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INTRODUCTION A LA BIOLOGIE MOLECULAIRE

Cours destin aux tudiants de 3 eme anne du cycle ingnieur en Agriculture

4h de Cours Prsent par Mme Latifa Najar

Enseignant chercheur au dpartement SNES

UE: Biologie molculaire

Octobre 2012

PLAN
Introduction I : Quelques rappels de biologie II : Le gnome et son organisation III: Les bases biochimiques de lhrdit IV : De la rplication de lADN vers la traduction des protines

INTRODUCTION

Les domaines du vivant:: classification


20 me sicle Domaine des Eucaryotes

Domaine des Eubacteria

Domaine des Archaebacteria

lADN est le support de linformation gntique dans les trois domaines du Vivant

Woese, 2002, microbiol and mol biol Reviews, vol 68, p173

I. QUELQUES RAPPELS DE BIOLOGIE

Schma des cellules eucaryote et procaryote

Bactries et Arches

VIRUS, CELLULES, ORGANELLES

- La cellule est l'unit structurelle du vivant mais aussi le vecteur de gnes assurant leur transmission au fil des gnrations - Multiplication du matriel gntique contenu dans lADN pour fabriquer des lments constitutifs de la cellule (protines, lipides et glucides)

Recettes contenues dans le noyau Noyau contient une matire appele chromatine

Localisation de lADN
Virus ADN : intrieur de la capside Procaryote : chromosome circulaire, plasmide Eucaryote :
Cellule vgtale : chromosome, mitochondrie, chloroplaste Cellule animale : chromosome, mitochondrie

Rle de lADN : prenniser , de gnration en gnration les informations de lorganisme.

Chromatine = protines appeles histones et d'ADN ADN = recettes des protines

LA SYNTHSE DES PROTINES

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LA SYNTHSE DE PROTINES

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LA SYNTHESE DES PROTEINES

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II. LE GENOME ET SON ORGANISATION

LE GENOME
Dfinition Ensemble de linformation hrditaire dun organisme prsente en totalit dans chaque cellule

- Taille

du gnome humain: 3 milliard de paires de base soit la taille de 1 m si droule - Tient dans une cellule de 6 m de diamtre - Ncessit dempaquetage de lADN

LONGUEUR DES GENOMES CHEZ QUELQUES EUCARYOTES

ELEMENTS DU GENOME
Espce
Helicobacter pylori (Bactrie) Methanosarcina acetivorans (Arche) 1 Circulaire Pas de centromre Saccharomyces cerevisiae (levure, Eucaryote) Homo sapiens (mammifre, Eucaryote) 2 X 23 Linaire >106 pdb
20%gnome transcrit

Chromosome : Nombre Forme Longueur centromre Gnes codant des protines : % du gnome
Longueur moyenne dun gne

1 Circulaire Pas de centromre

2 x 16 Linaire 110 pdb

% de gnes morcels

91% 945 pdb 0

74% 936 pdb 0

72% 1450 pdb 4%

1 4% 20000 pdb environ 100% 0,4% 1300 copies

Gnes codant des ARN : ARN ribosomiques ARN de transfert snARN Squences rptes : Hautement rptes Moyennement rptes

0,7%
7 clusters 12 gnes seuls

1,5%

5% 262 copies

0% 1% (17 lments IS)

0%
1,2% (30 copies de Ty)

10% 44%

Squenage du gnome

Close up of capillaries from a capillary sequencing machine Lab with sequencing machines

III. LES BASES BIOCHIMIQUES DE LHEREDITE

1. CONCEPT FONDEMENTAL DE LA GENETIQUE

Les caractres hrditaires sont dtermins par les lments de lhrdit qui sont transmis des parents leurs descendances lors de la reproduction; ces lments de lhrdit sont appels gnes

- La trs grande majorit des gnes sont prsents en une copie par gnome haplode. - Dans les gnomes diplodes, chaque gne est prsent en 2 copies (allles) - Chaque chromosome contient un double brin dADN de 100 millions de pb
Allle

23 paires de chromosomes 3.2 milliards pb 21 paires de chromosomes 2.5 milliards pb 39 paires de chromosomes 2.4 milliards pb 24 paires de chromosomes 3 milliards pb

2. DEFINITIONS
Locus : emplacement d'un gne ou d'une squence d'ADN sur un chromosome. Allle : variantes de l'ADN en un mme locus (polymorphisme; squences variables d'un mme gne) . Gnotype : Le gnotype est la composition alllique d'un locus donn ou de lensemble du gnome dun individu .

3. LA NATURE DE LA MOLECULE DADN

Acide dsoxyribonuclique ou ADN Prsent dans la cellule en particulier dans le noyau Constitu de 4 nuclotides, de sucre et dacide phosphorique Form de 2 chanes polynuclotidiques structures en double hlice (Watson Crick)

STRUCTURE DE LADN

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3.1. Structure primaire des Acides Nucliques

Un nuclotide:

un sucre une base azote un groupement phosphate

Base + Sucre= nucloside

Nucloside + Phosphate = nuclotide (mono, di ou tri-phosphate)

NUCLOTIDE = ose + base azote + acide phosphorique


Base azote

Groupement phosphate

5 4 3 2 1

Sucre

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Les bases azotes : puriques ou pyrimidiques

Uracile

Lose : pentose cyclique


5 HOH2C 4 3 OH 2 OH OH 1 5 HOH2C 4 3 OH 2 OH 1

Ribose Lacide phosphorique : O P OH OH OH

Dsoxy-ribose

ADN Polymres de nuclotides relis entre eux par des fonctions esters

1 3 2

5 Ose = dsoxyribose

3
Liaison 3OH-5P

Les bases : Adnine, Guanine, Cytosine et Thymine

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Hypothse de Crick et Watson : A peut s'apparier avec T et C avec G:

A avec T : deux liaisons hydrogne

C avec G : trois liaisons hydrogne

la molcule dADN est forme de 2 brins de nuclotides Ces deux brins ont trois proprits essentielles : antiparallles complmentaires hlicodaux

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Phosphate li au C5 et C3 Les groupements terminaux: - 5(P) - 3OH


la liaison covalente ainsi tablie est dite liaison 3'- 5' phosphodiester

L'orientation entre les liaisons donne une structure en forme de double hlice pas droit : Les plans des bases sont perpendiculaires laxe de lhlice Donc les bases sempilent

3.2. Structure primaire des ARN (acides nucliques)


ARN = Acide RiboNuclique Polymres de nuclotides relis entre eux par des fonctions esters Ose = ribose Les bases : Adnine, Guanine, Cytosine et Uracile ARN = un seul brin Appariement entre 2 ARN diffrents, entre un brin dADN et un brin dARN ou sur lui mme : A avec U et G avec C

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Diffrences ARN /ADN Ribose au lieu de dsoxyribose U au lieu de T Simple brin au lieu de double brin

3.3. Proprits physico-chimiques des acides nucliques

Stabilit : Liaisons H = spcificit de lappariement des bases Interactions hydrophobes et aromatiques Solubilit : solubles dans phnol, solutions salines et alcalines Prcipits par lalcool et les solutions acides fortes En solution aqueuse, ils sont trs acides

Viscosit : ADN long et mince donc solution trs visqueuse Densit : environ 1,7 g/cm3, isolation possible sur gradient de csium Dnaturation : chimique par lure ou le formamide thermique : ARN dnaturation progressive la chaleur ADN dnaturation une temprature prcise (Tm) dpendant du contenu en G-C (proprit ayant permis la cration de la PCR) (Voir TP)

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Absorption UV : Les bases absorbent dans lUV avec un maximum 260 nm Quantification : concentration dtermine par labsorption 260 nm solution 1mg/ml dans une cuve de 1 cm, A260=20 Puret de lADN : utilisation du rapport A260/A280 Si A260/A280 > 1,8 contamination par ARN Si A260/A280 < 1,8 contamination par protines

En raison des groupes phosphoryls, les acides nucliques sont chargs ngativement, ils se comportent comme des polyanions Electrophorse: outil de biologie molculaire

Electrophorse

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IV. DE LA REPLICATION DE LADN VERS LA TRADUCTION DES PROTEINES

1. Le dogme central de la biologie molculaire


Au niveau des molcules

1960
ARN

ADN

Protine

une copie par gnome haplode.

AU NIVEAU DE LA CELLULE

En 1960

En 2000

Transcription

Traduction

(daprs Brown, 2002, in genomes)

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Au niveau des organismes procaryotes et eucaryotes

2. REPLICATION DE LADN
Cest le mcanisme de transmission de linformation gntique dune cellule mre ses cellules filles LADN des cellules filles est identique celui de la cellule mre La rplication est semi-conservative Chaque molcule dADN est constitue dun brin parental et dun brin noform

La rplication est discontinue pour lun des deux brins Brin avanc : synthse dans le sens de la propagation Brin retard : synthse reculons
3 5 ADN parental double brin 5 3 Amorce dARN 3 5 3 5 3 5 Sens de propagation de la rplication Amorce dARN

Brin avanc Brins retards = fragments dOkasaki

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3. MUTATlON DE LADN
Mutation = modification de l'information gntique (ADN) Accidents de copie des bases Le plus souvent au cours de la rplication ADN fils ADN parental Une mutation peut tre: Chromosomique = altration d'un chromosome complet Translocation Inversion
rarrangement gnique

Ponctuelle = anomalie dans la squence des nuclotides: cration dun gne mutant dont la squence est modifie par addition ou dltion dun ou quelques nuclotides

4. LA TRANSCRIPTION DES GENES


Mcanisme de synthse des ARNs ARNm : copie dune portion dADN (gne) Synthse : dans le sens 5-3 de manire antiparallle par rapport lADN copi de faon complmentaire

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Synthse de l'ARNm se fait par l'enzyme ARN polymrase

CHEZ LES BACTRIES

U N E S E U L E A R N P O LY M R A S E - Dcouverte en 1958 - Contient 5 sous-units - Environ 7000 molcules par cellule


C H EZ L ES EU C ARYO T ES
3 ARN polymrases
ARN polymrase Synthse Constituants
Ensemble de12 sous-units plus 2 autres polypeptides Ensemble de12 sous-units Ensemble de12 sous-units plus 5 autres polypeptides

- ARN pr-ribosomique - ARN messagers - snoRNA* -Les ARN de transfert -ARN ribosomique 5S -Petits ARN

II III

* : small nucleolar RNA

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4.1. Les diffrentes tapes de la transcription


1. INITIATION DE LA TRANSCRIPTION

Le brin qui va tre transcrit sera accessible lARN polymrase Formation de la premire liaison phosphodiester Le premier nuclotide triphosphate est plac au site +1

Le promoteur = squence dADN en amont de la rgion transcrite du gne, qui est spcifiquement reconnue par lARN polymrase Squences 35 et -10 : squences environ 35 et 10 paire de base en amont du site dinitiation, 3 bases fortement conserves (TTGACA et TATATT) importance pour la fixation de lARN polymrase et donc lexpression des gnes

Squence -35: motif TTGACA Squence -10: motif TATAAT: boite PRIBNOW

Bote -35

Bote -10

Transcription
+1

5 3

TTGACA AACTGT
16 19 pb

TATAAT ATATTA

3 5

5 9 pb

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2. ELONGATION

LARN polymrase se dplace progressivement tout le long du brin transcrire tout en ajoutant des nuclotides le long de la chane dARN

3. Terminaison de la transcription

Deux types dvnement de la transcription 1. Les vnements dauto-terminaison 2. Les vnements de terminaison dpendant de la prsence dune protine

Ralentissement de lARN polymrase Arrt et dcrochage de lARN polymrase

Par convention : +1 = 1er nuclotide transcrit -1 = nuclotide prcdent le 1er nuclotide transcrit

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5. LA TRADUCTION
5.1. Les lments ncessaires la traduction

- Les ribosomes: Forms de deux


sous-units: une petite et une grande
40 S et 60 S chez eucaryotes, 30 S et 50 S chez procaryotes.

ARNt = brin d'ARN qui se replie sur lui-mme pour former une structure en 3D Lenzyme aminoacyl tRNA transferase

Chaque triplet de nuclotides sur l'ADN correspond un codon de l'ARNm. Chaque codon de l'ARNr correspond un anti-codon spcifique de l'ARNt. Chaque anti-codon correspond un acide amin spcifique. DONC: chaque triplet de nuclotides sur l'ADN correspond un acide amin.

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5.2. Mcanisme de la traduction


initiation

Le brin d'ARNm s'attache au ribosome.

Liaison codonanticodon de deux ARNt (il y a deux sites de liaison sur le ribosome).

Le ribosome avance de trois units

Le premier ARNt est retir.

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TERMINAISON DE LA TRADUCTION

5. 3. Le code gntique Acide amin

(Crick, 1960)

Le code gntique une lettre est utilis en bioinformatique


Amino Acid

Alanine Arginine Asparagine Aspartic Acid Cysteine Glutamine Glutamic Acid Glycine Histidine Isoleucine Leucine Lysine Methionine Phenylalanine Proline Serine Threonine Tryptophan Tyrosine Valine

Three-Letter Abbreviation Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val

One-Letter Abbreviation A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

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Code UNIVERSEL C'est le mme pour tous les tres vivants sauf quelques rares exceptions: Cette caractristique permet le transfert de gnes d'une espce l'autre = gnie gntique Introduction de gnes dans une bactrie Introduction de gnes dans un organisme pluricellulaire

5. 4. LE DEVENIR DES PROTEINES: MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES


- Les protines synthtises dans une cellule peuvent: - Rester dans le cytosol: ribosomes non lis une membrane cellulaire - Intgrer la membrane plasmique et/ou les membranes dorganites intra-cellulaires: ribosomes lis (MP ou MERE) - tre scrtes lextrieur de la cellule

POUR EN SAVOIR PLUS SUR LA BIOLOGIE ET LA GENETIQUE MOLECULAIRE

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LES DATES HISTORIQUES


1869 - F. Miescher : substance dans les noyaux : lADN. 1896 - G. Mendel : lois de lhrdit. 1910 - T. Morgan : chromosomes portent les gnes 1930 - W. Astbury : structure filamenteuse de lADN. 1944 - O. Avery : lien entre lhrdit et lADN 1953 - J. Watson et F. Crick : double hlice de lADN. 1955 - F. Sanger : squenage de linsuline 1962 - J. Monod et F. Jacob : ARNm intermdiaire ADN protine

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1968 - M. Nirenberg, G. Khorana et R. Holley : code gntique 1970 : M. Temin, D. Baltimore : identification de la reverse transcriptase. 1975 - E.M. Southern : Mthode de squenage des nuclotides 1978 - W. Arber, D. Nathans, H. Smith : Identification des endonuclases. 1978 : Premier gnome squenc (virus SV40 de 5kb). 1983 - K. Mullis : invention de la PCR. 1995 : Premier procaryote squenc : Haemophilus influenzae. 15 avril 2003 : Squenage gnome humain termin.

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REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

- Biologie Molculaire et Mdecine (2007). 3e dition Jean-Claude Kaplan , Marc Delpech . Flammarion Mdecine-Sciences Collection -Biologie cellulaire et molculaire (2006) Auteur : Stephen R.BOLSOVER | Jeremy S.HYAMS | Elisabeth A.SHEPHARD | Hugh A.WHITE | Claudia G.WIEDEMANN | , Editeur : DUNOD

-Biologie cellulaire et molculaire (2004). Auteur: KARP Editeur : DE BOECK | -CHEN AY, Liu LF. DNA topioisomerases: essential enzymes and lethal targets: Annu. Rev. Pharmacol.Toxicol., 1994, 94, 194-218 - Biologie molculaire de la cellule (Baltimore Lodish, DeBoeck Universit)

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