivantes parce quils sont des constituants indispensables des membranes biologiques.
Les phospholipides peuvent aussi tre des substances de rserve (jaune duf).
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2002 - 2003
Lipides complexes
10.2 Phosphatidyl-glycrol
ST 42
Le phosphatidyl-glycrol est form de deux acides gras, lis par des liaisons ester un premier
glycrol dont la troisime fonction est estrifie par un acide phosphorique comme dans les
autres phospholipides. Lautre fonction acide estrifie une deuxime molcule de glycrol.
Le cardiolipide est un diphosphatidyl-glycrol, dans lequel deux acides phosphatidiques estrifient symtriquement les deux fonctions alcool primaires de la mme molcule de glycrol.
Les phosphatidyl-glycrol et les cardiolipides sont prsents dans la membrane interne des mitochondries o ils sont lis spcifiquement aux enzymes intrinsques, comme la cytochrome
oxydase de la chane respiratoire mitochondriale.
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Lipides complexes
10.3 Phosphatidyl-inositol
ST 42/1
Certains phospholipides membranaires jouent un rle spcifique et important dans les voies
de transduction des signaux cellulaires au travers des membranes.
Le phosphatidyl-inositol est form de deux acides gras, lis par des liaisons ester un glycrol
dont la troisime fonction est estrifie par un acide phosphorique comme dans les autres
phospholipides. Lautre fonction acide estrifie un alcool cyclique six fonctions alcool secondaires, dont les hydroxyles sont orientes spcifiquement de part et dautre du plan de la
molcule. Seul lisomre reprsent ici (myo-inositol) est prsent dans les cellules animales.
Le phosphatidyl-inositol est situ la face interne des membranes plasmiques o il est le prcurseur mtabolique de deux messagers secondaires : les diglycrides et linositol triphosphate.
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2002 - 2003
Lipides complexes
10.4 Sphingomyline
ST 42/3
Les sphingomylines sont des phospholipides membranaires, prsentes dans toutes les membranes mais surtout dans le systme nerveux (ganes de myline). Elles sont constitues dune
base longue chane (sphingosine ou dihydrosphingosine), dun acide gras amidifiant la fonction amine et dun phosphate estrifiant la fonction alcool primaire et lui mme estrifi par
un alcool amin (choline).
La biosynthse des sphingomylines se fait soit en associant un cramide avec la CDP-choline
(voie de Kennedy), soit en amidifiant une sphingophosphorylcholine avec un acyl-CoA trs
longue chane (voie de Brady).
Lhydrolyse des sphingomylines en cramide et phosphorylcholine est catalyse par une
sphingomylinase acide lysosomique dont le dficit se traduit par la maladie de NiemannPick.
2002 - 2003
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Lipides complexes
10.5 Sphingolipides
ST 43
Les sphingolipides sont les lipides dont lacide gras est li une base azote longue chane
(18-20 carbones) par une liaison amide.
La base longue chane peut tre insature (sphingosine) ou sature (dihydrosphingosine).
Un cramide est lamide dune sphingosine et dun acide gras ; cet acide gras est le plus souvent trs longue chane (> 20 C).
Un sphingophospholipide est un cramide estrifi par un phosphoalcool comme la phosphorylcholine.
Un crbroside est un cramide dont la fonction alcool lie un chanon oligosaccharidique neutre form doses ou de drivs doses en petit nombre (1 6).
Les sulfatides sont des crbrosides dont un ose est estrifi par un sulfate.
Les gangliosides sont des crbrosides dont le chanon oligosaccharidique se termine par un
ou plusieurs residus dacide sialique (NANA).
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2002 - 2003
Lipides complexes
10.6 Cramide
ST 43/1
Les cramides sont des lipides mineurs, constituants des sphingolipides et intermdiaires de
leur catabolisme.
Un cramide est compos dune base longue chane (sphingosine ou dihydrosphingosine) et
dun acide gras li par une liaison amide lazote de la base.
Les cramides sont produits au cours du catabolisme des sphingolipides et en suite hydrolyss
par une cramidase acide lysosomique dont le dficit se traduit par la maladie de Farber, trs
rare.
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Lipides complexes
10.7 Sphingolipidoses
ST 43/2
Les gangliosidoses et les autres glycolipidoses sont des maladies de surcharge rsultant de dficits enzymatiques ne permettant pas le catabolisme normal des glycolipides dans les lysosomes.
Les voies de catabolisme des principaux glycolipides et sphingolipides sont rsumes sur ce
schma gnral.
Les principales dficiences entranent un arrt de la dgradation ltape catalyse par lenzyme en cause :
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Fucosidoses (-fucosidase)
Landing (-galactosidase)
Tay-Sachs(hexosaminidase A)
Fabry (-galactosidase)
Leucodystrophie mtachromatique (aryl-sulfatase A)
Krabbe (galactosylcramidase)
Gaucher (glucocrbrosidase)
Niemann-Pick (sphingomylinase)
et Farber (cramidase).
2002 - 2003
Lipides complexes
10.8 Crbroside
ST 43/3
Les crbrosides sont des glycolipides neutres forms dune base longue chane (sphingosine
ou dihydrosphingosine), dun acide gras trs longue chane (22:0, 24:0, 24:1) et dun ose li
par une liaison osidique avec la fonction alcool primaire de la sphingosine. Les crbrosides
du cerveau contiennent un -galactose (galactocrbrosides) alors que ceux des autres organes portent plutt un -glucose (glucocrbrosides).
Les crbrosides sont synthtiss partir de sucres activs par des glucosyltransfrases. Leur
catabolisme dpend dune -galactosidase ou dune -glucosidase acides lysosomiques dont
les dficits respectifs produisent les maladies de Krabbe et de Gaucher.
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Lipides complexes
10.9 Sulfatide
ST 43/4
Les sulfatides sont des glycosphingolipides dont lun des rsidus glucidiques est estrifi par
une molcule dacide sulfurique. On trouve les sulfatides dans les membranes des cellules du
systme nerveux central et des reins.
Les sulfatides sont synthtiss partir dun crbroside neutre par une sulfotransfrase dont
le coenzyme est le phosphoadnosinephosphosulfate (PAPS ou sulfate actif ).
Les sulfatides sont cataboliss par une arylsulfatase. le dficit en arylsulfatase A (ou de son
cofacteur SAP-B) est la cause de la leucodystrophie mtachromatique (maladie de Scholz).
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2002 - 2003
Lipides complexes
10.10 Globoside
ST 43/5
Il existe de nombreux exemples de crbrosides neutres, comme le lactosylcramide (GalGlc-Cer).

Les dihexosyl- et trihexosylcramides dont le rsidu terminal est un Galactose li en , saccumulent dans les vaisseaux des patients atteints de la maladie de Fabry, dficit gntique rcessif li au chromosome X dune -galactosidase A.
Le globoside reprsent sur cette image est un ttrahexosylcramide quon retrouve dans les
tissus des patients dficients en hexosaminidase B.
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Lipides complexes
10.11 Fucosido-glycolipide
ST 43/6
Le fucose est un hexose rare de srie L, dsoxygn sur le carbone 6 (voir section 3.3). De
nombreux oligosaccharides (glycolipides ou glycoprotines) contiennent du fucose : fucosido-glycolipide (comme cet exemple), haptnes de groupes sanguins (dont les variants sont les
groupes Lewis), etc...
La dgradation des oligosaccharides fucose fait appel une -L-fucosidase dont le dficit,
trs rare, est la cause des fucosidoses.
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Lipides complexes
10.12 Ganglioside GM1
ST 43/7
Les gangliosides sont des glycolipides acides dont les chanes oligosaccharidiques sont termines par des rsidus dacides sialiques (N-actyl-neuraminique), driv dose pourvu dune
fonction acide carboxylique (voir section 3.6). Ce sont des constituants des membranes des
cellules du systme nerveux.
La nomenclature des gangliosides est reprsente par deux lettres et un chiffre : exemple
GM1. Le G = ganglioside ; la deuxime lettre est M, D, T ou Q selon quil existe 1, 2, 3 ou 4
rsidus dacide sialique dans loligosaccharide ; le chiffre enfin est 3, 2 ou 1 selon quil y a 2,
3 ou 4 rsidus doses dans la chane lexception des acides sialiques. Donc un ganglioside
GM1 contient un chanon oligosaccharidique de 4 sucres plus un acide sialique.
Les gangliosides saccumulent dans une srie de maladies lysosomiques correspondant des
dficit denzymes dhydrolyse. Ainsi le dficit dune -galactosidase est responsable de la
gangliosidose gnralise avec accumulation de ce GM1.
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Lipides complexes
10.13 Ganglioside GM2
ST 43/8
Le ganglioside GM2 est form dun cramide et dun chanon oligosaccharidique de 3 sucres
plus un acide sialique.
Les hexosaminidases sont des enzymes ncssaires lhydrolyse des oligosaccharides hexosamines, comme cet exemple. Leur dficit gntique aboutit des gangliosidoses telles que
la maladie de Tay-Sachs (hexosaminidase A spcifique des glycolipides acides) ou la maladie
de Sandhoff (hexosaminidases A et B).
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2002 - 2003
Lipides complexes
10.14 Ganglioside GD1a
ST 43/9
Le ganglioside GD1a est form dun cramide et dun chanon oligosaccharidique de 4 sucres
plus deux acides sialiques.
Les gangliosides sont dabord dsialyls par des sialidases lysosomiques avant dtre dgrads comme les glycolipides neutres.
2002 - 2003
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Lipides complexes
10.15 Plasmalogne
ST 44
Les plasmalognes sont des analogues des phospholipides ou des sphingolipides dont un des
acides gras est remplac par un alcool gras insatur li au glycrol par une liaison ther.
Prsents dans les ganes de myline des neurones, ils jouent un rle spcifique dans la liaison
des protines des membranes.
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2002 - 2003
Lipides complexes
10.16 Actalphosphatide
ST 44/1
Un actalphosphatide est un phospholipide dans lequel un seul aldhyde gras est li aux deux
fonctions alcool des carbones 1 et 2 du glycrol.
La saponification des alcnoxyphosphatides, en dtachant lacide gras en position 2, permet
laldhyde gras restant de former une telle liaison actal.
2002 - 2003
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Lipides complexes
10.17 Etherlipide
ST 38/1
Le nom therlipide est synonyme de alcoxyglycride ou de alkoxyglycride, ou encore de alcoxyphosphatide ou de alkoxyphosphatide si la fonction alcool du carbone n 3 est occup par
un phosphoalcool amin comme pour les autres phosphatides.
Les alcoxyglycrides se rencontrent dans les huiles de poissons.
Les alcoxyphosphatides sont rpandus plus largement. Le PAF-acther est un alcoxyphosphatide.
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Lipides complexes
10.18 PAF-acther
ST 38/2
Le PAF-acther tire son nom de sa fonction dactivation des plaquettes : Platelet Activating
Factor.
Cest un alcoxyglycride dans lequel lacide li sur le carbone n 2 est un acide actique.
Le PAF est un trs puissant agrgant pour les plaquettes sanguines et un agent hypotenseur
par son action sur les fibres lisses des vaisseaux.
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Lipides complexes
10.19 Inositol triphosphate
ST 37/2
Linositol triphosphate (1,4,5-triphosphate) est le rsultat de lhydrolyse dun phospholipide

membranaire le phosphatidyl-inositol-diphosphate (PIP2) par une phospholipase C. Cette
raction est commande par plusieurs types de rcepteurs,
Linositol triphosphate est un second messager, qui facilite la libration du Calcium contenu
dans les citernes du reticulum endoplasmique.
La dgradation de linositol 1,4,5-triphosphate par une inositol 5-phosphatase provoque lextinction du signal.
Linositol 1,3,4,5-ttraphosphate (IP4) est obtenu par une nouvelle phosphorylation de lIP3.
Il agirait plus spcifiquement sur des canaux Calcium de la membrane plasmique permettant
lentre du Ca++ extracellulaire.
Les autres inositol-phosphates (1,3,4-IP3, 1,4-IP2, 1-IP et 4-IP) sont des intermdiaires du cycle des phosphoinositides, obtenus par hydrolyses successives des phosphates du 1,4,5-IP3 et
1,3,4,5-IP4 actifs.
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Partie III
Connatre1 la formule gnrale, les proprits physiques (solubilit, absorption de la lumire

UV, dviation du plan de polarisation de la lumire, ionisation) et les proprits chimiques
(fonction acide : esters, amides ; fonction amine : alkylation, base de Schiff ; dsamination,
chromatographie sur changeur dions) des acides -amins.
Connatre la formule dveloppe et les proprits particulires de chacun des vingt acides
amins constitutifs des protines. Donner des exemples2 daliments contenant ces acides amins.
Connatre les structures, les proprits principales des drivs suivants des acides amins :
acide hippurique, acides amins phosphoryls, homologues, amines obtenues par dcarboxylation (plusieurs exemples), taurine, acide pyroglutamique, ornithine, citrulline,
acides amins hydroxyls, phnyl-pyruvate, iodotyrosines.
1. Connatre
2002 - 2003
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2002 - 2003
Formules
Chapitre 11
Formules
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Formules
11.1 Alanine
ST 45
Lalanine est un acide amin neutre.

Son radical se rduit un mthyl, qui lui confre des proprits lgrement apolaires et hydrophobes et ne permet pas de participer des ractions chimiques.
Lalanine reprsente environ 6 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en alanine : mas, abats (triperie) ; dautres en sont pauvres : lait,
lgumes secs.
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2002 - 2003
Formules
11.2 Arginine
ST 46
Larginine est un acide amin basique.

Le radical comporte une chane de 3 carbones suivie dun noyau guanidinium : un atome de
carbone entour de trois fonctions amine. Un lectron ionis cre une charge positive dans le
noyau guanidinium, dlocalise dans les orbitales des trois liaisons C-N.
Le noyau guanidinium est trs basique (pK = 12,5) ce qui confre une charge positive immuable ce radical. De ce fait, le radical de larginine est le plus polaire et le plus hydrophile des
tous les radicaux dacides amins des protines. Cette charge positive cre des liaisons lectrovalentes avec des charges lectriques ngatives dautres acides amins (Asp, Glu,...), contribuant la structure tertiaire et quaternaire de la protine. Larginine entre aussi dans la
structure de nombreux sites de liaison o elle contribue fixer le ligand par des liaisons lectrovalentes.
Larginine reprsente environ 7 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en arginine : noix, noisettes, riz ; dautres en sont pauvres : betteraves, carottes, pain.
2002 - 2003
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Formules
11.3 Aspartate
ST 48
Laspartate est un acide amin acide.

Le radical de lacide aspartique est une chane de 2 carbones portant une fonction acide carboxylique. Le pK tant de 4,0 cette fonction est presque entirement ionise au pH physiologique. Laspartate joue un rle important dans certaines protines comme la pepsine agissant
en milieu acide.
La charge ngative fait de laspartate un radical trs polaire et hydrophile. Elle cre des
liaisons lectrovalentes avec des charges lectriques positives dautres acides amins (Arg,
Lys,...), contribuant la structure tertiaire et quaternaire de la protine. Laspartate entre aussi
dans la structure de nombreux sites de liaison o il contribue fixer le ligand par des liaisons
lectrovalentes.
Laspartate reprsente environ 6 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en aspartate : pommes de terre, cacahutes ; dautres en sont
pauvres : soja, pain.
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2002 - 2003
Formules
11.4 Asparagine
ST 47
Lasparagine est un acide amin amid.

Le radical de lasparagine est constitu dune chane de 2 carbones qui se termine par une
fonction acide carboxylique, amidifie par une molcule dammoniaque. Cette amidification
cache les proprits de la fonction acide.
A cause des liaisons hydrogne autour de la liaison amide, lasparagine est un radical faiblement polaire, mais hydrophobe et chimiquement neutre.
Lasparagine reprsente environ 3 % des acides amins des protines de notre organisme.
2002 - 2003
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Formules
11.5 Cystine
ST 49
La cystine est un acide amin soufr.

Le radical de la cystine ne comprend quun seul carbone porteur dune fonction thiol. Cette
fonction peut soxyder en se liant une autre fonction thiol de la protine formant ce quon
appelle un pont disulfure.
Les ponts disulfures par leurs liaisons covalentes entre des cystines dune mme chane
dacides amins ou dune autre chane, sont les liens les plus stables de la structure tertiaire et
quaternaire des protines.
Les formes cystine et cystine forment des couples doxydorduction dans les protines, dont
le potentiel standard est bas, rducteur (Eo = -230 mv). Ces fonctions sont responsables de
ltat doxydorduction variable des protines.
La cystine reprsente environ 1 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en cystine : poissons ; dautres en sont pauvres : lait de vache,
lentilles. La glatine en est dpourvue.
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2002 - 2003
Formules
11.6 Glutamate
ST 51
Le glutamate est un acide amin acide.

Le radical de lacide glutamique est une chane de 3 carbones portant une fonction acide carboxylique. Le pK tant de 4,3 cette fonction est presque entirement ionise au pH physiologique.
La charge ngative fait du glutamate un radical trs polaire et hydrophile. Elle cre des
liaisons lectrovalentes avec des charges lectriques positives dautres acides amins (Arg,
Lys,...), contribuant la structure tertiaire et quaternaire de la protine. Le glutamate entre
aussi dans la structure de nombreux sites de liaison o il contribue fixer le ligand par des
liaisons lectrovalentes.
Le glutamate reprsente environ 9 % des acides amins des protines de notre organisme.
Cest le plus frquent des 20 acides amins dans la squence primaire de nos protines.
Certains aliments sont riches en glutamate : pain, crales ; dautres en sont pauvres : lgumes
secs.
2002 - 2003
103/169
Formules
11.7 Glutamine
ST 50
La glutamine est un acide amin amid.

Le radical de la glutamine est constitu dune chane de 3 carbones qui se termine par une
fonction acide carboxylique, amidifie par une molcule dammoniaque. Cette amidification
cache les proprits de la fonction acide.
A cause des liaisons hydrogne autour de la liaison amide, la glutamine est un radical faiblement polaire, mais hydrophobe et chimiquement neutre.
La glutamine reprsente environ 9 % des acides amins des protines de notre organisme.
La glutamine est aussi le plus abondant des acides amins libres en circulation dans le sang.
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2002 - 2003
Formules
11.8 Glycocolle
ST 52
Le glycocolle (glycine en anglais) est un acide amin neutre.

Le radical du glycocolle se rduit un atome dhydrogne. Le glycocolle est le seul acide amin dont la structure soit symtrique.
Bien quil soit le moins polaire de tous les acides amins, le glycocolle confre peu de proprits la protine.
Le glycocolle reprsente environ 5 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en glycocolle : orge, riz, glatine ; dautres en sont pauvres : lait,
pommes de terre.
2002 - 2003
105/169
Formules
11.9 Histidine
ST 53
Lhistidine est un acide amin basique.

Le radical de lhistidine comprend un carbone et un noyau imidazole form de trois carbones
et de deux azotes. Ce noyau est ionisable et le pK est de 6,0, ce qui est trs voisin des pH habituels des compartiments cellulaires. Le noyau imidazole est polaire mais peu hydrophile.
Les changes dhydrogne avec le noyau imidazole se faisant facilement au pH physiologique, lhistidine est un radical frquent dans les sites catalytiques des enzymes.
Lhistidine reprsente environ 3 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en histidine : viande, abats ; dautres en sont pauvres : choufleur.
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2002 - 2003
Formules
11.10 Isoleucine
ST 54
Lisoleucine est un acide amin branch (6 carbones).

Le radical de lisoleucine est un carbure satur, branch, asymtrique. Les deux carbones asymtriques sont marqus dune astrisque.
Le radical de lisoleucine est le plus hydrophobe de tous les radicaux des acides amins des
protines.
Lhydrophobie du radical de lisoleucine permet la formation de liaisons faibles (dites liaisons
hydrophobes) avec dautres acides amins hydrophobes (Phe, Leu, ...) qui contribuent la
structure tertiaire et quaternaire des protines.
Lisoleucine reprsente moins de 4 % des acides amins des protines de notre organisme.
2002 - 2003
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Formules
11.11 Leucine
ST 55
La leucine est un acide amin branch (6 carbones).

Le radical de la leucine est un carbure satur et branch, mais symtrique. Il est trs hydrophobe.
Lhydrophobie du radical de la leucine permet la formation de liaisons faibles (dites liaisons
hydrophobes) avec dautres acides amins hydrophobes (Ile, Phe, ...) qui contribuent la
structure tertiaire et quaternaire des protines.
La leucine reprsente environ 8 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en leucine : lait, mas ; dautres en sont pauvres : pommes de terre, betteraves, chou.
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2002 - 2003
Formules
11.12 Lysine
ST 56
La lysine est un acide amin basique.

Le radical comporte une chane de 4 carbones suivie dun fonction amine, dont un lectron
ionis cre une charge positive.
Le radical de la lysine est trs basique (pK = 10,8) ce qui lui confre une charge positive stable. De ce fait, le radical de la lysine est trs polaire et trs hydrophile. Cette charge positive
cre des liaisons lectrovalentes avec des charges lectriques ngatives dautres acides amins
(Asp, Glu,...), contribuant la structure tertiaire et quaternaire de la protine. Larginine entre
aussi dans la structure de nombreux sites de liaison o elle contribue fixer le ligand par des
liaisons lectrovalentes.
La lysine reprsente environ 8 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en lysine : viande, abats ; dautres en sont pauvres : pain, olagineux.
2002 - 2003
109/169
Formules
11.13 Mthionine
ST 57
La mthionine est un acide amin soufr.

Son radical est apolaire et hydrophobe. Elle joue un rle spcifique dans le complexe dinitiation de la biosynthse des protines.
La mthionine reprsente environ 2 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en mthionine : ufs ; dautres en sont pauvres : graines vgtales, glatine.
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2002 - 2003
Formules
11.14 Phnylalanine
ST 58
La phnylalanine est un acide amin aromatique.

Le radical de la phnylalanine comprend un seul carbone suivi dun carbure aromatique trs
hydrophobe.
Lhydrophobie du radical de la phnylalanine permet la formation de liaisons faibles (dites
liaisons hydrophobes) avec dautres acides amins hydrophobes (Ile, Leu, ...) qui contribuent
la structure tertiaire et quaternaire des protines.
La phnylalanine reprsente environ 4 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en phnylalanine : pain, ufs, abats ; dautres en sont pauvres :
chou, betteraves.
2002 - 2003
111/169
Formules
11.15 Proline
ST 59
La proline est le seul acide a-amin dont la fonction amine soit secondaire.
Le radical de la proline comprend donc 3 carbones saturs dont le dernier est li la fonction
-amine incluse dans la liaison peptidique. Le tout forme un noyau pyrrole (4 carbones et 1
azote).
La prsence dune proline dans la structure primaire dune protine empche la constitution
des liaisons hydrognes de la structure secondaire : fin des hlices , bords des feuillets , ...
La proline reprsente environ 4 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en proline : glatine, pain, lait ; dautres en sont pauvres : pommes de terre.
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Formules
11.16 Srine
ST 60
La srine est un acide amin alcool.

Le radical de la srine comprend un seul carbone porteur dune fonction alcool primaire.
Cette fonction alcool rend la srine faiblement hydrophile, mais surtout permet des estrifications avec lacide phosphorique, importantes dans la rgulation de lactivit des protines.
La srine reprsente environ 4 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en srine : ufs, lait, riz ; dautres en sont pauvres : pommes de
terre.
2002 - 2003
113/169
Formules
11.17 Thronine
ST 61
La thronine est un acide amin alcool.

Le radical de la thronine comprend 2 carbones dont le premier est porteur dune fonction alcool secondaire. Ce radical est donc asymtrique. Les deux carbones asymtriques sont marqus dune astrisque.
Cette fonction alcool permet des estrifications.
La thronine reprsente environ 4 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en thronine : ufs ; dautres en sont pauvres : pain, haricots
verts, olagineux.
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2002 - 2003
Formules
11.18 Tryptophane
ST 62
Le tryptophane est un acide amin aromatique.

Le radical du tryptophane comprend un seul carbone suivi dun carbure aromatique compos
de deux noyaux accols : benzne et pyrrole. Ce noyau est un noyau indole.
Lhydrophobie du radical du tryptophane permet la formation de liaisons faibles (dites
liaisons hydrophobes) avec dautres acides amins hydrophobes (Ile, Phe, Leu, ...) qui contribuent la structure tertiaire et quaternaire des protines.
Le tryptophane reprsente environ 1 % des acides amins des protines de notre organisme.
Cest le plus rare des 20 acides amins dans la squence primaire de nos protines.
Certains aliments sont riches en tryptophane : ufs, noix de coco ; dautres en sont pauvres :
mas, carottes, chou.
2002 - 2003
115/169
Formules
11.19 Tyrosine
ST 63
La tyrosine est un acide amin aromatique.

Le radical de la tyrosine comprend un seul carbone suivi dun carbure aromatique. A loppos,
le noyau porte une fonction phnol.
Le radical de la tyrosine nest pas hydrophobe. La prsence de la fonction phnol, faiblement
acide (pK = 10,1), rend ce radical beaucoup plus polaire.
Les changes dhydrogne avec le noyau phnol se faisant facilement, la tyrosine est un radical frquent dans les sites catalytiques des enzymes.
De nombreuses ractions chimiques mettant en vidence la fonction phnol des tyrosines servent doser les protines dans les liquides biologiques.
La tyrosine reprsente environ 3 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en tyrosine : fromage, lait, riz ; dautres en sont pauvres : pommes de terre, chou.
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2002 - 2003
Formules
11.20 Valine
ST 64
La valine est un acide amin branch (5 carbones).

Le radical de la valine est un carbure satur et branch, mais symtrique. Il est hydrophobe.
Lhydrophobie du radical de la valine permet la formation de liaisons faibles (dites liaisons
hydrophobes) avec dautres acides amins hydrophobes (Ile, Phe, Leu, ...) qui contribuent
la structure tertiaire et quaternaire des protines.
La valine reprsente environ 5 % des acides amins des protines de notre organisme.
Certains aliments sont riches en valine : lait, ufs ; dautres en sont pauvres : pain, chou, betteraves.
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Formules
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Proprits gnrales
Chapitre 12
Proprits gnrales
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Proprits gnrales
12.1 Hydrophobicit
ST 65
Le caractre hydrophobe ou hydrophile des radicaux des acides amins qui constituent les
protines repose sur la possibilit pour les atomes de ces radicaux dchanger des liaisons hydrogne avec leau qui entoure la protine. La cohsion naturelle des molcules deau tend
rapprocher les radicaux des acides amins hydrophobes ( liaison hydrophobe) et diminuer la surface de contact entre les domaines hydrophobes de la protine et leau environnante.
Pour montrer cette proprit, plusieurs critres ont t mesurs pour chacun des acides amins
constitutifs des protines : un indice dhydrophobie (Kyte and Doolittle) en abcisse et un indice dhydrophilie (Hopp and Wood) en ordonnes.
Le graphe obtenu illustre trs visiblement les groupes dacides amins : aliphatiques, soufrs,
neutres, aromatiques, acides ou basiques.
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Proprits gnrales
12.2 Polarit
ST 66
Le caractre polaire ou apolaire des radicaux des acides amins qui constituent les protines
est trs important pour comprendre la structure et les fonctions de ces radicaux dans les domaines de la protine et les sites spcifiques quils incluent. Leau tant un solvant polaire, la
polarit des radicaux influence la pntration des molcules deau au sein de la protine.
Pour montrer cette proprit, plusieurs critres peuvent tre pris en compte pour chacun des
acides amins constitutifs des protines : un indice de polarit (diffrence dnergie libre lors
du passage dun solvant apolaire un solvant polaire) en abcisse et la masse molculaire en
ordonnes.
Le graphe obtenu range les acides amins dune manire toute diffrente de limage prcdente. Larginine et la lysine apparaissent comme beaucoup plus polaires que les acides aspartique ou glutamique; le glycocolle et lalanine dont les radicaux sont apolaires, rejoignent les
acides amins aliphatiques bien quils soient beaucoup moins hydrophobes.
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Proprits gnrales
12.3 Charges
ST 67
Les fonctions ionisables des radicaux des acides amins sont dautant plus protonnes que le
milieu est plus riche en ions H+, cest dire que le pH est plus faible.
Ainsi les radicaux des acides aspartique et glutamique passent de la forme COOH pH < 2
la forme COO- pH > 7. A pH = 3,7, 50 % des radicaux dacide aspartique sont protonns ;
cest le pK de la fonction acide de ce radical. Pour lacide glutamique, le pK est de 4,25.
De mme la fonction amine de la lysine passe de la forme protonne NH3+ pH < 2 la forme
NH2 pH 14. Le pK est de 8,9.
Au pH des compartiments cellulaires (environ pH = 6), beaucoup de fonctions ionisables
(Asp, Glu, Lys, Arg) sont porteuses dune charge, ce qui permet la protine de faire des
liaisons lectrovalentes pour stabiliser sa structure tertiaire ou quaternaire ou pour fixer un ligand.
De mme, pH = 6 le noyau imidazole de lhistidine est moiti protonn (pK = 5,9) ce qui
permet dchanger plus facilement les hydrognes dans les ractions chimiques catalyses par
les enzymes.
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2002 - 2003
Proprits gnrales
12.4 Spectre dabsorption
ST 68
Les radicaux aromatiques de certains acides amins (Phe, Tyr, et surtout Trp) ont la proprit
dabsorber la lumire ultra-violette.
Sur ce graphe les ordonnes reprsentent labsorption de la lumire transmise en fonction des
longueurs donde reprsentes en abcisse.
Labsorption 280 nm est due principalement aux noyaux phnols des tyrosines, parce que
cet acide amin est plus frquent que le tryptophane, qui est pourtant beaucoup plus opaque
cette longueur donde.
Labsorption de la lumire UV 280 nm est caractristique des protines et sert doser ces
protines lorsquelles sont en solution dans leau et quil nexiste pas dautres molcules absorbant la lumire UV cette longueur donde (acides nucliques par exemple).
2002 - 2003
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Proprits gnrales
12.5 Sries
ST 69
Tous les acides amins constitutifs des protines, sauf le glycocolle, possdent un carbone
(carbone n 2) asymtrique. Ils ont donc deux isomres optiques possibles, qui correspondent
ces deux structures.
Par dfinition, lorsque la molcule est reprsente avec les mmes conventions que les oses
linaires (convention de Fisher), lisomre dont la fonction amine est oriente gauche appartient la srie L.
Tous les acides amins optiquement actifs des protines des animaux et des vgtaux appartiennent la srie L. On trouve cependant quelques acides amins de la srie D chez les microorganismes.
La srie laquelle appartient un acide amin ne dsigne pas le sens dans lequel une solution
de cet acide amin dvie le plan de polarisation de la lumire : ainsi, la L-alanine est dextrogyre. On indique quelquefois entre parenthses aprs la lettre dsignant la srie, le sens de la
rotation optique : L-(+)-alanine.
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2002 - 2003
Drivs des acides amins
Chapitre 13
2002 - 2003
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13.1 Acide hippurique
ST 70
Lacide hippurique est un driv des acides amins constitu dun acide benzoque et de glycocolle.
Il est prsent en grande quantit dans lurine des herbivores (son nom vient de lurine de cheval). Il existe en petite quantit dans lurine humaine.
Lacide benzoque est un produit de llimination des noyaux benzniques dans le mtabolisme. Il est limin dans lurine aprs conjuguaison avec un acide amin : le glycocolle.
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2002 - 2003
13.2 Phosphosrine
ST 71
La phosphorylation des protines est une modification de la structure des protines qui permet
la rgulation des fonctions de ces protines : pour les activer ou pour les inhiber.
Cette phosphorylation se fait par transfert dune molcule dacide phosphorique sur la fonction alcool primaire dune srine le plus souvent, mais aussi sur la fonction alcool secondaire
dune thronine ou sur la fonction phnol dune tyrosine.
Les radicaux dacides amins phosphoryls peuvent tre ensuite hydrolyss en librant la
fonction alcool ou phnol. La protine dphosphoryle cesse dtre active ou inhibe.
2002 - 2003
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13.3 Homosrine
ST 72
Des drivs des acides amins peuvent tre observs dont la chane carbone est plus longue
ou plus courte que certains acides amins constitutifs des protines.
On appelle homologue suprieur un compos dune srie aliphatique dont la chane carbone
est plus longue dun carbone. Ainsi, on rencontre dans notre mtabolisme lhomologue suprieur de la srine (homosrine) ou de la cystine (homocystine).
On dsigne avec le prfixe nor- un compos chimique qui diffre dun autre parce quil lui
manque un radical mthyl. La norleucine par exemple est identique la leucine sauf un des
mthyl du bout du radical. La noradrnaline a la structure de ladrnaline sauf un radical mthyl.
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2002 - 2003
13.4 Amines (I)
ST 73
De nombreuses molcules, drivs des acides amins sont le rsulat de dcarboxylation des
acides amins.
Ainsi la cystamine, qui fait partie de la structure du coenzyme A, correspond la cystine
dcarboxyle.
Lhistamine, molcule libre au cours des ractions allergiques, rsulte de la dcarboxylation
de lhistidine.
Lacide -aminobutyrique, neurotransmetteur du systme nerveux central, est issu de la dcarboxylation de lacide glutamique.
2002 - 2003
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13.5 Amines (II)
ST 73/1
La tyramine est un driv de dcarboxylation de la tyrosine quon trouve dans les fromages.
Quelquefois mal supporte par lorganisme elle donne des accs dhypertension artrielle.
Lthanolamine est un alcool amin que nous avons rencontr dans la structure des lipides.
Elle est produite par dcarboxylation de la srine.
La -alanine, isomre de lalanine, qui fait partie de la structure du coenzyme A, correspond
la dcarboxylation de lacide aspartique.
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2002 - 2003
13.6 Soufrs
ST 74
Le mtabolisme du soufre contenu dans la mthionine et dans la cystine conduit a plusieurs

drives soufrs.
La cystathionine est un produit de condensation entre la mthionine et la serine, intermdiaire
du mtabolisme des acides amins soufrs.
Ultrieurement le soufre est oxyd, et se rencontre dans lacide cystique et enfin dans la taurine. La taurine est un acide sulfonique qui se conjugue aux acides biliaires dans la bile pour
faciliter leur excrtion.
2002 - 2003
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13.7 Extrmits
ST 75
Les acides amins qui sont situs aux extrmits NH2-terminale et COOH-terminale dune
protine sont susceptibles dtre hydrolyss par des enzymes dont la fonction est de digrer
les protines.
Pour protger les protines contre laction des protases en particulier dans le plasma sanguin,
les acides amins des extrmits subissent des modifications pour faire disparatre ou dissimuler les fonctions NH2-terminale ou COOH-terminale.
Ainsi, lorsque lacide amin NH2-terminal est un acide glutamique, il se forme une liaison
amide entre la fonction acide du radical et la fonction amine terminale (acide pyroglutamique), ce qui soustrait cette dernire laction des enzymes (aminopeptidases).
A lautre extrmit, lorsque lacide amin COOH-terminal est un glycocolle, la fonction
COOH terminale peut tre amidifie par une molcule dammoniaque pour ne pas tre reconnue par les enzymes (carboxypeptidases).
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2002 - 2003
13.8 Ornithine
ST 76
Le mtabolisme hpatique permet la synthse de lure partir de larginine, en passant par

des intermdiaires drivs de cet acide amin.
Lornithine est lhomologue infrieur (un CH2 de moins) de la lysine.
La citrulline est un driv urid de lornithine, auquel il faut encore ajouter une fonction amine pour retrouver larginine.
2002 - 2003
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13.9 Amidines
ST 77
Les rserves nergtiques des muscles se font sous plusieurs formes parmi lesquelles il y a des
molcules riches en nergie du type phosphoamidine.
La cratine-phosphate (phosphate de cratine) est un driv du glycocolle sur lequel on a condens le mthyl de la mthionine et le noyau guanidinium de larginine. Un acide phosphorique li par une liaison riche en nergie complte la molcule.
Dans les muscles des invertbrs, cest larginine-phosphate qui sert de rserve dnergie.
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2002 - 2003
13.10 Hydroxyproline
ST 78
Les protines fibrillaires (en particulier le collagne) contiennent des acides amins spciaux
qui rsultent de loxydation de quelques acides amins de leur structure primaire :
Lhydroxyproline est une proline dont le noyau pyrrole est oxyd sur le carbone 4, de telle
faon que loxhydrile de cette fonction alcool secondaire soit orient loppos du carboxyle
de la fonction acide.
Lhydroxylysine est un driv de la lysine avec une fonction alcool secondaire sur le carbone
5.
Les modifications peuvent aussi tre des mthylations, en particulier sur les azotes 1 et 3 du
noyau imidazole de lhistidine : 1-mthylhistidine et 3-mthylhistidine.
2002 - 2003
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13.11 Phnylpyruvate
ST 79
Le mtabolisme du pyruvate commence par la soustraction de la fonction amine, ce qui donne

le phnylpyruvate.
Le phnylpyruvate se trouve en quantit dans lurine des nouveaux-ns atteints de phnylctonurie, maladie congnitale qui doit tre dpiste trs tt en recherchant le phnylpyruvate
dans les urines
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2002 - 2003
13.12 Iodotyrosines
ST 80
Le mtabolisme de la glande thyrode, conduisant aux hormones thyrodiennes, se fait partir

de drivs iods de la tyrosine.
La monoiodotyrosine est une tyrosine substitue sur le carbone 5 par un atome diode.
La diiodotyrosine est une tyrosine substitue sur les carbone 3 et 5 par deux atomes diode.
2002 - 2003
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2002 - 2003
Les protines
Partie IV
Les protines
Dcrire la structure de la liaison peptidique. Connatre1 la structure de plusieurs exemples de

peptides.
Dfinir2 et dcrire les quatre ordres de la structure des protines :
1.
2.
3.
4.
structure primaire = orientation, code une lettre

structure secondaire = hlice , feuillet
structure tertiaire = liaisons covalentes, lectrostatiques, hydrogne et hydrophobe
structure quaternaire = sous-units, protomres, oligomres
1. Connatre
2002 - 2003
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Les protines
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2002 - 2003
Dfinitions
Chapitre 14
Dfinitions
2002 - 2003
141/169
Dfinitions
14.1 PROTEINES
ST 81
Les protines sont constitues dacides amins condenss les uns la suite des autres.
Les acides amins constituant les protines sont au nombre de vingt. Les chanes dacides
amins de masse molculaire infrieure 10000 daltons sont des peptides.
Les protines sont les molcules actives de lorganisme : chacune delles remplit une fonction
dans la vie de lorganisme.
Les protides sont les aliments comprenant les acides amins, les peptides et les protines.
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2002 - 2003
La structure primaire
Chapitre 15
2002 - 2003
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15.1 STRUCTURE PRIMAIRE
ST 82
On appelle structure primaire dun peptide ou dune protine, lordre dans lequel sont enchans les acides amins dans la molcule.
Par convention, on crit le nom des acides amins selon un code trois lettres ou un autre code
une lettre. Lorsque la couleur est disponible elle sert souvent dsigner le groupe fonctionnel auquel se rattache chaque acide amin : aliphatiques, aromatiques, soufrs, alcools, amides, acides ou basiques.
Par convention, le premier acide amin de la structure primaire est celui dont la fonction amine nest pas engage dans une liaison peptidique (extrmit NH2-terminale).
Par convention, le dernier acide amin de la structure primaire est celui dont la fonction acide
carboxylique (carbone n 1) nest pas engage dans une liaison peptidique (extrmit COOHterminale).
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2002 - 2003
15.2 Carnosine ; Ansrine
ST 83
Il existe de nombreux peptides dont la structure prsente des particularits.

La carnosine et lansrine sont des peptides rsultant de la digestion des viandes. Ces petits
peptides ne sont pas digrs compltement par suite de lexistence dun acide amin anormal :
la -alanine. Cette -alanine est lie lhistidine dans les viandes provenant de mammifres
et la 3-mthyl-histidine dans les viandes provenant des volailles.
La carnosine et lansrine sont absorbs par la muqueuse digestive et limins directement
dans les urines. Ils constituent des signes biologiques permettant de faire la part de lalimentation carne dorigine mammalienne ou aviaire dans le rgime dun sujet.
2002 - 2003
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15.3 Glutathion
ST 84
Le glutathion est un tripeptide comprenant trois acides amins : acide glutamique, cystine et
glycocolle. La cystine et le glycocolle sont lis par une liaison peptidique. La liaison entre
lacide glutamique et la cystine est une liaison amide entre la fonction acide du radical de
lacide glutamique et la fonction amine de la cystine. En somme le glutathion est le -glutamyl-cystinyl-glycocolle.
Par la fonction thiol du radical de la cystine, le glutathion peut exister sous une forme rduite
(reprsente ici) ou sous une forme oxyde dans laquelle deux molcules de glutathion sont
lis par un pont disulfure.
Le glutathion rduit et le glutathion oxyd constituent un couple doxydo-rduction dont le
potentiel standard est de -230 mv. Par cette proprit, le glutathion sert de coenzyme transporteur dhydrogne destin principalement maintenir les protines ltat rduit (hmoglobine, aconitase,...).
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2002 - 2003
15.4 Pnicilline
ST 84/1
La pnicilline est un tripeptide produit par un champignon Penicillium chrysogenum, qui a

t le premier antibiotique naturel dcouvert par Fleming.
On reconnait dans sa structure lacide phnylactique qui provient du catabolisme de la phnylalanine, li par une liaison amide avec une cystine et une valine. Ces deux derniers acides
amins sont condenss entre eux pour former un noyau htrocyclique (-lactame).
Dans ce noyau il reste une liaison amide dont lhydrolyse inhibe les effets de lantibiotique.
2002 - 2003
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15.5 TRH
ST 84/2
Dans le corps humain des peptides synthtiss et scrts par les cellules nerveuses servent
transmettre des signaux entre les cellules (molcules informationnelles). Beaucoup de ces
peptides sont protgs leur extrmits pour tre rsistants aux enzymes protolytiques : aminopeptidases et carboxypeptidases.
La Thyrotropin Releasing Hormone est un tripeptide constitu de lacide pyroglutamique, de
lhistidine et de la proline, lis par des liaisons peptidiques. La fonction amine de lacide glutamique est bloque par la formation du cycle pyroglutamique, et la fonction acide de la proline est bloque par une molcule dammoniaque (amidification). La TRH est donc la
pyroglutamyl-histidinyl-prolinamide. Noter la similitude des trois cycles.
La TRH est produite par les cellules de lhypothalamus et agit sur lhypophyse pour stimuler
la production de la thyrostimuline (thyrotropin).
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2002 - 2003
15.6 Vasopressine = ADH
ST 85
La structure des peptides, lorsque tous les acides amins appartiennent au groupe des 20 acides amins constitutifs des protines et lorsquils sont lis exclusivement par des liaisons peptidiques, peut tre rsume en crivant les uns la suite des autres les noms de ces acides
amins (structure primaire ou squence du peptide). Les noms des acides amins peuvent tre
crits en trois lettres ou mme en une lettre selon la convention adopte.
La vasopressine (AntiDiuretic Hormone) est un peptide scrt par lhypophyse pour transmettre au rein le message dinhibition de lexcrtion de leau vers lurine : cet effet tend augmenter la pression dans les vaisseaux sanguins.
Sa structure comprend 9 acides amins : cystine, tyrosine, phnylalanine, glutamine, asparagine, cystine, proline, arginine et glycocolle, tous lis par des liaisons peptidiques. Il faut prciser que les deux cystines forment un pont disulfure et que le glycocolle est amidifi
(glycinamide). En commenant par lacide amin dont la fonction amine est libre, on crit :
cystinyl-tyrosinyl-phnylalanyl-glutamyl-asparagyl-cystinyl-prolyl-argininyl-glycinamide.
2002 - 2003
149/169
15.7 Glucagon
ST 86
Le glucagon est un peptide de 29 acides amins.

Scrt par le pancras (cellules A2 des lots de Langerhans), ds que le taux de glucose dans
le sang (glycmie) est infrieur 4.10-3 M.
Son effet est hyperglycmiant : il favorise le retour de la glycmie la valeur basale de 5.103
M.
La structure du glucagon comprend les acides amins indiqus selon le code 3 lettres, tous
lis par des liaisons peptidiques. Il ny a ni cystine, ni acide glutamique, ni isoleucine, ni proline. Les extrmits NH2-terminale (par convention, le premier acide amin de la squence)
et COOH-terminale (par convention, le dernier acide amin de la squence) sont libres et ionises.
La masse molculaire du glucagon est de 3485 daltons.
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2002 - 2003
15.8 Insuline
ST 86/1
Linsuline est un peptide 2 chanes dacides amins : une chane A de 21 acides amins et
une chane B de 30 acides amins.
Scrte par le pancras (cellules des lots de Langerhans), ds que le taux de glucose dans
le sang (glycmie) dpasse 6.10-3 M.
Son effet est hypoglycmiant : elle favorise le retour de la glycmie la valeur basale de 5.103 M.
La structure des deux chanes de linsuline comprend les acides amins indiqus selon le code
3 lettres, tous lis par des liaisons peptidiques. Il y a six cystines, toutes lies par des ponts
disulfures, un dans la chane A, les deux autres entre les deux chanes.
La masse molculaire de linsuline est de 5807 daltons.
2002 - 2003
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2002 - 2003
La structure secondaire
Chapitre 16
2002 - 2003
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16.1 STRUCTURE SECONDAIRE
ST 87
La structure secondaire est engendre par la rotation des atomes de la chane peptidique les
uns par rapport aux autres au cours de la synthse de la chane. Les angles possibles et les
structures quils engendrent le plus souvent sont reprsents sur la table de Ramachandran.
La structure secondaire la plus frquente est lhlice qui fait tourner la chane carbone par
rapport elle-mme dun tour tous les 4 acides amins environ. Elle est stabilise par des
liaisons hydrognes entre le carbonyl de la liaison peptidique qui suit lacide amin n 1 avec
lamine de la liaison peptidique qui prcde lacide amin n 5, puis de mme entre les acides
amins 2 et 6, etc...
Il arrive aussi trs souvent que plusieurs portions de chanes se joignent bord bord et en sens
oppos (antiparallles) pour former un feuillet o les carbonyles de chaque acide amin dune
portion de chane se lient avec les amines de lautre portion.
Dans les protines fibrillaires (collagne, kratine, fibrone,...) on trouve dautres types dhlices, qui sont souvent enroules les unes autour des autres en super-hlices, etc...
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2002 - 2003
16.2 Liaison peptidique
ST 88
Les acides amins qui sont lis entre eux pour former la structure primaire des peptides et
des protines, forment entre eux des liaisons amide entre la fonction acide carboxylique de
lun et la fonction -amine du suivant : cette liaison est appele liaison peptidique.
La liaison peptidique relie entre eux les deux carbones asymtriques (carbone ) de deux acides amins voisins par le carbonyle de la fonction acide et lazote de la fonction amine. Il existe deux formes tautomres qui permettent de reprsenter cette liaison :
soit la double liaison est reprsente entre le carbone et loxygne du carbonyle, lazote
tant alors satur par latome dhydrogne,
soit la double liaison est reprsente entre le carbone et lazote, latome dhydrogne se
dplaant alors sur loxygne.
En fait, lorbitale et latome dhydrogne sont dlocaliss entre les cortges lectroniques
des trois atomes. Cette structure entraine une hybridation de type sp2 pour les atomes de carbone et dazote, donc limmobilisation des trois atomes dans un mme plan.
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16.3 Angles de rotation
ST 89
Le plan rigide de la structure de la liaison peptidique interdit la rotation des atomes des fonctions acide et amine. Les seules liaisons dont lorientation reste libre sont celles qui entourent
chacun des carbones asymtriques porteurs des radicaux des acides amins.
La liaison peptidique situe gauche vers lextrmit NH2-terminale (C-NH) peut tourner
librement par rapport la direction de la valence du radical de lacide amin : langle de rotation de cette liaison est appel angle .
La liaison peptidique situe droite vers lextrmit COOH-terminale (C-CO) peut tourner
librement par rapport la direction de la valence du radical de lacide amin : langle de rotation de cette liaison est appel angle .
La structure secondaire de la protine dpend de la valeur de ces deux angles pour chaque
acide amin, en fonction des liaisons hydrognes qui unissent les atomes (carbonyle et amine)
des liaisons peptidiques.
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2002 - 2003
16.4 Table de Ramachandran
ST 90
Si on reprsente sur un graphe, toutes les structures secondaires possibles en indiquant en ordonnes la variation de langle et en abcisse la variation de langle , on obtient un tableau
o peuvent tre indiques les plus probables de ces structures (table de Ramachandran).
Toutes les structures secondaires reprsentes par les coordonnes de ce graphe ne peuvent
pas se raliser par suite de lencombrement des atomes voisins. Il existe des zones privilgies
permettant la constitution dhlices ou de feuillets rencontrs frquemment dans les protines.
Lhlice a droite ( = 123, = 133) est une hlice dont le pas est denviron 4 acides amins
et qui tourne dans le sens des aiguilles dune montre lorsquon va de lextrmit NH2-terminale vers lextrmit COOH-terminale. Cest la structure secondaire la plus frquente. La
mme hlice tournant gauche est possible mais ne se rencontre pas dans la nature. Lhlice
C dun pas de 3 acides amins se voit dans la structure du collagne.
Les feuillets plisss dans lesquels les chanons dacides amins peuvent tre parallles ou
antiparallles sont galement trs frquents dans la structure des protines globulaires.
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16.5 Hlice
ST 91
Lhlice est une structure secondaire rencontre frquemment dans les protines. Lorsquon
regarde une hlice dans le sens de la structure primaire, lhlice tourne dans le sens des
aiguilles dune montre.
Sur cette image les carbones des radicaux des acides amins successifs sont numrots dans
le sens de la structure primaire. Les liaisons peptidiques sont indiques en traits plus pais
pour la partie de lhlice qui regarde le lecteur.
Lhlice est stabilise par des liaisons hydrogne. Par exemple, entre le carbonyle qui suit
lacide amin n 1 et la fonction amine qui prcde lacide amin n 5 (distance 3,6 acides
amins).
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2002 - 2003
16.6 Feuillet
ST 92
Une autre structure frquente dans les chanes polypeptidiques est celle des feuillets constitus de portions de la chane replis les uns ct des autres dans le mme sens (feuillet
parallle) ou plus souvent en sens opposs (feuillet antiparallle).
Dans les deux cas les carbonyles de chaque liaison peptidique changent des liaisons hydrogne avec les amines de la chane voisine.
Les liaisons hydrognes sont plus fortes entre les chanes antiparallles quentre les chanes
parallles ce qui explique la plus grande frquence des premires dans la structure secondaire
des protines.
2002 - 2003
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16.7 Motif Rossmann
ST 93
Les dhydrognases dont le coenzyme est le NAD+/NADH ont de nombreux points de ressemblance tant en structure quen mode daction.
La raction catalyse implique trois facteurs au moins : lenzyme, le coenzyme (libre) et le
substrat. La raction se droule selon le mode bibi ordonn en commenant par la fixation du
coenzyme suivie de celle du substrat.
Le site de fixation du coenzyme est un vaste feuillet form de six segments parallles spars par des hlices situes en arrire. Les radicaux des acides amins situs en avant du plan
du feuillet fixent le nuclotide adnine pour les trois segments du bas et le nuclotide nicotinamide pour les trois segments du haut.
Le site de fixation du substrat est alors situ en haut droite de limage (site catalytique) et
comprend non seulement les radicaux dacides amins de lenzyme mais aussi la partie nicotinamide du coenzyme qui va recevoir les hydrognes du substrat oxyd.
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La structure tertiaire
Chapitre 17
2002 - 2003
161/169
17.1 STRUCTURE TERTIAIRE
ST 94
La structure tertiaire est le rsultat de liaisons diverses (hydrogne, hydrophobes, lectrostatiques, covalentes,...) entre des acides amins de la mme chane peptidique mais non voisins
dans la structure primaire.
Les liaisons de la structure tertiaire sont plus ou moins stables : il y a des liaisons faibles de
type liaisons hydrogne ou liaisons hydrophobes.
Les liaisons lectrostatiques sont dues aux charges lectriques des radicaux des acides amins.
Ces charges sont dpendantes du pH. Les acides forts ou les bases fortes dissocient les liaisons
lectrostatiques de la structure tertiaire entranant la dnaturation de la protine.
Des liaisons covalentes enfin tablissent des liaisons de forte nergie entre les acides amins :
pont disulfure entre deux cystines. Dans les protines fibrillaires on trouve aussi des liaisons
covalentes entre des drivs des radicaux de lysine : lysino-norleucine, desmosine. Les agents
oxydants ou rducteurs forts peuvent aussi dnaturer les protines en oxydant des cystines
ou en rduisant les ponts disulfures.
162/169
2002 - 2003
17.2 Liaisons lectrostatiques
ST 95
Le trypsinogne, scrt dans le suc pancratique, parvient dans le duodnum. L, il est activ
en trypsine par lentrokinase intestinale et la raction se continue par autoactivation de la
trypsine elle-mme.
Le trypsinogne est inactif parce que laccs de son site actif est barr par son propeptide (les
six premiers acides amins) maintenu en place par des liaisons lectrostatiques entre les aspartates du propeptide et les charges cationiques dune hlice du domaine COOH terminal.
Lentrokinase qui se fixe spcifiquement sur le propeptide, ou la trypsine elle-mme hydrolysent prfrentiellement la liaison peptidique entre la Lys6 et lIle7, ce qui permet louverture
du site actif de lenzyme.
2002 - 2003
163/169
17.3 Liaisons hydrophobes
ST 96
Les acides amins dont le radical est hydrophobe et apolaire (aliphatiques, aromatiques) ont
la proprit dempcher la formation des liaisons hydrogne entre les molcules deau. Ils forment dans la structure des protines des zones hydrophobes o les molcules deau ne peuvent
changer aucune liaison avec les radicaux dacides amins.
Les molcules deau engages dans ces zones sont attires vers lextrieur par les liaisons qui
les unissent aux autres molcules deau. La force qui en rsulte, tendant runir les molcules
deau entre elles, va rduire au minimum possible les surfaces entre leau et les zones hydrophobes de la protine.
Pour obtenir la plus petite surface de contact, les radicaux des acides amins hydrophobes sont
repousss les uns contre les autres, comme sils taient unis : on dit quils sont lis par des
liaisons hydrophobes. En fait ces liaisons nexistent pas elles rsultent seulement de la force
qui unit les molcules deau qui environnent ces acides amins, crant un vritable filet de
liaisons hydrogne tout autour de ces zones hydrophobes.
164/169
2002 - 2003
17.4 Ponts interchanes
ST 97
La cystine est un acide amin rducteur, qui en soxydant pour former la cystine cre une
liaison covalente (pont disulfure) entre deux points loigns de la chane dacides amins.
Beaucoup de protines sont structures par ces liaisons disulfure. Elles deviennent alors sensibles au milieu rducteur qui tend dissocier ces liaisons. Dautres, au contraire, contenant
des cystines rduites essentielles leur fonction, sont dnatures par les oxydants.
Dans le collagne et llastine on rencontre dautres types de liaisons covalentes entre les acides amins. Ces liaisons sont le rsultat de la dsamination de la fonction amine terminale du
radical de la lysine : dsaminolysine ou allysine. On rencontre les liaisons suivantes :
allysine + allysine = liaison aldol

2 allysines + histidine = liaison histidine-aldol
lysine + allysine = lysinonorleucine
3 allysines + 1 lysine = desmosine
Le lathyrisme (intoxication par les graines de Pois de Senteur, Lathyrus odoratus) est d
linhibition de lenzyme qui transforme la lysine en allysine (-aminooxydase). Cette inhibition empche la synthse du collagne et de llastine.
2002 - 2003
165/169
166/169
2002 - 2003
La structure quaternaire
Chapitre 18
2002 - 2003
167/169
18.1 STRUCTURE QUATERNAIRE
ST 98
La structure quaternaire est le rsultat de liaisons diverses (hydrogne, hydrophobes, lectrovalentes, covalentes,...) entre des acides amins de chanes peptidiques diffrentes mais qui
sont unies en une seule molcule.
Les liaisons de la structure quaternaire sont les mmes que celles de la structure tertiaire. Les
agents dnaturants les dtruisent de la mme faon.
Lorsquune protine est constitue de plusieurs protomres, les liaisons de la structure quaternaire exercent dun protomre un autre un effet de contrainte qui modifie la structure et donc
les proprits fonctionnelles de lautre protomre : cest le fondement de nombreux phnomnes cellulaires : transduction du signal, allostrie, mouvements cellulaires,...
168/169
2002 - 2003
18.2 Oligomre
ST 99
Une protine oligomrique comprend plusieurs chanes polypeptidiques associes entre elles
de faon rptitive et souvent symtrique.
Ici, six protomres sont disposs aux sommets dun hexagone. La protine est symtrique
autour dun axe.
Chaque protomre est constitu dune chane dacides amins o on remarque 14 hlices et
deux atomes dun mtal divalent.
Il y a six sites actifs qui permettent cette protine de catalyser une raction enzymatique. Ces
sites sont situs dans les crevasses quon devine la limite entre les protomres et au fond
desquelles sont situs les ions mtalliques.
2002 - 2003
169/169

Biochimie Structurale

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Universit Paris-VI

Pr. A. Raisonnier (raisonni@ccr.jussieu.fr)

Mise jour : 19 juin 2002

Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier

Dfinitions et formules. Proprits gnrales

Drivs des oses

Acide glucuronique ; Acide gluconique

Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier

Alcools des lipides

Glycrol ; Sphingosine ; Alcool ctylique

Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier

Chapitre 10 : Lipides complexes

Protines : les acides amins

Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier

Chapitre 12 : Proprits gnrales

Chapitre 13 : Drivs des acides amins

Chapitre 15 : La structure primaire

Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier

Chapitre 16 : La structure secondaire

Chapitre 17 : La structure tertiaire

Chapitre 18 : La structure quaternaire

Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier

Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier

Connatre1 la structure, les proprits physiques et chimiques, le rle principal du glucose, du

Donner des exemples daliments contenant ces substances.

glycrol, sphingosine, alcool gras (un exemple)

saturs = palmitique, starique

diholosides = lactose, maltose, saccharose

crides, strides, glycrides neutres

Donner des exemples daliments contenant ces substances.

lcithines, cphalines, phosphatidyl-inositol, phosphatidyl-glycrol, cardiolipide, plas-

Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier

Connatre la formule gnrale, les proprits physiques (solubilit, absorption de la lumire

Dcrire la structure de la liaison peptidique. Connatre la structure de plusieurs exemples de

structure primaire = orientation, code une lettre

Structures Biologiques - Pr A. Raisonnier

Connatre1 la structure, les proprits physiques et chimiques, le rle principal du glucose, du

diholosides = lactose, maltose, saccharose

Donner des exemples daliments contenant ces substances.

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Dfinitions et formules. Proprits gnrales

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Dfinitions et formules. Proprits gnrales

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Dfinitions et formules. Proprits gnrales

Le glucose est le plus abondant des oses simples de notre organisme.

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1.3 Reprsentation de Fischer

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