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Los fagos de bacterias están rodeados por una cubierta de proteínas e inyectan su
cromosoma al interior de la bacteria. El cromosoma del virus puede seguir dos rutas
dependiendo del tipo de fago que sea:
CICLO LÍTICO
CICLO LISOGÉNICO
1. El factor F puede replicarse por lo que se mantiene en una población celular que
se esté dividiendo.
2. Las células F+ producen pili que son túbulos proteicos que les permiten ponerse
en contacto y adherirse a otras células.
EPISOMAS
Un episoma es un factor genético bacteriano que puede encontrarse como
elemento aislado en el citoplasma o como parte integrante del cromosoma. El factor
F es un episoma porque lo encontramos tanto como plásmido (en el citosol) como
integrado en el cromosoma.
SUPERENROLLAMIENTOS
Los superenrollamientos se producen en los plásmidos, los ADN circulares y los ADN
lineales que no pueden girar sobre uno de sus extremos. Existen dos tipos de
superenrollamientos, los positivos y los negativos. Los positivos enrollan más el
dúplex, con lo que las bases están más apretadas (hay más pares de bases por
vuelta)(el dúplex se gira a la derecha). Los negativos desenrollan más el dúplex, las
bases están por tanto más separadas (hay menos pares de bases por vuelta y el
dúplex se gira a la izquierda).
Esto tiene mucho que ver sobre todo para el empaquetamiento del ADN en
eucariotas y también en procariotas.
EL CROMOSOMA EUCARIÓTICO.
Los cromosomas se encuentran en el núcleo celular separados del resto de la célula
por la membrana nuclear. Un cromosoma tiene tres partes fundamentales:
centrómero, telómero y los brazos.
Los telómeros son secuencias situadas en los extremos de los cromosomas que les
dan estabilidad. Se encuentran sobre todo en los cromosomas eucarióticos lineales.
Los cromosomas eucarióticos están la mayor parte del ciclo celular como una sola
cromátida y como dos cuando se replica. La replicación del ADN es
semiconservativa, esto se demostró en un experimento en el que se marcó con
tritio una cromátida. Entonces se procedió a replicar esta cromátida en presencia de
tritio y se obtuvo un cromosoma de dos cromátidas marcadas. Se hizo volver a
replicarse, esta vez sin presencia de tritio y se obtuvieron cuatro cromátidas
formando dos cromosomas. Cada cromosoma tenía una molécula marcada y la otra
no con lo que en la replicación se conservaba para el nuevo cromosoma una de las
cromátidas parentales.
En estas células Balbiani descubrió estrcuturas largas y con forma de salchicha que
presentaban engrosamientos y estrías cruzadas. Esto eran cromosomas que se
daban en los tejidos secretores de los dípteros aunque él no se dio cuenta.
Estos cromosomas eran cromosomas que se replican varias veces sin que se
produzca una separación real de las cromátidas con lo que el cromosoma se alarga
y se hace más grueso. El conjunto de réplicas se denomina cromosoma politénico.
Este cromosoma queda unido por el cromocentro, que es la zona de fusión de las
regiones heterocromatínicas situadas alrededor de los centrómeros de los pares
cromosómicos. A lo largo del cromosoma politénico se encuentran estrías llamadas
bandas que varían en anchura y morfología. Hay regiones engrosadas llamadas
PUFFS y a veces muy distendidas llamadas ANILLOS DE BALBIANI que se piensa
que corresponden a regiones de síntesis de ARN. No hay una relación uno a uno de
bandas y genes, aunque se piensa que los genes activos están en las bandas más
claras.
Los cromosomas plumosos son cromosomas cuya fibra de ADN tiene muchos lazos
y su longitud varía entre 0.4 y 0.8 mm.
CARIOTIPO
Es el conjunto de cromosomas y su morfología en metafase de una célula que se
ordenan colocándolos por parejas de cromosomas homólogos.
Para los seres humanos hay 23 pares de cromosomas homólogos de los que 22 son
autosomas (son los cromosomas no sexuales) y uno son los sexuales. En total hay
46 cromosomas de los que la mitad se heredan del padre y la otra mitad de la
madre con lo que la especie humana es diploide (parejas de cromosomas
homólogos).
HETEROCROMATINA Y EUCROMATINA
Si hacemos reaccionar el ADN con el tinte Feulgen hay una parte que se tiñe
intensa- mente y otra que no tanto. La parte que se tiñe intensamente se llama
heterocromatina y la parte que no eucromatina. La mayoría de los genes activos se
encuentran en la eucromatina
ELEMENTOS DE LA TRADUCCIÓN
En la traducción los nucleótidos se leen de tres en tres y no solapadamente, tres
nucleótidos codifican un aminoácido, y las proteínas siempre se sintetizan desde el
extremo amino al carboxilo siendo el primer aminoácido (aa) metionina siempre.
Para la traducción se necesitan: aa-ARNt, factores de iniciación IF1, IF2, IF3, mRNA,
GTP, Mg, peptidil-transferasa, factores de elongación EF-TU, EF-TS, EF-G, codón stop
y factores de terminación RF1, RF2 y RF3.
TRADUCCIÓN
La traducción es el proceso por el cual una molécula de ARN mensajero se
transforma en una secuencia de aminoácidos (proteínas/enzimas).
Iniciación
Hay un único codón que codifica para metionina. Pero hay dos tRNA: tRNAfMet y
tRNAMet en los que el primero es el que se usa cuando AUG representa el codón de
inicio y el segundo para AUG en posiciones interiores.
La subunidad pequeña ribosómica se fija al factor de iniciación IF3 que impide que
las dos subunidades se fijen. Para esto ayuda IF1.
Se fija el mRNA a la subunidad de tal forma que AUG se sigua en el lugar preciso,
junto con él se fijan IF2 y GTP. AUG es conducido a la posición correcta en la
subunidad gracias a que se reconoce una señal iniciadora (Shine-Dalgarno) que es
rica en purinas y se emparejan las bases del rRNA 16 S con esta secuencia.
Elongación
Terminación
RF3 se une a GTP y estimula la unión al ribosoma deRF1 y RF2 que actúan a nivel
de A. Entonces se hidroliza el enlace éster entre el polipéptido en crecimiento y el
tRNA del sitio P y se libera el polipéptido acabado. Posteriormente se libera el
ribosoma, el mRNA y el tRNA desacilado y el factor de liberación RF3.
Por esta época Khorana aporto otro método que permitía sintetizar
polirribonucleótidos con secuencias repetitivas y definidas de dos a cuatro bases.
Los dos RNA se aparean antiparalelamente. La primera base del codón se encuentra
en el extremo 5' pues el mRNA va en dirección 5'-3' y la primera del tRNA se
encuentra en el extremo 3' ya que va en dirección 3'-5'.
Crick observó que la tercera base de casi todos los codones se aparea de manera
bastante suelta con su correspondiente, es decir, la tercera base se balancea.
• ARNt 321
• ARNm 123
ADN ---------> ARN --------> PROTEINAS replicación --> transcripción --> traducción
Es un flujo unidireccional de información aunque en algunos virus se sintetiza ADN a
partir de ARN con la retrotranscripción o transcripción inversa.
EL ARNm
A partir de una cadena de ADN molde se forma una cadena de ARN monocatenario
llamado ARNm o mensajero.
El ARNm es un completo reflejo de las bases del DNA, es muy heterogéneo con
respecto al tamaño, ya que las proteínas varían mucho en sus pesos moleculares.
Es capaz de asociarse con ribosomas para la síntesis de proteínas y poseen una alta
velocidad de recambio debido a que se degradaría rápidamente también contienen
U en lugar de T.
Los productos de la transcripción no son sólo ARNm sino que también se forma
ARNt y ARNr. Dentro del ADN hay genes que codifican para ARNt y ARNr. La
replicación y la transcripción difieren en un aspecto muy importante, durante la
replicación se copia el cromosoma de ADN completo, pero la transcripción es
selectiva, se puede regular as¡ la transcripción del ADN. Secuencias reguladoras
específicas indican el principio y el fin de los segmentos de ADN que se tienen que
transcribir, as¡ como que cadena se utilizar de molde. La cadena que sirve como
molde al ARN es la 3'-5' y se llama con sentido y la otra es la antisentido cuya
secuencia coincide con la del ARNm transcrito.
EL ARNt
Los ARNt son relativamente pequeños y monocatenarios. Como mínimo, ocho de los
residuos de nucleótidos de todos los tRNA tienen bases modificadas infrecuentes
pero que son derivados metilados de las principales. Tienen un residuo de G en el
extremo 5', y una secuencia 5'CCA3' en el extremo 3'. Forman una estructura en
forma de hoja de trébol con cuatro brazos mientras que su estructura
tridimensional tiene el aspecto de una L retorcida. En el ARNt est n los anticodones
que son tres bases complementarias del ARNm que codifican las proteínas.
Brazos
Aminoacil-tRNA-sintetasas
EL ARNr
El ARN ribosómico forma parte de los ribosomas y los hay de diferentes coeficientes
de sedimentación. En procariotas el ribosoma es de 70 S, siendo su subunidad
pequeña de 30 S y la grande de 50 S. La subunidad pequeña está formada por ARNr
16 S, y la grande por ARNr 5 S y 23 S. En eucariotas el ribosoma es de 80 S, siendo
su subunidad pequeña de 40 S y la grande de 60 S. La subunidad pequeña está
formada por ARNr 18 S, y la grande por ARNr 5 S, 5.8 S y 28 S. Los genes del ARNr
actúan como organizadores nucleolares.
ARN POLIMERASA
Es una RNA polimerasa dirigida por ADN. Es una enzima que forma el enlace
fosfodiéster en el RNA en crecimiento mediante un ataque nucleofílico al nucleótido
entrante. No necesita cebador y sintetiza en dirección 5'-3'.
En los fagos tiene un peso de 11 KDa. En procariotas es una única RNA pol
(polimerasa) la que transcribe todos los ARNs. Tiene cuatro subunidades proteicas:
dos alfas, beta, beta prima y sigma. Las dos alfa, beta y beta prima forman el
núcleo de la enzima que es la estructura que lleva a cabo el proceso de
polimerización (es el centro catalítico).
En eucariotas hay tres tipos de ARN polimerasas: I, II y III. Son mayores de 600 kDa
y se dividen en dos partes L y L'. Hay una ARN pol para cada tipo de ARN. ARN pol I
(nucleolo) se encarga de rRNA 18 S, 5.8 S y 28 S. La RNA pol II (nucleoplasma) se
encarga de precursores de mRNA y snRNA. La RNA pol III (nucleoplasma) se
encarga del tRNA y rRNA 5 S.
Iniciación
Una vez que sigma se ha unido al promotor, se une el resto de la enzima y se forma
una estructura llamada "complejo del promotor cerrado". A continuación se
desenrolla un tramo de ADN con lo que queda al descubierto el sitio de iniciación.
La RNA pol se fija más fuertemente formando el "complejo del promotor
abierto". Cuando entra el segundo nucleótido empieza a formarse el enlace
fosfodiéster. Cuando la RNA pol se ha elongado un número pequeño de nucleótidos
sigma se separa del núcleo.
Elongación
La RNA pol debe sintetizar ARN. Se sintetiza siempre en dirección 5'-3'. Pero para
sintetizarlo se debe desenrollar el ADN una corta distancia llamada "burbuja de
replicación". La elongación presenta dos problemas: el dúplex debe enrollarse por
detrás y desenrollarse por delante. Así la RNA sigue el sentido de desenrollado y el
RNA se enrolla alrededor del dúplex con lo que no se produce
superenrollamiento.
Terminación
En segundo lugar se le añade una cola de poli(A). La RNA-pol sintetiza mRNA más
allá de la secuencia de corte: AUAAA. Esta secuencia sirve de señal para la adición
de residuos de adenina al complejo mediante la poliadenilato polimerasa mediante
la hidrólisis de ATP y una endonucleasa que elimina entre 11 y 20 nucleótidos del
extremo 3' y después es cuando la poliadenilato adiciona 20-250 nucleótidos de A.
En el sitio de corte de la endonucleasa es donde comienza a añadir A.
TIPOS DE MUTACIONES
Puntuales y pseudopuntuales
* cambios de base
• deleción
• inserción
Cromosómicas
• deleciones
• duplicaciones
• inversiones
• translocaciones
Cada una de las bases aparece en el DNA en una de varias formas llamadas
tautómeros que son isómeros que se diferencian en las posiciones de sus átomos
y en los puentes que se forman entre ellos. Esas formas están en equilibrio. La
forma ceto es la que se encuentra normalmente en el DNA mientras que las formas
imino o enol son menos frecuentes. La capacidad del tautómero menos frecuente
de una base de emparejarse erróneamente y producir mutaciones durante la
replicación del DNA fue puesta de manifiesto por primera vez por Watson y Crick. A
estos emparejamientos erróneos se les llama cambios tautoméricos.
Transiciones
Transversiones
Pero sí pueden realizarse si una base sufre un cambio tautomérico mientras que la
otra base rota sobre su enlace glucosídico y quedan enfrentadas sus cargas.
Desaminación
La desaminación de citosina produce uracilo, así los resíduos de uracilo que no sean
reparados se emparejarán con adenina durante la replicación produciendo la
conversión de un par GC en uno AT, se produce una transición.
Cambios de fase
Despurinización
MUTACIONES INDUCIDAS
Una estirpe mutante puede cambiar a otra y luego volver a la inicial, a esto se le
llama regresión. Los mutantes se inducen con mutágenos que son de varios tipos y
cada uno induce una mutación distinta, aunque suele ser al azar.
Mutágenos Químicos
Análogos de bases:
• ácido nitroso: provoca una desaminación que modifica las bases C--
>U, G--->X, con lo que se produce un apareamiento erróneo.
• Hidroxilamina: provoca una transición de G-->A y se da
principalmente en bacterias.
• Agentes alquilantes: introducen grupos alquilo a las cuatro
bases en muchas posiciones, produciendo transiciones,
etilmetanosulfonato y la nitrosoguanidina.
• Agentes intercalantes: son moléculas planas que imitan pares
de bases y son capaces deddeslizarse entre las bases nitrogenadas
apiladas en el núcleo de la doble hélice, mediante un proceso de
intercalación. En esta posición el agente puede producir deleciones
o deleciones de un par de nucleótidos. Algunos agentes
intercalantes son: proflavina, naranja de acridina y ICRs.
Radiaciones
UV que producen dímeros de timina, rayos X y las radiaciones gamma que rompen
el DNA.
TEST DE AMES
SUPRESIÓN Y REVERSIÓN
Si tenemos una mutante de E. coli que no crece en un medio sin histidina, es his- y
es auxótrofo.
MECANISMOS DE REPLICACIÓN
Reparación directa
Son sistemas que eliminan directamente el daño del UV en el DNA, como es el caso
de los dímeros de timina. La luz visible activa la fotoliasa que rompe los dímeros de
timina.
Dependiente de replicación
Todas las células contienen endonucleasas que atacan los sitios que quedan tras la
pérdida espontánea de resíduos de purina o pirimidina. Por comodidad, los sitios sin
purina o sin pirimidina se denominan sitios AP. Las endonucleasas AP son vitales
para la célula porque, como se apuntó con anterioridad, la despurinización
espontánea es un hecho relativamente frecuente. Estas enzimas introducen
hendiduras en la cadena mediante la rotura de enlaces fosfodiésteres en los sitios
AP. Esto promueve un proceso de reparación por escisión medidado por otras tres
enzimas: una exonucleasa, la polimerasa de DNA I y la ligasa de DNA.
Escisión
Esta vía de reparación está determinada por tres genes denominados uvrA, uvrB y
uvrC. Este sistema reconoce cualquier lesión que cree una distorsión importante en
la doble hélice de DNA. Una endonucleasa denominada nucleasa uvrABC realiza una
incisión alejada varios pares de bases a cualquier lado de la base dañada,
eliminándose a continuación un fragmente de DNA de cadena sencilla. El pequeño
hueco se rellena entonces mediante síntesis de reparación y queda sellado por la
ligassa de DNA.
Sistema GO
Dos glucosilasas actúan conjuntamente para eliminar las mutaciones causadas por
las lesiones que produce en el DNA el 8-oxodG. Las glucosilasas junto al producto
del gen mutT forman el sistema GO.
Sistema SOS
Reparación postreplicativa
Algunas vías de reparación reconocen errores incluso después de que haya tenido
lugar la replicación. Uno de estos sistemas, denominado sistema de reparación de
emparejamientos erróneos.
Para averiguar cual de las dos bases es la errónea debe diferenciar entre la cadena
progenitora y la cadena hija. Lo diferencia porque la enzima metiladora metilasa de
la adenina tarda varios minutos en metilar la cadena hija.
Las proteínas mut S y mut L interaccionan con el sitio mal emparejado y una
proteína mutH rompe la cadena recién sintetizada. Alrededor del emparejamiento
erróneo, las cadenas de DNA se separan con ayuda de una proteína denominada
MutU y se estabilizan con SSB. Y las polimerasas copian el segmento de DNA.
OPERON lac.
E. coli crece en el medio cuando hay glucosa. Pero si no la hay y si hay lactosa,
crece con lactosa. La lactosa se descompone gracias a la beta-galactosidasa en
galactosa y glucosa.
Jacob y Monod vieron que había moléculas que no podían ser degradadas por la
beta-galactosidasa pero que inducían estas proteínas, así vieron que no era la beta-
galactosidasa la que se unía al inductor produciendo su lisis sino que había un
elemento intermedio que era el que realizaba la inducción.
• Z: beta-galactosidasa
• Y: permeasa
• A: transacetilasa
Vieron que en mutantes en los que el gen I, que es la región que controla la
inducibilidad de las enzimas lac, no se expresa, era -, se expresaban siempre las
enzimas tanto en presencia de inductor como sin su presencia. Estos mutantes se
llaman constitutivos.
Experimento Pajamo
Introdujeron en una estirpe I-Z- un plásmido de una estirpe I+Z+. Cuando entraba
medían la actividad de la beta-galactosidasa y supusieron que la beta-galactosidasa
comenzaba a la producir proteína pero a la hora la actividad disminuía. Con lo que
concluyeron que I+ formaba su proteína y reprimía a Z.
El gen I sintetiza un represor que cuando no hay inductor se une al ADN, así la ARN
pol no puede transcribir los genes, no se produce el ARNm y no hay proteínas. En
presencia de un inductor, se une al represor y éste se inactiva, no se une al DNA y
la ARN pol sintetiza el mRNA y las proteínas.
Si hay un represor que omita que se le una un inductor, es el caso de Is, el represor
reprimir . Pero entonces debe haber una zona del DNA donde se una R a la que
llamaron operador, donde se une un represor o elemento de control.
Operador constitutivo: se expresa siempre, el represor no se une y el DNA se
transcribe y se sintetizan todas las proteínas. A esta mutación se le llama Oc.
TIPOS DE CONTROL
• Control inducible: en presencia de inductor hay expresión.
• Control negativo: en ausencia de proteína represora el operón
se expresa
• Control positivo: en ausencia de proteína reguladora no hay
expresión.
• Control reprimible: en presencia de una mol‚cula efectora no
hay expresión.
OPERÓN TRIPTÓFANO
El triptófano es un aminoácido cuya síntesis se realiza principalmente en diversos
operones. Yanofsky estaba estudiando muy de cerca este operón. Vio que este
operón estaba formado por varios genes, además, observó que cuando había una
alta concentración de Trp no había expresión de los genes, pero que cuado la célula
lo necesita, se expresaban los genes.
En este operon hay un gen que se inducía, el TrpR+. Se aisló un mutante que tenía
diez veces más ARNm, y cuando él fue a mirar a su ARNm descubrió que su
mutante tenía una deleción, un atenuador que cuando estaba atenuaba la
expresión.
En el ARNm había una zona líder que contenía el atenuador, era un ARNm pequeño
que estaba en altas concentraciones. Descubrió que un pequeño péptido
correspondiente a esta secuencia se traducía, mirando su secuencia comprobó que
había dos Trp, cosa que era rara ya que el trp es un aminoácido muy raro. Si había
una baja concentración de triptófano la transcripción continúa. Si los niveles de Trp
eran altos, lee rápido y se une al represor.
Si hay daños en el DNA se activa la respuesta SOS, la proteína RecA se une al ADN
unicatenario que está enfrente de la mella, se activa entonces su actividad
proteolítica y rompe el represor Lex A. En ausencia de represor, los genes
controlados por lex A se activan y aumenta la tasa de síntesis de proteínas.
FAGO LAMBDA
Es un fago atemperado y por lo tanto debe decidir cuando entra en lisis o en
lisogenia. Cuando lambda entra en la c‚lula se producen dos proteínas N
(antiterminadora que hace que los mensajeros de N y de cro se alarguen
produciendo así otras proteínas como CIII y CII) y cro: proteína represora que se une
al operador de CI. CI es el represor de la lisis con lo que si cro se une a CI se
produce la lisis.