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RNA polimerasa
Durante la transcipcin un sistema enzimtico convierte la informacin gentica de un dsDNA a una cadena de RNA. El RNA es sintetizado por la RNA polimerasa la cual requiere: Molde de DNA Ribonucletidos: ATP, GTP, UTP, CTP como precursores de nucletidos Mg, Zn La ARN polimerasa es una de las enzimas ms grandes que se conoce. Consta de cinco sub-unidades: dos alfa (), beta (), prima () y sigma (). La enzima completa es denominada Holoenzima y se divide en dos componentes principales: La enzima central, denominada Core, formada por las sub unidades 2, y El Factor Sigma ( el polipptido )
beta
La Holoenzima reconoce un sitio de unin especfico en el ADN, este sitio es denominado Promotor . Como consecuencia de lo dicho, la ADN polimerasa puede encontrarse en dos estados: Un estado apropiado para la unin con el Promotor: estado de iniciacin u Holoenzima. Un estado apropiado para la elongacin: Core de la enzima 70 El par de bases donde se inicia la transcripcin es +1 que es generalmente un purina CAT. El factor interacciona con dos secuencias consenso en -10 (5 TATAAT 3) y -35 (5 TTGACA 3). Existe un tercer elemento de reconocimiento rico en AT llamado elemento up (up stream promoter) al cual se une la subunidad . La frecuencia de iniciacin de la transcripcin por la RNA polimerasa de E. Coli depende de su afinidad por la secuencia promotora. Existen promotores fuertes que incian la transcripcin con alta frecuencia, promotores dbiles los cuales inician la transcipcion con baja frecuencia, esto determina el nivel de expresin de un gen. Cuando la RNA polimerasa se une a la regin promotora se forma un complejo cerrado en el que las cadenas de DNA cerca del +1 tienen sus bases apareadas y para alargar la cadena, la RNA polimerasa debe separar los pares de bases unidos y formar un complejo abierto. 70 Despus de transcribir unos pares de bases, la subunidad se libera actuando solo como factor de iniciacin.
Elongacin de la cadena
Despus que se han colocado los primeros seis ribonucletidos, la ARN polimerasa sufre un cambio en su conformacin, perdiendo la sub unidad . Se contina la sntesis en el estado de Core anteriormente descrito. El Core se mueve a lo largo del ADN colocando los ribonucletidos complementarios a la cadena de ADN molde, abriendo la hlice a medida que se desplaza. Los ribonucletidos se unen al extremo 3 de la cadena de ARN en crecimiento, formndose un Hbrido ARN-ADN en la regin desenrollada, el cual se mantiene estabilizado mediante enlaces puente de Hidrgeno. El hbrido tiene una longitud aproximada de 12 pb y el nuevo ARN es liberado de estas uniones cuando el ADN recupera su estado de doble hlice por desplazamiento del Core.
Rho independiente
La secuencia de terminacin Rho-independiente se caracteriza por la presencia de una secuencia rica GC seguido por residuos U. las regiones complementarias se aparean al ser sintetizadas formando una horquilla por la cola poli-U y al emerger la cola poli-U genera la liberacin de la de RNA del complejo de transcripcin.
seguida cadena
La cuestin es cmo se cambia la expresin de manera que se exprese un factor u otro factor. Esto se da debido a seales del medio ambiente, las cuales desarrollan cascadas de sealizacin que terminan en cambiar la actividad celular y la expresin gentica. Estos cambios desarrollados por seales pueden expresar nuevos o activar los que se encontraban en el citosol desactivados. El cambio en la expresin tambin puede darse por cascadas dentro de la misma expresin. Un ejemplo es la de algunos bacterifagos que infectan a E.Coli (en algunos casos tambin a B.Subtillis). Una cascada de factores se produce cuando se requiere de un factor para transcribir el gen que codifica para el siguiente factor. El mecanismo sera:
Regulacin de la transcripcin
El modelo del opern
Tal como postularan Jacob y Monod, los grupos de genes que codifican para protenas asociadas se encuentran en unidades conocidas como Operones . Composicin del opern: Los genes estructurales: llevan informacin para polipptidos. Se trata de los genes cuya expresin est regulada. Los operones bacterianos suelen contener varios genes estructurales, son polignicos o policistrnicos. Hay algunos operones bacterianos que tienen un solo gene estructural. Los operones eucariticos suelen contener un slo gen estructural siendo monocistrnicos. El promotor (P): se trata de un elemento de control que es una regin del ADN con una secuencia que es reconocida por la ARN polimerasa para comenzar la transcripcin. Se encuentra inmediatamente antes de los genes estructurales. Abreviadamente se le designa por la letra P. El operador (O): se trata de otro elemento de control que es una regin del ADN con una secuencia que es reconocida por la protena reguladora. El operador se sita entre la regin promotora y los genes estructurales. Abreviadamente se le designa por la letra O. El gen regulador (i): secuencia de ADN que codifica para la protena reguladora que reconoce la secuencia de la regin del operador. El gen regulador est cerca de los genes estructurales del opern pero no est inmediatamente al lado. Abreviadamente se le denomina gen i. Protena reguladora : protena codificada por el gen regulador. Est protena se une a la regin del operador. Inductor: sustrato o compuesto cuya presencia induce la expresin de los genes.
Opern Lac
Genes estructurales Lac Z codifica para la -galactosidada Lac Y codifica para la lactosa permeasa que permite la entrada de la lactosa al interior de la clula. Lac A codifica para la transacetilasa.
Elementos de control: Promotor: elemento de control que contiene la secuencia reconocida por la RNA polimerasa para inciar la transcripcin y se encuentra antes de los genes estructurales Operador (O): secuenca de DNA reconocida por la protena reguladora
Gen regulador (I): secuencia que codifica para la protena reguladora Inductor es capaz de inducir la expresin de los genes del opern y no son hidrolizados por la -galactosidasa. Un ejemplo de inductor es el IPTG el cual es til para estudios genticos del opern al difundir al interior de las clulas manteniendo constante su concentracin al no ser metabolizado.
a. Cuando la concentracin de lactosa es baja o la de la glucosa es alta , el gen regulador sintetizar una protena, el represor, que se unir al operador. Al quedar el operador ocupado, la ARN polimerasa se ver imposibilitada de unirse al promotor y, la transcripcin de los genes estructurales se ver inhibida. b. Cuando hay glucosa y lactosa , la frecuencia de iniciacin transcripcin es un muy baja lo que da como resultado la sntesis de tan solo bajos niveles de mRNA lac y de las protenas codificadas en el opern lac. Cuando la glucosa se agota del medio, se comienza a sintetizar AMPc y a medida que se incrementa su concentracin, ste se une a la subunidad de la protena dimrica CAP provocando un cambio conformacional le permite unirse al sitio CAP de la regin de control de la transcripcin de lac. El complejo CAP-AMPc unido interactua la polimerasa unida al promotor estimulando la frecuencia de iniciacin. (Control positivo) sitio
de la
que con
c. Cuando la concentracin de Glucosa sea baja y la de la Lactosa sea alta , el regulador se unir a una molcula inductora de la transcripcin de los genes estructurales para la sntesis de las enzimas degradativas de dicho disacrido. El represor entonces no podr unirse al operador. Por consiguiente, al quedar este ltimo libre, la ARN polimerasa formar el Complejo Promotor Abierto pudindose producir la mxima transcripcin de los genes estructurales.
E. Coli puede usar glucosa u otros sacridos como lactosa como nica carbono y energa. I. II. Se consume la glucosa y la lactosa se mantiene Se consume la lactosa y ya no hay mas glucosa.
fuente de constante
Tambin es conveniente recordar que los tres genes estructurales opern lactosa se transcriben juntos en un mismo ARNm, es decir los ARN mensajeros de bacterias suelen ser policistrnicos. Sin embargo, en eucariontes los mensajreos suelen sen monocistrnicos o monognicos, es decir, corresponden a la transcripcin de un solo gen estructural.
del que
Expresin de los genes estructurales del Opern lactosa Ausencia de inductor (Sin lactosa) z
+
SI SI
SI SI
SI SI
SI SI
SI SI
SI SI
Sin embargo, en los diploides parciales con un gen regulador normal y un gen regulador mutante constitutivo , es decir, en baterias diploides parciales i /i el gen regulador normal i es dominante en posicin TRANS, es decir, ejerce su efecto sobre los genes estructurales de la misma molcula de ADN en que est la mutacin del gen regulador y tambin sobre los genes estructurales de
+ +
otra molcula de ADN diferente. Por tanto, el gen regulador codifica para una protena o producto difusible que puede ejercer su efecto en + diferentes molculas de ADN. En el siguiente diploide parcial i P O + + + + + + z y a / i P O z y a en ausencia de lactosa no hay expresin de los genes estructurales mientras que en presencia de lactosa si se expresan. Esto + se debe a que la protena represora normal producida por el gen i al ser difusible se puede unir a ambas regiones operadoras. En el siguiente + esquema se indica lo que sucede en un diploide parcial i /i en ausencia de inductor de inductor.
En la siguiente tabla se indica la expresin de los genes del opern lactosa en los dos diplides parciales, uno con en el regulador C constitutivo (i- ) y el otro con en el operador constitutivo (O ). Diploides parciales Genotipo i POz y a /i PO z y a i POz y a /i POz y a
+ + + + + + + + + + + + C + + +
Expresin de los genes estructurales del Opern lactosa Ausencia de inductor (Sin lactosa) z
+
SI NO
SI NO
SI NO
SI SI
SI SI
SI SI
Opern Triptofano
Genes estructurales: existen cinco genes estructurales en el siguiente orden trpE-trpD-trpCtrpA. Elementos de control: promotor (P) y operador El promotor y el operador estn al lado de los genes estructurales y en el siguiente orden: P O trpE-trpDtrpB-trpA. Curiosamente, las enzimas codificadas estos cinco genes estructurales actan en la ruta metablica de sntesis del triptfano en el mismo orden en el que se encuentran los genes en el cromosoma. Gen regulador (trpR): codifica para la protena reguladora. Este gen se encuentra en otra regin del cromosoma bacteriano aunque no muy lejos del opern. Correpresor: triptfano. trpB(O). trpCpor
En ausencia de triptfano , o cuando hay muy poco, la protena reguladora producto del gen trpR no es capaz de unirse al operador de forma que la ARN-polimerasa puede unirse a la regin promtora y se transcriben los genes del opern triptfano. En presencia de triptfano , el triptfano se une a la protena reguladora o represora cambiando su conformacin, de manera que ahora si puede unirse a la operadora y como consecuencia la ARN-polimerasa no unirse a la regin promotora y no se transcriben los genes estructurales del opern trp. regin puede
Por tanto, la diferencia esencial entre el opern lac (inducible) y el opern trp (represible) , es que en este represor del triptfano solamente es capaz de unirse al operador cuando previamente est unido al trp. ltimo el
Cuando los niveles de triptfano son altos , el ribosoma traduce la secuencia 1 rapidamente y bloquea la secuencia 2 antes de transcribir la 3. As se permite la formacin de la estructura atenuadora que produce la terminacin de la transcripcn. Cuando los niveles de triptfano son bajos el ribosoma se detiene secuencia 1 y la formacin entre las secuencias 2 y 3 impide la atenuacin debido a que la secuencia 3 no est disponible. As se permite la transcripcin. en la
Opern Arabinosa
La arabinosa es una pentosa que requiere ciertas enzimas para su metabolismo, las cuales estn codificadas por los genes estructurales ara A, ara B y ara D, Este opern contiene adems de los genes estructurales, Una regin reguladora con dos operadores ara O1 y ara O2 Ara I es un sitio de unin para la protena reguladora (araC) Un promotor adyacente araI Un sitio de unin para CAP-AMPc en el
La protena acaC est codificada por un gen arac proximidad. Esta protena ejerce un control dual (regulador positivo y negativo)
Control dual:
Cuando no hay arabinosa y la glucosa es abundante, la protena reguladora une tanto a araO2 como a araI por lo que se forma un lazo de DNA que no la transcripcin de los genes estructurales. Cuando hay arabinosa en el medio y la glucosa es escasa el complejo CAPAMPc es abundante y se une al sitio adyacente a araI. La arabinosa funciona como un activador, al unirse a araC altera su conformacin y al unirse sta a araI se combina con CAP-AMPc y aumenta la transcripcin. arac se permite
La GlnA es inactiva cuando no est adenilada, pero se convierte en activa cuando es adenilada. En esa forma, la glutamina es sintetizada a partir del glutamato. Su 54 expresin depende de un promotor reconocido por . Su Opern tiene un enhancer (estimulador) a unos 150nt Upstream del promotor (secuencia reguladora), que se asocia con la protena NtrC. NtrB es una quinasa que activa C. El NtrC activado por NtrB forma un loop en el DNA que le permite unirse a la RNApol54 formando el complejo cerrado, no activo. Se necesita ATP para activar el complejo y pasar a tener el complejo abierto. A diferencia de un promotor, los enhancers activan en cualquier orientacin. Los promotores si los ubico hacia un lado, van a transcribir hacia ese lado.
Muchas bacterias son controladas por dos sistemas regulatorios. PhoR/PhoB son dos componentes del sistema regulatorio de E. coli
La expresin gnica requiere en ocasiones de un mecanismo de traduccin de seales que le permita censar las condiciones del entorno. Estimulo ambiental receptor del estmulo transmisin del estmulo hacia el interior El nivel de P se censa por una protena transmembrana que posee: Dominio de unin a P (fosforo) Dominio transmembrana Dominio citoplasmtico (H)
El fosforo no puede atravesar la membrana e ingresar a la clula, por lo cual solo puede interactuar con receptores transmembrana. Cuando hay fosforo en el medio, este est unido al receptor y el mismo no emite ninguna seal; frente a la falta de fosforo en el medio, la protena de membrana realiza una cascada de sealizacin que influir tanto a nivel metablico como bioqumico. El dominio citoplasmtico H de la protena receptora fosforila a phoB, activando su actividad de regulador de la expresin gnica como respuesta a seales. Este factor acta sobre diferentes genes y en diferentes lugares del cromosoma.
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