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Universit Saad Dahleb de Blida Facult de mdecine Dpartement de chirurgie dentaire 2eme anne chirurgie dentaire Module de microbiologie

Dr S.OUKID

2011/2012

Introduction au monde microbien et anatomie fonctionnelle de la bactrie Plan du cours : I. Introduction au monde microbien 1. Historique 2. Place des micro-organismes dans le monde vivant 3. Gnralits sur le monde bactrien Anatomie fonctionnelle de la bactrie A-MORPHOLOGIE DE LA BACTERIE B - STRUCTURE DE LA BACTERIE : 1. Elments obligatoires : a) Appareil nuclaire ou chromosome bactrien b) Cytoplasme c) Membrane cytoplasmique d) Paroi bactrienne : structure et rle 2. Elments facultatifs a) Glycocalyx b) Flagelles ou cils c) Pilis d) Plasmides C-BIOFILM D-SPORE

II.

Bibliographie : Gnralit : structure gnrale des bactries , anatomie fonctionnelle des bactries et application au diagnostic, Dr YALA Le monde microbien, Pr NAIM Le monde microbien, les virus et le fonctionnement de lcosystme, CNRS, 2010

I-

Introduction au monde microbien

Les microorganismes sont des tres vivants invisibles lil nu. Sous ce terme, sont regroups virus, bactries, protozoaires, algues et champignons microscopiques. Ils sont ubiquitaires et reprsentent la biomasse la plus importante de la Terre. Ils sont indispensables lquilibre de la biosphre en participant aux cycles lmentaires de la nature. Ils peuvent tre bnfiques et utiles tout autant que nfastes. On considre quils sont apparus il y a environ 3,8 milliards dannes et leur mise en vidence, qui a bnfici des progrs de loptique, remonte au XVIIe sicle. Les bactries et les virus omniprsents dans lenvironnement, presentent un problme en mdecine humaine par leur grande virulence et leur capacit de provoquer des infections graves ( ex : hpatite virale C) mme mortelles (ex : ttanos) , se sont des bactries ou virus pathognes. Toutefois, certaines bactries vivent ltat saprophytes dans lenvironnement ou ltat commensal dans les flores de lhomme, sont non pathognes En chirurgie dentaire, o on est constamment confronter au risque infectieux et aux risque de complications infectieuses lies aux soins dentaires, on doit connaitre lagent infectieux pour pouvoir le combattre et viter linfection. 1- Historique Le mot MICROBE signifie tre vivant microscopique (SEDILLOT - 1878) L'existence d'un monde microbien fut mconnue jusqu' l'invention du microscope au dbut du XVIIme sicle La dcouverte des micro-organismes est attribue au hollandais Antonie VAN LEEVENHOEK (1632 - 1723), marchand de la ville de Delft, qui-observa, au moyen d'un microscopie rudimentaire de sa fabrication, un grand nombre de particules invisibles loeil nu, qu'il appelait animalcules Parmi ces micro-organismes extrmement petits, il dcrivit des formes diverses (sphres, btonnets, spirilles) correspondant aux principales varits morphologiques des bactries La microbiologie mdicale est ne dans la 2eme partie du XIXeme sicle avec les travaux de Louis PASTEUR et Robert KOCH qui dmontrrent le rle des micro-organismes dans la transformation de la matire organique (fermentation) et dans les maladies 2- Place des micro-organismes dans le monde microbien Les microbes ne sont ni des animaux, ni des vgtaux, ils appartiennent un 3eme rgne cre par Haeckel ; celui des Protistes. Les protistes sont des tres gnralement unicellulaire (parfois pluricellulaires mais diffrenciation tissulaire) et se subdivisent en deux groupes : Les protistes suprieurs ou EUCARYOTES : sont des cellules identiques aux cellules animales ou vgtales avec un vrai noyau et les diffrentes structures retrouves dans le cytoplasme.

Les protistes inferieurs ou PROCARYOTES : sont des cellules atypiques avec un noyau primitif sans membrane nuclaire et dpourvues de nombreuses organites cytoplasmiques ( bactries, algues bleues , cyanophyces).

Les bactries se distinguent des cellules eucaryotes, vegetales et animales non seulement par leur petite taille ( 1-10 micromtre), mais aussi par leur structure particulires essentiellement labsence de membrane nuclaire et leur mode de division ( par scissiparit). Au cours de lvolution la bactrie garder sa petite taille et aurait acquis une paroi alors que la cellule eucaryote aurait augment de taille en mme temps que des formations particulires sur diffrenciaient lintrieur de la cellule ( la membrane nuclaire, organite intra cytoplasmiques, appareil de Golgi..). La bactrie se distingue des virus qui sont gnralement de taille encore plus petite essentiellement par lexistence en elle la fois dADN et dARN alors que les virus nont quun seul type dacide nuclique. Les virus sont incapables de rplication autonome, se sont des parasite intracellulaires obligatoires des cellules eucaryotes ou procaryotes (bactriophages) . 3- Gnralits sur le monde bactrien Les bactries sont des micro-organismes le plus souvent unicellulaires. Trs diverses dans leur cologie, leur morphologie, leur physiologie et leur pouvoir pathogne . Elles reprsentent nanmoins des caractres structuraux et fonctionnels de base communs qui permettent de dfinir et de dlimiter le monde bactrien. Depuis le milieu de XXo sicle ; ltude des bactries a considrablement progresser, tant sur le plan structural que sur le plan physiologique. Largement rpandu dans le sol et les eaux, elles jouent un rle fondamental dans le cycle de la matire : Interviennent dans lquilibre biologique des espces, Constituant un outil prfr des gnticiens (les bactries constituent un systme gntique simple,) En perptuel comptition avec les autres tres vivants.

Ltude gnrale des bactries va nous montrer les corrlations entre structures et fonctions chez ces micro-organismes. Leur anatomie permet de comprendre dune part, leur capacit de rsistance dans le milieu extrieur, dautre part leur pouvoir de synthtiser des molcules indispensables a leur croissance et leur multiplication. Mais des changements peuvent survenir. Adaptation au milieu ambiant ( spore), modification gntique (mutation, plasmide) sont des facteurs de variabilit qui retentissent sur les caractres phnotypiques.

II-

Anatomie fonctionnelle de la bactrie

Au microscope optique : On observe la plupart des bactries. La morphologie ou la configuration externe et les groupements caractristiques des bactries ont pu ainsi tre minutieusement dcrit pratiquement ds leur dcouverte. Ces caractres ont pendant longtemps tenu une grande place dans lidentification et la classification des bactries. Par contre ltude de la structure fine des constituants internes de la cellule bactrienne na t entreprise quaprs lapport de la microscopie lectronique . Paralllement aux connaissances acquises sur laspect structural, ont t tablies des corrlations entre chaque lment de structure et une ou plusieurs fonctions spcifiques. Ainsi est ne une vritable anatomie fonctionnelle des bactries. MORPHOLOGIE DE LA BACTERIE Les bactries apparaissent comme des corpuscules sphriques ( coque ou cocci) ou cylindriques ( bacilles) ou incurves ( ex de bactries : vibrions cholrique) ou hlicodales ( ex : spirochtes et trponmes) dans la plus grande dimension nexcde pas gnralement 4 micromtre en moyenne . Ltude morphologique des bactrie peut tre effectu au microscope optique soit ltait frais soit aprs coloration ( voir les diaporamas du cours) Pour les diffrentes formes des bactries : voir diaporamas du cours. STRUCTURE DE LA BACTERIE La bactrie est une cellule vivante constitue dlments obligatoires et dlments facultatifs. Les lments obligatoires sont : appareil nuclaire ou chromosome bactrien, cytoplasme, membrane cytoplasmique et la paroi bactrienne Les lments facultatifs sont : le glycocalyx , les flagelles ou cils , les pilis et les plasmides Une dernire structure : la spore qui sindividualise par le fait quelle reprsente elle seule une bactrie entire mais sous un aspect diffrent Les bactries ont la capacit dadhrer sur nimporte quelle surface formant des biofilms . si ils se forment la surface de la dent, les biofilms sont lorigine de la formation de plaque dentaire qui voluera vers la carie dentaire. 1- Elments obligatoires a- Appareil nuclaire ou chromosome bactrien Reprsent par un SEUL chromosome circulaire, constitu dune molcule dADN bi catnaire en double hlice. Il mesure en gnral prs de 1000 fois la longueur de la bactrie. Lappareil nuclaire constitue le support de linformation gntique.

De la taille du gnome dpendent en trs grande partie les capacits mtaboliques des bactries. Cest ainsi que les souches possdent les gnomes les plus petits ont des capacits enzymatiques limits ( germes exigeants) alors que celles qui disposent dun gnome plus grand disposent dactivits enzymatiques multiples ( germes non exigeants pour leur croissance). b- Cytoplasme Le cytoplasme des procaryotes prsente une structure simplifie par rapport au cytoplasme des cellules procaryotes. Il nexiste pas de rticulum endoplasmique, ni dorganites tels que les mitochondries, les chloroplastes, lappareil de Golgi, les lysosomes. Il est compos dune masse amorphe assez dense aux lectrons. Il reste ltat de gel permanent. Nettement dlimit par la membrane cytoplasmique, il est essentiellement constitu de ribosomes et de diverses inclusions. c- Membrane cytoplasmique Enveloppe mince compose de bicouche lipidique et de protines membranaires (intgres ou priphriques) La membrane cytoplasmique est en contacte soit avec le cytoplasme soit avec lespace pri plasmique Membrane cytoplasmique des bactries ne contient pas des strols sauf celle des mycoplasmes Elle joue un rle essentiel dans la vie de la bactrie. Cest une membrane semi-permable qui rgle les changes entre le cytoplasme et le milieu extrieur : - Concentration de substance dans le cytoplasme jusqu 500 fois par rapport la concentration du milieu extrieur - Rgulation osmotique permettant la bactrie de conserver ses ions essentiels - Rgulation mtabolique grce une permabilit slective - Certaines molcules diffusent passivement lintrieur de la bactrie, dautre ncessitent un transport actif utilisant des enzymes spcifiques appeles Permases. Ces dernires assurent lentre spcifique et active de substances dtermines utiles au mtabolisme bactrien. - Excrtion de diverses substances par la bactrie comme les enzymes extracellulaire et les exotoxines libres par la bactrie. Lexcrtion de ces substances peut intervenir dans le pouvoir pathognes des bactries. - Dautres part, la membrane cytoplasmique est le sige des enzymes respiratoires ( la chaine respiratoire) apparaissant ainsi comme lquivalent fonctionnel des mitochondries des cellules eucaryotes ( retenir) .

d- La paroi bactrienne La paroi bactrienne est une structure rigide retrouve de manire quasi-constante . seuls les mycoplasmes (espce bactrienne naturellement dpourvue de paroi) nen possdent pas. - Structure de la paroi : Laffinit tinctorial de la bactrie aprs coloration de Gram permet ltude de la paroi bactrienne : on distingue les bactries qui retiennent les colorants : bactries Gram positif de couleur violet , et les bactries qui ne retiennent pas les colorants : bactries Gram ngatif de couleur rose. La coloration de Gram se fait en 4 temps : coloration au violet de gentiane , fixation au lugol , dcoloration par lalcool et contre coloration la fuchsine . Lultra structure de la paroi montre quelle est constitu dun lment structural essentiel et prdominant est : LE PEPTIDOGLYGANE (rigidit de la paroi et le maintien de la forme de la bactrie). la paroi des Gram positif est plus paisse que celle des Gram ngatif , car elle contient plus de peptidoglycane. La paroi des Gram positif est paisse et contient 40 95% de peptidoglycane melangs des acides teichoiques . le rle des acides teichoiques pourrait tre : rcepteur des bactriophages . Certaines bactries Gram positif possdent des polysaccharides et des protines, en plus. Par contre, la paroi des Gram ngatif sont compos dune couche mince de peptidoglycane au dessus de la quelle se prsente une membrane externe compos dune bicouche lipidique mlange des protines membranaires (porines) et des lipopolysaccharides LPS (support de antigenicit bactrienne et facteur de virulence :endotoxine) . le peptidoglycane et la membrane externe spar par un espace periplasmique o est libr les enzymes bactriennes notamment les enzymes qui inactivent les antibiotiques. La paroi bactrienne joue un rle important : - Rigidit : protection du choc osmotique et maintien de la forme de la bactrie - Identification de la bactrie par son aspect tinctorial et ses proprites antignique - Porteur de facteur de virulence : LPS - Porteur de site de rcepteur de bactriophages - Cible des antibiotiques 2- Elments facultatifs Ce sont des lments qui ne sont pas retrouvs chez toutes les bactries ; leur absence nentraine pas la mort de la bactrie. a- Glycocalyx Cest tout compos renfermant des polysaccharides et situ la surface de la paroi des bactries Gram positif ou situ la surface de la membrane externe des bactries Gram ngatif. Deux catgories : la capsule et le slime Rle du glycocalyx : - Aurait un rle dans ladhsion des bactries sur un certains nombre de cellules - Joue un rle de protection - La capsule reprsente un facteur de virulence responsable du pouvoir pathogne de la bactrie ( ex pneumocoque). On sait galement que cette virulence est lie au fait que

les cellules phagocytaires ne sont pas capable dexercer leur rle par suite de la prsence de polysaccharides capsulaires. - La capsule est le support de lantigenicit K pour lidentification bactrienne - La prsence la surface externe de la bactrie de substance capable de jouer un rle dans le pouvoir pathogne peut tre lorigine de la production danticorps protecteurs on peut utiliser cela pour llaboration de vaccins efficace dirigs contre ces composs. b- Flagelles ou cils De nature protique : Flagelline joue un double rle : mobilit et support de lantigenicit H Plusieurs disposition possible la surface bactrienne : peritriche ; monotriche , bipolaire. c- Pilis Filament rigides la surface de la bactrie, de nature protique . Les pilis communs courts : Fimbrae joue un rle dans ladhsion et la colonisation des tissus Les pilis communs longs : pili sexuel cod par un plasmide (gne facteur F) , intervient dans le transfert des plasmides par conjugaison. d- Plasmide : dfinition Fragments dADN bi catnaire extra chromosomique de taille variable Sous forme circulaire surenroule. Le nombre : un ou plusieurs mais de spcificit diffrentes dans une mme bactrie. Il est autorplication indpendamment du chromosome bactrien et autotransfrable dune bactrie donatrice vers une bactrie rceptrice par le phnomne de conjugaison. 3- Biofilm Un biofilm est une communaut de micro-organismes (bactries, champignons, algues ou protozoaires), adhrant entre eux et une surface, caractrise par la scrtion dune matrice adhsive et protectrice. Le biofilm peut se dvelopper sur nimporte quel type de surface , quelle soit naturelle (dbris cellulaires, squestres, surfaces des eaux ) ou artificielle (prothse, sonde, cathter). Les biofilms se dveloppent sur les dents et forment une plaque qui conduit la carie. 4- La spore La spore nest pas un lment structural (obligatoire ou facultatifs) : elle constitue elle seule une bactrie sous un aspect diffrent Lorsque les conditions deviennent dfavorables la survie et la multiplication , certaines bactries subissent un phnomne : SPORULATION pour rsister ces conditions donnant ainsi des spores. La sporulation est sous contrle gntique. Les bactries qui peuvent produire des spores sont les bactries du genre Bacillus et du genre Clostridium. La spore peut tre lunit infectieuse de la bactrie , comme cest le cas de la spore produite par Clostridium tetani agent du Ttanos.