La Segunda Temporada de Bones se estrenó el 30 de agosto de 2006 y tiene 21
episodios.
Capítulo 1: El titán en la vía del tren
La investigación de Brennan y Booth toma un giro cuando un aparente suicidio provoca el descarrilamiento del tren y asesina al senador. Brennan recibe impactantes noticias sobre el asesino de su madre.
Capítulo 2: Una madre y un hijo en la bahía
Cuando el cuerpo de un año de antigüedad de una mujer recién casada y embarazada es descubierto en la Bahía Delaware, su abusivo marido es el principal sospechoso.
Capítulo 3: El chico del sudario
Brennan se predispone negativamente hacia el sistema de cuidado de tutores y las tensiones brotan cuando investiga el asesinato de un adolescente fugitivo.
Capítulo 4: El juego de las rubias
La vida de una joven está en peligro cuando un asesino en serie compromete a Brennan y Booth en un retorcido juego del gato y el ratón
Capítulo 5: La verdad en la lejía
Después de revisar los horripilantes restos de un cuerpo parcialmente disuelto en una construcción, Brennan y Booth descubren la impactante verdad de la doble vida de la víctima.
Capítulo 6: La chica de la habitación 2103
Un agregado judicial colombiano parece ser la víctima de un bombardeo mortal en una conferencia internacional sobre tráfico de drogas.
Capítulo 7: La niña de los rizos
Mientras Brennan y Booth investigan la muerte de una reina de belleza de 10 años de mala fama, Angela se preocupa al creer que se compliquen las cosas al salir con Hodgins.
Capítulo 8: La mujer en la arena
Booth se sube al cuadrilátero cuando la pista de un asesino lo lleva con Brennan al brutal mundo subterráneo de la lucha.Por lo que tendran que infiltarse en este mundo, como una pareja de recien casados.
Capítulo 9: Los seres de la nave espacial
Brennan y Hodgins son enterrados vivos cuando caen en las siniestras garras de un asesino serial conocido como el Excavador de Tumbas.
Capítulo 10: La bruja del bosque
El instinto de Brennan falla cuando la violenta muerte de un cineasta de documentales ayuda a detonar la leyenda de una bruja decapitada que habita un bosque de la localidad.
Capítulo 11: La antorcha humana
Mientras se descubren décadas de conspiración, Brennan queda aterrorizada al descubrir que su padre puede ser el responsable del horripilante asesinato de un agente del FBI. Capítulo 12: Llegó el fin El viejo Némesis de Brannan, el asesino serial Howard Epps escapa de la prisión y la atormenta con varias pistas macabras y un horripilante rastro de cuerpos mutilados.
Capítulo 13: Fiestas y Alcohol
Cuando Booth es forzado a ver a un terapeuta, Brennan y su nuevo compañero investigan el salvaje caso de un estudiante universitario asesinado en su viaje de verano.
Capítulo 14: El Juicio
Un millonario benefactor del Jeffersonian es apuñalado. Mientras el equipo investiga su muerte, Hodgins oculta su relación personal con la víctima. Al mismo tiempo, el romance entre Brennan y Sully comienza a rendir frutos.
Capítulo 15: Siguiendo el libro
La verdad se topa con la ficción mientras aparece una serie de asesinatos copiados de varios escenarios de la última novela de Brennan.
Capítulo 16: Después de la muerte
Las vacaciones de Brennan y Sully son interrumpidas por un caso extraño que implica una curiosa tradición china y la muerte de una novia adquirida por correo.
Capítulo 17: Campo Santo
Cuando la tubería de un cementerio histórico se rompe, desentierra a la víctima de un asesinato reciente.Las disputas entre Brennan y Booth entorpecen su manejo del caso.
Capítulo 18: Enterrado en concreto
En el aniversario de la muerte de su madre, Brennan se preocupa cuando su padre figitivo le proporciona ayuda no deseada para resolver un asesinato y rescatar a Booth de las garras de un conocido mafioso.
Capítulo 19: Un hombre del espacio en un cráter
La misteriosa muerte de un astronauta lleva a Brennan y a Booth a una conclusion fuera de este mundo. Mientras tanto, Hodgins tiene una pregunta importante para Angela.
Capítulo 20: Huesos luminosos en la vieja casa
La comida se vuelve algo muy particular cuando el asesinato a puñaladas de un popular chef desata una investigacion.
Capítulo 21: La astróloga en el lodo
Cuando el equipo investiga el caso de una victima con un padecimiento extraño de envejecimiento, el padre de Brennan reaparece con una sorpresa sobre su pasado. Mientras tanto, Hodgins y Angela se preparan ansiosos para su inminente boda.