Universidad S.

Pablo-CEU
CURSO DE DOCTORADO EN QUMICA MDICA Mayo 2011
(Diseo de Frmacos)

Qumica Cuntica Computacional.

Francisco Javier Gonzlez Fernndez

Departamento de Qumica Orgnica e Inorgnica

Universidad de Oviedo

QUMICA COMPUTACIONAL:
CONCEPTO Y APLICACIONES
APLICACIN DE LOS ORDENADORES DIGITALES A LA RESOLUCIN
DE PROBLEMAS QUMICOS.
Estructura,
Reactividad,
Elaboracin y evaluacin de rutas sintticas,
Gestin de la informacin qumica general.

Habitualmente, por Qumica Cuntica Computacional, se entiende

el uso de tcnicas dedicadas a tratar las dos primeras clases de problemas.
Se emplea a veces el trmino Modelizacin molecular.

MTODOS TERICOS DE ESTUDIO DE LA ESTRUCTURA Y

REACTIVIDAD DE LAS MOLCULAS

MECNICA MOLECULAR

Modelo clsico (basado en las leyes de Newton)

MOLCULA: Conjunto de N tomos, con masas mi, acoplados por un conjunto
de resortes, caracterizados por una constante elstica (cte. de fuerza), ki, sujetos a la ley de Hooke

QUMICA CUNTICA
Modelo cuntico (basado en las leyes de la Mecnica Cuntica)
MOLCULA: Conjunto de ncleos y electrones, sometidos a la interaccin electromagntica,
y cuya dinmica est descrita por la ecuacin de Schrdinger

INTRODUCCIN A LA QUMICA CUNTICA:

FUNDAMENTOS Y MTODOS
La mecnica cuntica es la teora bsica de la fsica, y, por tanto, de la
qumica y la biologa. (Heisenberg, Schrdinger, Born, Jordan, Pauli,
Dirac, (1926-1928)

MECNICA CUNTICA
PRINCIPIO DE INCERTIDUMBRE DE HEISENBERG
El producto de las incertidumbres en la posicin q, y el momento p de
una partcula, es del orden de la constante de Planck, h:

q p h (h = 6.6 10-34 J s)

Cualquier sistema fsico est completamente descrito por una funcin

(llamada funcin de onda o vector de estado),
que depende de las coordenadas generalizadas y del tiempo.

(q1 , q2 ,..., qn , t )

MECNICA CUNTICA

Segn el Postulado de Born, la Probabilidad de que un sistema

dado se encuentre en un estado caracterizado por las variables
{q1.qn} viene dada por la integral:

d (q1 , q2 ,..., qn , t )

=1

LA ECUACIN DE SCHRDINGER
QUIN DETERMINA LA EVOLUCIN ESPACIO-TEMPORAL DE LA
FUNCIN DE ONDA?
LA ECUACIN DE SCHRDINGER DEPENDIENTE DEL TIEMPO

h (qi , t )
H (qi , t ) =
i
t

H = T +V

h=

h
2

es el operador hamiltoniano, que incluye TODAS

las interacciones fsicas presentes en el sistema

energa potencial, V

energa cintica, T

LA ECUACIN DE SCHRDINGER
INDEPENDIENTE DEL TIEMPO
En la descripcin terica, mediante la mecnica cuntica, de problemas
qumicos, incluyendo el tratamiento de la reactividad qumica, se hace
generalmente la aproximacin de estar trabajando con sistemas estacionarios,
en los que el operador hamiltoniano no depende del tiempo.
En estas condiciones, y asumiendo que la funcin de onda del sistema se puede
factorizar en una parte espacial y en una parte con dependencia exclusivamente
temporal,
(q1 , q2 ,..., qn , t ) = (q ) (t )

se tiene la ecuacin de Schrdinger independiente del tiempo:

H (qi ) = E (qi )

iEt
(t ) = cte. exp

LA ECUACIN DE SCHRDINGER
INDEPENDIENTE DEL TIEMPO

H (qi ) = E (qi )

La ecuacin de Schrdinger independiente del tiempo slo se puede resolver

de forma exacta en el caso de sistemas simples, p. ej., el tomo de hidrgeno.
En sistemas ms complejos, como los tomos polielectrnicos o las molculas es
necesario el empleo de APROXIMACIONES.

MTODOS APROXIMADOS.

TEOREMA VARIACIONAL:
Dado un sistema caracterizado por un operador hamiltoniano H (que supondremos no resoluble
exactamente), y siendo una funcin normalizada cualquiera, perteneciente a la clase Q de funciones, se cumple
que la integral variacional E E0, siendo E0 el valor exacto del autovalor ms pequeo de H. De este modo, E es
una cota superior para la energa del sistema.

E = d * H

E (qi ; i )
=0
i

Valores ptimos
de:
{q} y { }

Energa y
Funcin de Onda

MTODOS APROXIMADOS.

EL MTODO DE PERTURBACIONES:
a)

b)

c)

Se asume que se puede dividir el operador hamiltoniano en dos partes, una H0 (hamiltoniano sin perturbar)
correspondiente a una ecuacin cuya solucin se conoce y V (hamiltoniano perturbado). Ambos operadores
se relacionan a travs de un parmetro que vara entre cero y uno: H = H0 + V.
La energa y la funcin de onda se escriben en series de potencias en ; la serie de potencias puede ser, en
principio, tan extensa como queramos, aunque es habitual truncarla en el 2, 3 4 orden, como veremos en el
caso del mtodo de Mller-Plesset.
Se relacionan los autovalores y autovectores del sistema perturbado con los del sistema sin perturbar

A diferencia de lo que ocurre con el mtodo variacional, aqu no hay ninguna garanta de que los valores de
energa obtenidos en los diferentes rdenes de perturbaciones, convergan hacia el valor exacto.

MOLECULAS
-Las masas de los ncleos y de los electrones son muy diferentes (el protn tiene aprox. una masa
1836 veces superior a la del electrn)
-Las escalas de movimientos nucleares y electrnicos difieren tanto, que se puede considerar que los
ncleos permanecen fijos en cada ciclo de movimiento electrnico.

APROXIMACIN
APROXIMACINDE
DEBORN-OPPENHEIMER
BORN-OPPENHEIMER

SE SEPARAN LOS GRADOS DE LIBERTAD ELECTRNICOS Y NUCLEARES,

y se resuelve una ecuacin puramente electrnica,
para una configuracin nuclear (GEOMETRA) dada.

APROXIMACIN DE BORN-OPPENHEIMER

H el el (q i ) = E el el (q i )

H el + V N , N ' ) (qi ) = U (qi )

La energa total ser entonces: U(rab) = Eel + VN,N

A

U(r)

Re
r
De

Molcula

APROXIMACIN DE HARTREE-FOCK
El mtodo de Hartree-Fock ocupa una posicin central en el conjunto de mtodos de clculo en
qumica cuntica.
Desde un punto de vista histrico el mtodo se origina con el desarrollo por Hartree hacia 1927 de un
mtodo aproximado para calcular las energas y configuraciones de tomos polielectrnicos.

Basndose en ideas previas de Bohr, Hartree consider que un sistema atmico poda describirse
admitiendo que cada electrn se encuentra en un estado estacionario en el campo generado por el
ncleo y los dems electrones.
Esta idea se conoce con el nombre de aproximacin del campo central.

electrn n

ncleo

Y
X
electrones 1 a (n-1)

APROXIMACIN DE HARTREE-FOCK
Se establece que la funcin de onda ms simple 0 que permite describir el estado fundamental de
un sistema de N electrones y que cumple el Principio de exclusin de Pauli es un determinante de
Slater, formado por las funciones (x), que se conocen como espnorbitales, puesto que son
funciones que describen, tanto la distribucin espacial de los electrones como su espn.
stas funciones estn formadas por el producto de una parte espacial, que depende slo
de las coordenadas espaciales del electrn (r), y por una parte espinorial (
) (
),
que depende de las coordenadas de espn, .

i (x1 ) j (x1 )..............k (x1 )

r
i (xk ) =

i (r ) ( )
r

i (r ) ( )

i (x2 ) j (x 2)..............k (x2 )

0 = (N!)1/2

i (x3 ) j (x3 )..............k (x3 )

.....................................
.....................................

i (x N ) j (x N )..............k (x N )

ECUACIONES DE HARTREE-FOCK-ROOTHAAN-HALL

MTODO VARIACIONAL

ECUACIONES DE HARTREE-FOCK: f = E

APROXIMACIN DE ROOTHAN-HALL,
introduccin de funciones de base: = ci g i
i

(generalmente funciones gaussianas: f=cte.h(x,y,z) exp(-

r2)
(STO-3G, 3-21G, 6-31G*, 6-31+G*)

ECUACIONES DE ROOTHAAN-HALL:

c (F S ) = 0

MTODO SCF
Las ecuaciones de Hartree-Fock-Roothaan-Hall, se pueden poner en la forma
matricial, F C = S C e,
F es la matriz de Fock,
S la matriz de solapamiento,
C la matriz de los coeficientes,
e la matriz diagonal de la energa.
SISTEMAS DE CAPA ABIERTA: La configuracin electrnica de determinados sistemas
moleculares no puede ser descrita siempre en trminos de orbitales ocupados por un par de electrones.
Existen situaciones en las que hay un exceso de electrones sobre los electrones , y cuya estructura
electrnica se denomina de capa abierta. Ejemplo de esta situacin son, por ejemplo
los radicales libres, con un electrn extra, el estado triplete de un carbeno, con dos electrones extra, los
dirradicales, singletes o tripletes.
El mtodo UHF, que es el ms empleado, asigna diferentes orbitales espaciales a los electrones y , por lo
que tendremos dos conjuntos de OM: {fia} y {fib}, con i=1, 2, , N

Dado que no conocemos la funcin de onda, que es necesaria

para construir el operador de Fock, F, stas ecuaciones slo se
pueden resolver de forma iterativa.

MTODO SCF
Geometra molecular
Funciones de base, g

Energa de repulsin internuclear

Matriz S

Coeficientes iniciales
Matriz P

Matriz F

Nueva P

NO
Solucin de la ecuacin
FC=SC

C , (i)
(i)

SI

P(i-1) - P(i) <

Convergencia SCF

EL EFECTO DE LA CORRELACIN ELECTRNICA

Hueco de Fermi

Ecorr = Eex - EHF < 0

Hueco de Coulomb

CLCULO DE LA CORRELACIN ELECTRNICA

MTODOS BSICOS

a) Interaccin de configuraciones:
b) Mtodos perturbativos

= (0) + (1) + 2 (2) + 3 (3) .

E = E(0) + E(1) + 2 E(2) + 3 E(3) + .

Determinante
Determinante
de referencia R monoexcitado S1

Determinante
Determinante
monoexitado S2 doblemente
exitado D1

Determinante
doblemente
exitado D2

CI = aRR(=HF) + aSS + aDD + aTT + .

Determinante
triplemente
exitado T1

Ha=Ea

E(MP2) = -

(0)
i

V i(0)

Ei(0) En(0)

EL MTODO DEL FUNCIONAL DE LA DENSIDAD

ELECTRNICA
(DFT)
Teorema de Hohenberg-Kohn (1964):
En molculas con un estado fundamental no degenerado, la energa molecular del
estado fundamental, la funcin de onda, y todas las dems propiedades
electrnicas, estn determinadas unvocamente por la densidad de probabilidad
electrnica del estado fundamental, 0(x,y,z).
Se considera que la energa del estado fundamental E0 es un funcional de 0:
E0=E[0].

ECUACIONES DE KHON-SHAM
Desde un punto de vista prctico, conviene introducir los llamados orbitales
de Kohn-Sham, iKS [que no son orbitales moleculares] y que estn
relacionados con la densidad electrnica en el modo siguiente:
= |iKS|2
Se puede demostrar en el proceso de minimizacin variacional restringida
que los orbitales KS que minimizan la energa, han de cumplir la llamada
ecuacin de Kohn-Sham:

hiKS iKS= eiKS iKS

En un estado electrnico fundamental, de capa cerrada, los electrones

estn apareados en los orbitales de Kohn-Sham.

FUNCIONALES DE LA DENSIDAD ELECTRNICA

Kohn y Sham propusieron una particin del funcional total de la densidad electrnica de la forma
siguiente:
E[] = ET[] + EV[] + EJ[] + EXC[]
ET[
]

energa cintica de un electrn

EV[
]

energa potencial de interaccin electrn-ncleo

EJ[
]

energa de repulsin interelectrnica

EXC[
]

trmino de correlacin-intercambio

energa electrosttica clsica

de una distribucin de carga elctrica
con densidad

Energa de intercambio asociada al requerimiento

de antisimetra de la funcin de onda.
Correlacin dinmica debida al movimiento de los electrones.

TIPOS DE FUNCIONALES DE LA
DENSIDAD ELECTRNICA
No se conoce la forma exacta del funcional que verificara el teorema de Hohenberg-Khon
Dependiendo de la forma funcional explcita que se escoja para el funcional de correlacin e
intercambio, tendremos diferentes modelos.
Una descripcin lo ms exacta posible de un sistema molecular dado, se deben emplear
funcionales del gradiente corregido, en los que se tiene en cuenta la variacin de la densidad
electrnica molecular con la posicin.
Por otra parte, en los ltimos aos se ha generalizado el uso de funcionales de correlacin e
intercambio hbridos en los que se combinan diferentes tipos de funcionales.
Un ejemplo de un funcional hbrido, ampliamente utilizado en la actualidad es el llamado funcional
Becke3-Lee-Yang-Parr, cuya expresin es:

EXCB3LYP=(1-a0-ai) Ei LSDA + a0Eiexacto + aiEiB88 + (1-ac)EcVWN + acEcLYP

En esta expresin hay funcionales derivados tericamente y parmetros de ajuste elegidos de forma
que se obtuviera un buen ajuste de los resultados a las energas de atomizacin obtenidas
experimentalmente.

MTODOS SEMIEMPRICOS

La filosofa bsica de los mtodos semiempricos es introducir aproximaciones y simplificaciones, a

travs de parmetros, que se ajustan haciendo uso de datos experimentales, a fin de reducir el tiempo
de clculo y el consumo de recursos computacionales

A) Mtodo de Hckel (1930), diseado para tratar la estructura electrnica de los hidrocarburos
conjugados. Es variacional, considera slo los electrones del sistema , y asume que no interaccionan
entre ellos
B) Mtodo de Hckel extendido (Hoffmann, 1963), en el que se consideran tanto los electrones
como los .

LA APROXIMACIN ZDO.
La aproximacin ZDO (Zero-Differential Overlap) es la asuncin bsica de los mtodos
semiempricos modernos. Esta aproximacin consiste en hacer cero todos los productos de funciones
de base, con las mismas coordenadas electrnicas, cuando estn localizadas en diferentes tomos.

MTODOS CNDO, INDO, MINDO, AM1, PM3 Y SAM1

Aproximacin ZDO: Mtodo CNDO, usado bsicamente para el estudio de propiedades
espectroscpicas de molculas de gran tamao.
Aproximacin INDO: Desprecia todas las integrales bielectrnicas que no sean del tipo de las
integrales de Coulomb.
En los distintos modelos semiempricos, las diferencias ms importantes entre si, estn
relacionadas con el problema de la resolucin de las integrales.
Hay varias alternativas empleadas:
las integrales que no desaparecen al aplicar la
aproximacin,
se calculan explcitamente.

Alternativamente, esas integrales se igualan

a parmetros a los que se les asignan valores
derivados de datos experimentales atmicos.

las integrales restantes se parametrizan

haciendo uso de valores derivados del ajuste de
muchos datos moleculares (
Hr, Hf ,)

Mtodos desarrollados por Michael Dewar:

MINDO/3 (1975)
MNDO
AM1
PM3 (este ltimo una pequea modificacin de
AM1, usando un diferente conjunto de parmetros).

SAM1 (semi-ab initio AM1) en el que se pretende

calcular de forma ab initio usando la bases STO3G un cierto nmero de integrales del mtodo

ESTRUCTURA MOLECULAR Y REACTIVIDAD QUMICA

La descripcin detallada y cuantitativa de una reaccin qumica requiere conocer:

a)
b)
c)

Estructuras Moleculares de Reactivos, Productos, Estados de Transicin e Intermedios de

reaccin.
Energas relativas de Reactivos y Productos: TERMODINAMICA
Energas relativas de Reactivos, Productos, y Estados de Transicin: CINTICA

[ET]#

La Teora de Estado de Transicin proporciona la conexin entre los aspectos cinticos y

termodinmicos de una reaccin qumica y la Estructura Electrnica de las molculas.

SUPERFICIES DE ENERGA POTENCIAL

Aproximacin de Born-Oppenheimer: separaracin de los grados de libertad de los
movimientos electrnicos y nucleares, de modo que la energa total de un sistema se obtiene
sumando la energa de repulsin nuclear a la energa electrnica obtenida en la solucin de la
ecuacin electrnica de Schrdinger en la situacin de ncleos fijos.
Repitiendo este clculo para diferentes posiciones de los ncleos se obtendr la energa potencial
del sistema para diferentes configuraciones nucleares, esto es, para diferentes geometras
moleculares.
Esto es lo que llamamos OPTIMIZACIN DE LA GEOMETRA MOLECULAR

Sistema de N ncleos, con coordenadas generalizadas qi.

La posicin de estos ncleos queda definida por 3N coordenadas independientes.
La energa potencial del sistema es una funcin de 3N-6 (3N-5) variables independientes:
n=3N-6 (3N-5)
E=E(q1, q2, q3,......,qn),
Esta ecuacin, define la superficie de energa potencial, que para n>2 es una hipersuperficie.

ANLISIS DE LAS SUPERFICIES DE ENERGA POTENCIAL

Los diferentes puntos de una SEP se pueden calcular utilizando alguno de los mtodos tericos
mecnico-cunticos, ab initio, o semiempricos, disponibles. Sin embargo realizar una exploracin
completa, punto a punto, de una SEP es algo imposible desde un punto de vista prctico, salvo para un
sistema de pequeo tamao.

______________________________________________________________________
EJEMPLO: la reaccin Cl- + CH3F --------------> CH3Cl + F-, tiene N=6, y por tanto 3x(6)-5=13
variables independientes. Es decir, E=E(q1, q2, q3,...,q13), y el clculo de de la SEP, utilizando slo 10 valores de
cada variable independiente, implicara calcular 1013 puntos; asumiendo la utilizacin de computadores
ultrarrpidos que empleen 10-3 s para cada clculo, el tiempo total requerido sera de 109 s, aprox. 32 aos!

_______________________________________________________________________

Afortunadamente, para analizar el mecanismo de una reaccin qumica no es necesario el conocimiento

completo de la SEP, sino que puede ser suficiente con obtener informacin relativa a ciertas regiones,
fundamentalmente las correspondientes a los puntos estacionarios o puntos crticos de la superficie de
energa potencial.

PUNTOS CRTICOS DE LAS SUPERFICIES DE

ENERGA POTENCIAL
Todo punto crtico de una superficie de energa potencial ha de cumplir que el gradiente de la
funcin en ese punto se anule:

r
E E
E
gradE =
,
,...,
qn
q1 q2

= 0

La naturaleza de este punto crtico se determina calculando los valores propios de la matriz
hessiana, H:
2E 2E
2E

2
........
q1 qn
q1 q1 q2

2
2
2
E E ......... E
q2 q1 q22
q2 qn

H = .....................................
......................................

2
2
2E
E E
q q q q ....... q 2
n

n 1 n 2

Autovalores de H: i

Diagonalizacin

i > 0

El punto estacionario es un mnimo

i < 0

El punto estacionario es un mximo

i < 0

y j i > 0

El punto estacionario es un
punto de silla de 1er orden

CONEXIN
PUNTOS ESTACIONARIOS REACTIVIDAD QUMICA
[ET]#

CH3MgBr

+
H3C

autovalor positivo:
Mnimo en el camino de reaccin

O
H3C

Un autovalor negativo y
resto de autovalores, positivos
(punto de silla):
Estado de transicin en el camino de
reaccin

2.286

1.879

H3C

autovalor positivo:
Mnimo en el camino de reaccin

H3C
H3C

OMgBr

GEOMETRA MOLECULAR: PUNTOS ESTACIONARIOS

Y FRECUENCIAS VIBRACIONALES
GEOMETRA
INICIAL
MNIMO

1
2

ESTADO DE TRANSICIN

CLCULO INICIAL DE
C, S, y F
VARIACIN DE LA
GEOMETRA

SOLUCIN DE LAS
ECUACIONES SCF

CLCULO DEL
grad E

(grad E=0)

FUNCIN DE ONDA,
ENERGA, Y
GEOMETRA FINALES

NO

(grad E=0)
punto estacionario?

SI

CLCULO DE PROPIEDADES ELECTRNICAS

Y TERMODINMICAS

Propiedades
electrnicas

(q)

Distribucin de carga molecular (Potencial electrosttico)

Posiciones reactivas: nuclefilas y/o electrfilas
Momento dipolar
Momentos multipolares de orden superior
Polarizabilidad
Tensor de desplazamiento qumico (RMN)

Frecuencias
vibracionales

T=0K

T>0K

U(0)

Eel
A

U=Eel(B) Eel(A)= Eel

U(0)=Eel + EPC

U(T) = U(0) + nii

exp
K BT
ni = N
j
exp
K T
B

EFECTOS DEL DISOLVENTE

El efecto de un disolvente puede dividirse en dos contribuciones fundamentales:
Contribucin microscpica, solvatacin especfica o efectos de corto alcance, donde juegan un
papel fundamental la presencia de enlaces por puente de hidrgeno y efectos de orientacin preferente
de las molculas del disolvente en relacin a partes del sistema considerado (zonas aninicas o
catinicas). Este tipo de efectos est ligado fundamentalmente a las molculas situadas en la primera
capa de solvatacin, como puede apreciarse en la figura adjunta.

Me
O

Me

Me

H3 C

Li

O
Me

H
O

H
O
H

Cl

H
O

H
H

Contribucin macroscpica, polarizacin del disolvente o efectos de largo alcance que implica el
apantallamiento de cargas y es la responsable de generar una constante dielctrica macroscpica
distinta de 1. La contribucin macroscpica est asociada al efecto de un nmero grande de molculas
de disolvente.

CLCULO DE LOS EFECTOS DEL DISOLVENTE

MODELOS DE LA CAVIDAD O DEL CONTINUO:

Se sustituye la estructura discreta del disolvente por un continuo, caracterizado por el valor de la
constante dielctrica macroscpica, . Este tipo de mtodos, conocidos en conjunto como SelfConsistent Reaction Field (SCRF), consideran el disolvente como un medio continuo polarizable, con el
soluto contenido en una cavidad generada en el continuo.
continuo ()
soluto

H = Hsoluto + M

M recoge la
contribucin electrosttica
del continuo

INCLUSIN EXPLCITA DE LAS MOLCULAS DEL DISOLVENTE:

Un cierto nmero de molculas del disolvente, pertenecientes a la 1a capa de solvatacin,
se incluyen en la supermolcula, cuya SEP se calcula de modo convencional.

MTODOS MIXTOS QM/MM

La hiptesis bsica en la que se basan los mtodos mixtos QM/MM es que podemos dividir
nuestro sistema en una parte cuntica, asociada a la reactividad qumica y una parte clsica
asociada fundamentalmente a cambios conformacionales y efectos estricos.

S{QM-MM}
{MM}

Sistema completo

{QM}

Sistema cuntico

Sistema clasico
Ambas partes se conectan por un grupo de tomos llamados link atoms

La energa total del sistema se compone de ambas contribuciones:

Mecnica Molecular
Mecnica Cuntica
Mtodos Semiempricos
Mtodos Ab Initio
Mtodos DFT

Acoplamiento MM-QM

DINMICA MOLECULAR AB INITIO

Los cambios de la estructura molecular a lo largo del tiempo pueden ser
calculados mediante la Dinmica Molecular.
El clculo de estas trayectorias se lleva a cabo de modo determinista,
integrando las ecuaciones diferenciales derivadas de la 2 ley de Newton:

V
Fi = q i

TRAYECTORIAS:
Describen la evolucin
dinmica del sistema

Clculo
Clculodel
delPotencial
Potencialde
de
Interaccin
InteraccinV?
V?

DINMICA MOLECULAR AB INITIO

(First Principles Molecular Dynamics Simulations)
Mecnica clsica (empleando un campo de fuerzas de mecnica molecular)
DINMICA MOLECULAR CLSICA
Se puede emplear para describir la estructura molecular: por ejemplo, dinmica de un
enzima, con AMBER.
Ventajas: No es costosa computacionalmente.
Problemas: No permite tratar la reactividad qumica.
Reaccin en el centro activo?

Mecnica cuntica (por ejemplo usando la DFT)

DINMICA MOLECULAR CUNTICA: Laboratorio Virtual
Ventajas: Permite describir la reactividad qumica.
Problemas: Coste computacional elevado.
Ejemplo: Mtodo CAR-PARINELLO: Utiliza un Hamiltoniano DFT y realiza, al mismo tiempo,
el clculo de la Funcin de Onda y la Optimizacin de la Geometra.

BIBLIOGRAFA
TEXTOS
Levine, I. N. Qumica Cuntica. 5 Edicin; Pearson Education SA, Madrid 2001.
Este texto clsico, cubre muchos de los aspectos fundamentales de las aplicaciones de la mecnica cutica a la qumica. Es una buena introduccin a la materia.
Grant, G. H.; Richards, W. G. Computational Chemistry. Oxford University Press, New York 1995.
Es un libro sencillo (unas 80 pgs.), que cubre todo el campo de la qumica computacional a un nivel introductorio y descriptivo, sin mucho aparato matemtico.
Jensen, F. Introduction to Computational Chemistry. 2nd edition; Wiley, 2007.
Este libro, como el anterior, cubre prcticamente toda la qumica computacional (incluyendo un tema sobre estadstica y QSAR), y lo hace con un nivel matemtico elevado.
Es uno de los best sellers del rea.
Leach, A. R. Molecular Modelling. Principles and Applications. 2nd edition; Pearson Prentice-Hall.
Este es otro clsico del campo, escrito por un investigador de Glaxo.
Cramer, C. J. Essentials of Computational Chemistry. Theories and Models. Wiley 2002.
Una descripcin detallada de los mtodos y tcnicas bsicos en qumica computacional.
Foresman, J. B.; Frisch, A. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. 2nd Edition; Gaussian Inc. Pittsburgh 1996 [http://www.gaussian.com].
En este libro, editado por la compaa que comercializa el programa Gaussian se describen aspectos prcticos relativos al uso de este programa en la investigacin de la
estructura molecular.
Marx, D.; Hutter, J. Ab Initio Molecular Dynamics. Basic Theory and Advances Methods. Cambridge University Press 2009.
Este texto reciente describe los fundamentos, tcnicas bsicas y aplicaciones a diferentes reas de la qumica, del mtodo de Car-Parinello, cuya importancia est creciendo
rpidamente.

ARTCULOS
Senn, H. M.; Thiel, W. QM/MM Methods for Biomolecular Systems. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 1198-1229.
Una revisin de los mtodos QM/MM y su aplicacin al estudio de sistemas biolgicos
Marx, D.; Hutter, J. Ab Initio Molecular Dynamics: Theory and Implementation. Modern Methods and Algoritms of Quantum Chemistry, 2000
J. Grotendorst (Ed.), John von Neumann Institute for Computing, Jlich, NIC Series, Vol. 1, 301-449.
Descripcin de la dinmica molecular ab initio basada en el mtodo de Car-Parinello.
Kozmon, S; Tvroska, I. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16921-16927.
Boero, M.; Ikeda, T.; Ito, E.; Terakura, K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16798-16807.
Biarns, X.; Nieto, J.; Planas, A.; Rovira, C. J. Biol. Chem. 2006, 281, 3, 1432-1441.
En estos artculos se encuentran aplicaciones de los mtodos QM/MM y de Dinmica Molecular ab initio al estudio de mecanismos enzimticos.