AMINOACIDOS

Desde el punto de vista qumico, los aminocidos (AA) son cidos orgnicos con un grupo amino en posicin alfa. Segn esta definicin, los cuatro sustituyentes del carbono alfa (C) en un aminocido son (1) el grupo carboxilo, (2) un grupo amino, (3) un tomo de hidrgeno y (4) una cadena lateral, que se representa como R y que es caracterstica de cada AA (Figura 1). Constituye una excepcin el AA prolina, con un anillo pirrolidnico, que puede considerarse como un -aminocido que est N-sustitudo por su propia cadena lateral (Figura 2). En todos los AA proteicos, excepto Gly, el carbono es asimtrico y por lo tanto, son pticamente activos. Esto indica que existen dos enantimeros (ismeros pticos), uno de la serie D y otro de la serie L. Los AA poroteicos son invariablemente de la serie L (Figura 3). En algunos casos muy concretos se pueden encontrar AA de la serie D: en los peptidoglicanos de la pared celular, en ciertos pptidos con accin antibitica y en pptidos opioides de anfibios y reptiles. Aunque la mayora de los AA presentes en la Naturaleza se encuentran formando parte de las protenas, hay algunos que pueden desempear otras funciones. Se distinguen por tanto los AA proteicos y los AA no proteicos.

AMINOACIDOS PROTEICOS
Los AA proteicos se dividen en dos grupos: (1) los AA codificables o universales, que permanecen como tal en las protenas, y (2) los AA modificados o particulares, que son el resultado de diversas modificaciones qumicas posteriores a la sntesis de protenas. Los AA proteicos codificables son 20: Alanina (Ala, A), Arginina (Arg, R), Asparragina (Asn, N), Asprtico (Asp, D), Cistena (Cys, C), Fenilalanina (Phe, F), Glicina (Gly, G), Glutmico (Glu, E), Glutamina (Gln, Q), Histidina (His, H), Isoleucina (Ile, I), Leucina (Leu, L), Lisina (Lys, K), Metionina (Met, M), Prolina (Pro, P), Serina (Ser, S), Tirosina (Tyr, Y), Treonina (Thr, T), Triptfano (Trp, W) y Valina (Val, V). De estos 20 AA, la mayora pueden ser sintetizados por el hombre, pero hay algunos que no, y por lo tanto deben ser suministrados en la dieta: son los AA esenciales. Son AA esenciales Val, Leu, Ile, Phe, Trp, Thr, Met, Lys. Los AA proteicos se clasifican en funcin de la naturaleza y propiedades de la cadena lateral R. Segn este criterio, se distinguen los siguientes grupos: 1.- NEUTROS O ALIFATICOS: En ellos la cadena lateral es un hidrocarburo aliftico. Son muy poco reactivos, y fuertemente hidrofbicos (excepto la Gly, cuya cadena lateral es un tomo de hidrgeno). Estos AA hidrofbicos tienden a ocupar la parte central de las Aminocidos y pptidos 1

protenas globulares, de modo que minimizan su interaccin con el disolvente. Pertenecen a este grupo: G, A, V, L e I (Figura 4). 2.- AROMATICOS: La cadena lateral es un grupo aromtico: benceno en el caso de la F, fenol en el caso de la Y e indol en el caso del W. Estos AA, adems de formar parte de las protenas son precursores de otras biomolculas de inters: hormonas tiroideas, pigmentos o neurotransmisores (Figura 5). 3.- HIDROXIAMINOACIDOS: Poseen un grupo alcohlico en su cadena lateral. Son la T y S (Figura 6). 4.- TIOAMINOACIDOS: Contienen azufre. Son C y M. La cistena (C) tiene gran importancia estructural en las protenas porque puede reaccionar con el grupo SH de otra C para formar un puente disulfuro (-S-S-), permitiendo el plegamiento de la protena. Por este motivo, en algunos hidrolizados proteicos se obtiene el AA cistina, que est formado por dos cistenas unidas por un puente disulfuro (Figura 7). 5.- IMINOACIDOS: Tienen el grupo -amino sustitudo por la propia cadena lateral, formando un anillo pirrolidnico. Es el caso de la P (Figura 2). 6.- DICARBOXILICOS Y SUS AMIDAS: Son el cido asprtico (D) y el cido glutmico (E). Sus amidas correspondientes son la asparragina (N) y la glutamina (Q) (Figura 8). 7.- DIBASICOS: La cadena lateral contiene grupos bsicos (Figura 9). El grupo bsico puede ser un grupo amino (K), un grupo guanidino (R) o un grupo imidazol (H). Otra clasificacin de los AA proteicos se realiza en funcin de la polaridad de la cadena lateral R. As, se distinguen: 1.- APOLARES: A, V, L, I, F, W, M, P 2.- POLARES SIN CARGA: G, Y, S, T, C, N, Q 3.- CATIONICOS: K, R, H 4.- ANIONICOS: D, E Una vez que los AA codificables han sido incorporados a las protenas, pueden sufrir ciertas transformaciones que dan lugar a los AA modificados o particulares. Ejemplos tpicos son la 4-hidroxiprolina o la 5-hidroxilisina, que se encuentran en proporcin importante en el colgeno (Figura 10). Estos AA se incorporan a la protena como P o como K, y son posteriormente hidroxilados. El E, por carboxilacin postsinttica se convierte en cido -carboxiglutmico (Figura 10). En la tiroglobulina (una protena del tiroides), la Y sufre diversas reacciones de iodacin y condensacin que originan AA como la monoiodotirosina, diiodotirosina, la triiodotirosina o la

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liotirosina. La cistina es el resultado de la unin de dos C por medio de un puente disulfuro (-S-S-) (Figura 7).

AMINOACIDOS NO PROTEICOS
Se conocen ms de un centenar, sobre todo en plantas superiores, aunque su funcin no siempre es conocida. Se pueden dividir en tres grupos: 1.- D-AMINOACIDOS: La D-Ala y el D-Glu forman parte del peptidoglicano de la pared celular de las bacterias. La gramicidina S es un pptido con accin antibitica que contiene D-Phe (Figura 11). En ciertos pptidos opioides de anfibios y reptiles tambin aparecen D-aminocidos. 2.- -AMINOACIDOS NO PROTEICOS: La L-ornitina y la L-citrulina son importantes intermediarios en el metabolismo de la eliminacin del nitrgeno y la creatina (un derivado de la G) juega un papel importante como reserva de energa metablica. Tambin pertenecen a este grupo la homoserina y la homocistena (Figura 11). 3.- -AMINOACIDOS: En estos AA, el grupo amino sustituye al ltimo carbono (carbono ), no al carbono . La -Alanina forma parte de algunos coenzimas, y el cido -aminobutrico es un imporante neurotransmisor (Figura 11).

PROPIEDADES DE LOS AMINOACIDOS

Como ya se vi en el captulo dedicado a los amortiguadores, los AA son excelentes amortiguadores, gracias a la capacidad de disociacin del grupo carboxilo, del grupo amino y de otros grupos ionizables de sus cadenas laterales (carboxilo, amino, imidazol, fenol, guanidino, etc) (Figura 12). Los grupos cido-base dbiles presentan una capacidad tamponadora mxima en la zona prxima al pKa. La Figura 12 tambin muestra los pKa de los 20 AA proteicos. Hay que destacar el hecho de que estos valores de pKa calculados para los AA en disolucin pueden verse ligeramente modificados en el entorno proteico. Se observa que el nico grupo lateral con un pKa prximo al pH fisiolgico es la cadena lateral de la H. Por ello, las protenas ricas en este AA se comportarn como excelentes amortiguadores fisiolgicos. El comportamiento cido-base de los AA es el que va a determinar las propiedades electrolticas de las protenas, y de ellas dependen, en gran medida, sus propiedades biolgicas. En el modelo de interaccin protena-ligando, la carga elctrica de una y otro juegan un papel fundamental. Por este motivo, la funcin de las protenas es extraordinariamente sensible al pH. A pH bajo, la mayor parte de los grupos disociables estarn protonados, y por lo tanto habr un gran nmero de cargas positivas en la protena. A pH elevado, los grupos disociables no estarn protonados, con lo cual habr mayor nmero de cargas negativas. Cambios en el pH se traducen en cambios en el Aminocidos y pptidos 3

nmero de cargas de la protena, y estos cambios pueden inhibir la interaccin de la protena con un ligando determinado. Por este motivo, muchas protenas (enzimas, sobre todo) slo pueden funcionar en un margen relativamente estrecho de pH. Aqu radica la importancia del mantenimiento de valores contantes de pH en el medio interno del organismo.

PEPTIDOS
La unin de dos o ms AA mediante enlaces amida origina los pptidos. En los pptidos y en las protenas, estos enlaces amida reciben el nombre de enlaces peptdicos y son el resultado de la reaccin del grupo carboxilo de un AA con el grupo amino de otro, con eliminacin de una molcula de agua (Figura 13). Cuando son pocos los AA que forman el pptido (menos de 10) se trata de un oligopptido (dipptido, tripptido, etc.). Cuando el nmero de AA est comprendido entre 10 y 100 se trata de un polipptido y si el nmero de AA es mayor de 100, se habla de protenas. Polipptido y protena no siempre son equivalentes, puesto que algunas protenas estn formadas por ms de una cadena polipeptdica. En este caso cada polipeptdo no se considera como una protena, sino como una subunidad de una protena.

EL ENLACE PEPTIDICO
El enlace peptdico (-CO-NH-) se representa normalmente como un enlace sencillo. Sin embargo, posee una serie de caractersticas que lo aproximan ms a un doble enlace. Los tomos de C, N y O que participan en el enlace amida presentan una hibridacin sp2, de forma que los 5 orbitales enlazantes de tipo adoptan una disposicin triangular plana (Figura 14). Los electrones p de los tomos de C, N y O no implicados en el enlace pueden formar orbitales hbridos . Como el N es menos electronegativo que el O, el enlace C-O tiene un 60% de carcter de doble enlace mientras que el enlace C-N tiene un 40%. Por lo tanto, se puede considerar que los enlaces C-O y N-C que participan en el enlace peptdico tienen estructuras intermedias entre el enlace sencillo y el enlace doble. Esta teora se confirma por el hecho de que las distancias interatmicas medidas en el enlace C-O y en el enlace C-N son intermedias entre el enlace sencillo y el doble enlace. Esta disposicin atmica est estabilizada por resonancia, de forma que los seis tomos implicados en la formacin del enlace peptdico estn contenidos en el mismo plano (Figura 15). El carcter parcial de doble enlace impide la libre rotacin de los tomos de C y N, al ser ste un enlace rgido. Por lo tanto, las posibilidades conformacionales de los pptidos son limitadas. Los pptidos slo podrn cambiar de conformacin por giro de los C tetradricos (con hibridacin sp3), pero no por rotacin de los tomos con

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hibridacin sp2. El C2 (C) de cada AA implicado puede establecer dos ngulos de torsin con los planos de los enlaces peptdicos contiguos: los llamados ngulos (phi) y (psi) (Figura 16). El ngulo phi () es la rotacin del enlace N-C, y el ngulo psi () la del enlace C-C. En la estructura de un pptido o de una protena, cada AA presenta un valor de y otro de determinados. Como estos son los nicos grados de libertad que presenta la estructura, la conformacin de la cadena polipptdica queda completamente determinada cuando se conocen los valores de y de para cada AA. En un extremo de la cadena polipeptdica queda un grupo amino libre (Nterminal) y en el extremo opuesto queda un carboxilo libre (C terminal). Por convencin, los pptidos se nombran leyendo secuencialmente los radicales de los AA que lo integran a partir del extremo N (Figura 17). Se denomina secuencia de un pptido al orden de los AA que lo integran. La secuencia est determinada por dos factores: (1) el nmero de AA que forman el pptido, y (2) el orden en que estn ensamblados.

PROPIEDADES DE LOS PEPTIDOS

Los pptidos son estructuras intermedias entre los AA y las protenas. Sus propiedades fsicas y qumicas suelen reflejar en mayor o menor medida las de los AA que lo componen. Sin embargo, al enmascararse mutuamente los grupos hidroflicos (carboxilo y amina) que forman parte de los enlaces peptdicos, el carcter polar o apolar de los pptidos depende de la naturaleza de los grupos de las cadenas laterales de los AA que lo integran. Anlogamente, los valores de pK de los grupos ionizables a menudo se ven alterados por la proximidad de otros grupos polares. Los pptidos presentan a menudo ciertas peculiaridades estructurales que no aparecen en las protenas. Los grupos NH2 y COOH terminales pueden encontrarse bloqueados. As, es frecuente encontrar grupos amino terminales que estn acetilados o en forma de cido piroglutmico (un residuo de Glu N-sustitudo por su propia cadena lateral) (Figura 18) y grupos carboxilo terminales en forma de amidas. Este bloqueo de los grupos terminales confiere al pptido resistencia frente a exopeptidasas. En hongos y bacterias pueden encontrarse pptidos cclicos, en los que pueden aparecer algunos AA de la serie D, como es el caso del antibitico gramicidina S (Figura 11).

FUNCIONES DE LOS PEPTIDOS

En los animales superiores llama la atencin el hecho de cmo unos pocos AA que no presentan actividad alguna en forma aislada son capaces de desencadenar respuestas biolgicas tan intensas. Los pptidos se producen generalmente mediante la hidrlisis de protenas precursoras, aunque en hongos y bacterias existen sistemas de sntesis peptdica no ribosmica, en los cuales los AA son activados a travs de una va diferente. Entre las funciones biolgicas ms importantes que realizan los pptidos podemos destacar las siguientes:

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1.- AGENTES VASOACTIVOS: El agente hipertensor ms potente que se conoce es la angiotensina II, un octapptido que se origina mediante la hidrlisis de una protena precursora que se llama angiotensingeno, y que no tiene actividad vasopresora. Otros pptidos son agentes hipotensores (tienen actividad vasodilatadora). Uno de los mejor conocidos es la bradiquinina, un nonapptido que se origina mediante la hidrlisis de una protena precursora que se llama quiningeno. 2.- HORMONAS: Las hormonas son seales qumicas que ejercen su accin sobre rganos y tejidos situados lejos del lugar donde se han sintetizado. Muchas hormonas tienen estructura peptdica, como por ejemplo la oxitocina (nonapptido que provoca la contraccin uterina y la secrecin de leche por la glndula mamaria), la vasopresina (nonapptido que induce la reabsorcin de agua en el rin), la somatostatina (tetradecapptido que inhibe la liberacin de la hormona del crecimiento) y la insulina (reguladora del metabolismo de los azcares). 3.- NEUROTRANSMISORES: Los neurotransmisores son seales qumicas producidas en un terminal nervioso presinptico, y que a travs de un receptor especfico ejercen su accin sobre la neurona post-sinptica. Son neurotransmisores peptdicos las encefalinas (pentapptido), las endorfinas (pentapptido)y la sustancia P (dodecapptido). 4.- ANTIBIOTICOS: La valinomicina y la gramicidina son dos pptidos cclicos con accin antibitica. 5.- COFACTORES ENZIMATICOS: El glutation (H--Glu-Cys-Gly-OH) acta como cofactor en algunas reacciones celulares.

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