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Infections dues aux bactéries anaérobies


de la flore endogène (Clostridium difficile
et Actinomyces exclus)
G. Grollier, G. Le Moal, R. Robert

Les bactéries anaérobies sont de plus en plus souvent isolées dans de nombreuses infections endogènes.
L’amélioration des techniques diagnostiques et l’augmentation des patients à terrains fragiles en sont des
explications. En effet, dès lors que les prélèvements, l’acheminement au laboratoire et les méthodes de
culture sont effectués selon les règles appropriées, leur isolement devient plus fréquent. La pathogénie de
ces bactéries est maintenant bien établie dans de nombreux tableaux cliniques. Les anaérobies sont
retrouvées dans de nombreux sites infectieux tels le système nerveux central, la tête, le cou, les poumons,
l’abdomen, le pelvis, l’os et les tissus mous. Leur traitement repose le plus souvent sur une antibiothérapie
plus ou moins associée à une prise en charge chirurgicale. Les difficultés pour réaliser un antibiogramme
imposent de connaître leur sensibilité habituelle aux anti-infectieux et de mener régulièrement des études
de résistance afin d’apprécier leur évolution. Compte tenu de l’association dans la majorité des cas des
bactéries aérobies aux anaérobies, le choix de l’antibiothérapie doit prendre en compte ces deux types de
pathogènes.
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Mots clés : Bactéries anaérobies ; Infections mixtes ; Abcès ; Gangrène ; Infections chroniques ; ß-lactamase

Plan ■ Introduction
Ce chapitre est consacré aux bactéries anaérobies commensa-
¶ Introduction 1
les de l’homme. Clostridium difficile et Actinomyces spp., appar-
¶ Historique 1 tenant aussi à ces flores normales, sont responsables de
¶ Définition 2 pathologies bien spécifiques et font l’objet de chapitres
¶ Classification 2 distincts.
Les anaérobies de la flore endogène tapissent les muqueuses
¶ Flore normale 3 de l’organisme où leur présence est indispensable car elles
Peau 3 jouent un rôle essentiellement protecteur en s’opposant à
Nez 3 l’intrusion d’une bactérie pathogène. Ces bactéries commensales
Bouche et pharynx 3 peuvent elles aussi devenir pathogènes si l’équilibre de ces
Tractus digestif 3 écosystèmes est perturbé ou si elles sont déplacées vers une zone
Tractus génito-urinaire 3 habituellement stérile. Leur rôle dans les processus pathologi-
¶ Pouvoir pathogène 3 ques a longtemps été méconnu en raison des difficultés que l’on
¶ Prélèvements 4 avait à les obtenir en culture. Ces bactéries ne sont en effet
cultivables que dans une atmosphère réduite en oxygène. C’est
¶ Diagnostic bactériologique 4
pourquoi, jusque dans les années 1970-1980, il n’était pas rare
Examen direct 4
d’avoir des « pus stériles ». Depuis, d’importants progrès
Mise en culture 4
techniques ont été réalisés. Ainsi chaque laboratoire peut
Identification 5
facilement obtenir une atmosphère anaérobie. Des milieux de
¶ Aspects cliniques 5 culture performants et des galeries d’identification sont
Infections de la sphère oto-rhino-laryngologique et aujourd’hui commercialisés. Toutes ces facilités d’isolement ont
stomatologique 5 permis une meilleure connaissance de ces bactéries et surtout de
Infections neuroméningées 6 les associer à certaines pathologies, d’où un intérêt accru de la
Infections pleuropulmonaires 7 part des cliniciens.
Infections abdominopelviennes 8

■ Historique
Infections ostéoarticulaires 9
Infection des parties molles 9
Bactériémies à anaérobies 10 Des infections à bactéries anaérobies ont été décrites dès
Infections à anaérobies chez l’immunodéprimé 10 l’Antiquité, mais c’est seulement en 1877 que Pasteur et Joubert
¶ Prise en charge thérapeutique 10 ont cultivé la première bactérie anaérobie pathogène : Clostri-
Étude de la sensibilité aux antibiotiques 10 dium septicum.
État de la résistance 11 À la fin du XIXe siècle, les découvertes se sont multipliées avec
Oxygénothérapie hyperbare et infections à anaérobies 11 Veillon, Welch, Nicolaïer, Vincent… Ainsi dès 1898, grâce à
Veillon, deux grands groupes de bactéries anaérobies ont été

Maladies infectieuses 1
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Tableau 1.
Principales bactéries anaérobies à Gram négatif isolées chez l’homme.
Bacilles à Gram négatif Cocci à Gram négatif
Bacteroides Veillonella atypica, dispar, parvula
groupe fragilis : caccae, distasonis, eggherthii, fragilis, merdae, ovatus, stercoris, thetaiotaomicron, uniformis, Acidaminococcus fermentans
vulgatus Megasphera elsedenii
autres : capillosus, coagulans, galacturonicus, pectinophilus, putredinis, pyogenes, splanchnicus, tectus, ureolyticus
Bilophila wadsworthia
Fusobacterium gonidiaformans, mortiferum, naviforme, necrophorum, nucleatum, russii, varium, ulcerans
Leptotrichia buccalis, sanguinegens
Porphyromonas asaccharolytica, cangingivalis, circumdentaria, endodontalis, gingivalis, levii, macacae, salivosa
Prevotella bivia, buccae, buccalis, corporis, dentalis, denticola, disiens, enoeca, heparinolytica, intermedia, loescheii,
melaninogenica, nigrescens, oralis, oris, oulorum, pallens, tannerae, veroralis, zoogleoformans
Autres genres (plus rares) : Anaerobiospirillum, Anaerorhabdus, Anaerovibrio, Butyrivibrio, Catonella, Centipeda,
Desulfovibrio, Dialister, Dichelobacter, Fibrobacter, Johnsonella, Megamonas, Mitsuokella, Rikenella, Ruminobacter,
Sebaldella, Selenomonas, Succinimonas, Succinivibrio, Sutterella, Tannerella, Tissierella

Tableau 2.
Principales bactéries anaérobies à Gram positif isolées chez l’homme.
Bacilles à Gram positif Cocci à Gram positif
Actinobaculum schaalii Anaerococcus hydrogenalis, lactolyticus, octavius,
Actinomyces canis, catuli, europaeus, funkei, georgiae, gerencseriae, graevenitzii, israelii, meyeri, naeslundii, neuii, prevotii, tetradius, vaginalis
odontolyticus, radicidentis, radingae, turicensis, urogenitalis, viscosus Finegoldia magna
Atopobium fossor, minutum, parvulum, rimae, vaginae Gallicola barnesae
Bifidobacterium adolescentis, angulatum, asteroides, bifidum, breve, catenulatum, denticolens, dentium, Peptococcus niger
infantis,lactis, longum, pseudocatenulatum, pseudolongum Peptoniphilus (Schleiferella) asaccharolyticus,
Bulleidia extructa harei, indolicus, ivorii, lacrimalis
Catenibacterium mitsuokai Peptostreptococcus anaerobius, micros, productus
Clostridium baratii, bifermentans, botulinum, butyricum, cadaveris, clostridioforme, difficile, fallax, glycolicum,
hastiforme, histolyticum, innocuum, limosum, malenominatum, novyi, paraputrificum, putrefaciens, putrificum,
perfringens, ramosum, septicum, sordellii, sporogenes, subterminale, symbiosum, tertium, tetani
Collinsella aerofaciens, intestinalis, stercoris
Cryptobacterium curtum
Eggerthella lenta
Eubacterium brachy, combesii, contortum, cylindroides, infirmum, limosum, minutum, moniliforme, multiforme,
nitritogenes, nodatum, rectale, saburreum, saphenum, tenue, tortuosum, ventriosum, yurii
Holdemania filiformis
Lactobacillus acidophilus, brevis, delbrueckii, casei, catenaformis, cellobiosus, coryniformis, crispatus, curvatus,
fermentum, fornicalis, helveticus, iners, jensenii, oris, rhamnosus, salivarius, vaginalis
Mobiluncus curtisii, mulieris
Mogibacterium diversum, neglectum, pumilum, timidum, vescum
Propionibacterium acnes, avidum, granulosum, propionicus
Slackia exigua, heliotrinireducens

différenciés : la flore tellurique, exogène, toxinogène, constituée réduite en oxygène. Le degré de sensibilité à l’oxygène est
des bactéries de l’actuel genre Clostridium (tetani, botulinum, variable d’une espèce à l’autre. Ainsi, Bacteroides fragilis, parmi
perfringens…) et la flore endogène non toxinogène mais viru- les espèces les moins sensibles, ne se multiplie pas lorsqu’il est
lente qui fut par la suite nommée flore de Veillon. exposé à l’air mais il peut y survivre des heures, voire même
Au début du XXe siècle, de nombreux médecins et biologistes plusieurs jours [27] alors que d’autres bactéries anaérobies strictes
français, parmi lesquels Prévot, ont contribué, par leurs obser- comme Clostridium novyi type B sont tuées si elles restent
vations cliniques et leurs travaux à l’Institut Pasteur, à une plus seulement quelques minutes à l’air. [32] Cette sensibilité à
grande connaissance de ces bactéries et à leur classification. l’oxygène est due à l’absence de certaines enzymes : catalase,
Depuis le milieu du XXe siècle, des équipes américaines : Moore peroxydase, superoxyde dismutase. Un potentiel d’oxydoréduc-
et ses collaborateurs au Virginia Polytechnic Institute ainsi que
tion élevé est également défavorable à la multiplication de ces
Finegold et ses collaborateurs à l’Université de Californie ont
bactéries anaérobies.
également beaucoup apporté à la classification de ces bactéries.
Ils ont amélioré et simplifié les techniques d’isolement et
d’identification de ces bactéries, permettant ainsi à la plupart
des laboratoires de les rechercher et de les identifier selon les ■ Classification (Tableaux 1, 2)
mêmes critères.
À la fin du XXe siècle, la nomenclature de ces bactéries a été La taxonomie des bactéries anaérobies a subi de profonds
régulièrement mise à jour selon les résultats des nombreux bouleversements, en raison d’un intérêt plus grand pour ces
travaux réalisés. Aujourd’hui, cette classification est quelque peu bactéries longtemps ignorées et de méthodes d’étude de plus en
bousculée par la biologie moléculaire et notamment l’étude [50, plus performantes.
88] de la séquence du gène de l’acide ribonucléique ribosomal
Parmi les bacilles à Gram négatif, le genre Bacteroides a été
(ARNr) 16S. divisé en 1989 en trois genres principaux : Bacteroides, Prevotella
et Porphyromonas. De nouvelles espèces ont également été
■ Définition décrites dans ces trois genres. Dans le genre Bacteroides, le
groupe fragilis est bien individualisé mais d’autres espèces
Une bactérie anaérobie est incapable de se multiplier dans appartenant toujours au genre Bacteroides seront probablement
l’atmosphère normale mais elle nécessite une atmosphère reclassées dans des genres nouveaux. Ainsi Bacteroides gracilis est

2 Maladies infectieuses
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Tableau 3. Bouche Nez et peau


Concentration bactérienne selon les sites et ratio anaérobies/aérobies. Prevotella spp. Propionibacterium spp.
Porphyromonas spp. Cocci à Gram+ anaérobies
Nombre de Rapport anaérobies/
Fusobacterium spp.
bactéries / aérobies Leptotrichia buccalis
g ou ml Cocci à Gram+ anaérobies
Bouche Cocci à Gram- anaérobies
salive 108-109 1/1 Actinomyces spp.
Eubacterium spp.
surface dentaire 1010-1011 1/1
Bifidobacterium spp.
sillon gingival 1011-1012 1 000/1
Lactobacillus spp.
Tractus gastro-intestinal
estomac 102-105 1/1
intestin grêle 102-104 1/1
iléon 104-107 1/1
côlon 1011-1012 1 000/1
Vagin 108-109 3 à 5/1

devenu Campylobacter gracilis en 1995 [94] et Bacteroides forsythus


est devenu Tannerella forsythensis en 2002. [85] Vagin
Parmi les bacilles à Gram positif, de nouveaux genres ont été Lactobacillus spp. Iléon terminal
créés pour des espèces appartenant jusqu’alors au genre Eubac- Prevotella bivia, disiens
et côlon
terium : Collinsella, [51] Eggerthella, [95] Mogibacterium. [74] Porphyromonas
Bacteroides spp.
Le genre Peptostreptococcus, qui regroupait presque tous les asaccharolytica
Clostridium spp.
Cocci à Gram+ anaérobies
cocci à Gram positif isolés en clinique, a aussi été divisé en Prevotella spp.
Bifidobacterium spp.
plusieurs nouveaux genres : Anaerococcus, Gallicola, Peptoniphilus Porphyromonas spp.
Propionibacterium spp.
Fusobacterium spp.
ou Schleiferella, [34] Finegoldia [72] et Peptostreptococcus. [69]
Bilophila wadsworthia
Cocci à Gram+ anaérobies
Cocci à Gram- anaérobies
■ Flore normale Actinomyces spp.
Eubacterium spp.
Toutes les surfaces du corps humain sont colonisées par une Bifidobacterium spp.
flore commensale dont le rôle principal est de protéger de Lactobacillus spp.
l’invasion par un agent pathogène. [47] Ces flores, dont la Propionibacterium spp.
proportion de bactéries anaérobies est importante (Tableau 3),
sont présentes sur la peau, dans la bouche, le nez, la gorge, le
tractus intestinal bas, le vagin et la portion terminale de l’urètre. Figure 1. Principales bactéries des flores commensales.
La nature des bactéries varie selon les sites (Fig. 1). Ces bactéries
ne deviennent pathogènes que si elles sont déplacées vers une
zone habituellement stérile, à la faveur d’un traumatisme en micro-organismes, 1011 bactéries par gramme de fèces. Au
accidentel ou chirurgical. [31] Elles peuvent aussi envahir des moins 400 espèces différentes seraient présentes, les anaérobies
tissus préalablement lésés par d’autres agents pathogènes ou des étant 100 à 1 000 fois plus nombreuses que les aérobies. Ces
tissus nécrosés (tumeur, ulcère…) ou adhérer et se multiplier à bactéries jouent un rôle important dans la digestion des
la surface d’un corps étranger. aliments, la synthèse de vitamines, la stimulation du système
immunitaire…
Peau
Les anaérobies présentes sur la peau appartiennent essentiel-
Tractus génito-urinaire
lement au genre Propionibacterium. P. acnes est présent au niveau Seulement quelques bactéries sont présentes dans la portion
des follicules pileux, dans les zones riches en sébum. P. granulo- terminale de l’urètre. La flore vaginale est riche en bactéries
sum est retrouvé dans les mêmes zones mais en quantité dix fois anaérobies. La composition de cette flore varie en fonction de
moins grande. P. avidum est plus souvent isolé des zones l’âge, selon l’imprégnation hormonale. De la puberté à la
cutanées humides. Ces bactéries, à partir des triglycérides, ménopause, les bactéries les plus importantes sont les lactoba-
produisent des acides gras volatils qui s’opposent à la multipli- cilles qui produisent de l’acide lactique à partir du glycogène,
cation des bactéries exogènes. abaissant le pH autour de 4,5. Cette acidité empêche la multi-
plication d’autres bactéries. Pendant la menstruation, le pH
Nez remonte, favorisant ainsi la prolifération de bactéries exogènes.
Certains lactobacilles produisent du peroxyde d’hydrogène
La flore nasale est voisine de celle de la peau. toxique pour les bactéries catalase négatives. C’est donc en
l’absence de ces lactobacilles que vont se multiplier les bactéries
Bouche et pharynx anaérobies rencontrées dans les vaginoses dites « non spécifi-
Des bactéries anaérobies sont présentes dans les cryptes ques ». Ces bactéries normalement présentes en petite quantité
amygdaliennes, entre les papilles de la langue, sur la plaque se mettent à proliférer en l’absence de flore inhibitrice. Il a aussi
dentaire et surtout dans le sillon gingival. En dehors des été observé que la présence d’un dispositif intra-utérin favorisait
Bacteroides du groupe fragilis et des bacilles à Gram positif du l’adhésion et la multiplication de certaines bactéries anaérobies.
genre Clostridium, presque toutes les bactéries anaérobies
peuvent être présentes dans la bouche. Lorsque ces bactéries
anaérobies adhèrent à la plaque dentaire, elles contribuent à la ■ Pouvoir pathogène
formation des caries et peuvent générer des maladies
périodontales. Les Bacteroides du groupe fragilis sont les plus virulents et les
plus fréquemment rencontrés dans les septicémies et les
infections intra-abdominales. [39, 52] Plus souvent résistants aux
Tractus digestif antibiotiques, ils sont ainsi plus facilement sélectionnés.
Œsophage, estomac et duodénum sont peu colonisés, proba- Bacteroides fragilis, l’espèce la plus souvent rencontrée,
blement en raison de l’acidité et d’un potentiel d’oxydoréduc- possède des facteurs de virulence. Il sécrète des enzymes
tion relativement haut. L’iléon terminal et le côlon sont riches antioxydantes, superoxyde dismutase et catalase, qui lui

Maladies infectieuses 3
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permettent de supporter la teneur en oxygène du sang arté- Examen direct


riel. [86] B. fragilis possède un système efficace de captation du
fer à partir de l’hémine provenant notamment de l’hémoglo- Un frottis est réalisé à partir des différents prélèvements. Les
bine rendue accessible par une hémolysine. Il possède des biopsies sont broyées dans du bouillon thioglycolate, ce qui
facteurs d’adhésion lui permettant de se fixer aux cellules permet d’effectuer examen direct et culture. Les écouvillons sont
épithéliales et endothéliales. D’autre part, il produit une déchargés dans 1 ml de bouillon thioglycolate. Les frottis sont
endotoxine de nature lipopolysaccharidique et une capsule fixés à froid à l’alcool à 90°, puis colorés à la coloration de
polysaccharidique favorisant la formation d’abcès. B. fragilis Gram en insistant sur l’étape à la safranine pour bien visualiser
produit également un certain nombre d’enzymes lui permettant certains bacilles à Gram négatif très fins. Les polynucléaires
de diffuser dans les tissus : collagénase, hyaluronidase, fibrino- peuvent être absents au centre des abcès où ils sont détruits par
lysine, neuraminidase, héparinase, protéase… Enfin, depuis les enzymes cellulaires ou les toxines bactériennes.
1984, on a mis en évidence des souches productrices d’une La plupart des « pus anaérobies » sont polymicrobiens et
entérotoxine responsable de diarrhée aiguë chez des animaux certaines morphologies sont évocatrices : bacilles à Gram négatif
nouveau-nés. [73] Des souches entérotoxinogènes ont également fusiformes évoquant Fusobacterium nucleatum, bacilles à Gram
été incriminées lors de diarrhées chez des enfants. positif à bouts carrés, éventuellement sporulés, évoquant
D’autres bactéries anaérobies de la flore de Veillon, impli- Clostridium spp., bacilles à Gram positif plus ou moins ramifiés
quées dans des pathologies infectieuses, possèdent des facteurs évoquant Actinomyces spp. ou Propionibacterium spp., ou encore
de virulence. [87] Fusobacterium necrophorum, responsable du des bacilles à Gram négatif polymorphes, vacuolisés évoquant
syndrome angine-infarctus pulmonaire de Lemierre, produit une Bacteroides spp.
hémolysine, des facteurs d’agrégation plaquettaire, des lipases,
une hémagglutinine, une endotoxine lipopolysaccharidique et Mise en culture
une leucotoxine extracellulaire. Plusieurs espèces du genre Les milieux permettant la culture des bactéries anaérobies
Prevotella, en particulier P. intermedia, P. melaninogenica, possè- sont des milieux enrichis en sang et en vitamine K. Ils sont
dent une capsule de nature polysaccharidique. Porphyromonas additionnés d’un agent réducteur comme la L-cystéine. Les plus
gingivalis joue un rôle important dans la pathologie buccoden- utilisés sont les milieux de Schaedler, géloses Brucella, Columbia
taire. Il possède aussi un nombre important de facteurs de ou Viande-Levure. Ces milieux peuvent être rendus sélectifs par
pathogénicité : facteurs d’adhésion (fimbriae, hémagglutinines), addition d’aminosides (kanamycine, néomycine ou gentamicine
enzymes favorisant sa diffusion (collagénase, trypsinase, à une concentration finale voisine de 50 µg/ml), qui sont sans
hexoaminidase, protéase) et également une endotoxine lipopo- action sur les bactéries anaérobies strictes mais inhibent bon
lysaccharidique. Parmi les cocci à Gram positif, l’espèce Finegol- nombre d’anaérobies facultatifs. On peut aussi ajouter du
dia magna (ancien Peptostreptococcus magnus) est la plus souvent phényl-éthyl alcool (PEA) qui inhibe les bacilles à Gram négatif
isolée en pathologie. F. magna est notamment rencontrée dans anaérobies facultatifs.
les infections ostéoarticulaires. On a montré qu’elle était capable Le milieu Schaedler néomycine-vancomycine qui est com-
d’adhérer au collagène et au fibrinogène et de produire une mercialisé sélectionne les anaérobies à Gram négatif sauf les
collagénase. [35, 54] Porphyromonas spp. qui sont sensibles à la vancomycine.
Le milieu Columbia additionné d’acide nalidixique et de
■ Prélèvements colistine (ANC) peut être utilisé pour sélectionner les bactéries
à Gram positif.
Le milieu bacteroïdes bile esculine (BBE) est utilisé pour
sélectionner les Bacteroides du groupe fragilis et Bilophila
wadsworthia.
“ Points importants Un milieu liquide : thioglycolate, Rosenow, Schaedler ou
bouillon cœur-cervelle est systématiquement ensemencé dans
un but d’enrichissement pour certaines bactéries à culture lente
Deux règles importantes sont à respecter : (Actinomyces) lorsque le prélèvement est monomicrobien mais il
• ne pas contaminer l’échantillon prélevé par une flore est sans intérêt pour les prélèvements polymicrobiens.
normale ; Ces milieux doivent être ensemencés et incubés en atmos-
• réduire au maximum le contact avec l’oxygène de l’air. phère anaérobie le plus rapidement possible.

Atmosphère anaérobie
L’anaérobiose peut être obtenue de différentes manières.
Tous les sites normalement colonisés ne doivent pas être L’idéal est la chambre anaérobie qui permet de garder les
prélevés pour une recherche de bactéries anaérobies. Sont ainsi bactéries en atmosphère anaérobie tout au long de leur étude.
proscrits les prélèvements buccaux et pharyngés, les expectora- Elle permet de cultiver les bactéries les plus sensibles à l’oxy-
tions, selles, urines et écouvillonnages vaginaux. Tout site gène. D’excellents résultats sont néanmoins obtenus, pour les
proche d’une muqueuse doit au préalable être décontaminé en bactéries rencontrées en clinique humaine, avec les jarres
surface ou le mode de prélèvement doit permettre d’éviter la anaérobies. Des sachets générateurs d’anaérobiose sont intro-
zone colonisée. Les pus et liquides aspirés, de faible volume, duits dans ces jarres. Différents modèles sont disponibles sur le
sont immédiatement inoculés dans un milieu de transport avec marché. Ces jarres, faciles à utiliser, sont à la portée de tout
indicateur d’oxydoréduction ou le tube stérile contenant le laboratoire.
prélèvement est placé dans un sachet avec générateur d’anaéro-
biose. Les bactéries anaérobies d’intérêt médical peuvent Incubation et examen des cultures
néanmoins survivre plusieurs heures dans un pus de volume Les primocultures sont généralement examinées après
supérieur à 1 ml ou dans une biopsie tissulaire. [91] 48 heures d’incubation à 37 °C. Une analyse n’est déclarée
Ces récipients sont maintenus droits, à température ambiante négative qu’après au moins 5 jours de culture. Pour une
car les températures basses favorisent la diffusion de l’oxygène. recherche d’Actinomyces, les milieux sont conservés jusqu’à
Les écouvillons, plutôt déconseillés, sont quelquefois le seul 15 jours. Les cultures obtenues en anaérobiose sont comparées
moyen de prélever. Ils sont alors acheminés au laboratoire dans à celles obtenues sur une gélose au sang incubée sous CO2.
des milieux de transport type gélose molle. Toute colonie suspecte est repiquée dans ces deux atmosphères
afin de s’assurer du caractère anaérobie strict de la bactérie.
■ Diagnostic bactériologique Certaines bactéries, bien que classées parmi les anaérobies
strictes, sont aérotolérantes et poussent dans une atmosphère
La recherche de bactéries anaérobies est souvent orientée par enrichie de 10 % de CO2 : Propionibacterium spp., Lactobacillus
l’aspect du pus et son odeur nauséabonde. spp., Actinomyces spp., Bifidobacterium spp. et Clostridium tertium.

4 Maladies infectieuses
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Identification Abcès du cerveau

L’identification peut être orientée par l’aspect des colonies : Sinusite et otite
• double zone d’hémolyse autour des colonies de Clostridium chroniques
Infection périodontale
perfringens ; Pneumonie Angine de Vincent
• envahissement de la gélose par Clostridium septicum ; d'inhalation Actinomycose
• pigment noir des Porphyromonas spp. et certaines Prevotella Abcès du poumon Syndrome de Lemierre
spp. ; Pleurésie
• petites colonies creusant la gélose de Bacteroides ureolyticus ; Pneumonie
nosocomiale Abcès du sein
• colonies brun rouge d’Actinomyces odontolyticus…
L’aspect au Gram : forme, taille, renflements, ramifications, Bactériémie
Abcès
vacuoles, spores… oriente aussi l’identification. hépatique Péritonite
On peut s’aider de disques imprégnés d’antibiotiques ou
Abcès de paroi
d’autres substances inhibitrices à des concentrations spécifi- Abcès périrectal
ques : vancomycine 5 µg, kanamycine 1 000 µg, colistine 10 µg,
bile 5 mg, vert brillant 100 µg. Ces disques sont commercialisés.
L’inhibition ou non de la culture autour de ces disques permet
de préciser la nature du Gram et peut orienter vers un genre
bactérien. [91]
L’identification de l’espèce est ensuite obtenue à l’aide de
Salpingite
galeries commercialisées qui sont de deux types : Abcès tubo-ovarien
• certaines, comme la galerie API 20A (bioMérieux), nécessitent Vaginose
une croissance bactérienne, donc une incubation en anaéro- Bartholinite Dermohypodermite
biose de 24 à 48 heures, car elles mettent notamment en Myonécrose
évidence la fermentation des glucides ; Ostéite
• d’autres, comme les galeries Rapid ID32A, Rapid ANA II,
révèlent la présence d’enzymes préformées par la bactérie.
Elles peuvent être incubées en atmosphère normale et lues au
bout de quelques heures.
Les galeries enzymatiques donnent en général des résultats
plus précis mais pour certaines espèces, l’étude des fermenta-
tions sucrées reste utile. Ces deux galeries sont alors complé-
mentaires. Leur utilisation nécessite néanmoins une bonne
connaissance des bactéries anaérobies. [42, 88] Figure 2. Infections où sont incriminées les bactéries anaérobies.
Certaines bactéries qui ont un métabolisme réduit, donc peu
de caractères biochimiques, sont identifiées grâce à la chroma- Infection du périodonte
tographie en phase gazeuse. Pour ce faire, un milieu liquide,
type milieu de Schaedler, contenant du glucose est ensemencé Cette infection est définie par une perte du support alvéolaire
avec la souche à étudier. Ce milieu est généralement incubé de la dent (os alvéolaire, ligament parodontal et cément). Elle
plusieurs jours afin de permettre à la bactérie de produire des est souvent associée à des facteurs prédisposants tels l’infection
acides gras, volatils ou non, à partir du glucose et des peptones par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), un diabète,
présents dans le milieu. Ces acides sont ensuite extraits puis et ses formes cliniques varient selon l’âge du patient. [49] Chez
identifiés selon leur temps de rétention dans la colonne. Le l’adulte, de nombreux pathogènes sont décrits : Porphyromonas
profil obtenu est comparé à ceux qui ont été répertoriés par gingivalis, Prevotella intermedia et Tannerella forsythensis. Chez
Holdeman et Moore du Virginia Polytechnic Institute dans l’adolescent, l’infection est agressive, localisée aux dents
Anaerobe Laboratory Manual. [48] Cette technique n’est cependant (généralement la première molaire ou les incisives), responsable
utilisée que dans des laboratoires spécialisés. de lésion de la plaque dentaire. Ces infections peuvent diffuser
aux tissus plus profonds responsables alors de cellulite. [93]

■ Aspects cliniques Gingivite


Elle est définie par une inflammation des tissus mous autour
Les différentes infections pouvant être dues à des bactéries de la dent (limitée à la gencive) sans perte du support périodon-
anaérobies sont schématisées sur la Figure 2. La nature de ces tal. Il existe différentes formes décrites selon les caractéristiques
bactéries varie selon le site infectieux (Tableau 4). cliniques et microbiologiques, parmi lesquelles on trouve la
forme majeure chronique et la gingivite ulcéronécrosante
Infections de la sphère oto-rhino- aiguë. [49] Généralement, la gingivite est l’état précédant
laryngologique et stomatologique l’atteinte périodontale. La gingivite ulcéronécrosante aiguë, ou
gingivite de Vincent, est une infection polymicrobienne
Les bactéries anaérobies forment la flore prédominante de la (association d’un spirochète et de Fusobacterium) s’étendant au
cavité orale, avec un ratio anaérobies/aérobies de 10/1. Le type palais, à la langue et au pharynx. Le patient se plaint de
d’anaérobies ainsi que leur concentration dépendent d’un douleurs, de gingivorragies et de dysphagie intense. La fièvre
certain nombre de facteurs tels l’âge du patient, le régime n’est pas toujours présente et des adénopathies satellites sont
alimentaire, le site anatomique, les pathologies associées, une fréquemment retrouvées. [93]
hospitalisation ou un traitement antibiotique récent. [15] La
plupart des infections de la sphère ORL et stomatologique sont Infection de l’endodonte
ainsi causées par la flore commensale. Les anaérobies contri- Elle peut être très douloureuse. L’origine est multiple,
buent à la sévérité de l’infection du fait de leur synergie avec les carieuse, sanguine ou périodontale. [49] Les germes les plus
aérobies. souvent isolés sont : Prevotella intermedia, Porphyromonas
gingivalis et endodontalis. Le traitement consiste en un débride-
Infections dentaires ment du canal pulpaire, souvent associé à une antibiothérapie
La plupart des infections dentaires sont dues aux bactéries générale. [93]
anaérobies. Les espèces les plus fréquemment retrouvées sont :
Prevotella intermedia, Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsy- Péricoronite
thensis, Campylobacter rectus, Eubacterium species, Fusobacterium C’est une infection douloureuse, développée autour de la
nucleatum et Peptostreptococcus micros. [93] dent extériorisée de la mâchoire et affectant préférentiellement

Maladies infectieuses 5
8-030-A-10 ¶ Infections dues aux bactéries anaérobies de la flore endogène (Clostridium difficile et Actinomyces exclus)

Tableau 4.
Bactéries anaérobies les plus fréquemment isolées dans les principaux sites infectieux..
Cocci à Bacilles à Gram positif Bacilles à Gram négatif
Gram
positif
Pepto- Actinomyces Clostridium Propioni- Bacteroides Fusobacteria Porphy- Prevotella
streptococcus bacterium romonas
Infections ostéoarticulaires :
-arthrites +++ (N) ++ ++ (N) + + +
-ostéomyélites +++ (N) +++ ++ ++ (N) + + +
Infections neuroméningées :
-abcès du cerveau +++ ++ + (N) ++ ++ ++
-méningite + + + (N) +
Infections des parties molles :
-dermohypodermite aiguë + +++ ++ ++
-myonécrose + +++ ++ ++
-morsures +++ (A, H) + (A > H) +++ (A, H) + (A) +++ (H > A)
Infections de voies aériennes supérieures :
-infections dentaires +++ ++ ++ +++ +++ ++
-angines, amygdalite ++ + +++ (V,L) +++
-otite +++ ++ +++ ++ +++
-sinusite +++ + +++ ++ +++
Infections abdominales :
-péritonites ++ ++ ++ +++ ++ + ++
-appendicites ++ ++ ++ +++ ++ + ++
-abcès hépatiques + ++ ++ +++ +++ +++
-infections biliaires +++ ++ +++
Infections gynécologiques +++ + + +++ + +++
N : nosocomial ; V : angine de Vincent ; L : angine de Lemierre ; A : animale ; H : humaine.

la troisième molaire. [49] Les mêmes bactéries anaérobies que même été trouvées dans les sinusites nosocomiales, que ce soit
pour les infections du périodonte sont isolées. Sur le plan chez l’enfant [12] ou chez l’adulte, [56] favorisées par les sondes
thérapeutique, un débridement local et une irrigation sont d’intubation ou nasogastrique. La pathogénicité de ces bactéries
nécessaires, voire l’extraction de la dent afin d’éviter une est maintenant bien établie. [13] Les germes les plus fréquem-
évolution vers une ostéomyélite. [93] ment isolés sont Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium et des
cocci anaérobies. [44] Les prélèvements isolent généralement
Angines, amygdalites plusieurs souches différentes (en moyenne trois). La symptoma-
La place des bactéries anaérobies est difficile à préciser dans tologie clinique est variable : l’association fièvre, céphalées,
ce type d’infection compte tenu de leur présence à l’état écoulement purulent nasal et douleur à la palpation est forte-
saprophyte dans le pharynx. Plusieurs formes cliniques ont ment évocatrice, mais seul le prélèvement permet d’en faire le
néanmoins été identifiées, mettant en cause un germe anaéro- diagnostic. La prise en charge thérapeutique est discutée :
bie : pharyngite exsudative, angine ulcéronécrosante de Vincent, drainage chirurgical seul ou adjonction d’antibiotiques actifs
syndrome angine-infarctus de Lemierre [97] et adénophleg- (ampicilline + inhibiteur de b-lactamase, synergistine, nouvelle
mons. [15] Le tableau clinique est souvent sévère. Les germes génération de fluoroquinolone). [77]
isolés sont majoritairement Fusobacterium necrophorum, mais
d’autres sont décrits comme Porphyromonas, Prevotella, et
Actinomyces. [15] Le traitement consiste à faire une ponction Infections neuroméningées
évacuatrice avec drainage et lavage selon les localisations
auxquels est associée une antibiothérapie active (imidazolé, Abcès cérébraux
association b-lactamine-inhibiteur de ß-lactamase). [77]
Ce sont des infections rares, le plus souvent polymicrobien-
Dermohypodermites cervicomédiastinales ou nes, parmi lesquelles les bactéries anaérobies occupent une place
anciennes cellulites importante. Selon les auteurs et la porte d’entrée retrouvée, les
anaérobies sont identifiées seules dans 31 à 51 % des cas ou
Cf. Infection des parties molles.
associées aux bactéries aérobies dans 12 à 41 % des cas. [9, 57, 65]
Otite moyenne Les bactéries majoritairement isolées sont : Fusobacterium spp.,
Prevotella spp., Peptostreptococcus spp., Bacteroides spp. et
Les anaérobies sont trouvées dans 5 à 15 % des otites moyen-
Actinomyces spp.
nes et jusqu’à 42 % des otites séreuses. [15] Les germes prédomi-
nants sont : Peptostreptococcus spp., Propionibacterium acnes et les Dans la majorité des cas, la source de l’infection est d’origine
bacilles à Gram négatif. ORL, par contiguïté. Les abcès d’origine métastatique ne
Lorsque l’infection devient chronique, c’est jusqu’à 50 % révèlent que très rarement des anaérobies, sauf quand ils sont
d’anaérobies qui sont isolés. Ces infections sont plurimicrobien- associés à une infection pulmonaire (abcès). [57] Les caractéristi-
nes associées aux aérobies (Pseudomonas, staphylocoque) avec un ques cliniques dépendent plus de leur localisation que des
nombre d’isolats en moyenne de deux à six pathogènes par caractéristiques des bactéries. [57] La fièvre peut être absente et
prélèvement. [15] La plupart sécrètent une b-lactamase, justifiant la recherche d’un foyer ORL doit être systématiquement
un traitement par amoxicilline-acide clavulanique. Les éléments effectuée.
cliniques évocateurs sont une persistance ou une récurrence des L’imagerie par résonance magnétique est l’examen actuelle-
signes d’otites. Les complications sont surtout locorégionales : ment le plus sensible pour faire le diagnostic. Il permet au
mastoïdite, abcès cérébral. [15] mieux la localisation de l’abcès ainsi que la recherche d’un foyer
ORL. Le prélèvement du foyer source permet d’augmenter les
Sinusites chances d’isoler la ou les bactéries responsables.
Les bactéries anaérobies sont isolées dans 10 % des sinusites Outre l’aspect thérapeutique, la ponction-aspiration de l’abcès
aiguës et jusqu’à plus de 60 % dans les chroniques. [77] Récem- permet souvent de mettre en évidence les différents pathogènes.
ment, des fréquences élevées d’anaérobies (plus de 50 %) ont Le traitement nécessite enfin une antibiothérapie adaptée

6 Maladies infectieuses
Infections dues aux bactéries anaérobies de la flore endogène (Clostridium difficile et Actinomyces exclus) ¶ 8-030-A-10

capable de pénétrer dans la cavité de l’abcès cérébral. Le Le plus souvent, l’installation clinique est torpide en plusieurs
métronidazole possède ces caractéristiques mais n’a pas d’acti- semaines. Les caractéristiques cliniques sont peu spécifiques. Il
vité sur les bactéries aérobies souvent associées, à la différence existe typiquement un tableau de suppuration profonde avec
du chloramphénicol et de l’imipénème. fièvre, altération de l’état général, perte de poids, sueurs
nocturnes. L’expectoration est abondante et parfois fétide. Les
Méningites hémoptysies sont possibles. La radiographie thoracique montre
typiquement une image hydroaérique de taille variable au sein
À l’inverse des abcès cérébraux, les méningites sont des
d’opacités alvéolaires plus diffuses. Le scanner thoracique
infections beaucoup plus fréquentes mais les bactéries anaéro-
permet de mieux préciser la lésion et sa localisation et de
bies sont rarement en cause (< 1 %). La littérature rapporte
rechercher un épanchement pleural associé.
essentiellement des cas isolés. On retrouve les mêmes facteurs
La méthode de référence pour l’identification microbiologi-
prédisposants que pour les abcès cérébraux (pathologie ORL
que des abcès pulmonaires est la ponction transtrachéale, [6]
aiguë ou chronique et infections pulmonaires), et dans 50 % des
mais elle n’est plus guère utilisée étant donné la fréquence des
cas une immunodépression. [18, 46]
complications. Les hémocultures sont le plus souvent négatives.
Le plus souvent, la méningite est monomicrobienne. Les
La fibroscopie bronchique permet de rechercher une lésion
bactéries anaérobies prédominantes sont : Bacteroides spp.,
sous-jacente : corps étranger, cancer. Elle permet de faire des
Peptostreptococcus spp., Fusobacterium et Clostridium spp. [5, 46, 53]
prélèvements protégés à visée microbiologique.
Propionibacterium acnes est également rapporté dans la littérature
Le traitement est essentiellement médical et repose sur
au cours de méningites nosocomiales, notamment après pose de
l’antibiothérapie. Seuls 10 % des patients avec un abcès pulmo-
shunt ventriculopéritonéal ou ventriculoauriculaire. [18] Il n’y a
naire nécessitent un drainage ou un traitement chirurgical. [96]
pas de caractéristique clinique particulière en dehors des formes
Les antibiotiques possibles sont : ß-lactamine associée à un
frustes possibles. Le traitement repose sur les mêmes principes
inhibiteur de ß-lactamase, imipénème, métronidazole ou
que les abcès cérébraux, à savoir l’utilisation de molécules en
clindamycine. Le métronidazole, s’il est choisi, ne doit pas être
fonction de leur diffusion méningée : phénicolés, nitro-
utilisé seul en raison des bactéries aérobies fréquemment
imidazolés, voire b-lactamines.
associées. La durée du traitement est controversée, le plus
souvent de 3 semaines. D’autres poursuivent le traitement
Infections pleuropulmonaires jusqu’à quasi-normalisation de la radiographie thoracique.
La présence de bactéries anaérobies [62] au cours de pathologie
pulmonaire est logique dès lors qu’il existe une possibilité de Pleurésies purulentes
contamination de l’appareil respiratoire sous-glottique par le Elles ont une origine physiopathologique commune avec les
contenu oropharyngé. En effet, la concentration de bactéries abcès pulmonaires et les facteurs de risque sont identiques. Elles
anaérobies dans la sphère ORL (pharynx, dents) est particuliè- peuvent également compliquer une chirurgie thoracique,
rement élevée (cf. supra). Ainsi, lorsqu’il existe des troubles de survenir au décours d’un traumatisme thoracique ou représenter
déglutition, ou en présence d’une prothèse trachéale, le contenu l’extension d’un foyer purulent cervical ou abdominal. Elles
oropharyngé contaminé peut coloniser puis infecter les voies font le plus souvent suite à un abcès pulmonaire, soit par fistule
aériennes basses. D’autres modes de contamination du paren- bronchopleurale, soit par extension directe de l’infection vers la
chyme pulmonaire sont possibles, mais plus rares : contamina- cavité pleurale. Comme les abcès pulmonaires, elles sont
tion par voie hématogène, pullulation microbienne en fréquemment polymicrobiennes avec une prédominance d’ana-
atmosphère anaérobie lors de troubles de ventilation obstructifs. érobies par rapport aux aérobies. [23]
En plus de l’antibiothérapie, le drainage thoracique est
Pneumopathies d’inhalation essentiel. Les simples ponctions échoguidées sont parfois
Elles s’observent chez des patients comateux, lors de troubles suffisantes, mais le plus souvent la mise en place d’un drain de
de la déglutition d’origine neurologique ou au cours de patho- gros calibre doit être réalisée. [59] En cas d’obstruction du drain
logies ORL cancéreuses. La présence de bactéries anaérobies au par de la fibrine, l’utilisation de fibrinolytiques est indiquée en
cours des pneumopathies d’inhalation est classique et logique. l’absence de fistule bronchopleurale. L’administration de
Cependant, cette notion classique a été remise en question. [61] fibrinolytique est parfois proposée avant la chirurgie thoraci-
En effet, dans une étude récente, malgré une recherche spécifi- que. [21] Celle-ci n’est indiquée qu’en cas d’échec du drainage.
que, la fréquence des bactéries anaérobies isolées au cours de Il n’y a cependant pas de preuve de l’efficacité de l’utilisation
pneumopathies d’inhalation était faible. [60] De plus, l’adminis- des fibrinolytiques au cours des pleurésies purulentes. [20]
tration systématique de pénicilline au cours des suspicions de L’antibiothérapie est identique à celle des abcès pulmonaires.
pneumopathie d’inhalation chez les patients hospitalisés pour
une intoxication médicamenteuse volontaire est controver-
Entité à part : syndrome de Lemierre [19, 97]
sée. [68] D’autres études sont nécessaires pour préciser le rôle Il s’agit d’une entité rare qui associe angine, thrombophlébite
potentiel des anaérobies au cours des pneumopathies jugulaire et infection pulmonaire à anaérobie par voie hémato-
d’inhalation. gène en rapport avec la migration d’un embole septique
provenant de la thrombose veineuse jugulaire. Elle est suspectée
Abcès du poumon lorsque survient, au décours d’une angine, une douleur thora-
La plupart des abcès pulmonaires font suite à des inhalations cique avec des signes de pneumopathie aiguë ou d’abcès
méconnues ou négligées survenant chez des patients ayant des pulmonaire. La base du cou est indurée, inflammatoire et
facteurs de risque : alcoolisme, troubles de conscience, mauvais douloureuse, témoignant de la thrombose jugulaire. Celle-ci est
état buccodentaire, troubles de la déglutition en rapport avec confirmée par l’échographie-doppler. Toutefois, la thrombose
une pathologie ORL locale ou neurologique. Par ailleurs, les jugulaire peut ne pas être mise en évidence. La bactérie la plus
bactéries anaérobies peuvent également se développer au sein souvent en cause dans cette affection est Fusobacterium necro-
d’une obstruction liée à un cancer ou à un corps étranger. phorum. Le traitement comporte une antibiothérapie associée à
Les anaérobies sont présentes dans 60 à 100 % des abcès un traitement anticoagulant. Dans certains cas, la ligature de la
pulmonaires, le plus souvent associées à des aérobies (strepto- veine jugulaire interne a été proposée.
coques, staphylocoques dorés, klebsielles, Pseudomonas) avec un
rapport de 3,0 anaérobies pour 0,6 aérobie. [45] Dans 15 à 20 %
Infections pulmonaires nosocomiales
des cas, les anaérobies sont les seules bactéries identifiées. [45] Les bactéries anaérobies ne sont habituellement mises en
Les bactéries le plus souvent isolées sont Prevotella spp., cause que de façon exceptionnelle au cours des pneumopathies
Peptostreptococcus spp., Fusobacterium nucleatum. Plus de 50 % nosocomiales. Cependant, dans une étude comportant
des bactéries anaérobies isolées sont productrices de 130 malades ayant une pneumopathie nosocomiale documen-
ß-lactamase. [30] tée, des bactéries anaérobies étaient identifiées dans 23 % des

Maladies infectieuses 7
8-030-A-10 ¶ Infections dues aux bactéries anaérobies de la flore endogène (Clostridium difficile et Actinomyces exclus)

cas, que la pneumopathie soit précoce ou tardive. [25] L’identi- Abcès hépatiques
fication des anaérobies était réalisée à partir de brosses télesco-
Les abcès hépatiques ont deux mécanismes physiopathologi-
piques protégées, en utilisant un milieu de transport favorable
ques. Ils peuvent être secondaires à une infection de contiguïté
et une recherche spécifique au laboratoire. [82] D’autres études
(péritonite, plus rarement infection biliaire). Dans ce cas, les
ont confirmé que les bactéries anaérobies pouvaient coloniser
les voies respiratoires basses des malades en ventilation artifi- Bacteroides du groupe fragilis sont fréquemment isolées. Leur
cielle avec une grande fréquence. [1, 83] La pathogénie de ces mécanisme peut également être hématogène et les anaérobies
bactéries anaérobies est discutée, mais plusieurs arguments isolées appartiennent le plus souvent au genre Prevotella ou
plaident en sa faveur. En particulier, la production d’anticorps Fusobacterium.
spécifiques anti-Prevotella a été mise en évidence au cours de Les signes cliniques sont peu spécifiques : fièvre, frissons,
pneumopathies nosocomiales avec isolement de bactéries nausées, vomissements, perte de poids. Les douleurs abdomina-
anaérobies. [43] les ne sont présentes qu’une fois sur deux. L’abcès du foie peut
être révélé par une fièvre isolée. L’élévation des phosphatases
alcalines et l’hyperleucocytose sont les signes biologiques les
Infections abdominopelviennes plus fréquents. Le diagnostic est parfois suspecté sur la radiogra-
Infections digestives phie thoracique, mais ce sont l’échographie ou le scanner qui
permettent le diagnostic. Le traitement repose essentiellement
Les bactéries anaérobies représentent la quasi-totalité de la
sur le drainage percutané et l’antibiothérapie. Le drainage
flore colique avec un rapport de 1 pour 1 000. La présence de
percutané est le plus souvent proposé en première intention. Il
ces bactéries au cours des pathologies digestives sous-
permet de plus l’identification microbiologique. Celui-ci est
mésocoliques est donc logique. Les infections abdominales sont
habituellement réalisé avec un drain, mais dans des abcès de
le plus souvent mixtes aéroanaérobies. La présence d’aérobies est
petite taille, les ponctions à l’aiguille sont parfois préférées. La
certainement nécessaire pour que s’exprime la pathogénicité des
chirurgie est parfois nécessaire en cas d’échec du drainage
anaérobies. [79] Au cours des infections du tube digestif (perfo-
percutané, d’abcès multiples ou de pathologie biliaire associée.
ration colique, appendicite, abcès pararectaux), les anaérobies
Le traitement antibiotique doit être actif sur les bacilles à Gram
du groupe Bacteroides fragilis : fragilis, thetaitaomicron, distasonis,
vulgatus, ovatus, uniformis sont les plus représentées. négatif aéro- et anaérobies. Les molécules utilisées pour le
La présentation clinique des péritonites, des appendicites ou traitement des anaérobies sont le plus souvent le métronidazole,
des abcès pararectaux avec anaérobies n’a pas de spécificité l’amoxicilline-acide clavulanique et l’imipénème.
puisque dans ces affections, les anaérobies sont isolées dans 50 à
90 % des cas. Seules certaines particularités liées à la présence Infections gynécologiques [16, 33]
d’anaérobies seront envisagées pour les infections abdomino- Les bactéries anaérobies sont fréquemment impliquées dans
pelviennes. De façon générale, une infection incluant des les infections gynécologiques postopératoires (postcésarienne,
bactéries anaérobies doit être suspectée devant les éléments hystérectomie ou avortement). Elles peuvent être isolées dans
suivants : [76] 50 à 90 % des cas d’infections génitales et être les seules espèces
• une infection survenant dans un site où l’on trouve norma- isolées dans 20 à 50 % des cas. [11] Ces infections ont pour
lement une flore riche en bactéries anaérobies (côlon, origine la colonisation bactérienne des muqueuses du tractus
appareil génital féminin) ; génital et en particulier du vagin. En cas d’infection vaginale,
• une odeur fétide des sécrétions infectées. Celle-ci est présente la flore essentiellement constituée de Lactobacillus spp. est
dans 50 % des cas, mais elle n’est pas spécifique des infec- déséquilibrée et la concentration en bactéries anaérobies devient
tions à anaérobies ; particulièrement importante, en particulier Prevotella spp.,
• l’évolution vers la nécrose tissulaire avec formation d’abcès Porphyromonas spp., Peptostreptococcus anaerobius ou Peptoniphilus
ou gangrène ; asaccharolyticus. Le traitement des vaginites est le plus souvent
• la présence d’air au sein du tissu infecté ; local et dirigé contre les anaérobies : ovules gynécologiques de
• certains aspects morphologiques caractéristiques à l’examen
métronidazole.
direct par coloration de Gram ;
L’endométrite du post-partum survient dans 2 à 5 % des
• l’absence d’identification bactérienne au sein d’un prélève-
accouchements par voie basse et dans 15 à 20 % des césarien-
ment purulent ;
nes. La durée du travail est un facteur favorisant. Le risque peut
• l’échec clinique d’une antibiothérapie inactive sur les bacté-
ries anaérobies. être estimé par la réalisation d’un écouvillonnage vaginal. [33]
Des cellulites vaginales peuvent également survenir au décours
des césariennes.
Le plus souvent, les salpingites aiguës à anaérobie font suite
à une infection à aérobies en particulier à gonocoque. [11] Des
“ Mise en garde salpingites uniquement à anaérobies peuvent s’observer chez les
femmes porteuses de dispositif intra-utérin.
La fréquence des infections postabortives a été réduite par
Il est important de souligner qu’au cours des affections
l’administration habituelle d’une antibioprophylaxie par
digestives avec hémocultures positives à Bacteroides spp.,
métronidazole. Cependant, ces infections, quand elles survien-
la mortalité est plus élevée si l’antibiothérapie empirique nent, peuvent se compliquer de salpingite, voire d’infection
n’est pas active sur cette bactérie. [75] péritonéale.

Traitements des infections abdominopelviennes


Abcès sous-phrénique à anaérobies
Les abcès sous-phréniques sont souvent polymicrobiens et La liste des antibiotiques actifs sur les bactéries anaérobies est
mixtes aéroanaérobies. Les anaérobies sont plus nombreux que rappelée dans le Tableau 5. Comme nous l’avons vu, dans la
les aérobies. [14] Il s’agit le plus souvent de Peptostreptococcus plupart des situations, l’infection est mixte aéroanaérobie et le
spp., de Bacteroides fragilis ou de Clostridium spp., plus rarement traitement doit être actif sur les deux types de bactéries. Des
de Prevotella spp. Le plus souvent, l’abcès à anaérobie survient études expérimentales ont montré que le traitement des périto-
au décours de la chirurgie des affections sous-mésocoliques : nites par perforation par gentamicine seule réduisait la mortalité
appendicite, pathologie colique, traumatismes abdominopel- des animaux à 4 %, mais 98 % d’entre eux développaient
viens. L’isolement d’anaérobie est moins fréquent au décours de secondairement des abcès. Inversement, le traitement par
la chirurgie biliaire. Parfois, Fusobacterium spp. ou Prevotella spp. clindamycine seule s’accompagne d’une mortalité de 35 %, mais
peuvent être isolés après chirurgie gastrique ou duodénale. [11] la fréquence des abcès chez les survivants est très faible.

8 Maladies infectieuses
Infections dues aux bactéries anaérobies de la flore endogène (Clostridium difficile et Actinomyces exclus) ¶ 8-030-A-10

Tableau 5.
Pourcentages de souches sensibles selon les données de la littérature.
Cocci Bacilles Clostridium Bacteroides Prevotella Porphy- Fuso-
à Gram à Gram spp groupe spp romonas bacterium
positif positif non fragilis spp spp
sporulés
Amoxicilline > 95 > 95 > 95 <5 < 50 85 - 95 90 - 95
Amoxicilline + acide clavulanique > 95 > 95 > 95 > 90 > 95 > 95 > 95
Ticarcilline > 95 > 95 > 95 70 - 80 90 - 95 90 - 95 90 - 95
Ticarcilline + acide clavulanique > 95 > 95 > 95 > 90 > 95 > 95 > 95
Pipéracilline > 95 > 95 > 95 70 - 80 90 - 95 90 - 95 90 - 95
Pipéracilline + tazobactam > 95 > 95 > 95 > 95 > 95 > 95 > 95
Céfoxitine > 95 > 95 70 - 80 80 - 90 > 95 > 95 > 95
Céfotétan > 95 > 95 85 - 95 60 - 80 > 95 > 95 90 - 95
Céfotaxime 80 - 90 80 – 90 70 - 80 < 50 70 - 90 90 - 95 90 - 95
Imipénème > 95 > 95 > 95 > 95 > 95 > 95 > 95
Chloramphénicol > 95 > 95 > 95 > 95 > 95 > 95 > 95
Clindamycine 70 - 90 > 95 70 - 80 70 - 80 > 95 > 95 90 - 95
Métronidazole 85 - 95 80 - 90 a > 95 > 95 > 95 > 95 > 95
a
Les souches aérotolérantes (Actinomyces spp., Propionibacterium spp.) sont résistantes.

Infections ostéoarticulaires • dermohypodermite bactérienne nécrosante (ancienne cellulite


profonde) avec plus ou moins atteinte de l’aponévrose
Les arthrites à anaérobies sont des infections rares (moins de (fasciite nécrosante) ;
1 % des arthrites septiques) touchant les grosses articulations • myosite.
(hanches et genoux). [36] Le plus souvent, elles sont polymicro- Les anaérobies ne sont retrouvées que dans les deux dernières
biennes associées aux aérobies. L’épidémiologie bactérienne affections. Ces différentes entités nosologiques restent par
dépend essentiellement de la physiopathologie de l’infec- ailleurs des subtilités que la clinique ne peut pas toujours
tion. [36] Elle peut être, soit secondaire à une bactériémie sur un identifier, et seule l’atteinte découverte en peropératoire classe
terrain débilité, soit secondaire à la pénétration de la bactérie à définitivement le type d’infection. [4]
partir d’une plaie. Dans le premier cas, les bacilles à Gram
négatif (Bacteroides fragilis, Fusobacterium necrophorum) sont le
plus souvent isolés. Dans le deuxième cas, ce sont les Clostri-
Dermohypodermite aiguë avec fasciite nécrosante
dium spp. si l’infection est post-traumatique ; Prevotella, Bacte- Deux types sont habituellement décrits dans la littérature. [4]
roides et Peptostreptococcus isolés dans les maux perforants Le type 1 regroupe des dermohypodermites aiguës polymi-
plantaires ; Proprionibacterium acnes et Finegoldia magna si crobiennes déterminées par l’association de plusieurs bactéries
l’infection est nosocomiale (arthroplastie). [10, 24] Le diagnostic anaérobies et aérobies. Les anaérobies généralement rencontrées
de ces arthrites n’a pas de caractéristique particulière en dehors sont : Peptostreptococcus, Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium. [4]
d’une éventuelle odeur fétide du liquide articulaire. [17] Le La gravité de ces infections est liée à la production d’exotoxines
traitement repose sur les mêmes recommandations que pour les des anaérobies responsables de la lyse des membranes cellulaires
arthrites à aérobies. [10] et ainsi de la nécrose cellulaire, et de l’altération du chimiotac-
Pour les ostéites et ostéomyélites, l’infection se fait égale- tisme des polynucléaires et de la phagocytose. En fonction de
ment, soit par voie hématogène à partir d’un foyer septique la localisation, des particularités étiologiques sont décrites. Pour
endogène profond, soit par contiguïté à partir d’un foyer les localisations abdominales, elles font généralement suite à
infectieux, soit par inoculation directe de bactéries à la suite une chirurgie biliaire ou digestive, notamment en cas d’ouver-
d’un traumatisme ou d’un geste chirurgical. [35] Les mêmes ture de l’intestin, tandis que les périnéales (gangrène de
bactéries que dans les arthrites ainsi que les Actinomyces sont Fournier) révèlent une cause locale (traumatisme de l’urètre). [78]
retrouvés. [10, 17] On note souvent des facteurs prédisposants tels Pour les membres inférieurs, elles résultent d’une surinfection
une pathologie vasculaire, une neuropathie périphérique, un de plaies traumatiques. Enfin, au niveau de la tête et du cou, ces
diabète, une morsure. [10] Le tableau clinique peut prendre infections, maintenant rares, sont généralement d’origine
n’importe quelle forme. Les éléments évocateurs d’une ostéite à dentaire, voire plus rarement post-traumatique. [63, 64] Un
anaérobies sont la présence d’un abcès, d’une thrombophlébite volumineux empâtement dans la région sous-mandibulaire
suppurée, d’une odeur fétide, ou d’une nécrose tissulaire. [17] Le succède généralement à une tuméfaction localisée empêchant la
traitement nécessite une antibiothérapie à diffusion osseuse fermeture de la bouche (trismus). Les risques sont une détresse
adaptée à la bactériologie. L’oxygénothérapie hyperbare a été respiratoire par obstruction des voies aériennes, des emboles
discutée comme traitement adjuvant dans les ostéites compli- septiques à partir d’une thrombose jugulaire et une extension
quant une infection de plaies, sans démontrer sa supériorité. médiastinale (angine de Ludwig). [63, 64] Dans tous les cas,
l’importance des douleurs, l’existence de crépitation à la
Infection des parties molles palpation, la survenue d’un état de choc et la présence de gaz
dans les tissus sont cliniquement très évocateurs d’une infection
Les infections des parties molles à anaérobies surviennent à anaérobies. Ces infections sont des urgences médicochirurgi-
habituellement sur des terrains débilités : diabète, immunodé- cales nécessitant une antibiothérapie active sur les anaérobies et
pressions, artéritiques…. Le plus souvent polymicrobiennes, ce aérobies. Les associations pipéracilline-tazobactam ou
sont des infections graves qui nécessitent une prise en charge en ticarcilline-acide clavulanique sont nécessaires pour les atteintes
général dans un service de réanimation. Plusieurs classifications abdominopérinéales et membres inférieurs, tandis que
des infections des parties molles ont été proposées. Elles l’amoxicilline-acide clavulanique suffit généralement pour les
reposent sur la structure anatomique concernée par l’infection, membres supérieurs ainsi que pour la tête et le cou. [64] La durée
la topographie de l’infection ou l’agent causal. Suite à la de l’antibiothérapie se limite généralement à 15 jours. Bien
conférence de consensus de janvier 2000, il a été demandé de entendu, ce traitement doit s’accompagner d’un geste chirurgi-
définir l’infection en fonction de la structure anatomique cal précoce, facteur pronostique de la pathologie. Outre l’intérêt
atteinte. Ainsi, aujourd’hui on parle de : de préciser l’étendue des lésions, elle est nécessaire pour réaliser
• dermohypodermite bactérienne non nécrosante (ancienne des prélèvements profonds, exciser les tissus nécrosés et drainer
cellulite superficielle) ; le foyer opératoire. [4] L’oxygénothérapie hyperbare est discutée

Maladies infectieuses 9
8-030-A-10 ¶ Infections dues aux bactéries anaérobies de la flore endogène (Clostridium difficile et Actinomyces exclus)

et repose sur des données extrapolées aux infections à Clostri- peut-être ici la moins controversée, même si aucune étude
dium (type 2). Si elle est entreprise, elle ne doit pas retarder la contrôlée n’a été faite chez l’homme et que les études chez
chirurgie et doit être effectuée sur un patient stable. l’animal sont discordantes. Il en ressort que ce traitement ne
Le type 2 est, à la différence du type 1, une dermohypoder- doit être de toute façon qu’adjuvant en plus des antibiotiques
mite monomicrobienne. L’agent anaérobie trouvé est Clostri- et de la chirurgie.
dium perfringens mais d’autres Clostridium ont également été
décrits. [4] Il pénètre dans les tissus à travers une plaie mal Morsures
désinfectée ou lors d’une contamination peropératoire. L’incu-
La cavité buccale des animaux et des humains contient de
bation est généralement de plusieurs jours (> 3 j) avec un début
très nombreux germes anaérobies. Leur transmission à l’occa-
progressif. Les signes généraux de sepsis sont peu importants.
sion d’une morsure est donc tout à fait possible. [92] Néanmoins,
Les douleurs à la pression et la présence de gaz sont évocateurs.
l’épidémiologie varie en fonction de l’origine du mordeur. Après
Le traitement repose sur les mêmes modalités que pour le
une morsure d’animal, la présence de bactéries anaérobies est
type 1, l’antibiotique étant généralement la pénicilline G.
retrouvée dans 40 % des cas. Cette proportion atteint 60 %
Gangrène périnéoscrotale de Fournier [78] après morsure humaine. [67] Prevotella spp. sont isolées deux fois
plus fréquemment dans les morsures humaines alors que dans
La gangrène de Fournier est une cellulofasciite nécrosante du
les morsures animales, on isole surtout Fusobacterium spp. puis
périnée et des organes génitaux externes. L’infection diffuse le
Porphyromonas et Bacteroides (20 %). Enfin, Peptostreptococcus
long des espaces celluleux vers l’abdomen et la racine des
sont isolés dans des proportions identiques dans les deux types
cuisses à partir d’un orifice d’entrée génito-urinaire ou anorectal.
de morsure. La présentation clinique ainsi que le traitement
Elle peut être « primitive », sans que la lésion initiale soit
dépendent de la structure anatomique atteinte (cf. supra). [92]
trouvée (5 à 35 % des cas) ou secondaire à une fissure, fistule
ou abcès anal, plus rarement un traumatisme sexuel ou un
cancer du rectum. D’autres lésions pelviennes ont pu être mises Bactériémies à anaérobies
en évidence de façon anecdotique. Le terrain diabétique est un Les bactériémies à anaérobies sont rares. Elles représentent 2 à
facteur de risque de survenue. 3 % de la totalité des hémocultures positives [40, 58, 80] soit une
L’infection débute de façon brutale par un syndrome infec- fréquence de 0,5 à 0,7 parmi les patients ayant des hémocultu-
tieux associé à une lésion inflammatoire de la région périnéo- res positives. La fréquence des bactériémies à anaérobies semble
génitale pouvant s’étendre à l’abdomen. Le syndrome infectieux être en diminution depuis les années 1970. [26, 80] Cependant, la
devient sévère avec souvent un tableau de défaillance multivis- fréquence peut être sous-estimée par les contraintes microbiolo-
cérale. Les lésions cutanées deviennent phlycténulaires et giques de leur isolement. Dans notre expérience, en 2002,
nécrotiques avec crépitation à la palpation. Des écoulements l’isolement d’anaérobies représente 8,4 % des hémocultures
fétides sont possibles. Les clichés radiologiques, abdomen sans positives. Cette fréquence d’isolement est stable depuis 1993.
préparation et surtout scanner mettent en évidence la présence Les bactéries les plus fréquemment isolées sont les Bacteroides
d’air dans les tissus sous-cutanés pelviens et/ou les organes fragilis, Clostridium spp. et Fusobacterium spp. Les hémocultures
génitaux externes. positives à anaérobies sont plus souvent isolées chez des
Les bactéries anaérobies isolées sont le plus souvent Bacteroi- patients immunodéprimés. La porte d’entrée est le plus souvent
des fragilis, Clostridium sp. associées à des bactéries aérobies digestive et le tableau clinique évoque d’emblée la possibilité
(Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa et entérocoque). d’infection à anaérobies. [58] Une défaillance multiviscérale est
Le traitement est urgent. Il associe une antibiothérapie à fréquemment associée. [58] La mortalité est proche de 20 %, [40]
activité antianaérobie et chirurgie avec mise à plat, débridement parfois plus élevée comme dans la série de Lombardi et Engle-
large et nettoyage à l’eau oxygénée. D’autres traitements berg (38 %). [58] Les modifications thérapeutiques spécifiques
(application de sucre ou de miel, caisson hyperbare) sont lors du résultat des hémocultures sont rares. Certains auteurs
discutés. ont donc remis en question l’utilisation systématique des
flacons anaérobies. [80]
Myonécrose
La forme la plus classique est due à Clostridium perfringens Infections à anaérobies
(appelée aussi gangrène gazeuse) (60-80 %) mais est actuelle-
ment une infection rare heureusement (moins de 0,2 cas pour chez l’immunodéprimé
100 000 habitants). Outre les autres Clostridium (septicum, novyi, Des infections à bactéries anaérobies peuvent survenir chez
histolyticum), d’autres anaérobies peuvent être trouvés dans 10 % l’immunodéprimé. Les bactériémies représentent environ 4 %
des cas : Bacteroides, Peptostreptococcus et Fusobacterium. [4, 90] des bactériémies chez le neutropénique. [55, 66] Le plus souvent,
Majoritairement, la porte d’entrée est traumatique par elles surviennent chez des patients ayant une mucite sévère. Le
souillure de terre. Plus rarement, l’origine est digestive après germe le plus souvent identifié est Fusobacterium nucleatum. [41,
chirurgie abdominale ayant nécessité une ouverture du tube 55]
digestif en urgence. Enfin, dans de rares cas, elle est la consé-
quence d’escarres sur un terrain le plus souvent diabétique. Une
origine hématogène est enfin décrite avec Clostridium septicum ■ Prise en charge thérapeutique
à partir de lésions du tube digestif qu’il est nécessaire de
rechercher. Comme nous l’avons vu, la plupart des infections à bactéries
Le tableau clinique s’apparente à celui des dermohypodermi- anaérobies sont associées à des bactéries aérobies. Le traitement
tes avec fasciites nécrosantes : douleur vive, plaie atone, signes doit donc prendre en compte non seulement les anaérobies,
de choc, crépitation à la palpation. Rapidement apparaissent des mais aussi les aérobies les plus fréquemment impliquées dans
zones de nécroses et de décollements cutanés d’où s’écoulent ces pathologies. Dans ce chapitre sont envisagés les aspects
des sérosités nauséabondes. [4] généraux et communs du traitement des infections à germes
Les examens radiologiques montrent la présence d’air dans les anaérobies. Des données spécifiques à certaines localisations ont
tissus. La mortalité élevée de cette pathologie (20 %) en fait été préalablement citées.
toute sa gravité et la prise en charge médicochirurgicale est
urgente. En l’absence de documentation bactériologique cer-
taine, l’association b-lactamines et inhibiteurs de b-lactamases
Étude de la sensibilité aux antibiotiques
semble la plus appropriée. Secondairement, en fonction des Les conditions de croissance des bactéries anaérobies sont
résultats bactériologiques, d’autres molécules comme les telles que tout antibiogramme a une fiabilité limitée. La
imidazolés ou la clindamycine peuvent être suffisantes. Le méthode de référence est la méthode de dilution en gélose où
traitement chirurgical s’apparente à celui des dermohypodermi- l’antibiotique est inclus dans le milieu gélosé. Cette technique
tes aiguës. Enfin, la place de l’oxygénothérapie hyperbare est très lourde ne peut être utilisée en pratique quotidienne. [22] Elle

10 Maladies infectieuses
Infections dues aux bactéries anaérobies de la flore endogène (Clostridium difficile et Actinomyces exclus) ¶ 8-030-A-10

est réservée à des études multicentriques qui permettent « Clostridium spp. »


d’évaluer le niveau de résistance de ces bactéries à l’échelle
Ils présentent les mêmes résistances naturelles que les autres
nationale. [8, 30, 70] Elle est aussi utilisée pour étudier l’activité
bactéries anaérobies. Clostridium difficile présente une résistance
d’un nouveau produit sur un grand nombre de souches.
naturelle à la céfoxitine. Il est résistant aux céphalosporines de
Sauf exception, toutes les bactéries anaérobies sont sensibles 1ère, 2e et 3e générations, au moxalactam et aux fluoroquinolo-
aux nitro-imidazolés, aux b-lactamines associées aux inhibiteurs nes. De nombreuses souches sont résistantes à la clindamycine
de b-lactamases, aux carbapénèmes et au chloramphénicol et et au chloramphénicol. De rares espèces de Clostridium peuvent
toutes sont résistantes aux aminosides. Les bacilles à Gram sécréter une b-lactamase : C. butyricum, C. ramosum, et C.
positif aérotolérants (Actinomyces spp., Propionibacterium spp.) clostridiiforme.
sont résistants aux nitro-imidazolés mais toujours sensibles aux
b-lactamines. La connaissance de ces « règles » permet une Cocci à Gram positif
antibiothérapie empirique et l’antibiogramme n’est effectué que Ils sont très sensibles aux b-lactamines. La résistance à la
dans les infections graves et infections persistantes : septicémie, clindamycine est en augmentation, notamment pour l’espèce
méningite, infection ostéoarticulaire, abcès cérébral. Les Finegoldia magna. Certaines souches sont résistantes au
méthodes alors utilisées sont la galerie ATB ANA (bioMérieux), métronidazole.
pour les souches ayant une croissance suffisante. [28] Cette Le Tableau 5 présente les pourcentages « moyens » des
galerie est incubée à 37 °C en atmosphère anaérobie pendant résistances aux antibiotiques des principales bactéries anaérobies
48 heures. Les antibiotiques étudiés sont les suivants : pénicil- selon les données de la littérature. [2, 3, 7, 8, 30]
line G, amoxicilline + acide clavulanique, pipéracilline, pipéra-
cilline + tazobactam, ticarcilline + acide clavulanique, céfoxitine, Oxygénothérapie hyperbare
céfotétan, imipénème, clindamycine, chloramphénicol et
métronidazole. Pour les souches de culture difficile, tels les cocci
et infections à anaérobies
à Gram positif isolés dans les infections articulaires, seuls les L’oxygénothérapie hyperbare a été proposée au cours des
antibiotiques susceptibles d’être utilisés sont étudiés (clindamy- infections à anaérobies en particulier cellulites et gangrènes. Les
cine, rifampicine, quinolones…), grâce aux bandelettes E test® mécanismes d’action sont les suivants :
(AB Biodisk) qui ont été validées pour les bactéries anaéro- • l’apport d’oxygène augmente la bactéricidie des polynucléai-
bies. [71, 84] Ces E tests® peuvent aussi être utilisés pour contrôler res et peut-être des macrophages ;
toute résistance inhabituelle observée avec la galerie. • l’oxygène hyperbare a un effet toxique direct sur les anaéro-
Pour tous les bacilles à Gram négatif, quel que soit le prélè- bies en augmentant la production de radicaux libres oxygénés
vement, une recherche de b-lactamase est effectuée par le test à à partir des tissus nécrosés. Enfin, elle stimule la prolifération
la nitrocéfine chromogène (Cefinase®, Becton Dickinson). de fibroblaste et l’angiogenèse permettant une augmentation
de la production de collagène favorisant les processus de
cicatrisation des plaies. [38]
État de la résistance Dans une étude récente, 11 cas consécutifs de gangrène de
Fournier étaient traités par oxygénothérapie hyperbare en
Bacilles à Gram négatif [29] association avec le traitement médicochirurgical classique sans
Les plus résistants sont les Bacteroides du groupe fragilis. Ils aucun décès dans cette série. [81] Cependant, aucune étude
sont naturellement résistants à aztréonam, aminosides, quino- contrôlée n’a permis d’établir clairement l’efficacité clinique de
lones, fluoroquinolones (ofloxacine, ciprofloxacine et pefloxa- l’oxygénothérapie hyperbare au cours des infections sévères à
cine), triméthoprime, fosfomycine, glycopeptides et bactéries anaérobies.
polymyxines. Ils produisent une céphalosporinase naturelle
chromosomique qui leur confère une résistance aux aminopé-
nicillines, céfalotine, céfamandole et céfuroxime ; cette enzyme
■ Références
est sensible aux inhibiteurs de b-lactamase. Les céphalosporines [1] Agvald-Ohman C, Wernerman J, Nord CE, Edlund C. Anaerobic
orales sont inactives. Les céphalosporines de 3e génération sont bacteria commonly colonize the lower airways of intubated ICU
inconstamment actives. Certains Bacteroides sécrètent des patients. Clin Microbiol Infect 2003;9:397-405.
enzymes dégradant céfoxitine et céfotétan. On peut aussi [2] Aldridge KE, Ashcraft D, Cambre K, Pierson CL, Jenkins LG,
observer une hyperproduction de la b-lactamase chromosomi- Rosenblatt JE. Multicenter survey of the changing in vitro antimicrobial
que, touchant ainsi carboxy- et uréidopénicillines. Certains susceptibilities of clinical isolates of Bacteroides fragilis group,
défauts de porines seraient à l’origine d’une résistance à Prevotella, Fusobacterium, Porphyromonas, and Peptostreptococcus
species. Antimicrob Agents Chemother 2001;45:1238-43.
l’association amoxicilline + acide clavulanique. Ticarcilline +
[3] Aldridge KE, Ashcraft D, O’Brien M, Sanders CV. Bacteremia due to
acide clavulanique et pipéracilline + tazobactam restent actifs. Bacteroides fragilis group: distribution of species, W-lactamase produc-
De rares souches de Bacteroides fragilis produisent une carbapé- tion, and antimicrobial susceptibility patterns. Antimicrob Agents
némase. On a aussi rencontré de très rares souches de Bacteroides Chemother 2003;47:148-53.
du groupe fragilis qui présentaient une diminution de sensibilité [4] Annane D, Clair B, Faye A, Salah A, Gajdos P. Infections sévères de la
au métronidazole. [8] Les fluoroquinolones sont généralement peau et des tissus mous. Paris: Éditions Scientifiques et Médicales
peu efficaces sur ces bactéries. Moxifloxacine [7] et lévofloxa- Elsevier SAS; 2002. Pathologies infectieuses en réanimation. Nancy:
cine [89] semblent plus actives in vitro. D’autres études sont Bialec SA; 2002. p. 426-451.
cependant nécessaires. [5] Aucher P, Saunier JP, Grollier G, Sebald M, Fauchère JL. Meningitis
due to enterotoxigenic Bacteroides fragilis. Eur J Clin Microbiol Infect
Les autres bacilles à Gram négatif anaérobies possèdent « en
Dis 1996;15:820-3.
gros » les mêmes résistances naturelles avec une plus grande
[6] Bartlett JG.Anaerobic bacterial infections of the lung and pleural space.
sensibilité aux b-lactamines. Les résistances à la clindamycine Chest 1993;16(suppl4):S248-S255.
sont rares. [7] Behra-Miellet J, Dubreuil L, Jumas-Bilak E. Antianaerobic activity of
moxifloxacin, ciprofloxacin, clindamycin, metronidazole and
Bacilles à Gram positif non sporulés [37] W-lactams. Int J Antimicrob Agents 2002;20:366-74.
[8] Behra-Miellet J, Calvet L, Mory F, Muller C, Chomarat M, Bézian MC,
Ils présentent une résistance naturelle à aztréonam, aminosi-
et al. Antibiotic resistance among anaerobic Gram-negative bacilli:
des, triméthoprime, sulfamides, quinolones, colistine et fosfo- lessons from a French multicentric survey. Anaerobe 2003;9:105-11.
mycine. Les souches aérotolérantes, Propionibacterium, [9] Brook I. Aerobic and anaerobic bacteriology of intracranial abscesses.
Bifidobacterium et Actinomyces, sont résistantes au métronidazole. Pediatr Neurol 1992;8:210-4.
Les b-lactamines, en particulier la pénicilline G, sont les [10] Brook I, Frazier EH. Anaerobic osteomyelitis and arthritis in a military
antibiotiques les plus actifs sur ces bacilles à Gram positif. hospital: a 10-year experience. Am J Med 1993;94:21-8.

Maladies infectieuses 11
8-030-A-10 ¶ Infections dues aux bactéries anaérobies de la flore endogène (Clostridium difficile et Actinomyces exclus)

[11] Brook I, Frazier EH. Aerobic and anaerobic microbiology of infection [40] Goldstein EJ. Anaerobic bacteremia. Clin Infect Dis 1996;23(suppl1):
after trauma. Ann Emerg Med 1998;16:585-91. S97-S101.
[12] Brook I. Microbiology of nosocomial sinusitis in mechanically [41] Grollier G, Guilhot F, de Rautlin de la Roy Y, Benz-Lemoine E. A
ventilated children. Arch Otolaryngol Head Neck Surg 1998;124:35-8. penicillinase producing Fusobacterium nucleatum strain isolated from
[13] Brook I, Yocum P. Immune response to Fusobacterium nucleatum and blood culture. Eur J Clin Microbiol 1987;6:695-6.
Prevotella intermedia in patients with chronic maxillary sinusitis. Ann [42] Grollier G, Burucoa C, Bonnin M, de Rautlin de la Roy Y. Identification
Otol Rhinol Laryngol 1999;108:293-5. and susceptibility testing for obligate anaerobic bacteria using a semi-
[14] Brook I, Frazier EH. Microbiology of subphrenic abcesses: a 14-year automated API ATB plus system. Ann Biol Clin 1992;50:393-7.
experience. Am Surg 1999;65:1049-53. [43] Grollier G, Doré P, Robert R, Ingrand P, Gréjon C, Fauchere JL.
[15] Brook I. Anaerobic bacteria in upper respiratory tract and other head Antibody response to Prevotella spp. in patients with ventilator-
and neck infections. Ann Otol Rhinol Laryngol 2002;111:430-40. associated pneumonia. Clin Diagn Lab Immunol 1996;3:61-5.
[16] Brook I. Microbiology and management of polymicrobial female [44] Grollier G, Le Moal G, Robert R, Bernard C, Klossek JM. Rôle des
genital tract infections in adolescents. J Pediatr Adolesc Gynecol 2002; bactéries anaérobies strictes dans les sinusites. Méd Mal Infect 2000;
15:217-26. 30(suppl2):S109-S113.
[17] Brook I. Joint and bone infections due to anaerobic bacteria in children. [45] Hammond JMJ, Potgieter PD, Hanslo D, Scott H, Roditi D. The
Pediatr Rehabil 2002;5:11-9. etiology and antimicrobiol susceptibility patterns of microorganisms in
[18] Brook I. Meningitis and shunt infection caused by anaerobic bacteria in acute community-acquired lung abcess. Chest 1995;108:937-41.
children. Pediatr Neurol 2002;26:99-105. [46] Heerema MS, Ein ME, Musher DM, Bradshaw MW, Williams TWJ.
[19] Burden P. Fusobacterium necrophorum and Lemierres’s syndrome. Anaerobic bacterial meningitis. Am J Med 1979;67:219-27.
J Infect 1991;23:227-31. [47] Hentges DJ. The anaerobic microflora of the human body. Clin Infect
[20] Cameron R. Intrapleural fibrinolytic therapy vs conservative manage- Dis 1993;16(suppl4):S175-S180.
ment in the treatment of parapneumoonic effusions and empyema. [48] Holdeman LV, Cato EP, Moore WE. Anaerobic laboratory manual. In:
Cochrane Database Syst Rev 2000(3) CD002312. Blacksburg: Virginia Polytechnic Institute and State University
[21] Chen KY, Hsueh PR, Liaw YS, Yang PC, Luh KT. A 10-year experience Anaerobe Laboratory; 1977. p. 1-52.
with bacteriology of acute thoracic empyema. Chest 2000;117:1685-9. [49] Houle MA, Grenier D. Maladies parodontales: connaissances actuel-
[22] Citron DM, Hecht DW. Susceptibility test methods: anaerobic bacteria. les. Méd Mal Infect 2003;33:331-40.
In: Murray PR, editor. Manual of clinical microbiology. Washington: [50] Jousimies-Somer HR, Summanen PH, Wexler H, Finegold SM,
ASM Press; 2003. p. 1141-8. Gharbia SE, Shah HN. Bacteroides, Porphyromonas, Prevotella,
[23] Civen R, Jousimies-Somer H, Marina M, Borenstein L, Shah H, Fusobacterium and other anaerobic Gram-negative bacteria. In:
Finegold SM. A retrospective review of cases of anaerobic empyema Murray PR, editor. Manual of clinical microbiology. Washington:ASM
and update of bacteriology. Clin Infect Dis 1995;20(suppl2): Press; 2003. p. 880-901.
S224-S229. [51] Kageyama A, Benno Y, Nakase T. Phylogenetic and phenotypic
[24] Desplaces N. Les bactéries anaérobies en pathologie osseuse. Méd Mal evidence for the transfer of Eubacterium aerofaciens to the genus
Infect 2000;30(suppl2):S97-S101. Collinsella as Collinsella aerofaciens gen. nov., comb. nov. Int J Syst
[25] Doré P, Robert R, Grollier G, Rouffineau J, Lanquetot H, Charriere JM, Bacteriol 1999;49:557-65.
et al. Incidence of anaerobes in ventilator-associated pneumonia with [52] Kasper DL, Onderdonk AB, Polk BF, Bartlett JG. Surface antigens as
use of a protected specimen brush. Am J Respir Crit Care Med 1996; virulence factors in infection with Bacteroides fragilis. Rev Infect Dis
153:1292-8. 1979;1:278-90.
[26] Dorsher CW, Rosenblatt JE, Wilson WR, Ilstrup DM. Anaerobic
[53] Korman TM, Athan E, Spelman DW. Anaerobic meningitis due to
bacteremia: decreasing rate over a 15 year period. Rev Infect Dis 1991;
Peptostreptococcus species: case report and review. Clin Infect Dis
13:633-6.
1997;25:1462-4.
[27] Dublanchet A, Breuil J. Bacteroides fragilis entérotoxinogène (BfET).
[54] Krepel CJ, Gohr CM, Edmison CE, Farmer SG. Anaerobic
Méd Mal Infect 1996;26S:192-5.
pathogenesis: collagenase production by Peptostreptococcus magnus
[28] Dubreuil L, Houcke I, Singer E. Susceptibility testing of anaerobic
and its relationship to site of infection. J Infect Dis 1991;163:1148-50.
bacteria: evaluation of the redesigned (version 96) bioMérieux ATB
ANA device. J Clin Microbiol 1999;37:1824-8. [55] Lark RL, McNeil SA, VanderHyde K, Noorani Z, Uberti J, Chenowe C.
[29] Dubreuil L, Sédallian A. Bactéries anaérobies à Gram négatif. In: Risk factor for anaerobic bloodstream infections in bone marrow
Freney J, Renaud F, Hansen W, Bollet C, editors. Précis de bactériolo- transplant recipients. Clin Infect Dis 2001;33:338-43.
gie clinique. Paris: Eska; 2000. p. 1591-612. [56] Le Moal G, Lemerre D, Grollier G, Desmont C, Klossek JM, Robert R.
[30] Dubreuil L, Behra-Miellet J, Vouillot C, Bland S, Sedallian A, Mory F. Nosocomial sinusitis with isolation of anaerobic bacteria in ICU
W-lactamase production in Prevotella and in vitro susceptibilities to patients. Intensive Care Med 1999;25:1066-71.
selected W-lactam antibiotics. Int J Antimicrob Agents 2003;21:267-73. [57] Le Moal G, Landron C, Grollier G, Bataille B, Roblot F, Nassans P, et al.
[31] Edmiston CE, Krepel CJ, Seabrook GR, Jochimsen WG. Anaerobic Characteristics of brain abscess with isolation of anaerobic bacteria.
infections in the surgical patient: microbial etiology and therapy. Clin Scand J Infect Dis 2003;35:318-21.
Infect Dis 2002;35(suppl1):S112-S118. [58] Lombardi DP, Engleberg NC.Anaerobic bacteremia: incidence, patient
[32] Engelkirk PG, Duben-Engelkirk J, Dowel VR. Principles and practice characteristics, and clinical significance. Am J Med 1992;92:53-60.
of clinical anaerobic bacteriology. In: Belmont: Star Publishing [59] Mandal AK, Thadepalli H, Mandal AK, Chettipally U. Outcome of
Company; 1992. p. 1-462. primary empyema thoracis: therapeutic and microbiologic aspects. Ann
[33] Eschenbach DA. Bacterial vaginosis and anaerobes in obstetric- Thorac Surg 1998;66:1782-6.
gynecologic infection. Clin Infect Dis 1993;16(suppl4):S282-S287. [60] Marik PE, Carreau P. The role of anaerobes in patients with ventilator-
[34] Ezaki T, Kawamura Y, Li N, Li ZY, Zhao L, Shu S. Proposal of the associated pneumonia and aspiration pneumonia: a prospective study.
genera Anaerococcus gen. nov., Peptoniphilus gen. nov. and Gallicola Chest 1999;115:178-83.
gen. nov. for members of the genus Peptostreptococcus. Int J Syst Evol [61] Marik PE. Aspiration pneumonitis and aspiration pneumonia. N Engl
Microbiol 2001;51:1521-8. J Med 2001;344:665-71.
[35] Felten A, Desplaces N, Nizard R, Sedel L, Lagrange P. Peptostrep- [62] Marina M, Strong CA, Civen R, Molitoris E, Finegold SM.
tococcus magnus osteoarticular infections after orthopedic surgery. Bacteriology of anaerobic pleuropulmonary infections: preliminary
14 cases and pathogenesis factors. Pathol Biol 1998;46:442-8. report. Clin Infect Dis 1993;16(suppl4):S256-S262.
[36] Fitzgerald RH, Rosenblatt JE, Tenney JH, Bourgault AM. Anaerobic [63] Mathieu D, Neviere R, Teillon C, Chagnon JL, Lebleu N, Wattel F.
septic arthritis. Clin Orthop 1982;164:141-8. Cervical necrotizing fasciitis: clinical manifestations and management.
[37] Gavini F, Sédallian A, Dubreuil L, Bland S. Anaérobies à Gram positif Clin Infect Dis 1995;21:51-6.
non sporulés. In: Freney J, Renaud F, Hansen W, Bollet C, editors. [64] Mathieu D, Neviere R, Lefebvre-Lebleu N, Wattel F. Les infections à
Précis de bactériologie clinique. Paris: Eska; 2000. p. 1577-89. anaérobies des tissus mous. Ann Chir 1997;51:272-87.
[38] Giamarellou H. Anaerobic infection therapy. Int J Antimicrob Agents [65] Mathisen GE, Johnson JD. Brain abscess. Clin Infect Dis 1997;25:763-
2000;16:341-6. 81.
[39] Gibson FC, Onderdonk AB, Kasper DL, Tzianabos AO. Cellular [66] Mathur P, Chaudhry R, Kumar L, Kapil A, Dhawan B. A study of
mechanism of intraabdominal abcess formation by Bacteroides bacteremia in febrile neutropenic patients at a tretiary-care hospital
fragilis. J Immunol 1998;160:5000-6. with special reference to anaerobes. Med Oncol 2002;19:267-72.

12 Maladies infectieuses
Infections dues aux bactéries anaérobies de la flore endogène (Clostridium difficile et Actinomyces exclus) ¶ 8-030-A-10

[67] Merriam CV, Fernandez HT, Citron DM, Tyrrell KL, Warren YA, [83] Robert R, Grollier G, Frat JP, Godet C, Adoun M, Fauchère JL, et al.
Goldstein EJ. Bacteriology of human bite wound infections. Anaerobe Colonization of lower respiratory tract with anaerobic bacteria in
2003;9:83-6. mechanically ventilated patients. Intensive Care Med 2003;29:1062-8.
[68] Mier L, Dreyfuss D, Darchy B, Lanore JJ, Djedaini K, Weber P, et al. Is [84] Rosenblatt JE, Gustafson DR. Evaluation of the E-test® for
penicillin G an adequate initial treatment for aspiration pneumonia? A susceptibility testing of anaerobic bacteria. Diagn Microbiol Infect Dis
prospective evaluation using a protected specimen brush and quantita- 1995;22:279-84.
tive cultures. Intensive Care Med 1993;19:279-84. [85] Sakamoto M, Suzuki M, Limeda M, Ishikawa I, Benno Y.
[69] Moncla BJ, Hillier SL. Peptostreptococcus, Propionibacterium, Reclassification of Bacteroides forsythus (Tanner et al 1986) as
Lactobacillus, Actinomyces and other non-spore-forming anaerobic Tannerella forsythensis corrig. gen nov., comb. nov. Int J Syst Evol
Gram-positive bacteria. In: Murray PR, editor. Manual of clinical Microbiol 2002;52:841-9.
microbiology. Washington: ASM Press; 2003. p. 857-78. [86] Sebald M. Determinants de la pathogénicité de Bacteroides fragilis.
[70] Mory F, Lozniewski A, Bland S, Sedallian A, Grollier G, Girard- Méd Mal Infect 1996;26(suppl):182-91.
Pipau F, et al. Survey of anaerobic susceptibility patterns: a french [87] Sédallian A, Bland S. Épidémiologie et facteurs de risque. Méd Mal
multicentre study. Int J Antimicrob Agents 1998;10:229-36. Infect 2000;30(suppl2):85-90.
[71] Mory F, Fougnot S, Lozniewski A. Sensibilité aux antibiotiques des [88] Sédallian A, Dubreuil L. Généralités sur les bactéries anaérobies. In:
bactéries anaérobies. Rev Fr Lab 2003;354:27-32. Freney J, Renaud F, Hansen W, Bollet C, editors. Précis de bactériolo-
[72] Murdoch DA, Shah HN. Reclassification of Peptostreptococcus gie clinique. Paris: Eska; 2000. p. 1543-58.
magnus (Prevot 1933) Holdeman and Moore 1972 as Finegoldia [89] Stein GE, Goldstein EJ. Review of the in vitro activity and potential
magna comb. nov. and Peptostreptococcus micros (Prevot 1933) Smith clinical efficacy of levofloxacin in the treatment of anaerobic infec-
1957 as Micromonas micros comb. nov. Anaerobe 1999;5:555-9. tions. Anaerobe 2003;9:75-81.
[73] Myers LL, Firehammer BD, Shoop DS, Border MM. Bacteroides [90] Stevens DL, Bryant AE. The role of clostridial toxins in the
fragilis: a possible cause of acute diarrheal disease in new-born lambs. pathogenesis of gas gangrene. Clin Infect Dis 2002;35(suppl1):S93-
Infect Immun 1984;44:241-4.
S100.
[74] Nakazawa F, Sato M, Poco SE, Hashimura T, Ikeda T, Kalfas S, et al.
[91] Summanen P, Baron EJ, Citron DM, Strong C, Wexler HM,
Description of Mogibacterium pumilum gen. nov., sp. nov. and
Finegold SM. Wadsworth anaerobic bacteriology manual. In:
Mogibacterium vescum gen. nov., sp. nov., and reclassification of
Belmont: Star Publishing Company; 1993. p. 1-230 © 2001 Éditions
Eubacterium timidum (Holdeman et al 1980) as Mogibacterium
scientifiques et médicales Elsevier SAS.
timidum gen. nov., comb. nov. Int J Syst Evol Microbiol 2000;50:
679-88. [92] Talan DA, Abrahamian FM, Moran GJ, Citron DM, Tan JO,
[75] Nguyen MH, Yu VL, Morris AJ, McDermott L, Wagener MW, Goldstein EJ. Emergency Medicine Human Bite Infection Study
Harrell L, et al. Antimicrobial resistance and clinical outcome of Group. Clinical presentation and bacteriologic analysis of infected
Bacteroides bacteremia: findings of a multicenter prospective human bites in patients presenting to emergency departments. Clin
observational trial. Clin Infect Dis 2000;30:870-6. Infect Dis 2003;37:1481-9.
[76] Nichols RL, Smith JW. Wound and intraabdominal infections: [93] Tanner A, Stillman N. Oral and dental infections with anaerobic
microbiological considerations and approaches to treatment. Clin Infect bacteria: clinical features, predominant pathogens, and treatment. Clin
Dis 1993;16(suppl4):S266-S272. Infect Dis 1993;16(suppl4):S304-S309.
[77] Nord CE. The role of anaerobic bacteria in recurrent episodes of [94] Vandamme P, Daneshvar MI, Dewhirst FE, Paster BJ, Kersters K,
sinusitis and tonsillitis. Clin Infect Dis 1995;20:1512-4. Goossens H, et al. Chemotaxonomic analyses of Bacteroides gracilis
[78] Norton KS, Johnson LW, Perry T, Perry KH, Sehon JK, Zibari GB. and Bacteroides ureolyticus and reclassification of B. gracilis as
Management of Fournier’s gangrene: an eleven year retrospective Campylobacter gracilis comb nov. Int J Syst Bacteriol 1995;45:145-
analysis of early recognition, diagnosis, and treatment. Ann Surg 2002; 52.
68:709-13. [95] Wade WG, Downes J, Dymock D, Hiom SJ, Weightman AJ,
[79] OnderdonkAB, Cisneros RL, Finberg R, Crabb JH, Kasper DL.Animal Dewhirst FE, et al. The family Coriobacteriaceae: reclassification of
model system for studying virulence of and host response to Eubacterium exiguum (Poco et al 1996) and Peptostreptococcus
Bacteroides fragilis. Rev Infect Dis 1990;12(suppl2):S169-S177. heliotrinreducens (Lanigan 1976) as Slackia exigua gen. nov., comb.
[80] Ortiz E, Sande MA. Routine use of anaerobic blood culture: are they nov. and Slackia heliotrinireducens gen. nov., comb. nov., and
still indicated? Am J Med 2000;108:445-7. Eubacterium lentum (Prevot 1938) as Eggerthella lenta gen. nov.,
[81] Pizzorno R, Bonini F, Stubinski R, Medica M, Carmignani G. comb. nov. Int J Syst Bacteriol 1999;49:595-600.
Hyperbaric oxygen therapy in the treatment of Fournier’s disease in [96] Weidemann HP, Rice TW. Lung abscess and empyema. Semin Thorac
11 male patients. J Urol 1997;158:837-40. Cardiovasc Surg 1995;7:119-28.
[82] Robert R, Grollier G, Hira M, Doré P. A role for anaerobic bacteria in [97] WilliamsA, Nagy M, Wingate J, Bailey L, Wax M. Lemierre syndrome:
patients with ventilatory acquired pneumonia: yes or no? Chest 2000; a complication of acute pharyngitis. Int J Ped Otorhinolaryngol
117:1214-45. 1998;45:51-7.

G. Grollier (g.grollier@chu-poitiers.fr).
Laboratoire de microbiologie A, Hôpital Jean Bernard, centre hospitalier universitaire de Poitiers, 86021 Poitiers cedex, France.
G. Le Moal.
Service des maladies infectieuses, Hôpital Jean Bernard, centre hospitalier universitaire de Poitiers, 86021 Poitiers cedex, France.
R. Robert.
Service de réanimation médicale, Hôpital Jean Bernard, centre hospitalier universitaire de Poitiers, 86021 Poitiers cedex, France.

Disponibles sur www.emc-consulte.com


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