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1er Cours Introduction Au Monde Microbien

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Université Saad Dahleb de Blida Faculté de médecine Département de chirurgie dentaire 2eme année chirurgie dentaire Module de microbiologie

Dr S.OUKID

2011/2012

Introduction au monde microbien et anatomie fonctionnelle de la bactérie Plan du cours : I. Introduction au monde microbien 1. Historique 2. Place des micro-organismes dans le monde vivant 3. Généralités sur le monde bactérien Anatomie fonctionnelle de la bactérie A-MORPHOLOGIE DE LA BACTERIE B - STRUCTURE DE LA BACTERIE : 1. Eléments obligatoires : a) Appareil nucléaire ou chromosome bactérien b) Cytoplasme c) Membrane cytoplasmique d) Paroi bactérienne : structure et rôle 2. Eléments facultatifs a) Glycocalyx b) Flagelles ou cils c) Pilis d) Plasmides C-BIOFILM D-SPORE

II.

Bibliographie : Généralité : structure générale des bactéries , anatomie fonctionnelle des bactéries et application au diagnostic, Dr YALA Le monde microbien, Pr NAIM Le monde microbien, les virus et le fonctionnement de l’écosystème, CNRS, 2010

ni des végétaux. 1. algues et champignons microscopiques. Les bactéries et les virus omniprésents dans l’environnement. un grand nombre de particules invisibles à l‘oeil nu.Place des micro-organismes dans le monde microbien Les microbes ne sont ni des animaux. protozoaires. marchand de la ville de Delft. sont non pathogènes En chirurgie dentaire. ils appartiennent à un 3eme règne crée par Haeckel . sont regroupés virus. Sous ce terme. On considère qu’ils sont apparus il y a environ 3. au moyen d'un microscopie rudimentaire de sa fabrication.1878) L'existence d'un monde microbien fut méconnue jusqu'à l'invention du microscope au début du XVIIème siècle La découverte des micro-organismes est attribuée au hollandais Antonie VAN LEEVENHOEK (1632 .1723). se sont des bactéries ou virus pathogènes. qui-observa. spirilles) correspondant aux principales variétés morphologiques des bactéries La microbiologie médicale est née dans la 2eme partie du XIXeme siècle avec les travaux de Louis PASTEUR et Robert KOCH qui démontrèrent le rôle des micro-organismes dans la transformation de la matière organique (fermentation) et dans les maladies 2. Ils peuvent être bénéfiques et utiles tout autant que néfastes. on doit connaitre l’agent infectieux pour pouvoir le combattre et éviter l’infection. presentent un problème en médecine humaine par leur grande virulence et leur capacité de provoquer des infections graves ( ex : hépatite virale C) même mortelles (ex : tétanos) . bactéries. . qui a bénéficié des progrès de l’optique.I- Introduction au monde microbien Les microorganismes sont des êtres vivants invisibles à l’œil nu. Les protistes sont des êtres généralement unicellulaire (parfois pluricellulaires mais différenciation tissulaire) et se subdivisent en deux groupes : Les protistes supérieurs ou EUCARYOTES : sont des cellules identiques aux cellules animales ou végétales avec un vrai noyau et les différentes structures retrouvées dans le cytoplasme. bâtonnets. Ils sont ubiquitaires et représentent la biomasse la plus importante de la Terre. celui des Protistes.Historique Le mot « MICROBE » signifie « être vivant microscopique » (SEDILLOT . Toutefois. certaines bactéries vivent à l’état saprophytes dans l’environnement ou à l’état commensal dans les flores de l’homme. qu'il appelait « animalcules » Parmi ces micro-organismes extrêmement petits. il décrivit des formes diverses (sphères. Ils sont indispensables à l’équilibre de la biosphère en participant aux cycles élémentaires de la nature. où on est constamment confronter au risque infectieux et aux risque de complications infectieuses liées aux soins dentaires.8 milliards d’années et leur mise en évidence. remonte au XVIIe siècle.

l’étude des bactéries a considérablement progresser. Au cours de l’évolution la bactérie à garder sa petite taille et aurait acquis une paroi alors que la cellule eucaryote aurait augmenté de taille en même temps que des formations particulières sur différenciaient à l’intérieur de la cellule ( la membrane nucléaire. mais aussi par leur structure particulières essentiellement l’absence de membrane nucléaire et leur mode de division ( par scissiparité).) En perpétuel compétition avec les autres êtres vivants. Constituant un outil préféré des généticiens (les bactéries constituent un système génétique simple. plasmide) sont des facteurs de variabilité qui retentissent sur les caractères phénotypiques.Généralités sur le monde bactérien Les bactéries sont des micro-organismes le plus souvent unicellulaires. Largement répandu dans le sol et les eaux. L’étude générale des bactéries va nous montrer les corrélations entre structures et fonctions chez ces micro-organismes. Adaptation au milieu ambiant ( spore). leur capacité de résistance dans le milieu extérieur. appareil de Golgi…. modification génétique (mutation. Leur « anatomie » permet de comprendre d’une part.). Mais des changements peuvent survenir. Les virus sont incapables de réplication autonome. organite intra cytoplasmiques. Les bactéries se distinguent des cellules eucaryotes. . tant sur le plan structural que sur le plan physiologique. leur morphologie. elles jouent un rôle fondamental dans le cycle de la matière : Interviennent dans l’équilibre biologique des espèces. 3. leur physiologie et leur pouvoir pathogène . d’autre part leur pouvoir de synthétiser des molécules indispensables a leur croissance et leur multiplication. algues bleues . Depuis le milieu de XXo siècle . Très diverses dans leur écologie. La bactérie se distingue des virus qui sont généralement de taille encore plus petite essentiellement par l’existence en elle à la fois d’ADN et d’ARN alors que les virus n’ont qu’un seul type d’acide nucléique.- Les protistes inferieurs ou PROCARYOTES : sont des cellules atypiques avec un noyau primitif sans membrane nucléaire et dépourvues de nombreuses organites cytoplasmiques ( bactéries.. cyanophycées). vegetales et animales non seulement par leur petite taille ( 1-10 micromètre). se sont des parasite intracellulaires obligatoires des cellules eucaryotes ou procaryotes (bactériophages) . Elles représentent néanmoins des caractères structuraux et fonctionnels de base communs qui permettent de définir et de délimiter le monde bactérien.

Il mesure en général prés de 1000 fois la longueur de la bactérie. La morphologie ou la configuration externe et les groupements caractéristiques des bactéries ont pu ainsi être minutieusement décrit pratiquement dés leur découverte. L’appareil nucléaire constitue le support de l’information génétique. 1. membrane cytoplasmique et la paroi bactérienne Les éléments facultatifs sont : le glycocalyx . Parallèlement aux connaissances acquises sur l’aspect structural. ont été établies des corrélations entre chaque élément de structure et une ou plusieurs fonctions spécifiques. constitué d’une molécule d’ADN bi caténaire en double hélice. Ainsi est née une véritable « anatomie fonctionnelle » des bactéries.Eléments obligatoires a. si ils se forment à la surface de la dent. L’étude morphologique des bactérie peut être effectué au microscope optique soit à l’était frais soit après coloration ( voir les diaporamas du cours) Pour les différentes formes des bactéries : voir diaporamas du cours. les biofilms sont à l’origine de la formation de plaque dentaire qui évoluera vers la carie dentaire. Les éléments obligatoires sont : appareil nucléaire ou chromosome bactérien.Appareil nucléaire ou chromosome bactérien Représenté par un SEUL chromosome circulaire. STRUCTURE DE LA BACTERIE La bactérie est une cellule vivante constituée d’éléments obligatoires et d’éléments facultatifs.II- Anatomie fonctionnelle de la bactérie Au microscope optique : On observe la plupart des bactéries. les pilis et les plasmides Une dernière structure : la spore qui s’individualise par le fait qu’elle représente à elle seule une bactérie entière mais sous un aspect différent Les bactéries ont la capacité d’adhérer sur n’importe qu’elle surface formant des biofilms . MORPHOLOGIE DE LA BACTERIE Les bactéries apparaissent comme des corpuscules sphériques ( coque ou cocci) ou cylindriques ( bacilles) ou incurvées ( ex de bactéries : vibrions cholérique) ou hélicoïdales ( ex : spirochètes et tréponèmes) dans la plus grande dimension n’excède pas généralement 4 micromètre en moyenne . cytoplasme. les flagelles ou cils . Par contre l’étude de la structure « fine » des constituants internes de la cellule bactérienne n’a été entreprise qu’après l’apport de la microscopie électronique . Ces caractères ont pendant longtemps tenu une grande place dans l’identification et la classification des bactéries. .

Ces dernières assurent l’entrée spécifique et active de substances déterminées utiles au métabolisme bactérien.Membrane cytoplasmique Enveloppe mince composée de bicouche lipidique et de protéines membranaires (intégrées ou périphériques) La membrane cytoplasmique est en contacte soit avec le cytoplasme soit avec l’espace péri plasmique Membrane cytoplasmique des bactéries ne contient pas des stérols sauf celle des mycoplasmes Elle joue un rôle essentiel dans la vie de la bactérie. C’est ainsi que les souches possèdent les génomes les plus petits ont des capacités enzymatiques limités ( germes exigeants) alors que celles qui disposent d’un génome plus grand disposent d’activités enzymatiques multiples ( germes non exigeants pour leur croissance). b.Cytoplasme Le cytoplasme des procaryotes présente une structure simplifiée par rapport au cytoplasme des cellules procaryotes. ni d’organites tels que les mitochondries.De la taille du génome dépendent en très grande partie les capacités métaboliques des bactéries.Régulation métabolique grâce à une perméabilité sélective .Certaines molécules diffusent passivement à l’intérieur de la bactérie. . Il n’existe pas de réticulum endoplasmique.Régulation osmotique permettant à la bactérie de conserver ses ions essentiels . l’appareil de Golgi. les chloroplastes.D’autres part. c. Il reste à l’état de gel permanent. . les lysosomes. C’est une membrane semi-perméable qui règle les échanges entre le cytoplasme et le milieu extérieur : . d’autre nécessitent un transport actif utilisant des enzymes spécifiques appelées Perméases. Il est composé d’une masse amorphe assez dense aux électrons.Excrétion de diverses substances par la bactérie comme les enzymes extracellulaire et les exotoxines libérées par la bactérie. . L’excrétion de ces substances peut intervenir dans le pouvoir pathogènes des bactéries. il est essentiellement constitué de ribosomes et de diverses inclusions. la membrane cytoplasmique est le siège des enzymes respiratoires ( la chaine respiratoire) apparaissant ainsi comme l’équivalent fonctionnel des mitochondries des cellules eucaryotes ( à retenir) . Nettement délimité par la membrane cytoplasmique.Concentration de substance dans le cytoplasme jusqu’à 500 fois par rapport à la concentration du milieu extérieur .

car elle contient plus de peptidoglycane.Porteur de facteur de virulence : LPS .Eléments facultatifs Ce sont des éléments qui ne sont pas retrouvés chez toutes les bactéries .d. en plus.Aurait un rôle dans l’adhésion des bactéries sur un certains nombre de cellules . Deux catégories : la capsule et le slime Rôle du glycocalyx : . Par contre. seuls les mycoplasmes (espèce bactérienne naturellement dépourvue de paroi) n’en possèdent pas. le rôle des acides teichoiques pourrait être : récepteur des bactériophages . . la paroi des Gram positif est plus épaisse que celle des Gram négatif . a.La paroi bactérienne La paroi bactérienne est une structure rigide retrouvée de manière quasi-constante . La coloration de Gram se fait en 4 temps : coloration au violet de gentiane . et les bactéries qui ne retiennent pas les colorants : bactéries à Gram négatif de couleur rose. fixation au lugol . La paroi des Gram positif est épaisse et contient 40 à 95% de peptidoglycane melangés à des acides teichoiques .Glycocalyx C’est tout composé renfermant des polysaccharides et situé à la surface de la paroi des bactéries à Gram positif ou situé à la surface de la membrane externe des bactéries à Gram négatif.Identification de la bactérie par son aspect tinctorial et ses propriétées antigénique .Structure de la paroi : L’affinité tinctorial de la bactérie après coloration de Gram permet l’étude de la paroi bactérienne : on distingue les bactéries qui retiennent les colorants : bactéries à Gram positif de couleur violet .La capsule représente un facteur de virulence responsable du pouvoir pathogène de la bactérie ( ex pneumocoque).Rigidité : protection du choc osmotique et maintien de la forme de la bactérie . leur absence n’entraine pas la mort de la bactérie. le peptidoglycane et la membrane externe séparé par un espace periplasmique où est libéré les enzymes bactériennes notamment les enzymes qui inactivent les antibiotiques.Cible des antibiotiques 2.Porteur de site de récepteur de bactériophages . la paroi des Gram négatif sont composé d’une couche mince de peptidoglycane au dessus de la quelle se présente une membrane externe composé d’une bicouche lipidique mélangée à des protéines membranaires (porines) et des lipopolysaccharides LPS (support de antigenicité bactérienne et facteur de virulence :endotoxine) . La paroi bactérienne joue un rôle important : . décoloration par l’alcool et contre coloration à la fuchsine .Joue un rôle de protection . On sait également que cette virulence est liée au fait que . L’ultra structure de la paroi montre qu’elle est constitué d’un élément structural essentiel et prédominant est : LE PEPTIDOGLYGANE (rigidité de la paroi et le maintien de la forme de la bactérie). Certaines bactéries à Gram positif possèdent des polysaccharides et des protéines.

certaines bactéries subissent un phénomène : SPORULATION pour résister à ces conditions donnant ainsi des spores. de nature protéique . surfaces des eaux ) ou artificielle (prothèse.Pilis Filament rigides à la surface de la bactérie. cathéter). champignons. qu’elle soit naturelle (débris cellulaires. Les pilis communs courts : Fimbrae joue un rôle dans l’adhésion et la colonisation des tissus Les pilis communs longs : pili sexuel codé par un plasmide (gène facteur F) . 4.Biofilm Un biofilm est une communauté de micro-organismes (bactéries. . Le biofilm peut se développer sur n’importe quel type de surface . algues ou protozoaires). Les bactéries qui peuvent produire des spores sont les bactéries du genre Bacillus et du genre Clostridium. caractérisée par la sécrétion d’une matrice adhésive et protectrice. . Les biofilms se développent sur les dents et forment une plaque qui conduit à la carie.Flagelles ou cils De nature protéique : Flagelline joue un double rôle : mobilité et support de l’antigenicité H Plusieurs disposition possible à la surface bactérienne : peritriche . b. c. Il est autoréplication indépendamment du chromosome bactérien et autotransférable d’une bactérie donatrice vers une bactérie réceptrice par le phénomène de conjugaison. sonde.La capsule est le support de l’antigenicité K pour l’identification bactérienne . bipolaire. 3.La spore La spore n’est pas un élément structural (obligatoire ou facultatifs) : elle constitue à elle seule une bactérie sous un aspect différent Lorsque les conditions deviennent défavorables à la survie et à la multiplication . Le nombre : un ou plusieurs mais de spécificité différentes dans une même bactérie. La sporulation est sous contrôle génétique. monotriche . La spore peut être l’unité infectieuse de la bactérie .La présence à la surface externe de la bactérie de substance capable de jouer un rôle dans le pouvoir pathogène peut être à l’origine de la production d’anticorps protecteurs on peut utiliser cela pour l’élaboration de vaccins efficace dirigés contre ces composés. intervient dans le transfert des plasmides par conjugaison.les cellules phagocytaires ne sont pas capable d’exercer leur rôle par suite de la présence de polysaccharides capsulaires. d. adhérant entre eux et à une surface. comme c’est le cas de la spore produite par Clostridium tetani agent du Tétanos.Plasmide : définition Fragments d’ADN bi caténaire extra chromosomique de taille variable Sous forme circulaire surenroulée. séquestres.

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