Curso de Informtica Aplicada ao Aprendizado de Cincias Por Andr Miguel de O.

Nogueira

Software para desenho molecular Guia de Consulta Rpida

| Sumrio |

Introduo Modos de Trabalho Barra Geral Barra Estrutura Barra de tomos Propriedades da Molcula Alterando Formatao Barra de Desenho Barra de Edio Molculas em 3D Barra de Manipulao 3D Exerccios

3 3 4 5 5 7 7 9 10 11 11 12

| Introduo |
ACD/Chemsketch um software de desenvolvimento da Qumica Avanada. A empresa que o fez projetou para ser usado separadamente ou integrado com outras aplicaes. Chemsketch usado para desenhar estruturas qumicas, reaes e diagramas esquemticos. Tambm pode ser usado para projees em 3D. Todo o software da ACDLabs trabalha com barramento 32-bits e aplicvel aos PCs com Sistemas Operacionais Microsoft Windows 95/98/NT/ME/2000/XP/Vista. Pode-se baixar a verso freeware atravs do link: www.acdlabs.com/download/

| Modos de Trabalho |
O modo structure (estrutura) permite que o usurio desenhe as estruturas e reaes alm dos diversos sinais taquigrficos prprios da linguagem qumica. Abaixo, analisamos as barras que compem o modo:

Barra de Ttulo: Mostra o nome do programa e o nome arquivo atualmente aberto. Menu: Contm uma srie de palavras. Cada palavra une a uma lista de comandos relacionados para trabalhar na janela do Chemsketch no modo Estrutura. Barra Geral: Localizada abaixo da barra de menu, inclui ferramentas que esto presente em ambos modos de trabalho e o ajudar com tarefas pertinente para ambos os modos como: abrindo e fechando arquivos operaes de recortar e colar, aumentando e diminuindo zoom, dente outros diversos comandos. Barra do ChemBasic: Localizada abaixo do Barra Geral uma barra opcional e contm diversas outras aplicaes muito teis para o trabalho no modo estrutura. Porm, essa barra de ferramenta s ir aparecer caso o mdulo ChemBasic foi instalado

Barra estrutura: A barra contm ferramentas para desenhar e manipular estruturas qumicas Barra de tomos: Exibida verticalmente esquerda da tela, contm botes que representam tomos, como tambm ferramentas para propriedades variveis de tomos (valncia, radicais, etc.). Barra de Radicais: Colocada direita da janela, contm a relao de radicais j utilizados alm do boto para acessar a tabela de radicais. rea de Trabalho: Grande rea branca localizada no meio da tela, local onde as estruturas so desenhadas. Paleta de Cores: Permitem colorir tomos e ligaes rapidamente. Barra de Status: Esta barra contm informaes que podem ser teis para o momento atual: nome do arquivo, frmula molecular etc.

O modo draw (desenho) permite ao usurio trabalhar com as diversas ferramentas de desenho para auxiliar nos diagramas e reaes que se deseja fazer com o Chemsketch. Abaixo, analisamos as barras que compem o modo.

Barra de Desenhos: Localizada a esquerda da tela, possui diversas ferramentas para desenho, desde ciclos quadrados, setas alm de inmeras outras possibilidades.

Barra de Edio: A barra de Edio permite manipular e alterar os desenhos no que diz respeito posio, tamanho, ordem, etc.

| Barra Geral |
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 c 14 15 17 16 a b

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

Cria um novo documento Insere uma pgina nova no documento Abri um documento j existente Salva documento atual Imprime (ou ctrl+p) Exporta para arquivo *.pdf Desfaz e/ou refaz ltima ao (ou ctrl+z) Apaga objeto a ser selecionado (ou del) Apaga objeto selecionado (ou del) Copia e cola (ou ctrl+c e ctrl+v)

11 Altera opes de zoom 12 Zoom pr-definidos: a 44%, b 114% e c 500% 13 Abre tabela de templates 14 Gera nome IUPAC para a estrutura 15 International Chemical Identifiers 16 Muda para visualizao em 3D 17 Procura propriedades qumicas em outros bancos virtuais

| Barra Estrutura |
21 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 22 23 24 25 26 27

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

Permite selecionar ou mover objetos Permite a rotao de 360 (em 2D) Rotao em um ambiente 3D Permite a seleo especfica Desenho de estrutura orgnica simples Desenho de estrutura ligue os pontos Desenho de estrutura zigue-zague Ligao fora do plano Ligao dentro do plano Ligao coordenada dativa Ligao indefinida e outras ligaes Gera curva de deslocalizao Marcaes Sombreadas Sinal de mais para reaes Setas para reaes

16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27

Informaes adicionais da seta da reao Informao de Reaes Mapa de tomos Chaves para polmeros Permite mudar a posio dos tomos ligados ao tomo principal Alinha molcula no horizonte, na vertical e gira a partir de uma referncia Gira a molcula para as quatro direes Template instantneo Limpa a estrutura proporcionalmente Verifica formas tautomricas Otimiza para visualizao em 3D MassSpec

| Barra de tomos |
1. Abre a tabela peridica dos elementos (ou F7) 2. Ferramentas de tomo:

3. Ferramentas de ligao:

4. Estes botes so colocados automaticamente em funo do seu uso. Os mais usados permanecem listados. 5. Permite alteraes e incluses de novos textos em qualquer lugar

6. Permite substituir um tomo ou criar um tomo com o rtulo de radical

7. Atribuies de carga e radical

8. Ferramentas diversas

| Propriedades da Molcula |
tools > calculate:

| Alterando Formatao |
Para abrir os guias de formatao basta um clique duplo em cima do tomo e/ou molcula inteira: Guia common

All mostra todos os carbonos Terminal mostra apenas os dos vrtice

Esconde nox 0 riscada estruturas inviveis

Tamanho da fonte utilizado e o comprimento da ligao Auto o programa calcula a proporcionalidade ideal

Seleo de fonte, cor padro e estilo de ligaes

Aplica as alteraes (para todos os guias) Copia formatao para aplic-la em outra

Grava as alteraes como novo padro Restaura configuraes padro do ChemSketch

Guia atom

Altera fonte, estilo e tamanho do tomo selecionado

1. Altera a formatao do tomo principal 2. Altera as configuraes do tomo de hidrognio presente na entidade qumica 3. Determina a posio, na vertical, que ficar o nmero que indica a quantidade de hidrognios na entidade qumica 4. Indica a carga da entidade qumica desenha 5. Determina a valncia do tomo selecionado 6. Permite explicitar qual istopo estamos usando na entidade qumica 7. Permite determinar a numerao e sua posio nos eixos X e Y da entidade qumica selecionada

Habilita sua visualizao

Guia bond

Permite definir a densidade das ligaes

1. Define configuraes de ligaes simples 2. Define configuraes de ligaes duplas 3. Define configuraes de ligaes triplas 4. Define configuraes de ligaes fora do plano 5. Define configuraes de ligaes dentro do plano 6. Define configuraes de ligaes coordenadas 7. Define configuraes de ligaes indefinidas

| Barra de Desenhos |
1. Permite criar linhas retas. Selecionando-a possvel abrir estes guias:

Estilo da linha Densidade da linha Cor da linha

Permite aplicar no objeto selecionado uma configurao pr-existente no ChemSketch ou uma feita pelo usurio.

Salva as configuraes feitas para serem Aplica as alteraes usadas posteriormente no objeto selecionado

Escolhe o tipo de linha

Permite definir as configuraes de cada ponta da linha Muda de lado

Permite definir densidade das linhas e/ou setas

2. Permite criar uma linha em curva, na forma de arco. 3. Permite criar uma linha utilizando curvas. 4. Permite criar uma forma de linha personalizada ser descrita mais adiante usada em conjunto com a ferramenta que

5. Permite desenharmos flechas com diversas configuraes:

Escolhe o estilo da seta Escolhe o tipo de linha Largura e altura da seta de forma manual

Permite definir as configuraes de cada ponta da linha Muda de lado

Largura da seta Altura da seta

6. Permite desenhar formar retangulares 7. Permite o desenho de retngulo com os cantos arredondados 8. Permite desenharmos uma elipse na rea de trabalho 9. Permite desenharmos formas geomtricas diversas 10. Permite a adio de texto na rea de trabalho (essa opo ativa configuraes especficas para texto na barra de edio) 11. Permite escolhermos os seguintes smbolos, da esquerda para direita: Chaves, parnteses e colchetes 12. Estes botes so utilizados para alguma descrio estilo bales de texto.

| Barra de Edio |

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1. Este boto permite ao usurio selecionar, mover e dimensionar um objeto

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2. Este boto, alm das funes de seleo e movimentao dos objetos, tem como outra funo a rotao em 2D 3. Este boto permite a edio dos ns de um objeto. Exemplo de ferramentas que criam objetos com ns so 4. Habilita a opo de editarmos alguma caixa de texto presente na rea de trabalho 5. Faz com que o objeto selecionado fique na frente dos demais objetos 6. Faz com que o objeto selecionado fique atrs dos demais objetos 7. Permite agruparmos dois ou mais objetos selecionados fazendo-os serem um s objeto

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8. Permite girar o objeto na horizontal, girando da esquerda para a direita 9. Permite girar o objeto no sentido vertical, girando do topo para o rodap 10. Permite rotacionar o objeto em ngulos fixos de 90 11. Permite alinhar o objeto a esquerda, centro ou direita respectivamente 12. Permite alinhar o objeto na parte superior, central ou inferior

| Molculas em 3D |
Alm da estrutura plana, o ChemSketch possui um mdulo de gerao e visualizao de molculas em 3D. Para criar uma visualizao 3D a partir de uma estrutura plana criada na rea de trabalho, siga os passos abaixo: 1. Desenhe a estrutura plana da molcula a qual deseja-se obter a visualizao 3D 2. Otimize as ligaes na conformao 3D clicando no boto 3. Agora voc deve selecionar a molcula e clicar no menu ACD/LABS e depois na opo 3D Viewer. Obs: Para alternar entre o modo 3D e a tela principal do ChemSketch, utilize os botes localizados na parte inferior da tela

| Barra de Manipulao 3D |

1. Este boto permite abrirmos um arquivo 3D criado no ChemSketch (extenso .s3d) 2. Permite salvarmos o documento ativo no formato de visualizao 3D 3. Representao em linhas. 4. Representao de varas. 5. Representao na forma bolas e varas 6. Representao que mostra a os espaos vazios da molcula preenchidos 7. Representao somente pontos 8. Representao na forma de discos 9. Marcado mostra os pontos da representao 3D em qualquer forma de visualizao 10. Aumenta o tamanho dos tomos

11. Diminui o tamanho dos tomos 12. Permite determinarmos a distncia entre dois tomos em (angstron)
Obs: Para determinar a distncia entre dois tomos, clique primeiramente na ferramenta e aps isso selecione dois tomos. Os tomos selecionados para a avaliao ficam, por padro, de colorao verde. A distncia informada na barra de status da tela

13. Permite Determinarmos o ngulo entre trs tomos (valor dado em deg). 14. Permite determinarmos o ngulo de toro entre os tomos 15. Otimizar a estrutura no formato 3D 16. Permite definir as cores dos tomos, ligaes e plano de fundo 17. Permite a molcula adquirir auto-rotao 18. Auto-rotao com troca de visualizaes

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