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TERCER CORTE
http://datateca.unad.edu.co/contenidos/201504/micro/1_2_1clasifmicrobian
a.htm
BERGEYS MANUAL
Catedrtico de bacteriologa de la Universidad de Pennsylvania.
En 1923, junto a cuatro colaboradores ms, publicaron un manual sobre caractersticas de las
bacterias de inters mdico, que poda utilizarse para la identificacin bacteriana.
Este manual, el Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, ha sido utilizado en muchos
laboratorios de Microbiologa de todo el mundo.
sulfo-oxidadoras
aerobias
y bacterias
fotosintticas que utilizan el azufre. Por encima de esta zona pueden desarrollarse
aquellas bacterias prpuras que no utilizan el azufre. En la zona superior (zona
aerobia) crecen algas eucariotas y cianobacterias que liberan oxgeno manteniendo
aerobia esta zona.
file:///D:/SEPTIMO%20SEMESTRE/MICROBIOLOGIA/966-1205-1-PB.pdf
fin de detectar diversos agentes patgenos, sea en el ser humano, en plantas o animales, ya ha
tenido importantes repercusiones econmicas. Baste citar su uso para controlar plagas
agrcolas y para seleccionar semillas sanas, libres de viroides o virus.
Las sondas de cidos nucleicos son fragmentos de cido desoxirribonucleico (ADN) o de
cido ribonucleico (ARN) marcados con algn elemento que les permite revelar, mediante
una seal, su presencia. Estos fragmentos pueden cumplir su tarea como sondas debido a que
tienen la capacidad de unirse a fragmentos complementarios eventualmente presentes en la
muestra que se desea analizar. La descripcin de la estructura de los cidos nucleicos nos
llevar a comprender hasta qu punto es inherente a ellos el unirse a un complemento.
Las molculas de cido nucleico son llamadas as por tener carcter cido y por haber sido,
primeramente, identificadas en el interior del ncleo de la clula. Actualmente sabemos que
los cidos nucleicos pueden ser encontrados tanto dentro como fuera del ncleo y que son
ellos los responsables por la herencia biolgica.
Las sondas de cido nucleico se utilizan habitualmente siguiendo un procedimiento que
consta de los siguientes pasos: extraccin de los cidos nucleicos de una suspensin celular;
separacin por digestin con enzimas adecuadas y electroforesis en gel de agarosa;
transferencia (blotting) a una membrana de soporte de nitrocelulosa o nylon e hibridacin
sobre la membrana con la sonda marcada.
Debido a las posibilidades de conocerla secuencia del ADN que se ha de utilizar como sonda
o la secuencia de amino cidos de la protena cuyo gene se desea identificar, en la actualidad
resulta posible sintetizar oligonucletidos (grupos de entre quince y cuarenta nucletidos
colocados de acuerdo a un orden conocido) que se pueden marcar mientras son producidos.
Estas estrategias de produccin de las sondas tienen una gran flexibilidad y permiten cubrir
buena parte de los requerimientos actuales.
en el anlisis de los cidos nucleicos (DNA y RNA) que se extraen directamente de la muestra
sin necesidad de cultivo microbiano.
La dinmica microbiana de levaduras y bacterias se estudia desde los aos 1970 (Barnett et
al., 1972). Mediante el uso de los mtodos clsicos, se realizan recuentos de microorganismos
y se determina su diversidad en medios sintticos con agar, pero en algunos casos se requiere
un perodo de incubacin en medio lquido, para promover el crecimiento de
microorganismos especficos o seleccionarlos, ya que su aislamiento sera imposible sin este
paso. El gran inconveniente de los mtodos microbiolgicos clsicos dependientes de cultivo
es la imposibilidad de llegar a tener una visin precisa de la biodiversidad de estos
ecosistemas complejos. Al utilizar los mtodos de enriquecimiento y crecimiento en medios
microbiolgicos, la microbiota originalmente presente en la muestra es sometida a
importantes cambios debido a la capacidad de ciertas especies para dominar el entorno y
superar a los otros componentes microbianos. Por esta razn la poblacin numricamente
menos importante, o en condiciones de estrs, apenas es recuperada e identificada. Con los
mtodos dependientes de cultivo hay un alto riesgo de errores de identificacin de la ecologa
de los complejos ecosistemas microbianos (Hugenholtz et al., 1998).
A finales de los aos 1990, los enfoques moleculares abrieron nuevas fronteras en la
comprensin de la ecologa microbiana. Estos mtodos, llamados habitualmente como
independientes de cultivo, son capaces de detectar e identificar microorganismos directamente
en el sistema sin cultivarlos ni aislarlos, ya que analizan su DNA o RNA. Su novedad se basa
en la extraccin de los cidos nucleicos directamente de las matrices, los cuales
posteriormente son analizados por mtodos capaces de poner de relieve la diversidad
microbiana. Estudiando el DNA, es posible definir cuntas y cules son las especies
microbianas presentes en una muestra especfica, mientras que el estudio del RNA permite
entender cul es la parte metablicamente activa de la poblacin. ste es un aspecto muy
relevante en el caso de los alimentos fermentados, como el vino, donde es necesario estudiar
las especies que son responsables de la transformacin. Uno de los mtodos independientes de
cultivo ms populares y ms a menudo utilizado por los investigadores es la electroforesis en
gel con gradiente desnaturalizante (DGGE), junto con la reaccin en cadena de la polimerasa
(PCR). En la PCR-DGGE, los cidos nucleicos son sometidos a amplificacin con cebadores
universales, que son capaces de amplificar, en teora, todo el DNA o el RNA de bacterias y
levaduras presentes en un ecosistema especfico. Despus de la PCR, el amplicn estar
constituido por una mezcla de diferentes productos de amplificacin, que son ms
heterogneas si la diversidad biolgica en la muestra es compleja. Las secuencias de
nucletidos amplificados se separarn posteriormente con una electroforesis en un gel de
poliacrilamida con un gradiente qumico de los desnaturalizantes (urea y formamida). Cuando
las molculas de DNA encuentran el gradiente desnaturalizante capaz de abrir parcialmente
(desnaturalizar) la doble hlice, se produce un cambio en la movilidad electrofortica de la
molcula, que en un momento dado har que se detenga por completo en el gel. Dado que la
desnaturalizacin del DNA depende de su secuencia, las diferentes molculas de DNA tendrn
una movilidad electrofortica diferente. Con este enfoque entonces es posible diferenciar los
microorganismos presentes en el mismo ecosistema, siempre y cuando presenten regiones de
amplificacin con secuencias diferentes. Para las fermentaciones alcohlica y malolctica,
diversos estudios han puesto de relieve que para las levaduras el bucle D1-D2 del gen del
RNAr 26S (Cocolin et al., 2000) (fig. 1) y la regin V7-V8 del gen del RNAr 16S de bacterias
(Lpez et al., 2003) son ptimas para ser utilizadas en el estudio de la ecologa microbiana
durante la vinificacin.
http://www.acenologia.com/cienciaytecnologia/ecologia_microbiana_fermenta_2cienc0810.ht
m
Qu es la biorremediacin?
La biorremediacin es el uso de seres vivos para restaurar ambientes contaminados. Es un
concepto que no se debe de confundir con depuracin. La depuracin es la eliminacin, ya sea
por mtodos fsico/qumicos o biolgicos, de un contaminante antes de que ste alcance el
medio ambiente. Cuando la contaminacin ya se ha producido, se precisa restaurar el
ecosistema contaminado, para lo que se pueden utilizar diversas estrategias. Una de ellas es la
biorremediacin.
Qu organismos participan?
Se pueden emplear diversos organismos en los procesos de biorremediacin. Los ms usados
son los microorganismos (tanto bacterias, como algas y hongos) y las plantas (en procesos
llamados fitorremediacin), pero tambin se pueden utilizar otros seres vivos tales como los
nematodos (vermiremediacin).
Entre los microorganismos destacan especialmente las bacterias, los seres vivos con mayor
capacidad metablica del planeta. Las bacterias pueden degradar prcticamente cualquier
sustancia orgnica. Si la sustancia se degrada completamente se habla de mineralizacin; este
es el proceso ideal, pero no siempre ocurre. Algunas sustancias no son degradadas sino
transformadas en otras (biotransformacin). La biotransformacin puede ser peligrosa, ya que
la nueva sustancia formada puede ser tan nociva o ms que la de partida. Finalmente hay
sustancias que no son degradadas y se las denomina recalcitrantes. stas se acumulan durante
mucho en el medio ambiente, especialmente si adems son resistentes a procesos
fsico/qumicos
como
la
radiacin
ultravioleta
o
la
oxidacin.
Las bacterias adems pueden eliminar los contaminantes en ambientes donde hay oxgeno
(llamados aerbicos), pero tambin en ambientes sin oxgeno (llamados anaerbicos), ya que
pueden respirar otras sustancias diferentes al oxgeno (aceptores de electrones), como por
ejemplo el nitrato, el sulfato, el hierro (III), el manganeso, el selenio y un largo etctera.
Qu tipos de contaminantes se pueden eliminar por biorremediacin?
Todos aquellos contaminantes que puedan ser degradados o transformados por los seres vivos
son susceptibles de ser eliminados mediante procesos de biorremediacin. Los compuestos
orgnicos suelen ser degradados total o parcialmente y eliminados por completo del
ecosistema. Por ejemplo, compuestos contaminantes tales como el tolueno, el fenol o los
polibifenilos clorados (PCBs) pueden ser utilizados como fuente de carbono por bacterias,
Figura: Ejemplo del empleo de bacterias para la eliminacin de unos contaminantes en capas
profundas del suelo. En este ejemplo las sustancias contaminantes estn haciendo peligrar un
acufero. Para su eliminacin se inyecta en el suelo nutriente y aceptores de electrones que
favorecen el crecimiento de microrganismos que acabarn eliminando la sustancia txica.
Qu utilidad tienen los microorganismos usados en biorremediacin?
El estudio de los procesos de biorremediacin tiene un gran inters, y no slo por las ventajas
que posee la restauracin de un ecosistema. Las bacterias responsables de la biorremediacin,
los procesos bioqumicos que llevan a las reacciones de degradacin, as como los genes que
codifican las enzimas responsables de estos procesos se estn analizando tanto para un
conocimiento desde un punto de vista bsico como aplicado. Conocer las protenas
responsables de estos procesos, as como los genes que codifican stas, como han