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lments de Data Mining avec Tanagra

TABLE DES MATIRES

Introduction ................................................................................................................................ 4 Logiciels de Data Mining ........................................................................................................... 5 Avertissements ........................................................................................................................... 6 Objectifs ..................................................................................................................................... 7 Data visualisation ................................................................................................................... 7 Statistics ................................................................................................................................. 7 Nonparametric statistics ......................................................................................................... 8 Instance selection ................................................................................................................... 8 Feature construction ............................................................................................................... 9 Feature selection ..................................................................................................................... 9 Regression .............................................................................................................................. 9 Factorial analysis .................................................................................................................. 10 PLS ....................................................................................................................................... 10 Clustering ............................................................................................................................. 10 SPV (Support Vector) Learning ........................................................................................... 10 Meta SPV (Support Vector) Learning .................................................................................. 11 SPV (Support Vector) Learning assessment ........................................................................ 11 Scoring ................................................................................................................................. 11 Association ........................................................................................................................... 12 Exercice 1.: Import et visualisation des donnes *.txt ............................................................. 13 Exercice 2.: Import et visualisation des donnes *.xls ............................................................. 17 Exercice 3.: Installation de l'add-in MS Excel ......................................................................... 21 Exercice 4.: Statistiques lmentaires univaries continues .................................................... 24 Exercice 5.: Statistiques lmentaires univaries discrtes ...................................................... 27 Exercice 6.: Statistiques univaries continues multiples .......................................................... 30 Exercice 7.: Test de Normalit ................................................................................................. 33 Exercice 8.: Caractrisation de groupes ................................................................................... 35 Exercice 9.: Rgression linaire simple ou multiple ................................................................ 39 Exercice 10.: Test de Normalit des rsidus de la rgression linaire ..................................... 43 Exercice 11.: Rgression linaire ascendante (Forward Entry Regression) ............................. 45 Exercice 12.: Rgression linaire descendante (Backward Entry Selection) ........................... 49 Exercice 13.: Coefficient de corrlation de Spearman (Spearman rho) ................................... 53 Exercice 14.: Rgression logistique binaire (SPV) .................................................................. 56 Exercice 15.: Lift Curve et ROC Curve (sur rgression logistique binaire) ............................ 61 Exercice 16.: Test-T homoscdatique ...................................................................................... 70 Exercice 17.: Test-T htroscdastique .................................................................................... 74 Exercice 18.: Clustering CART (arbres de rgression) ............................................................ 75 Exercice 19.: K-NN (K nearest neighbors) .............................................................................. 81 Exercice 20.: Classificaiton K-Means (nue dynamique) ........................................................ 90 Exercice 21.: Clustering ID-3 (Iterative Dichotomiser 3) ...................................................... 101 Exercice 22.: HAC (Hierarchical Ascendant Clustering) ...................................................... 105 Exercice 23.: Classification nave baysienne ....................................................................... 108 Exercice 24.: ANOVA un facteur ....................................................................................... 109 Exercice 25.: ANOVA de Friedman par les rangs ................................................................. 113 Exercice 26.: Tests de Levene et Brown-Forsythe ................................................................. 115 Exercice 27.: Analyse en Composantes Principales pure (ACP) ........................................... 119 2/145

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Exercice 28.: Analyse Factorielle sans rotation (AF) ............................................................ 127 Exercice 29.: Analyse Factorielle avec rotation VARIMAX ................................................. 131 Exercice 30.: Rgression (linaire) des moindres carrs partiels (rgression linaire PLS univarie: PLS1) ..................................................................................................................... 133 Exercice 31.: Export d'un rsultat vers MS Excel .................................................................. 136

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Introduction
TANAGRA est un logiciel gratuit d'exploration de donnes (DataMining) destin l'enseignement et la recherche et l'enseignement cr en 2003. Il implmente une srie de mthodes de fouille de donnes issues du domaine de la statistique exploratoire, de l'analyse de donnes, de l'apprentissage automatique et des bases de donnes. Par rapport ses concurrents TANAGRA a selon moi quatre avantages majeurs: 1. L'interface est extrmement simple et sobre et ncessite quasiment zro effort pour comprendre la logique. 2. Les mthodes statistiques et leurs rsultats respectifs sont clairement nomms selon l'usage par les spcialistes de la statistique. 3. La documentation est bien fournie aussi bien en anglais qu'en franais avec des annexes accessibles ceux qui ont des connaissances universitaires en mathmatiques. 4. La rapidit de traitement d'une grosse masse de donnes qui en terme de performance vaut largement la concurrence gratuite (KNIME, Orange, R, RapidMiner, SIPINA, WEKA) ou payant (Oracle, MS SQL Server, SPSS, Statistica) d'aprs les tests effectus par l'auteur du logiciel (le logiciel est sobre et cod selon les rgles de l'art ce qui accapare moins de mmoire). 5. Sa gratuit et le fait que le code source soit disponible tous. C'est un projet ouvert au sens qu'il est possible tout chercheur d'accder au code, d'ajouter ses propres algorithmes et de diffuser, toujours gratuitement, le logiciel modifi. Tanagra est diffus depuis dcembre 2003. Il est compil pour la plate-forme WIN32 mais il est possible de le faire fonctionner sous d'autres systmes (par ex. avec WINE sous linux).
Prcisions sur la licence de TANAGRA (voir le dtail de la licence lors de l'installation). Le logiciel TANAGRA est dvelopp titre personnel par Ricco Rakotomalala. Il en a la proprit exclusive. Un logiciel est une oeuvre de l'esprit au sens du code de la proprit intellectuelle (Article L.112-2), exactement comme les ouvrages. Ricco Rakotomalala s'engage rendre la version complte de TANAGRA indfiniment gratuite sans aucune restriction. Le code source sera toujours librement accessible en ligne. Si une entit quelconque introduit des contraintes quant l'accs au logiciel (ex. ncessit de s'enregistrer pour tlcharger ; versions volontairement brides avec des promesses de fonctionnalits tendues sur une variante amliore payante ; code source non publi ; incorporation dans un package commercial ; ou que sais-je encore...), vous tes face une distribution illicite.

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L'utilisation du logiciel est totalement libre, dans quelque contexte que ce soit, y compris dans le cadre d'une activit commerciale. Si vous souhaitez citer TANAGRA dans vos travaux de recherche, voici la rfrence utiliser : Ricco Rakotomalala, "TANAGRA : un logiciel gratuit pour l'enseignement et la recherche", in Actes de EGC'2005, RNTI-E-3, vol. 2, pp.697-702, 2005.

Logiciels de Data Mining

Tanagra est certes trs complet pour la majorit des besoins mais il ne peut convenir cependant qu' des situations o: 1. il n'est pas ncessaire d'avoir des rsultats en temps rel sur des serveurs de bases de donnes 2. l'utilisation de scripts d'automatisation de post ou prtraitement n'est pas ncessaire (pas de macros par exemple) 3. Il n'y pas de support technique pour rpondre aux questions (du moins ma connaissance) et c'est aussi le cas pour d'autres logiciels gratuits de Data Mining comme S-Plus de Insight, Alice de Isoft, Predic de Neuralware, R (version gratuite de S-Plus), Weka et RapidMiner (sauf changement entre le moment o ces lignes ont t crites et le moment o vous les lisez). Cependant en matire de quantits de techniques, d'ergonomie et de rapidit d'enseignement, Tanagra est selon mon exprience personnelle loin devant pour l'enseignement en entreprise et l'universit. Sinon, pour avoir test sur un jeu d'un peu plus de 1.1 million de donnes que j'utilise dans le cade des mes formations (traitements effectus souvent en moins de dix secondes), nous pouvons trs probablement sans problmes utiliser Tanagra pour faire des analyses sur des bases de donnes de l'ordre de la dizaine de millions de donnes (par extrapolation au pouce...). Sinon, les logiciels payants les plus connus en ce tout dbut de 21me sicle seraient: SPSS Clementine, SAS Enterpise Miner, Statistica Data Miner, S-Plus Insightful Miner, Matlab et KXen ou RapidMiner si l'on fait appel aux services de consulting et de dploiement + installation.

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Avertissements
Le but de ce support a pour but de mettre en pratique les dmonstrations mathmatiques thoriques effectues lors des cours de statistiques et de mthodes numriques. Le contenu du prsent support est labor par un processus de dveloppement par lequel des experts de la gestion de projets parviennent un consensus. Ce processus qui rassemble des participants bnvoles recherche galement les points de vue de personnes intresses par le sujet de cet ouvrage. En tant que responsable du prsent support, j'assure l'administration du processus et je fixe les rgles qui permettent de promouvoir l'quit dans l'approche d'un consensus. Je me charge galement de rdiger les textes, parfois de les tester/valuer ou de vrifier indpendamment l'exactitude/solidit ou l'exhaustivit des informations prsentes. Je dcline toute responsabilit en cas de dommages corporels, matriels ou autres de quelque nature que ce soit, particuliers, indirects, accessoires ou compensatoires, rsultant de la publication, de l'application ou de la confiance accorde au contenu du prsent support. Je n'mets aucune garantie expresse ou implicite quant l'exactitude ou l'exhaustivit de toute information publie dans le prsent support, et ne garantit aucunement que les informations contenues dans cet ouvrage satisfassent un quelconque objectif ou besoin spcifique du lecteur. Je ne garantis pas non plus les performances de produits ou de services d'un fabricant ou d'un vendeur par la seule vertu du contenu du prsent support. En publiant des textes, il n'est pas dans l'intention principale du prsent support de fournir des services de spcialistes ou autres au nom de toute personne physique ou morale ni pour mon compte, ni d'effectuer toute tche devant tre accomplie par toute personne physique ou morale au bnfice d'un tiers. Toute personne utilisant le prsent support devrait s'appuyer sur son propre jugement indpendant ou, lorsque cela s'avre appropri, faire appel aux conseils d'un spcialiste comptent afin de dterminer comment exercer une prudence raisonnable en toute circonstance. Les informations et les normes concernant le sujet couvert par le prsent support peuvent tre disponibles auprs d'autres sources que le lecteur pourra souhaiter consulter en qute de points de vue ou d'informations supplmentaires qui ne seraient pas couverts par le contenu du prsent site Internet. Je ne dispose (malheureusement...) d'aucun pouvoir dans le but de faire respecter la conformit au contenu du prsent ouvrage, et je ne m'engage nullement surveiller ni faire respecter une telle conformit. Je n'exerce ( ce jour...) aucune activit de certification, de test ni d'inspection de produits, de conceptions ou d'installations fins de sant ou de scurit des personnes et des biens. Toute certification ou autre dclaration de conformit en matire d'informations ayant trait la sant ou la scurit des personnes et des biens, mentionne dans le prsent support, ne peut aucunement tre attribue au contenu du prsent support et demeure sous l'unique responsabilit de l'organisme de certification ou du dclarant concern. Vincent ISOZ 6/145

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Objectifs
J'ai tent de mettre les exemples dans l'ordre de difficult croissant et j'espre avoir atteint cet objectif pdagogique. Les premiers exemples sont vraiment lmentaires (ils ne dpassent pas le niveau du BAC) et faisables avec un simple tableur mais ils permettent au moins de se faire la main sur les manipulations courantes du logiciel. Actuellement seulement 9 composants de Data Mining sur les 180 disponibles dans le logiciel sont prsents dans ce support (sachant que 170 sont vraiment des techniques de fouilles de donnes). Je rdige un exemple peu tous les 3 mois... depuis le 30 Avril 2011 sachant que je me limite prsenter uniquement les techniques pour lesquelles la dmonstration mathmatique dtaille et pdagogique (soit une trentaine ce jour) se trouve sur dj sur mon site www.sciences.ch (ou que j'ai dj rdige mais pas encore eu le temps de publier en ligne sur le site). Bien videmment, si des lecteurs (tudiants / professeurs / passionns) veulement m'aider rdiger les dmonstrations mathmatiques... toute contribution/aide est la bienvenue pour complter les dmonstrations mathmatiques dtailles manquantes! Voici ci-dessous la liste des techniques et composants disponibles sur Tanagra. Celles qui sont prcdes d'un ont t tudies dans les dtails dans le cours thorique et elles sont (ou seront) dtailles dans le prsent support (pour les autres, il me manque les dmonstrations mathmatiques un niveau de rigueur pouvant tre considr comme satisfaisant): Data visualisation Statistics

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Nonparametric statistics

(Fisher-Yates-Terry-Hoeffding)

Instance selection

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Feature construction (Minimum Description Length Principle Cut) Feature selection (Correlation Feature Selection) (Fast Correlation Based Filter)

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(Nonlinear Iterative Partial Least Squares)

PLS (Partial Least Squares Confidence) (excute PLS Factorial et le PLS Regression en mme temps) Clustering (Clustering Tree Post-prunning) (Expectation-Maximization clustering) (Hierarchical Clustering)

TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) (Cost Sensitive Missclassification Cost Matrix)

(K Nearest Neighbor)

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Exercice 1.: Import et visualisation des donnes *.txt

Tanagra V1.4.36 A partir du fichier texte suivant se trouvant dans votre dossier d'exercice:

Contenant des donnes spares par des tabulations (Tanagra impose les tabulations!):

Effectuez les oprations ncessaires pour visualisez les donnes contenues dans ce fichier directement depuis Tanagra. Ouvrons Tanagra: Vincent ISOZ 13/145

Validez par OK et vous aurez alors:

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Puis entrez un nom pour le diagramme (par exemple VisualisationDonnees) ensuite un nom et un chemin pour le fichier Tanagra (*.tdm: Tanagra Diagram) et enfin allez cherchez la source de donnes dans le champ Dataset comme visible sur la capture ci-dessus.

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Depuis la catgorie des composants Components se trouvant dans la partie infrieure du logiciel, glissez l'oprateur nomm View dataset de la catgorie Data visualization:

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et cliquez sur Execute. Refaites la mme manipulation ensuite puis cliquez sur View. Vous aurez alors un visuel des donnes du fichier:

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Exercice 2.: Import et visualisation des donnes *.xls

Tanagra V1.4.36 A partir du fichier texte suivant se trouvant dans votre dossier d'exercice:

Ouvrons Tanagra:

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Validez par OK et vous aurez alors:

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Puis entrez un nom pour le diagramme (par exemple VisualisationDonnees) ensuite un nom et un chemin pour le fichier Tanagra (*.tdm: Tanagra Diagram) et enfin allez cherchez la source de donnes dans le champ Dataset comme visible sur la capture ci-dessus.

TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Depuis la catgorie des composants Components se trouvant dans la partie infrieure du logiciel, glissez l'oprateur nomm View dataset de la catgorie Data visualization:

Ensuite faites un clic droit sur l'oprateur View dataset 1:

et cliquez sur Execute. Refaites la mme manipulation ensuite puis cliquez sur View. Vous aurez alors un visuel des donnes du fichier:

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Exercice 3.: Installation de l'add-in MS Excel

Tanagra V1.4.36 La macro complmentaire ( addin en anglais) tanagra.xla participe grandement la diffusion du logiciel Tanagra. Le principe est simple, il sagit dintgrer un menu Tanagra dans Excel. Ainsi lutilisateur peut lancer les calculs statistiques sans avoir quitter le tableur. Pour simple quelle soit, cette fonctionnalit facilite le travail du data miner. Le tableur est un des outils les plus utiliss pour la prparation des donnes. Nous ouvrons dans MS Excel 2010 pour aller faire un clic droit sur les rubans et en slectionnant dans le menu contextuel qui apparat l'option Personnaliser la barre d'outils Accs rapide:

Dans la bote de dialogue qui apparat, nous cliquons sur la partie gauche sur Complments et sur la partie droite sur Atteindre:

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Viens alors la bote de dialogue des Macros complmentaires. Il faut cliquer sur le bouton Parcourir et allez chercher Tanagra.xla sur le chemin C:\Programmes\Tangra. Il faut ensuite valider trois fois par OK pour voir l'add-in Tanagra apparatre dans le ruban Complments:

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et nous slectionnons la plage du tableau. Nous validons par OK ce qui va faire ouvrir Tanagra avec le datamart charg:

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Exercice 4.: Statistiques lmentaires univaries continues

Tanagra V1.4.36 Toujours partir du mme fichier Ventes.xls nous souhaiterions gnrer de petites statistiques univaries continues lmentaires. Pour cela nous rajoutons d'abord un slecteur Define status de l'onglet Feature Selection ou de la barre de menu du logiciel (cela dpend de la version...):

Ce qui nous donne:

Nous faisons un clic droit sur cet slecteur pour aller dans les paramtres:

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o nous avons slectionn la variable continue (d'o le C en bleu l'oppos des variables discrtes) et nous validons par OK. Ensuite nous rajoutons un oprateur Univariate continuous stat de l'onglet Statistics:

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Exercice 5.: Statistiques lmentaires univaries discrtes

Tanagra V1.4.36 Toujours partir du mme fichier Ventes.xls nous souhaiterions gnrer de petites statistiques univaries continues discrtes. Pour cela nous rajoutons encore un slecteur Define status de l'onglet Feature Selection afin d'obtenir:

et nous allons dans ses paramtres pour choisir la variable discrte Facture Paye:

Nous validons par OK. Ensuite nous rajoutons un oprateur Univariate discrete stat de l'onglet Statistics:

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Pour avoir:

C'est suffisamment simple aussi pour ne ncessiter aucune explication particulire.

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Concernant l'indice de Gini, nous avons dj tudi comme calculer ce dernier dans le cours de statistiques thorique sur plusieurs pages (que je ne souhaite pas reproduire ici).

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Exercice 6.: Statistiques univaries continues multiples

Tanagra V1.4.36 Avoir un peu plus d'indicateurs statistiques concernant la colonne Prix total avec rabais de notre fichier Ventes.txt. Nous repartons de la configuration suivante:
Dataset (Ventes.txt) View dataset 1 Define status 1 Univariate continuous stat 1 Define status 2 Univariate discrete stat 1 Define status 3 Group characterization 1

et nous allons ajouter Prix total avec rabais dans l'Input:

Pour y ajouter un autre slecteur Define status et nous ajoutons l'oprateur More Univariate cont stat de l'onglet Statistics:

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Exercice 7.: Test de Normalit

Tanagra V1.4.36 Pour le test de normalit (cas particulier d'application des tests de Shapiro-Wilk et d'Anderson-Darling dmontr en cours), nous allons utiliser un chantillon de donnes diffrents car Tanagra, au mme titre que certains autres logiciels de statistiques, refuse d'excuter la statistique lorsqu'il y a moins de 8 individus. Nous allons donc nous baser sur l'chantillon suivant et le lecteur pourra vrifier si cela correspond bien videmment par luimme si cela correspond aux calculs faits la main pendant le cours thorique (ce qui bien videmment est le cas!):

Nous souhaitons donc comparer si ces donnes suivent une loi Normale d'esprance et carttype estim sur l'chantillon. Pour cela, nous chargeons bien videmment le fichier *.xls comme dj vu plusieurs fois plus haut et nous avons alors:

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pour avoir au final:

et donc outre le test d'Agostino et de Lilliefors que nous n'avons pas dmontr en cours, nous retrouvons bien les valeurs pour les tests de Shapiro-Wilk ou d'Anderson-Darling.

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Exercice 8.: Caractrisation de groupes

Tanagra V1.4.36 Toujours partir du mme fichier Ventes.xls nous souhaiterions caractriser la population partir de l'tat des factures payes. Pour cela nous rajoutons encore un slecteur Define status de l'onglet Feature Selection afin d'obtenir:
Dataset (Ventes.txt) View dataset 1 Define status 1 Univariate continuous stat 1 Define status 2 Univariate discrete stat 1 Define status 3

et nous allons mettre des variables Input en entre qui nous sembleraient tre subjectivement facteurs d'influence des factures payes ou non:

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Nous validons par OK. Nous y ajoutons un oprateur du type Group characterization depuis l'onglet Statistics:

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pour avoir:
Dataset (Ventes.txt) View dataset 1 Define status 1 Univariate continuous stat 1 Define status 2 Univariate discrete stat 1 Define status 3 Group characterization 1

et enfin nous excutons cet oprteur et affichons les rsultats comme prcdemment:

Nous observons donc qu'en moyenne, le prix total avec rabais est moins lv (16'546.60) pour ceux qui payent les factures que pour ceux qui ne les paient pas. Il en est de mme pour les quantits. Le rsultat est peu surprenant

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Concernant la Test value (TV), il s'agit d'un indicateur permettant de comparer pour une variable continue la moyenne et pour une variable discrte la proportion. Dans le cas d'une variable continue cette valeur provient simplement d'un test Z de la moyenne:

overall overall
n

Mais avec le facteur de correctiond la population dmontr en cours, ce qui fait que la dernire relation devient:

overall groupe overall groupe overall N n overall fcp

n N 1 n

Dans le cas d'un variable discrte, le test se fait sur la base des proportions vues aussi dans le cours thorique:

p p 1 p p n

et encore une fois avec le facteur de correction:

p p N n N 1 1 p p n

Si au lieu de travailler avec les proportions, nous voulons travailler avec le comptage, un simple transformation nous amne :

p p N n N 1 1 p p n

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Exercice 9.: Rgression linaire simple ou multiple

Tanagra V1.4.38 Nous allons prendre ce fichier qui MS Excel qui nous est connu mais qu'il a fallu restructurer pour Tanagra (voir cours sur MS Excel):

contenant:

Nous l'importons dans Tanagra en utilisant la mme procdure que les exercices prcdents:

Nous y ajoutons un slecteur de type Define status comme pour les exemples prcdents:

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Pour obtenir:

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Nous obtenons donc toutes les valeurs vues dans le cours thorique.

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Exercice 10.: Test de Normalit des rsidus de la rgression linaire

Tanagra V1.4.48 Nous allons reprendre les mmes donnes que l'exemple sur la rgression linaire simple ou multiple prcdemment:

Mais nous allons rajout le slecteur Define Status:

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Et dans les paramtres, nous allons mettre en tant que Input la variable cre par le composant Multiple linear regression et qui est Err_Pred_Imreg_1:

et nous obtenons en l'excutant:

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Nous ne rejettons donc pas l'hypothse nulle comme quoi les rsidus sont normalement distribus.

Exercice 11.: Rgression linaire ascendante (Forward Entry Regression)

Tanagra V1.4.38 Nous allons reprendre les mmes donnes que l'exemple sur la rgression linaire simple ou multiple prcdemment:

pour effectuer une rgression linaire ascendante (Forward Entry Selection) et comparer les rsultats par rapport ceux obtenus la mains dans MS Excel et ceux obtenus aussi dans Minitab 15 dans le cours thorique. Nous y ajoutons un slecteur de type Define status comme pour les exemples prcdents:

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Ajoutons ensuite l'oprateur Forward Entry Regression du groupe Regression:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Nous pouvons dans les paramtres de cet oprateur (comme pour Minitab) donner le niveau de seuil de rejet des coefficients que nous allons laisser 5%:

En excutant cet oprateur nous voyons que nous retrouvons bien que les coefficient C et B comme pour les calculs faits dans MS Excel et avec Minitab mais la diffrence que nous avons certaines informations en plus qui sont fort sympathiques d'abord dans le premier onglet Report:

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et dans le deuxime onglet nous avons la matrice d'information (pourquoi pas...): Vincent ISOZ 48/145

Exercice 12.: Rgression linaire descendante (Backward Entry Selection)

Tanagra V1.4.38 Nous allons reprendre les mmes donnes que prcdemment:

pour effectuer une rgression linaire descendante (Backward Entry Selection) et comparer les rsultats par rapport ceux obtenus la mains dans MS Excel et ceux obtenus aussi dans Minitab 15 dans le cours thorique. Nous y ajoutons un slecteur de type Define status comme pour les exemples prcdents:

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Ajoutons ensuite l'oprateur Backward Elimination Reg du groupe Regression:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Nous pouvons dans les paramtres de cet oprateur (comme pour Minitab) donner le niveau de seuil de rejet des coefficients que nous allons laisser 5%:

En excutant cet oprateur nous voyons que nous retrouvons bien que les coefficient C et B comme pour les calculs faits dans MS Excel et avec Minitab mais la diffrence que nous avons certaines informations en plus qui sont fort sympathiques d'abord dans le premier onglet Report:

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et dans le deuxime onglet nous avons encore une fois la matrice d'information: Vincent ISOZ 52/145

Exercice 13.: Coefficient de corrlation de Spearman (Spearman rho)

Tanagra V1.4.48 Nous allons partir ici des mmes donnes que celles utilises dans le cours thorique pour encore une fois vrifier que nous retombons sur la mme chose ou pas:

et nous lui mettons le slecteur Define Status:

avec en Input le champ X (en ralit peut importe lequel comme nous l'avons vu dans le cours thorique):

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Ce qui outre le test t que nous n'avons pas dmontr dans le cours thorique, est parfaitement conforme aux calculs faits la main.

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Exercice 14.: Rgression logistique binaire (SPV)

Tanagra V1.4.44 Ici encore nous allons vrifier si les calculs faits la main lors de la dmonstration du principe de la rgression logistique correspondent avec MS Excel et Minitab. Nous partons donc de la liste des crdits suivante de 137 lignes (fichier RegressionLogistique.xls):

Nous l'importons dans Tanagra comme l'habitude et y mettons un slecteur Define status:

Dans les paramtres de celui-ci nous mettons le champ Status en Target (qui doit absolument tre une variable discrte binaire textuelle): Vincent ISOZ 56/145

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et le Montant en Input:

N'oubliez pas d'excuter ce composant! Ensuite nous rajoutons l'oprateur Binary logistic regression du groupe Spv:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) sans y changer les paramtres du composant nous l'excutons de suite:

Il vient alors aprs avoir fait un View aprs l'excution (les informations sont plus pertinentes que celles renvoyes par Minitab):

Avant d'aller plus loin nous voyons dans la matrice de confusion que sur les 91 bon dbiteurs (correspondant ici au statut: Non) qu'il y avait dans la liste d'origine, le modle en prdit 19 comme tant mauvais dbiteurs et 72 comme tant bons. La mme lecture est valable pour les 45 mauvais dbiteurs. Si videmment le modle tait parfait, la matrice de confusion serait diagonale. Continuons avec les captures d'cran de l'onglet Report:

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Ici il n'y a pas grand chose dire puisque nous n'avons pas encore tudi ces indicateurs dans le cours thorique mais celui du khi-2 est cependant un classique dont l'interprtation ne souffre d'aucun doute sur la conclusion du modle. Enfin, toujours dans le mme onglet Report et pour finir:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Nous voyons que contrairement Minitab et Excel les signes des coefficients sont inverss mais c'est juste une convention dans le choix de distribuer les signe "-" prsent dans l'exponentielle du modle logistique l'intrieur de la parenthse. Et nous avons dans le deuxime onglet la Covariance matrix:

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Exercice 15.: Lift Curve et ROC Curve (sur rgression logistique binaire)
Tanagra V1.4.44 Le but va tre ici de vrifier que nous retrouvons la mme forme de Lift Curve et ROC Curve (Receiver Operating Characteristic) que celles obtenues la main avec MS Excel dans le cours thorique pour la rgression logistique (mais le principe est toujours le mme). Pour cela nous ajoutons d'abord le composant Scoring du groupe Scoring:

Afin d'avoir:

et dans les paramtres de ce composant:

nous disons que nous allons nous intresser aux dbiteurs risque:

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Une fois ceci fait, il ne sert rien dans l'tat prsent. Il faut lui ajouter un slecteur Define satut:

nous prenons:

et nous affichons le contenu:

Pour obtenir un rapport en deux onglets dont le premier contient: Vincent ISOZ 64/145

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et le deuxime onglet contient simplement un trac de la colonne TP-Rate (TP=True Positive) en fonction de la Target-Size: Vincent ISOZ 65/145

TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Nous pouvons observer qu'aussi bien le TP-Rate que la courbe Lift sont errones par rapport au calcul la main et Minitab+SPSS! Aprs tude du code source de Tanagra de ma part il semblait qu'il y ait une erreur de codage car ce que fait ci-dessus Tanagra c'est qu'il ne nous montre que des multiples du ratio 1/45. Je pense que cette erreur vient du fait qu' la base le dveloppeur n'a peut-tre pas pens que l'on pourrait avoir des trs nombreux doublons dans la population d'origine. Donc pour l'instant utilisez Minitab/SPSS ou autre... Enfin, nous rajoutons le composant Roc curve du groupe Scoring:

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et le deuxime onglet:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Nous pouvons observer qu'aussi bien le TP-Rate que le FP-Rate que la courbe ROC sont errones par rapport au calcul la main et Minitab+SPSS! Aprs tude du code source de Tanagra de ma part il semblait qu'il y ait une erreur de codage car ce que fait cidessus Tanagra c'est qu'il ne nous montre encore une fois que des multiples du ratio 1/45. Je pense que cette erreur vient du fait qu' la base le dveloppeur n'a peut-tre pas pens que l'on pourrait avoir des trs nombreux doublons dans la population d'origine. Donc pour l'instant utilisez Minitab/SPSS ou autre...

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Exercice 16.: Test-T homoscdatique

Tanagra V1.4.44 Nous allons ici vrifier si nous retombons sur le mme rsultat que celui obtenu en cours lors de l'tude thorique et la dmonstration mathmatique du test-t de comparaison des moyennes deux chantillons non apparis. Nous allons travailler avec le tableau contenant les donnes du cours thorique:

que nous allons devoir redisposer de la manire suivant pour Tanagra (ce qui est la structure conforme du Data Mining):

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Nous voyons que les sorties correspondent ce que nous avons calcul dans le cours thorique. Il manque cependant l'intervalle de confiance qui est important dans la pratique. C'est dommage...

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Exercice 17.: Test-T htroscdastique

Tanagra V1.4.44 Nous continuons l'exemple d'avant en ajoutant l'oprateur T-Test Unequal Variance:

et nous affichons le rsultat:

L encore il manque l'intervalle de confiance mais ce qui est sympathique que les d.f. ne sont pas arrondis et que nous tombons exactement sur les degrs de liberts obtenus avec l'quation de WelchSatterthwaite dmontre en cours.

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Exercice 18.: Clustering CART (arbres de rgression)

Tanagra V1.4.38 Nous allons ici vrifier si nous retombons sur le mme rsultat que celui obtenu en cours lors de l'tude thorique et la dmonstration mathmatique du principe de fonctionnement des arbres de rgression. Nous allons travailler avec le fichier suivant:

qui contient les mmes donnes que celles vues dans le cours thorique:

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Nous l'importons dans Tanagra en utilisant la mme procdure que les exercices prcdents:

TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Nous y ajoutons un slecteur de type Define status comme pour les exemples prcdents:

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ce qui donnera:

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et on admire le rsultat dans la fentre de sortie:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Nous voyons que nous obtenons la mme chose que dans le cours thorique la diffrence que l'arbre s'arrte plus tt.

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Exercice 19.: K-NN (K nearest neighbors)

Tanagra V1.4.48 Nous avons vu en cours l'approche des k plus proches voisins. Nous allons appliquer ici ce qui a t prsent en cours avec le fichier Excel des fleurs d'Iris

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avec en Target:

et en Input:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Ensuite nous rajoutons le slecteur Select first examples du groupe Instance selection:

et dans les paramtres du slecteur:

Nous prenons les 60 premires lignes du fichier comme donnes d'entranement (choix un peu arbitraire):

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Nous excutons l'oprateur et nous avons alors:

Nous voyons que le classificateur est trs bon. Pour avoir le dtail, nous ajoutons l'oprateur View Data Set du groupe Data visualization:

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et nous l'excutons pour avoir les dtails des prdictions (nous avons mis en vidence l'un deux ceux qui est mal prdit):

Maintenant injectons pour y mettre un jeu de test, nous remettons un oprateur de slection Define Status:

avec en Target:

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et en Input:

Ensuite, nous rajoutons l'oprateur Test du groupe Spv learning assessment (nous aurions pu faire la mme chose pour la rgression logistique mais ayant l'quation explicite c'tait moins utile alors que l c'est trs utile!):

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Nous prenons Unselected ce qui prendra les 150-60=90 donnes restantes. Et nous excutons pour obtenir:

Et nous rajoutons un composant View Dataset pour voir comment les donnes de test (ou donnes nouvelles) sont classes:

Nous pouvons aussi rajouter un oprateur Train Test du groupe Spv learning assessment:

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Exercice 20.: Classificaiton K-Means (nue dynamique)

Tanagra V1.4.44 Nous allons ici vrifier la technique de clustering que nous avons tudi dans le cours thorique de Mthodes Numriques avec MS Excel et Minitab pour voir si nous retrouvons les mmes rsultats. D'abord ouvrez le fichier:

pour vrifier qu'il contient bien les donnes utilises lors du cours thorique:

Ensuite, nous ouvrons Tanagra et cration un nouveau projet bas sur ce fichier MS Excel: Vincent ISOZ 90/145

TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Ce qui donnera:

Nous voulons faire un K-Means sur les revenus et la Surface donc nous prenons le slecteur Define status o nous mettons en Input les deux variables clusteriser:

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Et nous retrouvons bien les rsultats obtenus avec MS Excel et Minitab. Cependant nous souhaiterions un peu plus de dtails avec Minitab. Pour cela, nous rajoutons un composant View dataset que nous excutons et visualisons:

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Nous avons alors sur la droite exactement le mme tableau que celui obtenu avec MS Excel ou Minitab pour montrer quels individus appartiennent quel Cluster. Maintenant regardons les caractristiques de groupes (c'est partir de Maintenant que le logiciel est bien plus efficace que les autres). Nous ajoutons un composant Define status avec en Target les clusters:

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Au vu des rsultats, nous nous rendons compte qu'il aurait t peut-tre plus malin de laisser la colonne Propritaire dans le fichier d'origine afin d'avoir une caractrisation utilisant ce group pouvant peut-tre aider la conclusion... Pour finir, ajoutons un oprateur Scatterplot:

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et nous voyons bien comment sont composs les 3 clusters. Si jamais pour grossir les points il faut aller dans le menu Component:

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Exercice 21.: Clustering ID-3 (Iterative Dichotomiser 3)

Tanagra V1.4.48 Nous allons ici vrifier la technique de clustering ID-3 que nous avons tudi dans le cours thorique de Mthodes Numriques et calcul la main. Nous allons donc travailler avec le fichier suivant et donc avec les mmes donnes que dans le cours thorique:

Nous importons cette liste comme l'habitude dans Tanagra (la mthode tant toujours la mme). Nous mettons le slecteur Define status:

avec comme Target la colonne Formes (car c'est ce que nous voulons deviner):

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et comme Input les trois autres champs (peut importe l'ordre d'insertion):

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pour mettre:

Ensuite, nous excutons le composant en cliquant sur Excecute comme l'habitude:

et en faisons un View:

Pour obtenir exactement les rsultats correspondant ceux calculs la main: 103/145

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Dommage qu'il n'y ait pas de diagramme cependant... cela aiderait la comprhension.

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Exercice 22.: HAC (Hierarchical Ascendant Clustering)

Tanagra V1.4.48 Nous allons ici vrifier la technique de clustering HAC que nous avons tudi dans le cours thorique de Mthodes Numriques et calcul la main. Nous partons de la liste suivante:

Nous l'importons dans Tanagra comme l'habitude et lui ajoutons le slecteur Define status:

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Et nous excutons le composant pour avoir:

Nous cliquons sur l'onglet Dendrogram et apparat alors le mme diagramme que celui obtenu avec les calculs manuels l'exception des valeurs de l'axe vertical (la diffrence venant juste d'une convention):

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Si l'on reste appuy avec le bouton gauche de la souris sur chaque point, nous retrouvons les nom des lignes de la liste d'origine.

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Exercice 23.: Classification nave baysienne

Tanagra V1.4.48 Comme dans le cours thorique, nous partons des donnes suivantes:

Exceptionnellement nous allons faire l'analyse avec RapidMiner car la sortie de Tanagra n'est pas agrable du tout et l'interprtation pour l'usage pratique peu adapte. Donc nous ouvrons RapidMiner:

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Exercice 24.: ANOVA un facteur

Tanagra V1.4.36 Nous allons prendre ce fichier qui MS Excel qui nous est connu mais qu'il a fallu restructurer pour Tanagra (voir cours sur MS Excel):

contenant:

Nous l'importons dans Tanagra en utilisant la mme procdure que les exercices prcdents:

Nous y ajoutons un slecteur de type Define status comme pour les exemples prcdents: 109/145

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Dataset (ANOVA.xls) Define status 1

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afin d'avoir:
Dataset (ANOVA.xls) Define status 1 One-way ANOVA 1

et on excute et affichons le rsultats comme dans les exemples prcdents pour avoir au final:

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Nous retrouvons exactement les mmes chiffres que dans les autres cours donc il nous avons les mmes conclusions.

Exercice 25.: ANOVA de Friedman par les rangs

Tanagra V1.4.48 nouveau le but ici va tre de vrifier (comparer) les calculs faits la main dans le cours thorique ainsi qu'avec Minitab 15. D'abord, nous partons du fichier Excel suivant pour Tanagra (remarquez la structure particulire par rapport la prsentation utilise dans le cours thorique et Minitab):

Nous importons comme l'habitude dans Tanagra et mettons le slecteur Define Status:

et dans les paramtres nous mettons uniquement tous les champs en Input:

Ensuite, nous ajoutons le composant Friedman's ANOVA by rank sans rien changer ni paramtrer: 113/145

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Nous excutons le tout et obtenons:

Soit les mmes valeurs que dans le cours thorique et dans Minitab15.

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Exercice 26.: Tests de Levene et Brown-Forsythe

Tanagra V1.4.36 Nous allons ici vrifier si nous retombons sur le mme rsultat que celui obtenu en cours lors de l'tude thorique et la dmonstration mathmatique des tests de Levene et de BrownForsythe. Nous allons prendre ce fichier qui MS Excel qui nous est connu mais qu'il a fallu restructurer pour Tanagra (voir cours sur MS Excel):

contenant:

Nous l'importons dans Tanagra en utilisant la mme procdure que les exercices prcdents:

Nous y ajoutons un slecteur de type Define status comme pour les exemples prcdents:
Dataset (ANOVA.xls) Define status 1

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et la variable de classement dans Input:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Ensuite, nous ajoutons l'oprateur Levene's test du groupe Statistics et la visualisons:

pour obtenir:

Nous obtenons la mme chose que les calculs faits la main! Et pour Brown-Forsythe nous effectuons pareil en ajoutant l'oprateur Brown-Forsythe's test:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Soit le mmes rsultats que ceux faits la main et dans Minitab (mais avec moins de dtails: sans les IC).

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Exercice 27.: Analyse en Composantes Principales pure (ACP)

Tanagra V1.4.48 Le but va tre ici de vrifier si nous retrouvons nouveau les calculs fait la main suite la dmonstration mathmatique des concepts thoriques sous-jacents l'A.C.P. Donc nous allons prendre aussi les donnes d'Iris de Fisher:

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Ensuite, nous ajoutons l'oprateur Principal Component Analysis du groupe Factorial Analysis:

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et nous excutons le composant pour avoir pour avoir:

Donc nous retrouvons bien la trace de valeur 3.00 et la moyenne de 1.00. Ensuite pour la suite Tanagra donne:

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La aussi nous retrouvons les donnes calcules la main. La suite donne par Tanagra:

n'a pas t tudie en cours (excepte la valeur numrique des trois valeurs propres bien videmment!). Ensuite Tanagra donne les saturations et les score de ce qui est normalement sujet de l'Analyse Factorielle sans rotation. Nous reviendrons l-dessus avec l'exemple que nous avions tudi dans le cours thorique pour l'Analyse Factorielle:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Ensuite Tanagra donne la matrice des corrlations que nous avions calcule (bien videmment obligatoirement) dans le cours thorique avec les mmes valeurs:

Ensuite Tanagra donne les corrlations partielles (mais cela n'est normalement pas directement lie l'A.C.P.). donc nous ne l'avions pas calcul dans le cours thorique, nous le mettrons donc de ct:

et il vient automatiquement les deux tracs triviaux suivants qui sont donns par Tanagra:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Il est possible d'accder directement aux donnes calcules, c'est--dire les projections dans le nouvel espace (calcul laborieux que nous n'avons pas fait dans le cours thorique). En effet, le composant ACP rajoute automatiquement une srie de variables l'ensemble de donnes. Il s'agit, pour chaque individu et pour chaque axe demand, des projections sur les axes, des contributions et des cos. Pour visualiser le tableau de donnes associ, nous plaons dans le diagramme le composant View Dataset du groupe Data visualization

et nous double cliquons dessus pour obtenir:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) La popularit de l'ACP repose en grande partie sur les reprsentations graphiques qu'elle propose. Elles nous permettent d'apprcier visuellement les proximits entre les observations. Dans notre cas, nous projetons les observations dans le premier plan factoriel. Nous voulons associer les identifiants aux points. Nous utilisons pour cela le composant SCATTERPLOT WITH LABEL (onglet DATA VISUALIZATION) que nous plaons en dessous de l'ACP. Nous le paramtrons de manire avoir en abscisse le premier facteur, en ordonne le second facteur.

Notons qu'il est trs ais avec Tanagra de passer d'un plan factoriel un autre:

Il est possible de modifier la taille des tiquettes avec les raccourcis CTRL+Q et CTRL+W. Nous voyons que nous retrouvons la mme forme de graphique au niveau visuel que celle obtenue dans le cours thorique mais les donnes ne sont pas centres rduites (du moins a priori). Le graphique a cependant exactement les mmes valeurs que celui sorti par le logiciel Minitab.

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Exercice 28.: Analyse Factorielle sans rotation (AF)

Tanagra V1.4.49 Voyons donc comment obtenir une analyse factorielle sans rotation et tout cela avec l'exemple qui nous a servi de bases pour les calculs la main lors de la dmonstration mathmatique de la mthode. Nous importons donc comme l'habitude les donnes suivantes:

dans Tanagra:

Nous ajoutons le composant de slection Define Status et mettons en Input les trois variables: Vincent ISOZ 127/145

TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

et c'est maintenant qu'intervient une petite subtilit de Tanagra: Si nous voulons retrouver les valeurs calcules en cours la main et conformes au modle mathmatique sans rotation, nous devons utiliser le composant Principal Component Analysis:

et pour tre conforme l'exemple particulier que nous avons vu dans le cours thorique, mettre les paramtres suivants:

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En excutant le composant, il vient dans un premier temps:

valeurs des valeurs propres identiques celles calcules en cours. Ensuite, nous avons tout en bas les deux tableaux qui nous intressent:

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o nous retrouvons bien les saturations calcules la main dans le cours thorique au signe prs (mises en vidence en rouge et nommes pour rappel en anglais "loadings"). Et le dernier tableau:

n'est pas contre pour les deux dernires colonnes pas conforme ce que nous avons calcul manuellement dans le cours thorique ni conforme ce que nous renvoie le logiciel Minitab.

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Exercice 29.: Analyse Factorielle avec rotation VARIMAX

Tanagra V1.4.49 Le but va tre ici de vrifier non pas les calculs faits la main dans le cours thorique mais de vrifier que Tanagra redonne les mmes rsultats que Minitab ou que SAS pour les mmes donnes que l'exemple prcdent mais avec une rotation VARIMAX. Donc nous reprenons l'tat prcdent o nous avions:

pour obtenir:

o nous retrouvons bien les rsultats de SAS!

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Tanagra donne en-dessous le tableau des saturations sans rotation (tableau obtenu lors de l'exercice prcdent!):

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Exercice 30.: Rgression (linaire) des moindres carrs partiels (rgression linaire PLS univarie: PLS1)
Tanagra V1.4.48 Le but va tre ici de vrifier si nous obtenons ou pas les rsultats des calculs vu dans le cours thorique lors de la lecture du l'ouvrage de M. Tenenhaus1 sur la rgression PLS univarie (PLS1), c'est--dire la rgression sur des variables explicatives corrles avec une unique variable expliquer. Nous utiliserons donc les donnes suivantes:

Ensuite, nous ajoutons le slecteur Define Status comme l'habitude:

Michel Tenenhaus, Rgression PLS, dition Technip, ISBN 2-7108-0735-1, Pages 75-83

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Ensuite, nous ajoutons le composant PLS Regression:

et allons dans les paramtres pour prendre que deux variables intermdiaire:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Nous avons alors:

On retrouve bien les mmes coefficients non normaliss que dans Minitab ou que ceux calculs la main.

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Exercice 31.: Export d'un rsultat vers MS Excel

Tanagra V1.4.36 Nous souhaiterions montrer ici qu'il est possible rapidement d'exporter une analyse ainsi qu'un jeu de donnes traites dans MS Excel. Pour commencer avec le premier cas reprenons l'exemple de l'exercice que nous avions fait sur l'Exercice 6.: Statistiques univaries continues multiples:

Nous allons dans le menu Component et nous cliquons sur Copy results:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

nous retrouvons donc bien les donnes textes mais par contre nous perdons les donnes visuelles comme les barre de donnes de l'histogramme. Heureusement cela peut tre vite reproduit. Maintenant, reprenons l'Exercice 19.: K-NN (K nearest neighbors) Tanagra V1.4.48 Nous avons vu en cours l'approche des k plus proches voisins. Nous allons appliquer ici ce qui a t prsent en cours avec le fichier Excel des fleurs d'Iris

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avec en Target:

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et en Input:

Ensuite nous rajoutons le slecteur Select first examples du groupe Instance selection:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Nous prenons les 60 premires lignes du fichier comme donnes d'entranement (choix un peu arbitraire):

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Nous voyons que le classificateur est trs bon. Pour avoir le dtail, nous ajoutons l'oprateur View Data Set du groupe Data visualization:

et nous l'excutons pour avoir les dtails des prdictions (nous avons mis en vidence l'un deux ceux qui est mal prdit):

141/145

Vincent ISOZ

TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Maintenant injectons pour y mettre un jeu de test, nous remettons un oprateur de slection Define Status:

avec en Target:

et en Input:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Ensuite, nous rajoutons l'oprateur Test du groupe Spv learning assessment (nous aurions pu faire la mme chose pour la rgression logistique mais ayant l'quation explicite c'tait moins utile alors que l c'est trs utile!):

et dans ses paramtres, nous avons:

Nous prenons Unselected ce qui prendra les 150-60=90 donnes restantes. Et nous excutons pour obtenir:

Et nous rajoutons un composant View Dataset pour voir comment les donnes de test (ou donnes nouvelles) sont classes:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA)

Nous pouvons aussi rajouter un oprateur Train Test du groupe Spv learning assessment:

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Exercice 20.: Classificaiton K-Means:

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TANAGRA (Ricco RAKOTOMALALA) Nous mettons le composant Export Datasetdu groupe Data visulaziation en prenant bien soir de la mette aprs un slecteur Define status:
Dataset (KM eans.xls) Define status 1 K-M eans 1 View dataset 1 Define status 2 Group characterization 1 Export dataset 1 Scatterplot 1

Une fois que nous l'excutons en faisant un double clic dessus, nous obtenons un fichier *.txt dans le dossier du fichier Tanagra:

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