1

ENZIMA LIGASA
Objetivos
y Entender la importancia biolgica de la presencia de enzimas ligasas en las clulas.
y Conocer las caractersticas generales de la enzima ligasa, as como su mecanismo de accin.
Funcin
Enzima que cataliza la unin de dos sustratos con hidrlisis simultnea de un nucletido trifosfato
(ATP, GTP, etc.)
1
:
(1)

Un ejemplo es la piruvato carboxilasa, que cataliza la reaccin:
piiuvato C0

ATP oxaloacetato ABP Pi (2)

Se trata de un grupo de enzimas muy importantes y recin conocidas, pues antes se pensaba que
este efecto se llevaba a cabo por la accin conjunta de dos enzimas, una fosfocinasa, para fosforilar a
una sustancia A (A + ATP A - + ADP) y una transferasa que pasara y unira esa sustancia A, con otra, B
(A - + B A B + Pi)
1
.
Otros nombres comunes para llamar a las ligasas son: sintetasa, porque es usada para sintetizar
nuevas molculas, o carboxilasa cuando son usadas para aadir dixido de carbono a una molcula.
1, 2


Frmula Estructural
Desde el punto de vista qumico, estas enzimas estn formadas de carbono (C), Hidrgeno (H),
oxigeno (O), Nitrgeno (Ni), y Azufre (S) combinados, pero siempre con peso molecular bastante elevado
y comunes propiedades catalticas especificas.
2

La acci n de estas enzi mas se mani fi esta con l a formaci n de enl aces entre tomos de
carbono - oxigeno de diversas molculas, o bien entre carbono - azufre, carbono - nitrgeno y carbono -
carbono.
De acuerdo a su formula estructural y sus propiedades fsicas y qumicas, las ligasas son
clasificadas como EC6 en el esquema de clasificacin de enzimas EC. A su vez las ligasas se dividen en seis
subclases:
3
y EC 6.1, incluye ligasas usadas para formar uniones oxgeno-carbono.
y EC 6.2, ligasa usadas para formar uniones carbono-azufre.
y EC 6.3, incluye ligasas usadas para crear uniones carbono-nitrgeno.
y EC 6.4, abarca ligasas que forman uniones carbono-carbono.
y EC 6.5, incluye ligasa que forman steres fosfricos.
y EC 6.6, ligasa usadas como unin nitrgeno-metal.
Por lo que las enzimas que pertenecen a este grupo, varan su formula estructural dependiendo de la
formacin de estos enlaces.
2


Caractersticas fsico qumicas
La ligasas poseen las siguientes caractersticas fsico qumicas:
El anlisis de las enzimas ligasas obtenidas en forma ms pura, cristalizada, demuestra que son
protenas.
Catalizan la unin entre dos molculas de gran tamao, dando lugar a un nuevo enlace qumico. Se
consideran como catalizadores altamente especficos que: modifican la velocidad de los cambios
promovidos por ellas, determinan que sustancias particulares, de preferencia a otras distintas son las
que van a sufrir los cambios e impulsan dentro de los distintos cambios posibles que pueda seguir una
sustancia, cul de ellos en especial, ser el utilizado.
3

Este tipo de enzimas son las responsables de que las reacciones se lleven a cabo en condiciones
favorables para el individuo, aunque libera energa, no hay liberaciones bruscas a temperaturas fijas en
un medio de pH, concentracin salina, etc.; prcticamente constante.
4

Las ligasas son activadas en una zona muy restringida de pH, y presenta un punto ptimo de pH
donde su actividad es mayor. Estas enzimas en su punto isoelctrico, muestran propiedades parecidas
desde el punto de vista de viscosidad, solubilidad, difusin, etc.
3, 4
Las ligasas son inactivadas a altas temperaturas y, en general, la cintica de la desnaturalizacin
trmica de las estas da resultados muy parecidos a los de la desnaturalizacin trmica de las protenas;
por ejemplo la sintetasa de la mayora de las reacciones qumicas, a temperaturas elevadas, alrededor de
60 a 70 C, la actividad neta aumenta varios cientos, como sucede con la velocidad de la
desnaturalizacin trmica de las protenas.
5

Utilizan siempre, para el proceso de reaccin, la energa proporcionada por el ATP o compuestos
homlogos que son degradados, Por consiguiente las enzimas de esta clase son los nicos que
intervienen en reaccin no espontnea desde un punto de vista termodinmico. Actan sobre los
sustratos ms diversos y revisten particular importancia en el metabolismo de los cidos nucleicos.
1, 3

Los problemas de solubilidad y de precipitacin son comunes a estas enzimas; en general, son
solubles en agua o soluciones salinas, insolubles en alcohol, precipitan con determinadas
concentraciones de sales neutras, etc.
Todos los agentes que desnaturalizan, destruyen o inactivan a estas enzimas, son el calor, los
cidos fuertes, o los metales pesados que pueden combinarse con ellas.
A este grupo pertenecen enzimas de gran relevancia reciente, como las aminocido ARTt ligasas
conocidas habitualmente con el nombre de sintetasas de aminocidos ARTt o enzimas activadoras de
aminocidos que representan el primer paso en el proceso biosinttico de las protenas, y que forman
uniones C-O; A-sintetasa, que forma aceti l coenzi ma.
3
Por ejemplo, la ADN ligasa lleva a cabo la
ligacin (o re asociacin covalente) de las molculas para obtener hebras continuas de ADN.
6






3

Ligasas que participan en procesos metablicos importantes
y Sintetasa
Descripcin: Tipo de enzima que cataliza la unin de dos molculas, acoplada a la hidrlisis de un
enlace pirofosfato que pertenece a una molcula de ATP o a un compuesto parecido, formando en
este proceso un enlace rico en energa.
Tabla 1: Reacciones en las que participa la Sintetasa
Precursor/es Enzima / Proceso Producto/s Ciclo
UMP Sintetasa CMP
Ciclo de las pentosas, nucletidos y dinucletidos

En esta reaccin entra ATP y glutamina y aparece como producto glutmico.
Inositato (IMP)
Sintetasa
Liasa
Adenilato (AMP)
Ciclo de las pentosas, nucletidos y dinucletidos

En esta reaccin entra aspartato y GTP y aparece como producto fumarato.
Fosfatdico
Inositol
Sintetasa Fosfatidilinositol
Ciclo cido fosfatdico - glicerol - serina - etanolamina - colina

y Arginino sintetasa (EC 6.3.4)
Ligasa que forma enlace Carbono-Nitrgeno
Otros nombres: citrullinaaspartato ligasa; arginino succinato sintetasa; argininosuccinico sintetasa
acido; arginosuccinato sintetasa.
Nombre sistemtico: L-citrullina: L-aspartato ligasa (AMP-formacin)
Descripcin: Enzima que transforma el arginosuccinato en arginina con la liberacin de succnico en
el ciclo de la urea.
7

Reaccin:
ATP + L-citrullina + L-aspartato = AMP + difosfato + 2-(N

-L-arginino) succinato (3)

Tabla 2: Reaccin en la que participa la Arginino sintetasa


Precursor/es Enzima / Proceso Producto/s Ciclo
Arginosuccinato Arginino sintetasa
Arginina
Succinato
Ciclo de la urea y semialdehdo glutmico
4

Figura 1: Ciclo de la urea y semialdehdo glutmico


y Carbamoil fosfato sintetasa (EC 6.3.5)
Ligasa que forma enlace Carbono-Nitrgeno con Glutamina como donante Amida-N
Otros nombres: carbamil fosfato sintetasa (glutamina); carbamoilfosfato sintetasa II; glutamine-
dependent carbamyl phosphate synthetase; CPS; carbono-dixido-glutamina amida-ligasa (ADP-
formacin, carbamato-fosforilacin).
Nombre sistemtico: hidrogeno-carbonato: L-glutamina amida-ligasa
Descripcin: Enzima de la que se conocen dos clases: (1) carbamoil fosfato sintetasa I, enzima
dependiente de la glutamina y localizada en la matriz mitocondrial que cataliza el proceso de sntesis
de la urea (ureognesis). Y (2) carbamoil fosfato sintetasa II, enzima citoplasmtica que cataliza la
formacin de carbamoilfosfato en la biosntesis de las pirimidinas, y que utiliza glutamina como
donador de nitrgeno.
8

Reaccin:
2 ATP + L-glutamina + HCO
3
-
+ H
2
O = 2 ADP + fosfato + L-glutamato + carbamoil fosfato (4)
Tabla 3: Reaccin en la que participa la Carbamoil fosfato sintetasa
Precursor/es Enzima / Proceso Producto/s Ciclo
Ornitina Carbamoil fosfato sintetasa Citrulina
Ciclo de la urea y semialdehdo
glutmico

En esta reaccin entra CO
2
y amoniaco y aparece como producto ATP.

5

y Succinil sintetasa (EC 6.2.1.5)
Ligasa formada por un Acido-Tiol
Nombre Sistemtico: succinatoCoA ligasa (ADP-formacin)
Otros nombres: succinil-CoA sintetasa; succinil tioquinasa; succinato tioquinasa; succinil coenzima A
sintetasa (adenosina difosfato-formacin).
Descripcin: Enzima que acta en el ciclo del cido ctrico unindose al succinil-CoA por medio de la
incorporacin de un fosfato inorgnico. Se forma un producto intermedio, el succinil-fosfato y se
libera la coenzima A.
9

Reaccin:
ATP + succinato + CoA = ADP + fosfato + succinil-CoA (5)
Tabla 4: Reaccin en la que participa la Succinil Sintetasa
Precursor/es Enzima / Proceso Producto/s Ciclo
Succinil CoA Succinil sintetasa Succinato Ciclo de Krebs
En esta reaccin entran ADP+Pi y aparece como producto ATP y SHCoA.

y Metilcrotonoil-CoA Carboxilasa (EC 6.4.1.4)
Ligasa que forma enlace Carbono-Carbono
Nombre Sistemtico: 3-metilcrotonoil-CoA: carbono-dixido ligasa (ADP-formacin)
Otros nombres: metilcrotonil coenzima A carboxilasa; -metillcrotonil coenzima A carboxilasa;
metilcrotonil-CoA carboxilasa
Descripcin: Enzima que participa en reacciones sintticas en las que se unen dos molculas a
expensas de un "enlace fosfato de alta energa" del ATP.
10

Reaccin:
ATP + 3-metillcrotonoil-CoA + HCO
3
-
= ADP + fosfato + 3-metillglutaconil-CoA (6)
Precursor/es Enzima / Proceso Producto/s Ciclo
b - metilcrotonil CoA Carboxilasa b - metilglutacrotonil CoA Ciclo isovalerato - leucina - valina
Tabla 5: Reaccin en la que participa la Metilcrotonoil-CoA Carboxilasa (EC 6.4.1.4)

6

Figura 2: Ciclo de Krebs en la que participa la Succinil Sintetasa

7

Figura 3: Ciclo isovalerato - leucina - valina en la que participa la Metilcrotonoil-CoA Carboxilasa (EC 6.4.1.4)

8

Artculo cientfico relacionado con la enzima ligasa

Mecanismo gentico de reparacin del ADN, examinado a fondo
11
Autores: Equipo de cientficos de la Universidad de Washington, el Instituto de Investigacin
Scripps, la Universidad de Maryland y el Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley.
Tomado del portal de Solo Ciencia y Tecnologa.
Publicado en Rev Esp Enferm Metab Oseas. 2002; 11:122. - vol.11 nm. 03

Resumen
La enzima, ADN ligasa, repara los millones de discontinuidades de ADN generadas durante la vida
normal de la clula, por ejemplo, acoplando los abundantes fragmentos de ADN formados durante la
copia del material gentico en la divisin celular.
El estudio realizado muestra que la ADN ligasa cambia de una forma abierta, extendida, a una
forma cerrada, circular, a medida que va uniendo las hebras del ADN. El ADN es reactivo bajo el ataque
continuo de toxinas ambientales y metabolitos celulares. La reparacin del ADN daado es vital para
mantener la integridad del diseo gentico.
Cuando estos procesos de reparacin se desequilibran, las clulas pueden funcionar mal, morir o
volverse cancerosas, por lo que es muy importante saber cmo los "mecnicos del ADN" hacen su
trabajo. Las ADN ligasas son blancos atractivos para la quimioterapia del cncer y otras enfermedades.
La enzima opera coordinadamente con otra protena de forma anular, conocida como Sliding
Clamp (abrazadera deslizante). Las protenas de este grupo, como por ejemplo la PCNA humana, actan
como reguladores maestros de la reparacin de ADN, guiando a las enzimas correctoras al sitio daado.
La ligasa acta como el inspector de calidad que certifica que el ADN est listo para el paso final de
unir los extremos.







Figura 4: En esta ilustracin, la ADN ligasa, en color,
Rodea la doble hlice del ADN. (Foto: WUSTL)

9

Los investigadores usaron una combinacin de cristalografa de rayos X y dispersin de rayos X de
pequeo ngulo (SAXS), valindose de un organismo modelo llamado Sulfolobus solfataricus que
comparte muchas caractersticas bioqumicas de organismos multicelulares, incluyendo a los humanos.

Los resultados de esta investigacin muestran por primera vez cmo se ensamblan dinmicamente estas
protenas por accin de la ADN ligasa y cambian su forma para unir los extremos del ADN durante la
copia y reparacin.

ANEXOS
Metabolismo de los bisfosfonatos
12
Los bisfosfonatos son compuestos anlogos del pirofosfato en los cuales el puente de oxgeno
entre los dos fosfatos ha sido reemplazado por un grupo metileno. La substitucin de uno o ambos
tomos de hidrgeno de la molcula de metileno por distintos radicales genera una gran variedad de
bisfosfonatos. Aunque algunos de estos derivados son ampliamente utilizados en el tratamiento de la
osteoporosis sus mecanismos de accin presentan todava muchas incgnitas. Para los bisfosfonatos se
han descrito dos mecanismos distintos en funcin de la ausencia o presencia de nitrgeno en su
molcula. En el primer caso los bisfosfonatos son metabolizados a anlogos citotxicos del ATP,
mientras que los bisfosfonatos que contienen nitrgeno en su molcula son inhibidores de la farnesil
pirofosfato sintetasa en la va del mevalonato. La capacidad de algunas aminoacil t-RNA sintetasas de
catalizar la sntesis de derivados bisfosfonatos del ATP haba sido descrita hace tiempo y por razones
histricas se las ha considerado como las nicas enzimas capaces de sintetizar in vivo los referidos
derivados del ATP segn la siguiente reaccin:
E + Aa + ATP <---> EoAa-AMP + PPi2) E.Aa-AMP + pC(R1)(R2)p -> AppC(R1)(R2)p + Aa + E (7)
Sin embargo, basndose en la experiencia en cuanto al mecanismo de accin de las ligasa, al grupo
de investigacin les pareci que las aminoacil t-RNA sintetasas deban constituir tan solo un caso
particular de una ligasa capaz de llevar a cabo esta sntesis. Esto les ha llevado a explorar la capacidad de
otras ligasas (T4 RNA ligasa, T4 DNA ligase, ubiquitin activating enzyme (E1), luciferase, acetyl-CoA and
acyl-CoA synthetases) de catalizar la sntesis de derivados bisfosfonatos del ATP y de los dinuclesido
polifosfatos.
Los resultados que actualmente disponen, permiten afirmar que el comportamiento de cada
bisfosfonato es diferente para cada ligasa ensayada. De ello se deduce, que al ser la estructura qumica
de los bisfosfonatos tan diversa, cada uno de ellos podr o no interaccionar (como substrato, inhibidor o
efector) con un enzima en particular, por lo que cada bisfosfonato, tanto en investigacin bsica como
clnica requiere un estudio individualizado para poder conocer su modo de accin.



10

Bibliografa
[1] Rodwel. et alli Bioqumica de Harper, 13 ed., s.d, p.p: 234-235
[2] Van Holde M, Bioqumica, 3
ra
ed., Pearson Adison Weasley, p: 439-440, 990.
[3] biochemistryquestions. 2008. Las ligasas. Obtenido en lnea desde:
http://temasdebioquimica.wordpress.com/2008/07/13/las-ligasas/. (Fecha de consulta: 02-11-
10)

[4] Laguna, Jos Bioqumica, 2 ed., Facultad de Medicina, UNAM, Mxico D.F., Fournier S.A., 1969.

[5] Chou, T.C. and Lipmann, F. Separation of acetyl transfer enzymes in pigeon liver extract. J. Biol.
Chem. 196 (1952) 89-103.

[6] Becker, A., Lyn, G., Gefter, M. and Hurwitz, J. The enzymatic repair of DNA. II. Characterization of
phage-induced sealase. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 58 (1967) 1996-2003.

[7] Schuegraf, A., Ratner, S. and Warner, R.C. Free energy changes of the argininosuccinate
synthetase reaction and of the hydrolysis of the inner pyrophosphate bond of adenosine
triphosphate. J. Biol. Chem. 235 (1960) 3597-3602.

[8] Holden, H.M., Thoden, J.B. and Raushel, F.M. Carbamoyl phosphate synthetase: a tunnel runs
through it. Curr. Opin. Struct. Biol. 8 (1998) 679-685.

[9] Hager, L.P. Succinyl CoA synthetase, in Boyer, P.D., Lardy, H. and Myrbck, K. (Eds.), The Enzymes,
2nd ed., vol. 6, Academic Press, New York, 1962, pp. 387-399.
[10] Knappe, J., Schlegel, H.-G. and Lynen, F. Zur biochemischen Funktion des Biotins. I. Die
Beteilligung der -Methyl-crotonyl-Carboxylase an der Bildung von -Hydroxy--methyl-glutaryl-
CoA from -Hydroxy-isovaleryl-CoA. Biochem. Z. 335 (1961) 101-122.
[11] ADN Ligase. Publicado: Rev Esp Enferm Metab Oseas. 2009; 11:122. - vol.11 nm. 03. Artculo
obtenido en lnea desde el portal de Solo Ciencia y Tecnologa 2009:
http://www.solociencia.com/medicina/06112801.htm. (Fecha de consulta: 02-11-10)

[12] Metabolismo de los bisfosfonato

http://www.iib.uam.es/script/laboratorios.es.cgi?id=51;tipo=lineas

(Fecha de consulta: 04-11-10)