Asam Nukleat-Kelompok

ASAM NUKLEAT
DIAH LARASWATI [1406533674]

DESTI OCTAVIANTY [1406533586]
OKTAVIA RAHMAWATI [1406533485]
RISKA AMALIA
OUTLINE
Struktur Asam Nukleat
Sejarah
Asam Nukleat
Asam nukleat termasuk RNA (asam ribonukleat) serta DNA (asam deoksiribonukleat).
Kedua jenis asam nukleat mengandung unsur-unsur karbon, hidrogen, oksigen,
nitrogen, dan fosfor. Asam nukleat terdiri dari rantai molekul kecil yang disebut
nukleotida, yang diikat bersama oleh ikatan kovalen
Komponen Penyusun Nukleotida
Nukleotida
gugus fosfat, yang berisi fosfor dan oksigen (PO4).

gula, yaitu deoksiribosa (C5H8O4) dalam DNA dan ribosa (C5H10O5) pada RNA.
salah satu dari empat basa yang mengandung nitrogen. (Basa adalah senyawa yang
bukan asam atau netral.) Dalam DNA, basa adalah adenin, timin, guanin, dan sitosin.
RNA memiliki basa urasil bukan timin, tapi tiga basa yang lain adalah sama.
Nukleotida-Gugus Fosfat
Fosfat adalah anion yang terbentuk akibat

penguraian asam anorganik yang disebut
asam fosfat (H3PO4).
Hilangnya ion hidrogen akibat penguraian
menyebabkan fosfat bermuatan negatif. Ini
merupakan penyebab pemberian nama
asam pada molekul polinukleotida,
walaupun didalamnya juga terkandung juga
basa nitrogen.
Salah satu fungsi gugus fosfat adalah dalam
transfer energi di antara molekul organik.
Gambar 1. Gugus fosfat pada

nukleotida (sumber :
informasitips.com)
Nukleotida-Gugus Fosfat
Gambar 2 Ikatan Fosfodiester pada RNA dan DNA (Sumber: Lehninger.

2008. Principles of Biochemistry, Fifht Edition. New York: W. H. Freeman
Nukleotida-Gula Pentosa
Gula pentosa merupakan gula

monosakarida yang mengandung lima
atom karbon yang membentuk cincin
segilima.
Terdapat dua jenis gula pentosa yaitu
ribosa dan deoksiribosa. Pada ribosa,
karbon 2 berikatan dengan gugus
hidroksil (-OH) sementara pada
deoksiribosa, atom karbon 2 berikatan
dengan hidrogen (-H).
Gambar 3 Perbedaan struktur gula ribosa

dengan deoksiribosa (Sumber: Clark, D.
(2005). Molecular biology. Amsterdam:
Elsevier Academic Press)
Nukleotida-Basa Nitrogen
Berdasarkan strukturnya, basa nitrogen terbagi
2:
Purin & Pirimidin
Gambar 4 Basa dalam asam nukleat (Sumber: Lehninger. 2008.

Principles of Biochemistry, Fifht Edition. New York: W. H. Freeman
wand Company)
Purin
Pirimidin
Sintesis biologis
Sintesis organik, salah satu metodenya reaksi

Biginelli
Memiliki titik leleh dan titik didih yang tinggi

(alasan: bersifat kompleks dan berat,
berpartisipasi lebih banyak dalam reaksi molekuler
daripada pirimidin
Heterosiklik aromatik organik, terdiri dari cincin

pirimidin dan imidazol
Sebagai molekul prekursor dalam sintesis senyawa

kimia
Ditemukan pula pada ATP, NADPH, GTP, AMP siklik
(cAMP), dan Ko-enzim A
Banyak ditemukan pada daging (sarden, ikan asin)
Fungsi: produksi & penyimpanan energi sel,
neurotransmitter (cara: mengikat reseptor pada
permukaan membran)
ADENIN
Memiliki struktur 2 cincin sehingga tergolong purin
Berpasangan dengan Timin (T) pada DNA dan
dengan Urasil (U) pada RNA dengan 2 ikatan
hidrogen
Berperan dalam pembuatan bagian dari ATP
(molekul energi) dan pembawa elektron FAD dan
NAD (respirasi seluler)
Gambar 5 Struktur Adenin (Sumber:

Lehninger. 2008. Principles of
Biochemistry, Fifht Edition. New York:
W. H. Freeman wand Company)
GUANIN
Memiliki struktur 2 cincin = purin
Berpasangan dengan Sitosin (C) pada DNA dan RNA
dengan 3 ikatan hidrogen
Berikatan dengan sitosin menghasilkan ribonukleosida,
sementara dengan deoksiribosa membentuk
deoksiguanosin
Dapat ditemukan dalam GTP untuk membantu proses
seluler dalam hal transduksi sinyal, transportasi
protein, serta regulasi pertumbuhan
Gambar 6 Struktur Guanin (Sumber:

Lehninger. 2008. Principles of Biochemistry,
Fifht Edition. New York: W. H. Freeman wand
Company)
SITOSIN
Memiliki struktur 1 cincin sehingga tergolong
pirimidin
Berpasangan dengan Guanin (G) pada DNA & RNA
dengan 3 ikatan hidrogen
Bersifat tidak stabil dan dapat berubah menjadi urasil
Sitosin trifosfat dapat berfungsi sebagai ko-enzim
Sitosin dapat mengubah ADP menjadi ATP dengan
mentransfer fosfat
Gambar 7 Struktur Sitosin (Sumber: Lehninger.

2008. Principles of Biochemistry, Fifht Edition.
New York: W. H. Freeman wand Company)
TIMIN
pirimidin
Berpasangan dengan Adenin (A) pada DNA
Berikatan dengan deoksiribosa menghasilkan
thymadine nukleosida yang terlibat dalam transfer
dan preservasi informasi genetis
Dapat berikatan dengan fosfat menghasilkan
monofosfat, difosfat, dan trifosfat
Gambar 8 Struktur Timin (Sumber: Lehninger.

URASIL
pirimidin
Berpasangan dengan Adenin (A) pada RNA
Bersifat lebih sederhana dan lebih cepat dibuat
daripada timin
Gambar 9 Struktur Urasil (Sumber: Lehninger.
STURKTUR DNA
The Watson and Crick Model
Molekul DNA terdiri dari dua rantai
polinukleotida berpilin menjadi helix dengan
arah pilinan mengikuti putaran tangan
kanan. Rantai polinukleotida terdiri dari gula
deoksiribosa yang tergabung dengan ikatan
internukleotida yang disebut juga sebagai
ikatan 3,5-fosfodiester. Ikatan gula dan
fosfat membentuk sisi luar dari helix dan
basa nitrogen membentuk bagian tegak
lurus di sisi dalam helix.
Gambar 10. Representasi dari ikatan dua rantai DNA (Sumber: Clark,
D. 2005. Molecular biology. Amsterdam: Elsevier Academic Press)
STURKTUR DNA
Aturan Chargaf
Chargaff menyimpulkan bahwa jumlah purin

selalu sama dengan jumlah pirimidin dalam
suatu sampel DNA, yang berarti jumlah
adenine sama dengan jumlah timin dan
jumlah sitosin sama dengan jumlah guanine
Gambar 11. Pasangan basa dihubungkan dengan formasi ikatan hidrogen

(sumber : Lehninger. 2008. Principles of Biochemistry, Fifht Edition. New
York: W. H. Freeman wand Company)
STURKTUR DNA
Gambar 12. Perbandingan

heliks DNA-A, DNA-B, dan
DNA-Z (sumber :
Lehninger. 2008. Principles
of Biochemistry, Fifht
Edition. New York: W. H.
Freeman wand Company)
STURKTUR DNA
Pada virus dan bakteri, DNA ditemukan

sebagai satu molekul, baik dalam bentuk
linear atau sirkular (membentuk lingkaran
DNA superkoil juga ditemukan pada DNA
sel eukariotik dimana molekulnya
terbungkus mengelilingi inti protein atau
nukleosom. Nukleosom terdiri dari protein
disebut histon yang tidak menyimpan
informasi genetik.
Gambar 13 Struktur DNA
Supercoiled (Sumber:
http://www.nature.com/nrmicro/jour
nal/v3/n2/images/nrmicro1088-
Struktur RNA
RNA (Asam Ribonukleat)adalah rangkaian nukleotida yang saling terikat seperti

rantai. RNA merupakan hasil dari transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA
sebagai polimer yang jauh lebih pendek jika dibandingkan DNA. Berbeda dengan DNA
yang umumnya dijumpai dalam inti sel, Kebanyak dari RNA terdapat dalam sitoplasma,
khususnya di ribosom.
RNA mempunyai bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Molekul RNA merupakan molekul
fungsional dari DNA.
Struktur RNA
Struktur RNA
messenger RNA (mRNA)

mRNA merupakan RNA yang biasanya
komplementer dengan salah satu
urutan basa rantai DNA. di sitoplasma).
Kode genetic mRNA tersebut kemudian
menjadi cetakan untuk menentuk
spesifisitas urutan asama amino pada
rantai polipeptida.
Gambar 14. Ilustrasi RNA Messenger (Sumber:
http://www.abpischools.org.uk/res/coResourceImport/modules/che
mistryoflife/en-images/diagrams/10.1.jpg)
Struktur RNA
transfer RNA (tRNA)

RNA transfer merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke ribosom.
Seluruh tRNA dapat berbentuk seperti daun semanggi dengan tiga atau empat lipatan jepit.
Pada tRNA, terdapat anticodon yang merupakan pasangan tiplet basa dari triplet kodon
yang terdapat pada mRNA.
Pada salah satu ujung RNAt terdapat tiga rangkaian basa pendek yang disebut anticodon.
Suatu asam amino akan melekat pada ujung RNAt yang berseberangan dengan ujung
anticodon. Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya RNAt, yaitu membawa asam amino
spesifik yang nantinya akan berguna dalam sintesis protein, yaitu pengurutan asam amino
sesuai urutan kodonnya pada mRNA.
Struktur RNA
Gambar 15 Ilustrasi RNATransfer

(Sumber:
https://www.genome.gov/Glossar
y/resources/transfer_rna_lg_adv.j
pg)
Struktur RNA
ribosomal RNA (rRNA

Molekul RNA ribosom atau RNAr
merupakan komponen struktural yang
utama di dalam ribosom. Setiap subunit
ribosom terdiri dari 30-46% molekul
RNAr dan 70-80% protein. RNA ini
menyediakan material structural dan
pusat katalitik untuk membentuk ikatan
peptida dalam pembentukan protein.
Gambar 16 Ilustrasi ribosomal RNA
(sumber:
http://internal.champaignschools.org/)
FUNGSI ASAM NUKLEAT
JENIS ASAM NUKLEAT - DNA

Terdapat di dalam nukleus pada kromosom, sebagian kecil pada
mitokondria. DNA tersimpan dalam 23 pasang kromosom yang berisi
20.000 gen
Kadarnya tetap di dalam sel
Memiliki gula deoksiribosa, double-helix
3 milyar basa nitrogen terbagi ke dalam
4 jenis, yaitu: Adenin (A), Guanin (G),
Sitosin (C), dan Timin (T)
Gambar 17 & 18. Struktur DNA

(Sumber: http://budisma.net/wpcontent/uploads/2014/11/penyus
un-dna-rna.jpg)
FUNGSI DNA
Memiliki informasi genetis yang diperlukan organisme untuk berkembang &

melanjutkan keterunan
Terkonversi menjadi protein (lewat proses transkripsi dan translasi) yang melakukan
tugas kompleks dalam tubuh
JENIS ASAM NUKLEAT - RNA

Jenis RNA berdasarkan letaknya; RNA terikat (melekat pada ribosom)
dan RNA bebas (di sitoplasma dan nukleus)
Jenis RNA berdasarkan materi yang dibawa;
RNA genetis dan RNA non-genetis
Bersifat lebih fleksibel dari segi bentuk & kadar
Memiliki gula ribosa, single-helix
Terdapat bermacam jenis RNA; dijelaskan
Pada slide selanjutnya
Jenis basa nitrogen yaitu: Adenin (A),
Guanin (G), Sitosin (C), dan Urasil (U)
Gambar 19 & 20 Struktur RNA

(Sumber:http://budisma.net/wp
content/uploads/2014/11/peny
FUNGSI RNA
mRNA
snRNA
tRNA
hnRNA
rRNA
miRNA
lncRN
A
tmRNA
SRP
RNA
siRNA
snoRN
A
primer
FUNGSI RNA mRNA

Pada RNA eukariotik, mRNA terbentuk oleh RNA Polymerase II
Hasil mRNA akan mengalami modifikasi sebelum dapat
digunakan seperti capping, polyadenylation, dan splicing
Gambar 21 & 22 Struktur mRNA (Sumber:

http://genetics.wikispaces.com/file/view/transcription.gif/305299
40/transcription.gif)
Modifikasi mRNA Capping
Proses modifikasi ujung 5 dari

mRNA eukariotik
Terjadi di awal sintesis mRNA
eukariotik, bahkan sebelum mRNA
selesai dibentuk oleh RNA
Polimerase II
Mengandung GTP termetilasi yang
terhubung dengan mRNA lewat
jembatan 5-5trifosfat
Gambar 23. Bentuk Cap dari mRNA
(Sumber:http://oregonstate.edu/dept/biochem/hh
mi/hhmiclasses/bb451/figsch28/fi28p30.gif)
Modifikasi mRNA Polyadenylation
Proses modifikasi ujung 3 dari mRNA

eukariotik
Polyadenylation = Penambahan ratusan
nukleotida A (adenin)
Mayoritas mRNA akan memiliki ekor polyA
Sinyal polyA (AAUAAA), selanjutnya
ditambahkan PolyA Polimerase akan
menambahkan nukleotida A
Gambar 24. Mekanisme Polyadenylation
(Sumber:http://oregonstate.edu/dept/biochem/hh
mi/hhmiclasses/bb451/figsname/FigpolyA.gif)
Modifikasi mRNA Splicing
Terdapat bagian bernama intron

yang terdapat pada hasil akhir RNA
sehingga harus dihilangkan
Intron berada diantara ekson yang
menjadi mRNA sesungguhnya
Intron terdapat lebih banyak pada
eukariotik tingkat tinggi daripada
tingkat rendah
Gambar 25. Tahapan Splicing
(Sumber: http://jonlieffmd.com/wpcontent/uploads/2012/12/12641393651482667303RNA_splici
ng_diagram_en.svg_.med_.png)
FUNGSI RNA - tRNA
Gambar 26 & 27. Struktur tRNA (Sumber:

http://www.vialattea.net/spaw/image/biologia
/biol_molecolare_genetica/trna_diagram_smal
l_da%20www3_interscience_wiley_com.gif)
Pada RNA eukariotik, tRNA terbentuk oleh RNA Polimerase III

Membawa asam amino untuk triplet basa (antikodon =
berlawanan dengan mRNA)
BASA NITROGEN & ASAM AMINONYA
Gambar 28. Triplet basa nitrogen yang

bersesuaian dengan asam amino
(Sumber:
http://image.slidesharecdn.com/bab3su
bstansigenetika-140116053343phpapp01/95/bab-3-substansigenetika-12-638.jpg?cb=1389850491)
FUNGSI RNA - rRNA
Pada rRNA eukariotik, rRNA terbentuk oleh

RNA Polimerase I
Note: unit 5S disintesis oleh RNA
Polimerase III
Bersifat stabil dan tidak larut, mencakup
80% total RNA seluler, bersifat katalis
Fungsi: tempat sintesis polipeptida,
memvalidkan kode triplet yang akan
ditranslasi
Gambar 29. Pembagian rRNA (Sumber:

http://barleyworld.org/sites/default/files/figure-09-13.jpg)
FUNGSI RNA - tmRNA
tm = Transfer-messenger RNA
Terdapat beberapa pseudoknots pada lengan
antikodon sehingga memungkinkan tmRNA untuk
berinteraksi dengan ribosom spesifik = reaksi transtranslasi
Fungsi: melepaskan ribosom yang tersendat dan
mendegradasi protein yang tidak lengkap
Ditemukan pada setiap urutan genom di bakteri
Gambar 30 & 31. Struktur tmRNA
(Sumber:http://cdn.rcsb.org/pdb101/motm/images/
157-TransferMessengerRNA_3iyr_composite.jpg)
REAKSI TRANS-TRANSLASI
Gambar 32. Proses trans-translasi

(Sumber: http://molbiol4masters.masters.grkraj.org/htm
l/Ribose_Nucleic_Acid8Stability_of_mRNAs_and_its_Regulati
on_files/image003.jpg)
FUNGSI RNA SRP RNA

SRP= Signal-recognition particle RNA
Partikel ribonukleoprotein, berperan
dalam menargetkan atau mengarahkan
protein menuju:
a. Membran plasma (prokariotik)
b. Membran RE (eukariotik)
Mengikat sinyal peptida dari ribosom ke
membran atau protein sekresi ketika
waktu untuk pembentukan kompleks
RNC-SRP
Gambar 33. Bentuk SRP (Sumber:
http://images.slideplayer.com/15/47996
06/slides/slide_6.jpg)
FUNGSI RNA snRNA & hnRNA

sn = Small nuclear RNA
Jenis non-coding RNA, umumnya bersama dengan
protein membentuk snRNP yang akan digunakan
pada splicing
Terdapat pada nukleus sel eukariotik
hn = Heterogeneous nuclear RNA
RNA yang masih mengandung intron, diproses
terlebih dahulu dengan bantuan snRNP pada
tahap splicing
Gambar 34. snRNA dan hnRNA (Sumber:
http://jonlieffmd.com/wpcontent/uploads/2012/12/12641393651482667303RNA_splicing_
FUNGSI RNA - miRNA

mi = Micro RNA
Hasil transkripsi dari bagian non-coding DNA
(faktor transkripsi) sehingga tidak terproses
menjadi protein
Berukuran panjang 21-24 nukleotida
Gambar 35 & 36. Fungsi miRNA (Sumber:

http://www.arnoschrauwers.nl/weblog/wpcontent/uploads/micro-rna.png)
Gambar 37. Pembentukan dan Fungsi miRNA

(Sumber:https://upload.wikimedia.org/wikipedia/co
mmons/thumb/a/a7/MiRNA.svg/2181pxMiRNA.svg.png)
FUNGSI RNA - siRNA

si = Small interfering/ short interfering/ silencing RNA
RNA yang memiliki double-strand dengan panjang 2025 pasangan basa
Fungsi:
Memisahkan mRNA setelah transkripsi sehingga tidak
terjadi translasi
Pada mekanisme RNAi, berperan sebagai mekanisme
antivirus
Pembentukan struktur kromatin dari genom
Gambar 38. Mekanisme pada siRNA
(Sumber: http://vignette1.wikia.nocookie.net/mmg-233-2013-geneticsgenomics/images/4/42/SiRNA.jpg/revision/latest?cb=20131208154743)
FUNGSI RNA - snoRNA

sno = Small nucleolar RNA
Terdapat 2 jenis snoRNA, yaitu C/D box snoRNA
(terkait dengan metilasi) dan H/ACA box snoRNA
(terkait dengan psudoridilasi)
Metilasi: Peletakan gugus metil pada substrat
Pseudoridilasi: konversi dari nukleosida uridin
menjadi bentuk isomer lain pseudouridin ()
Berperan sebagai pemandu dalam modifikasi RNA
lain seperti rRNA, tRNA, dan snRNA.
Gambar 39. Tipe snoRNA (Sumber:

https://biochem.ncsu.edu/faculty/maxwell/sn
oRNA.jpg)
snoRNA + protein = snoRNP mengenali dan

mengikat RNA target lewat basa komplementer yang
mengelilingi basa target untuk dimodifikasi
FUNGSI RNA - lncRNA
lnc = Long non-coding RNA

Jenis coding yang non-protein yang mentranskripsi lebih
dari 200 nukleotida
Pengaturan ekspresi gen oleh lncRNA terjadi pada
tingkat epigenetik (histon dan metilasi DNA),
transkripsi, post-transkripsi
Gambar 40. Penerapan lncRNA
(Sumber:http://www.nanostring.com/img/applications/im
g_lncRNA.jpg)
FUNGSI RNA - Primer

Berperan pada replikasi DNA sebagi titik awal
proses replikasi. Dibawa oleh DNA Primase.
Selanjutnya DNA Polimerase akan memulai
proses replikasi pada ujung 3 dari primer
(replikasi dimulai dari 5 menuju 3
Ketika proses replikasi selesai, primer akan
dihilangkan oleh Eksonuklease dan digantikan
oleh basa nitrogen DNA oleh DNA Polimerase
Lebih sering terjadi pada lagging strand di mana
terdapat banyak primer diantara fragmen
Okazaki
Gambar 41. Fungsi Primer (Sumber:
http://academic.pgcc.edu/~kroberts/Lecture/Chapter
%207/07-05_DNAReplication_L.jpg)
APLIKASI ASAM NUKLEAT
APLIKASI DNA
Rekayasa
Genetika
Kesehata
n
Forensik
Enzim
restriksi
Terapi Gen
DNA
Fingerprint
ing - PCR
PCR
Kloning/
Insulin
RFLP
APLIKASI REKAYASA Enzim

Restriksi
Enzim yang terdapat pada beberapa bakteri sehingga memiliki pertahanan apabila terjadi
infeksi dari virus sehingga bakteri tidak mengalami lisis
Enzim restriksi akan mengenali DNA-nya sendiri dengan meakukan metilasi. Ketika ditemukan
materi atau DNA asing yang tidak termetiasi dengan urutan yang sama, maka enzim restriksi
akan menghancurkan materi tersebut dengan pemotongan yang unik sehingga dihasilkan
sticky ends
Ketika dua jenis sticky ends disatukan, maka dihasilkan kekuatan ikatan yang kuat sehingga
dapat menguntungkan pada tahap kloning
Enzim restriksi mengenali urutan berupa palindrom
APLIKASI REKAYASA Enzim

Restriksi
Gambar 42.
Enzim
Restriksi
(Sumber:
http://www.b
bc.co.uk/stati
carchive/919
ad613beb8fe
3abca51b5f2
83fa81f4051
2166.gif)
APLIKASI REKAYASA - PCR
Metode yang digunakan untuk memperbanyak

DNA dalam waktu yang singkat
Melibatkan proses pemanasan pada suhu tinggi.
Suhu tersebut menyebabkan enzim tidak dapat
berfungsi sehingga akan digunakan enzim dari
organisme yang tahan hidup di suhu tinggi (ex:
Thermos aquaticus memiliki Taq Polimerase)
Selanjutnya proses replikasi dapat dilakukan dan
dihasilkan DNA dengan pola eksponensial
APLIKASI REKAYASA - PCR
Gambar 43. Mekanisme

PCR
(Sumber: -)
APLIKASI KESEHATAN Terapi Gen

Terapi gen pada penderita liver dapat dilakukan secara ex-vivo maupun in-vivo
In-Vivo
Ex-Vivo
Sel hati dari pasien yang telah mengalami
kerusakan dipindahkan lewat pembedahan dan
perawatan.
Sel-sel hati yang diubah secara genetis akan
ditransplantasi ke dalam tubuh pasien (sel-sel
yang digunakan juga berasal dari pasien)
Memasukan gen ke dalam jaringan dan

organ dalam tubuh tanpa melibatkan
pemindahan sel-sel tubuh
Vektor yang digunakan dalam pengiriman
gen adalah virus
Pengiriman gen hanya pada jaringan yang
diharapkan dan tidak pada jaringan lain
APLIKASI KESEHATAN Terapi Gen
Gambar 44. Jenis terapi

gen (Sumber: -)
APLIKASI KESEHATAN Kloning/

Insulin
Dilakukan dengan memanfaatkan plasmid dari E.Coli

Gen insulin dan plasmid bakteri akan dipotong menggunakan
enzim restriksi sehingga dihasilkan sticky ends.
Ketika bagian plasmid disatukan dengan gen insulin tersebut oleh
enzim DNA ligase, dihasilkanlah plasmid rekombinan (telah
mengalami perubahan genetis) lalu dimasukan ke dalam bakteri
kembali untuk mengalami pembiakan lebih lanjut pada medium
beserta ampicilin.
APLIKASI KESEHATAN Kloning/

Insulin
Gambar 45. Proses pembuatan insulin

pada sel bakteri E.Coli (Sumber:
http://site.motifolio.com/images/Thesequence-of-steps-to-engineer-the-Insulingene-into-E-coli-cells-1021158.png)
APLIKASI FORENSIK DNA

Fingerprinting-PCR
Beberapa bagian tubuh yg dapat digunakan
untuk mengambil sampel adalah epitel bibir,
akar rambut, darah, dan bagian dalam kuku
Tahapan pertama: Isolasi DNA dengan
phenolchloroform untuk barang bukti cairan
dan Chilex untuk barang bukti kuku dan
rambut
Dimasukkan ke dalam alat PCR untuk replikasi
dan ampifikasi segmen DNA
Dihasilkan DNA kopi dan DNA sampel, lalu DNA
kopi dikarakterisasi dengan eletroforesis untuk
meihat pola pita DNA
Gambar 46. Kecocokan DNA dengan PCR

(Sumber:http://geneed.nlm.nih.gov/image
s/dna_fingerprinting_sm.jpg)
APLIKASI FORENSIK - RFLP

Proses menghilangkan atau menciptakan
urutan rekognisi baru bagi enzim restriksi
Inersi maupun delesi pada daerah
rekognisi enzim restriksi menyebabkan
tidak dikenalnya lagi tempat pemotongan
dan menghasilkan pola pemotongan DNA
yang berbeda
Polimorfisme DNA terjadi akibat variasi
panjang fragmen DNA setelah dipotong
dengan enzim restriksi menjadi fragmen
Variable Nuber of Tandem Repeat (VNTR)
Gambar 47.
APLIKASI RNA
RT-PCR
RNAi
RT-PCR
Metode transkripsi terbalik di mana terbentuk

DNA dari RNA. Jenis DNA yang dihasilkan adalah
cDNA.
Digunakan enzim reverse transcriptases untuk
mensintesis cDNA. Di saat yang bersamaan,
cDNA dapat langsung digunakan sebagai
template untuk proses PCR
Gambar 48. Tahapan RT-PCR
(Sumber:
https://www.mun.ca/biology/scarr/M
GA2-08-04smc.jpg)
RNAi
RNA interference (RNAi) merupakan mekanisme peraturan endogen setelah

melewati tahapan transkripsi yang dimediasi oleh microRNA yang merupakan
non-coding RNA.
Dikarenakan microRNA bukan RNA yang akan berubah menjadi protein, maka
microRNA berperan dalam stimulasi gen untuk menghasilkan perubahan pada
ekspresi gen. Hal ini dapat dimanfaatkan untuk pembungkaman gen target
dengan mengenalkan alat-alat dasar dari asam nukleat yang didesain khusus
untuk memicu mekanisme dari RNAi tersebut, seperti siRNA, shRNA, miRNA
mimics, dan inhibitor
SINTESIS ASAM NUKLEAT
Sintesis Asam Nukleat
Meliputi :
Sisntesis DNA
Sisitensis RNA
Sisntesis basa nitrogen
Replikasi DNA : Model Replikasi DNA
Model Konservatif
Menurut hipotesis ini, rantai ganda DNA induk langsung
membentuk salinan berupa rantai ganda DNA baru tanpa ada
pemisahan rantai ganda DNA induk terlebih dahulu. Replikasi
pertama menghasilkan dua rantai ganda DNA, terdiri dari
satu rantai ganda DNA induk dan satu rantai ganda DNA yang
benar-benar baru. Pada replikasi kedua, masing-masing rantai
ganda DNA tersebut langsung membentuk salinan DNA yang
baru lagi. Akhirnya, menghasilkan empat buah DNA. Satu
DNA tetap merupakan DNA induk yang utuh dan tiga DNA
merupakan DNA baru.
Gambar 49. Hipotesis model replikasi

DNA : (a) Konservatif
Sumber : Campbell, Reece & Mitchell,
Biologi 1, hlmn. 305
Model Semi Konservatif
Hipotesis model semi konservatif ini dikemukakan oleh watson

dan crick, menyatakan bahwa rantai ganda DNA induk membuka
atau memisah terlebih dahulu sehingga terbentuk dua buah
rantai tunggal DNA. Masing-masing rantai tunggal tersebut
berfungsi sebagai cetakan untuk membentuk rantai tunggal DNA
baru, melalui pembentukan pasangan basa yang komplementer
dengan basa nitrogen DNA induk. Masing-masing DNA terdiri dari
satu rantai tunggal induk dan satu rantai tunggal yang baru.
Pada replikasi kedua, masing-masing rantai ganda DNA tersebut
membuka kembali sehingga dihasilkan empat buah DNA. Dua
buah DNA mengandung rantai tunggal induk dan dua buah DNA
yang lain merupakan rantai DNA baru.
Gambar 50.. Hipotesis model replikasi

DNA : (b) Semikonservatif
Model Dispersif
Rantai ganda DNA hasil replikasi pertama maupun replikasi ke

dua dari DNA induk mengandung segmen campuran antara
rantai DNA induk dan rantai DNA baru. Artinya, rantai ganda
DNA salinannya terdiri dari dua rantai tunggal DNA yang
masing-masing mengandung segmen (bagian atau potongan)
DNA induk dan segmen DNA baru.
Gambar 51. Hipotesis model replikasi
DNA : (c) Dispersif
Mekanisme Sintesis DNA secara

Umum
Replikasi DNA adalah proses penggandaan
rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi DNA
terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota
terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada
eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA
sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel,
sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan
tersebut
memanfaatkan
enzim
DNA
polimerase yang membantu pembentukan
ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun
polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula
dilakukan in vitro dalam proses yang disebut
reaksi berantai polimerase (PCR)
Gambar 52. Replikasi DNA Semikonservatif

Sumber : Encyclopedia, Britannica, Inc. 2008
Umum
Inisiasi
Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal
replikasi, yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh
protein yang disebut inisiator DNA. Sebuah enzim yang disebut
helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses
penguraian/seperti membuka resleting) heliks dalam alur
tunggal.
Gambar 53. Tahap Inisiasi

Sumber : Biologi Molecular, Yuwono.
2000
Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal

mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan
mencegah mereka untuk menempel kembali. Proses replikasi
sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan dalam dua
arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA

Umum
Sintesis primer
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang

ada sebagai template yang dibawa oleh enzim yang dikenal
sebagai DNA polimerase. Selain replikasi mereka juga memainkan
peran penting dalam perbaikan DNA dan rekombinasi. Namun,
DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3 gugus hidroksil untuk memulai
penambahan nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim
yang disebut DNA primase yang merupakan jenis DNA dependentrna polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek RNA ke untai
DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari
9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform
yang diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah
primer terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase dapat
memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
Gambar 54. Sintesis Primer

2000

Umum
Sintesisleading strand
DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru
hanya untuk ujung 3 dari untai yang ada, dan
karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5 3
saja. Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan,
dan karenanya sintesis DNA pada satu untai dapat
terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian
pengawal (leading strand). Di sini, DNA polimerase III
(DNA pol III) mengenali 3 OH ujung RNA primer, dan
menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat
garpu
replikasi
berlangsung,
nukleotida
baru
ditambahkan
secara
terus
menerus,
sehingga
menghasilkan untai baru
Gambar 55. Sintesis leading strand

Sumber : Biologi Molecular, Yuwono. 2000

Umum
Sintesis lagging strand (untai tertinggal)

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan
menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam
arah 5 3. Fragmen ini disebut fragmen okazaki, yang
kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus
menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging strand
(untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada untai ini hasil
pada tingkat yang lebih rendah. Di sini, primase menambahkan
primer di beberapa tempat sepanjang untai terbuka. DNA pol III
memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru,
dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya.
Dengan demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu
bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan
primer RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di
tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi
Gambar 56. Sintesis lagging Strand

2000

Umum
Penghapusan primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru terbentuk harus
digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA polimerase I (DNA pol I). Ini khusus
menghilangkan primer RNA melalui 5 3 aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan
mereka dengan deoksiribonukleotida baru dengan 5 3 aktivitas polimerase DNA
Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah antara fragmen
okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut dengan
menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 fosfat dan 3 gugus hidroksil fragmen yang
berdekatan

Umum
Gambar 57 & 58. Penghapusan primer dan ligase


Umum
Terminasi (pemutusan)
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus
yang terdiri dari urutan nukleotida yang unik.
Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus
yang disebut tus yang mengikat ke situs
tersebut, sehingga secara fisik menghalangi
jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein
tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal
protein pengikat terdekat
Gambar 59. Terminasi
Enzim Replikasi DNA
Berikut ini adalah enzim dan protein yang mengambil bagian dalam mekanisme replikasi DNA
:
DNA girase enzim DNA girase ini membuat potongan dalam struktur heliks ganda DNA
dan memisahkan masing-masing pihak.
Helikase enzim ini mengurai molekul dna untai ganda.
Strand tunggal binding protein ini adalah protein kecil yang mengikat sementara untuk
setiap sisi untai untuk menjaga mereka terpisah satu sama lain.
DNA polimerase kompleks enzim ini berjalan ke untai dna menambahkan basa nukleotida
ke setiap helai. Nukleotida ditambahkan untuk melengkapi nukleotida yang terdapat pada
untai yang ada.
DNA polimerase juga mengoreksi dna baru.
DNA ligase enzim dna ligase menutup fragmen menjadi untai yang kontinu.
DNA polimerase
Replikasi DNA PADA prokariotik
Proses replikasi DNA membutuhkan sejumlah besar

protein dan enzim yang memainkan peran penting
selama proses tersebut. Salah satu enzim yang
paling penting dalam proses ini adalah DNA
polimerase, yang menambah urutan nukleotida ke
rantai DNA yang berkembang. Pada prokariota, ada
urutan nukleotida spesifik yang dikenal sebagai
asal replikasi yang merupakan titik inisiasi dari
proses replikasi. E.Coli memiliki asal replikasi
tunggal yang kaya dengan urutan A T.
Gambar 60. Tahapan transkripsi DNA pada

prokariotik
Replikasi DNA PADA prokariotik

CONT.
Protein tertentu mengenali situs asal dan mengikat dengan itu. Enzim helikase
membuka DNA dengan memecah ikatan hidrogen. DNA membentuk struktur
berbentuk Y disebut garpu replikasi. Untai tunggal yang mengikat protein melapisi
untai DNA dekat garpu replikasi yang mencegah DNA tidak berliku kembali. Enzim
DNA polimerase menambahkan nukleotida hanya pada arah 5-3. Leading stand
yang melengkapi dari arah 3 ke 5 untai orangtua disintesis terus menerus menuju
garpu replikasi. Lagging strand yang melengkapi dalam arah 5 ke 3 untai orangtua
yang membutuhkan RNA primer untuk mensintesis nukleotida dalam fragmen
pendek yang dikenal sebagai fragmen okazaki. Enzim DNA polimerase I
menggantikan primer RNA dengan nukleotida DNA. DNA ligase menutup celah
antara fragmen okazaki yang bergabung dengan fragmen untuk membentuk
molekul DNA tunggal.
Replikasi DNA eukariotik
Replikasi DNA- Inisiasi
Dalam proses inisiasi ada urutan spesifik nukleotida disebut asal replikasi yang
merupakan situs untuk inisiasi replikasi. Protein tertentu mengikat ke situs asal, enzim
helikase membuka heliks DNA dan membentuk dua garpu replikasi. Eukariota memiliki
beberapa asal replikasi yang memungkinkan replikasi secara simultan di beberapa
tempat.
Replikasi DNA- Elongasi
Selama proses perpanjangan enzim yang disebut DNA polymerase menambahkan

nukleotida DNA pada ujung 3 template. Leading adalah untai yang disintesis dalam
arah 5 - 3. Lagging strand, nukleotida baru dalam bentuk nukleotida RNA
kemplementer yang baru ditambahkan. Nukleotida RNA kemudian diganti dengan
nukleotida DNA. Leading strand yang melengkapi ke untai DNA orangtua disintesis
terus menerus menuju garpu replikasi, karena DNA polimerase dapat mensintesis DNA
dalam arah 5 ke 3. Lagging strand disintesis dalam bentuk fragmen okazaki. Fragmen
ini memerlukan primer RNA untuk memulai sintesis.
Replikasi DNA- Terminasi
Selanjutnya dalam proses, primer RNA dihapus dan nukleotida RNA digantikan oleh
nukleotida DNA oleh polimerase DNA enzim. Celah antara fragmen ditutup oleh enzim
DNA ligase.
Perbedaan replikasi DNA pada prokariotik dan

eukariotik
No
Replikasi DNA prokariotik
Replikasi DNA eukariotik
Hal ini terjadi di dalam sitoplasma
Hal ini terjadi di dalam nukleus
Hanya ada satu asal replikasi per molekul DNA
Asal replikasi banyak

kromosom eukariotik
Asal replikasi terbentuk sekitar 100-200 atau lebih nukleotida
Setiap asal replikasi terbentuk dari sekitar 150 nukleotida
Replikasi DNA terjadi pada satu titik di setiap molekul DNA Replikasi DNA terjadi di beberapa titik secara bersamaan di
prokariotik
setiap kromosom.
Hanya dua cabang replikasi dibentuk di setiap kromosom Sejumlah cabang replikasi terbentuk secara bersamaan di
prokariotik replikasi, replikasi DNA adalah dua arah
setiap DNA replikasi.
kromosom prokariotik memiliki satu replikon
Molekul DNA eukariotik memiliki sejumlah besar replikon

(50.000 dan di atas), tetapi replikasi tidak terjadi secara
bersamaan pada semua replikon
Satu replikasi gelembung terbentuk selama replikasi DNA
Banyak gelembung replikasi terbentuk dalam satu molekul

DNA bereplikasi.
Inisiasi replikasi DNA di prokariota dilakukan oleh DnaA Inisiasi replikasi DNA dilakukan oleh protein multisubunit
protein dan DnaB
Enzim girase DNA diperlukan
Enzim girase DNA diperlukan
10
Okazaki fragmen besar, 1000-2000 nukleotida panjang.
Okazaki fragmen pendek, 100-200 nukleotida panjang.
11
Replikasi sangat cepat, ditambahkan sekitar 2000 nukleotida Replikasi lambat, ditambahkan sekitar 100 nukleotida per
per detik
detik
(lebih
dari
1000)
dalam
setiap
Transkripsi RNA
Transkripsi adalah sintesis RNA dibawah arahan DNA. Kedua asam nukleat menggunakan
bahasa yang sama, dan informasi hanya ditranskripsi, atau disalin, dari satu molekul
menjadi molekul lain. Selain menjadi cetakan untuk sintesis untai komplementer baru saat
replikasi DNA, untai DNA juga bisa berperan sebagai cetakan untuk merakit sekuens
nukleotida RNA komplementer.
Transkripsi menghasilkan 3 macam rna yaitu
1. mRNA,
2. tRNA,
3. rRNA.
Mekanisme Dasar Sintesis RNA
Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan, yaitu :

1.
Faktor-faktor yang mengendalikan transkripsi menempel pada bagian promoter (bagian

gen yang terdapat pada ujung 5
2.
Penempelan factor-faktor pengendali transkripsi menyebabkan terbentuknya kompleks

promoter yang terbuka (open promoter complex)
3.
RNA polymerase membaca cetakan (DNA template) dan mulai melakukan pengikatan
nukleotida yang komplementer dengan cetakannya
4.
Setelah terjadi proses pemanjangan untaian RNA hasil sintesis, selanjutnya diikuti
dengan proses pengakhiran (terminasi) transkripsi yang ditandai dengan pelepasan RNA
polymerase dari DNA yang ditranskripsi.
Mekanisme Dasar Sintesis RNA

CONT.
Secara umum, pola mekanisme transkripsi RNA antara prokariotik dan eukariotik serupa. Beberapa
karakteristik kimiawi sintesis pada prokariotik dan eukariotik dapat dijelaskan :
Prekursor untuk sintesis RNA adalah 4 macam ribonukleotida yaitu 5-trifosfat ATP, GTP, CTP, dan
UTP (pada RNA tidak ada thymine)
Reaksi polimerisasi RNA pada prinsipnya sama dengan polimerisasi DNA, yaitu dengan arah 5 3
Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh cetakannya, yaitu urutan DNA yang
ditranskripsi. Nukleotida RNA yang digabungkan adalah nukleotida yang komplementer dengan
cetaknnya. Sebagai contoh, jika urutan DNA yang ditanskripsi adalah ATG, maka urutan nukleotida
RNA yang digabungkan adalah UAC.
Molekul dna yang ditranskripsi adalah molekul untai ganda, tetapi yang berperan sebagai cetakan
hanya salah satu untaiannya.
Hasil transkripsi berupa molekul rna rantai tunggal.
Proses Transkripsi pada Prokariot

Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat
pada molekul DNA. Secara umum proses transkripsi pada prokaryot berjalan serupa
dengan transkripsi pada eukaryot, meskipun ada beberapa rincian proses yang berbeda
antara kedua system tersebut. Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi inisiasi
transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi), pemanjangan dan terminasi (tergantung
faktor rho dan tidak tergantung faktor rho).
Contoh skema sederhana untaian DNA pengkode, untaian DNA cetakan, dan RNA hasil
transkripsi
5-ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT -3 Untaian DNA pengkode
3-TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA -5 Untaian DNA cetakan
-Transkripsi5-AUG GUC CUU UAC UUG UCU GUA UUU -3 RNA hasil transkripsi

(CONT.)
Tahapan inisiasi
Tahapan ini meliputi 4 langkah : 1) pembentukan kompleks
promoter tertutup; 2) pembentukan kompleks terbuka; 3)
penggabungan beberapa nukleotida awal (10 nukleotida) dan 4)
perubahan konformasi RNA polimerase karena pelepasan
subunit sigma (). pada prokariot, RNA polimerase menempel
secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui
suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan
eukariot). Bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase
membentuk uatu struktur gelembung transkripsi. Setelah
struktur promoter terbuka secara stabil, selanjutnya RNA
polimerase melakukan proses inisiasi transkripsi dengan
menggunakan urutan DNA cetakan sebagai panduannya. Dalam
proses transkripsi, nukleotida RNA digabungkan sehingga
membentuk transkrip RNA.
Gambar 61 Tahapan proses transkripsi pada prokariot


(CONT.)
Proses pemanjangan transkrip
Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA

membentuk hibrid dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12
nukleotida. Hibrid RNA-DNA ini bersifat sementara sebab setelah RNA
polimerasenya berjalan, maka hibrid tersebut akan terlepas dan
bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA
polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan
proses pemanjangan (elogation) untaian RNA. Proses pemanjangan
transkrip dapat dihambat oleh antibiotic streptoligin. Kepekaan atau
ketahanan terhadap streptoligin juga ditentukan oleh subunit pada
RNA polimerase. Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida
ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul rna yang baru
terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambah tersebut bersifat
komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan.
Gambar 62. Proses elongasi pada

prokariot
2000
Proses Transkripsi pada Parokariot

(CONT.)
Dalam proses pemanjangan transkrip RNA, demikian juga pada proses inisiasi sintesis
RNA, terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu dengan
nukleotida berikutnya. Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut ditentukan oleh
keberadaan subunit pada RNA polimerase. Transkripsi akan berakir pada saat RNA
polimerase mencapai ujung gen yang disebut terminator. Pada bakteri E. Coli ada dua
macam terminator yaitu: (1) terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rhodependent terminator), dan (2) terminator yang tergantung pada protein rho(rhoindependent terminator).

(CONT.)
Pengakhiran Transkripsi yang Tidak Tidak Tergantung pada Faktor Rho
Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung pada rho dilakukan tanpa harus melibatkan
suatu protein khusus, melainkan ditentukan oleh adanya suatu urutan nukleotida tertentu
pada bagian terminator. Eksperimen yang dilakukan oleh peggy farnham dan terry platt
menunjukkan bahwa pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan factor rho mempunyai 2
ciri utama, yaitu,
(1)adanya rangkaian basa berulang-balik (inverted repeat) yang dapat membentuk
lengkungan, dan
(2)adanya rangkaian basa T pada untaian DNA bukan cetakan (nontemplate strand)
sehingga membentuk pasangan basa yang lemah antara ru-da yang menahan
transkrip RNA pada untaian DNA cetakan. Pada waktu lengkungan RNA terbentuk,
maka RNA polimerase berhenti dan ikatan basa yang lemah menyebabkan RNA yang
baru terbentuk akan lepas.

(CONT.)
Pengakhiran transkripsi yang tergantung pada
faktor rho
Mekanisme pengakhiran transkripsi semacam ini
memerlukan protein (rho). Pengakhiran transkripsi
yang memerlukan faktor rho hanya terjadi pada
daerah jeda yang terletak pada jarak tertentu dari
promoter. Dengan demikian jika ada daerah jeda
yang terletak di dekat promoter, maka daerah itu
tidak dapat berfungsi sebagai daerah pengakhiran
transkripsi. Terminator yang tergantung pada rho
terdiri atas suatu urutan berulang-balik yang dapat
membentuk lengkungan (loop), tetapi tidak ada
rangkaian basa T seperti pada daerah terminator
yang tidak melibatkan faktor rho. Selanjutnya, faktor
rho menyebabkan destabilitasasi ikatan RNA-DNA
sehingga transkrip RNA terlepas dari DNA cetakan
Gambar 63. Protein Rho

TRANSLASI
Translasi adalah proses sintesis polipeptida spesifik berdasarkan sandi genetika pada mrna.
Proses ini adalah bagian kedua dari tahapan biosintesis protein setelah proses transkripsi.
Translasi melibatkan ribosom sebagai tempat penggabungan asam amino menjadi
polipeptida dan trna sebagai pembawa asam amino ke ribosom dan penerjemah sandi
genetika rna.
Translasi sangat berhubungan dengan transkripsi karena kedua tahap tersebut merupakan
tahap dalam sintesis protein dalam sel.
Pada prokariot tidak terdapat membrane inti sehingga tidak ada yang memisahkan
transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada eukariot) sehingga translasi dapat
segera dilakukan.
Tahapan translasi umumnya mirip dengan transkripsi, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
TRANSLASI
Gambar 64 Proses transkripsi

dan translasi pada prokariot dan
eukariot
Sumber : Biologi Molecular,
Yuwono. 2000
Mekanisme transkripsi pada

eukariotik
Mekanisme transkripsi pada eukariotik
Transkripsi gen kelas I

Transkripsi gen kelas I dilakukan oleh RNA polimerase I. Proses transkripsi gen kelas I juga
dimulai dengan pembentukan kompleks pra inisiasi yang dilakukan oleh RNA polimerase I
dan dua faktor transkripsi yaitu SL1 dan UBF (upstream binding factor). SL1 merupakan
faktor transkripsi yang mempunyai spesifisitas untuk suatu species, artinya dapat
membedakan antara promotor gen pada manusia dan promotor gen pada hewan. Faktor
SL1 diketahui berperan dalam penyusunan kompleks pra inisiasi RNA polimerase 1.
Transkripsi gen kelas I dimulai dari daerah promotor antara dan berakhir pada sisi sebelah
hulu promotor utama. Selain faktor SL1 inisiasi transkripsi gen kelas I juga memerlukan
faktor transkripsi UBF.

eukariotik
Selain UBF, terdapat faktor lain yang esensial untuk transkripsi RNA pol I. Faktor ini
adalah faktor selektivitas atau selectivity factor (SL1), yang akan berikatan dengan
kompleks UBF-DNA dan kemudian menstabilkannya. SL1 berinteraksi dengan bagian
hilir elemen inti yang bebas. Pengikatan kompleks UBF-DNA oleh SL1 memungkinkan
RNA pol I untuk memasuki kompleks tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi.
Mekanisme transkripsi pada eukariotik (Cont.)
Terdapat3 produk hasil transkripsi pada eukariot antara lain :

1. RNA polimerase I (RNA pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rrna. Enzim ini
terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap -amanitin.
2. RNA polimerase II (RNA pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan
beberapa gen RNA nuklear kecil (snrna). Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan
sangat sensitif terhadap -amanitin.
3. RNA polimerase III (RNA pol III) mentranskripsi gen-gen trna, 5S rrna, U6 snrna dan
beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan agak sensitif
terhadap -amanitin.

eukariotik
RNA Polymerase I
Gambar 65. . RNA Polymerase I
Sumber : Biokimia, Harper, H. A. 1977
RNA Polymerase I, II, dan III

Gambar 66 . RNA Polymerase I, II, dan III
Transkripsi gen kelas II

Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polimerase II
yang dibantu oleh beberapa faktor transkripsi umum.
Penyusunan kompleks faktor transkripsi umum dan RNA
polimerase II pada daerah promotor membentuk kompleks
pra inisiasi yang akan segera mengawali transkripsi jika
ada nukleotida. Ikatan semacam ini membuat daerah
promotor menjadi terbuka sehingga RNA polimerase II
dapat membaca urutan DNA pada cetakan. Faktor
transkripsi umum yang berperan dalam mengarahkan RNA
polimerase II kepromotor adalah TFIIA, TFIIB, TFIID,TFIIE,
TFIIF, TFIIH dan TFIIJ. Faktor-faktor transkripsi tersebut
akan menempel ke daerah promotor secara beratahap
sebelum akhirnya terbentuk kompleks pra inisiasi
Gambar 67. Transkripsi gen kelas II
Transkripsi gen kelas III
Transkripsi gen kelas III (gen trna dan 5S rrna)

dilakukan oleh RNA polimerase III dibantu oleh
sekelompok protein yang dikenal sebagai faktor
transkripsi TFIII yang meliputi; TFIIIA, TFIIIB, dan TFIIIC
serta protein TBP. Secara invitro kompleks ikatan
TFIIIA, TFIIIB, TFIIIC, dan RNA polimerase III tersebut
dapat mendukung proses transkripsi sampai kurang
lebih 40 kali. Selama rangkaian proses tersebut, RNA
polimerase III akan berdisosiasi dan berasosiasi
kembali ke dalam kompleks protein setiap kali terjadi
proses transkripsi. Sejauh ini diketahui bahwa
terminasi transkripsi gen kelas III terjadi pada suatu
daerah tertentu dan tidak melibatkan protein khusus
Gambar 68. Transkripsi gen kelas III

Pemrosesan pasca transkripsi

Pada prokariot proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak,
artinya bahwa sebelum transkripsi selesai dilakukan translasi sudah dapat dimulai. Hal
ini dapat terjadi karena pada prokariot tidak ada hambatan struktural sel karena semua
komponen transkripsi dan translasi terletak pada ruangan sitoplasma yang sama.
Sebaliknya pada eukariot transkripsi berlangsung di dalam nucleus sedangkan translasi
berlangsung di dalam sitoplasma dengan demikian translasi baru dapat dijalankan jika
proses transkripsi sudah selesai dilakukan. Jeda waktu semacam ini disebut fase pasca
transkripsi. Pada fase ini terjadi beberapa proses yang unik pada eukariot antara lain (1)
pemotongan dan penyambungan RNA (RNA spilicing), (2) poliadenilasi (penambahan
gugus poli-a pada ujung 3 mrna), (3) penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mrna.
Pemotongan dan penyambungan RNA (splicing)

Mekanisme splicing membutuhkan sekuens nukleotida
yang spesifik pada daerah dua ujung intron, yakni pada
ujung 5 terdapat sekuens 5GU3 dan pada ujung 3
terdapat sekuens 5AG3. Ujung sisi 3 bertujuan untuk
mengenali daerah downstream splicing, sementara
ujung sisi 5 bertujuan untuk mengenali daerah
upstream splicing. Pola sekuens spesifik pada b-globin
manusia yang mana garis warna hijau menunjukkan
daerah intron dengan ciri khas adanya sekuens GT (GU)
pada ujung 5 dan adanya sekuens AG pada ujung 3.
Sementara warna merah adalah daerah ekson yang
mana ekson 1 adalah leader sequence; ekson 2 adalah
coding area; dan ekson 3 adalah untranslated sequence.
Gambar 69. Proses Splicing RNA

Sumber : Molecular Biology of the Cell, Alberts B, Johnson.
2002
Poliadenilase
Transkip mrna pada eukariot juga mengalami pemrosesan dalam bentuk
penambahan polia (rantai AMP) pada ujung 3 sepanjang kurang lebih
200-250 nukleotida. Penambahan polia tersebut ditambahkan pascatranskripsi karena tidak ada bagian gen yang mengkode rangkaian A
atau T semacam ini. Penambahan tersebut dilakukan dengan
menggunakan aktivitas enzim poli (A) polimerase yang ada di dalam
nucleus.Sebagian mrna mengandung polia, kecuali mrna histon.
Penambahan poli a pada ujung 3 meningkatkan stabilitas mrna sehingga
mrna mempunyai umur yang lebih panjang dibandingkan dengan mrna
yang tidak mempunyai polia. Selain itu juga ada bukti yang menunjukan
bahwa keberadaan polia meningkatkan efisiensi translasi mrna semacam
itu. Diketahui ada suatu protein, yaitu poly (a)-binding protein I, yang
menempel pada polia sehingga meningkatkan efisiensi translasi.
Gambar 70. Poliadenilase
Sumber : Biokimia, Harper, H. A.
1977
Penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mrna

Tudung mrna tersebut berupa molekul 7-metilguanosin (m 7g). Tudung mrna tersebut disintesis
dalam beberapa tahapan. Pertama, enzim RNA trifosfatase memotong gugus fosfat pada ujung
pre mrna, kemudian enzim guanili transferase memotong gugus fosfat pada ujung pre mRNA.
Kemudian enzim guanili transferase menambahkan GMP (guanosin fosfat).Selanjutnya, enzim
metil transferase melakukan metilasi tudung guanosin pada N 7 dan gugus 2-O metil pada
nukleotida ujung tudung tersebut. Proses penambahan tudung tersebut berlangsung pada
tahapan awal transkripsi sebelum transkrip mencapai panjang 30 nukleotida. Tudung mrna
mempunyai empat macam fungsi, yaitu: (1) melindungi mRNA dari degradasi. (2) meningkatkan
efisiensi translasi mrna, (3) meningkatkan pengangkutan mrna dan nucleus ke sitoplasma dan
(4) meningkatkan efisiensi proses spilicing mrna. Tudung m 7g berikatan dengan mrna melalui
ikatan trifosfat. Tudung tersebut juga meningkatkan efisiensi translasi karena ribosom dapat
mengakses mrna melalui suatu protein yang menempel pada tudung. Dengan demikian, jika
tidak ada tudung, maka protein yang melekat pada tudung tidak akan menempel. Hal itu
akhirnya akan mengurangi kemungkinan ribosom untuk menempel dan melakukan translasi.
Penyuntingan RNA
Selain fenomena trans-splicing, pada tripanosoma juga terdapat mekanisme pasca

transkripsi lain yang aneh yang disebut sebagai penyuntingan RNA (RNA editing). Pada
perkembangan selanjutnya diketahi bahwa sekuen mrna sitokrom oksidase II (COII) pada
tripanosoma ternyata tidak sesuai dengan sekuens gen yang mengkodenya. Sekuens
mrna COII diketahui mengandung 4 nukleotida yang tidak terdapat pada gen COII yang
ada di dalam kinetoplast (semacam mitokondria yang mengandung dua dna lingkar yang
terikat bersama menjadi struktur catanane). Ketiadaan keempat nukleotida tersebut
pada gen COII nampaknya dapat menyebabkan terjadinya mutasi pergeseran pola baca
(frame hift) yang dapat menyebabkan gen menjadi tidak aktif. Meskipun demikian, mrna
yang dihasilkan ternyata mengandung empat nukleotida tersebut sehingga tidak terjadi
pergeseran pola baca. Rob banne berkesimpulan bahwa mrna tripanosoma tersebut
dikopi dari suatu gen yang tidak lengkap, disebut sebagai cryptogene, kemudian
disunting lagi dengan menambahkan empat nukleotida yang kesemuanya adalah urdine.
BIOSINTESIS PURIN
Sintesis purin diawali oleh reaksi pembentukan molekul prpp (5phospho ribosil pyro phosphate) yang berasal dari ribosa-5p yang
mengkaitkan atp dan ion mg+ sebagai aktivator. Selanjutnya
pembentukan senyawa 5-phosphoribosilamin dari hasil reaksi
PRPP dengan glutamin. Reaksi ini menghasilkan pula asam amino
glutamat + ppi. Kemudian, terjadi pembentukan senyawa GAR
(glycin amid ribosil-5p) dari hasil reaksi ribosilamin-5p dengan
glisin yang mengaktipkan ATP dan mg+ sebagai aktivator dan
yang dikatalisis oleh enzim GAR syn-thetase. Senyawa 5-amino4- amidazole- karboksamid- ribosil- 5P, melakukan reaksi formilasi
yang dikatalisis oleh enzim transformilase dengan koenzim FH4
(tetrahidrofolat) dan senyawa donor gugus formil, maka
terbentukny senyawa 5- formamido- 4- imidazole karboksamideribosil-5p. Akhirnya terjadilah reaksi penutupan cincin yang ke-2
kalinya terbentuklah derivat purin yang pertama berupa IMP
(inosin monophosphate= inosinic acid) yaitu derivat hiposantin
atau 6- oksipurin. Sedangkan AMP dan GMP diturunkan dari IMP.
Biosintesis Purin
Gambar 71. Katabolisme purin
BIOSINTESIS Pirimidin
Biosintesis pirimidin diawali oleh reaksi pembentukan
karbamoil-p yang dihasilkan dari reaksi antara
glutamin, atp dan co2 yang dikatalisis oleh enzim
karbamoil-p sintetase yang berlangsung didalam
sitosol. Berbeda dengan enzim karbamoil-p sinthase
yang bekerjapada reaksi pembentukan urea, dimana
reaksi nya berlangsung bukan didalam sitosol
melainkan didalam mitokondria. Selanjutnya terjadi
reaksi penambahan gugus ribosa-p pada asam orotat.
Reaksi ini dikatalisis oleh enzim orotat fosforibosil
transferase dan dihasilkan orotidilat OMP (orotidin mono
posphate). Akhirnya enzim orotidilat dikarboksilase
mengkatalisis reaksi dikarboksilasi orotidilat dan
menghasilkan uridilat (uridin mono phosphate) yaitu
produk nukleotida pertama pada biosintesis pirimidin.
Biosintesis
Pirimidin
Gambar 72. Katabolisme pirimidin
Deteksi Asam Nukleat
Deteksi Asam Nukleat
Metode dalam mendeteksi asam nukleat terdapat dua analisis, yaitu :

1.
2.
Analisis Kuantitatif
Analisis Kualitatif
Metode Analisis Asam Nukleat
1. Analisis Kuantitatif
Analisis kuantitatif pada asam nukleat merupakan suatu analisis yang didasarkan pada
perolehan data yang bersifat statistik dan angka (lebih bersifat numeris).
Analisis ini dapat berupa data jumlah DNA atau yang berhubungan dengan angka dan
juga numeri.
Analisis kuantitatif dari pengujian asam nukleat dapat dibagi menjadi beberapa
metode yaitu Spektroskopi, Microarray, PCR, SAGE, dan Sentrifugasi.
Spektroskopi UV-VIS
Spektroskopi UV-VIS
Spektroskopi adalah ilmu yang

mempelajari interaksi antara gelombang
elektromagnetik dengan benda (Harmita,
2006). Metode spektroskopi berdasarkan
pada penyerapan selektif dari radiasi
elektromagnetik molekul organik
(Williams & Fleming, 2002).
Gambar 73. Instrumen Spektroskopi UV-VIS
(Sumber : jco.ascopubs.org)
Menentukkan Kemurnian DNA
Kemurnian =
260/280
Rentang kemurnian DNA 1.8 2.0
Kemurnian DNA <1.8 maka isolasi DNA belum murni
Kemurnian DNA >2.0 maka nilai ddH2O yang diambil lebih banyak dari DNA
Mengukur Konsentrasi DNA dan

RNA
[DNA] = 260 x 50 x faktor pengenceran
260 = Nilai absorbansi pada 260 nm

50 = larutan dengan nilai absorbansi 1.0 sebanding dengan 50 ug untai ganda DNA per ml
(dsDNA)
[RNA] = 260 x 40 x faktor

pengenceran
40 = 40ug/ml untai tunggal RNA (ssRNA)
Spektroskopi UV-VIS
Prinsip kerja spektrofotometer berdasarkan hukum

Lambert Beer, yaitu bila cahaya monokromatik (Io)
melalui suatu media (larutan), maka sebagian
cahaya tersebut diserap (Ia), sebagian dipantulkan
(Ir), dan sebagian lagi dipancarkan (It).
Dalam menganalisis asam nukleat, spektroskopi
yang umumnya digunakan adalah spektroskopi
raman.
Spektroskopi
raman
dimanfaatkan
untuk
menganalisis DNA probe yang hendak digunakan
dalam proses hibridisasi.
Gambar 74. Instrumen

Spektroskopi UV-VIS (Sumber :
jco.ascopubs.org)
Microarray
Microarray
Microarray merupakan salah satu metode analisis
yang bersifat kuantitatif dengan tujuan untuk
mengidentifikasi DNA dari sebuah sampel.
Micoarray merupakan chip yang berukuran kecil
yang terbuat dari lempengan kaca yang berisi
ribuan bahkan puluhan ribu macam gen dalam
bentuk fragmen DNA yang berasal dari
penggandaan cDNA.
Eksperimen cDNA microarray memperlihatkan
ekspresi gen pada beberapa ribuan gen yang
mengukur secara simultan.
Gambar 75. Instrumen

Microarray (Sumber :
jco.ascopubs.org)
Microarray
Gambar 76. Prinsip Kerja Microarray

(Sumber : nanohub.org)
Microarray
Prinsip kerja dari microarray adalah mengukur jumlah hibridisasi mRNA pada cDNA
dalam chip.
Pada umumnya analisis dengan menggunakan microarray menggunakan dua sampel
yang berbeda.
Kedua sampel tersebut diisolasi mRNA-nya dan kemudian diletakkan dalam chip
microarray.
Chip tersebut diberi penanda radioaktif untuk menghasilkan warna fluorosens setelah
dilakukan scanner yang terhubung dengan komputer.
Kemudian komputer akan menganalisis kedua sampel tersebut berdasarkan pola
warna yang ada.
Alat dan Bahan
Gambar 77. Alat dan Bahan DNA Microarray

Sumber : bioscience.org
125
Microarray
Penggunaan microarray dalam biologi antara lain adalah :

1) Genomics; dapat digunakan untuk ekspresi gen, siRNA creens, dan CGH
(comparative genomic hybrization),
2) Proteomic; peptide array dan ELISAs.
Penggunaan microarray dalam bidang biomedical.
Pemanfaatan metode ini umumnya digunakan untuk menganalisis DNA dari sel-sel
orang yang berpenyakit seperti sel tumor, gen yang termutasi, aktifitas gen pada
sebuah sel atau jaringan tertentu, bahkan dapat menentukan ekspresi gen atau
profil gen dari sampel yang berbeda-beda.
PCR (polymerase Chain

Reaction)
PCR (polymerase Chain Reaction)

PCR atau polymerase chain reaction merupakan suatu amplifikasi
DNA enzimatik yang sangat sensitif dan spesifik terhadap suatu
organisme tertentu berdasarkan target gen primer yang dimiliki
dan juga merupakan salah satu metode analisis yang bersifat
kuantitatif dengan tujuan untuk memperbanyak rantai DNA secara
eksponensial. Dengan kata lain, analisis PCR juga berfungsi
sebagai kloning DNA.
Rumus untuk menghitung jumlah DNA yang dihasilkan : 2n
PCR (polymerase Chain Reaction)
Gambar 78. Polymerase Chain Reaction

(Sumber : bioscience.org)
ANALISIS PCR (POLYMERASE CHAIN

REACTION)
Bahan yang Dibutuhkan
131
Menghitung Jumlah Salinan DNA

Y = (2n 2n)
X
Y : jumlah amplicon
n : jumlah siklus
X : jumlah molekul DNA templat semula
132
Serial Analysis of Gene

Expression (SAGE)
Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)
SAGE atau yang disebut dengan Serial Analysis of Gene Expression merupakan
salah satu metode analisis yang bersifat kuantitatif untuk mengekspresikan
kode genetik dari mRNA secara digital. Dalam metode ini, ditujukan untuk
mengamati bagaimana gen dari sebuah sel atau jaringan diekspresikan dalam
bentuk kode-kode genetik. Kode-kode genetik yang tercatat kemudian akan
disimpan dalam bentuk database secara digital untuk dapat dianalisis.
Gambar 79. Prinsip Kerja SAGE

(Sumber : Scielo.br)

Prinsip dasar dari metode SAGE ini adalah sequencing dimana beberapa mRNA dari
sampel uji akan diubah menjadi sebuah rantai DNA.
Ekspresi dari gen akan diuji satu dengan yang lainnya (misalkan ekspresi DNA dari sel
yang normal dengan sel tumor).
Metode SAGE diawali dengan cara mengekstrak mRNA dari sampel. Kemudian, mRNA
yang sudah terekstraksi akan dipotong-potong menjadi potongan kecil secara acak
menggunakan enzim restriksi.
Potongan-potongan pendek tersebut dirangkai menjadi satu rantai panjang yang
mengandung basa nukleat yang sudah diberi tanda.
Rantai panjang yang dihasilkan kemudian diubah menjadi bentuk vektor agar dapat
dibaca oleh komputer. Melakukan sequencing dan memproses datanya dengan
komputer. Data yang dihasilkan akan berisikan rantai-rantai DNA yang mempunyai
variasi yang beragam.
Sentrifugasi
Sentrifugasi
Sentrifugasi merupakan salah satu metode dasar yang Sangat

penting dalam studi biologi sel maupun molekular. Sentrifugasi
tidak hanya berguna untuk memisahkan sel atau organel
subselular, melainkan juga digunakan untuk pemisahan
molekular. Teknik sentrifugasi pada pengisolasian DNA berfungsi
untuk memisahkan DNA dari zat lain dalam sel berdasarkan
berat molekulnya.
Sentrifugasi
Gambar 80. Alat Sentrifugasi DNA

Sumber : chemicalblog.com
Sentrifugasi
Prinsip-prinsip dari sentrifugasi adalah dengan memisahkan molekul

berdasarkan ukuran dan berat molekul.
Sampel yang disentrifugasi dengan kecepatan tinggi dan gaya
sentrifugal menyebabkan komponen yang lebih besar dan lebih berat
akan terendap di dasar tabung yang biasa disebut dengan pellet,
sedangkan molekul yang ukuran dan beratnya lebih kecil akan berada
pada lapisan yang atas yang biasa disebut dengan supernatan.
Prinsip presipitasi adalah pengendapan DNA agar terpisah dari zat
lain yang terdapat dalam sel
2. Analisis Kualitatif
Analisis kualitatif yang adapat dihasilkan dari asam

nukleat ditujukan untuk mengetahui susunan genetik
dari suatu DNA atau RNA.
Dalam analisis kualitatif, hal yang diuji meliputi
bagaimana karakteristik yang dihasilkan dari sampel
uji (DNA maupun RNA).
Analisis kualitatif asam nukleat meliputi elektroforesis,
blotting, hibridisasi in situ, dan sequencing DNA.
Elektroforesis
Elektroforesis
Elektroforesis adalah suatu teknik

pemisahan komponen atau molekul
bermuatan berdasarkan perbedaan
tingkat migrasinya dalam sebuah
medan listrik. Elektroforesis dapat
dibagi menjadi dua yaitu Agarose
Gel
Elektroforesis
dan
Elektroforesis Kapiler.
Gambar 81. Elektroforesis

Elektroforesis
Elektroforesis
Agarose Gel Elektroforesis
Agarose gel digunakan untuk menganalisis molekul DNA.

Agarose merupakan suatu bentuk polisakarida yang diekstrak
dari alga merah ataupun rumput laut. Agarose memiliki
kemurnian jika dibandingkan dengan agar walaupun memiliki
kesamaan sumber. Molekul agarose bersifat panjang
membentuk polimer linear dari
disaccharide (1 3)-Dgalactopyranose-(1 4)-3,6-anhydro--L-galactopyranose
Gambar 82. Sel Elektroforesis

Prinsip kerja dasar dari penggunaan elektroforesis gel agarose adalah pemisahan
molekul berdasarkan ukuran dan visualisasi nyala molekul.
Pemisahan molekul berdasarkan ukuran dari molekul ini dibantu dengan peralatan
elektroforesis, karena molekul asam nukleat yang bermuatan negatif bergerak
menuju kutub positif (anoda).
Molekul asam nukleat bermuatan.
Molekul DNA yang bergerak dipengaruhi oleh beberapa faktor, yaitu jumlah
pasangan basa ataupun panjang untainya.
Meningkatnya konsentrasi gel agarose yang digunakan maka laju molekul DNA
akan semakin lambat serta penggunaan buffer.
Gambar 83. Agorose Gel

Prosedur yang digunakan dalam elektroforesis gel agarose yaitu, persiapan gel
agarose.
Bubuk elektroforesis agarose dicampurkan dengan larutan buffer untuk elektroforesis
(TAE atau TBE).
Lalu campuran dipanaskan dengan microwave hingga tercampur sempurna.
Campuran kemudian didinginkan hingga mencapai suhu 60oC dan dituangkan kedalam
wadah agar mengental. Setelah mengental, sikat pembatas lalu dilepaskan, sampel
DNA diinjeksikan ke dalam gel dan peralatan elektroforesis dinyalakan.
Elektroforesis
Elektroforesis Kapiler
Elektroforesis kapiler adalah metode cepat analisis dan
pemisahan biopolymer, termasuk didalamnya DNA. Metode ini
menggunakan celah sempit denga kapiler-kapiler silica
didalamnya dengan internal diameter kurang dari 100 ml.
Elektroforesis kapiler menghasilkan tingkat efisiensi pemisahan
yang tinggi dan selektivitas yang baik. Metode ini memiliki
sensitivitas yang baik dan memiliki kelebihan yaitu injeksi yang
dapat dilakukan berkali-kali pada suatu kolom.
Gambar 84. Elektroforesis Kapiler

SDS-PAGE (Sodium Dodecyl

Sulfate- Polyacrylamide Gel
Electrophoresis)
SDS-PAGE (Sodium Dodecyl SulfatePolyacrylamide Gel Electrophoresis)
Metode SDS-PAGE adalah gabungan dari dua bentuk kerja senyawa,

yaitu SDS dan PAGE. Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE)
adalah salah satu teknik analisis yang banyak digunakan untuk
memisahkan dan karakterisasi suatu makromolekul salah satunya
asam nukelat. Sedangkan Sodium dodecyl sulfate (SDS) adalah
suatu amfifatik detergen(surfaktan).
Gambar 85. Mekanisme SDS- PAGE

Sumber : lookfordiagnosis.org
SDS memiliki bagian kepala yang bersifat anionic dan ekor yang lipofilik. Jika
bertemu dengan asama nukleat maka SDS akan membentuk ikatan non-kovalen
dengan protein atau asam nukleat. SDS menyebabkan denaturasi dan disosiasi
satu sama lainnya terhadapt makromolekul yang dianalisis. Selain itu, metode ini
memberikan muatan negative dalam molekul, sehingga sifat elektroforetik ini
dimanfaatkan untuk memisahkan atau menganalisi keberadaan suatu
makromolekul pada sampel.
SDS-PAGE memiliki 3 komponen sistem, yaitu stacking dan running gels, yang
memiliki perbedaan pada besar ukuran pori-pori pada gel, kekuatan ionic dan PH
serta komponen.
Hibridisasi In Situ
Hibridisasi In Situ
Hibridisasi in situ merupakan salah satu metode analisis kualitatif yang paling
umum digunakan dalam pendeteksian asam nukleat (DNA maupun RNA).
Berdasarkan definisi, hibridisasi in situ merupakan proses penggabungan rantai
asam nukleat yang berasal dari sumber yang berbeda (hibridisasi) dan di
laksanakan dalam wadah tertentu (in situ).
Hibridisasi In Situ
Gambar 86. Prosedur Hibridisasi

DNA
Hibridisasi In Situ
Hibridisasi dapat diklasifikasikan lagi berdasarkan metode pembuatan
probe. Hal yang menjadi dasar pengklasifikasiannya merupakan
penandaan dari probe. Hibridisasi yang paling umum digunakan adalah
Fluoresence in situ Hybridization (FISH). Hal ini disebabkan karena
pelaksanaannya bersifat relatif lebih aman karena tidak menggunakan zat
yang bersifat radioaktif.
Pada metode ini, ditujukan untuk mengamati nukleotida-nukleotida yang
terdapat dalam DNA sampel. Selain itu, ada juga hibridisasi tipe lain yaitu
Genomic in situ Hybridization (GISH). Pada metode ini, ditujukan untuk
membandingkan 2 DNA yang berasal dari sumber yang berbeda.
Kegunaan
162
Fluorescent In Situ
Hybridization (FISH)
Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)
Metode ini menggunakan probe

yang mengandung komponen berfloresen. Komponen ini dapat
berpendar jika dikenakan sinar UV,
sehingga lokasi gen yang dicari
dapat diketahui.
Probe yang digunakan hanya berupa
potongan asam nukleat pendek
untuk jenis gen tertentu saja.
Gambar 87 . Fluorescent In Situ

Hybridization (FISH)Sumber : blog.ub.ac.id
164
Gambar 88 .
Fluorescent In Situ
Hybridization
(FISH)Sumber :
blog.ub.ac.id
165
Genomic In Situ Hybridization

(GISH)
Genomic In Situ Hybridization (GISH)
Prinsip dasarnya hampir sama dengan

FISH, hanya saja komponen yang
menjadi probe adalah keseluruhan
genom DNA dari suatu spesies.
Metode ini digunakan untuk
memeriksa penyebaran genomic DNA
interspesies dan organisasi
sekuensnya
Gambar 89 . Fluorescent In Situ
Hybridization (FISH)Sumber : 167
blog.ub.ac.id
Blotting
Blotting
Blotting merupakan metode untuk memindahkan asam nukleat dari gel menuju
carrier (membran). Metode blotting dilakukan setelah proses elektroforesis gel sudah
dilewati. Blotting ditujukan agar analisis DNA dapat dilakukan pada media lebih stabil
yang menyerupai membran seperti nylon atau nitroselulosa. Pada metode blotting
diklasifikasikan lagi menjadi 3 berdasarkan jenis asam nukleat yaitu :
Southern Blotting (DNA)
Northern Blotting (RNA)
Western Blotting (protein)
Blotting
Southern Blotting
Southern Blotting
Southern blots digunakan penemuan gen dan pemetaan, evolusi

dan studi pengembangan, forensik dan diagnostik. Southern blot
juga digunakan sebagai test untuk memastikan bahwa bagian
DNA tertentu mengenal urutan gen.
Southern blot analysis untuk menandai karakter transforman.
Southern blot analysis bermanfaat untuk mengidentifikasi
bentuk berbeda, menentukan memasukkan atau menyisipkan
jumlah copy dan untuk mendeteksi gross DNA penyusunan
kembali yang mungkin telah terjadi perubahan.
Southern Blotting
Gambar 90. Metode Southern Blotting

Sumber : lookfordiagnosis.com
Southern Blotting
Metode ini mengkombinasikan elektroforesis gel agarosa untuk

memisahkan DNA berdasarkan ukurannya dan kemudian ditransfer ke
membran filter untuk selanjutnya dilakukan hibridisasi dengan probe.
DNA dipisahkan terlebih dahulu dengan elektroforesis. Probe yang
dilabel akan terhibridisasi pada pita-pita DNA.
Southern blot mendeteksi ssDNA dengan menggunakan DNA sebagai
pelacak.
Blotting

Northern blotting digunakan untuk mempelajari pola ekspresi dari jenis
tertentu molekul RNA sebagai perbandingan relatif antara set sampel
yang berbeda dari RNA. Ini pada dasarnya adalah kombinasi dari
denaturasi RNA elektroforesis gel, dan sebuah noda.
Dalam proses ini RNA dipisahkan berdasarkan ukuran dan kemudian
ditransfer ke membran yang kemudian diperiksa dengan pelengkap
berlabel urutan kepentingan.
Prosedur ini umumnya digunakan untuk mempelajari kapan dan
berapa banyak ekspresi gen yang terjadi dengan mengukur berapa
banyak bahwa RNA hadir dalam sampel yang berbeda. Ini adalah salah
satu alat yang paling dasar untuk menentukan pada waktu apa, dan
dalam kondisi apa, gen-gen tertentu yang dinyatakan dalam jaringan
hidup.
Blotting
Westhern Blotting (Protein)

Western Blot(WB) merupakan suatu teknik untuk menandai
suatu protein pada membran nitroselulosa, nilon, atau
membran transfer lain setelah protein tersebut terpisahkan
melalui elektroforesis. Protein tersebut kemudian dapat
dideteksi melalui metode autoradiografi, pelabelan dengan
senyawa-senyawa fluoresen, pelabelan dengan125I, pelabelan
dengan antibodi terikat protein, lektin atau gen pengikat
spesifik lainnya (Attwoodet al., 2006).
Gambar 91. Tahap awal Western Blotting

Sumber : (bioscience.org)

Pada tahap pertama, protein yang diinginkan dipisahkan dari sampel secara
elektroforesis.
Tahap kedua dalam WB yaitu pemindahan protein dari gel poliakrilamid menuju
gel transfer. Tahap pemindahan tersebut menggunakan arus listrik sebagai
faktor pendorong transfer protein.
Tahap ketiga merupakan deteksi protein yang telah dipindahkan ke membran
transfer.
Deteksi protein tersebut memanfaatkan interaksi antara antigen dan antibodi
yang bersifat spesifik.
Berdasarkan penggunaan antibodi primer dan antibodi sekunder, ada dua
metode deteksi, yaitu: metode langsung dan metode tidak langsung.
Sequencing DNA
Sequencing DNA
Sequencing asam nukleat menentukan susunan basa nukleotida
dalam potongan DNA atau RNA. Sequencing telah diaplikasikan
dalam diagnosa molekular, rekayasa genetika, forensik, dan
biologi sistem. DNA sequencing digunakan untuk menentukan
urutan genom yang sangat menguntungkan penelitian medis
dan farmasi.
Analisis DNA sequencing dapat menggunakan metode Sanger,
yaitu pemutusan rantai, atau metode Maxam-Gilbert, yaitu
pembelahan secara kimiawi.
Sequencing DNA
METODE MAXAM-GILBERT
Molekul DNA terlebih dahulu dipotongpotong secara parsial menggunakan
piperidin.
Dimetilsulfat (DMS) akan memetilasi basa
G, asam format menyerang A dan G,
hidrazin akan menghidrolisis C dan T,
tetapi garam yang tinggi hanya bekerja
pada C.
Untuk mengetahui hasil dari pengurutan
DNA, dilakukan elektroforesis gel dimana
laju migrasi pita menggambarkan ukuran
fragmen.
Gambar 92. Metode

Maxam-Gilbert
METODE SANGER
DNA dengan rantai ganda di denaturasi agar

menjadi rantai tunggal menggunakan NaOH
DNA primer ditempel di template strand pada
ujung 5
DNA yang akan diurutkan direaksikan dengan
dna polymerase, dNTP dan ddNTP
Dilakukan elektroforesis gel sehingga dapat
diketahui dari rantai yang terpanjang hingga
yang terpendek.
Gambar 93. Metode Sanger
Perbedaan Metode sanger dan

Maxam-Gilbert
Sanger
Maxam-Gilbert
Menggunakan sekuens DNA tunggal

identik.
Menggunakan sekuens
DNA untai ganda.
Pelabelan menggunakan
deoksinukleotida (dNTP)
serta sedikit dideoksinukleotida (ddNTP).
Pelabelan menggunakan radioaktif.
Menggunakan primer dan DNA

polymerase.
Tidak menggunakan primer dan DNA

polymerase.
Daftar Pustaka
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. 2002. Molecular Biology of the Cell. 4th edition. New York: Garland Science
Armstrong, F. 1989.Biochemistry. New York: Oxford University Press.
Campbell, N. A.; J. B. Reece and L. G. Mitchell. 2000. Biologi Edisi Kelima
Clark, D. 2005. Molecular biology. Amsterdam: Elsevier Academic Press
Garrett, Reginald H., Grisham, Charles M. 2013. Biochemistry 5th edition. Canada: Cengage Learning
Goldstein, Gerald W., McGilvery, Robert W. 1996. Biochemistry: A Functional Approach Third Edition. London:
W.B. Saunders Company
Gomez, M. Esther. R, Mercedes, Olivia, M and Mario, A. 2010. Regulation of Gene Expression in Protozoa
Parasites. (Review). Journal of Biomedicine and Biotechnology. Volume 2010
Harper, H. A. ; V. W. Rodwell and P. A. Mayes. 1977. Biokimia Edisi Jilid I.Penerbit Erlangga, Jakarta. : 438 p.
Hayashi James, Bezkorovainy Anatoly, Rafelson Max.1971. Basic Biochemistry Fourth Edition. New York.
Macmillan Publishing
Jusup, M. 1989, Genetika I.Struktur dan ekspresi Gen. Institut Pertanian Bogor.
Daftar Pustaka
Ketujuhbelas. Penerbit Buku Kedokteran E. G. C. Jakarta : 743 p.
Lehninger. 2008. Principles of Biochemistry, Fifht Edition. New York: W. H. Freeman wand Company
Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al., 2008. Molecular Cell Biology. New York: W. H. Freeman.
Ludmila V. Yakushevich, Is DNA a Nonlinear Dynamical System where Solitary Conformational
Waves are Possible?, J. Biosci., Vol.26, No.3, September 2001, 305-313, Indian Academy of
Sciences.
Michel Peyrard, Nonlinear Dynamics and Statistical Physics of DNA, 2004
Rastogi, S. 2010.Biochemistry. New Delhi: Tata McGraw-Hill Education
Sugiono. 2004. Asam Nukleat dan Sintesis Protein. Bahan kuliah, FakultasBiologi
T. Kouzarides, 2007. Chromatin modifications and their function. Cell, vol. 128, no. 4, pp. 693705,
UNSOED. Purwokerto.
Y. Hirose and J. L. Manley. 200. RNA polymerase II and the integration of nuclear events. Genes
and Development, vol. 14, no. 12, pp. 14151429
Yuwono, T. 2000. Biologi Molekuler. Jakarta: Penerbit Erlangga
TERIMAKASIHH~~

Asam Nukleat-Kelompok

Transféré par

Informations du document

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Asam Nukleat-Kelompok

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

ASAM NUKLEAT

DIAH LARASWATI [1406533674]

Struktur Asam Nukleat

Komponen Penyusun Nukleotida

gugus fosfat, yang berisi fosfor dan oksigen (PO4).

Fosfat adalah anion yang terbentuk akibat

Gambar 1. Gugus fosfat pada

Gambar 2 Ikatan Fosfodiester pada RNA dan DNA (Sumber: Lehninger.

Gula pentosa merupakan gula

Gambar 3 Perbedaan struktur gula ribosa

Gambar 4 Basa dalam asam nukleat (Sumber: Lehninger. 2008.

Sintesis organik, salah satu metodenya reaksi

Memiliki titik leleh dan titik didih yang tinggi

Heterosiklik aromatik organik, terdiri dari cincin

Sebagai molekul prekursor dalam sintesis senyawa

Gambar 5 Struktur Adenin (Sumber:

Gambar 6 Struktur Guanin (Sumber:

Gambar 7 Struktur Sitosin (Sumber: Lehninger.

Gambar 8 Struktur Timin (Sumber: Lehninger.

Chargaff menyimpulkan bahwa jumlah purin

Gambar 11. Pasangan basa dihubungkan dengan formasi ikatan hidrogen

Gambar 12. Perbandingan

Pada virus dan bakteri, DNA ditemukan

RNA (Asam Ribonukleat)adalah rangkaian nukleotida yang saling terikat seperti

messenger RNA (mRNA)

transfer RNA (tRNA)

Gambar 15 Ilustrasi RNATransfer

ribosomal RNA (rRNA

FUNGSI ASAM NUKLEAT

JENIS ASAM NUKLEAT - DNA

Gambar 17 & 18. Struktur DNA

Memiliki informasi genetis yang diperlukan organisme untuk berkembang &

JENIS ASAM NUKLEAT - RNA

Gambar 19 & 20 Struktur RNA

FUNGSI RNA mRNA

Gambar 21 & 22 Struktur mRNA (Sumber:

Modifikasi mRNA Capping

Proses modifikasi ujung 5 dari

Modifikasi mRNA Polyadenylation

Proses modifikasi ujung 3 dari mRNA

Modifikasi mRNA Splicing

Terdapat bagian bernama intron

FUNGSI RNA - tRNA

Gambar 26 & 27. Struktur tRNA (Sumber:

Pada RNA eukariotik, tRNA terbentuk oleh RNA Polimerase III

BASA NITROGEN & ASAM AMINONYA

Gambar 28. Triplet basa nitrogen yang

FUNGSI RNA - rRNA

Pada rRNA eukariotik, rRNA terbentuk oleh

Gambar 29. Pembagian rRNA (Sumber:

FUNGSI RNA - tmRNA

Gambar 32. Proses trans-translasi

FUNGSI RNA SRP RNA

FUNGSI RNA snRNA & hnRNA

FUNGSI RNA - miRNA

Gambar 35 & 36. Fungsi miRNA (Sumber:

Gambar 37. Pembentukan dan Fungsi miRNA

FUNGSI RNA - siRNA

FUNGSI RNA - snoRNA

Gambar 39. Tipe snoRNA (Sumber:

snoRNA + protein = snoRNP mengenali dan

FUNGSI RNA - lncRNA

lnc = Long non-coding RNA

FUNGSI RNA - Primer