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AS MERAD (2010-2011) DIAGNOSTIC DUNE INFECTION BACTERIENNE INTRODUCTION Le diagnostic bactriologique dune infection permet de confirmer ou dinfirmer son

tiologie bactrienne. Il peut tre soit : Direct : mise en vidence du ou des germes causant linfection (culture, identification du ou des germes par des techniques bactriologiques ou de biologie molculaire, recherche des antignes solubles par des techniques immunologiques partir du prlvement,) et tests de sensibilit aux antibiotiques (antibiogramme, CMI) Indirect : Prsence danticorps spcifiques dans le srum du patient (srologie) Les tapes les plus importantes et les plus dterminantes pour le diagnostic bactriologique dune infection sont les conditions de prlvement et lacheminement du produit biologique vers le laboratoire. Leur ralisation, avec le plus grand soin, et le respect de certaines rgles lmentaires constituent le moyen sur et unique sans lesquels le rsultat final du diagnostic bactriologique na aucune valeur. I Les diffrents types de prlvements Les prlvements sont diffrents selon le type dinfection suspecte. 1) Prlvements dits monomicrobiens Il peut sagir soit : a) Dun produit biologique normalement strile : Sang (en cas de septicmie, plusieurs flacons dhmoculture sont ncessaires), LCR (en cas de mningites), - Urines (en cas dinfections urinaires) Dans ces cas, un seul type de germe est, en gnral, isol. Remarque : Le diagnostic dune infection urinaire repose sur une numration de germes et la cytologie des urines Le diagnostic dune mningite peut tre orient par la cytologie et la biochimie du LCR b) Dun produit biologique issu dune cavit noforme ou prforme : - Pus dabcs ferm - Empyme (amas de pus dans une cavit naturelle) - Liquide de sreuse Dans ces cas, un seul germe est responsable ou une association de germes peut tre responsable de linfection (infection mixte).

2) Prlvements dits polymicrobiens Il peut sagir soit : a) Dun produit biologique possdant dj une flore normale

Flore fcale normale Selles - Pharyng - Gyncologique - Urtraux - Expectoration Dans ces cas, seuls certains types de germes sont recherchs parce que responsables de linfection. b) Dun produit biologique noform du laction associe de diffrents types de germes (infections mixtes) - Pus dabcs ouvert, primitivement (traumatisme) - Pus dabcs ouvert, secondairement (par digestion des t issus jusqu la peau, par exemple) Dans ce cas, tous les germes isols doivent tre identifis, parce que probablement responsables de linfection. Remarque : 1) Ltiologie bactrienne dune infection peut varier selon que le patient soit hospitalis (infections nosocomiales) ou non (infections communautaires) Exemples : Une infection pulmonaire chez un patient hospitalis pourrait tre due des germes pathognes opportunistes , par contre chez un patient externe, les germes recherchs seront Streptococcus pneumoniae ou Haemophilus infuenzae ou Staphylococcus aureus. 2) La suspicion de germes particuliers, dans certains produits biologiques, doit tre signale par le clinicien pour tre recherchs. Exemples : Mycobacterium tuberculosis (agent de la tuberculose), nest recherch dans les urines que si le clinicien suspecte une tuberculose des voies urinaires Neisseria gonorrhoae nest recherch dans un prlvement pharyng que si le clinicien le signale Listeria monocytogenes nest recherch dans un prlvement exo cervicale que si le clinicien le signale. 2

3 Selon ltat particulier du patient, certains germes doivent tre pris en considration dans certains prlvements. II Les conditions de prlvement 1 La strilit Lasepsie doit tre rigoureuse. Toute contamination dun prlvement par des germes cutans ou ambiants peut compromettre la culture de la bactrie recherche ou gner linterprtation des rsultats. Dautre part, un manque dasepsie peut tre lorigine de surinfection du patient et galement de contamination du prleveur. a) Lantisepsie cutane doit tre parfaite : lantiseptique de choix est base de teinture diode, mais lalcool iod, la Btadine ou dfaut lalcool 70c peut tre utilis. La peau de la zone prlever, ainsi que les doigts du prleveur doivent recevoir deux applications de lantiseptique, spares de deux trois minutes. b) Les rcipients et instruments servant au prlvement doivent tre striles : Les rcipients sont constitus de pots ou de flacons striles, en verre ou en matire plastique usage unique. Les tubes en verre strile doivent fermer hermtiquement pour viter toute contamination ultrieure. Les instruments sont constitus de seringues striles en verre ou en matire plastique usage unique, dcouvillons striles, de sondes striles 2 Moment et lieu du prlvement Le prlvement doit tre ralis avant toute antibiothrapie. Dans le cas contraire, il est souhaitable de faire une fentre thrapeutique de 48heures 03 jours. Afin daugmenter, dans certains cas, les chances disolement du germe pathogne, il faut connaitre son volution et sa localisation dans lorganisme, des moments prcis de la maladie et choisir, en consquence, lendroit et le moment adquats pour la ralisation du prlvement. Exemples : a) Lors dune suspicion de fivre typhode, le diagnostic bactriologique direct est fait dans les deux premires semaines de la maladie, en prlevant les selles (coproculture) et le sang (hmocultures). Par contre, le diagnostic indirect (srologie) ne se fait quaprs la deuxime semaine du dbut de linfection, lors de lapparition de la rponse immunitaire, donc, de lapparition des anticorps spcifiques. b) Dans le cas dune suspicion de septicmie, les prlvements de sang (hmocultures) doivent tre rpts, (six huit hmocultures rparties en 48 heures sont une moyenne raisonnable pour mettre en vidence le germe causal). Les prlvements de sang doivent tre effectus au moment des pics thermiques ou, mieux encore, au moment des frissons, lorsque la fivre est discontinue ; et nimporte quel moment lorsque la fivre est continue (cas de la fivre typhode). c) Dans les cas de mningites, il est prfrable de prlever le Liquide Cphalorachidien (LCR) et le sang (hmocultures).

III Conservation des prlvements Tout produit biologique, pour analyse bactriologique, doit tre achemin rapidement vers le laboratoire ds la ralisation du prlvement. - Pour une analyse cytobactriologique des urines, il est impratif que le prlvement soit ralis au laboratoire, car le diagnostic dune infection urinaire repose sur la numration des germes. - Pour les autres prlvements, il arrive que, pour diverses raisons, lacheminement vers le laboratoire soit retard. Dans ce cas, en fonction de la nature du produit biologique et du germe recherch, certaines prcautions sont respecter. 1) Placer les prlvements dans des milieux de transport : Ces milieux permettent la survie des germes en empchant leur multiplication, ainsi, les proportions des diffrentes espces prsentes dans le produit biologique restent inchanges. Exemples : Milieux de transport des selles pour la recherche des germes entropathognes ou milieux de transport pour les prlvements pharyngs en vue de la recherche de Corynebacterium diphteriae 2) Garder le prlvement une temprature adquate : Selon le type de prlvement et le germe recherch, des tempratures diffrentes de conservation seront utilises : a) Les basses tempratures : Les prlvements dits poly microbiens sont gards +4c afin dempcher la multiplication des germes de la flore normale au dpens des germes pathognes. Dans certains cas,(recherche de Listeria monocytogenes), une conservation du produit +4c permet lenrichissement du germe recherch au dpens des germes saprophytes. c) Conservation 37c (T de ltuve) : Les prlvements dits mono microbiens , lexception des urines, peuvent tre conservs 37c, dune part, parceque certains germes recherchs craignent les basses tempratures (ex : Neisseria meningitidis) ; dautre part, pour permettre la multiplication du seul germe contenu dans le produit pathologique pauci bacillaire (ex : les hmocultures sont places, au fur et mesure de leur ralisation, ltuve 37c, puis achemines vers le laboratoire). IV Prcautions prendre pour lenvoi dun prlvement Certains prlvements sont parfois envoys dune ville lautre, ou mme, dun pays lautre, aussi, certaines prcautions denvoi du produits biologique sont respecter afin : a) Dassurer une bonne conservation du prlvement et la survie du germe pendant le transport. Ex : un LCR est ensemenc dans un tube de glose incline au sang cuit, en sassurant que la temprature du tube est aux alentours de 30 37c b) Dviter les risques de contamination du personnel manipulant le colis lors de son transport, et du personnel du laboratoire qui laura reu. Il faut, donc : - Un moyen de transport rapide - Des rcipients fermant hermtiquement - Un emballage parfait, vitant la cassure des rcipients, leur contamination et celle du biologiste qui fera lanalyse bactriologique.

Pour ces raisons, le prlvement est plac dans une boite mtallique contenant du coton, pour viter les chocs du rcipient contre les parois de la boite, puis plac dans une boite en bois ; le colis est alors bien empaquet et doit porter linscription suivante : Pour analyse bactriologique V Fiche de renseignement Tous les prlvements doivent porter une tiquette sur laquelle sont mentionns : Les nom et prnoms du patient La nature et le lieu du prlvement Lorigine du prlvement La date du prlvement Tous les prlvements doivent tre accompagns dune fiche de renseignement dument remplie comportant : Les nom et prnoms du patient Lge Le sexe La nature et le lieu du prlvement La date du prlvement et lorigine du patient (hospitalis ou externe) La date du dbut de la maladie Un rsum des signes cliniques et parfois le germe suspect Les maladies sous jacentes La nature et la dure du traitement reu La nature et les rsultats des autres examens biologiques effectus. Le diagnostic bactriologique (direct)

VI

Au laboratoire, le produit biologique reu reprsente le patient suivre, aussi, tout moment, le bactriologiste doit rendre compte des rsultats obtenus au clinicien traitant (surtout dans les cas graves). Le diagnostic bactriologique est, en gnral, constitu de deux parties. La premire partie permet davoir un diagnostic prsomptif et se base sur les rsultats obtenus avec les examens macroscopiques du prlvement (trouble des urines ou du LCR, odeur du pus, hmaturie, consistance des selles), microscopiques (morphologie, caractres tinctoriaux du germe, cytologie du prlvement durine ou LCR) et les caractres culturaux du germe (milieux disolement, morphologie de la colonie bactrienne, milieux denrichissement, atmosphre de culture du germe, temps de croissance ou dincubation du germe). A ce stade, le bactriologiste peut dj orienter ses recherches et aviser le clinicien. La deuxime partie, appele diagnostic de certitude, est la plus dterminante et parfois la plus dlicate car elle ncessite une interprtation du rsultat. Elle est constitue par : La purification du germe isol et son identification (biochimique, antignique, mise en vidence des toxines labores par des mthodes immunologiques ou des gnes codant les toxines par des mthodes de biologie molculaire) 5

Les tests de sensibilit aux antibiotiques (antibiogramme, CMI, recherche de btalactamases, ou autres mcanismes de rsistance aux antibiotiques) Linterprtation du diagnostic qui doit tenir compte de toutes les donnes (diagnostic clinique, nature et lieu du prlvement, patient hospitalis ou externe, tat particulier du patient, manire dont le prlvement a t ralis, achemin, conserv). Le bactriologiste doit, galement : . Sassurer que les antibiotiques actifs sur le germe peuvent tre prescrits au patient (selon le lieu de linfection, ltat gnral du patient). . Conserver la souche bactrienne pour des tudes ultrieures (pouvoir bactricide, association dantibiotiques) dans les cas graves, et toutes les souches prsentant une hyper virulence ou des rsistances particulires ou nouvelles. . Etablir de bonne relation avec le clinicien pour le bien tre du patient, avant tout (suivi de lvolution du patient), et pour vrifier la qualit de son diagnostic et /ou les comptences de son laboratoire.

Cytologie sur cellule de Malassez

Coloration au bleu de mthylne

(LCR, Urines) Diagnostic de certitude

Les diffrentes parties dun diagnostic bactriologique (direct) 6

Coloration de Gram : les bactries colores en violet sont dites Gram positif, les bactries colores en rose sont dites Gram ngatif

Isolement sur glose au sang

Aspect des colonies aprs incubation

Antibiogramme

Etuve (incubation)

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