TEXTO ILUSTRADO ODE Biologia Molecular e Ingenieria Genética (CTL Kee M Meu aK TOC UCKKI CHET) José Luque Angel Herraez eo.TEXTO ILUSTRADO DE Biologia Molecular e Ingenieria Genética Conceptos, Técnicas y Aplicaciones en Ciencias de la Salud José Luque Cabrera Catedrético de Universidad Angel Herréez Sanchez Profesor Titular de Universidad Departamento de Bioquimica y Biologfa Molecular Universidad de Alcala Alcala de Henares. Madrid ELSEVIER SCIENCE ‘Madrid - Barcelona - Amsterdam - Boston - Filadelfia Londres - Orlando - Sydney - Tokio - Toronto,Es una publicacién © MMI Elsevier Espafa, S.A. Velazquez, 24-5.° Deha 28001 - Madrid, Espaia An Elsevier Science Imprint Fotocopiar es un delito (Art. 270 C.P.) Para que existan libros es necesario el trabajo de un importante colectivo (autores, traductores, dibujantes, correctores, impresores, editores...). EI principal beneficiario de este esfuerzo es el lector ‘que aprovecha su contenido. Quien fotocopia un libro, en las eircunstancias previstas por la ley, delinque y contribuye a la «no» existencia de nuevas ediciones. Ademés, a corto plazo. encarece cl precio de los ya existentes. Este libro esté legalmente protegido por los derechos de propiedad intelectual. Cualquier uso, fuera de los limites establecidos por la legiskacién vigente, sin el consentimiento del editor, es ilegal. Esto se aplica en particular a la reproduceiGn, fotocopia, traduccién. grabacidn o cualquier otro sistema de recuperacién de almacenaje de informacién. ISBN: 84-8174-505-7 Depésito legal: M-47839-2002 Impreso en Espatia por: Grifieas Marte, S.A.Prdlogo En la Presentacién de este libro, que tengo ol honor de prologar, los autores afirman que pretenden ceunir os con- ‘ceptos actuales de la Biologia Molecular y las modernas metodologias de la Ingenierfa Genética con vistas a su aplicacién a fa Patologia Molecular, humana’y animal, en sus diversos aspectos: etiologia, fisiopatologia, diagnéstico, pronéstico, terapéutica y prevencién de las enfermedades, y promocién de la salud. Y pretenden hacerlo desde una perspectiva pluridisciplinar e integradora dirigida, fundamentalmente, a los estudiantes que cursan las licenciaturas de Farmaci Medicina, Odontologia y Veterinaria, y las orientaciones biosanitarias de Biologia, Bloquimica y Quimica. Se trata, sin du- {da, de una empresa tan oportuna y ambiciosa, como comploja y dificil. Pero, a la vista del resultado alcanzado, puede afiimarse quo el éxito ha sido total. La elaboracion de un texto de las caractersticas mencionadas es oportuna y necesaria. En los titimos decenios, la Biologia ha experimentado un proceso de progresiva ‘molecularizacién’” que ha conducido a un nuevo paradigma biolé- gico que trata de entender lo que se ha denominado ‘la logique du vivant” (F. Jacob, 1970) o “the molecular logic ot the living state” (A. L. Lehninger, "Biochemisty’, 1970): las bases moleculares subyacentes a los procesos biolégicos. El reciente desciframiento del genoma de dlversos organismos, y muy especialmente del genoma humano, constituye una etapa fundamental que ha de hallar su continuidad en el no menos importante estudio de los proteomas. Siguiendo los pasos de la Biologia, la Medicina y la Veterinaria estan experimentando un proceso de “molecularizacién™ creciente que hha hecho emerger la que se ha llamado Patologia Molecular. Hoy en dia, el nivel molecular no es s6l0 un nivel de i vestigacién biomédica, sino también un nivel de actuacién diagnéstica, prondstica y terapéutica. Por ello, es imprescin- dible preparar adecuadamente a los futuros profesionales de la salud, ya que sélo si disponemos de protesionales ‘competentes podremos hacer frente con éxito a los rotas dol futuro, El ejercclo profesional de los aos venideros exigira ‘competencia para abordar a nivel molecular los problemas de la salud, Por ello, har falta profesionales que posean los Conceptos y los elementos de lenguaje molecular necesarios para comprender las bases moleculares de la salud y la en- ‘ermedad. Profesionales capaces de adquirr constantemente la informacién bioquimica necesaria para mantener su com- petencia, y capaces de aplicar dicha informacién a la solucién de los problemas que les concierman; profesionales con ‘capacidad de autoaprendizaje para poder susttur los conceptos caducos por los nuevos, haciendo uso de todas las posi- blidades que las modemas tecnologias de la informacién pondrén a su alcance. Para la formacién basica de tales pro- fesionales tienen gran valor los textos que resumen los nuevos elementos concepiuales de las diversas areas de la Biolo- gfa junto a las correspondientes téonicas y metodologias; ya que permiten que el estudiante adquiera una base sdlida ® partir de la cual podra ampliar los conocimientos acuciendo, luego, a las monografias especializadas, a las revisiones ©, incluso, a los articulos originales. Por todo allo, y por abarcar un campo hasta ahora insuficientemente cubierto, con- sideramos que la obra de José Luque y Angel Herréez responde a una necesidad urgente e importante. ‘Ahora bien, como hemos indicado, la empresa no era nada facil. Y no lo era por su cardcter de obra basica, dirigi- dda a estudiantes de varias licenciaturas y, por tanto, con formacién versa, y por su pretension de seguir un tratamiento pya eae) ans ps ones) “Tambor ass tic) fetomeratas (oniucdn) Copis de1 NA fom ol | Mis scones TRADUCCION [FRANSCRIPCION] ribonuclestidos (NTPs) ———=—__p [pp sermm sen Sep iam aa ae smomse patio comenlo trancenpiasas | SaiRs [FRADUCCION| Se iealva ce crore (coma erp por RNAS y ‘a min pe Fon RNA Ts rts om ence eet Sines Sie sesso Ca Zaina encima: epation sides neem Ica [un RSA componente da ribo2 INTRODUCCION Y ASPECTOS GENERALES EN EUCARIOTAS. Francis Crick intradujo el término “Dogma central de la genética molecular” para describir, incluso antes de Cconocerse su importancia real en los seres vivos, el flujo de la informacién genética y la ullizacién celular de dicha informacion. En conereto, la transmision de la Informacién contenida en la secuencia del DNA a las oéiulas y organismos descendientes mediante la replicacién, y su expresién en biomoléculas funcionales mediante los procesos de transcripcion y traduccién. Comprende, pues, el Conjunto de relaciones generales existentes entre el DNA, el RNA y las proteinas, Debe resaltarse que la representacién abreviada DNA > RNA — Proteina no indica la transformacién de una molécula en otra, tal como se indica normalmente en las rutas metabélicas, sino que cada elemento en la secuencia ‘porta la informacién necesaria para la sintesis del siguiente. En este sentido, es importante el concepto de plantilla 0 ‘molde molecular: aunque cada paso esta calalizado por una enzima, los sustratos (nuclestides, aminodcidos) no son ‘seleccionados por ella, sino que vienen especificados por la intervencién del molde, en conereto por su secuencia de nuclestides. El progreso en el conocimiento de los procesos de transmisién de la informacién genética obligé a la ampliacién de este esquema basico original para acomodar otros procesos que también ocurren, al menos en algunos organismos particulares, como es el caso de algunos virus: Siaess do una moléoula de FRNA como duplicado de un RNA eromosémco, Catalizade [por RNA replcasas Seda en ‘algunos virus, como el del ‘mastica del abaco, licack replicacion de! RNA ve ae replicacién plicac transmision de Ta { ) _tonsaioaon | (>) informacién genética (dogma central de la DNA RNA —Haduscion_ Proteina i ~__ Senet moleesley ) transcripcion inversa Formacin de DNA span dt RNA cromotiico, Calzada oa wanes inves. Por dh en los earevins 4.2 EL DNA COMO MATERIAL GENETICO: PASADO, PRESENTE Y FUTURO El conacimiento de la estructura de las Acidos nucleicos se inicia en el siglo XIX con el aislamiento en el nicleo celular de una nucleina formada por una parte dcida (hoy, DNA) y una parte basica (proteina), asi como con el estudio parcial de las propiedades de la nucleina y de su relacién con la herencia celular. Sin embargo, la estructura stlo se conocié a mediados del siglo XX, al mostrarse que el DNA era el componente cromosémico depositatio de la informacion genética. Cabe destacar en este sentido, como antecedentes clave, los experimentos de Oswald T. Avery, olin MacLeod y Maclyn McCarty, en 1944, y de Alfred D. Hershey y Martha Chase, en 1952, que constituyen un hito en el conocimiento del material genético a escala molecular. ‘Tras estas aportaciones iniciales, el verdadero inicio de la Biologia Molecular moderna lo constituyé la propuesta de estructura en doble hélice para el DNA, formulada, en 1953, por James D. Watson y Francis Crick. A partir de este ‘momento, casi todo el esfuerzo realizado se centra en el estudio del DNA genémico, desde el punto de vista estructural ¥ funcional, en procariotas y eucariotas, con una atencién especial a mamiferos en general y humanos en particular. Los ‘avances logrados, tanto tedricos como técnicos y aplicados, han sido enormes. A ello ha contribuido la aparicién de la Ingenieria genética, como principal area derivada de la biologia molecular. Queda pendiente para un futuro préximo la conclusion del Proyecto Genoma Humano (gendmica funcional), el andlisis de las funciones de cada gen (genémica funcional) y la diseccién de la estructura y funcién de las prote!nas (proteémica). Como expresién de estos nuevos ‘conocimientos, ha surgido una gran variedad de campos de actividad en las Ciencias de la Salud (Medicina, Farmacia y Veterinaria), tales como anticuerpos monoctonales, métodos inmunoquimicas, biochips para el diagndstico, clonacién ‘molecular y clonacién animal, farmacogenes, ingenieria de proteinas, proteinas recombinantes de interés diagnostico y terapéutico, sondas de hibridacién, terapia celular y terapia génica, transferencia de genes, vectores, virus, etc. Nuestto ‘objetivo no es descriir los aspectos concretos de estos campos, sino sélo poner de manifiesto las bases molecuiares ‘que les sirven de soporte, como punto de partida para un estudio detenido de cada campo en su correspondiente area ) . 01 4 10 100 1000 Peso ota del DNA (pg) Por otro lado, no existe correlacién alguna entre el tamario det genoma de distintas especies y el nimero de ‘cromosomas que fo componen. Por ejemplo, mientras que el genoma humano diploide (6,6 10" pb) esté repartido en 46 cromosomas (23 pares, n=23), las células de ratén, con un genoma menor (3 10° pb), poseen menor numero de ‘cromosomas (40); pot el contrario, en las células de cebolla un genoma 2 veces mayor que el humano (1,5 10" pb) ‘est contenido en solo 16 cromosomas. De forma similar, la mosca de la fruta, con un genoma (1,7 - 10° pb) mucho mayor que el de la levadura (1,6 - 10" pb), posee un niimero muy inferior de cromosomas (8 frente a 32). «4 304 ‘evi nematodes ae e (© Dicyostatum ‘Numero de cromosomas (2n) w4 ° Dreeophila 0 108 10 10° ‘Tamario del genoma (pb) Esta ausencia de correlacién entre cantidad de material genético y complejidad del organismo sugiere que el tamafio de los genomas de organismos superiores es muy superior al necesario y, por tanto, que una gran parte es 10 ccodificante, es decir, no esta organizado en genes, nunca traduce su informacién a un producto génico (RNA 0 proteina). Esta hipétesis ha sido confirmada al estudiar con detalle el genoma. Par ejemplo, se ha encontrado que los ‘genes tienen una longitud media de alrededor de 1.000 pb. Asumiendo esta cia, el genoma humano haploide podria ‘contener, en teoria, unos 3,3 millones de genos (pues cada aminodcido esta codificado por 3 nucleétides) y, sin OO ——————————————————————————8 INTRODUCCION Y ASPECTOS GENERALES EN EUCARIOTAS. embargo, se estima hoy en dia que sblo contiene unos 100.000, de modo que la proporcion codiicante s6lo alcanza alrededor det 3% de! DNA total. ‘Aungue la funcién de los genes esté bien establecida para una pequefia fraccién del total presente en el genoma humano, la Inexistencia de una correlacién entre cantidad total de DNA en el genoma y grado de complajidad del ‘organismo superior puso de manifiesto la necesidad de estudiar con mayor precision la organizacién estructural, a nivel ‘molecular, tanto del genoma (tema 10) como de los genes (tema 19). Los hechos més caracteristicas en relacion con la ‘complejidad del genoma nuclear son la presencia de grandes reglones que no codifican producto génico lguno (DNA ‘no codificanta) y la existencia de secuencias de DNA que se repiten un numero mas 0 menos elevado de veces (DNA repetitive). Como se estudiara con detenimiento posteriommente, hay que unir a ello la existencia de una enorme diversidad de secuencias (polimorfismo, tema 26) en distintas regiones del DNA, tanto sencilas como repetitivas, codificantes 0 no, 1.3.3 Magnitud y caracteristicas del genoma mitocondrial El genoma de organulos (mitocondrias en animales, mitocondrias y cloroplastos en plantas) es, posiblemente, un vestigo del cromosoma de bacterias arcalcas que accedieron al ctoplasma de eucariotas primitivos, para dar lugar tras la evolucion a dichos organulos. Se cree que la mitoconcria (organulo que aporta el 90% de la energia que necesian las células) surgié al acumularse el oxigeno en la atmésfera terrestre. Posiblemente, la mitocondria y el ndicleo de la célula eucerota se crearon a la vez, al Incorporarse por endoctosis células procarotas aerdbicas al interior do la cdlula ‘eucaritica anaerdbica y fusionarse ambas. Con el tiempo, la mayoria de los genes procaridticos. (genes protomitecondrales) se integraron en el genom nuclear, con lo que el eucariota primtivo anaerébico ya podia vir en una atmésfera aerdbica, rica en oxigeno; sdlo una pequefia fraccién de! genoma procaridtico primigenio permanecio en la mitocondra Las células animales poseen un niimero muy variable de mitocondrias, dependiendo del tejido. Cada mitocondria posee varias copias de un Unico cromosoma, situadss en la matriz mitocondrial y ancladas a la membrana interna. En ‘consecuencie, el nlmero de copias de DNA mitocondrial (mDNA) en una céluia oscla entre 200 y 100.000. El ‘eromosoma mitocondrial es bicatenari y circular, como el de procariolas, aunque de tamafo muy inferior: 16.569 pb en hhumanos, con una longitud de 5 yim y una masa molecular de 10 MDa; esto supone unas 3.000 veces menos que la tongitud del cromosoma nuclear més pequefio. Teniendo en cuenta el nimero de copias totale (2 del genoma nuclear y ‘mittiples, y muy variables, del mitocondrial), se puede calcular que el DNA mitocondrial total supone, dependiendo del telido, entre un 0,05 y un 20% del DNA toial de la celula, Finalmente, el cromosoma de cloroplastos es igualmenta Dicatenaro y circular, pro de mayor tamafo que el mitocondal. ‘diferencia del DNA nuclear, do gran compojitad, con rogiones codicantes y no codicantes, el {DNA os en su ‘asi tolaidad codiicante y no repeitv, En concreto, el cromosoma ritocondrial humano contiene un total de 37 genes: 2 para rRNA, 22 para tRNA y 13 para proteinas que forman parte de los complejos enziméticos respiratorios I, II, IV y V. Estas suponen solo el 5% de las proteinas mitoconériales, mientras que el resto estan codificades por DNA nuclear. meTema 2 Componentes fundamentales de los acidos nucleicos 24 Componente acido: Fosfatos.. 241.1 Monofosfates... 242 Difosfatos... 24.3 Taifosfatos. . 2.14 Tipos de enlaces fostaio. 22 23 Bases nitrogenadas mas frecuentes: 2 tipos.. 2 232 _Otras bases de interés biolégico y ciinico. 1B 23.3 Propiedades fisicoqulmicas de las bases purinicas y Pirie. 4 23.3.1 Existencia de dipoles. 14 2.33.2 Hidrofobicidad 14 233.3. Disposicion coplanar de los enlaces de cada anillo. (EN y CH 6). 14 2.33.4 Tautomeria o isomeria dinémica 14 2.3.35 Caracter basico... 16 233.6 Absorcién de la luz en el ultravioleta 7 Los acidos nucieicos (DNA y RNA) estan constituides por la unién de numerosos nucleotides, de 4 tips. Como introduccién a su estudio, se consideran algunos aspectos de interés para cad uno de los componentes estructurales de dichas unidades, los nucleétidos: Fosfato(s) Nucledtido: +. Aziicar Nucleésido Base nitrogenada ms 2.1 COMPONENTE ACIDO: FOSFATOS 2.1.1 Monofosfatos El osfato inorganico (P), mezcla de las especies quimicas resultantes de la disociacién de la moléoula de acido fosfoico, aparece como anién a pH acido, como dianion a pH fisiolégico y como trianién a pH alcalino. En la célula, el fosfato se encuentra en forma libre (P,) 0 formando parte de numerosos compuestos organicos (R-P), por ejemplo, ios udedtides.40 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS “Tres eaulibrios de dsoincii en nein dt pH Acido fostérico: Gaon 2 oth or? wothon BE" oho ortofsfirice)! §— Ho—F—on "== oho == noSt—o" == “oro HPO, bu 1H & & —————osfato inorgénico (P;) ——— alcohol R-O! (> mezcla de las 3 formas iénicas del 4c. fosférico, on diferente proprcion segin el pH) Dos equlibvis de disociacién en fancién del pt: or R-o8P-07s= R081 a bu — fosfato orginico (R-P)—~ (Compuesto orgénico fosftado) 2.1.2 Difosfatos El difosfato © pirofosfato (PP)) se presenta a pH fsiolégico como trianién (una de las 4 formas iénicas del écido plrofostérico). Es estable en disolucion a pH neutro 0 alcalino; sin embargo, dentro de la célula es inestable por accion de las pirofosfatasas, formande 2 P;. Aparece combinado fundamentalmente en nucledsides-difosfato (por ejemplo, ADP), oto Castro equlibvios de dsoiacin en fms dl pl: (+ merc de as 4 formas ibnicas dt. pirofostric, ‘en diferente proporién seine pl) oo ° erie OO oud on 2) ~pirfosfato orginico (R-PP)— ‘(Compuesto orgnieo pirofosfatado) 2.41.3 Trifosfatos El trifosfato (PPP,) se presenta a pH fisiolégico como tetraanién. No aparece en forma libre, sino formando parte, ‘esencialmente, de nucledsidos-trifesfato (por ejemplo, ATP). acide trifostorieo oa Hto-f ou ——trifostato orginico (R-PPP) —— TealeesCOMPONENTE NEUTRO: AZUCARES "1 2.1.4 Tipos de enlaces fosfato Pueden distinguirse cinco tipes de enlaces fosfato que van a formar parte de los nuclestides. Obsérvese le estructura y nombre de todos ellos, asi como la diferencia entre enlace éster y anhidtido en los nuclestides aifosfatados: ytifostatados. SOLO CON ENLACES ESTER, (ON ENLACES TER Y ANHIORIDO; — q ° fonoéten, fstunhidido 7 R-o-lLo-n 4 R-O-F0-fo fosfoéster fosfodiéster: Caan: (osforonosster, un éster dable con Tafa fosfato, monofosfaio): ‘dos moléculas (irofostao, difesfeanbidrido) Sepa tetelansi ad ‘ferences fosfotser, oanhitrido — ffanbirido ° ° ° NIA. ~ 9 g bP OF 0 oo & é ake (citosfoanidr os fosfomonoéseres en sites diferentes de una (itosfoanhirido) misma molécula 2.2 COMPONENTE NEUTRO: AZUCARES El aziicar (inicialmente llamado ose) siempre es una pentosa (5 tomos de carbone), bien la D-ibosa 0 la D-desoxiribosa. La ribosa (nombre derivado de osa del Rockefeller Institute of Biochemistry, 1908) interviene en rudleésidos y nucledtidos bajo su forma mas estable, f-D-ribofuranosa, 1 @ i No=¢ ton = or] HOF o ONG —HOFTL_o oH x ix I 4 f wabon Me ncbon 9 o> KE F ( wy L H A 4 H hong He ‘non cuz0n fon nar cn on forma tincal, ‘forma cictica, (Proyeccién de HAWORTH) B-D-2-desoxirribofuranosa cncaemosieiden “Song f-b-ibofuranosa (@-desoiribosa) (ryecn de FISHER) om SA) RIBOSA) Semel oa [ cchertstemettn, ws yy OH HOCH: 6, " La formula representada como ejemplo puede extenderse a otras muchas moléculas de interés bioquimico: D-glucosa, D-galactosa, 3-desoxi-D-vibosa, etc.12 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS 2.3 COMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS ‘Son moléculas heterocialicas, con més de un tomo de nitrégeno, formadas por un anillo Unico (pirimidina) o por dos anilos condensados (purina). Obsérvense en los ejemplos de bases que intervienen en los dcidos nucleicos ta ‘numeracién de los étonos del helerocicio y la posicién de los susituyentes externos. 2.3.1 Bases nitrogenadas mas frecuentes: 2 tipos Férmulas y nomenclatura de BASES PIRIMIDINICAS Ni r Hy Z m mM 3 4 Wy (oy H H Ne icles citosina timina LJ a (Coxo-Laminopiinidig) —@24-dixo-Smeipirimiing) Sy7_ Pieinidina (G-metiracilo) Sistema de numeracion vl (QUB) de os tomes dl anil piriniina. N (Ait pin: = entdo hora) Formulas y nomenclatura de BASES PURINICAS (0 PURICAS) we) \ es y Pisimiina imiderol ry ‘ nicleo oy purina q adenine guanine (6-aminoprina) €@-amio-6onoparina Sistema de numeracién (UB) de los ‘toms dl nil purin aston eto enor: oil dz ss tre) amy | -0 |, mode de i 6 A resumen, i posiion de los e a z sustituyentes presenter aya enada una dels 5 7 x bases nitrogenadas es T aa [5COMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS. 413 2.3.2 Otras bases de interés biolégico y clinico Existen otras bases purinicas y pirimidinicas, en general poco frecuentes, que surgen por modificacién de las bases principales A, G, C y U 0 de alguno de sus anélogos (hipoxantina, H). Son de origen natural o sintético, Interienen en procesos como ta metiiacién del DNA en la célula y muestran distintas propiedades (antibisticas, antivircas, antitumorales, ete). oatural, DNA bacteriano) (siti, etotdxiea) G6 soo obo &y, xanioa Aida rico cst ) (2,6-dioxopurina) —_(2,6,8-trioxopurina) (,3,7-trimetilxantina) itty poy ‘cons ‘eat wy en ny 9H BAN ao op! "hI S IL 26 OLD fer nycmtn Sy Moy NSW Shun HC-0* HyC-CH, 7 esmetiguanina scivi ACY penicori, rcv Wen (paturad) ©-Gcidroxictoximei)guanina) _ (949,4-dhidroxibutguanins) "GIL > -Axlogos sitticos usados en taps atv nS can 3 yo N N, sunna ® ye ; By CS IC poe 7S Ban“ Syo Nh Tet Han SN ‘H,C-O 3CH,OH Hycen-cH,on maigaina ganccovi, CV idyOrcrion (rats RNA) 0413-2 propoieteuaina lob BY (0423-bshidenimatpclbuilevria) rey een 2 cmon Cc) j ri oe] omy oy ¥ y y ctusing | Smetciosin —_—_Shidoxinetlctosina (cane, DNA vercbraon) (rata DNA bata) ° ° 9 ° ws |e ny ON Au) a) a A J AS OW} OW ow oy ° u ¥ " t y asia | ‘iownclo aiisrounctoS-beomounilo_s-tvracilo (ratral, RNA) (natural) into) (smn > anitumoral)14 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS 2.3.3. Propiedades fisicoquimicas de las bases purinicas y pirimidinicas 2.3.3.1 Existencia de dipolos ‘Todas las bases poseen atomos electronegativos de © (excepto adenina), en posicién exociclica o extranuclear, y de N, tanto exocicticos como en el anillo, nucleares. Como consecuencia, son abundantes los enlaces polares, lo que les permite interaccionar entre si mediante puentes de hidrdgeno, que poseen una importancia capital en la estructura secundaria de los dcidos nucleicas, en especial del DNA. 2.33.2 Hidrofobicidad La naturaleza aromatica de fos anillos hace que las bases tengan un marcado cardcter apolar, sean hidrofébicas y poco solubles en agua al pH celular, cercano a la neutralidad. A pH acido 0 alcalino adquieren carga y se hacen més solubles en agua, Como ya se estudiard, las interacciones hidrofébicas de apilamiento, que tienen lugar enire bases 7 NH Destposde | R a me ce tautomerias | EEC ce c encrales ; forma amina & forma ceto forma enol forma imina primaria Son muchos los compuestos organtioos que existen como mezclas de 2 0 més de estas formas tautomérica interconvertbies y en equllbrio. Entre los compuestos heterociclicos son de especial importancia las tautomerias en la ‘bases purinicas y pirimidinicas, on las cuales la migracién del H tiene lugar desde un tomo de N nuclear hacia otro ‘tomo extranuclear, y viceversa: Tautomeria Tautomeria lactame-lactima imina-amina primaria + Dostiposae [ if NH ie tautomerias | « eA 5 py enlasbases | HY iN N “Ny is nitrogenadas 1 tactama factima ; forma amina (efomacer, | | («fom cnet, ocuos ising ipimana’ Sat mciary Nowa) (Nt nucle vet) neste caso, ef grupo ceto forma pate de wh ‘onlace aids cfeies, 0 aciama. Al migrar cl ‘tomo de H desde el N nuclear a O grupo cot, se conviore en el tautbmero cima Psa tautomers afecta 9G, nica purina oxo-sustituds, ya 1383 pirimidinas, CUyT, grupo exocicico es wna mina, aque al tecbir el duomo de H desde 'N nuclear se converte en wn ‘grupo amina primaria, Esta fautomeriaafecta ala nica pirimidina smino-sustiuida, Cy @ as2 purinas, Ay G.COMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS. 15 En consecuencia, las tautomerias de las beses ntragenadas son las siguientes: Wh at La tautomeria de A es iy Oe imina-amina primaria. na 1 \ A SN 1 \ “Los tqutémers imine nomban ie u Fovienlounastericosobciaiemade SN ~N Noe base amina imina — Ty U muestran tautomeria oop doble lactams-lactima ~~ lactima doble — On ~— vy og Js, J = Sy lactima doble Gy C muestran tautomerias imina-amina primatia y lactama-lactima, Los taut6meros imina se nombran pponiendo un asterisco sobre Ia Tactama y letra de la beso, rina lactima e imina Desde el punto de vista quimico, en las bases libres las formas tautoméricas lactima (enol) @ imina son menos estables, y por ello son unas 10,000 veces menos abundantes que sus correspondientes tautomeros lactama (cet0) y ‘mina, con lo que el equilbrio se encuentra desplazado hacia la lzqulerda.16 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS 2.3.3.5 Caracter basico ‘Todas las bases nilrogenadas son bases débiles, pues sus atomos de N, tanto nucleares como extranucleares, se pueden protonar, con valores de pk, comprendidos entre 9 y 10. Como elemplo representatvo, obsérvese la ionizacion de la adenine: uo a ron cic gy os = oH ocx oO as, ors (vatido samba => para G, C, T, U) ‘Sin embargo, este cardcler basico, propio de los anillos purina y pirimidina, se ve disminuido por la presencia de algunos sustituyentes. En conereto, el grupo -OH de los enoles (y lactimas) es ligeramente acide y puede disociarse: Ht eee ow AN Cas ‘Como consecuencia, las bases nitrogenadas que poseen grupos lactama (ceto) pueden actuar como acidos, @ través de sus tautémeros lactima (enol), con lo cual se ve reducido el cardcter basico propio de los anilos, en mayor medida cuanto mayor sea el nimero de grupos -OH. Véanse los ejemplos siguientes: a) Aes la Unica base que no tiene grupo ceto/enol y, por tanto, no muestra ningén cardcter acido y es la mas basica de todas. b) En Gy G, el nico grupo OH aporta un caracter acido muy débil, por lo que siguen comportandose como bases: NH NH Nt (vido también <) tewongre ry“) design O © a maa Ye)“ ‘ (forma lectama) (forma lactima) (forma lactima ionizada) ©) En Ty U, la presencia de dos grupos OH compensa en mayor grado el cardcter basico: 9 | . cH eee , y I ‘autogeria oe isociacjén aH + a A (forma (forma (forma lactima lactama doble) lactima doble) doble ionizada) > nveledsidos purinicos Base “eee <= ps pitimidinicn E> nuclessidos pirimidinicos Nucledsido: union covalente (N-heterdsido) ribosa => rbonucledsidos Acar desoxirribosa => desoxirribonucledsidosNUCLEOSIDOS Y NUCLEOTIDOS 1 Caracteristicas generales La union covalente (enlace N-glicosidico) entre la base y el azticar (ribosa o desoxirribasa) se establece entre el ©-1" (carbono anomérica) del azucar y el N-1 del anilo plrimidinico o el N-9 del anillo purinico, con pérdida de una ‘molécula de agua, OH (OH 3.1.2 Tipos de nucleésidos ete distinguirse entre nucle6sidos constituyentes de dcidos nucleices y otros nucledsidos de interés biolégioo y clinico. Su descripcién siempre se hace en funcién de fa naturaleza quimica de la base y del aziicar: 3.1.24 Nucleésidos que forman parte de acidos nucleicos honacle ribomcltnidon (se cnsuentancnctNA)y | “ewNay | desoxritonucessido desoxirribonucledsidos (sc encuentran cn el DNA) [esoxieribonucledsido (en DNA) (@0 DNA) timidina (oerise eo RNA, kcepconalmete 2, }2"-desoxitimidina (cologuial: tnidina) eden -BD- eon eon Seema wire ‘inion | (ocho NA) La distincién entre ribonucledsidos y desoximibonucledsides estriba, obviamente, en la presencia de ribosa © desoxirribosa en la molécula,ESTRUCTURA DE NUCLEOSIDOS 31.2.2 Otros nucleésidos de interés bioldgico y clinico 2 ‘Ademés de los componentes de nuclestides y dcidos nucleicos, existen en la naturaleza olros nucleésides en forma libre o combinada. Algunos de ellos son significativos por su localizacién o accién bioquimica, e incluso por sus aplicaciones clinicas. Deben citarse los siguientes: ‘COMPONENTES ESTRUCTURALES (poe Gemplo, en RNAS) on on ij inosina (1) 9.(B-D-ibofuranesi) hipoxantina ANTIBIOTICS: op psendouridina (y) \ SUB-D sbofuanes waco "AGENTES ANTIVIRALES V ANTICANCERIGENOS Hogi ay | bu co ina ||]|_ arabinasitadenina ae ilalnilamido) (Arad) fone " jena, (1"--D-arabinofuranosil) eS 1-8 pti — on arabinosileitosina (AraC) 1{0-B arabinfirmsi)NUCLEOSIDOS Y NUCLEOTIDOS ‘COMPONENTES DE COENZIMAS [por ye Cori Soi pico: A, yD Sauce Me= ‘cai ane Grn cei) P=-cH-cHCON, Gente propia ccobalamina S*-desoxiadenosina HOH |ESTRUCTURA DE NUCLEOTIDOS. 23 3.4.2.3 Andlogos de nucledsidos, inhibidores de la transcriptasa inversa ‘Se emplean para combatic los retrovirus de la inmunodeficiencia humana (VIH-1 y VIH-2), causantes del SIDA. En realidad actian como proférmacos, ya que la célula anfitiona los convierte en los correspondientes desoxinuclebsidos- 85-tllostato, que son los verdaderos férmacos, pues compiten con los desoxirribonuclestides normales, impidiendo que Ja tanscriptasa Inverse, propia del virus, sintetice e! DNA complementario al RNA virico. ANTIRRETROVIRALES age — cian a Bsructura a a 3 a Bi : wl " sot wor, ok 3arido- 23-didesoxi- 2 3-didesor Giipley | 2°3"Aidesoxi- citidina inosina ‘timidina Nombre AZT aT aac 31e mucledtidos purinicos , Base ntgogenada i ane Vv ribosa (> ribonuclestidos roasted Cf ae) EDD Antcar << -desoxirribosa >> desoxirribonuclestidos 321 Caracteristicas generales Launién, de cardcter covalente (fosfomonoéster), se establece entre uno o varios grupos fosfato y sendos grupos (OH del aziicar del nucledsido. La importancia de los nucledtidos es excepcional, principaimente porque son los monémeros constituyentes de los ‘cidos nucleicos y, por tanto, los productos normales de su hidrdlisis. Al mismo tiempo, porque aparecen en forma libre fen distintas localizaciones subcelulares, formando parte de moléculas de gran interés bioquimico (especialmente coenzimas), Para estudiar los nucleétidos se emplean distintos eriterios de clasificacién, atendiendo a: Caracteristicas estructurales, criterlo utiizado normalmente: E|ndmero y posicién en el azicar de los grupos fosfato: nuctedsidos-monofosfato, -bisfostato y -trisfosfato, Eltipo de azticar: ribonuctestidos y 2'-desoxirribonudledtidos. El ipo de base nitrogenada: nucledtidos purinicos y pirimidinicos. Cardcter lineal o ciclioo (determinado por el fosfato).24 NUCLEOSIDOS Y NUCLEOTIDOS + Otras caracteristicas, alas que s6lo se alude ocasionalmente: Sere eens ER riose icon — EET] mio e re wd a on 3.2.2 Nucleétidos sencillos ‘Se consideran nuclaétides sencilos los que presontan fosfato(s) en una sola posicién del azticar; esto incluye tanto los que tienen un Unico fosfato (monofosfates) como los que tienen dos o tres fosfetos que estén unidos entre si (ifosfates trfostatos). Se muestran como ejemplos los correspondientes a aden Nucledsidos-Monofostato: " Nilcledsides-Difosfato: (@ nomalmenteen3 05% rarmenteen2) | (Pconeetvo,nomatnente or 5) Ny Nib AN Eaae yen tr eres” fe] CL > Sy: 5 0 % gy ON’ y aame | O-fofoce io | aapr y "AMP ok ADP HOH OH En forma libre y como monémeros Sélo en forma libre; tienen funcién energstica consttuyentes de los dcidos nucleicos a ‘Sato en forma fibre. ‘Son los mas importantes por su flncién encrgética y/o ccoenzimitica, Ademés, son preeursores en la biosintesis de écidos nucleicos: aATP "ATP. Los nucleétidos que forman parte de los cidos nucleicos son siempre NMPs con un fosfato en posicion 5’. Su ‘estructura y nomenclatura se estudian de forma dotallada a continuacién. Los nucledtidos con 2 6 3 fosfatos consecutives en 5° (dfesfatos o NDP y trfosfatos o NTPs, rospectivamente), dada su importante funcién bioquimica, son objeto de estudio en cursos de Bioquimica General. Finalmente, otfos nucledtidos, con fosfatos en multiples: posiciones del aziicar, se estudian posteriormente como nuclebtides ciclices 0 complejos (pag. 28).ESTRUCTURA DE NUCLEOTIDOS 25 3.2.2.4 Nomenclatura Los nucledtidos se nombran segin dos criterios: a) Como ésteres fosfato del nucleésido. Por ¢): adenosina-monofosfato, guanosina-difosfato, uridina-tifosfato, tc. (abreviados, respectivamente, como AMP, GDP, UTP). 'b) Como dcidos, sustituyendo la terminacién del nombre de la base por el sufljo -llco. Este criterio sélo se utliza rormalmente para les nucledsidos-monofosfato. Por ej.: acido adenilico, Acido guantlico, Acido uridlico, etc. (‘espectivamente, para AMP, GMP y UMP). En el caso de nucledsidos-difosfato y -tifostato, se emplearian los nombres: Giadenitico,triadenilico, diguanilico, etc. (para ADP, ATP y GDP). Si se quiere tener en cuenta que los restos fosfato estan ionizados a pH fisiol6gico, se uiiza el sufijo ato: adenitato, quanilato, urdiato, ete. Correspondencia entre los nombres de bases, nucleésidos v nuclestid abreviatura comin: A G v T c base: adenina —guanina—_uracilo timina ——_citosina nucleésido: | adenosina guanosina _uridina imidina —_citidina nuclestido: . uridilato, _timidilato, _citidilato, (nucledsido~ ico fe. uridilico 4c. timidtlico 4c. citidilico monofosfato, NMP) UMP oTMP 0 CMP Bajo ambos criterios, para indicar de forma més detallada la estructura, se especifica el numero y la posicién de los fostatos. Pore} adenosina-S'-monotosfato Acido 5'-adentico S-AMP adenosina-3'-monofostato ‘cido 3'-adentlico 3-AMP ‘adenosina-5'-fosfato ‘Acido -diadenilico 5-ADP adenosina-5'-tifesfato ‘Acido 8'triadentfica S-ATP ‘Cuando no se especifica el nimero, implickamente se asume que el fosfato ocupa la posicién 5'. En este sentido, los dos ditimos ejemplos se nombran simplemente como ADP y ATP. Estos sistemas de nomenclatura se aplican tanto @ desoxiribonucledtidos como a ribonucleétides. Légicamente, para los primeros debe anteponerse el prefijo desoxi- 0 su forma abreviada, la letra d. Por ejemplo: desoxttimidina manofosfato, dTMP, desoxitimidiiato, 5- CL » caer fe K cme | Ato te 9 ox}, 3 oof we bn 0 Ht '-fosfato ciclico de adenosina 3',5’-fosfato ciclico de guanosina (AMP ciclico, cAMP) (GMP ciclico, eGMP) 32.5 Nucledtidos complejos Finalmente, se engloban en este apartado aquellos nucledtidos, no components de los dcidas nucieicos y con funciones diversas, que estructuralmento differen de los nucleétides sencilos en uno o varios de los siguientes espectos: + Vatios grupos fosfato esteriicados en posiciones mtiples del ezticar (bis-y tis-fosfatos, CoA, NADP"), + Presencia de dos nucledsidos, unidos entre si por un “puente” de grupos fosfato (FAD, NAD", Ap,A); éstos entran dentro de a categoria de dinuclestidos, + Presencia de otras bases ritrogenadas (FMN, FAD, NAD’, NADP’. ‘+ Presencia de azicares distintos de la ribofuranosa (FMN, FAD). ‘+ Grupos funcionales adicionales (CoA), BISFOSFATOS DINUCLEOSIDO POLIFOSFATOS Adenosina-3”,5"-bisfosfato, 9 Nuclesido-S—of Nucldsido hn (do 2.6,yencralente) jem $. indenosina isto, ‘ABA30 NUCLEOSIDOS ¥ NUCLEOTIDOS ‘COENZIMAS REDOX ‘Mononucledtido de flavina, FMN: Dinucledtido de flavina y adenina, FAD: nton u-t-0n or o=ho (ibosa + avina = rboflavina = Vitamin B ,, procursora de FMIN y FAD) Dinucledtido de nicotinamida y adenin Fosfato del dinuclestido de nicotinamida y adenina, NADP*: (icoinato = niaina,vtarina precursora de les eoenzimas NAD y NADH) Cocnzima A (CoA 0 CoA-SH): (coenzima de acetilacisn: transportador universal de grupos acetlo) Nh want lg nhl Srmeraptctlamina —Pealnima de. pantoco ‘ paniotnico| pantiinaTema 4 Estructura primaria de acidos nucleicos 441 Aspectos generales. 4.4.1 Niveles estructurales.. 42 Estructura primaria... 43° Formas de representacién lineal. 43.1 Formula completa — 432 Representaciones esquematicas.. 43.3. Representaciones abreviadas. : 44 Dos tipos de acidos nucleicos segin su composicién 45 _Propiedades fisicoquimicas de los Acidos nucleicos, 4.5.1 Propledades en disalucion 452 Reactividad. vv 453 Hidrlisis quimica de acidos nucteicos... 45.3.4 Hidrdlisis acida...... 453.2 Hidrlisis alealina 4.54 Absorcion en el ultravioleta. 44 ASPECTOS GENERALES ‘Tradicionalmente se considera que los cidos nuctoicos forman parte de los nucleoproteidos, el grupo més Importante de heteroproteidos o “proteinas conjugadas’, entre los que también se incluyen glicoproteidos y lipoproteidos 1y,€n ocasiones, también fosfoproteidos y cromo- 0 metaloproieidos. Efectivamente, los nucleoproteidos resultan de la Interaccion, mediante enlaces electrostaticos fuertes, de los residuos basioos (cationicos) de ciertas proteinas (histonas, Protaminas) y los grupos fosfato (aniénicos) del acido nucleico. El estudio detenido de estas asociaciones Rudecprotelcas se haré una vez conocida la estructura de los cidos nudleicos a todos sus niveles. Por su composicién quimica elemental (C, H, O, N y P), derivada de la presencia exclusiva de nucledtides en su estructura, jos acidos nucleicos se diferencian de las proteinas, esencialmente, en su mayor contenido de fosforo (10%) yen la ausencia total de azute. Funcom ‘en ndcleo celular J enTa zona nucleoide| dentro dela | Depostario y wanemisor de a (varios cromosomas), del citoso! capsida informacién genética, ‘en matriz mitocondrialy | (uncromosomay | (sdloen organizada en genes que ‘en estroma de varios plésmidos) | algunos tipos | codifican productos génicos loroplasios de virus) (proteinas o RNAs) fen nucleo celular ‘en cllosol “dentro de la_| Interviene en la transmision de (emporaimente), cépsida | Ia informacion desde el DNA en ctosol,, {en otros ipos | hasta los productos génicos ‘en matriz mitocondrial y de virus) enestroma de clovoplasios32 ESTRUCTURA PRIMARIA DE ACIDOS NUCLEICOS Existen dos tipos de acidas nucleicos, denominados ribonucieico o RNA y desoxirribonucleico o DNA, que differen en los nucledtidos componentes. Antes de describir su estructura, recordemos brevemente que ambos acidos ‘nucleicos se encuentran en todo tipo de células, tanto procariotas como eucariotas; como excepcién, los virus contienen séla DNA 0 sélo RNA, En todos los casos, sus diversas funclones en la transmisién y expresi6n de a Informacién genética vienen determinadas por su localizacién subcolular y su estructura de orden superior (conformacién tridimensional). 4.1.4 Niveles estructurales Desde un punto de vista estructural, en los cidos nucleicos se pueden considerar varios niveles, similares on cierto mado 2 los descrtos tradicionalmente para proteinas: ‘+ Estructura primaria, descrita por Ia uni6n de numerosos nuciedsidos mediante enlaces fosfodiéster, dando lugar 2 un polimera lineal. El arden de los nucle6sidos (0 sus bases) en la cadena define la secuencia del écido nucieico. + Estructura secundaria, con la que se inicia el andlisis espacial do la molécula, correspondiente a la conformacién local, es decir, la disposicién relativa de nucledtides que estan proximos en la secuencia. Para el DNA este nivel ‘estructural viene definide por la asociacion de dos cadenas polinucleotidicas a través de las bases nitrogenadas que ssobresalen del esqueleto az(icar-osfato. En el RNA sélo se presenta en determinadas regiones de la molécula. + Estructuras de orden superior: Se englaban bajo este término genérico todas aquellas estructures tridimensionsles que surgen a partir de las niveles primario y secundario. En eucariotes son complejas, variables y ‘en ocasiones escasamente conocidas. En el caso del DNA pueden inciuirse aqul las estructuras resultantes de! superenrollamiento y de la asociacién con proteinas basicas para formar la cromatina. Sin embargo, y a diferencia de lo que ocurre en proteinas, en general la estructura adoptada a este nivel no viene determinada por las de los riveles inferiotes, En el caso de algunos RNAS (especialmente los tRNAs) se observa un plegamiento tridimensional bien definido, equiparable a la estructura terciaria de las proteinas. Aun en este caso, no se observa una estructura cuaternaria, ya que dicho plegamiento solo afecta a una molécula y no a varias asociadas entre si, como en las proteinas. 4.2 ESTRUCTURA PRIMARIA La estructura primaria, comin para DNAs y RNAs, consiste en la presencia de cadenas, generaimente targas, de ‘cardcter macromolecular, formadas por la unién de nucleésidos mediante enlaces covalentes 3'-5'tosfodiéster. Por tanto, la unidad monomética es el nuclestido, o nucledside-monofosfato (generalmente contempiado como 5-NMP).. Los cides nuctoicas son, por tanto, pollmeras de nucledtidos 0 polinucleétides, con un esqueleto lineal {formado por unidades alternas de fosfato y pentosa (parle constante de la secuencia), del cual sobresaien lateralmente las bases (parte vatiable, que define la secuencia), unidas al azicar respectiva por enlaces N-glicosidicos. Por converio, la secuencia siempre se indica en direccién 5' > 3', es decir, con el extremo 6" terminal (5-P) ala Tequierda y el extremo 3" terminal (3-OH) a la derecha. 9 ° z a: 5*..-P-0ba-P-osa-P-osa-P-osa-...3” Dentro de este nivel estructural se estudiaran a continuacién las distintas formas de representacién, las diferencias ‘en composicién quimica de los dos tipas de dcidos nucleicos y sus propiedades fisicoquimicas mas representativas. 4.3 FORMAS DE REPRESENTACION LINEAL Pueden emplearse hasta 6 niveles, de simpliicacién creclente. En general, se hace uso de la letra inicial de tas, bases, en mayisculas, para representar a éstas o a sus nucle6sidos. El cido nucleico propuesto como ejemplo es un RNA (azicar: tlbosa y bases: A, G, U y C), poto las representaciones son igualmente validas para un DNA (azicar: desoxirribosa y bases: A, G, Ty C). 4.3.1 Férmula completa Por razones de espacio y fundamentalmente didécticas, es aconsejable comenzar con una representacién vertical del esqueleto del Acide nucieico (natacién 1 en le figura), que permite apreciar con detalle los enlaces fosfodiéster entre rucledsidos consecutives (uniones azicar-fosfato) y la situacién perpendicular al esqueleto de los enlaces Nglicosidicos (uniones azicar-base). Para mantener la orientacién 5° —> yal extremo 3-OH en la Inferior. 0 sitda ol extremo 5°P en la parte superiorDOS TIPOS DE ACIDOS NUCLEICOS SEGUN SU COMPOSICION 33 [jemple un tetranucleido Represetacones equcmiticns Esqueletocovalene lineal de mucedsidos ‘unis por enlaces fosfodidtr, com las bases Dacia fers, ae 3 z. © acue exqueleto (emepolary (piel onan) yar). 43.2 Representaciones esquematicas Como peculiaridad de esta representacion, el anillo furandsloo del azucar se simplifica mediante un solo trazo vetical, cuyo extremo superior corresponde al C-1" y el inferior al C-5' (notacién 2 en la figura). En una forma atin més simple se omiten los fosfatos intermedios y la numeracion de los aziicares (notacién 3). 43.3 Representaciones abreviadas La simpificacién se puede aumentar indicando cada nucledsido mediante la letra inicial de su base nitrogenada (lo Sica variable en la secuencia), El polinuclestido queda as! reducido a una sucesién de letras mayisculas intercaladas con letras p mindscules (notacién 4). El extremo 5'P (a la izquierda) viene representado por una letra p seguida por la letra del primer nucledsido. El extremo 3'-OH, a la derecha, viene dado por la letra del ultimo nucledsido. Los ‘udeésidos intermedios llevan la p a izquierda y derecha, correspondientes a las posiciones &' y 3',respectivamente, En la descripcién colidiana de secuencias de cides nucieicos se suprimen las letras p inlermedias, con fo que la ‘epresentacion se reduce @ una secuencia de letras precedida por una letra p para el fosfato en ol extremo S° (otacin 6), 0 se asume la presencia del fosfato en 5" y se omite incluso esa primera p (notacién 6). 44 DOS TIPOS DE ACIDOS NUCLEICOS SEGUN SU COMPOSICION ‘cide aio: [_ Acido ribonucleico (RNA) __ | Acido desoxirribonucleico (DNA) Monsmeros: Ribonuclestidos Desoxirribonuclestidos 2 rae ‘rlazando Tox nonbrieror enlace Tosfodxte) + |e Ribosa F-Desonieribors q ‘Adenina, A (6-aminopurina) 3 Purina 2 | ames Guanina, G (2-amino-6-oxopurina) b Citosina, C 2-oxo-4-aminopirimidina) E | Pirimiainas é Uracilo, U Q.4-dioxopirimidina) | Timina, T (S-metiluracilo)34 ESTRUCTURA PRIMARIA DE ACIDOS NUCLEICOS ‘Sagan la notacion de f6rmula completa, la representacion de ambos dcidos nucieicos es la siguiente: PERNA ; DNA 4.5 PROPIEDADES FISICOQUIMICAS DE LOS ACIDOS NUCLEICOS ‘Los acidos nucleicos presentan propiedades importantes en relacién con sus funciones de almacenamiento, ‘ransmisién (replicacion) y expresion (transcripcion y traduccién) de la informacién genética. Se comentan aqui brevemente algunas de ollas, relacionadas con la estructura, y el resto se iran estudiando a medida que surja su aplicacion al propio estudio de estas moléculas (por ejemplo, Ia renaturaizacion de un DNA desnaturalizado se ‘analizaré como fundamento de la hibridacién). 4.5.1 Propiedades en disolucién Las cadenas polinucleotidicas de DNA y RNA son hidrofilicas, debido a la posibilidad de formacién de enlaces de hidrSgeno con el agua por parte de los numerosos grupos fosfato y -OH libres del azticar a lo largo del esqueleto, Por otto lado, a pH fisickigico los grupos fosfato (pK, préximo a 6) se ionizan casi por completo, haciendo que las moléculas de DNA y RNA se comporten como acidos y tengan numerosas cargas negativas. Debido a este cardcter ppolianiénico, los dcidos nuclelcos se encuentran casi siempre neutralizados por interaccién iénica con las cargas positivas de otras moléculas. Concretamente, el DNA del genoma nuclear eucariético se encuentra unido a histonas, protelnas ricas en Arg y Lys, cargadas positivamente a pH fistol6gico, dando lugar a nucleoproteides; la importancia de ‘sia asociacién se consideraré posteriormente (pg. 84). En los espermatozoides, el papel de las histonas es desempefiado por pequetias proteinas ricas en Arg, lamadas protaminas y también con fuerte carga positva, En otras ‘ocasiones, el DNA se une a pollaminas (principalmente espermina y espermidina, asi llamadas por haber sido I Tortuga 27 279 220 213 | 108 103105 | 33 Salman 297 21 208 moa] v2 102 102 | 443 Erizo de mar we m1 7 wa] 12 102 102 | 185 leactoras: Escherichia cot 247 236 260 256 | 105 102 103 | 094 Staphylococcus aureus} 308 292 210 190) 105 nt tor | 1.50 Ghlostidium peringend 368 363 140 128] 102 109 104 | 273 bay Brucala abortus 210 211 290 289] 00 400 © 400 | O73 ‘Sarcina ite 138 124 371 37.1 | 108 1100 102 | 035 Fago $174 (monofiar) | 243 327 24,1 185 | 074 190 095 | 1.34 Fagogt74,forma | 26.3 264 «22,9 223] 100 100 4.00 | 48 replicativa (bier) 5.1.1 Algunas relaciones entre bases son iguales en todas las especies ‘Appesar de que la composicién varia entre especies, en todas ellas se cumplen clertas relaciones entre las bases, {ormuladas como las tres primeras reglas de Chargaff, que se exponen a continuacién. 5.1.1.1 Relacién entre bases En practicamente todas las especies, el contenido de A se aproxima al de T, y el contenido de G al de C: Ax T + Razon AT TIA = 1 Gec > Razin GiC= C/G = 1 Esta observacion fue esencial para que Watson y Crick postulasen los pares AT y GC, que definen le ‘complementariedad de bases en el DNA de doble hebra. Hay que destacar que esta regia no se cumple para las pocas especies cuyo material genético esté formado por RNA o DNA de hebra sencila (comparense en Ia tabla los ejemplos del virus $174, en sus formas de hebra sencila y de doble hebra). 5.1.1.2 _ Relacién entre purinas y pirimidinas Como consecuencia de lo anterior, el contenido de bases purinicas (A + G) se aproxima al de bases pirimidinicas (T+ ),es decir, hay un 50% de purinas y un 50% de pirimidinas: AMG = THC 50% -» Razin (A+G)/(T+C) a1 > — Razén_purinas//pirimidinas = 1MODELO DE WATSON Y CRICK: FORMA B DEL DNA 39 5.1.1.3 Relacién entre aminobases y oxobases Al observarse que A/T = GIG = 1, también se ha de cumplir (por razones estrictamente matematicas) que (A*C) / (TG) = 1. Por tanto, puede concluirse, como relacién adicional (sin un significado especial), que: 6-aminopurinas (A) + 4-aminopirimidinas (C) = 6-oxopurinas (G) + 4-oxopirimidinas (T) 5.1.2 Otras relaciones son diferentes segun la especie tres relaciones entre bases no se maniienen constantes entre especies; de entre ellas, resulta Util la denominada raz6n de asimettia: AtT Gc ‘que, ademés de tener un valor diferente para cada especie, no se aproxima a la unidad como las razones anteriores {Ver tabla). Por ejemplo, en animales la razon de asimetria es siempre superior a uno; lo mismo ocurre en plantas ‘superiors y hongos. Por contraste, en bacterias y virus los valores son mucho més veriados, superiores o infeiores a la vnidad, La razén de asimetria puede también calcularse directamente a partir del contenido en G+C, pardmetro habitual en otros tipos de estudio, como la desnaturalizacién del DNA: WALT _ (AID, _ 100-4(G4O) az6n de asimetia = Ce GHC) AGC) De acuerdo con el, los animales, plantas superiors y hongos muesran un exceso de AsT (50-65%) sobre GC (50.25%), mientras que en bacleriasy vius se apreca la gran varablidad en G+C (75-25%), 02s 04s ows sas g ALT GC ——— a m7 wo 3 20%GHC aimalos En resumen, con estos estudios se ha observado que los DNAs de especies evolutivamente relacionadas tienen ‘na raz6n de asimetria similar, mientras que las especies muy alejadas tionden a tenor una raz6n diferente. A pesar de ser ésta la menos conocida de las reglas de Chargaff, el hecho de que permita distinguir entre especies hace que pueda ublzarse como criterio en las relaciones evolutivas y las ciasificaciones taxonémicas de los organismos. 5.2 MODELO DE WATSON Y CRICK: FORMA B DEL DNA £1 modelo tridimensional, como estructura de referencia para las propiedades del DNA. fue postulado por James Watson y Francis Crick en 1953. Corresponde a la actualmento denominada forma B del DNA, la mas comin en las ‘Bilas y la més estable de todas las que puede adoptar un DNA bajo condiciones fisioldgicas. Este modelo se bas6 tania en las observaciones por rayos X como en las reglas de Chargaffy, por tanto, esté de acuerdo con ellos, asi como ‘on ottos estudias realizados modiante un gran nimero y variedad de técnicas. Simulténeamente se propuso la adeaiacion del modelo a la funcionalidad de la molécula de DNA para la conservacién y transmision de la informacion genética (pq, 49), Presenta las siguientes caraceristicas basicas: 5.2.1 Complementariedad de las bases nitrogenadas La estructura quimica de las bases permite la formacién de enlaces por puente de hidrégeno (dos étomos lectronegativos, como N y O, comparten un tomo de hidrégeno). En concreto, dos nucleétidas pueden interaccionar e forma especifica mediante dichos enlaces y so habla de “bases complementarias", “pares de bases” 0 “apareamiento de bases”.40 ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL B-DNA Para una mejor comprensién de la complementariedad, es conveniente establecer unos eriterios previos en cuanto ‘ala escritura de los nuclestidos en cada pareja de bases. Se trata con ello, simplemente, de faciltar la descripcién de ‘unas estructuras relativaente complejas: Férmulasde | Formulas con la base girada 180° vane se eet Sito, (eta "Saal finde deca ert athe dente Suc omain pan Eats “ tte ame ett ‘ ~ Aceptor de u 0 A “ Cdeeptor de 1) "1 0) bi xr Dowactor den T/U terse Aceplor det en en G 3 se Dar det o acne c Aes de fata disposi, con abate _Exta disoscn, con a base Sigue siendo fobreclaviea i enomina lj el area se denomina contri aut ‘conformacion sin tonformacibn antiMODELO DE WATSON Y CRICK: FORMA B DEL DNA. a Al representar un par de bases, se emplea la fSrmula de tipo 2 para el nucleéido situado a la iquierds, y lade tipo 3 para el stud ala derecha (ambas conformacin ann) _y Timina (o Urailo) pueden formar 2 enlaces por pucnte de hidrgeno: del rupo C-OenC-4deT con H del grupo NH en C6 de A. HenN-3deT. con_Nelde A. ‘Guanina y Citosina pueden formar 3 enlaces por puente de hidrOgeno: del grupo NH; en C-4deC con del grupo C=Oen C-6 de G NB dec con Hen N-l deG. del grspo C=O enC-2deC con _H de grupo amino en C-2 de G Las interacciones Optimas se forman entre G y C (tres enlaces de hidrégeno) y entre A y T, 0 bien Ay U (dos. enlaces de hidrégeno). El par G=C establece asi una interaccion més fuerte que el par A=T (en el DNA) o el par (en el RNA), Obsérvese que siempre se forma un enlace de hidrégeno entre los dos atomos de N nucleares, mientras {ve os restantes se forman entre un grupo amino exociclico y un grupo earbonila ‘Son también posibles otros apareamientos entre bases, denominados “de tipo Hoogsteen’, que aparecen menos ‘recuentemente y no forman parte del B-DNA. Por ejemplo, en el RNA (pag. 73), en las triples helices de DNA © RNA (089.60) y en la interaccién codén-anticodén (pag. 296). 5.2.1.1 Consecuencias de la complementariedad Gracias a la complementariedad descrite, dos cadenas polinucleotidicas se pueden asociar siempre y cuando {odas sus bases sean complementarias. Este apareamiento completo de las dos cadenas da lugar a un acide nucleico de doble hebra o doble cadena, estructura habitual del DNA. Esio quiere decir que siempre que en un DNA exista A, 6,CoTenuna cadena, se encontrardn T, C, Gy A, respectivamente, en la otra Es importante destacar que la complementariedad entre las dos hebras del DNA es fundamental para su papel ‘como portador de la informacién genética. Por un lado, porque se reduce la posibiidad de que las bases se modifiquen uimicamente, Por oo, porque se facta la carreccién de mutaciones y de errores producidos durante la repicacién del DNA. Finalmente, porque la informacion esta en cierto modo duplicada, aunque las secuencias de ambas hebras son dierentes entre si (p49. 44). ‘Ademas, la existencia de la complementariedad explica las reglas de Chargaff (pég. 38), y justifica dos ceracteristicas estrucurales importantes, la heliidad y el antiparalelismo, que se estudian mas adelante.42 ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL B-DNA Tustracion, mediante un ejemplo hipotético basado en la composicién del DNA humano, de ‘camo la doble hebra del DNA permite explicar ls reglas de Chargaft ‘Composicién de bases ‘% moles en %moles en % moles en hebra! —hebra 2 ladoblehebra | Regia de Chargatt ysus y sus, y; ee ‘correspondiente: 2a By 25 i asx" 2s ‘AG =purinas 7 8 (C+T =pimicinas a sr purinas/pimiinas | 1.33 0.75 ‘AeC=aminobases | 47 iS) GHT = oxobases ar ar aminoloxobases | 1,08 0.92 Relacién entre bases individuales: C= Relacién entre purinas 'y piimidinas: AG ICH ssjsses Relacién entre ‘aminobases vyoxobases: =t oes El apareamiento implica que el contenido de una base en una obra ha de sor igual al desu base complementaria en Ia otra heb. Por ello, la reglas de Chargaff se cumplen euando se considera Ia composicién total del DNA de doble hebra, pero no para cada hebra por separado, ya que en este caso, AZT y CG, Tampoco se cumplen las teglas en ls dcidos nucleic de eadena sencilla (2), RNAy DNA virieo), nde A#U, Ae T y C26. 5.2.1.2 Efecto del pH sobre el apareamiento de bases Los cambios de pH, al afectar a la ionizacién de los grupos funcionales de las bases nitrogenadas y al equilibrio de tautémeros, modifican las posibllidades de formacién de enlaces de hidrogeno y, por tanto, el apareamiento de bases. ‘Gada base tiene otras Tormas resonantes y laulomericas, no indicadas) Como consecuencia, a valores de pH Inferiores 0 superiores al fisll6gico el menor numero de enlaces de hidr6geno posibles provoca la separacién de las hebras componentes del DNA, fenémeno denominado desnaturalizacion (pag. 164). No debe confundirse este efecto con la hidrélisis Acida o alcalina, bajo condiciones més ‘exiremas, de las cadenas de Acido nucleico (p49. 35).MODELO DE WATSON Y CRICK: FORMA B DEL DNA 43 52.2 Geometria de los pares de base! A pesar de fa diicultad de visualizar la geometria de un par de bases en ausencia de un modelo cercano a la ‘eal (modelo tridimensional, sea material oinformatco), se describe a continuacion dela forma mas fel posible a farmacién de un enlace de hidrégeno requiere que los tres étomas implicados (dos electronegavos yun H) se sien sobre una linea recta, Esta condicién sdlo se puede cumplir cuando los dos enlaces Neghcosidions do ioe ‘ucledsidos complemontarios forman un éngulo, inferior a 90°, con la linea imaginaria que une los C-1" de. amos penloses. Este geometria del par de bases determina la disposicion espacial relativa de las dos hebras en el DNA (helcded) y 0 la causa a nivel molecular de la presencia de sufcos menor y mayer en su estructura uidimossionel ‘ambos eepectos se analzan en detale mas adelante (pags. 45 y 48), representacién bidimensional modelos tridimensionales del par de nucledtidos del par de bases (90 se mwestan los H) 1 desoxirribosa casi perpendicular it perpendicular a ““inbase (0 anibr queda hacia” i, Tnbase (10 anor Qucda nace aris y el PS" hacia detente, | delantey el P-S" hacia ats, “._, fespecto al plano del papel) _/ __‘respeetaal plano del papel ao Ee aes ~N cdots Prinapl, AA —.08 sm —__p> ATO A+B) 2 <2 como consecuencia: YA*G)neprat > MAG) pebea2 MP+Chetat <%T*OeadMODELO DE WATSON Y CRICK: FORMA B DEL DNA 45 En principio, a existencla de hebras equiliradas 0 no se reflere a regiones localizadas de una molécula de DNA, Exist, sin embargo, un ejemplo singular en el DNA mitocondrial humano: considerado en su conjunto (16,5 kb), sus dos hebras son desequilbradas, pues una es mas rica en purinas que la otra (58 y 44%, respectivamente). A la primera se le lama habitualmente *hebra pesada" (o hebra "H’, del inglés heavy, recuérdese el mayor tamatio del anillo purinico} y ala ota, "hebra ligera” (0°L", de igh? 525 Helicidad y caracter dextrogiro Las restricciones estéricas impuestas por la geometria de los pares de bases (que incluye los enlaces entre base, pentosa y fosfato, pég. 43) hacen que el apareamiento completo de las dos hebras solo se pueda establecer silos pares ‘de bases sucesivos van gitando unos con respecto a otros (coneretamente, 34,6° en el B-DNA). Como consecuencia de le ecumulacion de estos giros, las hebras de DNA adoptan una disposicion hellcoidal (as decir, cada hebra describe une hiélice)yla cadena de doble hebra os una “doble hélice". ‘Geométticamente, una hélice (genérica, no de DNA), sea sencilla o doble, puede ser de dos tipos: oe haloes helices dextrogies, levégias, a ders, ee Sensenido ss Snort hilice lice lice belie senciia— dobie sencila dob En el caso de la forma B del DNA ambas hebras se enrollan alrededor de un eje comin, longitudinal, formando. luna doble hélice dextrégira. La observacién de modelos moleculares tridimensionales permite una mejor comprensién de este carécter helicodal pltno. 5° “Modelo tridimensional dela asosiacion de dos i.” hone ZN rl estabilizan la Ce fasta doble hélice del meracel -azéicares y | DNA: fmereocinecs fostatos) | (i a Tuerzas hidrofébicas | {e apilamiento de I bases 5.2.8 Superficie de la molécula: surcos en el DNA Como se ha observado, la geometria de los pares de bases (pag. 42) y el antiparalelismo de las hebras (pag. 43), nevesarios para la formacién de los puentes de hidrégeno, hacen que los C-1" de los azicares de los dos nucledtidos ‘complementarios no se dispongan simétricamente con’ respecto a las bases , por ello, que los esqueletos desoxinibosafosfato de las dos cadenas no se sitien en puntos diametralmente opuestos de la doble helice. Como ‘consecuencia, a todo Io largo de la estructura en doble hélice se forman dos surcos, uno mayor (o hendidura profunda) y ‘otro menor (0 hendidura pequefia), que van girando de forma helicoidal, al igual que los dos esqueletos. Los surcas, ‘especialmente el mayor, dejan espacio suficiente para que moléculas externas puedan contactar con las bases; éste es ‘1 fundamento de la intoraccién del DNA con numerosas proteinas capaces de reconocer secuencias de bases, (Pq. 60), con funciones tan importantes como la regulacion de la expresién génica (por ejemplo, factores de \anscripcién). En cierto modo, es com si las proteinas “leyeran” la secuencia a través de los grupos funcionales de las bases que “asoman” dentro del surco mayor del DNA.MODELO DE WATSON Y CRICK: FORMA 8 DEL DNA 49 ‘gener et genera el T + 2 Ac (3s G MOM = we? No ee Modelo simplificado para apreciar la Tormacidn de los surcos, como cconsecuencia dela asimetria de los pares de nuclstides: 5.2.9 Significado biolégico: idoneidad para la replicacién 1 modelo de doble hélice de Watson y Crick permite explicar ‘que se mantenga una estructura regular a pesar de la varlacién de sequendia y que se produzca, mediante un mecanismo muy simple, 4a duplicacion det material genético. En resumen, la replicacién procede de una manera légica, con dos procesos: (a) la separacion elas dos hebras, y (b) la sintesis, a partir de ellas como molde, de ‘ras dos cadenas complementarias (los detalles de este proceso se estuaiaran posteriormente, tema 12). También permite la raparacién {de mutaciones y daftos en una hebra, al disponerse de la otra como relerencia de la secuencia correcta.Tema 6 Variaciones en la estructura del DNA 64. Variantes en doble hebra: formas A y Z.. = 8.4.1 Forma A del DNA, en comparacién con la forma Bs... 6.1.2 Forma Z del DNA, en comparacién con las formas B y A. 62. 'Variantes locales de la estructura secundaria del B-DNA.... 621 Curvatura de la doble hiélice. ee 622 Palindromos ve 62.2.1 Concepto y caracteristcas. 62.2.2 Repeticiones de secuencia 6.2.2.3 Palindromos en moléculas de hebra seni 62.2.4 Consecuencias estructurales de los palindromos. 4) En dcidos nucleicos de hebra sencilla... b) En DNA de doble hebra... 62.2.5 _Funcionalidad de los palindromos. 623 _H-DNA: triple hélic. ns — . 63 Motives estructurales responsabies de la unién del DNA con proteinas... 6.3.1 Descripeién de los motives estructurales mas frecuentes... 8.3.1.1 Motivo héice-giro-hélice o hélice-vuelta-hélice, 6.3.1.2 Motive hélice-bucle-hélice 6.3.1.3 Motive homeodominio 6.3.1.4 Motive dedo d9 ZINC nnn 63.1.5 Motiv cremellera de leucina...... La molécula de DNA no es una estructura estatica, sino flexible y dinamica. Gracies a la capacidad de rotacién 2,53 nm (25,3 A) 3,54 nm (35,4 A) “4,56 nm (45,6 A) Tnclinacion del pigno de tos 19 “WP (casi perpendicular e pares de bases * (graninclinacién) __“alejedelahelice) __igerainctinacién) ‘Surco mayor 0 grande Estrecho, profunde _Ancho, profundidad media_Plano, sin profundidad Sureo menor © pequefio ‘Ample, no profunde—Esteco,prundad— Esrcho, proundo media Enlace N-gicosidico Ant Anti ‘Sin (Ty Anti (G) Notas: Distancia entre pares de bases, medida al largo del ee dela hace. 2 Retacién por cada par de bases, o gro respecto al par anterior (+ dextrégiro, levi). 3 Longjtud deta wela de hice, medida a lo largo doje: coloqualmonto "paso do rosea" 0 “paso de hélics” “+ Inctinacin respecte al plano perpendicular al eje dela hice. 6.1.1. Forma A del DNA, en comparaci6n con la forma B La reduccién de la humedad relativa por debajo del 75% (por ejemplo, en disoluciones muy concentradas, es decir, deshidratadas) hace que el B-DNA tienda a transformarse, como ejemplo de la flexiiidad de la molécula, a otra ‘conformacién, denominada A-DNA. Aunque esta forma no se ha encontrado bajo condiciones fisiolégicas, su estucio es de interés por ser la que adopta el RNA cuando pose regiones de doble hebra, as! como la de los hibridos DNA-RNA, Estructuralmente, e! A-DNA es similar @ la forma B: es igualmente una doble hélice dextrégira, con hebres ‘complementarias y antiparalelas unidas por enlaces de hidrégeno. Sin embargo, difiere en sus dimensiones: la hélice A ‘95 mas ancha (mayor dimetro), mas corta para un mismo nimero de nucledtides (menor distancia entre pares de bases) y tiene mayor némero de bases por vuelta, Como consecuencia, son menores la rotacién por cada base y el paso de hélice. Ademés, las bases no se disponen casi perpendicularmente al eje de la helice, sino claramente inclinadas, y se sitdan més separadas del ojo de la hélice. La superficie de la molécula es también diferente: el surco mayor es més estrecho que en la forma B y muy profundo, mientras que e! surco menor casi no se aprecia por ser ‘anche y poco profundo. Mientras que la forma 6 puede acomodar en su surco menor una columna de moléculas de diferencia explica, al menos en parte, por qué ‘agua, el surco superficial de la forma A no ofrece espacio sufciente; la deshidratacion favorece la forma A.VARIANTES EN DOBLE HEBRA: FORMAS AY Z 53 Para mostrar las diferencias estructurales se puede emplear un modelo de “cintas”, donde el esqueleto se representa por una cinta, de la cual se destacan los anillos pentagonales de desoxirribosa, sus dtomos de oxigeno (esferas) y los grupos fosfato (varillas que sobresalen). Cada nucledtido est representado en un color diferente. La secuencia en ambos casos es la misma: (5°) GEGTATACGC (3') G’) CCCATATECE (5') [A-DNA B-DNA yor inclinacion pe ees bases doxrdgica Este mismo modelo (visto desde su parte superior) permite ilustrar que la hélice A es mas abierta, con mayor didmetro y una disposici6n de las bases mas alejada del eje de la hélice: 2,55 am cree 237m —__oOv!"— <=. eje de la hélice54 VARIACIONES EN LA ESTRUCTURA DEL DNA Una visién complementaria a la anterior, ala vez que més cereana a la realidad, es la del modelo espacial compacto. Las bases estén coloreadas en rosa y el esqueleto de pentosas y fosfatos en verde. |A-DNA B-DNA 237m, stad Waices feos 25m aa oa am bases inclinadas: 19° mis corta| dexindgira Las diferencias, recién comentadas, en la estructura de las dobles hélices A y B vienen originadas en altima instancia por la diferente disposicién de los pares de bases, debida concretamente a una distinta conformacién de la desoxirribosa: En el A-DNA, el C3’ sobresale del plano formado por fos otros cuatro carbonos de a ribafuranosa {(conformacion C3'endo), mientras que en el B-DNA es el C2’ el que no es coplanar (conformacién C2'-endo).. P i 3 Hag be* t e 7 a ereceeyoonmm gf ‘conformacién C3"-endo (A-DNA) Esta distinta conformacién del anillo de ribosa hace que en el A-DNA los dos grupos fosfato consecutivos estén ‘més proximos entre si, lo que explica que los pares de bases sucesivos se acerquen, acortando la cadena ‘Similarmente, el cambio en la geometria conduce a los diferentes parémetros geométricos ya comentados.VARIANTES EN DOBLE HEBRA: FORMAS AY Z 55 6.1.2 Forma Z del DNA, en comparacién con las formas B y A La existoncia de la forma Z surge por primera vez de la observacién, mediante difraccién de rayos X, de una doble hice del hexanuclestide CGCGCG, con caracteristicas distintas a las formas B y A; entre ellas, como muy signictive, su giro a izquierdas 0 levégiro. Posteriormente, se ha encontrado esta estructura en otros oligonucledtidos. sintSicos con secuencias de purinas y pirimidinas alteras. Aunque in vivo predomina el B-DNA, se ha podido obsorvar la presencia de algunas regiones Z en el genoma de células eucariéicas, empleando anticuerpos contra esta dltima confermacién. Su funcién, ain por confirmar, parece estar relacionada con el control de la expresién génica y con la recembinaci6n, En cuanto a sus dimensiones, observadas ahora comparativamente con las otras conformaciones, se observa que Iehilice Z es la mas estrecha (1,84 nm de diametro), la mas larga (mayor distancia entre bases: 0,38 nm) y la que tiene mayor ndmero de pares de bases por vuelta (12), lo cual supone una menor rotacién por base (30°) y un mayor eso 0 longitud de una vuelta de hélice (4.56 nm). Es, en resumen, una hélice muy estirada. En su superficie forma un +00 surco, profundo (correspondiente a la posicion del surco menor en A- y B-DNA). ‘Modelos espaciales compactos: [A-DNA, [B-DNA [Z-DNA Sto vue de hice ppso seam Birt ea) SK ct suo miyor exit may peas = ae mage rat 7 Sarecho ne ees atte oe La consideracion de esta estructura a nivel molecular muestra que sus diferencias respecto a las formas A y B se eben también a una distinta conformacién, en este caso alrededor dol enlace N-glcosidico. En las formas A y B todas la bases nitrogenades se orientan alejadas del anilo de pentosa, en la Hamada conformacion anti, mientras que ‘41 Z-DNA s6lo lo hacen las primidinas; las purinas tnden a situarse sobre la pentosa (conformacién sin). Por ello, ‘las secuencias de purinas y primidnas altemantes (por ejemplo, CECGCGCG), tipicas del Z-DNA. se favorece la sucesiin de ambas conformaciones, sin (G) y anti (C), abigando al esqueleto azticarfosfato a plagarse en zig-zag para poder establecer los enlaces de hidrogeno.56 \VARIACIONES EN LA ESTRUCTURA DEL DNA conformacién anti (oda as bases en A-y B-DNA, ‘pitimins en 2-DNA) ° 6 Onto. Soc, i / Z Z - ‘itn en conformacitn ant s ase alejada dela pentose ru tridimensional del par de ~ nucledtidas CaG enun Z-DNA . ts fosfatos quedan en posiciones. relativas muy diferentes a las del B-DNA La disposicion en zig-zag del esqueleto de la forma Z del DNA se aprecia de forma dptima en este ‘modelo de varillas, donde los grupos fosfato se han unido con una linea verde hipotética. Se muestra, ‘ efectos comparativos, cémo cl B-DNA no presenta esta ordenacién, sino que su esqueleto describe ‘una hélice continua. Obsérvese que el Z-DNA es el tinico con hélice en sentido levogiro. ‘igen ane linea ox grapos foto 50 en ncvenan ms (Ge thie nombre pedximos ete que Z-DNA) Sy ALY BONA. tor requiere una clevada lectrotiticas ene los yas poder ‘conformacion Los grupos fof siuen ‘ana helice dextigira levy 6.2 VARIANTES LOCALES DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL B-DNA Los estudios de difraccion de rayos X también revelaron la existencia de variaciones en la conformacién en determinadas secuencias del B-DNA. Aunque dentro de este apertado también podria inclulrse el superenrollamiento del DNA, se ha preferido describ este aspecto como una estructura de orden superior de los acidos nucleicos, dada su implicacién en la organizacion del cromosoma.VARIANTES LOCALES DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL B-DNA 57 6.21 Curvatura de la doble hélice A pesar de la regularidad del modelo de Watson y Crick, existen pequefias diferencias locales en la estructura de los DNAs depeniendo de los nuclestides integrantes. Por ejemplo, en determinadas secuencias los pares de bases no son exactamente coplanares, lo que puede ocasionar una desviacién del eje de la doble hélice. En otros casos, frecuentes, la curvatura no se origina por una secuencia particular de nucledtidos, sino que es forzada por la unién de a proteina a la cadena de DNA (como, por ejemplo, la mostrada en pag. 61) 622 Palindromos 6221 Concepto y caracteristicas ‘Se denomina secuencias palindrémicas, o simplemente palindromos, a aquellas regiones de un DNA cuya seqencia es la misma en ambas hebras. Son bastante comunes, y tienen un significado especial por varies razones: (@) ser lugares-diana de las enzimas de restriccién (herramientas experimentales para escindir acides nucleicos en la teendagia del DNA recombinante); (b) actuar como centros reguladores de la expresion génica; {c) dar lugar a estucturas secundarias pecullares en DNA y RNA, etc. Gramatcalmente, un palindromo (del griego palin = de nuevo, dromos = carrera) es toda palabra o frase que so deletrea igual de izquierda a derecha y de derecha a izquierda. Por ejemplo: RADAR, ANILINA, DABALE ARROZ ALA ZORRA EL ABAD. En los palindromos hay un centro de simetria (a la vez eje y plano de simetria), que es la letra cera ola posicion entre las dos letras contrales. Sin embargo, la extensién de este término al campo de la Biologia Molecular no es directa: se dice que una region e DNA es palindrémica cuando la secuencia de una hebra, leida de izquierda a derecha, es igual que la de la otra hhebra, lelda de derecha a izquierda. Por tanto, los palindromos se observan en las dos cadenas conjuntamente, y no en ma sda. Por ejemplo, a secuencia TTAGCAC-CACGATT seria un palindromo gramatical, pero no es una secuencia palndrémica. Teniendo en cuenta que, segin el convenio de escritura de los DNAS, ambas hebras se deben leer de 5a 3, se concuye que las dos hebras de un palindromo tienen la misma secuencia; ésta puede considerarse una ‘elniign de patindromo. tes patindrimica en un DNA de dob e heb Hiebra I, Jeida de izquierda a derecha (5'—93"): TTAGCACGTGCTAA Hiebra 2, leida de derecha a izquierda (S'93"). TTAGCACGTGCTAA s (Er [a eyveya T[G[e|TJAla]* z alelefalri[r|s je binario de sierra ‘oxacionl) s [2] PF a[eTeyaye 3° s[ayatrletetr[elelatetelaltit|s Como una extensién del concepto de palindromo, se Haman palindromos intorrumpidos aquélos en los cuales na pequeia secuencia separa ias dos milades del palindrome y acta, por tanto, como centro de simetria no puntual {enlugar del espacio entre dos nucledidos de un palindrome esticto). En cualquier caso, todo palindromo esta formado fr dos “mitades" de secuencia idéntica, separadas por un cento de simetia, puntual 0 no punta Karine in:e212ih—<— na suena (leatoria) A coms cone de siete s F]F]ayeye ae G[e]tlayals 7 g[tle efejaltir|* A\cumplrse tanto la simetria propia del palindromo como la complementariedad de las dos hebras resulta que las seovencias de una misma hebra que quedan a ambos lados del centro de simetria son complementarias entre si; se dice por ello que las secuencias palindrémicas son autocomplementarias,las dos hcbras son complementarias entre si En ocasiones se utiliza como sinénimo de palindroma el término repeticiones Invertidas, puesto que si se leen en sentidos ‘opuestos, las dos mitades tienen a misma secuoncia (a ambos lados del centro de simetia, puntual 0 n0). Otro término relacionado es el de repsticlones directas, que se emplea cuando ‘en un DNA hay repeticion de una secuencia {(unided de repeticion), lelda siempre en el ‘mismo sentido. No son palindromos porque no se cumple el crtetio de igualdad de secuencias Ieidas en sentido opuesto, ni hay ‘centro de simetria, por o que no se habla de “mitades". Estas repeticiones tienen interés porque aparecen con enorme frecuencia en fl _genoma (pag. 109), tanto en posiciones ccontiguas 0 adyacentes (repeticiones en tandem) como separadas por un numero elevado de pares de bases (repeticiones disporsas). Finalmente, se habla de repeticiones especulares cuando la seouencia se repite, de forma invertida, dentro de ta misma hebra. De nuevo, no son palindromos, pues no hay centro de simetria rotacional, sino plano de simetria especular. Estas dos ultimas _posibilidades, ‘aunque aparecen con frecuencia en los DNAs, ocupando una parte importante de su ‘secuencia, no tienen consecuencias en cuanto a la estructura secundaria de los ‘cidos nucleicos, por lo que a partir de este momento solo se trataran los palindromes. CTRTETSTAT ETE)» hebra 2 \VARIACIONES EN LA ESTRUCTURA DEL DNA 3] TET) »[RIXTFTeTST TS] sEEREERTE y ERT TeTe Te Te] Ja hebra 2s aulocomplementaria, on es autocomplementaria 2.2 Repeticiones de secuencia palindromos = repeticiones invertidas: (cjemplo: palindromo discontinuo, con un centro des RGCTAR 3 GATT 5! ‘centro o je de simetri no puntual) Las secuencias son iguales si se leen en sentidos opucstos: Secuencia |! mitad (-»): ‘Secuencia 2 mitad (<-) 5’ TTAGCAC 3’ ==__«S*TTAGCAC 3 ARICGTS = AATCGTG repeticiones directas: (jemplo: separadas por 4p) eae aE > [Scaatesrserersarcors 8, _—— 2s no hay eje ni plano de simetia Las secuencias son iguales si se leen en el mismo sentido: Secuencia 18 repeticién (-»): Secuencia 2 repeticidn (>): 5/ TIRGCAC 3’ =_S? PTAGCAC 3 aabeete RanCere repeticiones especulares: (ejemplo: separadas por 4 pb) nor AConT S| NSTGCTAA 5? \—— plano de simetria (no punta) Las secuencias son diferentes: ‘Secuencia 14 repeticién (-9): _-Seewencia 2*repeticibn (<=): Ss’ THAGCAC 3 ok” RATCGTG 3" AATCGTS. ‘raccac Sélo iguates sila segunda se lee en sentido no convencional, de 3° a5": Ss’ Tragcac 37 0 3 TTAGCAC 5 AATCGTG I AATCGTS.VARIANTES LOCALES DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL B-DNA 59 62.2.3 Palindromos en moléculas de hebra sencilla Para el caso de acidos nucleicos de hebra sencilla, la definickin de palindromo no se puede aplicar estrictamente, ‘Sin embargo, dada la relacién de complementariedad entre la secuencia de un RNA y Ia de una de las hebras del DNA (qe lo codfica, las secuencias de RNA de hebra sencilla codificado por un DNA palindrémico son también ‘autocomplementarias y se consideran como palindromos. Bajo este criterio, cada una de las dos hebras de un ONA, paindromico también es una secuencia palindrémica de hebra sencila. 622.4 Consecuencias estructurales de los palindromos a) En dcidos nucleicos de hebra sencilla La eistencia de palindromos, por ser secercias autocomplementarias, puede afedr de forma importante 2 la estructura secundaria. As, las hebras sencilas de ONA o RNA pueden plogarse ocasionalmente sobre si mismes pera formar una estructura on ‘orqulla. Si el centro de simetria no es puntual (palinéromos. intorumpidos), suv secuencia farms un ducle en el extremo de la horquila La formacion de horquilas posee gran revancia en la estructura tridimensional de digunas RNAS. El ejemplo mas significative lo cansituyen los brazos de los 1RNAS, regiones an estuctura de tallo y bucle (p89. 74), fomados por secuencias palindrémicas. Por {io lado, este tipo de plegamiento on el RNA centbuye, en algunos casos, a la terminacion de la tanscripcién; concretamente, on ol mecarismo de torminacion independiente de p 2 procarotas y los mecanismos equivalentes deexcorotes. En ol caso de hobras sencilas de DNA también pueden encontrarse horqullas, por eenploen el DNA desnaturalizado, que carece dena estuctura secundaria defini. También 0 propone su formacion en. situaciones Paticdares, por ejemplo durante la sintesis en llabortorio del cDNA (ONA complementario) 2 patr de un mRNA, donde el extromo 3° del DNA de hebra sencila se repliega sobre si misma y sive asi de cobador para la pekmeresa (pa. 208). ) En DNA de doble hebra En el caso de un DNA doble, las hebras al palindromo pueden separarse y reasociarse 4e otra forma, generando estructuras de doble horgila 0 cruciformes (en forma de cruz). Similarmente al caso anterior, los palindromos interumpidos forman cruciformes con dos bucles. Hebra sencilla (DNA 0 RNA) pslindrome extito: pllgdrome interumpido cont de seta punt secdenin com centro de sitia oe STA oS 1 1 reasociacion de una hebra 2 Horguilla sin bucle orga conbucle Doble hebra (s6lo DNA) palindrome estct: pallsdromo iterumplo: cz desimetta puntal ——_seeuencia como een de sims srg som y rp sVnnitoremacaser +s) iyyrbabkbeater ts reasociacion de las dos hebras AL Hr Cruetforme sin bucles Cruciforme ‘con bucles 6.2.2.5 Funcionalidad de los palindromos Los palindromos en DNA diplex actian como sefiales de reconocimiento a las que se unen numerasas proteinas Feguladores, que poseen estructuras diméricas que les permiten unirse de forma simétrica a ambas mitades dal palindromo (pag. 61).VARIACIONES EN LA ESTRUCTURA DEL DNA 6.2.3 H-DNA: triple hélice Se trata de una estructura poco habituel, formada por 3 hebras: una triple hélice, también llamada triplex 0 triplc. Se descubrié por primera vez en un RNA, aunque es en el DNA donde se encuentra con mas frecuencia. Se orman en regiones ricas en pirimidinas (Secuencia (CT), ) en una hebra y ricas en purinas (secuencia (AG), ) en la hhebra complementarla. En condiciones normals, dichas Secuencias se encuentran totalmente apareadas sin alteracién ‘alguna en la doble hice. Sin embargo, puede ocurtir que parte de la doble hélice se abra y la hebra rica en Cy T se repliegue y se aparee con la otra hebra (AG), mediante una nueva clase de enlaces de hidrégeno (conocidos como ‘enlaces de Hoogsteen), en una zona donde ésta atin forma doble hélice, Aparece asi una triple hélice (CT), / (AG)y / (CT), en dicho segmento de! DNA. La otra hebra sencilla (rica en A y G), desapareada, forma una especie de bucle. Organizacién de las cadenas en et plano: dobe shige ‘zona cn tiple hice hnbesj.denen€T. S'—GGACAGGTCTETeTeTCTETCTC-7, Esquematicamente: 18) Las dos hebras (1 y 2) forman una doble bélice. 28) Una de las hebras gira volviendo hacia ats (1*) {y se aparea.con ls dos hebras anteriores, MT {formando el segmento de triple helice. bea 2.sceen GA 3° -CORGTC Arg? 38) La otra hebra (2) queds desapareads, hasa que ALLTEL ek se refine de nuevo con la hebra } para formar uo Tore BTTONCHORCRCDCTODE SA NE te de dol ae, aR, eee g PRE Ncxccncncaancns”” os ‘ aceaaa ee Tmonohetrsdesaparcadn Organizacién espacial de las cadenas: Ejemplo de apareamiento de 3 bases que da lugar a la triple hélice en el H-DNA (TAT). EL ‘otro apareamiento es entre citosina, guanina y Citosina protonada: CGC. En el caso de RNAs, Ia interaccién TAT ‘vendria susttuida por UAU. 7 ‘S tamafo aproximadoS 2 delahelice—N enlaces de H mT \ a re" a ‘apices ay Sekai2 ’ ae lacs deft C Obstrvese a implicacién de lisicos ome Nauelewesdstny de Walson-Criek) ay) - Este tipo de estructura ha despertado gran interés por su aplicacién en terapias de inhibicién de la expresion ‘génica, mediante la unin de un oligonuclestido sintético a la doble hélice del DNA en la regién promotora de un gen, formando una triple hélice que impide la expresién det gen. 6.3 MOTIVOS ESTRUCTURALES RESPONSABLES DE LA UNION DEL DNA CON PROTEINAS ‘Son numerosos las procesos biolbgicos en los que la funcién del DNA depende de su interaccién especifica con proteinas; destaca entre ellos el control de la expresion génica, ejercido por proteinas denominadas genéricamente actores de transcripcién (cuyo papel se estudia més adelante, pag. 264). El estudio de estas proteinas tiene interés deniro del contexto de las variantes estructurales del DNA, precisamente por su capacidad de reconocer & interaccionar con secuencias coneretas del DNA. Este reconocimiento tiene lugar gracias a la posibiidad de variaciones locales en la estructura tridimensional del DNA, asi como a la interaccién directa de Ia proteina con las ‘bases, sin necesidad de que se separen las hebras de la doble hélice. En la mayor parte de los casos, los numerosos ‘contactos establecides (de tipo iénico, hidrofébico y enlaces de hidrogeno), aunque individualmente débiles, se ‘combinan para dar una interaccin especifica y muy fuerte entre DNA y proteinaMOTIVOS ESTRUCTURALES RESPONSABLES DE LA UNION DEL DNA CON PROTEINAS 61 El reconocimiento se ejerce a través de regiones o elementos estructurales, que son sélo una parte de la estuctura terciaria completa de la proteine, y que se pueden encontrar, con una estructura espacial muy similar, en Protenas distintas, interviniendo en una misma funcién en todas ellas. Si se cumplen estos requisites, reciben la ‘denominacién genérica de “motives” estructurales proteicos (en inglés, motifs), en este caso “motives de unién a DNA, La interaccién tiene lugar con el exterior de 1a doble hélice, especialmente sobre el surco mayor. Como eammeenens A reap hap gro hdleca donde los subindices representan el numero de residuos (aminodcidos variables, X) que separa los aminodcidos ‘consenso (constantes). Estas secuencias adquleren esponténeamente gracias al Zn® la conformacion apropiada para ‘qe el segmento a-helicoidal interaccione con tres bases expuestas en el surco mayor del DNA. Los restos variables permten que se reconozcan distintas secuencias del DNA. ( acT inion toss TINA, nei li ene) conscetivs (se mustran 3) sguehe surco mayor del DNA} atructura lisica de un dodo de zine) (Cys, con 2 hoja B | hale y Vion Zn st ata vista Me ee Las dos icras del DNA se mucstran com cintas azul, {Loe motivos dedo de ne de la proteina TFIMA, en rosa fs a-licos, on ‘narana Tas hoja fy en nogro el Yesto dela cadena sn estructura secundaria, [Los fones Za" en verde Cistcinus Hisiinas En otras casos se observa una variante de dedo de zinc llamada C,, donde el ion metalico se coordina con cuatro Cys en le secuencla consenso Dys-Xp- Cys X4g-CysXyCys- que no forma hojas , sino dos segmentos en achélice. Esta estructura aparece, por ejemplo, en los receptores de homonas esteroides,64 VARIAGIONES EN LA ESTRUCTURA DEL DNA 6.3.1.5 Motivo cremallera de leucina Se trata de una regién de la proteina cuya secuencia tiene un residuo de leucina cada 7 aminodcldos. Al adopter la conformacién c-helicoidal se concentran en un lado los aminodcidos hidrofébicos, de tal manera que Leu se repite en Ja misma cara cada dos vueltas de hélice (2 vueltas de 3,4 residuos = 7 aminodcidos). Dos cadenas peptidicas de este tipo pueden asociarse hidrofébicamenta, intercalando sus restos de Leu como si se tratara de los dientes de una cremaliora (en inglés, leucine zipper). En el otro extremo dat mative las dos a-hélices encajan en el surco mayor del DNA y presentan en la cara exterior abundantes aminodcidos basicos que interaccionan favorablemente con los fosfatos. De alguna manera, este modelo se asemeja a una "Y", en le que el tallo corresponderia a la cremallera de leucina y los brazos a los tramos de las hélices que contactan con el DNA, Estructuras de este tipo aparecen, por ‘ejemplo, en las proteinas reguladoras de la transcripcién llamadas bZIP. (CMotivo cremallera de leucina y su interaceién con el DNA_) se ” ‘ilo eadenas Intrates de: * Le (emaritoTema 7 Estructuras de orden superior de DNA y RNA 7A Superenrollamiento del DNA. . 7-11 Superman del DNA on procartas (y mitoondis y derpletse de euCsHa) wn 8 7.1.1.1 Conformacién relajada . 7.1.1.2 Conformaciones superenrolladas.. 7.1.1.3 Demostracion experimental de! perenlaen 7.1.2. Aspecios tedricos del superenrollamiento . 7.2. Estructura de los RNAS... ——— 69 7.2.4 Composicién de bases y estructuras primaria y secundaria del RNA 68 7.2.2 Estructura tridimensional de los RNAs en general 70 72.3. Tpos de RNA: prpledadesyexuctras partelares 70 7.23.1 RNAmensajero (MRNA) .. _ n 7.23.2 RNA de transferencia ((RNA)..... x 74 a) Especifcidad de los tRNAS por los aminoscides m b) Presencia de nucleésides infrecuentes.. c) Apareamiento de bases intracatenario.. 4) Estructura secundaria en tbo... 2) Estructura terciaria en "L” 7.2.3.3 _ RNA fbosémico (fRNA). Ribozimas: funcién catalitica de algunos RNAS. 7.2.4.1 Accién catalitica en la maduracion de RNA.. 7.24.2 Acckén autocatalitica en la eliminacién de intrones.. 7 7.243 Acdlin cataltca y autocataitica en vioides: ribozimas de posible aplicacién ‘erapeucn. 78 7.2.44 Accién catalitica transpeplidasa en la sintesis de proteinas, 7B 73. Los ribosomas. ns . 73 7.3.1 Localizacion celular... "78 73.2. Caracteristicas diterenciales de los ribosomes procibicosyaueaibcas 80 TRAV Ofgem - 80 732.2 Composicién. 80 73.23 Estructura at 7.3.3 Separacion de los ribosomes, subunidades y componentes. at Los acidos nucteicos no se encuentran en las células en las formas extendidas correspondientes a su estructura ‘rimaria y secundaria, sino molecularmente més compactades, lo que hemos denominado (p. 32) nivel estructural “de ‘rdan superior’. En el caso del DNA, parte de esta compactacion o condensacién viene representada por el denominado ‘superenroilamiento, 0 retorcimiento de la cadena sobre s{ misma, mientras que para el RNA se plasma en estructuras triimensionales variadas. En ambos casos, la condensacién se completa por la asociacin estrecha eon proteinas que Inducen el plegamiento de la doble hélice del DNA o de la cadena lineal de algunos RNAS (p.e., el RNA ribosémico, ig. 79). La contribucién de esta asociacién con proteinas pose una relevancia especial en el caso del DNA nuclear eucaritico (tema 8).66 ESTRUCTURAS DE ORDEN SUPERIOR DE DNA Y RNA 7.1 SUPERENROLLAMIENTO DEL DNA El superenrollamiento, como parte de ta condensacién del ONA en general, posee especial significado pare entender la organizacion dal cromesoma. En concreto, contribuye a explicar como un DNA de tan gran magnitud puede alojarse en el interior de la célula (procariotas) 0 del nucleo (eucariotas), de dimensiones muy inferlores a la longitud te6rica del DNA en doble hélice. Por elemplo: DNA Tamario | longitud en forma de B-DNA | dimensiones en las que se compacta Ecol 4710" pb 4,6 mm = 1.600 um 2 um (cella) ‘Cada cromosoma humano | 50 — 250-10" pb 17-85 mm ‘Genoma humano diploide | 6,610" pb 22m pact ‘Se entiende por superenrollamiento (enrollar algo que ya ‘esié envollado) del DNA al retorcimionto © giro sobre si misma de ee la doble hélice (que ya leva implicito el enrollamiento mutuo de Taaobiehelce dos hebras), de forma que el eje de la doble heélice no sigue una ma linea recta, sino otra helica (una “superhélice”). Su causa, como ‘Fillowopeoaes ‘se vera a continuacién, es la introduccién de una tensién estructural en la propia molécula. Aparece de algin modo en todos los DNAS celulares (ya enrollados) y se encuentra estrethamente regulado in vivo por la accién de las topoisomerasas (pag. 151). En resumen, las dos hebras del DNA sufren un enrollamiento, mientras que la doble hélice sufre un superenrollamiento, Un ejemplo intuitive del concepto de superenrollamiento es el cordon del teléfono, que de por si presenta un tenrollamiento helicoidal y, con el uso cotidiano, termina por adoptar un enrollamiento adicional {cordén retorcido). Este simil se utiiz6 para explicar muchas propiedades del DNA virico (circular y pequefto). Un modelo més proximo a la estructura del DNA es una cuerda formada por dos cabos arrollados entre si. Aunque la cuerda tiende a mantener ese arrollamiento, puede ser forzada manualmente a un mayor o menor nomero de vueltas entre sus cabos (torsion), con lo {que se genera una tensin que se libera mediante la formacién de superenrollamientos. 7A Superenrollamiento del DNA en procariotas (y mitocondrias y cloroplastos de eucariotas) ‘Aunque afecta tanto a procariotas como a eucariotas, el superenrolamiento es mas conocido y de comprension ‘mas sencilla en los primeros, por lo que ast se abordara a continuacion. Estas consideraclones son igualmente vidas para el DNA de plasmidos procaritcos y el de cromosomas mitocondiales y cloroplésticos de eucarotas. En todos ‘estos casos, la molécula de DNA muestra una estructura circular 0 cerrada (una doble hice con sus extremos unidos entre si, ena que es facil apreciar los fenémenos de superenvollamiento. 7.1.1.1 Conformacién relajada La conformacién adoptada por el DNA en su forma B (aprox. 10,5 pb/vuelta) corresponde a un estado estable, de ‘minima energia, que se considera no superenrollado o relafado, cuando el oje de ta doble hélice se puede disponer ‘completamente sobre un plano. * ESTADO RELAJADO 0 NO SUPERENROLLADO (conformacién de minima energia, méxima estabilidad) ‘Gromosoma circular hipottco, con 210 pb: 20 vuets de hice eon 10,5 pivuelta (ge emplean doe colores para iar pstrrent le vualizaie d s rbecs esis Gna debi hea cl) Por RRS. en una rgitin de 63 pay 6 volts de hice con TOs phivelia:estuctura B-DNA, por fo tanto elgjadaSUPERENROLLAMIENTO DEL DNA 67 74.1.2 Conformaciones superenroliadas En las células, el DNA generalmente no se encuentra en la conformacién relajada, sino en un estado no relajado, superenrollade y mas compacto. Este es producido por topoisomerasas que, mediante el corte transitorio de una © anbas hebres, introducen un aumento o una disminucion en el ndmero de vueltas de hélice (pg. 151). En ambos casos s# produce una tensién estructural, debida a un plegamiento local de las hebras y a una posicién relativa de los nuclides diferentes de su geometria energéticamento mas estable, la del B-DNA. Esta tensién se conirarresta en la mmolécula mediante la formacion de un superenrollamienio: la cadena entera del DNA gira sobre si misma de forma que las bases puedan disponerse de nuevo del modo mas préximo a la conformacion B-DNA, En primer lugar, si se reduce el ndmero de vueltas de hélice, la tension se libera formando una superhélice a la ‘queso le asigna un valor negative de superenrollamiento, ESTADO NO RELAJADO o TENSO (de energia Conformacién de minima energia, ‘supcrior) originado por desenrollamiento obtenida mediante un de la doble (pérdida de vueltas) SUPERENROLLAMIENTO NEGATIVO eamolécula de DNA ha sudo una pérdida de una voela: lewmosoma de 210 p contin ahora 19 vuelts de hic, con 11,1 phivuclta Ja tension sefibere ee arc hams = os ‘ise considera que la pérdida de una voli de hice ha El cromosoma superenrllad tiene locuid en a rgion de 63 nb, esta tendréS vueltas de hice 20 vuelta con 10,5 pbivuclts cor 126 pelts: > 10,3 pivuela, es deci, tensa onformacién ne tensa Si, por el contrario, se aumenta el nimero de vueltas de hélice, Ja tensién se libera por formacion de una -supethdice de sentido opuesio, con un superenrollamiento positive. ESTADO NO RELAJADO o TENSO (de energia. Conformacién de minima energia, superior) originado por superenrollamicnto obtenida mediante un de la doble hélice (aumento de vueltas) SUPERENROLLAMIENTO POSITIVO “amos de DNA ba suid un aumento de una welt: Leromosoma de 210 pb contene ahora 21 vuctas de hélice. can 10,0 pbivueta (Génie energy compaction dea solide DNA ceular a tucleo spericice POF wn superenrolliento Gdesentdocontario positive ‘al anterior) ‘Sige considera que cl aumento de una via de hice El cromosoma supcrenoliad tene ccuido en region de 63 ph étatendrd 7 welts de hice 20 vueltas con 10.5 ph/vue: an 9,0 phvelta: < 10,5 phvuelta, por anc tensa onformacién no tensa TA’ 3 Demostracién experimental del superenrollamiento De estas dos posiblidades, el DNA se encuentra normaimente en tas oélulas en un estado de swperenrollamiento negative. La primera evidencia experimental que llevd a proponer la hipétesis del ‘sperenrollamiento de las cadenas se obtuvo gracias a la aplicacién de la técnica de ultracentritugacion isopienica (tesada en e! equiibrio de sedimentacion en un gradiente de densidad de cloruro de cesio, pag, 137). ‘Se abservé que el DNA de poliome, un pequefio virus que causa cancer a ratones, se separaba en tres bandas en A gredente. Las tres fracciones, sin embargo, tenian la misma masa molecular, por lo que la diferencia debia estar en ‘stforma 0 estructura, Se pudo comprobar que las moléculas menos densas eran ineales, miontras que las dems eran ciauares. Sélo tras la hipétesis del superenroliamiento se pudo explicar la diferencia entre esas dos fracciones mas densos,68 ESTRUCTURAS DE ORDEN SUPERIOR DE DNA Y RNA band 14 {reno orf de soimenacén QQ) Btkes , ecctrs coos compet ali See ‘banda Il, 16S se a — {eed Se sediment intermedia FF SRXiedsicetacheateseao” VEE I eee anda 1, 208 5 COO) Liiyer cles de setimenacin: LY DNA de doblehcbra circular, superenrollado cxiuctura mis compects 7.1.2 Aspectos teéricos del superenrollamiento El empleo de la Topologia (rama de las Matematicas que estudia las propledades de posicién relativa de las partes de un objeto, propiedades que no cambian al ser sometido a deformacion) ha permitido aclarar la estructura del DNA superenroliado. El signo y magnitud del superenrollamiento se asignan con base en dicho estudio topolégico, det ‘val s6lo se comentan aqui los aspectos mas elemeniales. Posibles disposiionesteicas de dos hebra (pr ejemplo, dos cabos de cuerds) con diferente grado de enrllamiento entre s (diferente nimero de enlace). = nimero de gnlace~ n° de Ves qu las hebras se cazan (Etmodslo dela dreha, son L=20, corespondriaal DNA rej de 210 p considera ateormente) SOOO bo 120 Se define el indice o némero de enlace topolégico (L 0 Lk, de linking number) como el numero de veces que Iss dos hebras se cruzan entre sf; mis especificamente, el numero de veces que una hebra cruza el plano definido par la Ctra (como anillo o curva cerrada). Se le asigna valor positivo cuando las hebras se cruzan hacia la derecha. Se habla de enlace topolégico porque cuando L#0 las dos hebras estan fisicamente ligadas (es decir, no se pueden separar), a pesar de que no hay enlaces covalentes entre ellas. Sdlo se podrian separar (L=0) rompienda algin fenlace covalente (es decir, cortando una hebra). Lo mismo es aplicable para cualquier cambio del valor L. Por la misma razén, la deformacién, plagamiento, etc., de las hebras, sin cortarlas, no alteran el numero de enlace ni el ndmero de superenrollamiento. Para ol caso del DNA, la conformacion relajada posee, por tanto, un nimero de enlace igual al nimero de vueltes de hélice, siempre positive puesta que la dable hélice de! DNA es dextrogira. Como ya se ha estudiado, las situaciones de superenrollamiento surgen de cambios en el nimero de vueltas de hélice, es decir, en el nimero de enlace L. Para discerir y cuantificar los estados superenrollados se refiere su valor de L al del estado relajado, definiendo ‘un nuevo valor numérico de superenrollamianta como la diferencia (AL) entre et nimero de enlace de una conformacién cconcreta del DNA y el nlimero de enlace de su forma relajada. Este valor de superenrollamiento puede, l6gicamente, ser positivo o negative, Para un DNA doble circular de 210 pb de longitu, ta estrcturaB tiene 210 ph / 10,8 phivulta = 20 vuelta. Por tanto, 1a ‘conformacinrelajada de ere DNA seria lade L=20. Por encima y por debajo de L=20 se habla de un superenollamiento positivo o negative, respectivaments. (Todas las Formas representadas son ls de minima energia para eada caso) coo CO C) eS ovo speenoaniat nagaio ‘superna posting : Law S2 boas ba sspeenaamo=0 womens? ageensinlno=-1 spscraaniio= +1 spree #2ESTRUCTURA DE LOS RNAS 69 7.2 ESTRUCTURA DE LOS RNAs Como ya se ha indicado (p49. 33), los RNAS son polribonucledtidos (polinuctedtidos con ribosa, y U en lugar de 1 formados par cadenas lineales, de hebra sencilla, de varias decenas o millares de unidades, pero de longitud muy Inferior a las de DNA. No se presentan como cadenas dobles de hebras complementarias. 724 Composici6n de bases y estructuras primaria y secundaria del RNA La estructura primaria de los RNAS ha sido estudlada anterornente (tema 4). En cuanto @ la secundaria, es caradersica la ausencia de una estructura repeliva y bien definida, a diferencia del DNA; realmente s6lo cxisie tstucura secundaria en parte de la molécula de tRNAs y ¢RNAS ‘A no existr un apareamiento sistematico de dos hebras, la composicién de bases en los RNAS es mucho mas \erada que en ol DNA y no se cumpien las reglas de Chargett (p89. 38). Por otro lado, en algunos RNAS hay cirta {undancia de nucledidosdistintos de fos cuatro principales (A, G, Cy U), aunque en proporcibn baja con respecto ala de esos, Composicion de bases de varios RNAs (%) ‘Organismo [Tipo de RNA A G Cc w Rata nuclear 202 25.7 295 26 (higedo) | mitocondrial 178, 318 284 209 ribosémico 200 305 316 20.2 detransferencia | 20.9 309) 28.5 204 mensajero 23.8 283 214 205 Tevaduras | ribosémico 249 207 194) 26.7 de transferencia 185 29.2 28.4 200 mensajero 275 25.1 203 27.1 E coli | ribosémico 25 31 = 22. 21 de transferencia, 193 32.0 283 160 mensajero, 24.1 207 24.7 23.5 Obsérvese cémo, a diferencia de lo que ocurre con el DNA, + Ta composicién de bases varia dentro de una misma especic (segiin el RNA considerado) + no existe una equivalencia entre bases (A¥U, GxC, purinasepirimidinas) ‘Algunos RNAs adoptan estructura secundaria en pequefias regiones de su molécula, gracias al plegamiento de su Unica hebra sobre si misma, siempre que éste permita el apareamiento intracatenario de dos zonas cuyas secuencias sean complementatias, a pesar de estar separadas en la estructura primaria, se forma asf una doble hélice local, de cardcter antiparalolo. De manera similar se forman también dobles hélices entre una molécula de RNA y una hebra sencila de DNA (hibridos RNA-DNA). En estos casos, si el grupo 2-OH de la ribosa adopta la conformacién C2'-endo presenta impedimentos estéricos con attos élomos de la cadena de RNA, lo que impide que se forme la doble hélice (que seria de tipo B). En concreto, 2-0H estaria muy cerca de los étomos del grupo fostato contiguo y del C8 de la base adyacente. En cambio, en la ‘canfarmacién C3'-endo el grupo 2-OH se proyecta hacia fuera, lejos de otros atomos del esquelelo y no aparece impadimento estérico alguno, por lo que es posible la formacién de la doble hélice, en este caso de tipo A. En resumen, la nica doble hélice en la que puede partcipar un RNA es la de tipo A (el DNA, al carecer del OH en 2", puede adoptar tanto la A como la B, como ya se ha estudiado en el tema 6). ‘ste grupo O1T Fncracctonrla esfavorblmente on los nucledtidos (CP eendtpine) 2 as pin) naa positon mo tay imeraceton con Tosrucledtidos ‘conformacién C3'-endo (forma A, Giniea posible para el RNA) conformacién C2'-endo (esta conformacién es vilida para la forma B ‘en el DNA, pero es imposible para el RNA)70 ESTRUCTURAS DE ORDEN SUPERIOR DE DNA Y RNA 7.2.2 Estructura tridimensional de los RNAs en general Existe una gran diversidad en la estructura tridimensional de las moléculas de RNA. Esta es compleja, Unica para ‘cada tipo de RNA, y resulta de la combinacién de estructuras secundarias locales, estabilizadas por enlaces de hidrégeno y por interacciones hidrofbbicas de apilamiento de bases. Su estudio concreto se hara mas adelante, para AY horquilla << si saliente burbuja 5 ucle 0 lazo Ea a a) wees fe tallo A pesar de Ia inexistencia de una estructura secundaria propiamente dicha para toda la molécula, la cadens ‘sencilla de cualquier RNA adopta localmente variadas estructuras: horqullas, cruciformes, bucles, lazos, etc. Algunas de ‘lias se deben al apareamiento de bases intracaterario formando cortos tramos de doble heélice de tipo A, como se ‘acaba de indicar. La proporcién de zonas helicoidales varia ampliamente entre distintos RNAS, pero puede alcanzar hasta un 60% de la estructura total. 7.2.3. Tipos de RNA: propiedades y estructuras particulares ‘Tanto en procariotas como en eucariotas existen tres tipos principales de RNA: mensajero (mRNA), de transferencia ({RNA) y ribosémica (RNA). Ademas de ellos, en eucariotas existen RNA nuclear heterogéneo (hnRNA), ‘nuclear pequefio (snRNA) y citaplasmico pequefto (scRNA), y RNAS de orgénulos (mitocondrias y cloroplastos). Todos ellos tienen en comin una funcién relacionada, directa 0 indirectamente, con la expresiin génica (maduracion postranscripcional y traduccién). Adicionalmente, en algunos virus el RNA Juega el papel de portador de la informacion ‘genética, que en el resto de organismos corresponde al DNA. Las diferencias fundamentales entre los distintos tipos de RNA se resumen en la tabla, sr is] “asec partes citoplasma (P y E) }-3,000 | esta seni nes! citoplasma (P y E) ay S00 diferentes, expects pra ada a2 citoplasma (Py E) 3 tipos, en oon pare ela sbuniudpequeta dl inom roca rnd asi neon ie oma pre a sobuniedpequta dl itosoma ribesomas de ucaions Somaa pre de asebaniadyrnde dl boom nicleo (E) 30.000 | anit primarn prosusr del mRNA releo (E) forma pane eibonuceopoeas nucle pequtas (SARE) (n+])pcptidiLtRNA + tRNA libre AA nivel fisiolégico, la RNasa Py la peptiditransferasa ribosémica son posiblemente las que mejor reflejan el Perecido de tas ribozimas con las enzimas proteicas, a saber: actan sobre un sustrato especifico, aceleran la reaccién, vatios érdenes de magnitud, no se destruyen durante la catdlisis y al parecer se comportan de acuerdo con la cinética michael, 7.3" LOS RIBOSOMAS Los ribosomes son perticulas subcelulares, u orgénulos, de importancia crucial para la transmision de la informacion genética, al constitulr el lugar fisico donde se realiza la sintesis de proteinas. Se pueden considerar como festucturas quimico-mecénicas pues, por un lado, se desplazan sobre el mRNA ordenando la interaccién de sus codanes con los correspondientes anticodones del tRNA y, por oro, proporcionan el entomo necesario para que los ‘aminaacides formen los enlaces peptidicos del polipéptido en crecimiento, Estructuralmente, los ribosomas son conjuntos plurimoleculares de proteinas y rRNAs (35 y 65% en peso, ‘espectivamente), con un tamafo de 20 a 23 nm. Es decir, son nucleoproteidos. El estudio de otros nucleoproteidos ‘aracteristicos, los Virus, ya se aborda generelmente en una materia propia, la Vicologia. 73.1 Localizacién celular En cada célula existen varios miles de ribosomas (por ej, mas de 15,000 en un E. col), que legan @ suponer un uarto del peso seco de la célula. Se encuentran en el citosol, asi como en la matriz mitecondrial y en el estroma de doroplastos, Pueden estar en forma libre, como partculas discretas, pero a menudo se observan en forma de hilera, ‘agupados sobre un mRNA; en este caso se les llama polisomas 0 polirribosomas; su grado de agrupacién o Polmerizacion depende de la actividad metabslica celular. Los ribosomas del citosol de eucariotas son mas complejos en composicién y mucho mayores en tamafto que los fibosomas bacterianos. Los ribosomas de mitocondrias y cloroplastos eucari6ticos son semejantes a los bacterianos (Gtosclicas). Evolutivamente para todos los tipos se ha conservada una misma estructura secundaria, pero no la Seovencia que la crea, EUCARIOTAS (animales, plantas, levaduras, hongos) . PROCARIOTAS mas grandes (bacterias) semejantes80 ESTRUCTURAS DE ORDEN SUPERIOR DE DNA Y RNA 7.3.2 Caracteristicas diferenciales de los ribosomas procariéticos y eucaridticos 7.3.2.1 Origen Los precursores del FRNA muestran una gran diversidad en su secuencia, que se manifesta en la aparcin (durante el proceso de maduracion postranscripcional) do distitos tipos de fRNASs, caracterizados especialmente por su diferente coeficiente de sedimentacion, s. 7.3.2.2 Composicién Los ribosomas estan formados por dos subunidades de tamaho diferente y forma iregulr, cada una consttuida por uno o mas fRNAs y varias proteinas de diversa masa molecular (entre 6 y 75 kDa). Tanto el ribosoma completo como sus suburidades y los rRNAs componentes ce denominan segtn su cocficiente de sedimentacién. Las proteinas, Por su parte, se designan por numeros consecutivos precedidos por L (large) o S (smal), segun pertenezcan a la subunidad grande o pequefia, respectivamente. Diferencias en origen, composicin y estructura de los ribosomas procaridticos y cucariéticos Simrad as reomieatnasepsnis | coer A ows eosin PERNA RNA) 305) ! seesRA gd 855) oto 3) ae] [SA] Par iw =| i Ne peateanserptionsl \ ee RNAI6S—FRNAZBS—RNASS FRNAIES —FRAS8SARNA2ES «RNAS = v0 uci, M,= 900,000 < 70S 4 } S i a | y ! mat 0 recuérdese que la suma de los valores S de ambas subunidades no es igual al valor S del, Fibosoma completo Qe polisoma ibosomas libresLOS RIBOSOMAS: 81 1 2.3 Estructura La estructura de los ribosomas, igual en todas las células, es muy caracteristica; se ha dilucldado empleando Aitrccién de rayos X, difraccién de neutrones, microscopia electrénica en combinacién con métodos inmunolagicos, etc. Debido @ su enorme tamafo (MDa) y la complejidad de su asociacién interna, el estudlo de la estructura, dinamica y {uncién de los ribosomas consttuyé un importante reto investigador. Les des subunidades se asocian por interacciones no covalentes, de una forma peculiar, como si la subunidad paquets llenase el hueco de la grande, dejando una hencidura o tinel entre ambas por la que pasa el mRNA a medida {ue el nbosoma se desplaza durante el proceso de traduccion y de la que emerge la cadena polipeptidica. Esc en oy obi de soso y Dispos abel osama de RNA y “nln bal cas ones ee ileum polopdice melons a ‘subunidad grande, ‘subunidad Sh rere ane es rol 3 vole —- ‘saben dad poqucta, subunida = ah iN anna cone de una “planed a a pein mine ee 7.3.3 Separaci6n de los ribosomas, subunidades y componentes ‘Tanto los ribosomas individuales como sus subunidades y sus componentes (RNAs y diferentes proteinas) se pueden separar mediante ceniritugacion en gradientes de sacarosa o de cloruro de cesio, en presencia de ‘ancerizacones definidas de Mg’®. Las subunidades alsladas no son activas. Por otro lado, si se mezclan los tamponentes (RNAS y proteinas) a pH y fuerza inica correctos, se asocian esponténeamente en unidades gaae 88 ‘iboscimas libres a “= Separacién _connfugacin on rabione de saceroda.con Mo?" 10 mit ey de los a UF ‘componentes de los ribosomas erga procaristicos ma contac on grasare db sscaosa,con Mg 0. mit sie 508; sas 305 ‘cont | gradiente de C3C, con elevad orice ie a en © css prone @ @ Og Sens ene a . “lea” 3 \ “piss » & ana) Presa iso aay Sos ot ¥ ree tomo roars Pa A roe ee -.. Ss _——- TAMAR Gp TRA O5% peoTema 8 Condensacion del DNA y cromosomas 81 Condensacién del DNA en eucariotas. 8.1.1 Protoinas componentes de la cromatina. 8.4.4.4 Histonas.. 8.1.1.2 _Proteinas no histor 8.1.2 _Niveles de condensacion del DNA nuclear eucariti 8.1.21 Disposicién en nucieosomas y fioras de 10 nm 8.1.2.2 Formacion de la fibra de 30 nm. 8.1.2.3 Cromatina 0 cromosoma interfasico... 8.1.2.4 Cromosoma metafésico 82. Estudio del cromosoma metatésico 8.2.1 Aspactos citogensticos. 8.2.1.1 Morfologia de los cromosoma: 82.1.2 Cariotipo y su andlisis.. 8213 Bandeado 82.2 Regiones con significado funcional. 8221 Centromero. 8222 Telbmeros, 83 Dotacién genética en eUcatiot]s nnn 8.9.4 Namera de cromasomas (n): carter hepoidey ‘iploide. 432 Contenido de DNA: valor C.. 833° Locus y AelO vr 83.4 Genotipo, fenctipo y dominancia. 8.1 CONDENSACION DEL DNA EN EUCARIOTAS Para completar la descripcién de la estructura del DNA como material genético y como requisite previo sl estudio el cclo celular (tema 9), es conveniente analizar el complejo problema de la condensacién del DNA nuciear, que ocurre lo largo de la interfase de dicho ciclo. Este aspecto, junto al proceso enzimético de la replicacion del DNA (tema 12) urent la fase S, os de la mayor importancia desde el punto de vista basico y de sus aplicaciones. Coma ya se ha indicado, ta condensacién del DNA comprende dos aspectos, tebricamente independientes pero {uncionalmente relacionados y subordinados entre si: Superenrollamiento propiamente dicho de la molécula de B-DNA (doble hélice dextrogira). Es analago al superenroflamiento ncgativo ya descito para procariotas (pig, 66); se conoce peor en eueariotas por su mayor Complejidad, debida en parte a la gran magnitud det genoma. Condensacién del DNA \Erapaquctamiento, plegamiento o compactacién de la motécula de DNA debido a a asociacién con proteinas, para dar ugar a nuclcoproteinas. Se estudia en este tema, Este aspecto apenas existe en procariotas y orginulos de eucariotas, donde no hay histonas y Ja condensaci6n se basa s6lo en el Superensllamieno dea doble hice84 CONDENSAGION DEL DNA Y CROMOSOMAS celular (tema 9), mientras que el proceso Inverso, la descondensacién del DNA, comienza después de la divsién Celular (fase M) y continia durante la fase G, hasta alcanzar de nuevo la condicién difusa, que permite la replicacion (fase S). No se conocen con precisién los aspectos moleculares de ambos procesos, aunque se asume una gran analogia y se considera, por tanto, que ambos transcurren por ls mismos mecanismos, en sentido inverso.. 8.1.1 Proteinas componentes de la cromatina 8.1.1.1 Histonas ‘Son las principales proteinas componentes del material genético de eucariotas (equivalentes en masa al DNA). Su funcién fundamental es estabilizar la estructura del DNA, contribuyendo a compactarla, para faciltar su fempaquetamionto. Estructuraimente, las histonas constituyen una familia de proteinas semejantes, de tamafo ‘elativamente pequeno y con elevado contenido (casi 1/3 del total) de aminodcidos basicos (pt de 9 a 10). Gracias 2 ello, muestran naturaleza policatiénica a pH fisiolégico (numerosas cargas posiivas en cada mokécula) y se asocian fuertemente, mediante interacciones electrostaticas, con los grupos fostato del esqueleto polianiénico del DNA. %Lisina_% Arginina %(Lys+Arg) N° de aminodcidos _Masa molecular Hi 24,8-29,5 1,3-2,6 274-308 215-244 21,1-23,0 kDa Ha 10.9 93 20,2 129 14,0 kDa Hp 160 64 224 125 13,8kDa HS 9,6 13,3 22,9 135 15,3 kDa He 108 13,7 24,5 102 1,2 kDa Existen einco tipes principales de histonas bien caracterizadas, que se diferencian en su composicién y, como se vverd después, en su Papel estructural en la organizacién del nucleosoma y cromosoma. La histona H1 se presenta con ‘mayor variablidad de secuencia y tamafio en distintas especies 0 tejdos, mientras que las otras cuatro estan altamente ‘conservadas. En algunos casos, H1 es susiituida por una variante, denominada H5, con especial afinidad por la cromatina, lo que refuerza el empaquetamiento y la inactividad transcripcional El grado de condensacion del DNA se regula en parte mediante la acetilacién y fosforilacién de las histones (pig. 326), afectando asi a le accesibilidad del DNA para la transcripcién; de este modo las histonas intervienen en el control de la expresién génica, 8.1.1.2 Proteinas no histonas En la cromatina se pueden encontrar otras proteinas, menos abundantes, mas variables entre tejidos y especies y ‘en general peor caracterizadas: a) Con funcién estructural + Proteinas basicas: ++ Protaminas: Desemperian la funcién equivalente a las histonas en tipos celulares concretos, particularmente el espermatozoide. Son proteinas pequefias (50 aminodcidos, en algun caso) con elevada proporcién de Arg, Alay Ser, y estructura predominantemente a-helicoidal. Su menor tamafo permite la compactacién del DNA en el ‘espacio minimo disponible en el espermatozoide. ‘+ Proteinas acidas: ‘+ HMG: Hasta un 5% de las proteinas nucleares coresponden al grupo llamado HMG (high mobility group), proteinas del grupo de alta movildad electroforética, por su cardcter Scido, relativamente pequefias. Algunas se ‘asocian al nucleosoma (al menos in vio), mientras que otras interaccionan con el DNA espaciador (pg. 86). Este ‘grupo incluye algunos factores de transcripcion. + Proteinas del esqueleto 0 matriz nuclear. Esta estructura, que sirve de soporte o guia en el empaquetamiento de la cromatina (pag. 87), esta formada por diversas proteinas, incluyendo algunas HMG y otras proteinas de ‘cardcter acido, ») Con otras funciones ‘+ Asociadas @ la cromatina, aunque en minima cantidad, se pueden encontrar numerasas proteinas, muy diferentes, {ue intervienen en la replicacién y transcripcién (temas 12 y 18) y en la propia regulacién det grado de ‘ondensacién de la cromatina: DNA- y RNA-polimerasas, sus proteinas auxiiares, factores de replicacién, factores de transcripcién, receptores hormonale, topoisomerases, et.