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Teora Neutralista
Ns << 1 T = 4Ne ( )( ) P = (1-e-2s)/(1-e-2Ns) P = 1/2N Ns >> 1
Escuela Equilibrada
A1 B2 C3 D2 E3 A2 B3 C4 D2 E5
Seleccin purificadora
Seleccin equilibradora
Motoo Kimura
En las dcadas del 60 y 70 vieron una enorme cantidad de estudios cuyo objetivo era medir la variabilidad en poblaciones naturales. t l Los estudios de los polimorfismos p aloenzimticos mostraron que las poblaciones son en general muy variables Inclinando la balanza a favor de la escuela equilibrada
Neutralismo vs Seleccionismo
Ojo!!!
La TN no postula que la morfologa, la fisiologa o el comportamiento evolucionaron por DG Reconoce que el papel principal de la SN es l l i i ld l purgar las variantes deletreas, Simplemente sostiene que la mayora de las variantes que se fijan a nivel molecular lo hacen al azar Una consecuencia del modelo de evolucin por el equilibrio deriva-mutacin es
La SN no puede producir este patrn ya que el ambiente tambin debera estar cambiando a tasa constante Por ejemplo, la evolucin morfolgica no procede a tasa constante
Algunas cuentitas
Si en promedio una mutacin tarda 4N generaciones en fijarse, en el intern aparecern nuevas mutaciones. Si la tasa es 10-9 mutaciones por bp por generacin, un gen de 1000 bp tendr 10-6 mutaciones por gameta por generacin En cada generacin se producirn en una poblacin de tamao N = 1000: 10-6 (mut por gameta) x 2x103 (si el organismo es diploide) que en el curso de 4000 generaciones sern 8 mutaciones
Tasa de evolucin K = f x T = o
H = 4N 0 / 4N 0+1
Sp 1 Sp 2
K = 0 t D = 2 0 t
How to attack neo-Darwinism and still end up in evolution textbooks The neutralist - selectionist controversy
a review by Gert Korthof
1 Jan 1999 (updated 17 Sep 2007)
Motoo Kimura " Looking back, I think that it is a curious human nature, that if a certain doctrine is constantly being spoken of favorably by the majority, endorsed by top authorities in their books and taught in classes, then a belief i b li f is gradually built up in one's mind, eventually d ll b ilt i ' i d t ll becoming the guiding principle and the basis of value judgement. At any rate, this was the time when the panselectionist or 'neo-Darwinian' position was most secure in the history of biology: the heyday of the traditional 'synthetic theory' of evolution." (p22).
From Giorgio Bernardi (13) First diagram: Darwin postulated the existence of deleterious, advantageous, and neutral changes Second: The neo-Darwinians (or selectionists) neglected neutral changes Third: These were reintroduced and amplified by Kimura, who developed the neutral theory of evolution Fourth: The nearly neutral theory was proposed by Ohta to include intermediates between neutral and advantageous, as well as between neutral and deleterious changes. Fifth: In the neoselectionist theory, the critical changes are responsible for the transition from point mutations to regional changes.
Problemas con la TN
La mayor influencia del tiempo generacional sobre la evolucin sinnima que sobre la no sinnima El reloj molecular no parece ser suficientemente constante Los niveles de heterocigosidad son similares entre especies (a pesar de las notables diferencias en N) y demasiado bajos en especies con N grande Los niveles de polimorfismo y las tasas de evolucin no muestran la relacin predicha
Teora Neutralista
A pesar de los problemas mencionados, la TN se ha transformado en la gran hiptesis nula de la Evolucin
Por ejemplo: los loci del cromosoma X y j l l l id l los del Y tienen diferente Ne, entre s y respecto de los autosomas
La teora que hemos estudiado hasta hoy se basa en el anlisis de la evolucin de un locus bajo el modelo de WF. WF
S. Wright
Modelo de Wright-Fisher (WF) Wright Evolucin de un locus neutral en una poblacin de tamao constante con apareamiento al azar y constante, azar, generaciones discretas. En cada generacin t cada individuo tiene un nmero aleatorio de descendientes (mayor o igual a 0) en la generacin t+1. Cada descendiente es: idntico al parental con probabilidad 1-; p p o portador de una mutacin
...
Time Ti
... : .
Past
: .
: .
...
...
Time Ti
... : .
Past
: .
: .
Time
Time
Time
Time
Time
Time
Time
8 ancestors
Time
8 ancestors 7 ancestors
Time
Time
Time
Time
Time
Time
Time
Time
8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors 5 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 2 ancestors 2 ancestors
Time
8 ancestors 7 ancestors 7 ancestors 5 ancestors 5 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 3 ancestors 2 ancestors 2 ancestors 1 ancestor t
Se pueden simplificar mucho las cosas. Time Considerando solamente los ancestros de la muestra hasta el ACMR: el ARBOL GENEALOGICO de la muestra
Time
Tener un ancestro comn es un comn proceso aleatorio. As como lo es la aleatorio. As Mutaci Mutacin.
Comparando las secuencias de ADN en una muestra de individuos podemos detectar sitios polimrficos
Sequence polymorphims
111111111111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666 001111111111112222222222222223333 281224466788880112334667789991256 561695878237899353097450863451080 ANDERSON GUI 1 GUI 2 GUI 3 GUI 4 GUI 5 GUI 6 GUI 7 GUI 8 GUI 9 GUI 10 GUI 11 TTCTGGCCCTACCTTGACACACACCCACCTCCC ..............C..T...........C... ..............C..T...........C... .C..AA.....T.C.A.T....C.TG.T.C..T ....A.T.TC.TGC...TG..........CT.. C..C.......T.C...T...T.TT....C... C......G................T...T.... ..TC.......T.C...T.T...TT.G..C... ....A.....C..C..GT.........T....T .........CC..C...T............... ....A......T.CC..T......T..T.C.TT ..............C..T..G........C...
Si las mutaciones se mapean en la genealoga, pueden servir para dividirla en subgrupos (representados por colores diferentes)
TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC
Time
mutation
TCGAGGTATTAAC TCTAGGTATTAAC
Time
mutation
Time
Time
Time
Time
Time
Resumiendo:
La estructura de la variacin hereditaria actual d una poblacin se puede t l de bl i d pensar como la superposicin de dos procesos aleatorios: el coalescente y la mutacin mutaci
3. The coalescent
1 N
caso haploide
La L probabilidad de que dos alelos provengan de un b bilid d d d l l d mismo ancestro en la generacin anterior es ci
1 2N
caso diploide
3. The coalescent
El Tiempo de coalescencia se calcula recursivamente. La Probabilidad de que dos cromosomas vengan del mismo progenitor depende solo de N (tamao poblacional).
P (coalescence) =
1 2N
, p(not coalescence)= 1t 1
1 2N
1 2N
3. The coalescent
3. The coalescent
Tiempo al ACMR
Para mltiples linajes, el tiempo al ACMR se estima usando la siguiente ecuacin ti d l i i t i
1 E [TMRCA ] = 4 N i =1 i (i + 1)
la cual converge rpidamente a 4N a medida que n (t (tamao muestral) aumenta. E d i t l) t Es decir, el ACMR para una muestra se aproxima al de la bl i l poblacin.
n 1
Tiempos de coalescencia y Ne
En el modelo: N es cte y si agregamos mutaciones neutras y no hay seleccin natural que afecte ningn alelo entonces,
Podemos calcular: 1) el nmero de bases en que difieren dos alelos de la poblacin, 2) inferir las relaciones entre alelos, es decir reconstruir el rbol de genes
Si en cada linaje ocurren mutaciones a una tasa por generacin, entonces para dos alelos que compartieron un ancestro comn q e n tCA generaciones en el pasado se habrn acumulado x tCA mutaciones en cada j linaje
Otros estimadores de = 4N
El nmero promedio de diferencias entre secuencias que depende de las frecuencias i d d d l f i en que se encuentran las variantes que segregan en l poblacin. la bl i g p p Es la heterocigosidad esperada por sitio Los sitios que ms aportan a este estimador son los que estn en frecuencias intermedias = (N/N-1) pi pj ij
= S / ai
= = (n / n - 1) pi pj ij
La seleccin positiva
Barrido Selectivo
El rpido aumento de una variante selectivamente ve ajosa ventajosa puede reducir los educ os niveles de variacin neutra en regiones ligadas
No Recombination Recombination
Eliminacin de la variacin ligada. Si la evolucin se acelera entonces podemos tener que l l i l t d t Ka/Ks > 1
Si el tamao de la poblacin se ha incrementado las ramas del rbol son mas cortas en el pasado (porque Ne era mas chico) Tambin los distintos de tipos de seleccin dejan huellas diferentes en la estructura de los rboles (en los patrones de variacion neutra). 1) la SN positiva que lleva a la fijacin de una variante ) p q j disminuye el Ne y por lo tanto acorta la longitud del rbol. 2) La SN equilibradora 3) La SN negativa producir un exceso de alelos de divergencia reciente, porque las variantes deletreas permanecen por poco tiempo hasta su remocin por SN. SN
Si el tamao de la poblacin se ha incrementado las ramas del rbol son mas cortas en el pasado (porque Ne era mas chico) Tambin los distintos de tipos de seleccin dejan huellas diferentes en la estructura de los rboles (en los patrones de variacion neutra). 1) la SN positiva que lleva a la fijacin de una variante ) p q j disminuye el Ne y por lo tanto acorta la longitud del rbol. 2) En cambio la SN equilibradora que tiende a preservar alelos por mas tiempo que la DG, entonces habr linajes del rbol que persistirn por mas tiempo que 4N 3) La SN negativa producir un exceso de alelos de divergencia reciente, porque las variantes deletreas permanecen por poco tiempo hasta su remocin por SN.
3. Selection at the molecular level Seleccin Seleccin purificadora. Tambin elimina la variabilidad ligada
No Recombination Recombination
Sin embargo, algunos eventos demogrficos (N no constante) dejan huellas en el genoma q p que pueden confundirse con SN
Expansin poblacional
Bajo seleccin positiva, positiva el estimador basado en S es ms grande que , porque tenemos un exceso de mutaciones en baja frecuencia
W =
S 1 i i =1
n 1
W = 4 N e
= xi x j ij
ij
compara y S y d t determina si la i il distribucin de frecuencias de las variantes es compatible con la neutralidad = Pairwise nucleotide diversity S=Number of segregating sites
W S D= D= Var ( W ) Var S
W = = = 4 N e
La seleccin positiva o los cambios demogrficos, afectan demogrficos y S de diferente modo. D<0
Bajo neutralidad, D = 0 j ,
No. No sites
Observed Expected
11
21
mtDNA Humano tiene un exceso de variantes raras Expansin poblacional o seleccin positiva?
4. The coalescent with selection Selecci Seleccin equilibradora es equivalente a la subdivisin poblacional. En este caso el D de Tajima es positivo porque habr un exceso de variantes en frecuencia intermedia
W D= Var ( W )
Genes mayores de histocompatibilidad (MHC) en mamferos. Hughes y Nei compararon las tasas de sustitucin silenciosa vs la de sustituciones de reemplazo. La TN sostiene que en general que las tasas de sustitucin silenciosas deberan ser mayores q las de reemplazo, lo cual es en y que p , general cierto. Pero esto no ocurre en los genes MHC, en particular en los sitios que codifican los aac correspondientes al sitio de reconocimiento antignico. antignico
Aplicacin de la coalescencia
El origen del hombre moderno
4N 2N
- Se puede determinar cmo debera verse la distribucin de la variacin bajo ciertas circunstancias. - Se pueden poner a prueba predicciones sobre datasets reales.