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P(n)=[(2n)!/ i! (2N-i)!

] ( ( ) ( ) [( ) ( ) ] (m(1+s)/NW ) [ ( m(1+s)/NW)2N-I] )i [1-( ( ) ) ] Heq = 4N / (4N + 1) K = 2N x (1/2N) =

Teora Neutralista
Ns << 1 T = 4Ne ( )( ) P = (1-e-2s)/(1-e-2Ns) P = 1/2N Ns >> 1

Estructura gentica de las Poblaciones


Escuela Clsica Cl i
+ + + + + + + + + + + - + +

Escuela Equilibrada
A1 B2 C3 D2 E3 A2 B3 C4 D2 E5

Seleccin purificadora

Seleccin equilibradora

Motoo Kimura

The Neutral Theory of Molecular Evolution (1983) Evolution

En las dcadas del 60 y 70 vieron una enorme cantidad de estudios cuyo objetivo era medir la variabilidad en poblaciones naturales. t l Los estudios de los polimorfismos p aloenzimticos mostraron que las poblaciones son en general muy variables Inclinando la balanza a favor de la escuela equilibrada

Orgenes de la Teora Neutralista


Si la variabilidad se mantiene selectivamente por ventaja del heterocigota j g H = 2 pe qe = 2s1s2 / (s1+ s2)2 carga gentica L = 1 - w ( w = 1 (s1s2/ s1+s2) entonces L = s1s2/ s1+s2 Si s1 = s2 = 0,1: w = 1 0,05 H = 0 5 W = 0 95 0,5 0,95
Si el nmero de loci heterticos es aproximadamente 3000 la carga gnica es imposible de soportar

Tasa de evolucin Molecular

Neutralismo vs Seleccionismo

Teora Neutralista vs seleccionista

Ojo!!!
La TN no postula que la morfologa, la fisiologa o el comportamiento evolucionaron por DG Reconoce que el papel principal de la SN es l l i i ld l purgar las variantes deletreas, Simplemente sostiene que la mayora de las variantes que se fijan a nivel molecular lo hacen al azar Una consecuencia del modelo de evolucin por el equilibrio deriva-mutacin es

Una tasa de evolucin molecular constante


Hay un recambio (reemplazo o sustitucin) regular (a tasa constante) de variantes a lo largo del tiempo. ti

La SN no puede producir este patrn ya que el ambiente tambin debera estar cambiando a tasa constante Por ejemplo, la evolucin morfolgica no procede a tasa constante

Qu significa neutralidad selectiva? s=0


Esta definicin es muy estricta, mejor es una definicin operacional: son mutaciones cuyo efecto sobre el fitness es i l t i f t b l fit tan parecido que su destino lo gobierna el azar

siendo ms realistas y generales S << 1/2N


Si s = 0 001 las frecuencias variarn al azar si N < 0,001 500 Pero si N = 5000 predominar la seleccin natural

Algunas cuentitas
Si en promedio una mutacin tarda 4N generaciones en fijarse, en el intern aparecern nuevas mutaciones. Si la tasa es 10-9 mutaciones por bp por generacin, un gen de 1000 bp tendr 10-6 mutaciones por gameta por generacin En cada generacin se producirn en una poblacin de tamao N = 1000: 10-6 (mut por gameta) x 2x103 (si el organismo es diploide) que en el curso de 4000 generaciones sern 8 mutaciones

Tasa de evolucin K = f x T = o

Tasa de evolucin K = f x T = o Cul es el significado de f ? g qu es un constraint?


Mutaciones sinnimas, pseudogenes. Funcionalidad M t i i i d F i lid d y secuencia de aminocidos

H = 4N 0 / 4N 0+1
Sp 1 Sp 2

K = 0 t D = 2 0 t

Esto ltimo implica que


El polimorfismo es una fase transitoria entre eventos de sustitucin Ahora bien: Cundo se produce una sustitucin se pasa por f fases de monomorfismo? d fi Si indagamos a nivel de las secuencias de nucletidos.. y volvemos a la figura

Principios bsicos para entender la TN


Frecuencia inicial de una nueva mutacin: 1/2N P b bilid d de Fijacin de una mutacin 1/2N Probabilidad d Fij i d t i Tiempo medio que tarda una mutacin en fijarse 4N (en organismos diploides) En el equilibrio la heterocigosidad es proporcional a 4N Tasa de evolucin neutra K = f Divergencia entre secuencias d = 2 ot Probabilidad de Fijacin de una mutacin ventajosa P = 2s s Tasa de sustitucin adaptativa K = 4Ns

En resumen qu tenemos hasta ac


Kimura propuso que la SN juega un papel menor en el mantenimiento de la variabilidad y en la divergencia interespecfica a nivel molecular o que la mayoria de las mutaciones que se han fijado a nivel molecular durante la divergencia de dos especies son neutras o casi neutras di i d d i t i t Los genotipos tienen fitness casi igual Alelos neutros no significa que no tienen funcin sino que la cumplen casi con la misma eficacia (recordar s << 1/2N) La evolucin de las variantes moleculares polimrficas y p las que se fijan a nivel molecular est gobernada por la DG

How to attack neo-Darwinism and still end up in evolution textbooks The neutralist - selectionist controversy
a review by Gert Korthof
1 Jan 1999 (updated 17 Sep 2007)

The neutral theory of molecular evolution

Motoo Kimura " Looking back, I think that it is a curious human nature, that if a certain doctrine is constantly being spoken of favorably by the majority, endorsed by top authorities in their books and taught in classes, then a belief i b li f is gradually built up in one's mind, eventually d ll b ilt i ' i d t ll becoming the guiding principle and the basis of value judgement. At any rate, this was the time when the panselectionist or 'neo-Darwinian' position was most secure in the history of biology: the heyday of the traditional 'synthetic theory' of evolution." (p22).

From Giorgio Bernardi (13) First diagram: Darwin postulated the existence of deleterious, advantageous, and neutral changes Second: The neo-Darwinians (or selectionists) neglected neutral changes Third: These were reintroduced and amplified by Kimura, who developed the neutral theory of evolution Fourth: The nearly neutral theory was proposed by Ohta to include intermediates between neutral and advantageous, as well as between neutral and deleterious changes. Fifth: In the neoselectionist theory, the critical changes are responsible for the transition from point mutations to regional changes.

Problemas con la TN
La mayor influencia del tiempo generacional sobre la evolucin sinnima que sobre la no sinnima El reloj molecular no parece ser suficientemente constante Los niveles de heterocigosidad son similares entre especies (a pesar de las notables diferencias en N) y demasiado bajos en especies con N grande Los niveles de polimorfismo y las tasas de evolucin no muestran la relacin predicha

Poniendo a prueba la teora


Qu pasa con la heterocigosidad? h i id d? En el equilibrio H = 4N o/4N o+1 = H=/+1

Teora Neutralista
A pesar de los problemas mencionados, la TN se ha transformado en la gran hiptesis nula de la Evolucin

Una manera de poner a prueba la TN es investigar si existe correlacin entre el Ne y la heterocigosidad

Por ejemplo: los loci del cromosoma X y j l l l id l los del Y tienen diferente Ne, entre s y respecto de los autosomas

Heterocigosis para 5264 loci microsatlites autosmicos y del X en el i tlit t i d l l hombre


Cromosoma No de Loci 5048 22 Autosomas 216 X 0,65 0 65 0,70 0 70 H

La expectativa es que HX/ A = 0,75 i /H

La teora Neutralista como hiptesis nula de la evolucin molecular l l

1. Wright-Fisher (WF) model

Las bases de la gentica de poblaciones g gen p cl clsica


R.A. Fisher

La teora que hemos estudiado hasta hoy se basa en el anlisis de la evolucin de un locus bajo el modelo de WF. WF

S. Wright

1. Modelo de Wright-Fisher (WF)

Modelo de Wright-Fisher (WF) Wright Evolucin de un locus neutral en una poblacin de tamao constante con apareamiento al azar y constante, azar, generaciones discretas. En cada generacin t cada individuo tiene un nmero aleatorio de descendientes (mayor o igual a 0) en la generacin t+1. Cada descendiente es: idntico al parental con probabilidad 1-; p p o portador de una mutacin

1. Wright-Fisher (WF) model

generation 0 generation 1 generation 2


Time Time e e

generation 3 g generation 4 generation 5 generation 6

2. Genealogies and the tree of life

2. Genealogies and the tree of life

La Genealoga de L Genealoga d una muestra l t actual


Las siguientes diapositivas muestran como se puede construir un rbol genealgico que relaciona a 22 g g q individuos de una muestra tomada en la generacin actual de una poblacin, para un solo locus (e.g. del segmento no-recombinante del cromosoma Y) noY). Como (para el cromosoma Y) cada hijo tiene un solo padre, pero como cada padre puede tener ms de un hijo, en la genealoga ocurren eventos de coalescencia l cuales resultan en la reduccin d l i los l lt l d i de ancestros. Eventualmente, queda un solo ancestro ( el Ancestro comn Ms Reciente (ACMR o MRCA).

2. Genealogies and the tree of life


Imaginemos una poblacin grande. Millones de individuos y generaciones!!! ... Present

...
Time Ti

... : .
Past

: .

: .

2. Genealogies and the tree of life


De la poblacin tomamos una muestra de 22 individuos y la seguimos. p g Present

...

...
Time Ti

... : .
Past

: .

: .

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors

Time

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors

Time

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors

Time

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors

Time

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors

Time

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors 5 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors 5 ancestors 3 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors 5 ancestors 3 ancestors 3 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors 5 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 3 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors 5 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 2 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors 5 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 2 ancestors 2 ancestors

2. Genealogies and the tree of life


Present
22 individuals 18 ancestors 16 ancestors 14 ancestors 12 ancestors 9 ancestors 8 ancestors

Time

8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors 5 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 2 ancestors 2 ancestors 1 ancestor t

2. Genealogies and the tree of life


Present

Se pueden simplificar mucho las cosas. Time Considerando solamente los ancestros de la muestra hasta el ACMR: el ARBOL GENEALOGICO de la muestra

2. Genealogies and the tree of life


Present

Time

Ancestro comn ms reciente (ACMR)

2. Genealogies and the tree of life

Tener un ancestro comn es un comn proceso aleatorio. As como lo es la aleatorio. As Mutaci Mutacin.
Comparando las secuencias de ADN en una muestra de individuos podemos detectar sitios polimrficos

3. Selection at the molecular level

Sequence polymorphims
111111111111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666 001111111111112222222222222223333 281224466788880112334667789991256 561695878237899353097450863451080 ANDERSON GUI 1 GUI 2 GUI 3 GUI 4 GUI 5 GUI 6 GUI 7 GUI 8 GUI 9 GUI 10 GUI 11 TTCTGGCCCTACCTTGACACACACCCACCTCCC ..............C..T...........C... ..............C..T...........C... .C..AA.....T.C.A.T....C.TG.T.C..T ....A.T.TC.TGC...TG..........CT.. C..C.......T.C...T...T.TT....C... C......G................T...T.... ..TC.......T.C...T.T...TT.G..C... ....A.....C..C..GT.........T....T .........CC..C...T............... ....A......T.CC..T......T..T.C.TT ..............C..T..G........C...

Si las mutaciones se mapean en la genealoga, pueden servir para dividirla en subgrupos (representados por colores diferentes)

2. Genealogies and the tree of life


Present

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC

Time

mutation

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC

Time

mutation

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC TCGAGGCATTAAC

Time

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC TCGAGGCATTAAC

Time

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC TCGAGGCATTAAC TCTAGGTGTTAAC


Time

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC TCGAGGCATTAAC TCTAGGTGTTAAC


Time

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC TCGAGGCATTAAC TCTAGGTGTTAAC TCGAGGTATTAGC


Time

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC TCGAGGCATTAAC TCTAGGTGTTAAC TCGAGGTATTAGC


Time

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

Time

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC TCGAGGCATTAAC TCTAGGTGTTAAC TCGAGGTATTAGC TCTAGGTATCAAC

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

Time

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC TCGAGGCATTAAC TCTAGGTGTTAAC TCGAGGTATTAGC TCTAGGTATCAAC

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life


Present

Time

TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC TCGAGGCATTAAC TCTAGGTGTTAAC TCGAGGTATTAGC TCTAGGTATCAAC * ** * *

Most recent common ancestor (MRCA)

2. Genealogies and the tree of life

Resumiendo:

La estructura de la variacin hereditaria actual d una poblacin se puede t l de bl i d pensar como la superposicin de dos procesos aleatorios: el coalescente y la mutacin mutaci

3. The coalescent

La matemtica es simple matemtica


(ignorando la mutacin y la recombinacin) mutaci recombinaci La probabilidad de que dos individuos tengan un ancestro comn en la generacin anterior ci es

1 N

caso haploide

La L probabilidad de que dos alelos provengan de un b bilid d d d l l d mismo ancestro en la generacin anterior es ci

1 2N

caso diploide

3. The coalescent

El Tiempo de coalescencia se calcula recursivamente. La Probabilidad de que dos cromosomas vengan del mismo progenitor depende solo de N (tamao poblacional).
P (coalescence) =

1 p(coalescence t generations ago) = 1 2N


E[TACMR] = 2N 63% de los casos tienen TMRCA < 2N

1 2N

, p(not coalescence)= 1t 1

1 2N

1 2N

3. The coalescent

A mayor N, el rbol es ms largo, ms variabilidad.


Poblacin grande Poblacin chica

3. The coalescent

Tiempo al ACMR
Para mltiples linajes, el tiempo al ACMR se estima usando la siguiente ecuacin ti d l i i t i

1 E [TMRCA ] = 4 N i =1 i (i + 1)
la cual converge rpidamente a 4N a medida que n (t (tamao muestral) aumenta. E d i t l) t Es decir, el ACMR para una muestra se aproxima al de la bl i l poblacin.

n 1

Tiempos de coalescencia y Ne

En el modelo: N es cte y si agregamos mutaciones neutras y no hay seleccin natural que afecte ningn alelo entonces,

Coalescencia y mutaciones neutras

Podemos calcular: 1) el nmero de bases en que difieren dos alelos de la poblacin, 2) inferir las relaciones entre alelos, es decir reconstruir el rbol de genes

Si en cada linaje ocurren mutaciones a una tasa por generacin, entonces para dos alelos que compartieron un ancestro comn q e n tCA generaciones en el pasado se habrn acumulado x tCA mutaciones en cada j linaje

Parmetros del proceso


T = suma de la longitud de todas las ramas de la genealoga l E (T) = 4N S = nmero de mutaciones en la genealoga E(S) = E(T) donde S = ai E(T), Donde = 4N se conoce como parmetro neutralista Es d i E decir que el nmero de mutaciones en la genealoga l d i l l (S) es un estimador de la heterocigosidad

Otros estimadores de = 4N
El nmero promedio de diferencias entre secuencias que depende de las frecuencias i d d d l f i en que se encuentran las variantes que segregan en l poblacin. la bl i g p p Es la heterocigosidad esperada por sitio Los sitios que ms aportan a este estimador son los que estn en frecuencias intermedias = (N/N-1) pi pj ij

Estimadores del parmetro mutacional


Watterson: S (nmero Tajima: nmero promedio de de sitios segregantes) diferencias

= S / ai

= = (n / n - 1) pi pj ij

Variacin neutra cuando las suposiciones del modelo W-F no se cumplen l


A) Aparecen mutaciones no neutras. Los distintos de tipos de seleccin dejan huellas diferentes en la estructura de los rboles (en los p ( patrones de variacin neutra). la SN positiva que lleva a la fijacin de una variante disminuye el Ne y por lo tanto acorta la longitud del rbol. En E cambio la SN equilibradora que ti d a preservar alelos por mas bi l ilib d tiende l l tiempo que la DG, entonces habr linajes del rbol que persistirn por mas tiempo que 4N La SN negativa producir un exceso de alelos de divergencia reciente, g p g , porque las variantes deletreas permanecen por poco tiempo hasta su remocin por SN. B) N no constante Si el tamao de la poblacin se ha incrementado las ramas del rbol son ms lt d l bl i h i t d l d l b l cortas en el pasado (porque Ne era ms chico) Si la poblacin se ha reducido (cuello de botella) las ramas son cortas en el p presente y ms largas en el p g pasado

La seleccin positiva

Barrido Selectivo
El rpido aumento de una variante selectivamente ve ajosa ventajosa puede reducir los educ os niveles de variacin neutra en regiones ligadas

3. Selection at the molecular level Positive selection produces Selective Sweeps

No Recombination Recombination

A T C A A CGG T A C GG - - -T- - - - - -A- - - - - - -T T - - - - GA - - - - - - - - -C- - - - - -G-C- - - - - - - -C- T-G- -G- - - - - - - - - - - - -

A T GA AGGG T A T G A A GGG C CGG - - -T- - - - - -A- - - - - - -T T - - - - GA - - - - - - - - - -C- - - - - -G-C- - - - - - - - -C- T- - - -G- - - - - - - - - - - - -

3. Selection at the molecular level

Seleccin P iti S l i Positiva:

Cambio adaptativo. Novedades evolutivas. p

Eliminacin de la variacin ligada. Si la evolucin se acelera entonces podemos tener que l l i l t d t Ka/Ks > 1

Genealogas de genes bajo modelos alternativos l i

Si el tamao de la poblacin se ha incrementado las ramas del rbol son mas cortas en el pasado (porque Ne era mas chico) Tambin los distintos de tipos de seleccin dejan huellas diferentes en la estructura de los rboles (en los patrones de variacion neutra). 1) la SN positiva que lleva a la fijacin de una variante ) p q j disminuye el Ne y por lo tanto acorta la longitud del rbol. 2) La SN equilibradora 3) La SN negativa producir un exceso de alelos de divergencia reciente, porque las variantes deletreas permanecen por poco tiempo hasta su remocin por SN. SN

2. Selection and polymorphism

Seleccin equilibradora S l Selecci i i ilib d

La seleccin equilibradora (SE)


Tiende a preservar alelos por un tiempo mayor a 4N generaciones, que es lo que p persiste en promedio un alelo p deriva. p por Bajo seleccin equilibradora l tiempos j l i ilib d los i de coalescencia son mayores

Genealogas de genes bajo modelos alternativos l i

Si el tamao de la poblacin se ha incrementado las ramas del rbol son mas cortas en el pasado (porque Ne era mas chico) Tambin los distintos de tipos de seleccin dejan huellas diferentes en la estructura de los rboles (en los patrones de variacion neutra). 1) la SN positiva que lleva a la fijacin de una variante ) p q j disminuye el Ne y por lo tanto acorta la longitud del rbol. 2) En cambio la SN equilibradora que tiende a preservar alelos por mas tiempo que la DG, entonces habr linajes del rbol que persistirn por mas tiempo que 4N 3) La SN negativa producir un exceso de alelos de divergencia reciente, porque las variantes deletreas permanecen por poco tiempo hasta su remocin por SN.

3. Selection at the molecular level Seleccin Seleccin purificadora. Tambin elimina la variabilidad ligada
No Recombination Recombination

A T C A A CGG T A C GG - - -T- - - - - -A- - - - - - -T T - - - - GA - - - - - - - - -C- - - - - -G-C- - - - - - - -C- T-G- -G- - - - -G- - - - - - -

A T C A A CGG T A C GG - - -T- - - - - - - - - - - - - -T T - - - - GA - - - - - - - - -C- - - - - - -G - C - G - - - - - - -C- T- - -G- - - - - - - - - - - - - -

3. Selection at the molecular level

Seleccin purificadora: Seleccin purificadora


Muestra lo que no puede cambiar (conservado) genes relacionados con enfermedades Deteccin de nuevas funciones

Genealogas de genes bajo modelos alternativos l i

Sin embargo, algunos eventos demogrficos (N no constante) dejan huellas en el genoma q p que pueden confundirse con SN

4. The coalescent with selection

La expansin poblacional y la seleccin positiva pueden generar rboles muy similares


N

Tendremos muchas variantes en baja frecuencia

Genealogas bajo diferentes historias demogrficas g


A Tamao constante

Expansin poblacional

4. The coalescent with selection

Bajo seleccin positiva, positiva el estimador basado en S es ms grande que , porque tenemos un exceso de mutaciones en baja frecuencia

W =

S 1 i i =1
n 1

W = 4 N e
= xi x j ij
ij

4. The coalescent with selection

La prueba de Tajima (D)

compara y S y d t determina si la i il distribucin de frecuencias de las variantes es compatible con la neutralidad = Pairwise nucleotide diversity S=Number of segregating sites

W S D= D= Var ( W ) Var S

W = = = 4 N e
La seleccin positiva o los cambios demogrficos, afectan demogrficos y S de diferente modo. D<0

Bajo neutralidad, D = 0 j ,

4. The coalescent with selection

Un ejemplo: mtDNA humano


Ingman et al. (2000) 52 secuencias de mtDNA completas 521 sitios segregantes
= 44.2 a52 = 4.52 S / a52 = 115.3 V(d ) = 31.8 44.2 115.3 D= = 2.23 31.8
200

No. No sites

180 160 140 120 100 80 60 40 20 0

Observed Expected

11

21

Rare allele frequency

mtDNA Humano tiene un exceso de variantes raras Expansin poblacional o seleccin positiva?

4. The coalescent with selection Selecci Seleccin equilibradora es equivalente a la subdivisin poblacional. En este caso el D de Tajima es positivo porque habr un exceso de variantes en frecuencia intermedia

W D= Var ( W )

4. The coalescent with selection

Cmo sabemos si el estadistico D de Tajima es significativo? Usamos el coalescente!!!


Corriendo simulaciones de coalescencia bajo neutralidad, neutralidad usando n y S estimado a partir de los datos. En cada simulacin se calcula D y as obtenemos la distribucin.

4. The coalescent with selection Hay muchas pruebas estadisticas

Poniendo a prueba la Teora Neutralista


I. La prueba KA / KS = fA T / fS T

Genes mayores de histocompatibilidad (MHC) en mamferos. Hughes y Nei compararon las tasas de sustitucin silenciosa vs la de sustituciones de reemplazo. La TN sostiene que en general que las tasas de sustitucin silenciosas deberan ser mayores q las de reemplazo, lo cual es en y que p , general cierto. Pero esto no ocurre en los genes MHC, en particular en los sitios que codifican los aac correspondientes al sitio de reconocimiento antignico. antignico

II. Prueba de McDonald y Kreitman.


Alcohol dehidrogenasa en moscas de la fruta. La tasa de evolucin neutra y el polimorfismo en sitios no sinnimos se espera que sean menores que en sitios sinnimos. La expectativa es que en un gen sinnimos determinado la relacin cambios no sinnimos/sinnimos debera ser constante. Los autores hallaron que el 29% de las diferencias fijadas t fij d entre especies eran de reemplazo, pero solamente el 5% de i d l l t l d los polimorfismos eran del mismo tipo.

Reemplazo Sinnima % Reemplazo

POLIMORFISMO SUSTITUCIONES 2 7 42 17 4,5 29,2

Aplicacin de la coalescencia
El origen del hombre moderno

Arboles de genes y la coalescencia

4N 2N

Modelo: N cte, no hay SN,

4. The coalescent with selection

Comparaciones entre modelos de seleccin

2. Wright-Fisher (WF) model

Usando este modelo:

- Se puede determinar cmo debera verse la distribucin de la variacin bajo ciertas circunstancias. - Se pueden poner a prueba predicciones sobre datasets reales.

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