Recalage multiple d'images 3D de cerveaux de rat

Synopsis L'objectif du stage est d'implmenter et de valider une mthode de recalage multiple d'images 3D de cerveaux de rats, afin de gnrer une image reprsentative moyenne. Contexte et objectif La neuroanatomie des cerveaux de rats utilise en gnral des sries de coupes histologiques permettant d'identifier les structures d'intrt. L'acquisition par un appareil photo numrique des images du cerveau lors de la coupe permet de reconstituer une image 3D prsentant moins de dformation que les coupes. Cette image dite blockface peut servir de rfrence pour recaler les coupes histologiques, ou pour comparer avec d'autres modalits d'acquisition (IRM).

Afin de disposer d'une rfrence commune, il est ncessaire de recaler les diffrentes images 3D dans un repre commun. Cette tape de recalage consiste appliquer diffrents types de transformations (translation, rotation...), quantifier l'erreur de recalage, et rechercher les paramtres optimaux de la transformation l'aide d'un algorithme d'optimisation. Le sujet du stage consistera implmenter et intgrer diffrentes tapes du recalage d'images 3D, comparer diffrents algorithmes, et les appliquer aux donnes du laboratoire pour produire une image moyenne qui servira de rfrence. Environnement de travail La programmation sera effectue en C++ sous Linux (Ubuntu) avec l'IDE Qt Creator. Le dveloppement s'appuiera sur la hirarchie de bibliothques de l'quipe (250 classes, 80000 lignes de code). L'algorithme sera implant au sein de la bibliothque de manipulation et de traitement d'images. Un soin particulier sera apport la modularit du code. Une brve documentation du code sera effectue avec l'outil Doxygen. Lieu de travail Le projet se droulera au sein de l'quipe Imagerie et Modlisation sur le centre de recherche INRA de Versailles. Encadrants David LEGLAND, IR INRA, david.legland@grignon.inra.fr, 01 34 65 28 38 Philippe ANDREY, MC UPMC, philippe.andrey@jouy.inra.fr, 01 34 65 24 08 Rfrences Betrouni N (2009). Le recalage en imagerie mdicale : de la conception la validation. IRBM, 30, 60-71. Klein S, Staring M, Murphy K, Viergever MA, Pluim JPW (2010). Elastix: A toolbox for intensitybased medical image registration. IEEE Transactions on Medical Imaging, 29(1), 196-205.