Université Saad Dahleb de Blida Faculté de médecine Département de chirurgie dentaire 2eme année chirurgie dentaire Module de microbiologie

Dr S.OUKID

2011/2012

Introduction au monde microbien et anatomie fonctionnelle de la bactérie Plan du cours : I. Introduction au monde microbien 1. Historique 2. Place des micro-organismes dans le monde vivant 3. Généralités sur le monde bactérien Anatomie fonctionnelle de la bactérie A-MORPHOLOGIE DE LA BACTERIE B - STRUCTURE DE LA BACTERIE : 1. Eléments obligatoires : a) Appareil nucléaire ou chromosome bactérien b) Cytoplasme c) Membrane cytoplasmique d) Paroi bactérienne : structure et rôle 2. Eléments facultatifs a) Glycocalyx b) Flagelles ou cils c) Pilis d) Plasmides C-BIOFILM D-SPORE

II.

Bibliographie : Généralité : structure générale des bactéries , anatomie fonctionnelle des bactéries et application au diagnostic, Dr YALA Le monde microbien, Pr NAIM Le monde microbien, les virus et le fonctionnement de l’écosystème, CNRS, 2010

bâtonnets. On considère qu’ils sont apparus il y a environ 3. Ils sont indispensables à l’équilibre de la biosphère en participant aux cycles élémentaires de la nature. marchand de la ville de Delft. au moyen d'un microscopie rudimentaire de sa fabrication. algues et champignons microscopiques. Sous ce terme. où on est constamment confronter au risque infectieux et aux risque de complications infectieuses liées aux soins dentaires.I- Introduction au monde microbien Les microorganismes sont des êtres vivants invisibles à l’œil nu. bactéries. spirilles) correspondant aux principales variétés morphologiques des bactéries La microbiologie médicale est née dans la 2eme partie du XIXeme siècle avec les travaux de Louis PASTEUR et Robert KOCH qui démontrèrent le rôle des micro-organismes dans la transformation de la matière organique (fermentation) et dans les maladies 2. sont non pathogènes En chirurgie dentaire. Ils sont ubiquitaires et représentent la biomasse la plus importante de la Terre. Les protistes sont des êtres généralement unicellulaire (parfois pluricellulaires mais différenciation tissulaire) et se subdivisent en deux groupes : Les protistes supérieurs ou EUCARYOTES : sont des cellules identiques aux cellules animales ou végétales avec un vrai noyau et les différentes structures retrouvées dans le cytoplasme. 1. sont regroupés virus. qui a bénéficié des progrès de l’optique. presentent un problème en médecine humaine par leur grande virulence et leur capacité de provoquer des infections graves ( ex : hépatite virale C) même mortelles (ex : tétanos) . .8 milliards d’années et leur mise en évidence. certaines bactéries vivent à l’état saprophytes dans l’environnement ou à l’état commensal dans les flores de l’homme.1878) L'existence d'un monde microbien fut méconnue jusqu'à l'invention du microscope au début du XVIIème siècle La découverte des micro-organismes est attribuée au hollandais Antonie VAN LEEVENHOEK (1632 . celui des Protistes. Les bactéries et les virus omniprésents dans l’environnement.Historique Le mot « MICROBE » signifie « être vivant microscopique » (SEDILLOT . se sont des bactéries ou virus pathogènes.1723). il décrivit des formes diverses (sphères. qu'il appelait « animalcules » Parmi ces micro-organismes extrêmement petits. on doit connaitre l’agent infectieux pour pouvoir le combattre et éviter l’infection. ni des végétaux. Ils peuvent être bénéfiques et utiles tout autant que néfastes. un grand nombre de particules invisibles à l‘oeil nu. remonte au XVIIe siècle.Place des micro-organismes dans le monde microbien Les microbes ne sont ni des animaux. protozoaires. ils appartiennent à un 3eme règne crée par Haeckel . Toutefois. qui-observa.

Leur « anatomie » permet de comprendre d’une part.- Les protistes inferieurs ou PROCARYOTES : sont des cellules atypiques avec un noyau primitif sans membrane nucléaire et dépourvues de nombreuses organites cytoplasmiques ( bactéries. vegetales et animales non seulement par leur petite taille ( 1-10 micromètre). Depuis le milieu de XXo siècle .) En perpétuel compétition avec les autres êtres vivants. Constituant un outil préféré des généticiens (les bactéries constituent un système génétique simple. Les virus sont incapables de réplication autonome. se sont des parasite intracellulaires obligatoires des cellules eucaryotes ou procaryotes (bactériophages) . plasmide) sont des facteurs de variabilité qui retentissent sur les caractères phénotypiques. organite intra cytoplasmiques.). Elles représentent néanmoins des caractères structuraux et fonctionnels de base communs qui permettent de définir et de délimiter le monde bactérien. l’étude des bactéries a considérablement progresser. leur capacité de résistance dans le milieu extérieur. modification génétique (mutation.. Très diverses dans leur écologie. mais aussi par leur structure particulières essentiellement l’absence de membrane nucléaire et leur mode de division ( par scissiparité). appareil de Golgi…. Au cours de l’évolution la bactérie à garder sa petite taille et aurait acquis une paroi alors que la cellule eucaryote aurait augmenté de taille en même temps que des formations particulières sur différenciaient à l’intérieur de la cellule ( la membrane nucléaire. elles jouent un rôle fondamental dans le cycle de la matière : Interviennent dans l’équilibre biologique des espèces. La bactérie se distingue des virus qui sont généralement de taille encore plus petite essentiellement par l’existence en elle à la fois d’ADN et d’ARN alors que les virus n’ont qu’un seul type d’acide nucléique. d’autre part leur pouvoir de synthétiser des molécules indispensables a leur croissance et leur multiplication. leur morphologie. tant sur le plan structural que sur le plan physiologique. Adaptation au milieu ambiant ( spore). L’étude générale des bactéries va nous montrer les corrélations entre structures et fonctions chez ces micro-organismes. Largement répandu dans le sol et les eaux. Mais des changements peuvent survenir. leur physiologie et leur pouvoir pathogène . cyanophycées). 3. algues bleues . Les bactéries se distinguent des cellules eucaryotes. .Généralités sur le monde bactérien Les bactéries sont des micro-organismes le plus souvent unicellulaires.

Appareil nucléaire ou chromosome bactérien Représenté par un SEUL chromosome circulaire.II- Anatomie fonctionnelle de la bactérie Au microscope optique : On observe la plupart des bactéries. Ainsi est née une véritable « anatomie fonctionnelle » des bactéries. si ils se forment à la surface de la dent. L’étude morphologique des bactérie peut être effectué au microscope optique soit à l’était frais soit après coloration ( voir les diaporamas du cours) Pour les différentes formes des bactéries : voir diaporamas du cours. MORPHOLOGIE DE LA BACTERIE Les bactéries apparaissent comme des corpuscules sphériques ( coque ou cocci) ou cylindriques ( bacilles) ou incurvées ( ex de bactéries : vibrions cholérique) ou hélicoïdales ( ex : spirochètes et tréponèmes) dans la plus grande dimension n’excède pas généralement 4 micromètre en moyenne . les flagelles ou cils . les pilis et les plasmides Une dernière structure : la spore qui s’individualise par le fait qu’elle représente à elle seule une bactérie entière mais sous un aspect différent Les bactéries ont la capacité d’adhérer sur n’importe qu’elle surface formant des biofilms . ont été établies des corrélations entre chaque élément de structure et une ou plusieurs fonctions spécifiques. Il mesure en général prés de 1000 fois la longueur de la bactérie. cytoplasme. L’appareil nucléaire constitue le support de l’information génétique. Par contre l’étude de la structure « fine » des constituants internes de la cellule bactérienne n’a été entreprise qu’après l’apport de la microscopie électronique . Les éléments obligatoires sont : appareil nucléaire ou chromosome bactérien. membrane cytoplasmique et la paroi bactérienne Les éléments facultatifs sont : le glycocalyx . Ces caractères ont pendant longtemps tenu une grande place dans l’identification et la classification des bactéries. .Eléments obligatoires a. 1. Parallèlement aux connaissances acquises sur l’aspect structural. La morphologie ou la configuration externe et les groupements caractéristiques des bactéries ont pu ainsi être minutieusement décrit pratiquement dés leur découverte. les biofilms sont à l’origine de la formation de plaque dentaire qui évoluera vers la carie dentaire. constitué d’une molécule d’ADN bi caténaire en double hélice. STRUCTURE DE LA BACTERIE La bactérie est une cellule vivante constituée d’éléments obligatoires et d’éléments facultatifs.

Il n’existe pas de réticulum endoplasmique. les lysosomes. . Ces dernières assurent l’entrée spécifique et active de substances déterminées utiles au métabolisme bactérien. Il reste à l’état de gel permanent. . il est essentiellement constitué de ribosomes et de diverses inclusions. ni d’organites tels que les mitochondries. c.Cytoplasme Le cytoplasme des procaryotes présente une structure simplifiée par rapport au cytoplasme des cellules procaryotes. la membrane cytoplasmique est le siège des enzymes respiratoires ( la chaine respiratoire) apparaissant ainsi comme l’équivalent fonctionnel des mitochondries des cellules eucaryotes ( à retenir) .Concentration de substance dans le cytoplasme jusqu’à 500 fois par rapport à la concentration du milieu extérieur . b.Membrane cytoplasmique Enveloppe mince composée de bicouche lipidique et de protéines membranaires (intégrées ou périphériques) La membrane cytoplasmique est en contacte soit avec le cytoplasme soit avec l’espace péri plasmique Membrane cytoplasmique des bactéries ne contient pas des stérols sauf celle des mycoplasmes Elle joue un rôle essentiel dans la vie de la bactérie. l’appareil de Golgi. .Régulation osmotique permettant à la bactérie de conserver ses ions essentiels .Régulation métabolique grâce à une perméabilité sélective .De la taille du génome dépendent en très grande partie les capacités métaboliques des bactéries. C’est ainsi que les souches possèdent les génomes les plus petits ont des capacités enzymatiques limités ( germes exigeants) alors que celles qui disposent d’un génome plus grand disposent d’activités enzymatiques multiples ( germes non exigeants pour leur croissance). L’excrétion de ces substances peut intervenir dans le pouvoir pathogènes des bactéries. les chloroplastes.Excrétion de diverses substances par la bactérie comme les enzymes extracellulaire et les exotoxines libérées par la bactérie. Nettement délimité par la membrane cytoplasmique.D’autres part. Il est composé d’une masse amorphe assez dense aux électrons. C’est une membrane semi-perméable qui règle les échanges entre le cytoplasme et le milieu extérieur : .Certaines molécules diffusent passivement à l’intérieur de la bactérie. d’autre nécessitent un transport actif utilisant des enzymes spécifiques appelées Perméases.

Deux catégories : la capsule et le slime Rôle du glycocalyx : . fixation au lugol .d. . La paroi bactérienne joue un rôle important : . La paroi des Gram positif est épaisse et contient 40 à 95% de peptidoglycane melangés à des acides teichoiques . La coloration de Gram se fait en 4 temps : coloration au violet de gentiane . Par contre. le rôle des acides teichoiques pourrait être : récepteur des bactériophages .Identification de la bactérie par son aspect tinctorial et ses propriétées antigénique . la paroi des Gram positif est plus épaisse que celle des Gram négatif . a.Porteur de site de récepteur de bactériophages . et les bactéries qui ne retiennent pas les colorants : bactéries à Gram négatif de couleur rose. seuls les mycoplasmes (espèce bactérienne naturellement dépourvue de paroi) n’en possèdent pas. L’ultra structure de la paroi montre qu’elle est constitué d’un élément structural essentiel et prédominant est : LE PEPTIDOGLYGANE (rigidité de la paroi et le maintien de la forme de la bactérie). car elle contient plus de peptidoglycane.Cible des antibiotiques 2. la paroi des Gram négatif sont composé d’une couche mince de peptidoglycane au dessus de la quelle se présente une membrane externe composé d’une bicouche lipidique mélangée à des protéines membranaires (porines) et des lipopolysaccharides LPS (support de antigenicité bactérienne et facteur de virulence :endotoxine) . décoloration par l’alcool et contre coloration à la fuchsine .Glycocalyx C’est tout composé renfermant des polysaccharides et situé à la surface de la paroi des bactéries à Gram positif ou situé à la surface de la membrane externe des bactéries à Gram négatif. le peptidoglycane et la membrane externe séparé par un espace periplasmique où est libéré les enzymes bactériennes notamment les enzymes qui inactivent les antibiotiques.Structure de la paroi : L’affinité tinctorial de la bactérie après coloration de Gram permet l’étude de la paroi bactérienne : on distingue les bactéries qui retiennent les colorants : bactéries à Gram positif de couleur violet .Porteur de facteur de virulence : LPS .Rigidité : protection du choc osmotique et maintien de la forme de la bactérie . leur absence n’entraine pas la mort de la bactérie.Joue un rôle de protection . Certaines bactéries à Gram positif possèdent des polysaccharides et des protéines.La paroi bactérienne La paroi bactérienne est une structure rigide retrouvée de manière quasi-constante . On sait également que cette virulence est liée au fait que .Aurait un rôle dans l’adhésion des bactéries sur un certains nombre de cellules . en plus.Eléments facultatifs Ce sont des éléments qui ne sont pas retrouvés chez toutes les bactéries .La capsule représente un facteur de virulence responsable du pouvoir pathogène de la bactérie ( ex pneumocoque).

La présence à la surface externe de la bactérie de substance capable de jouer un rôle dans le pouvoir pathogène peut être à l’origine de la production d’anticorps protecteurs on peut utiliser cela pour l’élaboration de vaccins efficace dirigés contre ces composés. champignons. comme c’est le cas de la spore produite par Clostridium tetani agent du Tétanos.Flagelles ou cils De nature protéique : Flagelline joue un double rôle : mobilité et support de l’antigenicité H Plusieurs disposition possible à la surface bactérienne : peritriche . . c. La spore peut être l’unité infectieuse de la bactérie . cathéter). d. surfaces des eaux ) ou artificielle (prothèse.La capsule est le support de l’antigenicité K pour l’identification bactérienne . Les bactéries qui peuvent produire des spores sont les bactéries du genre Bacillus et du genre Clostridium. 4.les cellules phagocytaires ne sont pas capable d’exercer leur rôle par suite de la présence de polysaccharides capsulaires. séquestres.Pilis Filament rigides à la surface de la bactérie. . bipolaire. Le biofilm peut se développer sur n’importe quel type de surface .La spore La spore n’est pas un élément structural (obligatoire ou facultatifs) : elle constitue à elle seule une bactérie sous un aspect différent Lorsque les conditions deviennent défavorables à la survie et à la multiplication . certaines bactéries subissent un phénomène : SPORULATION pour résister à ces conditions donnant ainsi des spores.Plasmide : définition Fragments d’ADN bi caténaire extra chromosomique de taille variable Sous forme circulaire surenroulée. Les pilis communs courts : Fimbrae joue un rôle dans l’adhésion et la colonisation des tissus Les pilis communs longs : pili sexuel codé par un plasmide (gène facteur F) . monotriche . adhérant entre eux et à une surface. Il est autoréplication indépendamment du chromosome bactérien et autotransférable d’une bactérie donatrice vers une bactérie réceptrice par le phénomène de conjugaison. algues ou protozoaires).Biofilm Un biofilm est une communauté de micro-organismes (bactéries. Le nombre : un ou plusieurs mais de spécificité différentes dans une même bactérie. La sporulation est sous contrôle génétique. 3. intervient dans le transfert des plasmides par conjugaison. de nature protéique . sonde. qu’elle soit naturelle (débris cellulaires. b. Les biofilms se développent sur les dents et forment une plaque qui conduit à la carie. caractérisée par la sécrétion d’une matrice adhésive et protectrice.

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