Posgrado en Ciencias Biológicas Biología Molecular

Universidad Nacional Autónoma de México Semestre 2010-1

Trabajo Académico FES-Iztacala

Genes Mutadores en Escherichia coli: evidencias

de una dinámica no lineal en el sistema de
reparación de incongruencias.
hugo ivan cruz-rosas
quetzal@ciencias.unam.mx

Resumen. Los errores en el copiado del DNA generan linajes celulares con variabilidad
genética en una población. Si alguno de los mecanismos de reparación del DNA falla,
estos errores pueden verse amplificados en su frecuencia. El sistema de reparación de
incongruencias (mismatch repair) es un sistema ampliamente distribuido en los diversos
phyla de organismos, y su mal funcionamiento o su deficiencia ha sido reportado en
poblaciones de E. coli como la principal causa que origina linajes altamente mutadores.
La inactivación o supresión de alguno de los genes relacionados con este sistema de
reparación, como lo son mutS y mutL, originan genotipos mutadores, que confieren una
alta susceptibilidad a futuras mutaciones que tienen consecuencias diversas y no
predecibles en el desarrollo de linajes dentro de una población. En base a esto, se
presenta evidencia reportada por grupos de trabajo experimentales para considerar la
dinámica de este sistema de reparación de incongruencias, como no lineal en cuanto a
sus consecuencias en el comportamiento de linajes bacterianos y la modificación de la
estructura de las poblaciones que integran.

Palabras clave: E. coli, genes mutadores, mismatch repair, dinámica no linear.

1. Ambiente y organismo cambiantes: un planteamiento general.

La gran mayoría de las mutaciones resultan deletéreas para los individuos de una
población, pues dado que los seres vivos se definen en relación a un ambiente externo,
al cual definen a su vez como su nicho ambiental1, todo cambio, desde los pequeños
hasta los más drásticos por parte de los seres vivos deben permitirles su permanencia en
el tiempo. Un estado particular de definición del organismo (fenotipo) en un ambiente
particular debe de ser capaz de coincidir con las condiciones que ofrece ese ambiente a
la vez de poder resistir las condiciones adversas al organismo en dicho medio, por lo
tanto, la gran mayoría de los cambios (mutaciones) en los sistemas vivos, no son
favorecidos por las condiciones ambientales del medio externo, que también es
cambiante. Sólo una pequeña parte de estas mutaciones logran coincidir con las
condiciones ambientales.
1
“El problema más profundo del concepto de adaptación es la idea de un ambiente dado al que se adapta
el organismo. Aunque el medio físico exista independientemente de los organismos que lo habitan, el
ambiente de un organismo, su nicho ambiental, no existe sin el organismo que lo define (…), los
problemas que deben ser resueltos por los organismos, son producto de la acción de los propios
organismos. En efecto, es imposible precisar el ambiente de un organismo antes de la existencia de ese
organismo. Es el organismo el que lo precisa. Entonces ¿cómo adaptarse a un ambiente que no existe
antes de a adaptarse a él?” Lewontin R. C. 1981.

i
 Los cambios ambientales, a su vez, dependen de variados procesos, todos ellos en
interacción continua (incluyendo la actividad de los sistemas biológicos, que también lo
modifican). Cada uno de estos procesos se encuentra en una dinámica que depende de
las interacciones de sus elementos constituyentes. De tal modo que las variaciones
ambientales en un momento dado, producen efectos desproporcionados: “pueden no
tener repercusión alguna en el estado futuro del sistema, o pueden provocar un cambio
radicalmente abrupto; de tal modo que las variaciones ambientales son consideradas
como fenómenos no lineales, y enmarcadas en los sistemas denominados caóticos,
donde la no linealidad y la sensibilidad a las condiciones iniciales son factores
fundamentales” (Miramontes, 1998).

A estos cambios ambientales se les observa como un sistema con un

comportamiento complejo y continuo, donde la cantidad de información que contienen
para manifestarse en un estado particular del sistema es una cantidad infinita de
información2. Esta cantidad infinita de información es la que le da el carácter de
impredectibilidad al cambio en el ambiente como un sistema complejo.

Ante este panorama, los sistemas vivos, que se definen en función a un ambiente
externo al cual modifican y por medio del cual sufren modificaciones, se encuentran
ante un horizonte de predectibilidad nulo del cambio ambiental; pues para poder
predecir la dirección del cambio que el ambiente pueda experimentar se necesitaría
poder censar una cantidad infinita de información, cosa que no es posible dado que los
sistemas sensoriales de los organismos vivos son capaces de censar sólo una pequeña
parte de la información ambiental que les rodea; ya sean organismos unicelulares (como
las bacterias), o pluricelulares.

Con esta idea en mente, podemos enunciar el siguiente planteamiento para este
trabajo: El ambiente cambia de modo impredecible con un comportamiento no lineal, al
igual que los seres vivos lo hacen como resultado de su existencia, al ser ambos
fenómenos dinámicos en el Universo. Los seres vivos requieren del ambiente como un
medio real para manifestarse.

Debido a la naturaleza de sus elementos materiales, las condiciones ambientales

tienen un conjunto finito de posibles estados futuros (aunque impredecibles), si
tomamos este conjunto de posibles estados futuros ambientales en un tiempo que
arbitrariamente llamaremos inicial, determinados cada uno por las interacciones de sus
elementos, podemos así enlistar a estos posibles estados como a1, a2, …, an, donde sólo
alguno es manifestado en el siguiente momento. Por su parte, los sistemas vivos
presentan de igual modo variaciones que posibilitan la manifestación de alguno de
varios posibles estados en la población, definidos por un fenotipo recurrente en un
momento dado, a cuyos posibles estados podemos también definirlos en un conjunto
finito de posibilidades determinadas por las opciones de interacción y expresión génicas
en un tiempo que también llamaremos inicial, enlistadas análogamente como b1, b2,…,
bm; tenemos así que estos posibles estados, tanto ambientales (con n posibilidades)

2
Toda función continua se encuentra definida por una sucesión infinita de puntos, donde cada uno de ellos
define un estadio particular de la función. Por su parte, a los fenómenos naturales se les puede representar
en su dinámica por medio de funciones continuas. Este tipo de representaciones es sólo una aproximación
que puede modelar casi a la perfección el fenómeno, pues para definirlo tal cual se presenta en la
naturaleza, es requerida una infinidad de información que coincida con cada punto de la función.

ii
como en la población biológica (con m posibilidades), pueden generar alguna de tres
tendencias3:

Tendencia 1: n > m. Este caso corresponde a una población silvestre, donde las
opciones ambientales a presentarse son mayores que los posibles estados de una
población. La diferencia entre n y m dará lugar también a una población con
propensión a extinguirse (si m es mucho menor que n). Con este contexto, en una
población denominada silvestre una reducción en la cantidad de variabilidad
poblacional (variabilidad en el genotipo de sus individuos) representa un peligro
para el mantenimiento de la población como tal en un tiempo futuro, al cambiar las
condiciones ambientales (como en la endogamia), pues se corre el riesgo de que al
cambiar el ambiente, la población no pueda expresar un estado que esté acorde al
nuevo momento ambiental (no puedan sobrevivir los organismos de la población
debido a la reducción en su variabilidad en fenotipos).

Tendencia 2: n = m. Este caso ideal corresponde a una población hipotética

donde se produce tal variabilidad que las opciones que tiene (m) para manifestarse
en un tiempo futuro, coinciden exactamente con los posibles estados que tiene
también el ambiente externo para manifestarse (n). En consecuencia, la población se
mantendrá en todo momento en que esta condición se mantenga, pues forzosamente
algunos de sus individuos estarán en condiciones de definirse en relación al
ambiente (estarán adaptados).

Tendencia 3: n < m. Aquí, esta condición es la que interesa particularmente al

presente trabajo, pues representa a una población con alta variabilidad (gran
cantidad de mutaciones en sus individuos), donde hay tal cantidad de variantes que
determinan los posibles estados de la población (m estados posibles) que superan
incluso las opciones de posibles estados ambientales (n posibles). Por más cambios
que experimente el ambiente, la población podrá mantenerse.

De aquí se desprende la primera idea intuitiva: el tener altas frecuencias de mutación

en una población favorece al conjunto de individuos como tal, como conjunto, pues
siempre podrá responder como población a cambios de cualquier magnitud en el
ambiente. Sin embargo, en este primer planteamiento sólo se ha considerado el cambio,
tanto ambiental como en las poblaciones biológicas, como un conjunto de posibilidades;
pero la velocidad con la que estos cambios, y más aún, la velocidad con la que esta
diversidad de posibles estados futuros se manifiesta (en una población como variación
fenotípica y en el ambiente como factores y condiciones presentes en él), es una
condición determinante. Una población considerada mutadora, no sólo lo es respecto a
la cantidad de formas variadas que puede producir, sino también por la rapidez con que
pueden ser producidas y la velocidad con la que estas “nuevas” formas sustituyan a las
precedentes.

Hablamos así de tasas de mutación, sobre las cuales haremos referencia a partir de
resultados experimentales obtenidos por otras investigaciones en lo que resta de este
3
Las tendencias aquí propuestas son situaciones ideales, que sirven de contexto teórico para abordar el
problema de la aparición de fenotipos mutadores en Escherichia coli y su relación con el contexto
ambiental. Como se verá más adelante, estas tendencias propuestas en este trabajo sólo sirven de
introducción, pues consideran los cambios, tanto en las bacterias como en el ambiente en el que se
desenvuelven, como conjuntos de posibles estados futuros, faltando aún considerar la velocidad con la
que el número de posibilidades fluctúa en el tiempo.

iii
trabajo, para tratar de evaluar el efecto de poblaciones mutadoras en una población de
bacterias, tomando como referencia uno de los más ampliamente distribuidos sistemas
de reparación del DNA en los seres vivos: el sistema de reparación de incongruencias
(mismatch repair), sobre la base de que la principal fuente de mutaciones dentro de una
población en los organismos vivos es debida a errores en el momento de copiar el DNA;
y errores de este sistema de reparación generan fenotipos altamente mutables, no sólo en
términos de la cantidad de las variadas formas fenotípicas que pueden generarse, sino
también en la velocidad con que éstas se pueden originar.

Tomemos como modelo a Escherichia coli por ser donde se han estudiado más
extensamente los impactos de poblaciones mutadoras de este tipo en poblaciones
silvestres, y a la maquinaria de reparación de incongruencias por estar presente en todos
los organismos vivos en la actualidad. Pero antes de pasar a la siguiente sección,
citemos lo que escriben Boe et al. (2000) sobre que “en estudios teóricos de evolución y
filogénia molecular, es a menudo asumido que todos los individuos de una especie dada
tienen la misma probabilidad de sufrir mutaciones, y esto es asumido además como una
probabilidad que se mantiene constante. Este punto de vista simplificado, aunque
conveniente, desafortunadamente es incorrecto”. Como se verá, esto está sustentado
debido a que mutaciones en ciertas regiones del genoma que afectan a proteínas
responsables de la correcta replicación del DNA generan genotipos con mayores
probabilidades de mutar.

2.-Genes mutadores en E. coli: el mecanismo de reparación de incongruencias

(mismatch repair).

Las bacterias tienen diversos sistemas de reparación del DNA, si alguno de ellos
está ausente, las bacterias adquieren altas tasas de mutación. De tal modo que las tasas
de variación (mutación) llegan a ser tan altas que la cepa se denominada como sepa
mutadora.

De manera general, una o más proteínas en el sistema de reparación del DNA

detectan una irregularidad en la estructura de la secuencia. Después, la anormalidad es
removida por la acción de enzimas de reparación del DNA. Finalmente el DNA es
sintetizado nuevamente por medio de enzimas de replicación, y la irregularidad es
corregida. Uno de los mecanismos de reparación del DNA más conocidos y presente en
todos los organismos vivos es el de reparación de incongruencias (mismatch repair).

Este mecanismo, a grosso modo, se encarga de corregir las bases mal apareadas
entre las hebras paralelas del DNA. Los mecanismos de reparación por escisión de bases
logran reconocer la presencia de un nucleótido anormal en las secuencias (como la
presencia de uracilo [U] en el DNA); sin embargo, el mecanismo de reparación de
incongruencias, a diferencia del mecanismo de reparación por escisión de bases,
reconoce no a un nucleótido anormal en el DNA, sino a nucleótidos “normales” pero
apareados incorrectamente con su contraparte en la hebra paralela; vigilando que se
cumpla la regla AT, CG.

De este modo, este mecanismo “es similar al de la reparación de escisión de bases,

excepto porque el defecto en el DNA es un par de bases incongruente (mal apareadas),
no un nucleótido anormal” (Brooker, 2005). La incongruencia es reconocida y un

iv
segmento de DNA en esta región es removido. La cadena parental es utilizada para
sintetizar una cadena hija de DNA. El mecanismo ha sido descrito en numerosas
publicaciones y libros de biología molecular y/o genética. En la presente sección se ha
tomado la descripción hecha por Brooker en el año 2005, en su libro Genetics: analysis
and principles, del cuál se detalla el mecanismo general a continuación:

“Durante el curso normal de la replicación del DNA, la doble hélice obedece las
reglas de AT/GC en el apareamiento de las bases. Durante el curso anormal de la
replicación del DNA, sin embargo, un nucleótido incorrecto puede ser agregado a la
cadena en crecimiento por un error. Esto crea una incongruencia entre un nucleótido de
la cadena parental y el de la nueva cadena que se está formando. Existen varios
mecanismos de reparación del DNA que reconocen y remueven esta incongruencia. Por
ejemplo, la DNA polimerasa que tiene la capacidad de leer y verificar en el sentido 3´ a
5´ el DNA para identificar y remover las incongruencias que se generen. Sin embargo,
si esta lectura y verificación fallan, la célula tiene sistemas de reparación adicionales
que pueden detectar la incongruencia en las bases y corregirlas. Un interesante sistema
de reparación del DNA es el de reparación de incongruencias metil-direccionado
(methyl-directed mismatch repair), presente en todos los sistemas vivos.”

“El mecanismo molecular de la reparación de incongruencias ha sido estudiado

extensivamente en E. coli. Este sistema involucra la participación de diversas proteínas
que detectan las incongruencias y remueven específicamente el segmento de la
recientemente creada cadena hija debido, pues, a que ésta es la que contiene la base
incorrecta mientras que la hebra parental tiene la secuencia correcta. Por lo tanto, un
importante aspecto del sistema de reparación de incongruencias metil-direccionado es
que repara específicamente la cadena recientemente sintetizada y no así la cadena
original.”

“En E. coli, tres son las proteínas que se han identificado detectan las
incongruencias y dirigen la remoción de la base incongruente en la cadena hija,
denominadas MutL, MutH y MutS. Estas proteínas son denominadas Mut debido a que
su ausencia provoca muy altas tasas de mutación, comparadas con las cepas normales de
E. coli. Una característica clave de la proteína MutH es que puede distinguir entre la
hebra parental de DNA y la hebra hija: durante la replicación del DNA, la hebra
parental es metilada. Inmediatamente después de la replicación, demora algún tiempo
antes de que la hebra hija sea también metilada. Por lo tanto, la proteína MutH puede
distinguir entre la hebra parental y la recientemente sintetizada hebra hija debido a que
ésta no está metilada.”

“El papel de MutS es el de localizar las incongruencias. Una vez que la

incongruencia es detectada, MutS forma un complejo con MutL. MutL actúa como un
eslabón, enlazando a MutS con MutH por medio de un mecanismo de asa. Esto estimula
a MutH que se une a un sitio hemimetilado, para marcar un sitio de corte en la hebra no
metilada de DNA (figura 1, esquema superior). Después de que la hebra es cortada, una
exonucleasa digiere la hebra de DNA no metilada en dirección de la incongruencia y se
extiende más allá de la región con el error (figura 1, esquema intermedio). Esto deja un
sitio hueco en la hebra hija que es reparado por la DNA polimerasa y por la DNA ligasa
(figura 1, esquema inferior). El resultado neto de este proceso es que la incongruencia es
corregida al remover la región incorrecta en la hebra hija y resintetizar la secuencia
correcta utilizando como templado al DNA parental” (Brooker, op. cit.).

v
 El sistema de reparación de incongruencias está involucrado en el mantenimiento de
la integridad estructural del cromosoma y en el control de la transferencia horizonlatl de
genes al prevenir la recombinación entre secuencias de DNA no identicas; involucrando
varias proteínas, de donde MutS y MutL han sido altamente conservadas durante la
evolución (Denamur y Matic, 2006). Este sistema es la principal vía postrreplicativa
para la fidelidad del copiado del DNA, donde en E. coli es usado el sistema de
metilación de adeninas de las secuencias GATC (dam DNA methylation) para
discriminar entre la hebra de DNA parental y la hebra recientemente sintetizada (Le
Chat, et al., 2006).

La proteína MutS reconoce siete de las ocho posibles bases mal apareadas, además
de permitir la reparación de errores por corrimiento del marco de lectura; mientras que
MutL tiene un papel de “marcador molecular” de las incongruencias en el apareamiento
de las bases al unirse al complejo MutS-incongruencia y otra proteína involucrada en el
proceso (Denamur y Matic, op. cit.), como lo es MutH, que escinde la hebra
recientemente sintetizada en la secuencia GATC no metilada (Le Chat, et al., op. cit.).
La inactivación de los genes mutS o mutL tiene como consecuencia la aparición de un
fenotipo mutador fuerte o un efecto robusto de hiperrecombinación, aumentando de 10 1
a 103 rupturas, la tasa de rearreglo cromosómico (Denamur y Matic op. Cit., 2006).

Figura 1.- Mecanismo de Reparación de

Incongruencias (mismatch repair). Se
muestra la formación de una estructura
de asa en el DNA en la región con el
error, por acción inicial de MutS. MutL y
MutH se incorporan al complejo según
se detalla en el texto. Tomado de
Brooker, 2005.

3. Comportamiento poblacional y
ventajas adaptativas en cepas
mutadoras.

La tasa de mutación en una

población es definida por el número
de mutaciones que se generan por
cada división celular; por lo que
depende de la velocidad con la que los
individuos de una población se
dividen y el número dado de variación
génica que se genera. Las mutaciones
pueden ser inducidas por acción de
agentes, a los cuales se les llama
mutágenos, o al azar por procesos
estocásticos. En este sentido, la tasa de mutación espontánea se refiere al número de
mutaciones que se generan al azar en cada división celular de los elementos de una
población (individuos).

vi
 Se hace aquí referencia a un proceso estocástico debido a la presencia de puntos
calientes (hot spots) en el genoma de los organismos, donde la probabilidad de que se
genere una mutación es mayor que en la del resto del DNA genómico, debido a las
diferencias termodinámicas a lo largo de la molécula de DNA. Estas tasas de mutación
espontánea son mantenidas en valores bajos por medio de mecanismos moleculares que
se encargan tanto de proteger al DNA de algún daño y de su reparación cuando éste se
genera; como de asegurar una transferencia fiel de la información contenida en el DNA
durante su replicación. En base a esto es que se explica el porqué los fenotipos
mutadores en poblaciones naturales de E. coli son debidos principalmente a deficiencias
en el mecanismo de reparación de incongruencias, más aún, se trata de explicar el
porqué todos los mutadores fuertes encontrados en poblaciones naturales y de
laboratorio son deficientes en este mecanismo de reparación del DNA, pues se puede
asumir que la inactivación de genes involucrados en aspectos importantes del
metabolismo del DNA o del RNA, diferentes al sistema de reparación de
incongruencias, puede tener un muy alto costo en la pérdida de la adecuación 4 como
para ser compensado por mutaciones ventajosas (Denamur y Matic, op. cit.). De este
modo, a los individuos que presentan defectos génicos en los genes que codifican para
proteínas responsables de una replicación correcta del DNA se les llama mutadores
génicos (Boe, et al., op. cit.)

A pesar de que teóricamente toda mutación tiene la misma probabilidad de ser

ventajosa o desventajosa, la heterogeneidad en la información contenida en el DNA (o
RNA) confiere consecuencias radicalmente diversas a un mismo tipo de mutación,
dependiendo de dónde ocurra. En este caso, una mutación en alguno de los genes
involucrados en el sistema de reparación de incongruencias (en particular mutS y mutL),
genera fenotipos altamente mutadores; es decir, un mismo error en el copiado del DNA
puede generar varios fenotipos dependiendo a qué gen afecte, generando desde una
mutación neutral, una mutación radicalmente desventajosa o, de modificar un elemento
del sistema de reparación de incongruencias, un fenotipo mutador fuerte, y éste poder
generar adaptaciones ventajosas o desventajosas. Siendo ésta una primera evidencia
para considerar la aparición de fenotipos en una población debida a mutaciones, como
una dinámica no lineal, donde una misma variación inicial puede tener consecuencias
muy diferentes dependiendo de dónde se presente y las interacciones que modifique
entre los elementos de un sistema. Por ejemplo: una mutación en el gen mutS, que
genera un genotipo mutS -, impedirá que el sistema reconozca las bases mal apareadas o
las inserciones/deleciones del templado original de DNA, generando un sistema
susceptible a errores en la fidelidad de la transferencia de información en esta molécula
(fenotipo mutador).

La dinámica no lineal de todo sistema complejo implica que en éste, alguna

variación que sufra tendrá repercusiones desproporcionadas (no lineales) en el sistema a
futuro, pues “en sistemas caóticos, una causa pequeña puede producir efectos enormes;
las fluctuaciones se amplifican de manera que el resultado de una perturbación no
guarda proporción con la magnitud de ella y tales sistemas tienen en común la no
linealidad y exhiben sensibilidad a las condiciones iniciales” (Miramontes, op. cit.).
Además, la existencia de puntos de equilibrio inestables, donde una variación en tal
equilibrio provoca una cascada de sucesos que alejan al sistema de tal equilibrio, puede

4
La adecuación es un concepto que relaciona el desarrollo de un individuo hasta su estadio de madurez y
su éxito reproductivo como un indicador de su óptimo desenvolvimiento en un contexto ambiental. Es el
equivalente a la palabra fitness en inglés.

vii
ser observada en fenómenos de este tipo de generación de fenotipos mutadores: según
Denamur y Matic (op. cit.), al citar a Drake et al. (1998), es aceptado que la tasa de
mutación espontánea presente en una población es el resultado de un balance entre el
efecto deletéreo de las mutaciones y su costo metabólico para una reducción futura de la
tasa de mutación. Esto debido a que un incremento en la tasa de mutación genera
cambios bruscos en el sistema, incrementando así la producción de mutaciones
deletéreas y esperándose de este modo una reducción en la adecuación de estos
individuos en la población. De este hecho se desprende la idea de que los linajes
mutadores no deberían presentarse en las poblaciones naturales de bacterias, pues
caerían en lo que aquí se ha planteado como una tendencia a superar las opciones que
tiene un ambiente particular para manifestarse y todos los fenotipos que se generan que
no encuentren una correspondencia con el ambiente, no podrán mantenerse (tendencia
tres de la sección 1); pues dado que la velocidad con la que esta amplia variedad de
posibles estados de la población se manifiesta en mayor grado que la del ambiente, la
gran mayoría de los fenotipos de la población no pueden definir un ambiente real para
su nicho ambiental, resultando así deletéreas y esperando que su aparición en una
población natural no pueda ser sostenida por el ambiente, a menos que tal fenotipo
mutador sea revertido y/o reduzca su tasa de mutación para permitir que las mutaciones
ventajosas se estabilicen y se fijen en la población; o que los cambios ambientales
incrementen su tasa de cambio.

Sin embargo, las cepas mutadoras en poblaciones naturales son a menudo

encontradas, e incluso, su frecuencia es mucho mayor a la esperada según el equilibrio
mutación/selección; sugiriendo que en condiciones naturales el fenotipo mutador
confiere ventajas adaptativas, por lo que los mutadores pueden ser seleccionados sobre
el fenotipo silvestre (Denamur y Matic, op. cit.). La frecuencia de mutadores en una
población de E. coli ha sido estimada cercana a 3x10-5, lo que corresponde a una tasa de
mutación de bacterias no mutadoras a mutadoras de 5x10-6 por bacteria por generación
(Boe, et al., op. cit.).

Esto puede ser explicado nuevamente con nuestro planteamiento inicial: la tendencia
tres, descrita en la primer parte de este escrito, plantea el incremento en el número (sin
tomar en cuenta el tiempo o velocidad con que este incremento se da), de los fenotipos
que pueden generarse en una población o cepa mutadora (y que definen las posibles vías
o estados futuros de la población), con respecto a los posibles estados que el ambiente
externo puede manifestar. Al ampliar el número de opciones en los fenotipos de la
población, la probabilidad de que se genere por lo menos uno que sea capaz de definirse
en términos de un ambiente específico, aumenta notablemente. Esto se ve reforzado si
atendemos a los argumentos presentados por Le Chat et al. (op. cit.), donde al analizar
los experimentos de competencia realizados entre poblaciones de bacterias mutadoras y
silvestres, y realizando los suyos propios con E. coli, se observa que cuando son puestas
bajo un mismo espacio físico ambas poblaciones, la selección de las mutadoras se da
dependiendo del tamaño con el que inicia la población de bacterias mutadoras. Estos
resultados con anterioridad eran interpretados como un fenómeno dependiente de la
frecuencia en la selección de poblaciones mutadoras, pues era asumido que sólo cuando
los fenotipos mutadores en los individuos eran seleccionados con suficiente frecuencia,
se producía una ventaja adaptativa que seleccionaba el linaje por encima de las bacterias
silvestres. Según Le Chat, esto sólo es evidencia de que el tamaño de la población de
mutadores inicial es un factor determinante en su selección dentro de la población
global, pues los resultados muestran la existencia de un umbral en el tamaño de la

vii
población de mutadores (figura 2) que, sin embargo, no es fijo y se mueve dependiendo
del tamaño con que inicia la población de mutadores en la población global. Los
resultados muestran que por debajo de este umbral del tamaño de la población con que
son inoculadas a la población silvestre las bacterias mutadoras, éstas no son
seleccionadas, y por encima de él, sí lo son. Lo que sugiere que este umbral no es
dependiente de la frecuencia, pues al variar dependiendo del tamaño inicial de la
población mutadora y no ser estático ante el cambio de estas condiciones, es mejor
explicado si se considera como un fenómeno dependiente del tamaño poblacional. Es
decir, y apoyándonos en nuestro planteamiento inicial, mientras mayor sea el tamaño de
la población de bacterias mutadoras, mayor es la probabilidad de que exista un fenotipo
capaz de ser seleccionado por encima del fenotipo silvestre, pues este linaje mutador
presenta mayor variabilidad. Así, al presentarse por lo menos una mutación adaptativa
en la población, ésta se selecciona sin importar su frecuencia; y su aparición se hace
más probable mientras mayor sea la variabilidad poblacional.

En este sentido se refuerza la idea de que los mutadores fuertes pueden ser
seleccionados a partir de tamaños poblacionales más bajos que los mutadores débiles;
idea que resulta de la presencia de valores más bajos en el umbral poblacional de
mutadores fuertes (como los mutadores mutS) con respecto de los valores altos de
mutadores débiles (como los mutadores xth) reportados por Le Chat et al. (op. cit.) en E.
coli; pues la aparición de una mutación benéfica es una limitante para la selección de los
linajes mutadores.

(c)

Figura 2.- Selección de mutadores dependiente del tamaño poblacional. Se muestran los
resultados reportados por Le Chat et al. (2006) (a) y (b) y Denamur y Matic (2006) (c), donde
se puede observar que la selección de los linajes mutadores por encima de los silvestres
presenta un umbral: por encima de éste, son seleccionados, por debajo de él no lo son. Nótese
que los valores de la población umbral varían dependiendo del número inicial de la población
mutadora. (a) Competición inoculada con 4x10 6 bacterias silvestres y diferentes tamaños
poblacionales de mutadores (5x102 a 5x106, xth-). (b) Competición inoculada con 4x10 7
bacterias silvestres y diferentes tamaños poblacionales de mutadores (5x10 2 a 5x107, xth-). (c)
Competición entre E. coli uropatógena mutS + y su mutador mutS -.

Por su parte, ésta limitante para la selección de los linajes mutadores que representa
la aparición de una mutación benéfica, es un tema de controversia cuando se analizan
los resultados experimentales donde se permite la migración de bacterias, tanto

ix
silvestres como mutadoras, a ambientes libres de bacterias: cuando la población inicial
de mutadoras se encuentra por encima del umbral de selección, en la gran mayoría de
los casos serán seleccionadas por encima el linaje silvestre, y sólo en pocas ocasiones
no lo serán, debido a que la ocurrencia de mutaciones adaptativas es un proceso
estocástico (Le Chat, et al., op. cit.). Cuando en experimentos de competición se
permite la migración de las bacterias a espacios no colonizados, toda ventaja adaptativa
por parte de los mutadores se reduce drásticamente en poblaciones naturales (Denamur
y Matic, op. cit.). Fenómeno que refieren Denamur y Matic como debido a que algunas
mutaciones generadas en la historia anterior al evento de migración pudieron haber sido
de ayuda al momento de adaptarse a un ambiente nuevo. En particular, refieren
haciendo mención a cuando es seleccionado el linaje mutador, que estas mutaciones
previas deben ser mantenidas en la población hasta que el evento de migración se dé,
pudiendo ser así quizá por medio de transferencia horizontal de genes que revierta el
fenotipo a uno no mutador, una vez que una mutación potencialmente ventajosa
aparece. Le Chat coincide en sus experimentos con E. coli, al observar que la aparición
espontánea de una bacteria preadaptada al evento de migración, determina la selección
de dicho linaje en la población. Ambos criterios se ven nuevamente reforzados si
consideramos las tendencias propuestas en este trabajo y, en particular, la considerada
para una población mutadora, pues la aparición de una pre-adaptación ventajosa en una
población silvestre (no mutadora) se da con menor probabilidad, pero al darse se
mantiene por más tiempo que en una población mutadora, donde en ésta última a pesar
de tener mayor probabilidad de generar una mutación ventajosa, al tener una tasa de
mutación elevada, ésta mutación ventajosa tenderá a modificarse en menor tiempo con
respecto a una población no mutadora. En base a esto, al permitir la migración a un
medio sin bacterias, la población que presente una preadaptación podrá ser
seleccionada, siendo con mayor frecuencia la silvestre debido a que, de presentarse tal
preadaptación, puede ser mantenida por más tiempo que en poblaciones mutadoras hasta
suscitarse el evento de migración.

Hasta aquí, se ha hecho referencia al problema de la selección de linajes mutadores

en E. coli, tan sólo desde el punto de vista de la reducción o amplitud de posibilidades
para generar una mutación ventajosa en una población. Sin embargo, el problema de
que una mutación adaptativa para un ambiente específico puede perderse debido a
mutaciones posteriores, y que esto es más frecuente en poblaciones mutadoras pues es
dependiente del tiempo (tasa de mutación) ya ha comenzado a delinearse. Además, el
problema de tales fenotipos mutadores es que la enorme mayoría de mutaciones que
generan son deletéreas, incluso aún cuando el organismo presente adaptaciones al
medio; pues se dan en intervalos de tiempo tan cortos que cuando la bacteria ha mutado,
el medio en el que se desarrolla aún no se ha modificado por completo. A la metáfora de
la “reina roja”, usada en el contexto de la coevolución, donde hay que mantenerse
corriendo para permanecer en el mismo lugar, habría aquí que añadir que no sólo hay
que mantenerse corriendo, sino que hay qué saber con qué velocidad hacerlo, de lo
contrario, se corre el riesgo de “dejar atrás el suelo”, y no poder mantenerse en pie sobre
algo real.

Por un lado, se tiene que el aumentar la variabilidad dentro de una población para
aumentar las posibilidades de manifestar un fenotipo adaptado en un tiempo futuro es
ventajoso al poder responder así a cambios ambientales (planteamiento que al principio
de este escrito se esbozó); mientras que, por el otro lado, nos hemos topado con que la
velocidad con la que esto sucede en las poblaciones o linajes bacterianos con respecto a

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la velocidad con la que cambia el ambiente resulta desventajoso si la diferencia en la
tasa de cambios de uno y otro es demasiada. Es aceptado que la continua producción de
mutaciones resultan particularmente deletéreas cuando el ambiente es estable, y que
cuando las adaptaciones son logradas, se vuelven así inestables en linajes mutadores.
Sin embargo, y coincidiendo con lo desarrollado hasta ahora, el cambio en los genotipos
debe darse, pues como señalan de nueva cuenta Denamur y Matic, “no hay un genotipo
único, óptimamente adaptado a todos los ambientes”, y ante variaciones ambientales se
precisa variación fenotípica, producida en primer instancia de variaciones en el genotipo
de los organismos.

Entonces, si los genotipos que originan mutantes mutadoras generan gran cantidad
de mutaciones deletéreas, ¿por qué los linajes mutadores en bacterias se mantienen en
las poblaciones, tanto naturales como in vitro? Esto se debe a un fenómeno denominado
aventón genético, y es causado por el vínculo físico que existe entre los genes dentro del
genoma: cuando una mutación que confiere una ventaja adaptativa es lo suficientemente
ventajosa que permite su selección al incrementar la adecuación de la bacteria y
contrarrestar el costo adverso de la mutación, al ser seleccionada la ventaja adaptativa,
el alelo mutador también es seleccionado junto al cromosoma que presenta la ventaja.

Los experimentos de competición realizados por Giraud et al., en 2001; citados por
Le Chat, donde el genotipo mutS - fue revertido a mutS+en el tracto digestivo de ratones,
al ser puestos en competencia con linajes mutS+ progenitores mostraron similar
ganancia al ser seleccionadas sobre el linaje progenitor mutS+, como en lo ocurrido con
el genotipo mutador mutS -, lo que corrobora que la selección de los mutadores es
indirecta debido a las adaptaciones ventajosas y no por el fenotipo mutador por sí solo,
pues cuando el linaje mutador fue seleccionado en la población debido a sus ventajas
adaptativas; el regreso a un fenotipo no mutador, pero que mantiene las adaptaciones
ventajosas generadas durante el fenotipo mutador, es seleccionado de igual modo por
encima del linaje silvestre. Indicando que el fenotipo mutador sólo es seleccionado
debido a que está directamente vinculado con las ventajas adaptativas que se generan y
que son seleccionadas, pues al permanecer éstas y no así el fenotipo mutador, el
revertante también es seleccionado.

No sólo la alta variabilidad en el genoma, visto como una amplitud en la generación

de fenotipos de los linajes mutadores representa una alta cantidad de mutaciones
deletéreas, sino que estos altos valores en las tasas de mutación representan, además de
alta variabilidad, la acumulación continua de mutaciones deletéreas, pues las
poblaciones con altas tasas de mutación se observa que acumulan mutaciones
detrimentales a proporciones mayores que la acumulación de mutaciones ventajosas.
Funchain et al., en el año 2000 reportan los resultados de las consecuencias del
crecimiento de linajes mutadores de E. coli como indicadores de la pérdida de función
en genes múltiples y pérdida de la adecuación, reportando que después de cerca de 1000
generaciones, muchos de estos linajes de colonias mutadoras aisladas sufrieron una
reducción en el tamaño de sus colonias, presentando además el 55% de ellas
requerimientos auxótrofos, el 4% de las colonias murieron y el 70% tuvieron defectos
en por lo menos una ruta catabólica o vía de utilización de algún azúcar; además, 33%
presentaron defectos en la motilidad celular y 26% fueron letalmente sensibles o al frío
o al calor; mientras que, por su parte, sólo el 3% de los linajes silvestres presentaron
mutaciones detectables.

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 A pesar de que esta acumulación de mutaciones deletéreas se da de manera lineal
(figura 3) en el tiempo, el contexto global en el que se desarrollan sigue presentando
características propias de una dinámica no lineal, pues mientras estas mutaciones van
siendo acumuladas, los linajes celulares se mantienen gracias a que sus ventajas
adaptativas pueden contrarrestar los efectos deletéreos, lo que bien puede ser
considerado como un estado de equilibrio inestable, en el cuál mientras se acumulan las
mutaciones deletéreas, el linaje se aproxima a un punto crítico donde, llegado a él, la
dinámica del sistema (la trayectoria que describía el linaje mutador) se aleja del
equilibrio suscitándose una pérdida radical en la adecuación que puede incluso llevar a
extinguir el linaje, como en el caso de la pérdida de vías catabólicas que se muestra en
la figura 3.

Figura 3.- El incremento en las mutaciones que causan una pérdida en la función de genes
sobre 100 linajes. Los círculos abiertos representan las mutaciones que afectan una de las vías
de utilización de azúcar. Los círculos sólidos representan mutaciones que resultan en
requerimientos auxótrofos. Los cuadrados sólidos representan las mutaciones que causan
pérdida en la motilidad. Los triángulos sólidos representan las mutaciones identificadas como
causantes de la pérdida de alguna vía catabólica; y los triángulos abiertos representan
mutaciones que resultan en alta sensibilidad a sales. Tomado de Funchain et al. (2000).

Otra evidencia de la dinámica no lineal en el comportamiento de linajes mutadores

en el sistema de reparación de incongruencias es el aportado en el estudio de Funchain
et al., al evidenciar que cuando grupos de genes se encuentran interactuando
mutuamente para mantener un fenotipo particular, al verse afectado uno (o más de uno)
de ellos por mutaciones que pueden acumularse progresivamente, se afecta toda esta red
de interacción, modificándose la función (o funciones) que permitían el mantenimiento
de un fenotipo y provocando la aparición de otro distinto que puede, o no, ser ventajoso.
Además de que la existencia de sitios hipermutables en el genoma bacteriano
determinan la estocasticidad del proceso, pudiendo hacer referencia de la
impredectiblilidad en la dirección del cambio del fenotipo ante una mutación. Donde es
sabido que las poblaciones de E. coli deficientes en el sistema de reparación de
incongruencias desenmascara estos sitios hipermutables (Funchain, el al., op. Cit.).

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 4. Conclusiones.

A todo este planteamiento general se le debe situar en su contexto general:

Escherichia coli es una bacteria patógena que afecta al ser humano, y su tratamiento
médico por medio de antibióticos es frecuente; representando esta condición un
ambiente que imprime fuerte presión de selección y un medio cambiante. Lo que
plantea un panorama que propicia la selección de linajes mutadores pues, como hemos
discutido, y recordando el trabajo de Funchain et al., la diversidad en los genotipos
puede darse por mecanismos específicos relacionados con la actividad de algunos genes,
pero también por la amplificación de ciertas subpoblaciones en respuesta a estrés
ambiental o presión selectiva. Las poblaciones bacterianas con altos niveles de
variabilidad génica tienen altas probabilidades de sobrevivir en ambientes
constantemente cambiantes, y estas subpoblaciones suelen ser de linajes mutadores,
donde al pasar por cuellos de botella continuamente, aumenta la presencia de mutadores
en la población.

Trabajos experimentales confirman este hecho, como el reportado por Tanaka et al.
(2003) demuestran que, para linajes de E. coli con un mismo origen, la aparición de
resistencia a fluoroquinolona frecuentemente permite la selección y el desarrollo de
cepas no hipermutables, pero en hospitales, donde se registra un cambio continuo en el
tratamiento con antibióticos, se ven favorecidos los linajes hipermutadores.

Esta relación entre la selección de linajes mutadores en ambientes cambiantes

sugiere que los polimorfismos dependientes de las condiciones ambientales determinan
las frecuencias de mutación en la naturaleza, como lo sugieren Baquero et al. (2004) al
reportar, para poblaciones humanas en Europa, que pueden darse picos de cepas
mutadoras con frecuencias distintas dependiendo la región geográfica. Esto debido a la
aparición repentina de algunos mutantes en la población, resistentes a algún antibiótico
específico favorecido por las condiciones particulares de cada región. Sin embargo, es
importante resaltar que esta selección de linajes o subpoblaciones mutadoras es
totalmente un fenómeno azaroso, pues se ha reportado que no existe una correlación
entre las tasas de mutación y la resistencia a antibióticos que haya sido observada en
poblaciones estudiadas (Denamur et al., 2002); lo único que al parecer confiere un
genotipo mutador, es la posibilidad de generar mayor variabilidad para poder originar,
dentro la población, algún fenotipo capaz de mantenerse ante las condiciones
ambientales. Todos los parámetros que son relevantes para describir la ocurrencia de
mutadores en una población no están sujetos a mutación adaptativa, con excepción de
las tasas de reversión de mutadores a no mutadores (Boe et al., op. cit.).

Finalmente, y como lo sugiere el título de este escrito, existe una gran cantidad de
ejemplos de autoorganización tanto en la materia inerte como en la viva (para una
revisión, ver Scout et al., 2003), donde la dinámica no lineal define el comportamiento
de tales sistemas. La evidencia que se ha presentado de cómo los linajes de bacterias
con genotipos mutadores son seleccionados en poblaciones naturales y de laboratorio,
sugieren que este fenómeno presenta sensibilidad a las condiciones iniciales,
presentándose así mismo un umbral poblacional que bien puede ser considerado un
punto crítico en la dinámica no lineal del sistema, el cuál puede variar como
consecuencia de las fluctuaciones en estas condiciones iniciales en las que se desarrolla
una población de células. A estas variaciones iniciales en las condiciones, tanto
ambientales como en la proporción de genotipos en la población, le siguen efectos que

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no corresponden en su magnitud a las causas; y que pueden provocar desde una
selección de algún linaje y el consecuente cambio en el fenotipo de una población, hasta
la interrupción abrupta del linaje (extinción), pasando por reversiones o incluso
innovaciones en la resistencia a antibióticos. Una misma mutación, ocurrida en regiones
distintas del genoma, puede tener repercusiones totalmente impredecibles en el curso de
un linaje celular, pues las interacciones entre genes que mantienen un fenotipo
específico se modifican de manera distinta dependiendo el gen y el tipo de mutación que
se genere.

Es decir, las evidencias hasta ahora recabadas muestran una dinámica no lineal en el
comportamiento del sistema de reparación de incongruencias en Escherichia coli,
siendo este trabajo, y empleando las palabras del profesor Pedro Miramontes, uno más
que se vincula con “la enorme evidencia de la ubicuidad de los comportamientos no
lineales en la naturaleza, y del caos como su consecuencia genérica” (para una primera
aproximación general a la teoría del caóticos, ver Miramontes, op. cit.).

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México-Tenochtitlan
Diciembre de 2009

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