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la collection ds cours de microbiologie 2eme anne biologie

Chapitre 1 : Structure des micro-organismes


I\ Les bactries.
A\ Gnralits.
Les micro-organismes sont les plus petites units biologiques
fonctionnelles. Leur taille est comprise entre 0,01 et 10 m.
Les diffrentes formes existantes :
Les coques : ils sont sphriques. Les diffrents assemblages de
coques proviennent de la division cellulaire.
Les btonnets (bacilles) : ils sont droits (coli bacille), incurvs
comme les vibrions (exemple : Vibrio cholerae). On peut aussi
trouver des formes irrgulires et enfles aux extrmits (exemple
: mycobacter, corybacter). Une autre forme possible est la forme
coccobacille (exemple : Serratia marcescens).
Les hlicodaux : on trouve les spirochtes qui pourraient tre
lorigine des mouvements des premires cellules eucaryotes
Les formes mycelliennes : ce sont des formes filamenteuses,
comme les Actinomyctes. Les myxobacters ont des organes de
fructification qui sont des ensembles de bactries de forme
similaires.
B\ Structure.
Les micro-organismes sont tudis par fractionnement, par
immunocytologie, ou au microscope lectronique balayage
(MEB). On a un schma type de bactries avec des composants
types comme les ribosomes, le cytoplasme, la paroi, la membrane
cytoplasmique et lADN. On peut aussi trouver des composants
facultatifs comme les granules, les rserves, les chromatophores,
des fimbriae, des flagelles et des capsules
1\ La membrane plasmique.
Cette membrane a une structure classique, en double feuillet,
mais moins rigide que les membranes eucaryotes car elles ne
possdent pas de strols (sauf les mycoplasmes).
a\ Composition.
Cette membrane est compose de 30 40% de lipides (dont les
glycrophospholipides) et de 60 70% de protines.

b\ Rle et fonction.
Cest une barrire semi-permable qui permet le transport passif
de certaines molcules grce des protines canales.
Les protines membranaires sont des enzymes permettant des
biosynthses de lipides bactriens ou de peptidoglycanes.
La membrane peut avoir un rle respiratoire grce la prsence
de cytochromes dans cette membrane (un peu comme une
mitochondrie).
2\ Le cytoplasme.
Il contient 80% deau avec un pH compris entre 7 et 7,2 o sont
dissous des sucres, des ions, des acides amins On y trouve
aussi des inclusions de granules de polyphosphates ou de
polyhydroxybutirate, des ribosomes associs lARNm sous forme
de polysomes (1000/cellule).
3\ Le nuclode.
Cest le gnome bactrien (ou chromosome bactrien). Il peut
exister sous plusieurs copies en mme temps. On assiste au
phnomne damitose : il ny a pas de synchronisation entre la
division de lADN et celle de la cellule.
a\ Organisation.
Ce nuclode nest pas isol du cytoplasme par une membrane. Il
est constitu par un double brin circulaire (referm) dADN : cest
un assemblage en double hlice de deux chanes antiparallles et
complmentaires de nuclotides. (A et G sont puriques alors que C
et T sont pyrimidiques).

LADN bactrien est sans histones et est super-enroul. Trs


souvent, ce dernier est ancr en un ou plusieurs points de la
membrane plasmique. Par exemple, chez Escherichia coli, on
trouve 5 millions de paires de base o 4300 gnes sont identifis
(60% du total). Cet ADN mesure 1mm quand il est droul et
reprsente 10% du volume cellulaire.
b\ Rle.
Cest le support de lhrdit. Ce nuclode permet de lire le
gnome, de le transcrire en ADN (afin de synthtiser des
protines). Il subit aussi la rplication pour assurer la
descendance.
c\ Biosynthse de nuclodes.
La rplication est la synthse dun nouveau gnome : cest un
mcanisme semi-conservateur et bidirectionnel.
Il apparat une fourche de rplication grce une DNApolymrase. Il y a phosphodiestrification entre lamorce dADN et
ce qui est lu dans le sens 3---5.

On parle de brin sens quand il y a rplication dans le mme sens


que celui de louverture de la fourche de rplication.
Les fragments synthtiss sur le brin anti-sens sont relis par une
ADN-ligase.
Les deux brins sont synthtiss en mme temps dans les deux
sens.

LADN-gyrase permet de dsenrouler au point dorigine et suit le


mouvement des fourches. Cette enzyme est inhibe la
norobiocine (antibiotique).
d\ Les plasmides.
* Dfinition : ce sont des molcules dADN double brin, circulaire,
qui, extrachromosomique, ne constituent pas le gnome
bactrien. Ils ont une rplication autonome (un pouvoir
infectieux), une petite taille et codent pour une information
gntique non-indispensable. Ils peuvent infecter des bactries ou
tre changs entre elles.
Ces plasmides ont t dcouverts en 1952 sur Shigella
dysenteriae.
Shigella rsistante + E. coli ------saine Shigella rsistante
----E. coli rsistante
---- E. coli saine
*Rplication et transfert : elle se fait de faon autonome selon le
mme processus que celui du nuclode. Ils ont la mme vitesse
de rplication : on peut donc avoir plusieurs plasmides en mme
temps dans une mme cellule. Le transfert des plasmides se fait

par conjugaison :

* Proprits : les plasmides sont des units codantes. Ils donnent


la bactrie :
- la possibilit de synthses spciales
- une rsistance des antibiotiques : comme des enzymes qui
dgradent les antibiotiques (par exemple : la -lactamase qui
rsiste aux pnicillines.
- Une pathognicit. Chez E. coli, il y a synthse dentrotoxines
qui provoquent des maladies. E. coli peut aussi gagner laptitude
se fixer sur une membrane.
- Un pouvoir infectieux
- Le plasmide F donne la possibilit de recombinaison gntique :
il code pour la synthse de pili sexuels pendant la conjugaison.

e\ La paroi.
Cest la plus externe, cest elle dfinit la cellule procaryotique. De
plus, celle-ci sert la classification des micro-organismes. Elle
reprsente 20% de la masse sche. Elle a un rle majeur dans la
rsistance la pression osmotique et aux dformations. Cette
coloration (ou non-coloration) est rvlatrice dune diffrence
structurale de la paroi.
Organisation :
La coloration de Gram (en 1844). Cest une tape prliminaire
pour la reconnaissance dune bactrie. Cette coloration est
ralise en prsence diode, puis on lave lalcool : on trouve
alors deux cas distincts : - les bactries sont dcolores : ce sont
des gram- les bactries gardent la coloration : ce sont les gram+.
La paroi des gram+ est 1000 fois plus grande que celle des gram-.
La paroi des G+ est gnralement compose de peptidoglycane
et dacide techoque. Ce dernier reprsente 50% du poids de la
paroi structure.
La paroi des G- est compose, sur la membrane externe, de
lipoprotines, de LipoPolySaccharides et de trimres : cest un
rseau lche.
Remarque : Les mycoplasmes ne sont ni lun ni lautre : ils nont

pas de paroi. Les archons ont une structure un peu diffrente.


Composition globale :
Dans les parois de G-, on trouve plus dacides amins et de
lipides.
Les macromolcules spcifiques :
- Lacide techoque : il est compos, soit de ribitol (CH2OH(CHOH)3-CH2OH), soit de glycrol. Ils sont substitus avec du
glucose et/ou de lalanine. Cet acide peut avoir un rle de
reconnaissance antignique (srotypie). Ces acides sont ancrs,
soit dans la membrane, soit dans le peptidoglycane (o ils sont
paritaux). Ils servent aussi relier la membrane et la paroi. Plus
le rseau form est dense, plus la paroi est rigide.
- Le LPS : chez les G-, il constitue les feuillets externes de la paroi
externe de cette bactrie. Ce LPS est compos en trois parties

Le rle du LPS : il a le mme rle antignique que lacide


techoque dancrage et de structuration de la membrane externe.
- Les protines de la membrane externe des G- :
On trouve deux grands types : les lipoprotines qui sont des
polypeptides qui lient la membrane externe au peptidoglycane et
les protines matricielles qui traversent la membrane externe et
qui peuvent avoir un rle dans le transport (porines) ou dans la
rception des phages.

- Le peptidoglycane : (murene, glycocalix). Il a un haut poids


molculaire et est spcifique aux eubactries. Il assure un rle
structurant (rsistance et pression). Il donne donc la forme
cellulaire et empche la lyse par un milieu hypotonique.
- Les constituants :
Les osamines : ils sont composs de NActylGlucosAmine ou
dAcide NActylMuramique : cest le composant de la paroi
bactrienne. UDP-NAG + PEP + NADPH UDP-NAM + NADP. Cette
raction est inhibe par la phosphonomycine. Chez les
archobactries, il ny a pas de murine mais de la pseudomurine (pas de NAM mais du N.ActylOsaminUronique).
Les acides amins :

Cette chane est rticule grce au NAM et son substitue en 3 :


il y a relation avec la L.Ala, la L.Lys ou le DAP, le D.Glu et la D.Ala.
Chez Staphylococcus aureus, on a L.Lys (Gly)5 D.Ala : cest un
maillage lche qui lui donne sa forme sphrique.

Remarque : les mycoplasmes sont des parasites intracellulaires,


donc dans un milieu isotonique. Lenveloppe comprend la paroi et
la membrane.
Le rle de la paroi : cest une barrire (active chez les G- pour les
transports). Le peptidoglycane assure la forme cellulaire. La
couche la plus externe a des proprits :
- antigniques : des particules induisent la production danticorps :
on obtient donc une dfinition de srotypie bactrienne (grce
lacide techoque chez g+, au LPS chez les g-.
- de fixation des phages (bactriophages = virus bactries). La
recombinaison gntique lieu grce aux bactriophages.
Nimporte lequel de ces phages ne peut pas infecter nimporte
quelle bactrie. Chez E. coli, le T4 se fixe sur le LPS, le se fixe
sur la protine qui transporte le maltose. Chez bacillus suptilis,
le 29 se fixe sur lacide techoque.
f\ Flagelles et pili.
* Les flagelles : ils sont facultatifs, de nature protique (la
flagelline), sont des units sphriques en hlice et sont ancrs
dans la membrane plasmique. Ils per(mettent les dplacements
microbiens : ils ont donc un rle de chimiotaxie. Ils ont aussi des
proprits antigniques : ils permettent de fixer les phages de
type PBS1 sur Bacillus suptilis. On trouve diffrent type dinsertion
des flagelles :

Le type dinsertion des flagelles peut tre utilis pour des


reconnaissances bactriennes.
* Pili (ou fimbriae) : ce sont des lments facultatifs de la cellule
g-, ils sont de nature protique comme les flagelles, mais en
gnral plus courts. Ils procurent la bactrie qui les portent, une
capacit dadhrence (souvent associe la virulence de la
bactrie). Ils ont un rle dans la reconnaissance entre cellules
donneuses et receveuses pendant la conjugaison. Ils sont aussi le
site de fixation des phages comme le M13.
g\ La capsule.
Cest lenveloppe suprieure la plus externe, souvent
polysaccharidique (compose souvent dacide hyaluronique).
Cette capsule est associe une virulence comme chez Klebsiella
pneumoniae. Cette enveloppe entrane un phnomne
dadhrence, mais elle masque aussi les sites antigniques, et
augmente la taille apparente de la bactrie pour rsister la
phagocytose. Elle permet aussi la rsistance des conditions
externes dfavorables.
h\ Les endospores.
La sporulation est un phnomne induit par une carence nutritive.
La germination ncessite une activation (choc thermique, forte
variation de pH). La sporulation est une mise en labri du gnome
(le record de longvit est de 7500 ans) face aux conditions
dfavorables du milieu (dessiccation : perte deau du milieu).

Parfois, la formation des spores est associe une libration de


toxines. Par exemple, Bacillus thuregensis scrte un cristal
particulirement herbicide.
La structure des spores :

C\ Classification.
La classification est ralise par des
- Critres morphologiques (structuraux)
- Critres mtaboliques (type respiratoire, condition de vie)

- Pili, endospores
Cest une approche phnotypique.
On peut aussi avoir une approche molculaire pour se baser sur le
gnotype.

On va chauffer lADN pour le dnaturer. Ensuite, on observe si les


ADN se recombinent ou non :

On a aussi une approche en pourcentage de G-C : ce pourcentage


donne la temprature de dnaturation.
On peut aussi tudier les squences dADN robosomiaux. Ils ont
les proprits dtre indispensables la vie et de subir des
variations pendant lvolution. Ils permettent dobtenir une
distance gnotypique. Exemple :

.........BONNE LECTURE ET BONNE CHANCE.......