CONOCIMIENTO DE LAS COMUNIDADES MICROBIANAS COMO COMPONENTE DE LA BIODIVERSIDAD.

PRESENTADO POR: Carlos A. Montoya - Laura Londoo S.

Gestin y Legislacin Ambiental - 2012

Especie

Grupo de cepas que tienen algn grado de consistencia fenotpica, exhibiendo al menos un 70% de hibridacin DNA-DNA y ms del 97% de similaridad en la secuencia del rRNA 16s (Torsvik V. et al., 1998)
Biodiversidad
La variedad y variabilidad de todas las formas de vida, el complejo ecolgico en el que estn presentes y los procesos de los que forman parte (Olalde V. y Aguilera L, 1998). La riqueza de especies (nmero de especies de una comunidad), y el tamao de la poblacin de una especie son dos parmetros esenciales para definir la estructura y diversidad de una comunidad (Liu W. et al., 1997)

IMPORTANCIA DE LOS MICROORGANISMOS Permiten el funcionamiento de los sistemas biolgicos y el mantenimiento de la vida sobre el planeta.

Participan en procesos metablicos, ecolgicos y biotecnolgicos.

Montao A. et al. (2010)

Cunto conocemos de los microorganismos?

Microorganismo Bacterias Especies conocidas O,1 1% Especies desconocidas 4 E5 3 E6

Virus

1%

5 E5

Hongos

5 - 10 %

1,5 E6

Protozoarios

4 E4

1 2 E5

Tcnicas para estudiar los microorganismos (bioqumicas)

Mtodo Placas de recuento ventajas Rpido Barato Desventajas No detecta microorganismos no cultivables Sesgo con microorganismos de rpido crecimiento Sesgo con especies de hongos que produzcan muchas esporas

Perfiles del nivel fisiolgico comunitario (CLPP),

Rpido Altamente reproducible Barato Diferencia entre comunidades microbianas Opcin de usar platos microbianos, de hongos o fuentes de carbono sitio especficas.

Slo representa una fraccin de las comunidades cultivables. Favorece organismos de rpido crecimiento. Slo representa organismos que utilizan la fuente de carbono disponible Diversidad metablica potencial no in situ Sensitivo a la densidad del inoculo.

Tcnicas para estudiar los microorganismos (bioqumicas)

Mtodo ventajas No requiere un cultivo de microorganismos, se extraen directamente del suelo. Busca microorganismos especficos o comunidades Desventajas Su se usan esporas, se necesita mucho material. Puede estar influenciado por factores externos Posibilidad de que los resultados sean confundidos con otros microorganismos.

Anlisis de esteres metlicos de cidos grasos.

Tcnicas para estudiar los microorganismos (Moleculares)

Mtodo ventajas Desventajas

Guanina + citosina

No influenciado por sesgos de PCR Incluye todo el DNA extrado. Cuantitativa

Requiere grandes cantidades de DNA. Depende de la eficiencia de la lisis y extraccin. Tosco nivel de resolucin

Re asociacin e hibridizacin de cidos nuclecos

DNA total extrado. No influenciado por sesgos de PCR Estudia el DNA o RNA Puede ser estudiado in situ

Falta de sensibilidad Secuencias deben estar en un alto nivel de copias para ser detectadas. Depende de la eficiencia de la lisis y extraccin. Slo detecta las especies ms abundantes. Necesita microorganismos con capacidad de cultivarse Slo es preciso en sistemas con baja diversidad.

Micro arreglos de DNA e hibridizacin de DNA

Igual que la hibridizacin de cidos nucleicos. Miles de genes pueden ser analizados Si se usan genes o fragmentos de DNA aumenta la especificidad.

Tcnicas para estudiar los microorganismos (Moleculares)

Mtodo ventajas Desventajas Sesgos por PCR dependiente de la eficiencia de la extraccin y lisis de DNA La forma en que se haga el muestreo influencia los resultados de comunidades (ej: almacenado) Una banda puede representar ms de una especie Slo detecta especies dominantes Sesgos pro PCR Algunas hebras sencillas de DNA pueden tomar ms de una conformacin estable.

Electroforesis en un gel con SE puede analizar gran gradiente desnaturalizante cantidad de muestras simultneamente (DGGE) y (TGGE)
Seguro, reproducible y rpido

polimorfismo de conformacin de la cadena simple (SSCP)

Lo mismo que DGGE/TGGE No usa gradientes

Tcnicas para estudiar los microorganismos (Moleculares)

Mtodo ventajas Desventajas

anlisis de restriccin de del Detecta cambios DNA ribosomal amplificado estructurales en la comunidad (ARDRA), polimorfismo en la microbiana

Sesgos por PCR Patrones de bandeo complejos.

longitud de los fragmentos de restriccin (RFLP) polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restriccin terminales (T-RFLP)
Patrones de bandeo ms simples que RFLP Puede ser automatizado Gran cantidad de muestras Altamente reproducible Compara diferencias entre comunidades microbianas Depende de la eficiencia de la lisis y extracin Tipos de Taq pueden incrementar variabilidad Eleccin de primers universales Requiere gran cantidad de DNA La eleccin de enzimas de restriccin influencia el patrn de bandeo obtenido Requiere grandes cantidades de DNA

anlisis automatizado de los espacios internos del rRNA (RISA), anlisis de restriccin del DNA ribosomal amplificado (ARDRA)

Perfiles comunitarios altamente reproducibles

Limitaciones de los mtodos de estudio (moleculares)

La eficiencia de la lisis vara de acuerdo al grupo microbiano. Segn el mtodo de extraccin celular se puede lisar bacterias Gram (-)/Gram (+). Si el mtodo es muy fuerte ambas clulas sern lisadas con prdida de DNA. La lisis actuar diferencialmente si se trata de esporas, micelio y micelio de diferentes edades (sesgos) En muestras ambientales es necesario remover cidos hmicos (interfieren con la PCR) Los pasos subsecuentes de purificacin conllevan a una perdida de DNA o RNA La amplificacin diferencial de genes blanco puede conllevar a un sesgo en el estudio de diversidad. Aunque se usan genes o fragmentos presentes en todos los organismos (rRNA 16s, rRNA 18s, regiones ITS) los primers presentan diferente afinidad por el templado. (Kirk J. et al., 2004).

Limitaciones de los mtodos de estudio (Ambigedad de taxonoma)

24 definiciones de especie (todas diferentes) La definicin tradicional de especie est basada en plantas superiores y animales (no aplica para procariotas u organismos asexuales). Las bacterias presentan plasticidad gentica (transfieren su DNA a travs de plsmidos, bacterifagos y transposones) (Kirk J. et al., 2004).

Diversidad al utilizar mtodos bioqumicos y moleculares <O kaiser et al. (2001) estudio de una comunidad microbiana del suelo>
Librera RNA 16s Medio de cultivo
Menos del 17% de pertenecen pertenecan a proteobateria y (CFB).

Composicin

(51%) de proteobateria y (30%) de Bacterias del filum Cytophaga Flavobacterium Bacteroides (CFB) Alrededor del 14% pertenecen a esta subclase

Subclase y de proteobacteria

Mas del 64% pertenecen a este subclase

Similitud con Bradyrhizobium sp.

Muchos clones presentaron similitud

Ninguno present similitud

Normativa en Colombia
Las normativas existentes controlan el nmero de microorganismos presentes en cuerpos de agua o alimentos. Pero nada est escrito con relacin a su uso sustentable.

Normativa en el mundo
Normativa US Endangered Species Act (ESA) Convention on International Trade in Endangered Species of Fauna y Flora (CITES) Objetivo Conservacin de especies individuales de flora y fauna (en peligro de extincin)

Caring of the earth (actualizacin de World Conservation Strategy) 1980

Preservacin del ambiente y la diversidad biolgica. Establecimiento de reas protegidas para cuidar de todos los organismos all presentes. La produccin de energa de biomasa. Mantener buenas condiciones del suelo para agricultura. Incentivos a la investigacin taxonmica y sistemtica.

La convencin de biodiversidad de Rio de janeiro de 1993

Acuerdo sobre tarifas y comercio (GATT) y sobre propiedad intelectual (TRIPS) de m.o. modificados y procesos microbianos

Es an ms difcil conservar organismos que no se conocen

Perturbaciones ambientales en Java

Extincin de una especie de rbol Diospyros en Indonesia

E X T I N C I N

Cookeina tricoloma

Penicilliopsis clavariaeformis

http://www.huh.harvard.edu/research/discomycetes/image/Cookeina/Cookeina.tricholoma.1.html http://www.sysbot.biologie.uni-muenchen.de/en/people/yorou/mycodiv_img.html?n=penicilliopsis_clavariaeformis

PERPECTIVAS Y TENDENCIAS

AUTOR

la diversidad microbiana ha de ser considerada como un recurso para elaborar tecnologas novedosas que generen riqueza y bienestar para los pases (Montao A. et al., 2010) Estudiar la biodiversidad microbiana para comprender la relacin entre diversidad, estructura de la comunidad microbiana y funcin (la actividad humana afecta biodiversidad microbiana ----> funcin del ecosistema?)
Se debe empezar a considerar estudios a grandes escalas que incluyan todos los niveles trpicos Conocer ms sobre los organismos del suelo, su distribucin, interacciones y funciones y cmo todo esto se traduce en servicios ecosistmicos, as ser ms fcil desarrollar acciones y polticas en pro de su conservacin Conocimiento de las comunidades microbianas en ambientes extremos ya que son la fuente de enzimas con inusuales y deseables propiedades.

(Montao A. et al., 2010)

(Kirk J. et al., 2004)

(Peh Kelvin y Lewis Simon, 2012) (Pulleman M. et al., 2012)

(Lewin A. et al, 2012)

Se podra combatir el hambre utilizando la gentica molecular y la diversidad metablica de los microorganismos.

Ayudara a preservar el bienestar de la tierra y los humanos haciendo un uso racional y equitativo de este recurso.

Produccin de insulina

Se utilizaramos todo su potencial para combatir las enfermedades

Cmo sera el mundo si conociramo s ms de los microorganis mos

Manipulacion del DNA

Gracias!