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M. En C.

Ana Lidia Arellano Ortiz

Las protenas son las macromolculas mas abundantes y estn presentes en todas las clulas
Las protenas son polmeros de aminocidos, unidos por enlace covalente Las protenas se pueden degradas (hidrolizar) hasta sus aminocidos constituyentes

Todos los organismos utilizan los mismos 20 aminocidos

como bloques de construccin


El primer aminocido descubierto fue la asparagina 1806
Todos los aminocidos tienen nombres que en algunos casos,

provienen de la fuente a la cual se aislaron inicialmente


Asparagina esparrago

Acido glutamico Gluten


Tirosina Queso ( griego tyros, queso) Glicina por su sabor dulce ( glykos, dulce)

Precursores de protenas
Forman parte de vitaminas ( alanina en el acido

pantotenico) Por descarboxilacin forman aminas bigenas: pueden formar parte de otras biomoleculas (vasoconstrictor serotonina, producto descarboxilacin de un derivado de triptofano ) Sntesis de hormona: tiroxina, hormona secretada en la tiroides formada a partir de tirosina Muchos de los aminocidos son neurotransmisores (glicina, histidina y el acido glutamico)

Son aminocidos algunos antibiticos (cloramfenicol)

Algunos son metabolitos intermediarios en vas metablicas:

ornitina y citrulina en ciclo de la urea


LA MAS IMPORTANTE FUNCIN: CONSTITUYEN LOS PRECURSORES DE LOS PPTIDOS Y PROTENAS

AMINOCIDO: Unidad estructural de la protena y que


contiene C, H, O, N y algunos S, P y Fe Contiene un grupo amino y un grupo carboxilo (acido carboxlico)

De acuerdo con el C el cual se une dicho grupo amino, estos

aminocidos se clasifican en ,,,, etc

Leucina

alanina

Acido amino butrico

Tienen todos un grupo carboxilo y un grupo amino unidos al

mismo tomo de carbono ( carbono ) Difieren unos de otros en sus cadenas laterales (grupos R)
Estructura

Tamao
Carga Elctrica

Solubilidad

La configuracin absoluta de los aminocidos se

especifican mediante el sistema D y L, basado en la configuracin del Gliceraldehdo (proyecciones de Fisher)

Los aminocidos de las protenas son Laminocidos

Los D aminocidos se pueden encontrar en las paredes de algunas bacterias y algunos antibiticos

ENANTIOMEROS (IMGENES ESPECULARES NO SUPERPONIBLES)

Entonces los que se encuentran en las protenas son:

Nombre

Smbolo

Formula estructural

pK1

pK2

pK3

Alifaticos (cadena aliftica)

Nombre

Smbolo

Formula estructural

pK1

pK2

pK3

Hidroxilados (con grupos OH)

Azufrados (contienen azufre)

Nombre

Smbolo

Formula estructural

pK1

pK2

pK3

cidos y sus amidas

Bsicos

Nombre

Smbolo

Formula estructural

pK1

pK2

pK3

Aromticos (con anillos aromticos (benceno, fenol e indol))

Iminocido (ciclico)

Hidrfilo Alanina Arginina Asparagina X X

Hidrfobo X

cido (negativo)

Bsico (positivo)

Neutro X

Esencial

No esencial
X

X X

Xa X

Acido asprtico
Cistena Acido glutmico Glutamina Glicina Histidina Isoleucina Leucina Lisina

X
X X X X X X X X

X
X X X X X X X X Xa X X X

X
X X

Metionina
Fenilalanina Prolina Serina Treonina Triptofano Tirosina X X X X

X
X X

X
X X X X X X

X
X X X X X X

Valina

Xa Aminocidos esenciales en los nios, pero no para adultos

4-hidroxiprolina derivada de prolina, se encuentra en la


pared celular de las palntas 5-hidroxilisina derivada de la lisina. Junto con el anterior forman el colgeno. 6-N-metil-lisina, constituyente de la miosina, proteina contractil del musculo -carboxiglutamato, en la proteina protrombina (coagulacion de la sangre) Desmosina, derivado de cuatro residuos diferentes de Lisina (en la elastina)

La ornitina y citrulina, son intermediarios clave de la

biosintesis de la arginina y en el ciclo de la urea.

Monoaminomonocarboxilo Monoaminodicarboxilo

Diaminomonocarboxilo

La concentracin de una

solucin se mide por medio de espectrofotmetro, el cual mide la absorcin de la luz de las molculas

La absorcin de la luz es proporcional al numero de molculas del material absorbente a travs de los cuales pasa la luz TRANSMITANCIA

ABSORBANCIA

Un aminoacido al disolverse en agua( pH neutro), se forma ion

dipolar, o ZWITTERION ( en alemn ion hibrido).


Un Zwitterion puede actuar como acido (dador de protones)

O como base ( aceptor de protones)

Estas sustancias se le conoce como naturaleza anftera y se le

conocen como anfolitos

PROTONADO

ZWITTERION PROTONADO (no disociado) DESPROTONADO (disociado)

DESPROTONADO

Que estn protonados (no disociado) o desprotonados

(disociado) depender del pH del medio donde este el aminocido

Menor pK, menor pH, por lo que es acido Mayor pK, mayor pH, por lo que es bsico
El pK de los aminocidos se ordenan de menor a mayor pK ( de mas acido a mas bsico)

H 2O

H 2O

pK1
del grupo carboxilo

pK2
del grupo amino

Carga +1

-1

Para neutros y cidos

Para bsicos

PREDOMINA LA FORMA DISOCIADA (DESPROTONADA)

PREDOMINA LA FORMA NO DISOCIADA (PROTONADA)

CAMPO ELCTRICO

Grupos
Entre un grupo bsico con carga + y un grupo acido con carga Entre las cadenas alifticas de 2 aminocidos no polares

Enlace o interaccin
Unin salina (inico) Unin hidrofbica

Entre el COO- de un aminocido acido y otro con OH en R Entre el NH3+ de un aminocido bsico y otro con OH en R Entre 2 aminocidos con grupos OH
Entre 2 grupos SH Entre dos anillos aromticos presentes en R

Puente de hidrgeno Puente de hidrogeno Puente de hidrogeno


Puente disulfuro Fuerzas de Van der Waals

Unin de un aminocido por su grupo -carboxilo y el

grupo -amino de otro. Este enlace se llama enlace peptdico, formando un DIPPTIDO

N-Terminal
Enlace peptdico

C-Terminal

Pentapptido

Serina

Glicina

Tirosina

Alanina

Leucina

Seril-glicil-tirosil-alanil-leucina
Serilgliciltirosilalanil-leucina

Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu

SGYAL

Tetrapptido
Alanilglutamilglicil-lisina

Pptidos de Citocromo C

Caimn Sapo toro

+H3N- Leu-Val-Asp-Phe-COOLeucil-Valil-Aspartil-Fenilalanila

+H3N- His-Ser-Gln-Asn-Thr-COOHistidil-Seril-Glutaminil-Asparaginil-Treonina

+H3N- Tyr-Thr-Ala-Ile-Met- Glu- COOTirosil-Treonil-Alanil-Isoleucil-Metionil-Glutamico

Oligopptidos: cuando contienen de 2 a 7 residuos de

aminocidos
Polipptidos: cuando su peso molecular es menor que 5 000
Protenas: cuando su peso molecular es mayor que 5 000.

Oligopptidos y Polipptidos Hormona liberadora de tirotropina

Residuo de aminocidos

Origen

Funcin Hormona que estimula la liberacin de la hormona tirotropina Control del dolor, induce analgesia

Hipotlamo

Encefalina

Sistema nervioso central Hipfisis posterior

Oxitocina

Hormona que estimula las contracciones uterinas Hormona hiperglucemiante Confiere rigidez y resistencia a la envoltura celular bacteriana

Glucagon

29

Pncreas

Peptidoglucanos

Variable

Clulas bacterianas

Clasificacin de las protenas

1.- Forma: Globulares o fibrosa. Globulares son protenas cuya estructura tridimensional es esferoidal. Las fibrosas son protenas donde la estructura es alargada

2.- Solubilidad:
Insolubles: Estrucutra empaquetada (protenas

fibrosas y globulares, protenas en la porcin apolar de la membrana)

Solubles: en la superficie estn las cadenas laterales

de aminocidos polares.

Poco solubles, o solubles en soluciones de sales

neutras como cloruro de sodio (globulinas)

3.- Composicin qumica


Simples: Formada por aminocidos

Conjugadas: Tienen unido un grupo prosttico (no es proteico)


CLASE GRUPO PROSTTICO EJEMPLO

Lipoprotenas Glicoprotenas

Lpidos Glcidos

ApoB de la sangre Receptor de insulina

Fosfoprotenas Flavoprotenas

Grupos fosfato Flavin-nucleotidos


Hierro Zinc Calcio Molibdeno cobre manganeso potasio selenio niquel

Glucgeno fosforilasa NADH-deshidrogenasa


Catalasa alchohol deshidrogenasa calmodulina dinitrogenasa critocromo oxidasa ribonucleotido reductasa piruvico quinasa glutation peroxidasa Ureasa

Metaloproteinas

4.- Funcin
Tipo Enzimas Transporte Ejemplos Catalizan reacciones biolgicas Lipasas, proteasas, catalasas Transporte de alguna molcula Hemoglobina (Oxigeno) Albumina(Molec Insolubles)

Reserva
Contrctiles Estructurales Defensa Reguladoras Toxinas

Ferritina (reserva hierro)


Actina y miosina ( sistema contrctil del musculo) Elastina ( elasticidad a los ligamentos), Colgeno Inmunoglobulinas Mensajeros qumicos Insulina, p53 (activa la apoptosis) Protenas dainas, generadas por microorganismos ( Toxina botulnica)

1. Viene determinada por su secuencia de aminocidos,

por lo que est codificada genticamente.


2. Es nica o casi nica para cada protena.
3. Est estabilizada por interacciones dbiles o no

covalentes y por el puente disulfuro, que es un enlace covalente.


4. La funcin depende de su estructura tridimensional.

Descripcin de todos los enlaces covalentes (enlaces

peptdicos y puentes disulfuro) que unen los aminocidos de una cadena polipeptidica. Elemento mas importante es la secuencia.

Disposiciones particularmente estables de los aminocidos

que dan lugar a patrones estructurales repetitivos

Helice
la cadena peptdica se enrolla

como un tornillo La unidad repetitiva es una vuelta de hlice sencilla de 3.6 residuos Se utilizan puentes de hidrogeno internos. Estabilizada por un puente de hidrogeno: entre el hidrogeno unido al nitrgeno electronegativo y del oxigeno carbonilo del cuarto aminocido del lado amino terminal

5.4

1) Repulsin (o atraccin) electrosttica entre residuos

aminocidos sucesivos con grupos R cargados 2) El volumen de los grupos R adyacentes 3) Interacciones entre cadenas laterales de aminocidos separadas 3(o 4) residuos 4) Presencia de residuos de Pro y Gly 5) La interaccin entre aminocidos en los extremos de hlice y el dipolo elctrico

La cadena esta en Zigzag, y de

manera adyacente forman una estructura que semeja la de una aserie de pliegues Se forman puentes de hidrogeno entre segmentos adyacentes de la cadena Los grupos R de aminocidos adyacentes sobresalen de la estructura en Zigzag en direcciones opuestas Pueden ser paralelas o antiparalelas

ANTIPARALELAS

PARALELAS

Forma un giro de 180 , en el que estn involucrados 4

residuos de aminocidos, estabilizado por puentes de hidrogeno entre el primero y el cuarto residuo

Comnmente se utiliza Gly y Pro

Probabilidad de que un aminocido concreto se halle en los tres tipos de estructura secundaria

Disposicin

tridimensional global de todos los tomos de una protena Los aminocidos se encuentran en tipos de estructura totalmente plegada de la protena Estabilizadas por interacciones dbiles y puentes disulfuro.

Protenas fibrosas: cadenas polipeptidicas dispuestas en

largas hebras u hojas ( un solo tipo de estructura secundaria)


Protenas globulares: Con las cadenas polipeptidicas

plegadas en forma globular o esfrica (varios tipos de estructura secundaria)

Residuos de aminocidos que

ocupan posiciones alejadas en los niveles primario y secundario pueden interaccionar cuando la protena esta plegada
Aminocidos como: Pro, Thr,

Ser y Gly hace que formen giros

Formada por 8 sectores de alfahelice (80%)

Estructura supersecundarias (motivos o plegamientos)


Disposiciones muy estables de varios elementos de estructura

secundaria y las conexiones entre ellos


Van de simples a complejos

Aparecen como unidades repetitivas o combinaciones

Todo Todo
/: y estn entre mezclados +: y estn segregadas

Los Polipptidos con mas de unos cientos de residuos de aminocidos se

pliegan en dos o mas unidades globulares que se llaman dominios


regin espacialmente compacta de una protena que est relacionada

con una determinada funcin y que consiste en combinaciones de motivos

Se debe a interacciones entre

subunidades (cadenas polipeptidicas) de protenas multisubunidad (multimerica) que puede tener de dos a cientos de subunidades mltiples subunidades pueden ser iguales o diferentes cadena polipptida

MONMERO

MONMERO

Proteina multisubunidad : multimero,

MULTIMERO
MONMERO MONMERO

Las subunidades de una protena con

Oligmero : constan con ms de una

Nomenclatura: letras griegas

Dimero: dos subunidades

Homodimero: Cuando son iguales las subunidades

Heterodimero: Cuando son diferentes las subunidades

HOMOPROTEINAS

HETEROPROTEINAS

Constituidas por unicamente aminoacidos

Constituidas por una porcin de protena y un grupo prosttico

Sntesis proteica

Conformacin nativa

La protena se pliega para formar una estructura

Perdida de estructura tridimensional suficiente para originar

la perdida de la funcin
CALOR PH
AGENTES DESNATURALIZANTES

DISOLVENTES ORGNICOS

La mayora se desnaturaliza mediante

calor Afecta las interacciones dbiles (puentes de hidrogeno) Si se aumenta la temperatura, la protena pierde su estructura ( y su funcin) Existen ciertas protenas que soportan grandes temperaturas (Taq-polimerasa)

Alteran la carga neta de la protena, dando lugar

a la aparicin de pulsiones electrostticas y a la destruccin de algunos enlaces de hidrogeno.

Casena de la leche precipita a un pH 4.6

Algunos disolventes como el

alcohol o la cetona, ciertos solutos como urea o cloruro de guanidinio o detergentes no rompen enlaces covalentes.
Estos actan rompiendo las

interacciones hidrofbicas que forman el ncleo estable de las protenas globulares

Algunas protenas

desnaturalizadas pueden recuperar su estructura nativa y su actividad biolgica si son devueltas a condiciones en las que la conformacin nativa es estable

Urea + Mercaptoetanol

Fenilcetonuria:

carecen de fenilalanina hidroxilasa, necesaria para descomponer Fenilalanina

Los niveles de fenilalanina y dos substancias se acumulan en el cuerpo. Estas sustancias son dainas para el sistema nervioso central y ocasionan dao cerebral

Tirosemia I, II y III
Acumulacin de Tirosina. Caracterizada por la precipitacin de cristales de tirosina que conducen a la inflamacin y posterior lesin a nivel ocular y cutneo. En ciertos casos ha sido documento un retraso mental, alteraciones cutaneas, oculares

Alcaptonuria: el cido homogentsico se acumula en la piel y otros tejidos corporales. Este cido sale del cuerpo a travs de la orina, la cual se torna de color marrn-negro cuando se mezcla con el aire.

Enfermedad del jarabe de maple en la orina: cetoacidura de -cetocidos e hidroxicidos procedentes de aminocidos con cadenas ramificadas (leucina, Isoleucina, valina). La orina huele a maple, puede daar el cerebro durante momentos de estrs fsico (como infeccin, fiebre o no consumir alimentos por un tiempo prolongado)

Albinismo: ausencia de la enzima tirosinasa que permite el paso de tirosina a melanina.

Se introduce un material solido poroso (fase estacionaria) y

se hace pasar a travs de el una solucin tamponada (buffer, fase mvil) La solucin contiene protenas, donde migraran mas rpido o lento dependiendo de sus propiedades qumicas

A) Cromatografa de intercambio inico


B) Cromatografa por exclusin de tamao C) Cromatografa de afinidad

Separacin por

desplazamiento de las protenas cargadas en un campo elctrico

Solucin de protenas con SDS (dodecil sulfato sdico)

Gel de Poliacrilamida

Azul de Comassie o solucin con plata

La solubilidad de las protenas es dependiente

sobre la concentracin de sal (fuerza inica) del medio. Las protenas no son tan solubles en agua pura.
Su solubilidad aumenta cuando incrementa la concentracin de sal (fuerza inica), incrementa la interaccin con puentes de hidrogeno y evitan la agregacin de molculas (SALTING IN) En muy alta fuerza inica, la sal se retira de la hidratacin de las protenas y por lo tanto conduce a la agregacin y precipitacin de las molculas (SALTING OUT)

La adicin de algunas sales en cantidades apropiadas puede

precipitar selectivamente algunas protenas, permaneciendo las restantes en solucin.


El sulfato amnico [(NH4)2SO4] se utiliza para salar las

protenas

Cristalografa de rayos X
Los rayos X se dirigen a molculas de protena cristalizadas
Con un anlisis matemtico de el patrn de difraccin

produce una imagen de las nubes electrnicas que rodean los tomos en el cristal

Angulo Nitrgeno -Carbono , (fi)

Angulo Carbono - Carbono carboxilo (psi)

Los ngulos y pueden adoptar ngulos de -180 y

180. Los valores para y se visualizan grficamente en la Representacin de Ramachandran


Conformaciones permitidas en los limites extremos de contactos atmicos desfavorables

Conformaciones permitidas

Conformaciones no permitidas

Conformaciones que estn permitidas si se permite cierta flexibilidad en los ngulos de enlace