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Introduction

Microbiologie

Utilisation des micro-organismes

Historique

Cellules procaryotes/ eucaryotes Caractéristiques communes Spécificités eucaryotes Micro-organismes eucaryotes Le cas des virus et du prion

Morphologie bactérienne Cytoplasme Chromosome Membrane plasmique Enveloppe Flagelle Pili Capsule Spore

Introduction à la Microbiologie

Biologie des micro-organismes bactéries (bactériologie) levures, moisissures, champignons algues protozoaires (amibes, parasites)

champignons algues protozoaires (amibes, parasites) Microbiologie fondamentale: cytologie, physiologie,

Microbiologie fondamentale: cytologie, physiologie, écologie, génétique, biologie moléculaire, taxonomie

Orientations plus appliquées: microbiologie médicale (maladies humaines et animales), santé publique (contrôle propagation des maladies contagieuses), alimentaire et laitière, agronomique

(substituts de pesticides), biotechnologie (production d'antibiotiques,

de vaccins, d'enzymes

,

extraction de minerais précieux)

Utilisation des micro-organismes

bact. et champ. protéases gôut et odeur particuliers

Xanthomonas

Produit visqueux (Xanthan) --> stabilisateur

Lactobacillus

lactose en ac.lactique

Aspergillus

peau--> cuir

Acetobacter Glu en Vit C Saccharomyces S. cerevisiae
Acetobacter Glu en Vit C
Saccharomyces
S. cerevisiae

Thermus aquaticus

bactérie bulles Co 2 --> trous

Aspargillus

lactase

Saccharomyces cerevisiae

Xanthomonas

levure du boulanger

sucre en Co 2 et Et-OH

Enzyme thermostable pour PCR

Bactéries utilisent le méthane pour dépollution de champs ou déchets produisent une enzyme qui dégrade

Bactéries utilisent le méthane pour dépollution de champs ou déchets produisent une enzyme qui dégrade plus de 250 polluants

produisent une enzyme qui dégrade plus de 250 p olluants Champignons et bactéries produisent des AB

Champignons et bactéries produisent des AB (pénicilline, tétracycline) Levures et bactéries utilisées comme usines (production d'insuline)

utilisées comme usines (production d'insuline) Bactéries dégradent les huiles- graisses et produits non

Bactéries dégradent les huiles- graisses

et produits

non toxiques

en

Co 2

les huiles- graisses et produits non toxiques en Co 2 Utilisations des enzymes de μ organismes

Utilisations des enzymes de μorganismes pour production vin, soda, bierre, fromage, chewing-gum, cuir, papier, détergents, lessives, jeans délavés

âge univers est estimé à 18 milliards d'années (18.10 9 années) système solaire (soleil, terre, autres planètes) 4,5 milliards d'années μorganismes présents sur la terre depuis 3,5 milliards d'années

Evolution biologique datation de fossiles découverts dans des sédiments

datation de fossiles découverts dans des sédiments construction d'arbres phylogénétiques (analyse et

construction d'arbres phylogénétiques (analyse et comparaison séquences ADN ou protéines)

dans des sédiments construction d'arbres phylogénétiques (analyse et comparaison séquences ADN ou protéines)

Un peu d'histoire

Renaissance Girolamo Fracastoro: "contagion" (contact direct, vêtements souillés, air) impliquée dans les maladies --> êtres vivants invisibles provoquaient des maladies

17 ème siècle Antony van Leeuwenhoek: 1 ère observation et description de bactéries sous microscope (x50 à 300) en 1650 ("animalcules")

: 1 è r e observation et description de bactéries sous microscope (x50 à 300) en
: 1 è r e observation et description de bactéries sous microscope (x50 à 300) en

19 ème siècle Louis Pasteur (1822-1895)

étude des fermentations lactique et alcoolique et découverte de la pasteurisation

lactique et alcoolique et découverte de la pasteurisation publication de 1861 « mémoire sur les corpuscules

publication de 1861 « mémoire sur les corpuscules organisés qui existent dans l'atmosphère: examen de la doctrine de générations spontanées » Discrédit théorie de la génération spontanée (organismes vivants

peuvent se développer à partir de matière non vivante ou en décomposition)

Fiole contenant du milieu nutritif stérile avec un col en bec-de-cygne: aucune croissance n'apparaît même si le contenu est exposé à l'air car la poussière et les germes sont piégés sur les bords du goulot. Si les goulots sont cassés ou en renversant le récipient, la croissance commence immédiatement.

le récipient, la croissance commence immédiatement. C'est l'origine de toute la technique

C'est l'origine de toute la technique microbiologique

compréhension et prévention des maladies infectieuses

- découverte de la cause des furoncles (staphylocoque), du streptocoque, du pneumocoque

- bacille du charbon (immunisation)

- choléra du poulet (méthode de l'atténuation de la virulence des microbes : vieilles cultures ne donnent plus la maladie, mais injectées à des an x sains = R à la maladie)

- vaccin contre la rage: Il applique à l'homme la méthode

d'atténuation (13 injections en 10j), le 6 juillet 1885, à Joseph Meister

--> fondements de l'immunologie 1886 création de l'institut Pasteur

Robert Koch (1843-1910)

création de l'institut Pasteur Robert Koch (1843-1910) observation du bacille du charbon ( Bacillus anthracis )

observation du bacille du charbon (Bacillus anthracis) dans le sang de patients décédés, isolement de la bactérie et ré-innoculation à des animaux sains --> conduit à la maladie et à l'isolement de la même bactérie qui est donc l'agent infectieux Postulats de Koch 1 er isoler l'agent suspecté d’une victime de la maladie 2 ème croissance de l'agent en culture pure 3 ème infecter un hôte sain et montrer que cet organisme présente alors les mêmes symptômes cliniques 4 ème ré-isoler le "même" agent de la nouvelle victime

isolement de Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch) observation de colonies bactériennes sur des tranches de pomme de terre bouillies Fannie Eilshemius-Hesse: agar pour solidification des milieux (gélatine dégradée et fond >28°C) R.J. Petri: les boîtes pour milieu de culture solide du même nom

Cellules procaryotes/eucaryotes

bactéries procaryotes "avant le noyau" 2 groupes taxonomiques de procaryotes eubactéries archéobactéries

mycètes

(levures,

mycètes (levures, moisissures, champignons) algues protozoaires ("premier animal") eucaryotes inférieurs (protistes)

Caractéristiques communes de toutes les cellules

membrane cellulaire (séparation de l'extérieur) ADN (information génétique), différents ARN, les protéines (dont la plupart sont des enzymes)

Toutes les cellules

sont composées des mêmes éléments chimiques: protéines, acides nucléiques, minéraux, sucres, acides gras, vitamines régulent le flux des nutriments et des déchets qui entrent et quittent la cellule se reproduisent et sont le résultat de la reproduction nécessitent de l'énergie extérieure sont très finement régulées en élaborant des systèmes senseurs

des signaux environnementaux (ouverture et fermeture des fleurs selon luminosité, embryogenèse)

ç procaryotes sont moins complexes que ç eucaryotes qui possèdent des organelles (séparées du cytoplasme par des membranes)

le noyau (ADN et enzymes nécessaire à sa synthèse et lors de la transcription) les mitochondires (production d'énergie) les chloroplastes (photosynthèse à partir de la lumière) l'appareil de Golgi (sécrétion de substances) Les ribosomes (synthèse des protéines) sont contenus par toutes les cellules, mais sont différents (RE chez Eucaryotes) Certaines cellules possèdent un flagelle (long filament à la surface cellulaire) qui leur confère la mobilité

noyau

chloroplaste mitochondrie
chloroplaste
mitochondrie

membrane plasmique

ç eucaryotes: 2-100 μm (10 -6 ) et sont plus larges que les ç procaryotes: 0,5-2 μm

membrane plasmique ç eucaryotes : 2-100 μ m (10 - 6 ) et sont plus larges
membrane plasmique ç eucaryotes : 2-100 μ m (10 - 6 ) et sont plus larges

Micro-organismes eucaryotes (en bref)

mycètes (levures, moisissures, champignons): organismes eucaryotes ubiquitaires, porteurs de spores, dont la nutrition se fait par absorption, dépourvus de chlorophylle, et qui se reproduisent de façon sexuée et asexuée, parasites animaux, hommes et végétaux (Candida albicans, Aspergillus -infection pulmonaire-), procédés industriels --> mycologie

pulmonaire-), procédés industriels --> mycologie algues : environnements aquatiques, eucaryotes
pulmonaire-), procédés industriels --> mycologie algues : environnements aquatiques, eucaryotes
pulmonaire-), procédés industriels --> mycologie algues : environnements aquatiques, eucaryotes

algues: environnements aquatiques, eucaryotes unicellulaires, coloniaux et multicellulaires (deux règnes différents!), dépourvus de racines, de tiges et de feuilles, photosynthèse, reproduction sexuée ou asexuée --> phycologie ou algologie

protozoaires ("premier animal"): eucaryotes unicellulaires généralement mobiles, large éventail de biotopes et de niches, reproduction asexuée -la plupart- ou sexuée, composants importants des chaînes et réseaux alimentaires (le plancton), parasites de l'homme et des animaux (Entamoeba -amibiase-, Plasmodium - malaria-, Toxoplasma ) --> protozoologie

de l'homme et des animaux ( Entamoeba -amibiase-, Plasmodium - malaria-, Toxoplasma ) --> protozoologie
de l'homme et des animaux ( Entamoeba -amibiase-, Plasmodium - malaria-, Toxoplasma ) --> protozoologie

????

Les virus: entités simples, acellulaires, constitués d'une ou plusieurs molécules d'ADN ou ARN enfermées dans une coque protéique, parasites intracellulaires obligés (reproduction) d'eucaryotes ou de procaryotes (bactériophages) --> virologie

ou de procaryotes (bactériophages) --> virologie L e s m a l a d i e
ou de procaryotes (bactériophages) --> virologie L e s m a l a d i e

Les maladies à prions (tremblante du mouton, encéphalopathie spongiforme bovine et la maladie de Creutzfeldt-Jakob -SNC-), transmissibles

par ingestion ou inoculation, toujours mortelles, agent infectieux non conventionnel= prion (proteinaceous infectious particle), protéine PrP, changement conformationnel de PrP pour sa forme pathogène (résistance aux protéases)

particle) , protéine PrP, changement conformationnel de PrP pour sa forme pathogène (résistance aux protéases)

Morphologie bactérienne

Microscopie

optique

Microscopie

électronique

Morphologie bactérienne Microscopie optique Microscopie électronique coques bacilles sprirales

coques

Morphologie bactérienne Microscopie optique Microscopie électronique coques bacilles sprirales

bacilles

Morphologie bactérienne Microscopie optique Microscopie électronique coques bacilles sprirales
Morphologie bactérienne Microscopie optique Microscopie électronique coques bacilles sprirales

sprirales

Morphologie bactérienne Microscopie optique Microscopie électronique coques bacilles sprirales

cytoplasme tout ce qui est à l'intérieur de la membrane cytoplasmique gel n'empêchant pas le mobilité des molécules - protéines E. coli 1000 enzymes

- ribosomes (ARN + protéines, 2 ssu 30S et 50S) usines à protéines

- granules

présentes selon les nutriments environnants = réserve rapide

)

de stockage

(amidon,

lipides,

phosphate,

gaz

chromosome bactérien (ADN génomique) pas de membrane nucléaire double brin circulaire (10 6 -10 7 pb) compacté

double brin circulaire (10 6 -10 7 pb) compacté ADN composé de 4 acides nucléiques: cytosine,

ADN composé de 4 acides nucléiques:

cytosine, guanine, thymine et adenine liaison 5'P et 3'OH complémentarité des base A-T, G-C

plasmide (10 3 -10 5 pb) ADN extrachromosomique double brin circulaire non requis pour développement ou reproduction ex conjugaison, R aux AB, nouvelles capacités métaboliques, pathogénicité NB largement utilisé en Biologie moléculaire (clonage)

R aux AB, nouvelles capacités métaboliques, pathogénicité NB largement utilisé en Biologie moléculaire (clonage)

membrane plasmique (entoure le cytoplasme) protéines (périphériques ou intrinsèques) et lipides (bicouche) en proportion variable -->mosaïque fluide

(bicouche) en proportion variable -->mosaïque fluide tête hydrophile (glycérol phosphate) Phospholipide queue
(bicouche) en proportion variable -->mosaïque fluide tête hydrophile (glycérol phosphate) Phospholipide queue

tête hydrophile (glycérol phosphate)

Phospholipide

queue hydrophobe (ac gras non polaires) s'associant les une aux autres

- barrière perméable et sélective

- site de processus métabolique (respiration, photosynthèse

-molécules

environnementaux

)

réceptrices

pour

détecter

et

répondre

aux

signaux

enveloppe - forme et protection de la lyse osmotique - comprend la membrane plasmique et un énorme polymère appelé

peptidoglycane ou muréine (trouvé uniquement chez les bactéries)

série de longues chaînes de polysaccharides (alternance de NAM et NAG), pontées par de courts peptides

N-acetyl

glucosamine

N-acetyl muramic acid

courts peptides N-acetyl glucosamine N-acetyl muramic acid un tétrapeptide (Ala-Glu-Lys-Ala) est branché sur chaque
courts peptides N-acetyl glucosamine N-acetyl muramic acid un tétrapeptide (Ala-Glu-Lys-Ala) est branché sur chaque

un tétrapeptide (Ala-Glu-Lys-Ala) est branché sur chaque molécule de NAM et s'accroche à un autre tétrapeptide de sorte à relier les chaînes de NAM-NAG entre elles

molécule de NAM et s'accroche à un autre tétrapeptide de sorte à relier les chaînes de

Sur la base d'un coloration développée par Christian Gram (1884), il apparaît évident que les bactéries se divisent en deux groupes majeurs:

Gram +

les bactéries se divisent en deux groupes majeurs: Gram + enveloppe constituée d'une épaisse couche de
les bactéries se divisent en deux groupes majeurs: Gram + enveloppe constituée d'une épaisse couche de
les bactéries se divisent en deux groupes majeurs: Gram + enveloppe constituée d'une épaisse couche de
les bactéries se divisent en deux groupes majeurs: Gram + enveloppe constituée d'une épaisse couche de

enveloppe constituée d'une épaisse couche de PG

Gram -

coloration au cristal violetconstituée d'une épaisse couche de PG Gram - mordant (iode) décoloration à Et-OH contre coloration à

mordant (iode) (iode)

décoloration à Et-OHde PG Gram - coloration au cristal violet mordant (iode) contre coloration à la safranine enveloppe

contre coloration à la safranineau cristal violet mordant (iode) décoloration à Et-OH enveloppe constituée d'une fine couche relâchée de PG

enveloppe constituée d'une fine couche relâchée de PG (7 à 8 nm) dans le périplasme et d'une membrane externe

constituée d'une fine couche relâchée de PG (7 à 8 nm) dans le périplasme et d'une
constituée d'une fine couche relâchée de PG (7 à 8 nm) dans le périplasme et d'une

La membrane externe des bactéries Gram négatives est asymétrique : face interne est composée de phospholipides, la face externe de phospholipides et de LPS (lipopolysacharide)

externe
externe

Membrane

Membrane plamsique ou interne (bicouche symétrique de phospholipdes)

ou interne (bicouche symétrique de phospholipdes) LPS L’enveloppe particulières des mycobactéries (Gram +)
ou interne (bicouche symétrique de phospholipdes) LPS L’enveloppe particulières des mycobactéries (Gram +)

LPS

L’enveloppe particulières des mycobactéries (Gram +)

ou interne (bicouche symétrique de phospholipdes) LPS L’enveloppe particulières des mycobactéries (Gram +)

flagelle: structure hélicoïdale qui tourne comme un tire-bouchon permettant aux bactéries d'avancer (swiming) monotriche (souvent polaire), amphitriche (à chaque extrémité), péritriche (tout autour), ou lophotriche (faisceau)

péritriche (tout autour), ou lophotriche (faisceau) crochet corps basal pili (fimbriae): + ou - longues
péritriche (tout autour), ou lophotriche (faisceau) crochet corps basal pili (fimbriae): + ou - longues
péritriche (tout autour), ou lophotriche (faisceau) crochet corps basal pili (fimbriae): + ou - longues
crochet corps basal
crochet
corps basal

pili (fimbriae): + ou - longues structures extracellulaires, formées par l'assemblage d'une même sous-unité (piline), attachement (entre bactéries - conjugaison-, ou à un cellule hôte), mobilité (twitching)

même sous-unité (piline), attachement (entre bactéries - conjugaison-, ou à un cellule hôte), mobilité (twitching)
même sous-unité (piline), attachement (entre bactéries - conjugaison-, ou à un cellule hôte), mobilité (twitching)

capsule: sur-couche bien organisée à l'extérieur de la paroi

couche mucoïde: sur-couche de substance diffuse, moins organisée

glycocalyx:

polysaccharides

réseau

de

et

protéines

recouvrant

plusieurs bactéries

attachement à des surfaces -biofilm- protection contre composés toxiques (détergents, AB ), dessiccation protection contre système immunitaire (antiphagocytaire)

protection contre système immunitaire (antiphagocytaire) spores : structures de résistance formée par certains Gram

spores: structures de résistance formée par certains Gram + lors de conditions drastiques forme de vie la plus résistante (à la chaleur, aux UV, à la dessiccation, produits chimiques) ex: maladie du charbon ou botulisme

la plus résistante (à la chaleur, aux UV, à la dessiccation, produits chimiques) ex: maladie du
la plus résistante (à la chaleur, aux UV, à la dessiccation, produits chimiques) ex: maladie du